根(gen)據《晉書》記載，桓(huan)(huan)(huan)溫是東漢大(da)儒(ru)桓(huan)(huan)(huan)榮之后(hou)。但(dan)據歷史學家(jia)田余慶考證，桓(huan)(huan)(huan)溫的高(gao)祖(zu)（或(huo)高(gao)伯祖(zu)、高(gao)叔祖(zu)）是三國時期在嘉平之獄中被司馬氏誅殺的曹魏大(da)司農桓(huan)(huan)(huan)范(fan)。
譙國龍(long)亢桓氏淪為刑家，在西晉并(bing)非(fei)高門望族(zu)。桓彝南渡后(hou)交結名士，躋身江左八達之(zhi)列，并(bing)“志在立功”，曾與明帝密謀平(ping)定王(wang)敦之(zhi)亂(luan)，使得(de)家族(zu)地(di)位有所上升。
咸和三年（328年），桓(huan)(huan)彝在蘇峻之亂(luan)中(zhong)被叛(pan)軍將領韓晃殺(sha)害(hai)，涇縣縣令江播(bo)(bo)也(ye)曾參與謀劃。當時桓(huan)(huan)溫(wen)(wen)年僅十五歲，枕戈泣血(xue)，誓(shi)報父仇(chou)(chou)。咸和六年（331年），江播(bo)(bo)去世。其子江彪(biao)等兄弟三人為父守喪(sang)，因(yin)怕桓(huan)(huan)溫(wen)(wen)前來(lai)尋仇(chou)(chou)，預先在喪(sang)廬內備好兵器，以(yi)防(fang)不測。桓(huan)(huan)溫(wen)(wen)假(jia)扮吊客，混入喪(sang)廬，手刃江彪(biao)，并追(zhui)殺(sha)其二弟，終報父仇(chou)(chou)，由此為時人所(suo)稱許。
桓溫為(wei)人豪(hao)爽，姿貌偉岸，風度不(bu)凡，后(hou)娶(qu)南康長(chang)公(gong)主為(wei)妻，加拜(bai)駙馬都(dou)尉，并襲父爵(jue)為(wei)萬(wan)寧(ning)縣男。咸(xian)康元年（335年），桓溫出任(ren)瑯琊內史(shi)（相當于(yu)太守(shou)）。
建元(yuan)元(yuan)年（343年）七月(yue)，朝廷以桓溫為前(qian)鋒小督、假節，讓他率(lv)部據守臨淮（今江蘇盱眙），協助(zhu)荊州刺史庾翼北伐。同(tong)年十月(yue)，桓溫升任徐州刺史，并都督青徐兗(yan)三州諸(zhu)軍事。他與庾翼交好，曾相約一同(tong)匡(kuang)濟(ji)天(tian)下。
永和元年（345年），庾(yu)翼病逝，臨(lin)終前(qian)請求讓(rang)兒(er)子庾(yu)爰之(zhi)接掌(zhang)(zhang)荊(jing)州(zhou)，但(dan)輔政的侍(shi)中何充卻推薦(jian)桓溫。丹楊尹劉惔認為桓溫確(que)有奇才(cai)，但(dan)亦有野心，不能讓(rang)其(qi)掌(zhang)(zhang)握荊(jing)州(zhou)形勝之(zhi)地。他(ta)建議會(hui)稽王司馬昱自(zi)領荊(jing)州(zhou)，但(dan)司馬昱卻不肯采納。
平定蜀地
桓(huan)溫(wen)出鎮荊州(zhou)后，打(da)算西伐占踞(ju)巴蜀(shu)的(de)(de)成(cheng)漢政(zheng)權，以建立功勛。而當時的(de)(de)成(cheng)漢正日(ri)漸(jian)衰微，皇帝李勢更是荒淫無(wu)道。江(jiang)夏相袁喬對此極力贊同，建議桓(huan)溫(wen)率領一萬精兵輕(qing)軍速進(jin)，直攻(gong)成(cheng)都。同時，他認為北方的(de)(de)后趙政(zheng)權不(bu)敢(gan)趁機進(jin)犯，以打(da)消桓(huan)溫(wen)的(de)(de)顧慮(lv)。桓(huan)溫(wen)遂決(jue)定伐蜀(shu)。
永(yong)和二年(nian)(nian)（346年(nian)(nian)）十一月，桓溫上疏朝廷，請求伐(fa)蜀，但未等(deng)朝廷回復，便與征虜將軍周(zhou)撫、輔國將軍司馬(ma)無忌率軍西進。他命(ming)袁喬(qiao)率二千人為前(qian)鋒。
