貝(bei)加爾(er)湖(hu)形成于(yu)約2500萬年前印度板(ban)塊(kuai)和歐亞(ya)板(ban)塊(kuai)相(xiang)互碰撞后(hou)的(de)強烈地(di)震,湖(hu)盆形成于(yu)2000~2500萬年前。前蘇聯科(ke)學(xue)家維列夏金根據古生物和地(di)質(zhi)方(fang)面(mian)的(de)材料推測(ce),中(zhong)生代侏羅紀時的(de)貝(bei)加爾(er)湖(hu)以東地(di)區,曾有(you)過一個(ge)浩瀚的(de)外貝(bei)加爾(er)海。后(hou)來由于(yu)地(di)殼變動,留(liu)下了內陸湖(hu)泊(bo)-貝(bei)加爾(er)湖(hu)。隨著雨水(shui)(shui)、河水(shui)(shui)的(de)不斷加入,咸水(shui)(shui)變淡(dan)。
球(qiu)膨裂說認為,46億年(nian)前地(di)(di)球(qiu)形成之后,在(zai)39億年(nian)前,空氣中的(de)水(shui)(shui)(shui)蒸汽(qi)凝結成水(shui)(shui)(shui)珠(zhu)降回(hui)地(di)(di)表形成海(hai)(hai)(hai)洋(yang),這時的(de)海(hai)(hai)(hai)洋(yang)覆(fu)蓋這整個地(di)(di)球(qiu),深度1.2萬米。5.2億年(nian)前,由于(yu)地(di)(di)球(qiu)發(fa)生了(le)大(da)的(de)膨裂,海(hai)(hai)(hai)水(shui)(shui)(shui)流(liu)入(ru)地(di)(di)殼的(de)裂縫,海(hai)(hai)(hai)水(shui)(shui)(shui)從大(da)陸(lu)上逐(zhu)步退出,大(da)陸(lu)逐(zhu)漸(jian)露出海(hai)(hai)(hai)面,一些海(hai)(hai)(hai)洋(yang)生物就留在(zai)了(le)大(da)陸(lu)上低(di)洼地(di)(di)區的(de)湖泊里。5.2億年(nian)前的(de)海(hai)(hai)(hai)水(shui)(shui)(shui)是咸(xian)的(de),因此貝加爾(er)湖的(de)湖水(shui)(shui)(shui)也(ye)是咸(xian)的(de),但由于(yu)大(da)量的(de)雨水(shui)(shui)(shui)、河(he)水(shui)(shui)(shui)不(bu)斷流(liu)入(ru)貝加爾(er)湖,湖水(shui)(shui)(shui)逐(zhu)漸(jian)變淡。一些在(zai)海(hai)(hai)(hai)洋(yang)咸(xian)水(shui)(shui)(shui)中生存的(de)海(hai)(hai)(hai)洋(yang)生物,逐(zhu)漸(jian)適應(ying)了(le)貝加爾(er)湖中的(de)淡水(shui)(shui)(shui)環境。