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保護區(qu)位于甘肅省西(xi)端的(de)敦煌市南湖(hu)鄉境內，總面積8.81777萬(wan)公頃，東為黨河水庫，西(xi)隔甘肅敦煌西(xi)湖(hu)國家級(ji)自然保護區(qu)而(er)見一(yi)望無際的(de)庫姆(mu)塔格(ge)沙漠，南接阿(a)克賽哈(ha)薩克族自治縣，北面則(ze)是大面積的(de)戈壁荒漠。
全(quan)區年(nian)降水量平均(jun)值為36.8--153.8毫米,年(nian)日(ri)照時(shi)數(shu)3033.4--3316.5小時(shi)，具有典型的大(da)陸性荒漠氣候特點。
敦煌陽關自然(ran)保護區始建于(yu)(yu)1992年，地處河(he)西(xi)走(zou)廊坳陷之西(xi)端，祁連山褶皺帶，位于(yu)(yu)瓜州—敦煌盆(pen)地西(xi)南(nan)邊緣的(de)陽關小盆(pen)地。
1994年經省政府(fu)批準晉升為省級自然保護區。
2006年，為(wei)了認真貫徹落實溫家寶總理關于“敦(dun)煌生(sheng)態保(bao)護工作(zuo)，必須高度重視，科(ke)學規劃，綜合治(zhi)理，加快進(jin)行。“絕不能讓(rang)敦(dun)煌變成第二個樓(lou)蘭”的重要批(pi)示精神，敦(dun)煌市(shi)政(zheng)府(fu)在國(guo)家環保(bao)部的指導(dao)下(xia)，正(zheng)式啟動了敦(dun)煌陽(yang)關省級自(zi)然保(bao)護區晉升國(guo)家級自(zi)然保(bao)護區的申報工作(zuo)。
2009年9月正式獲(huo)得了(le)國(guo)務院的審批命名，晉升為國(guo)家級(ji)自然保護區。
敦煌陽關(guan)國家級自然保(bao)護(hu)區總(zong)面(mian)(mian)積為8.81777萬(wan)公(gong)頃(qing)，其中核心區面(mian)(mian)積為2.7322萬(wan)公(gong)頃(qing)，緩沖區面(mian)(mian)積為2.80826萬(wan)公(gong)頃(qing)，實驗區面(mian)(mian)積為3.27731萬(wan)公(gong)頃(qing)。
敦煌市(shi)氣象局為(wei)(wei)陽關自(zi)然保護(hu)區(qu)和(he)西(xi)湖自(zi)然保護(hu)區(qu)建立了無人區(qu)域自(zi)動(dong)站以(yi)及敦煌市(shi)建成(cheng)的西(xi)北地區(qu)戈(ge)壁荒(huang)漠生態與(yu)環(huan)境研究站，為(wei)(wei)自(zi)然保護(hu)區(qu)的保護(hu)和(he)發展(zhan)提(ti)供了科學(xue)依據和(he)氣象保障。
保(bao)(bao)護(hu)區(qu)(qu)(qu)是(shi)中國(guo)西部干旱荒漠區(qu)(qu)(qu)中較為罕(han)見的(de)特(te)殊成(cheng)因內陸河流生(sheng)態系統，保(bao)(bao)護(hu)區(qu)(qu)(qu)的(de)濕地是(shi)中國(guo)西部荒漠區(qu)(qu)(qu)重要的(de)候(hou)鳥棲息地和遷徙(xi)驛站，生(sheng)存著(zhu)各種鳥類87種，其(qi)中候(hou)鳥50種，列入國(guo)家一(yi)、二級保(bao)(bao)護(hu)鳥類有(you)16種，列入IUCN保(bao)(bao)護(hu)名錄(lu)的(de)有(you)2種，列入《瀕危野生(sheng)動物國(guo)際貿易公(gong)約》的(de)有(you)8種，列入《中國(guo)瀕危動物紅(hong)皮書》的(de)有(you)3種。
白尾海雕是大(da)型猛(meng)禽，被列入《世界自(zi)然保護聯(lian)盟》（IUCN） 2012年瀕危物種(zhong)紅色(se)名(ming)錄，屬于國家(jia)一級保護動物。
保護(hu)(hu)區還生長著各類種子植物(wu)141種，其中國家(jia)重點保護(hu)(hu)珍稀瀕危植物(wu)4種。
敦(dun)煌陽(yang)關國家級自然(ran)(ran)保(bao)護(hu)(hu)區(qu)(qu)的(de)(de)建立，對(dui)(dui)積極探(tan)索極端(duan)干旱區(qu)(qu)荒(huang)漠濕(shi)地(di)的(de)(de)治(zhi)理、水(shui)環(huan)境改(gai)善和(he)(he)生物(wu)多樣(yang)性(xing)保(bao)護(hu)(hu)，實現(xian)濕(shi)地(di)生態(tai)(tai)環(huan)境的(de)(de)重建，對(dui)(dui)研(yan)究我國西部(bu)荒(huang)漠區(qu)(qu)濕(shi)地(di)與荒(huang)漠復(fu)合(he)生態(tai)(tai)系統的(de)(de)變遷和(he)(he)演替，保(bao)存(cun)野(ye)生動(dong)植物(wu)種(zhong)質的(de)(de)遺(yi)(yi)傳多樣(yang)性(xing)和(he)(he)棲息(xi)地(di)，保(bao)護(hu)(hu)和(he)(he)拯(zheng)救瀕危物(wu)種(zhong)，開(kai)展生態(tai)(tai)學(xue)研(yan)究具有(you)獨特的(de)(de)價值，對(dui)(dui)甘(gan)肅(su)河西走廊乃至中國西部(bu)的(de)(de)生態(tai)(tai)安全，莫高(gao)窟、月(yue)牙泉(quan)、陽(yang)關遺(yi)(yi)址等著名文化古(gu)跡和(he)(he)自然(ran)(ran)景(jing)觀的(de)(de)保(bao)護(hu)(hu)，以及甘(gan)、青、新(xin)三省區(qu)(qu)交(jiao)界(jie)處生物(wu)多樣(yang)性(xing)保(bao)護(hu)(hu)都(dou)有(you)著重大意義(yi)。保(bao)護(hu)(hu)區(qu)(qu)濕(shi)地(di)良好的(de)(de)荒(huang)漠植被、濕(shi)地(di)中充(chong)足的(de)(de)水(shui)源(yuan)和(he)(he)飼料為(wei)黑鸛和(he)(he)鵝喉羚等珍稀瀕危動(dong)物(wu)的(de)(de)生存(cun)和(he)(he)繁衍提供了(le)保(bao)障(zhang)。