永(yong)和三年(nian)（347年(nian)）二(er)月(yue)，桓(huan)溫兵(bing)至(zhi)青衣（今四(si)(si)川名山北）。李(li)勢命將(jiang)領李(li)福(fu)、昝堅(jian)率(lv)大軍趕赴(fu)合水，以抵御晉軍。漢軍諸將(jiang)欲在江南設伏，昝堅(jian)卻從江北鴛鴦(yang)琦渡(du)江，向(xiang)犍為（今四(si)(si)川彭(peng)山東(dong)）開進，結果與(yu)晉軍異道(dao)而行。同(tong)年(nian)三月(yue)，桓(huan)溫兵(bing)至(zhi)彭(peng)模(mo)（今四(si)(si)川彭(peng)山東(dong)南），留下(xia)參軍周楚、孫盛看守輜重，自己親率(lv)步兵(bing)直趨成都。李(li)福(fu)回(hui)軍襲擊彭(peng)模(mo)，被孫盛等(deng)人擊退(tui)。而桓(huan)溫則三戰(zhan)三勝(sheng)，擊敗李(li)權等(deng)部漢軍，進逼至(zhi)成都城(cheng)下(xia)。
昝堅趕(gan)到(dao)犍為，未(wei)遇晉(jin)(jin)軍(jun)(jun)(jun)，便從沙頭津（今四川新津南）渡江還(huan)軍(jun)(jun)(jun)，卻(que)得知晉(jin)(jin)軍(jun)(jun)(jun)已攻至成(cheng)都(dou)城(cheng)外(wai)(wai)十(shi)里陌，因此不(bu)戰自潰。李勢只得集(ji)結所(suo)有兵(bing)力，在成(cheng)都(dou)城(cheng)外(wai)(wai)的笮橋(qiao)與晉(jin)(jin)軍(jun)(jun)(jun)決戰。當時戰況慘(can)烈，晉(jin)(jin)軍(jun)(jun)(jun)前鋒失利(li)，參軍(jun)(jun)(jun)龔護戰死，漢軍(jun)(jun)(jun)的箭矢甚至射到(dao)了桓(huan)溫的馬前。諸將皆懼，意(yi)欲退兵(bing)，而鼓吏卻(que)在這時誤擊(ji)前進鼓。袁(yuan)喬(qiao)乘勢督促軍(jun)(jun)(jun)士(shi)奮戰，終于反敗為勝，大敗漢軍(jun)(jun)(jun)。桓(huan)溫趁勝攻入成(cheng)都(dou)，并(bing)焚毀(hui)小城(cheng)。
桓(huan)溫(wen)平(ping)蜀(shu)后，在當地(di)舉(ju)任賢(xian)(xian)能，援引賢(xian)(xian)才為己(ji)用，將成漢舊(jiu)臣(chen)王(wang)(wang)誓(shi)(shi)、王(wang)(wang)瑜、鄧(deng)定(ding)、常璩等人辟為參軍，成功安撫蜀(shu)地(di)。但王(wang)(wang)誓(shi)(shi)、鄧(deng)定(ding)不久(jiu)便舉(ju)兵(bing)叛亂，最終(zhong)都被晉軍討平(ping)。桓(huan)溫(wen)在蜀(shu)地(di)留駐一個月，便班師(shi)返回江陵（今(jin)湖(hu)北江陵）。
逼廢殷浩
平(ping)蜀之(zhi)戰使得桓溫聲名大振，朝(chao)廷(ting)忌憚不已(yi)，擔(dan)心他(ta)日后難(nan)以控(kong)制。會稽王司馬昱只(zhi)得讓揚州刺史(shi)殷浩參(can)與朝(chao)政，以期能對桓溫有所抑(yi)制。桓溫雖有不滿，但因(yin)熟(shu)知(zhi)殷浩為人，知(zhi)其難(nan)有作為，對此(ci)并不擔(dan)心。當時(shi)，桓溫治下有八州之(zhi)地，自行招募軍(jun)卒、調(diao)配資源(yuan)，逐漸(jian)形成半(ban)獨立狀態(tai)，漸(jian)露(lu)不臣(chen)之(zhi)心。朝(chao)廷(ting)對他(ta)已(yi)不能征調(diao)如意(yi)，但求羈縻而已(yi)。因(yin)國中無(wu)事，君臣(chen)尚能相安。
永(yong)和(he)五(wu)年（349），后趙(zhao)皇帝(di)石虎病死，北方形勢大(da)亂(luan)。桓(huan)溫(wen)(wen)(wen)(wen)立刻(ke)上疏(shu)朝廷(ting)，請求(qiu)北伐，但卻始終未得回復。永(yong)和(he)七(qi)年（351年）十(shi)二月，桓(huan)溫(wen)(wen)(wen)(wen)再次“拜(bai)表輒行”，率(lv)五(wu)萬大(da)軍順(shun)流而下，至武昌（今湖北鄂城(cheng)）而止(zhi)。朝廷(ting)為此驚恐不安，殷浩也打(da)算辭官(guan)避讓(rang)。司(si)馬昱親自寫信給(gei)桓(huan)溫(wen)(wen)(wen)(wen)，極(ji)力勸(quan)阻，終使桓(huan)溫(wen)(wen)(wen)(wen)率(lv)軍還鎮，返回荊州。后來(lai)，朝廷(ting)又(you)拜(bai)桓(huan)溫(wen)(wen)(wen)(wen)為太尉(wei)，被(bei)桓(huan)溫(wen)(wen)(wen)(wen)拒絕。
