貝(bei)加(jia)爾(er)(er)湖(hu)形成于(yu)約(yue)2500萬年(nian)前印度板塊(kuai)和歐亞板塊(kuai)相互碰撞后(hou)的強烈地(di)震,湖(hu)盆形成于(yu)2000~2500萬年(nian)前。前蘇聯科學家維列夏金(jin)根據古生物和地(di)質方面的材(cai)料推測,中生代侏羅紀時的貝(bei)加(jia)爾(er)(er)湖(hu)以東地(di)區,曾有過一個浩瀚的外貝(bei)加(jia)爾(er)(er)海。后(hou)來由于(yu)地(di)殼變動,留(liu)下(xia)了內陸湖(hu)泊-貝(bei)加(jia)爾(er)(er)湖(hu)。隨著(zhu)雨水、河水的不斷(duan)加(jia)入,咸(xian)水變淡。
球(qiu)膨裂(lie)說認(ren)為,46億(yi)年(nian)前(qian)(qian)(qian)地(di)球(qiu)形成之(zhi)后,在(zai)(zai)39億(yi)年(nian)前(qian)(qian)(qian),空氣(qi)中的(de)水(shui)(shui)蒸汽凝結成水(shui)(shui)珠(zhu)降回地(di)表形成海(hai)洋,這時的(de)海(hai)洋覆蓋這整個地(di)球(qiu),深度1.2萬米(mi)。5.2億(yi)年(nian)前(qian)(qian)(qian),由于地(di)球(qiu)發生了(le)大(da)的(de)膨裂(lie),海(hai)水(shui)(shui)流入地(di)殼的(de)裂(lie)縫,海(hai)水(shui)(shui)從大(da)陸上逐步(bu)退出(chu),大(da)陸逐漸(jian)露出(chu)海(hai)面,一些(xie)海(hai)洋生物(wu)就留在(zai)(zai)了(le)大(da)陸上低洼地(di)區的(de)湖(hu)泊(bo)里。5.2億(yi)年(nian)前(qian)(qian)(qian)的(de)海(hai)水(shui)(shui)是咸的(de),因此(ci)貝(bei)加爾(er)湖(hu)的(de)湖(hu)水(shui)(shui)也是咸的(de),但由于大(da)量的(de)雨水(shui)(shui)、河水(shui)(shui)不斷流入貝(bei)加爾(er)湖(hu),湖(hu)水(shui)(shui)逐漸(jian)變淡。一些(xie)在(zai)(zai)海(hai)洋咸水(shui)(shui)中生存(cun)的(de)海(hai)洋生物(wu),逐漸(jian)適應了(le)貝(bei)加爾(er)湖(hu)中的(de)淡水(shui)(shui)環境。