南京圖書館位于南京市玄武區中山東路189號，簡稱南圖，是中國第三大圖書館、亞洲第四大圖書館，首批全國古籍重點保護單位，于2018年4月被中華人民共和國文化部評估定級為國家一級公共圖書館，江蘇省文獻資源保障中心。南京圖書館前身為1907年創辦的江南圖書館，是中國第一所公共圖書館，1927年改為國立中央大學國學圖書館，1933年國民政府創建國立中央圖書館，1952年國學圖書館和原來的中央圖書館合并為現在的南京圖書館。2007年位于大行宮的南京圖書館新館建成并全面開放。

南京大學圖書館是首批全國古籍重點保護單位，歷史源遠流長，其發展可上溯至二十世紀初建立的中央大學圖書館和金陵大學圖書館。在南京大學圖書館的歷史上，著名圖書館學家劉國鈞、李小緣、施廷鏞和國學大師胡小石等諸先生，先后主持過館務。南京大學圖書是國內較早從事計算機應用的高校圖書館。1986年在國內首先研制成功條型碼計算機中文圖書流通管理系統并投入實用。1992年開發的中文采購、編目管理系統等正式投入實際使用，受到同行的廣泛好評。

金陵圖書館是原南京市立圖書館，新館位于南京市建鄴區河西新城樂山路158號濱江公園內，毗鄰南京奧體中心，是副省級城市圖書館、全國古籍重點保護單位，于2018年4月被中華人民共和國文化部評估定級為國家一級公共圖書館。金陵圖書館始建于1927年（民國十六年）6月9日，南京特別市創辦市立（第一）通俗圖書館，借原平江府布道所為館址。2005年建立新館，占地面積38641平方米，總建筑面積25125平方米，采用東南大學建筑設計院的“琢石成玉”設計方案，于2007年7月交付使用。

南京大學杜廈圖書館由南京大學杰出校友杜廈先生捐資建設，是江蘇省藏書量最大、中國藏書量前三的高校圖書館，中國唯一一座雙樞紐管理體系的智能化信息圖書館。杜廈圖書館總投資超過2億元，總建筑面積53000平方米，該館設計理念為“開放的圖書館”，可自助借還圖書；“觸摸屏數字報紙”可隨意瀏覽全國百余種報紙；圖書館每層都設有“研討小室”，方便師生交流討論。

東南大學圖書館是我國歷史最悠久的大學圖書館之一，前身是始建于1902年的三江師范學堂藏書樓。一百多年來，圖書館歷經滄桑變遷，圖書館前進的軌跡，與中國高校圖書館發展史同步，亦和本校的沿革、演變、發展緊密關聯。學校先后經歷南京高等師范學校、國立東南大學、國立中央大學、南京工學院等歷史階段，圖書館的建制與業務也隨著學校的合并、改組，經歷一條曲折的發展道路。

南京林業大學圖書館創建于1952年，藏書170萬余冊。1961年建成圖書館大樓，面積7600m2；1996年又建成新館，面積13，000m2。新舊館通過外廊相連。新館主要為圖書借還、圖書閱覽、電子閱覽等，舊館主要是報刊閱覽、信息咨詢、行政辦公和書庫等。 此外，還有生命科學等三個分館和閱覽室，五個規格不等的報告廳。

南京師范大學圖書館最早是1952年全國院系調整時在原金陵女子文理學院圖書館基礎上調集前南京大學師范學院、金陵大學等單位所藏書刊資料組建起來的南京師范學院圖書館。1984年更名為南京師范大學圖書館。圖書館已發展成為一所大型的綜合性圖書館。 居江蘇省高校第二位。期刊年訂購3000余種，擁有大型光盤數據庫12種。五個學科的文獻品種量居全國圖書館前20名。 其中線裝書11萬余冊，被收入《中國古籍善本書目》的有190種、3000多冊。

南京農業大學圖書館是由原金陵大學圖書館、中央大學圖書館的部份人員和書刊合并而成，是學校的獨特文獻信息中心、現代教育技術中心、網絡管理中心。總建筑面積3.24萬平方米。設有閱覽座位4470席，實際在用有線網絡信息點1020個，無線網絡全覆蓋。圖書流通采用匯文文獻信息服務系統，并與校園一卡通系統接軌，讀者可使用校園卡在館內通過門禁、接受服務、自助繳費、自助充值等。

南京理工大學圖書館創建于1953年，館舍由落成于1986年的圖書館本部和落成于2004年的四教樓圖書館分部兩部分組成，建筑面積為17800平方米。南京理工大學圖書館已建設成為一個多功能、多學科、開放型、現代化的文獻信息中心和學校信息化的重要基地。2016年4月26日，原圖書館本部及四教樓圖書館在運行三十年后正式宣告關閉，新建館址投入試運行，簡稱“巨圖”。

南京醫科大學圖書館始建于1934年，是中國館藏資源較為豐富的醫學圖書館之一，是江蘇高等教育文獻保障系統（JALIS）的醫學文獻中心，也是江蘇省工程技術文獻信息中心的組成部分，同時是中國高等醫藥圖書館協會會員館、江蘇省醫藥衛生中心館、中國學術期刊文獻檢索一級咨詢站。截止2006年底，館藏總量擁有中外文紙型期刊5700余種。