此后兩年(nian)間，殷浩數次(ci)北伐，欲進(jin)據洛陽，修(xiu)復園陵，但卻屢次(ci)戰敗。軍需物資更被掠奪殆盡，朝野怨恨不(bu)已(yi)。永和十年(nian)（354年(nian)）正(zheng)月，桓(huan)溫上奏朝廷，列(lie)舉殷浩罪狀(zhuang)，迫使朝廷將殷浩廢(fei)為庶(shu)人。從(cong)此，朝廷內外(wai)大權盡歸桓(huan)溫，朝中已(yi)無人再能(neng)阻止桓(huan)溫北伐。
一伐前秦
永和(he)十(shi)年（354年）二月，桓溫(wen)率軍(jun)(jun)(jun)北(bei)伐前(qian)秦。他親率步騎四萬自江陵出發，由水路(lu)自襄陽入均(jun)口（今湖北(bei)均(jun)縣西(xi)(xi)），然后自淅川（今河南(nan)淅川東(dong)）直趨武(wu)關（今陜西(xi)(xi)丹鳳東(dong)南(nan)），同時命梁州(zhou)刺史司馬勛兵出子午道(dao)，合擊秦軍(jun)(jun)(jun)。晉(jin)軍(jun)(jun)(jun)歷經數次血(xue)戰(zhan)，生(sheng)擒前(qian)秦將領(ling)(ling)郭敬，擊退(tui)淮南(nan)王(wang)苻(fu)(fu)生(sheng)，順利進(jin)入關中。前(qian)秦皇帝苻(fu)(fu)健命苻(fu)(fu)萇、苻(fu)(fu)雄、苻(fu)(fu)菁等將領(ling)(ling)率五萬軍(jun)(jun)(jun)隊屯兵峣柳（今陜西(xi)(xi)商縣西(xi)(xi)北(bei)），以阻擋晉(jin)軍(jun)(jun)(jun)。
同年四月，桓(huan)溫(wen)轉(zhuan)戰至灞上(shang)（今陜西西安(an)(an)東）。苻萇等(deng)部秦(qin)軍退守長安(an)(an)城南，苻健自領羸兵(bing)六千固守內城，附近郡(jun)縣更(geng)是(shi)紛(fen)紛(fen)來降(jiang)。桓(huan)溫(wen)撫喻百(bai)姓(xing)，使(shi)其(qi)安(an)(an)居(ju)復業。關中百(bai)姓(xing)牽牛(niu)擔酒沿路迎接，許多老人更(geng)是(shi)疼哭(ku)失聲：“沒想(xiang)過今天(tian)還能再次見到(dao)官軍！”
桓(huan)溫進入關(guan)中時(shi)，正值麥收時(shi)節(jie)，他(ta)就(jiu)打算就(jiu)地(di)收麥，以解決軍(jun)(jun)糧問題(ti)，于是屯兵不(bu)(bu)前。苻健聞聽(ting)晉軍(jun)(jun)收糧，猜到恒溫軍(jun)(jun)中糧草(cao)不(bu)(bu)足，遂(sui)采取堅壁(bi)清野(ye)的(de)方(fang)式，使得晉軍(jun)(jun)糧秣不(bu)(bu)繼(ji)。六月，桓(huan)溫被迫(po)撤(che)返江陵(ling)，并(bing)將關(guan)中三千(qian)多戶百(bai)姓一同遷走。秦(qin)軍(jun)(jun)隨后趁勢追擊(ji)，晉軍(jun)(jun)大敗，傷(shang)亡(wang)甚眾。
二伐姚襄
永和(he)十二(er)(er)年（356年）二(er)(er)月，桓(huan)溫(wen)數次上表，請求朝(chao)廷移都洛陽(yang)，修(xiu)復(fu)園陵，但都沒有(you)得到朝(chao)廷同(tong)意。不久，朝(chao)廷拜桓(huan)溫(wen)為(wei)征討(tao)大都督(du)(du)，都督(du)(du)司、冀(ji)二(er)(er)州諸軍(jun)事，負責征討(tao)事宜。七月，桓(huan)溫(wen)自江陵出兵再(zai)次北伐(fa)，并命督(du)(du)護高武據守(shou)魯(lu)陽(yang)（今河(he)南魯(lu)山），輔國(guo)將(jiang)軍(jun)戴施屯駐河(he)上，進逼(bi)許昌、洛陽(yang)。同(tong)時(shi)，他(ta)上疏朝(chao)廷，請求徐(xu)、豫二(er)(er)州出兵淮(huai)、泗，進入(ru)黃河(he)，以(yi)配(pei)合作戰(zhan)。
