貝(bei)加爾(er)(er)湖(hu)(hu)形成于(yu)約(yue)2500萬(wan)年前(qian)印度板塊(kuai)和(he)歐亞板塊(kuai)相互碰撞后的強烈(lie)地(di)(di)震,湖(hu)(hu)盆形成于(yu)2000~2500萬(wan)年前(qian)。前(qian)蘇(su)聯科學(xue)家維列夏金根據古生物和(he)地(di)(di)質方(fang)面(mian)的材(cai)料推測(ce),中生代(dai)侏羅(luo)紀時的貝(bei)加爾(er)(er)湖(hu)(hu)以(yi)東地(di)(di)區,曾有過一個浩瀚的外貝(bei)加爾(er)(er)海。后來(lai)由于(yu)地(di)(di)殼變動,留下了內陸(lu)湖(hu)(hu)泊-貝(bei)加爾(er)(er)湖(hu)(hu)。隨(sui)著雨水(shui)、河水(shui)的不斷加入,咸水(shui)變淡。
球(qiu)膨裂(lie)(lie)說認為,46億年(nian)(nian)(nian)前(qian)地(di)(di)球(qiu)形成之后,在39億年(nian)(nian)(nian)前(qian),空氣(qi)中(zhong)的(de)水(shui)(shui)(shui)蒸汽(qi)凝結成水(shui)(shui)(shui)珠降回(hui)地(di)(di)表形成海(hai)洋,這時的(de)海(hai)洋覆蓋這整個地(di)(di)球(qiu),深度1.2萬米。5.2億年(nian)(nian)(nian)前(qian),由于(yu)地(di)(di)球(qiu)發生(sheng)(sheng)(sheng)了(le)大(da)(da)的(de)膨裂(lie)(lie),海(hai)水(shui)(shui)(shui)流入(ru)地(di)(di)殼的(de)裂(lie)(lie)縫,海(hai)水(shui)(shui)(shui)從大(da)(da)陸(lu)上逐(zhu)(zhu)步退出,大(da)(da)陸(lu)逐(zhu)(zhu)漸露出海(hai)面,一些海(hai)洋生(sheng)(sheng)(sheng)物就留(liu)在了(le)大(da)(da)陸(lu)上低洼地(di)(di)區的(de)湖泊(bo)里。5.2億年(nian)(nian)(nian)前(qian)的(de)海(hai)水(shui)(shui)(shui)是咸(xian)(xian)的(de),因此貝(bei)加爾湖的(de)湖水(shui)(shui)(shui)也是咸(xian)(xian)的(de),但由于(yu)大(da)(da)量(liang)的(de)雨水(shui)(shui)(shui)、河(he)水(shui)(shui)(shui)不斷流入(ru)貝(bei)加爾湖,湖水(shui)(shui)(shui)逐(zhu)(zhu)漸變淡(dan)。一些在海(hai)洋咸(xian)(xian)水(shui)(shui)(shui)中(zhong)生(sheng)(sheng)(sheng)存的(de)海(hai)洋生(sheng)(sheng)(sheng)物,逐(zhu)(zhu)漸適應了(le)貝(bei)加爾湖中(zhong)的(de)淡(dan)水(shui)(shui)(shui)環境。