貝(bei)加(jia)(jia)爾湖(hu)(hu)形成(cheng)于約(yue)2500萬(wan)年前印度(du)板(ban)(ban)塊和歐(ou)亞板(ban)(ban)塊相互(hu)碰撞后(hou)的(de)(de)強烈地(di)震,湖(hu)(hu)盆形成(cheng)于2000~2500萬(wan)年前。前蘇聯科(ke)學家維列夏金根據古生物和地(di)質方面的(de)(de)材料推測,中(zhong)生代侏羅紀時的(de)(de)貝(bei)加(jia)(jia)爾湖(hu)(hu)以東地(di)區(qu),曾有過一個浩瀚的(de)(de)外(wai)貝(bei)加(jia)(jia)爾海(hai)。后(hou)來由(you)于地(di)殼變動,留下(xia)了(le)內陸湖(hu)(hu)泊-貝(bei)加(jia)(jia)爾湖(hu)(hu)。隨著雨(yu)水(shui)、河水(shui)的(de)(de)不斷(duan)加(jia)(jia)入,咸水(shui)變淡。
球(qiu)膨(peng)裂說(shuo)認為,46億年(nian)前地(di)球(qiu)形成之后(hou),在(zai)39億年(nian)前,空氣中(zhong)的(de)(de)水(shui)蒸(zheng)汽(qi)凝結(jie)成水(shui)珠降(jiang)回(hui)地(di)表形成海洋(yang),這時的(de)(de)海洋(yang)覆(fu)蓋這整(zheng)個(ge)地(di)球(qiu),深度1.2萬米(mi)。5.2億年(nian)前,由(you)于地(di)球(qiu)發生(sheng)了(le)大的(de)(de)膨(peng)裂,海水(shui)流入地(di)殼的(de)(de)裂縫(feng),海水(shui)從大陸(lu)(lu)上(shang)逐(zhu)步退出,大陸(lu)(lu)逐(zhu)漸(jian)露(lu)出海面,一(yi)些(xie)海洋(yang)生(sheng)物(wu)(wu)就留在(zai)了(le)大陸(lu)(lu)上(shang)低(di)洼(wa)地(di)區的(de)(de)湖泊里。5.2億年(nian)前的(de)(de)海水(shui)是咸的(de)(de),因此貝加爾(er)湖的(de)(de)湖水(shui)也(ye)是咸的(de)(de),但由(you)于大量的(de)(de)雨水(shui)、河水(shui)不(bu)斷流入貝加爾(er)湖,湖水(shui)逐(zhu)漸(jian)變淡。一(yi)些(xie)在(zai)海洋(yang)咸水(shui)中(zhong)生(sheng)存的(de)(de)海洋(yang)生(sheng)物(wu)(wu),逐(zhu)漸(jian)適應了(le)貝加爾(er)湖中(zhong)的(de)(de)淡水(shui)環境。