同年八(ba)月，桓(huan)(huan)(huan)溫(wen)兵至伊水(shui)（在今(jin)洛(luo)陽(yang)(yang)城南）。羌族首領姚襄正(zheng)圍困洛(luo)陽(yang)(yang)，聞(wen)桓(huan)(huan)(huan)溫(wen)來(lai)攻，撤軍而回，在伊水(shui)之北拒水(shui)而戰。桓(huan)(huan)(huan)溫(wen)親(qin)自披甲督戰，命晉軍結陣而進(jin)，終于大(da)破姚襄，收復洛(luo)陽(yang)(yang)。他進(jin)入金墉城，拜謁先帝皇陵(ling)(ling)，并設置(zhi)陵(ling)(ling)使修復皇陵(ling)(ling)。不久，桓(huan)(huan)(huan)溫(wen)班師南回，并將三千多家歸降百姓(xing)南遷(qian)至長江、漢(han)水(shui)一帶。
移鎮姑孰
隆和元年（362年），前燕將領呂護進(jin)攻洛陽。河南太守戴施棄城(cheng)(cheng)而逃，冠軍將軍陳祐(you)遣使告急(ji)。五(wu)月，桓溫派竟陵太守鄧遐率三千人協助守城(cheng)(cheng)，再(zai)次上表(biao)要求(qiu)遷都(dou)(dou)洛陽，并建(jian)議將永嘉之亂后(hou)流亡(wang)江(jiang)南者(zhe)全部北徙，以充(chong)實河南之地，皆(jie)被朝廷駁回。后(hou)來，朝廷又(you)以交州、廣(guang)州偏遠(yuan)為(wei)由(you)，免(mian)去(qu)桓溫的交廣(guang)二州都(dou)(dou)督，改授(shou)其為(wei)都(dou)(dou)督并司冀三州諸軍事(shi)。桓溫上表(biao)推(tui)辭(ci)。
興寧元年(nian)（363年(nian)），朝(chao)(chao)廷(ting)加授桓(huan)溫(wen)(wen)(wen)為侍(shi)中(zhong)、大司(si)馬、都(dou)督(du)中(zhong)外諸軍事、假黃鉞(yue)，賜其羽葆鼓吹一部(bu)。二(er)年(nian)（364年(nian)），桓(huan)溫(wen)(wen)(wen)率水師進駐合肥，準(zhun)備北伐。五月，朝(chao)(chao)廷(ting)進封桓(huan)溫(wen)(wen)(wen)為揚州(zhou)牧(mu)、錄尚書(shu)事，遣侍(shi)中(zhong)顏旄宣旨(zhi)，召其入(ru)朝(chao)(chao)參政。桓(huan)溫(wen)(wen)(wen)以中(zhong)原(yuan)尚未恢(hui)復為由(you)推托(tuo)。朝(chao)(chao)廷(ting)不許，再次征桓(huan)溫(wen)(wen)(wen)入(ru)朝(chao)(chao)，但當桓(huan)溫(wen)(wen)(wen)赭圻（今安徽(hui)繁昌西）時，卻又尚書(shu)車灌前來制止。桓(huan)溫(wen)(wen)(wen)遂(sui)駐軍赭圻，上表辭去錄尚書(shu)事一職，只遙領揚州(zhou)牧(mu)。
興寧三(san)年(nian)（365年(nian)），前燕再(zai)次攻打洛陽，陳祐(you)出逃。司馬昱得知(zhi)，與桓溫在洌洲（在今(jin)安(an)徽(hui)和縣(xian)）會面，命他移鎮姑孰（今(jin)安(an)徽(hui)當涂），準備征(zheng)討之(zhi)事，但最終(zhong)因晉哀帝(di)駕崩(beng)而作罷。
三伐前燕
太和四年（369年）三月(yue)，徐(xu)兗二州(zhou)(zhou)刺(ci)史(shi)郗(xi)(xi)愔致(zhi)信桓(huan)溫，表示愿(yuan)意與他共同輔佐王室，請(qing)求率部(bu)出河上。當時(shi)，北府兵卒(zu)悍勇，桓(huan)溫不愿(yuan)讓(rang)郗(xi)(xi)愔掌(zhang)握京口(kou)（今(jin)江蘇鎮(zhen)(zhen)江）重鎮(zhen)(zhen)。郗(xi)(xi)愔之子郗(xi)(xi)超為桓(huan)溫參(can)軍，暗中將原信毀掉(diao)，并以(yi)父親的名義偽造信件，自稱(cheng)老病，請(qing)以(yi)閑職休養。桓(huan)溫便順勢改任郗(xi)(xi)愔為會(hui)稽內(nei)史(shi)，自領徐(xu)兗二州(zhou)(zhou)刺(ci)史(shi)，兼并了(le)郗(xi)(xi)愔的軍隊。
