貝(bei)加爾(er)湖(hu)形成于(yu)約(yue)2500萬年前印(yin)度板(ban)塊(kuai)和(he)歐亞板(ban)塊(kuai)相互碰撞后(hou)的(de)(de)強烈地(di)震,湖(hu)盆形成于(yu)2000~2500萬年前。前蘇聯科學(xue)家維列(lie)夏金根(gen)據(ju)古生物(wu)和(he)地(di)質方面的(de)(de)材料(liao)推測(ce),中生代侏羅紀時的(de)(de)貝(bei)加爾(er)湖(hu)以東地(di)區,曾有(you)過一個浩瀚的(de)(de)外(wai)貝(bei)加爾(er)海。后(hou)來由于(yu)地(di)殼變動,留下了內陸(lu)湖(hu)泊-貝(bei)加爾(er)湖(hu)。隨著雨(yu)水、河水的(de)(de)不斷加入,咸水變淡。
球(qiu)膨裂(lie)說認(ren)為,46億(yi)年(nian)前地(di)球(qiu)形成之后,在(zai)39億(yi)年(nian)前,空氣(qi)中的(de)(de)水(shui)蒸汽凝結成水(shui)珠降回地(di)表形成海(hai)(hai)(hai)洋(yang)(yang),這時的(de)(de)海(hai)(hai)(hai)洋(yang)(yang)覆蓋(gai)這整個地(di)球(qiu),深(shen)度(du)1.2萬米。5.2億(yi)年(nian)前,由于(yu)地(di)球(qiu)發生(sheng)了大(da)的(de)(de)膨裂(lie),海(hai)(hai)(hai)水(shui)流入地(di)殼的(de)(de)裂(lie)縫,海(hai)(hai)(hai)水(shui)從大(da)陸(lu)上逐(zhu)步退出,大(da)陸(lu)逐(zhu)漸露出海(hai)(hai)(hai)面,一些海(hai)(hai)(hai)洋(yang)(yang)生(sheng)物就留在(zai)了大(da)陸(lu)上低洼地(di)區的(de)(de)湖泊里(li)。5.2億(yi)年(nian)前的(de)(de)海(hai)(hai)(hai)水(shui)是咸(xian)的(de)(de),因(yin)此貝加爾湖的(de)(de)湖水(shui)也(ye)是咸(xian)的(de)(de),但(dan)由于(yu)大(da)量的(de)(de)雨水(shui)、河(he)水(shui)不(bu)斷流入貝加爾湖,湖水(shui)逐(zhu)漸變淡。一些在(zai)海(hai)(hai)(hai)洋(yang)(yang)咸(xian)水(shui)中生(sheng)存的(de)(de)海(hai)(hai)(hai)洋(yang)(yang)生(sheng)物,逐(zhu)漸適(shi)應(ying)了貝加爾湖中的(de)(de)淡水(shui)環(huan)境。