臺北醫學大學原名臺北醫學院，創立于1960年6月1日，是醫學專家暨熱心醫藥教育人士胡水旺先生與徐千田先生等所捐資創設。創校之初，校地盡是一片荒蕪水田，教學與研究資源匱乏，四十八年來，在歷屆校長的努力下，從創(chuang)校之三(san)學(xue)(xue)(xue)(xue)系二專科(ke)，擴(kuo)展為現有醫(yi)(yi)學(xue)(xue)(xue)(xue)院(yuan)、口腔醫(yi)(yi)學(xue)(xue)(xue)(xue)院(yuan)、藥學(xue)(xue)(xue)(xue)院(yuan)、護理學(xue)(xue)(xue)(xue)院(yuan)、公共衛生暨營(ying)養學(xue)(xue)(xue)(xue)院(yuan)五(wu)個學(xue)(xue)(xue)(xue)院(yuan)，十三(san)學(xue)(xue)(xue)(xue)系及十三(san)研(yan)究所之規模(mo)。自從2000年改(gai)名臺北(bei)醫(yi)(yi)學(xue)(xue)(xue)(xue)大學(xue)(xue)(xue)(xue)以(yi)來，便一(yi)直(zhi)以(yi)成為國際(ji)一(yi)流醫(yi)(yi)學(xue)(xue)(xue)(xue)大學(xue)(xue)(xue)(xue)為目(mu)標，持續努力。
在教(jiao)(jiao)(jiao)學(xue)(xue)(xue)方面，作為一所都會型醫學(xue)(xue)(xue)專(zhuan)業(ye)(ye)大學(xue)(xue)(xue)，臺(tai)北醫學(xue)(xue)(xue)大學(xue)(xue)(xue)的教(jiao)(jiao)(jiao)育(yu)理念(nian)，在于教(jiao)(jiao)(jiao)導(dao)學(xue)(xue)(xue)生醫學(xue)(xue)(xue)專(zhuan)業(ye)(ye)知識(shi)之外，同時重視博雅教(jiao)(jiao)(jiao)育(yu)，回歸以(yi)人(ren)為本(ben)的教(jiao)(jiao)(jiao)學(xue)(xue)(xue)。在這(zhe)樣(yang)的理念(nian)上，自(zi)2006年起，連(lian)續(xu)三年獲(huo)(huo)得教(jiao)(jiao)(jiao)育(yu)部教(jiao)(jiao)(jiao)學(xue)(xue)(xue)卓越計劃補助，獲(huo)(huo)得肯定。為落實該校結合醫學(xue)(xue)(xue)科(ke)技(ji)與人(ren)文教(jiao)(jiao)(jiao)育(yu)的理想，深化人(ren)文與通(tong)(tong)識(shi)教(jiao)(jiao)(jiao)育(yu)，學(xue)(xue)(xue)校以(yi)專(zhuan)業(ye)(ye)教(jiao)(jiao)(jiao)育(yu)通(tong)(tong)識(shi)化、通(tong)(tong)識(shi)教(jiao)(jiao)(jiao)育(yu)專(zhuan)業(ye)(ye)化為兩大主軸(zhou)，持續(xu)貫徹教(jiao)(jiao)(jiao)學(xue)(xue)(xue)品質與績(ji)效的目(mu)標。
在研(yan)究(jiu)方面，頂(ding)尖研(yan)究(jiu)是國(guo)際(ji)一流(liu)大學(xue)不(bu)可或缺之一環(huan)，臺北醫學(xue)大學(xue)過去(qu)幾年來，研(yan)究(jiu)水準已有長足(zu)的(de)進步。為持續(xu)朝向(xiang)世界前五百大頂(ding)尖大學(xue)，學(xue)校順應國(guo)際(ji)趨勢，極力爭取大型及(ji)整合(he)(he)型研(yan)究(jiu)計劃，延(yan)攬國(guo)內外(wai)杰出人才及(ji)其(qi)團隊，提高研(yan)究(jiu)獎勵，并建立與國(guo)際(ji)一流(liu)研(yan)究(jiu)單位合(he)(he)作(zuo)關系。