同(tong)年四月，桓溫(wen)親率步騎(qi)五萬，與江(jiang)州刺史(shi)桓沖、豫州刺史(shi)袁真一同(tong)北(bei)(bei)伐(fa)前(qian)(qian)燕(yan)。他(ta)率軍攻湖陸，擒獲燕(yan)將慕容忠，進(jin)逼金鄉。當時正逢大旱，水(shui)道不通，桓溫(wen)便讓人在鉅野開鑿水(shui)路三百里，使船只由(you)清水(shui)進(jin)入黃河。郗超建議桓溫(wen)盡率全軍直擊前(qian)(qian)燕(yan)國都鄴城，或者(zhe)堅(jian)守河道，控制漕(cao)運，儲蓄糧食，直至(zhi)明年夏天(tian)再繼續進(jin)攻。他(ta)認為(wei)如不速戰速決，當戰事拖延(yan)至(zhi)秋冬(dong)后，在水(shui)量減少而北(bei)(bei)方早降溫(wen)的客觀條件之下，會令晉軍更(geng)難維持。但(dan)桓溫(wen)全都不聽。
七月(yue)，燕國大(da)將(jiang)慕容垂、傅末波等人(ren)率(lv)八萬大(da)軍(jun)前來(lai)抵抗晉(jin)(jin)軍(jun)，兩軍(jun)對(dui)峙于(yu)枋頭（在今(jin)河(he)南(nan)浚縣）。桓溫命(ming)袁真(zhen)進攻譙、梁，并打(da)開石(shi)門水道。但(dan)袁真(zhen)始終無(wu)法開通石(shi)門，最終晉(jin)(jin)軍(jun)軍(jun)糧耗盡。九(jiu)月(yue)，桓溫焚(fen)毀戰船，退軍(jun)而去。慕容垂率(lv)八千騎(qi)軍(jun)追(zhui)趕，與晉(jin)(jin)軍(jun)戰于(yu)襄邑（今(jin)河(he)南(nan)睢縣西）。桓溫大(da)敗(bai)，死傷三萬人(ren)。
攻陷壽春
桓(huan)(huan)(huan)溫兵敗后，退(tui)至(zhi)山陽(yang)(yang)（今江蘇淮安），收集散卒，并將戰敗之罪委(wei)于袁(yuan)真。他上疏朝廷，請廢(fei)袁(yuan)真為(wei)(wei)庶人。袁(yuan)真不服，據壽春（今安徽壽縣西南(nan)）叛變，并暗中(zhong)勾結前秦、前燕。朝廷不但不敢追究(jiu)桓(huan)(huan)(huan)溫的兵敗之責，還命(ming)侍(shi)中(zhong)羅含帶著牛(niu)酒到山陽(yang)(yang)犒勞桓(huan)(huan)(huan)溫，并任命(ming)其子桓(huan)(huan)(huan)熙為(wei)(wei)豫州(zhou)刺(ci)史。后來(lai)，桓(huan)(huan)(huan)溫又移(yi)鎮廣(guang)陵（今江蘇揚州(zhou)）。
太(tai)和五(wu)年（370年）二(er)(er)月，袁(yuan)(yuan)真(zhen)病死，部將朱輔擁(yong)立其子(zi)袁(yuan)(yuan)瑾為豫(yu)州(zhou)刺史。前燕、前秦都遣軍(jun)援助袁(yuan)(yuan)瑾，桓(huan)溫(wen)命(ming)部將竺瑤、矯陽之率軍(jun)迎戰。燕軍(jun)先至，在武丘(qiu)(qiu)（今河南沈丘(qiu)(qiu)東南）與竺瑤交(jiao)戰，結果(guo)大敗(bai)而回。同年八月，桓(huan)溫(wen)率二(er)(er)萬軍(jun)隊攻打壽春，并筑起長圍，將城(cheng)池團團圍困。袁(yuan)(yuan)瑾只得嬰城(cheng)固守。
太和六年（371年），前秦(qin)將(jiang)領王(wang)鑒(jian)、張蠔率軍援救袁瑾，結(jie)果(guo)被(bei)桓(huan)溫(wen)部將(jiang)桓(huan)伊、桓(huan)石虔(qian)（桓(huan)溫(wen)之(zhi)侄(zhi)）擊敗(bai)。不久，桓(huan)溫(wen)攻破壽春，俘獲袁瑾，將(jiang)袁瑾、朱輔及其宗族數(shu)十人(ren)全部送往建(jian)康(kang)斬首(shou)。袁瑾妻女被(bei)賞賜將(jiang)士，所侍(shi)養的(de)數(shu)百乞活軍則被(bei)活埋。從此，豫州徹底落入桓(huan)溫(wen)之(zhi)手。桓(huan)溫(wen)掌握(wo)了進入建(jian)康(kang)的(de)鎖鑰(yao)。
廢帝立威
