2003年完成(cheng)的(de)(de)人(ren)類基(ji)因組計(ji)劃成(cheng)功地對所(suo)有(you)20,000個蛋(dan)白質編(bian)碼基(ji)因(蛋(dan)白質組)進(jin)行了(le)測序,這(zhe)是(shi)一(yi)(yi)項巨大的(de)(de)科學(xue)成(cheng)就(jiu),但這(zhe)實際上只是(shi)一(yi)(yi)個開始。下一(yi)(yi)步是(shi)檢查蛋(dan)白質組以開始了(le)解所(suo)有(you)這(zhe)些蛋(dan)白質的(de)(de)功能。
人類(lei)蛋(dan)白(bai)(bai)質圖譜(HPA)項目于2003年啟動,目標是使用基(ji)于抗(kang)體的(de)蛋(dan)白(bai)(bai)質組(zu)學系統地繪制這(zhe)些蛋(dan)白(bai)(bai)質的(de)表達。該計劃主要設在瑞典(dian),由(you)非營(ying)利(li)組(zu)織Knut和Alice Wallenberg基(ji)金會(KAW)資(zi)助。內部生產和商業購買(mai)的(de)抗(kang)體首先由(you)研究人員驗(yan)證,然后用于表征(zheng)每種(zhong)蛋(dan)白(bai)(bai)質。
數(shu)據可通過開(kai)放(fang)式(shi)交互(hu)式(shi)數(shu)據庫獲(huo)取:www.proteinatlas.org.
它(ta)包含數百萬(wan)張高分辨(bian)率圖(tu)像,顯示44種(zhong)(zhong)不(bu)同正常(chang)人體組織(Tissue Atlas)和20種(zhong)(zhong)不(bu)同癌癥類(lei)型(Cancer Atlas)中76 種(zhong)(zhong)不(bu)同細胞(bao)類(lei)型的蛋白質表達的空間定位(wei)。
在(zai)美國細胞生物(wu)學(xue)學(xue)會(ASCB,2016年12月)上,一(yi)個(ge)新的Cell Atlas在(zai)HPA的更新版(ban)本(ben)(第16版(ban))中(zhong)發布,參加人數眾多。
它的特點:
l 免疫熒光(guang)染(ran)色細胞的高分辨(bian)率、多色圖像
l 代表人(ren)體(ti)不(bu)同器官(guan)細胞(bao)(bao)群的(de)56種細胞(bao)(bao)系中蛋白質的(de)亞細胞(bao)(bao)空間定位(wei)
l 使用深度RNA測序表征的所(suo)有人類(lei)基(ji)因的mRNA表達
l > 12,000個基因和(he)可用(yong)抗體映射到30種不同的細胞(bao)結(jie)構(即細胞(bao)核、胞(bao)質溶膠、線粒體等)
精確(que)定(ding)位(wei)蛋白(bai)質的(de)亞細胞(bao)定(ding)位(wei)對(dui)于理解其功能至關(guan)重要。當它們定(ding)位(wei)到(dao)預期的(de)微環境(即細胞(bao)器、囊泡或大分(fen)子復合物)時,它們將(jiang)在(zai)合適的(de)生化(hua)條件下遇到(dao)其他蛋白(bai)質或RNA以實現其分(fen)子功能(Breckles,2016)。這份全面的(de)圖譜為世界各地的(de)研究(jiu)人員對(dui)蛋白(bai)質功能進(jin)行更復雜的(de)研究(jiu)提供了急(ji)需的(de)工具(ju)。
以下是Cell Atlas中的(de)一些示(shi)例圖像:
CCNB1:細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)周(zhou)期蛋白B1是一(yi)種調節(jie)蛋白,位于細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)質中,參與人(ren)和小鼠(shu)細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)的有絲分(fen)裂。它主要(yao)在細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)周(zhou)期的G2/M 期以細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)周(zhou)期依賴性的方式表達(da)。在圖(tu)中,U-2 OS人(ren)細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)系中的細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)周(zhou)期蛋白B1蛋白表達(da)(抗體HPA030741)以綠色(se)(se)顯示(shi),而細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)核為藍色(se)(se),微(wei)管為紅色(se)(se)。
蛋白質圖譜
DAXX:死亡域相關(guan)蛋白6是一種多功能蛋白,主要定位于人和小(xiao)鼠細(xi)(xi)胞(bao)的細(xi)(xi)胞(bao)核和核體(ti),但也(ye)在細(xi)(xi)胞(bao)質中表達(da)。DAXX 與有絲(si)分裂G2期(qi)的著絲(si)粒相關(guan)。在細(xi)(xi)胞(bao)質中,它通過與細(xi)(xi)胞(bao)凋亡抗原Fas相互作用來調節細(xi)(xi)胞(bao)凋亡。該圖顯示了細(xi)(xi)胞(bao)系A-431中細(xi)(xi)胞(bao)核內的核體(ti)(GFP標記的抗體(ti)HPA008797)中的表達(da)。