在(zai)醫(yi)(yi)(yi)療方面，隨著教學(xue)研究的(de)成長，該(gai)校醫(yi)(yi)(yi)療體(ti)系也日(ri)漸茁壯。臺(tai)北醫(yi)(yi)(yi)學(xue)大學(xue)擁有(you)附(fu)設醫(yi)(yi)(yi)院(yuan)(yuan)、萬芳醫(yi)(yi)(yi)院(yuan)(yuan)、雙和醫(yi)(yi)(yi)院(yuan)(yuan)，三(san)所(suo)附(fu)屬醫(yi)(yi)(yi)院(yuan)(yuan)，近三(san)千床之規模(mo)，是(shi)為(wei)臺(tai)北地區醫(yi)(yi)(yi)學(xue)院(yuan)(yuan)校最大之醫(yi)(yi)(yi)療體(ti)系。臺(tai)北醫(yi)(yi)(yi)學(xue)大學(xue)統合學(xue)校及三(san)附(fu)屬醫(yi)(yi)(yi)院(yuan)(yuan)的(de)資源，在(zai)見、實習與臨床技能訓練(lian)上，具有(you)完(wan)整(zheng)的(de)設備與空間，更以(yi)服務鄰近社區，保(bao)障國人健康為(wei)職志。
洪奇昌：民(min)主(zhu)進(jin)步(bu)黨立法委員
林益(yi)世：國民黨立(li)法(fa)委(wei)員(yuan)
侯文詠：麻醉醫師、知名作家
張洪量：牙醫系畢業，流行音樂歌手、制作人(ren)
隆中隱：知名中國音樂教育者
陳以生：牙醫系學士、口研所碩(shuo)士，流行音樂歌手
陳子忠：醫技系(xi)學士、中港臺醫療管理(li)人員
李良雄：臺(tai)北(bei)榮民總醫院院長
1958年，創辦人(ren)胡水(shui)旺先生、徐千田先生籌設北(bei)醫(yi)。
1960年，北(bei)醫(yi)創立，當時有醫(yi)學(xue)系(xi)、牙醫(yi)學(xue)系(xi)及(ji)藥學(xue)系(xi)三系(xi)。
1963年，成立護理助產專修科(ke)，招收五專生。
1965年，成立(li)醫事技術(shu)專修科，招收五專生。
1975年(nian)，醫事技術專修(xiu)科(ke)改制為醫事技術學(xue)系。
1976年(nian)，設(she)立(li)臺北醫(yi)學(xue)大學(xue)附設(she)醫(yi)院。
1977年，護理助產專修科改(gai)制為護理學系。
1979年，成立保健營(ying)養學(xue)系。
1989年，成立公共衛生學系(xi)。
1989年，成立(li)天然物醫學(xue)研(yan)究(jiu)所(suo)。
1990年，胡俊弘先(xian)生接任校長，成立醫學研究所。
1992年(nian)，成立口腔復健醫(yi)學研究所。
1993年(nian)，口腔復健醫(yi)學研(yan)究所改(gai)名為牙醫(yi)學研(yan)究所。天然物醫(yi)學研(yan)究所改(gai)名為醫(yi)學研(yan)究所。
1994年，成(cheng)立細胞及(ji)分子生物研(yan)究所。領先全國各(ge)校成(cheng)立「醫學資訊暨電(dian)子計算機中(zhong)心」。
1995年(nian)，成立保健營養學研究所碩(shuo)士(shi)班。護理學研究所碩(shuo)士(shi)班。
1996年，接(jie)收臺北市(shi)政府(fu)委托(tuo)經(jing)營市(shi)立萬(wan)芳醫院(yuan)。
1997年，成立醫(yi)務(wu)管(guan)理學系。
1998年，成立生物醫學技術研(yan)究所、醫學資訊(xun)研(yan)究所。