桓(huan)(huan)(huan)溫(wen)自(zi)負才能過人，久懷異志，因此發(fa)動北(bei)伐(fa)希望先建立功(gong)勛，然(ran)后回朝接受九錫，從而奪(duo)取(qu)政權(quan)。但因第三次(ci)北(bei)伐(fa)失敗，聲(sheng)望大減，圖謀不成。壽春(chun)之戰后，桓(huan)(huan)(huan)溫(wen)曾問郗超道：“這次(ci)勝利(li)能雪枋頭(tou)兵敗之恥嗎？”郗超則表示不能，并建議桓(huan)(huan)(huan)溫(wen)效仿伊尹、霍光，廢(fei)(fei)立皇帝，以(yi)重立威(wei)權(quan)。桓(huan)(huan)(huan)溫(wen)遂決定(ding)廢(fei)(fei)黜(chu)皇帝司馬奕(yi)。
太(tai)和六年（371年）十一月，桓溫帶兵(bing)入朝，威(wei)逼褚太(tai)后(hou)廢除司(si)(si)馬(ma)(ma)奕的帝位。他誣稱司(si)(si)馬(ma)(ma)奕因陽痿不能生育，讓寵臣(chen)相龍、計(ji)好、朱炅寶等人與后(hou)宮美人私通，所(suo)生三子(zi)將(jiang)冒充皇子(zi)建儲為(wei)(wei)(wei)王(wang)。褚太(tai)后(hou)只得集百官于朝堂，下詔廢司(si)(si)馬(ma)(ma)奕為(wei)(wei)(wei)東(dong)海(hai)王(wang)。 而后(hou)，桓溫親率(lv)百官至(zhi)會稽王(wang)邸，迎(ying)司(si)(si)馬(ma)(ma)昱入朝，擁立為(wei)(wei)(wei)帝，是為(wei)(wei)(wei)晉簡(jian)文帝，改(gai)元咸安(an)。
晉朝(chao)開國(guo)百余(yu)年，從未發生廢(fei)立之事。桓溫擅行廢(fei)立，不(bu)(bu)(bu)(bu)僅令百官震栗，自己也緊張不(bu)(bu)(bu)(bu)已。前秦皇(huang)帝(di)苻堅對此不(bu)(bu)(bu)(bu)以為然，他(ta)道：“桓溫此前敗于灞上，而(er)今又敗于枋頭，十(shi)五年內兩(liang)次使國(guo)家軍隊(dui)遭受重大打擊。不(bu)(bu)(bu)(bu)但不(bu)(bu)(bu)(bu)反(fan)思(si)過錯，向百姓謝罪，竟還廢(fei)黜君主。六十(shi)歲的(de)老叟如此舉動，如何自容于天下？”
清除異己
桓溫廢立后，對朝中(zhong)的異己力量大加(jia)廢徙。
武陵王司馬晞(xi)(xi)好習武事，又在朝中(zhong)擔任太宰重職(zhi)，素為桓溫(wen)所(suo)忌。桓溫(wen)以“聚納輕剽(piao)，苞藏(zang)亡(wang)命(ming)”為由彈(dan)劾司馬晞(xi)(xi)，免去司馬晞(xi)(xi)與(yu)其子(zi)司馬綜(zong)、司馬囗的官職(zhi)，讓他們(men)返回封地。后來，桓溫(wen)又逼新蔡王司馬晃(huang)自首，稱與(yu)司馬晞(xi)(xi)、司馬綜(zong)、著作郎殷涓(juan)、太宰長史(shi)庾(yu)(yu)倩、散(san)騎常侍庾(yu)(yu)柔(rou)等人(ren)(ren)謀反，將(jiang)他們(men)收付廷尉(wei)，請予誅殺。簡文帝不(bu)許。最終，司馬晞(xi)(xi)、司馬晃(huang)被廢為庶(shu)人(ren)(ren)，殷涓(juan)、庾(yu)(yu)倩、庾(yu)(yu)柔(rou)等人(ren)(ren)都被族誅。
潁川庾(yu)(yu)(yu)(yu)(yu)氏(shi)是(shi)高門(men)望族，勢力(li)強盛，庾(yu)(yu)(yu)(yu)(yu)希(xi)、庾(yu)(yu)(yu)(yu)(yu)倩(qian)等兄(xiong)(xiong)弟六(liu)人皆為朝中(zhong)顯(xian)貴，深為桓(huan)溫(wen)所忌。庾(yu)(yu)(yu)(yu)(yu)倩(qian)、庾(yu)(yu)(yu)(yu)(yu)柔(rou)被誅后，庾(yu)(yu)(yu)(yu)(yu)蘊飲鴆自盡，庾(yu)(yu)(yu)(yu)(yu)希(xi)則與(yu)弟弟庾(yu)(yu)(yu)(yu)(yu)邈、兒子(zi)庾(yu)(yu)(yu)(yu)(yu)攸之逃入海(hai)陵（今(jin)江蘇泰州）陂澤。青州刺(ci)史武沈是(shi)庾(yu)(yu)(yu)(yu)(yu)希(xi)表兄(xiong)(xiong)，暗(an)中(zhong)為他供應糧餉。庾(yu)(yu)(yu)(yu)(yu)友因兒媳桓(huan)氏(shi)是(shi)桓(huan)溫(wen)侄女，得(de)到求情，最(zui)終得(de)以幸免。
