新疆大學位于新疆維吾爾自治區首府烏魯木齊，是新疆辦學規模較大、辦學歷史較為悠久、學科門類較為齊全、科研水平較高的綜合性大學。新大現有校本部、南校區、北校區三個校區，校內教學、生活、活動等現代化設施一應俱全；設有26個學院、1個研究生院、2個教學研究部、36個黨政機關及教輔單位，開辦95個本科專業，涵蓋了經濟學、法學、文學、歷史學、理學、工學、管理學、藝術學、哲學九個學科門類。

石河子大學是國家“211工程”重點建設高校、國家“雙一流”建設一流學科建設高校、國家西部重點建設高校和省部共建高校，是“中西部高校基礎能力建設工程”和“中西部高校綜合實力提升工程”（一省一校）入選高校。學校先后榮獲“全國普通高校畢業生就業工作先進集體”、“全國畢業生就業典型經驗50所高校”等榮譽稱號。

新疆農業大學位于烏魯木齊市，是自治區重點建設的一所農業高等院校，前身為新疆八一農學院，是經毛主席和中央軍委同意，由王震將軍于1952年創建，是新中國成立后新疆建立的第一所本科院校。學校入選中西部高校基礎能力建設工程、國家建設高水平大學公派研究生項目、國家“特色重點學科項目”、國家首批“卓越農林人才教育培養計劃”改革試點高校、教育部“卓越工程師教育培養計劃”高校、國家大學生文化素質教育基地，絲綢之路沿線國家農業院校聯盟發起成員。

新疆師范大學成立于1978年12月28日，其前身為1906年成立的烏魯木齊市第一師范學校和1972年成立的新疆教師培訓部。學校位于新疆維吾爾自治區烏魯木齊市，是“中西部高校基礎能力建設工程高校”之一，為上海合作組織大學、國家大學生文化素質教育基地、首批教育部來華留學示范基地建設高校、中國政府獎學金來華留學生接收院校，由華東師范大學和吉林大學等內地高校共同承擔對口支援新疆師范大學。

新疆醫科大學創辦于1956年，是新疆一所省部委共建的醫學高等學府。新疆醫科大學現有雪蓮山校區、新醫路校區、鯉魚山校區、明園校區、倉房溝校區5個校區，校園教學設施基本完善；設有25個院部、28個本科專業、10個專科專業，擁有10個一級學科碩士學位授權點、8個碩士專業學位授權點、4個博士后科研流動站、4個博士后科研工作站，涵蓋醫學、管理學、理學、文學四個學科門類。

塔里木大學位于新疆維吾爾自治區阿拉爾市，創辦于1958年，是國務院學位委員會批準的首批具有學士學位授予權的本科院校，是一所以農為優勢，以生命科學為特色，農、理、工、文、管、法、經、教育、藝術、歷史等多學科協調發展的綜合性大學。塔里木大學現有11個學院，58個本科專業，培養輸送了近7萬名畢業生，就業率連續10年排在自治區高校前列；畢業生為新疆特別是南疆經濟發展、社會進步、民族團結、維穩戍邊等作出了突出貢獻。

新疆財經大學前身是1950年成立的新疆省人民政府干部學校，是新疆一所財經類高等學府，也是新疆維吾爾自治區重點建設的五所高校之一。學校與中國人民大學、中央財經大學、西安交通大學等高校建立了對口支援關系；與美國威斯康辛協和大學、韓國又松大學、俄羅斯新西伯利亞經濟管理大學等40余所國外大學建立了合作關系，并與哈薩克斯坦阿克托別州朱巴諾夫國立大學合作建立了孔子學院。

伊犁師范大學前身是1948年成立的新疆省立伊犁專科學校，是一所隸屬新疆維吾爾自治區管理的普通高等師范學校，為教育部、新疆維吾爾自治區、江蘇省共建院校。學校堅持黨管教育根本原則，堅持社會主義辦學方向，秉承“品正學實”的校訓，發揚愛國、崇德、勤奮、求實的光榮傳統，努力建設成為辦學特色鮮明，重點學科領先，教師教育優勢突出，服務社會能力強勁，區內先進、國內有重要影響的高水平師范大學。

喀什大學位于位于新疆維吾爾自治區喀什市，始建于1962年，是中西部高校基礎能力建設工程高校，為全國100所轉型發展試點高校之一。喀什大學現有16個教學單位，55個本科專業，涵蓋理學、工學、文學、教育學、藝術學、法學、經濟學、管理學、歷史學九個學科門類，培養了10萬余名具有良好思想品德修養和扎實專業技能的基礎教育師資和各類專門人才。學校先后被授予“全國民族團結進步模范集體”、“全國民族團結進步模范集體”等光榮稱號。

昌吉學院坐落在新疆維吾爾自治區昌吉市，是區屬普通高等學校。學校前身是成立于1959年的昌吉師范學校，2001年5月升格為昌吉學院。學校與山東大學、陜西師范大學、吉林大學、廈門大學、北京林業大學、蘭州大學、中國石油大學（華東）建立了長期對口支援關系，并與山東大學、陜西師范大學、廈門大學聯合培養本科生及研究生。