中國科舉博物館位于南京市秦淮區夫子廟學宮東側，地處夫子廟秦淮風光帶核心區，是中國科舉制度中心、中國科舉文化中心和中國科舉文物收藏中心。已開放的部分場館包括博物館地下三層，地面上明遠樓、至公堂、號舍、碑刻及南苑的魁光閣等，含11個展廳，是中國唯一一家地下式博物館。中國科舉博物館由江南貢院改擴建而成，江南貢院是中國古代最大的科舉考場，鼎盛期可接納2萬多名考生同時考試，其規模之大、占地之廣居中國各省貢院之冠，創中國古代科舉考場之最。

六朝博物館（The Oriental Metropolitan Museum）位于南京市玄武區漢府街、東箭道以東、長江路以北，是中國展示六朝文物最全面的遺址博物館，也是反映六朝文化最系統的專題博物館。展出青瓷器、陶俑、墓志、建筑構件、石刻、書畫等大量珍貴文物以及六朝建康城城墻和大型排水設施遺跡，并介紹六朝名人故事，分四個篇章闡述公元3至6世紀的東方大都會主題，設有“六朝帝都”、“回望六朝”、“六朝風采”、“六朝人杰”四大展廳。

中國南京云錦博物館位于南京市建鄴區，是中國唯一的云錦專業博物館、國家三級博物館，主要展示以南京云錦為代表的中國民族織錦藝術，是“新金陵四十八景”之一。其前身是創建于1984年的中國織錦工藝陳列館，是中國首家集知識、觀賞、娛樂為一體的織錦藝術博物館，由江蘇省南京云錦工藝研究生產試驗中心主辦，目的是為促進中國傳統民族民間織錦的開發利用、技藝交流，接待國內外專業人士參觀訪問。

南京地質博物館位于南京市玄武區珠江路，建于1935年，原名中央地質調查所地質礦產陳列館，是中國歷史最悠久的自然科學博物館之一，也是中國第一個以地質礦產為主要內容的專業博物館，是中國地質科學的發源地，也是培養中國地質工作者的搖籃。南京地質博物館隸屬于江蘇省地質調查研究院，由老館和新館組成，建筑面積近萬平方米，設地學搖籃、中國石文化、礦產資源、地質環境、行星地球、生命演化、恐龍世界7個展廳及臨時展廳、學術報告廳等，展出巖石、礦物、古生物等標本約5000件。

江寧織造博物館位于南京大行宮地區，是在江寧織造舊址上建造的一座現代博物館，由著名建筑學家、兩院院士吳良鏞先生擔綱設計。博物館占地面積1.87萬平方米，建筑面積3.7萬平方米。建筑整體風格是取中國山水畫中深遠、高遠、平遠之意境，將北高南低的建筑群盡可能用園林手法加以覆蓋。建筑內復建了織造署中原有的西池、楝亭、萱瑞堂、西堂等建筑，從南望北疊疊高起，如同一幅江南山水畫，是現代建筑的語言和傳統園林建筑結合的經典之作。

中華指紋博物館2008年4月18日在位于南京安德門的江蘇警官學院落成。為目前國內唯一一家專業指紋博物館，該館向人們展示著指紋的奧秘、指紋應用歷史以及現代指紋技術的發展等多方面內容。指紋博物館內共有1500余件實物和1000多張圖片，這些實物和圖片都是博物館從全國征集而來的。博物館陳列的多件古代陶器引人注意，在這些諸如民房小瓦、長明燈盤、盛器等物件上，都能看見一些清晰的指紋印記，這些指印都是制作者有意、無意留下的。

南京古生物博物館位于南京市玄武區雞鳴寺景區南側，總建筑面積8500平方米，其中展覽區面積近4200平方米，是世界上最大的古生物專業博物館之一，2009年度中國科學院博物館評比中名列中國第二。博物館以古生物化石為本，以古無脊椎動物、古植物和微體古生物為主，博物館藏品豐富，展品精美，其中尤以“澄江動物群”和包括“中華龍鳥” 在內的“熱河生物群”化石標本最為珍貴，堪稱國寶級的化石精品。

明孝陵博物館位于江蘇省南京市玄武區鐘山風景名勝區內，是關于明太祖朱元璋、世界文化遺產明孝陵和南京明文化的專題展館，新館外觀采用了明清時期江南地區的建筑風格，白墻、灰瓦、雕花木門、坡頂屋面、馬頭墻、花格窗等典型元素的運用，使得整體建筑與周邊明孝陵遺存的大金門、四方城等文化遺址和草木蔥郁的自然環境相協調，這也與600多年前明孝陵“天人合一”的建造理念不謀而合。

江南貢院位于南京市秦淮區夫子廟學宮東側，又稱南京貢院、建康貢院，是中國古代規模最大的科舉考場，中國南方地區開科取士之地，也是夫子廟地區三大古建筑群之一，夫子廟秦淮風光帶重要組成部分。江南貢院始建于宋乾道四年（1168年），經歷代修繕擴建，明清時期達到鼎盛，清同治年間，僅考試號舍就有20644間，可接納2萬多名考生同時考試，加上附屬建筑數百間，占地超過30余萬平方米。其規模之大、占地之廣居中國各省貢院之冠，創中國古代科舉考場之最。

金陵竹刻藝術博物館是以“傳承民族文化遺產、弘揚優秀民間文化藝術”為宗旨，以民間文化收藏品、傳統民間文化禮品的綜合性文化藝術博物館，系中國工藝美術學會理事單位、中國民間文藝家協會會員，江蘇省民間文藝家協會理事單位，江蘇省工藝美術學會會員。金陵竹刻藝術已列入“江蘇省非物質文化遺產名錄”，成為政府著力保護的非物質文化遺產項目。