咸安二年（372年），桓溫得知庾(yu)(yu)(yu)希(xi)(xi)兄(xiong)弟(di)的蹤跡，派軍隊搜捕。庾(yu)(yu)(yu)希(xi)(xi)遂(sui)與武(wu)沈之子武(wu)遵(zun)在海(hai)邊(bian)聚眾搶奪船只，乘(cheng)夜攻入京口(kou)，趕跑(pao)晉陵太(tai)守卞(bian)耽(dan)。他們打開監獄(yu)，放出數百囚徒，發放兵(bing)器(qi)，宣稱奉密旨除桓溫。卞(bian)耽(dan)逃(tao)往曲阿（今江蘇丹陽），征發諸(zhu)縣(xian)鄉(xiang)兵(bing)兩(liang)千(qian)人，與庾(yu)(yu)(yu)希(xi)(xi)對抗(kang)。庾(yu)(yu)(yu)希(xi)(xi)戰敗，退守城池。桓溫又命(ming)東海(hai)太(tai)守周(zhou)少(shao)孫(sun)征討。周(zhou)少(shao)孫(sun)攻克京口(kou)，擒(qin)獲庾(yu)(yu)(yu)希(xi)(xi)等人。最終，庾(yu)(yu)(yu)希(xi)(xi)、庾(yu)(yu)(yu)邈、武(wu)遵(zun)以及子侄(zhi)、部眾全被斬于建(jian)康。
拒不入朝
簡文帝繼位不久，便進封桓溫(wen)為丞相(xiang)，留其(qi)在京師輔(fu)政。桓溫(wen)辭(ci)讓不受，率軍返回白石（今安(an)徽當(dang)涂西），還鎮姑(gu)孰。后來，簡文帝又派侍中王坦之征召桓溫(wen)，請其(qi)入朝輔(fu)政，并(bing)增食(shi)邑萬戶。桓溫(wen)再次推辭(ci)。
咸安(an)二年（372年）七月，簡(jian)文(wen)帝(di)病重，急(ji)召桓溫回(hui)朝，并(bing)在一晝夜內(nei)連發四道詔書。桓溫仍推(tui)辭不肯入朝。簡(jian)文(wen)帝(di)只得傳(chuan)下遺(yi)詔，讓桓溫攝(she)(she)政(zheng)，效仿周公。但侍中(zhong)王(wang)坦之卻據理力爭(zheng)，將(jiang)遺(yi)詔中(zhong)的“攝(she)(she)政(zheng)”改為(wei)(wei)“輔(fu)政(zheng)”，依照諸葛亮、王(wang)導舊例。隨即，簡(jian)文(wen)帝(di)駕崩。桓溫原以為(wei)(wei)簡(jian)文(wen)帝(di)臨死會禪位給自己(ji)，或讓自己(ji)攝(she)(she)政(zheng)，而今大失所(suo)望，怨憤不已。
簡文帝(di)(di)駕崩后(hou)(hou)，群(qun)臣懼于桓(huan)溫，不敢(gan)擁(yong)立(li)太(tai)子(zi)，都認為(wei)應請桓(huan)溫決定。尚書仆(pu)射王彪(biao)之極(ji)力反對，太(tai)子(zi)司馬曜方(fang)才得(de)以繼位，是(shi)為(wei)晉孝武帝(di)(di)。褚太(tai)后(hou)(hou)認為(wei)孝武帝(di)(di)年幼，且正在居(ju)喪期間(jian)，再次提議讓桓(huan)溫攝政，結果被王彪(biao)之阻止(zhi)。
病重而死
寧康元年(nian)（373年(nian)）二月(yue)，桓(huan)(huan)溫(wen)(wen)帶兵入(ru)朝，拜謁皇陵。當(dang)時，京(jing)(jing)中流言四起，都(dou)說他此次入(ru)京(jing)(jing)是要誅除王(wang)謝、顛覆晉朝。朝廷(ting)命(ming)謝安、王(wang)坦(tan)之率百官到新亭（今南京(jing)(jing)西(xi)）迎接，拜于道側，朝中位望稍高者皆驚慌失措。但桓(huan)(huan)溫(wen)(wen)卻只以“盧(lu)悚入(ru)宮(gong)”一案，將尚(shang)書陸始收(shou)付(fu)廷(ting)尉。不(bu)久，桓(huan)(huan)溫(wen)(wen)患病，返回(hui)姑(gu)孰，前后在京(jing)(jing)不(bu)過(guo)十四天。
桓溫(wen)回到(dao)姑孰后，病漸沉重，但仍逼朝廷(ting)加其(qi)九錫之禮，并多次(ci)派人催促。謝安、王(wang)坦之見桓溫(wen)病重，以袁宏所(suo)撰錫文不好(hao)為(wei)由命其(qi)修改，借此(ci)拖延。
