UniProt是Universal Protein的(de)(de)(de)英(ying)文縮寫,是信息(xi)最(zui)豐(feng)富、資源最(zui)廣的(de)(de)(de)蛋(dan)白(bai)(bai)質數據庫(ku)。它由整(zheng)合Swiss-Prot、TrEMBL和 PIR-PSD三大(da)數據庫(ku)的(de)(de)(de)數據而成。他的(de)(de)(de)數據主要來自于基(ji)因組測序項目完成后,后續(xu)獲得的(de)(de)(de)蛋(dan)白(bai)(bai)質序列。它包(bao)含了大(da)量來自文獻的(de)(de)(de)蛋(dan)白(bai)(bai)質的(de)(de)(de)生物功能的(de)(de)(de)信息(xi)。
UniProtKB全(quan)稱UniProt Knowledgebase(UniProt知識庫)它(ta)是經過(guo)專家校驗的(de)(de)數(shu)據集,主要由兩(liang)部分組(zu)成(cheng):UniProtKB/Swiss-Prot(包(bao)含(han)檢查過(guo)的(de)(de)、手(shou)工(gong)注釋(shi)(shi)(shi)的(de)(de)條目(mu)(mu))和UniProtKB/TrEMBL(包(bao)含(han)未校驗的(de)(de)、自(zi)動注釋(shi)(shi)(shi)的(de)(de)條目(mu)(mu)),在2010年(nian)8月是10日發布的(de)(de)版本(ben)中,UniProtKB/Swiss-Prot包(bao)含(han)519,348條注釋(shi)(shi)(shi)條目(mu)(mu),UniProtKB/TrEMBL包(bao)含(han)11,636,205條注釋(shi)(shi)(shi)條目(mu)(mu)。
UniProtKB/Swiss-Prot
高質(zhi)量的(de)、手工注釋的(de)、非冗(rong)余的(de)數(shu)據集;主(zhu)要來自文獻中(zhong)的(de)研究成果和E-value校(xiao)驗過計算分析(xi)結果。有(you)質(zhi)量保(bao)證的(de)數(shu)據才被加入該數(shu)據庫。
UniProtKB/TrEMBL
該數(shu)據(ju)集(ji)包(bao)含高質(zhi)量的(de)計算(suan)分析(xi)結果,一(yi)般都在(zai)自(zi)動(dong)注釋(shi)(shi)中富(fu)集(ji),主(zhu)要應對基因組項目獲得的(de)大量數(shu)據(ju)流以人工校驗在(zai)時(shi)間上和(he)人力(li)上的(de)不足。他能注釋(shi)(shi)所有可用的(de)蛋(dan)白序(xu)列。在(zai)三大核酸(suan)數(shu)據(ju)庫(EMBL-Bank/GenBank/DDBJ)中注釋(shi)(shi)的(de)編碼序(xu)列都被自(zi)動(dong)翻譯并(bing)加入該數(shu)據(ju)庫中。它也有來自(zi)PDB數(shu)據(ju)庫的(de)序(xu)列,以及Ensembl、Refeq和(he)CCDS基因預(yu)測(ce)的(de)序(xu)列。
UniParc
UniParc全(quan)稱是UniProt Archive,他是一(yi)個綜合性(xing)的(de)(de)(de)非冗(rong)余(yu)數(shu)(shu)據庫(ku),他包含了(le)所有(you)(you)(you)主要的(de)(de)(de)、公開的(de)(de)(de)數(shu)(shu)據庫(ku)的(de)(de)(de)蛋(dan)白質序(xu)列(lie)(lie)。 由于蛋(dan)白質可能(neng)在(zai)不同(tong)(tong)的(de)(de)(de)數(shu)(shu)據庫(ku)中存(cun)在(zai),并且可能(neng)在(zai)同(tong)(tong)一(yi)個數(shu)(shu)據庫(ku)中有(you)(you)(you)多個版本(ben),為(wei)(wei)了(le)去冗(rong)余(yu),UniaraParc對每條(tiao)唯一(yi)的(de)(de)(de)序(xu)列(lie)(lie)只(zhi)存(cun)一(yi)次。無論是否為(wei)(wei)同(tong)(tong)一(yi)物種的(de)(de)(de)序(xu)列(lie)(lie),只(zhi)要序(xu)列(lie)(lie)相同(tong)(tong)就被(bei)合并為(wei)(wei)一(yi)條(tiao),每條(tiao)序(xu)列(lie)(lie)提供穩定(ding)的(de)(de)(de)、唯一(yi)的(de)(de)(de)編號UPI。該(gai)數(shu)(shu)據庫(ku)只(zhi)含有(you)(you)(you)蛋(dan)白質的(de)(de)(de)序(xu)列(lie)(lie)信息,而沒(mei)有(you)(you)(you)注釋數(shu)(shu)據。