上海崇明東灘鳥類國家級自然保護區位于低位沖積島嶼——崇明島東端的崇明東灘的核心部分，面積約32,600公頃，約占上海市濕地總面積的7.8，主要保護對象為水鳥和濕地生態系統。在長江泥沙的淤積作用下，形成了大片淡水到微咸水的沼澤地、潮溝和潮間帶灘涂。區內有眾多的農田、魚塘、蟹塘和蘆葦塘，沼生植被繁茂，底棲動物豐富，是亞太地區春秋季節候鳥遷徙極好的停歇地和驛站，也是候鳥的重要越冬地，是世界為數不多的野生鳥類集居、棲息地之一。

上海九段沙濕地國家級自然保護區（Shanghai Jiuduansha Wetland National Nature Reserve）位于長江口外南北槽之間的攔門沙河段，地處東經121°46’～122°15’、北緯31°03’～31°17’之間，東西長46.3公里、南北寬25.9公里。保護區設立于2000年3月8日，是國家級自然保護區。保護區主要保護對象為稀缺的動植物及其濕地環境。