1999年，成立生藥(yao)技術學(xue)系，是臺灣第一個中(zhong)藥(yao)相關學(xue)系。由當時藥(yao)學(xue)院(yuan)院(yuan)長楊玲(ling)玲(ling)教授所創(chuang)立,但(dan)由於藥(yao)師全聯(lian)會的反對,迫使(shi)2007年停(ting)止招生。
2000年，改名(ming)「臺(tai)北醫學(xue)大(da)學(xue)」，成立醫務管理研(yan)究所、生物(wu)醫學(xue)材料(liao)研(yan)究所。
2001年，成立呼吸治療學系、口腔衛生(sheng)學系。
2002年，成立藥理學(xue)研究(jiu)所、口腔科(ke)學(xue)研究(jiu)所、保(bao)健營養研究(jiu)所博士(shi)班(ban)。
2003年，通(tong)過(guo)衛生(sheng)署甄(zhen)選，籌建(jian)雙和醫院，并成立醫學(xue)人文研究所。
2004年，成(cheng)立神經科學研究所。
2006年，口腔科學(xue)研究所(suo)與生(sheng)醫材料(liao)研究所(suo)合并，改(gai)名為(wei)(wei)生(sheng)醫材料(liao)暨(ji)(ji)工程研究所(suo)。護(hu)理學(xue)研究所(suo)博士(shi)班成立、醫事技術學(xue)系(xi)改(gai)名為(wei)(wei)醫學(xue)檢(jian)驗(yan)暨(ji)(ji)生(sheng)物技術學(xue)系(xi)。
2007年(nian)，成立牙體(ti)技(ji)術學(xue)(xue)(xue)(xue)系(xi)、老人護理(li)暨管理(li)學(xue)(xue)(xue)(xue)系(xi)。由原先的醫(yi)學(xue)(xue)(xue)(xue)研(yan)(yan)究(jiu)所(suo)基礎(chu)組、細胞及分(fen)子生物研(yan)(yan)究(jiu)所(suo)、醫(yi)學(xue)(xue)(xue)(xue)檢驗暨生物技(ji)術學(xue)(xue)(xue)(xue)系(xi)碩士班、藥理(li)學(xue)(xue)(xue)(xue)研(yan)(yan)究(jiu)所(suo)及神經(jing)科學(xue)(xue)(xue)(xue)研(yan)(yan)究(jiu)所(suo)五所(suo)整(zheng)合為醫(yi)學(xue)(xue)(xue)(xue)科學(xue)(xue)(xue)(xue)研(yan)(yan)究(jiu)所(suo)。
2008年，附(fu)屬(shu)醫院-雙(shuang)和(he)醫院於7月1日開始營運、邱文(wen)達教授接任校長(chang)
2009年，醫(yi)務管理學系并入公共衛生(sheng)(sheng)暨營養學院，開始招(zhao)收碩士(shi)班國(guo)際學生(sheng)(sheng)。
2010年，成立醫學科技(ji)學院(yuan)、人文暨(ji)社會(hui)科學院(yuan)。
2011年，榮獲(huo)QS亞洲頂尖大學(xue)前百(bai)大。連續六(liu)年獲(huo)教(jiao)育部補(bu)助近4億元。
2011年，邱(qiu)文達(da)校長(chang)榮陞衛生署(shu)(shu)署(shu)(shu)長(chang)，閻云(yun)教授(shou)接任(ren)北醫(yi)第九任(ren)校長(chang)。
2013年(nian)，老(lao)人護理暨管理學系更名(ming)為高齡健康管理學系。
2014年，藥(yao)(yao)學系分設藥(yao)(yao)學組(zu)(zu)、臨床藥(yao)(yao)學組(zu)(zu)。
2015年，成立管理學院，并將公共衛(wei)生暨營養(yang)學院中的「醫務管理學系(xi)（學士班(ban)、碩(shuo)士班(ban)、碩(shuo)士在(zai)職(zhi)專班(ban)）」整并至(zhi)管理學院。
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