桓(huan)(huan)溫死后，將兵權交付(fu)弟弟桓(huan)(huan)沖，南郡公爵位則(ze)由幼(you)子(zi)桓(huan)(huan)玄襲封(feng)。世(shi)子(zi)桓(huan)(huan)熙(xi)不服，遂與叔父桓(huan)(huan)秘、弟弟桓(huan)(huan)濟謀殺桓(huan)(huan)沖，結果被(bei)桓(huan)(huan)沖發覺(jue)，都被(bei)流(liu)放長沙。元興二(er)年(nian)(nian)（403年(nian)(nian)）十一月(yue)，桓(huan)(huan)玄代晉(jin)稱帝(di)，建立桓(huan)(huan)楚，追尊桓(huan)(huan)溫為(wei)宣武皇帝(di)，廟號(hao)太祖(zu)，墓為(wei)永崇陵。
根據《隋(sui)書(shu)·經(jing)籍志(zhi)》記(ji)載(zai)，桓溫著有文集四十(shi)三(san)卷(juan)，但在(zai)隋(sui)朝時只剩十(shi)一(yi)卷(juan)。而(er)據《舊唐書(shu)·經(jing)籍志(zhi)》、《新唐書(shu)·藝文志(zhi)》記(ji)載(zai)，《桓溫集》有二十(shi)卷(juan)。
清人嚴可均在編撰《全晉文(wen)(wen)》時(shi)，收(shou)錄有其文(wen)(wen)十(shi)八(ba)篇，代(dai)表(biao)作(zuo)有《檄胡文(wen)(wen)》、《上疏(shu)陳便宜七事》、《上疏(shu)廢殷浩》、《請還都(dou)洛陽疏(shu)》、《上疏(shu)自陳》、《辭參朝政疏(shu)》。
西平巴蜀
東晉政權地(di)(di)處(chu)上江下游(you)，若(ruo)欲長治久安，必(bi)(bi)須依賴上游(you)的巴(ba)蜀地(di)(di)區(qu)。只有上游(you)可(ke)靠，下游(you)才(cai)會安全。蜀滅于魏，孫(sun)吳遂難自保，“一片降(jiang)幡(fan)出石(shi)頭”，東晉不可(ke)不鑒(jian)。巴(ba)蜀地(di)(di)區(qu)戰略(lve)地(di)(di)位(wei)重(zhong)要，則消滅成漢政權也就勢所必(bi)(bi)然。
永和二年(nian)(nian)(nian)（346年(nian)(nian)(nian)）十(shi)一(yi)月(yue)，桓溫(wen)率軍(jun)西(xi)征(zheng)，并于次年(nian)(nian)(nian)（347年(nian)(nian)(nian)）三月(yue)攻(gong)克成(cheng)都(dou)，逼降成(cheng)漢末代皇帝李(li)勢(shi)，隨即(ji)又平(ping)定李(li)勢(shi)舊部鄧定、隗文的反叛(pan)。成(cheng)漢政權(quan)割據蜀地四十(shi)四年(nian)(nian)(nian)，至此而亡。西(xi)征(zheng)的勝利，不(bu)但(dan)使桓溫(wen)威名日盛，也為日后的北伐行動(dong)提供(gong)了(le)穩固的后方，增強(qiang)了(le)國(guo)力。
北伐中原
東晉立國江東，南方漢(han)族(zu)政(zheng)權(quan)(quan)及(ji)其統(tong)治(zhi)下的(de)(de)漢(han)族(zu)廣大人(ren)民與北(bei)方少數民族(zu)統(tong)治(zhi)者之間(jian)的(de)(de)民族(zu)矛(mao)盾(dun)，成為(wei)當時(shi)歷史(shi)的(de)(de)主(zhu)要(yao)矛(mao)盾(dun)。自(zi)王導提出“克復神州”的(de)(de)口(kou)號(hao)后，庾亮、庾翼(yi)、褚裒、殷浩都曾率(lv)軍北(bei)伐，希望能收復故土。而桓溫(wen)在掌控朝廷內外(wai)大權(quan)(quan)后，也開始了他的(de)(de)三次(ci)北(bei)伐，史(shi)稱“桓溫(wen)北(bei)伐”。
永和十(shi)年（354年），桓溫北(bei)伐(fa)前(qian)秦(qin)，兵鋒直指霸上，逼得前(qian)秦(qin)皇帝苻健退守長安內城(cheng)。永和十(shi)二年（356年），桓溫進兵河南，在伊水(shui)擊敗羌帥(shuai)姚(yao)襄(xiang)，收復舊都洛陽。但他(ta)太和四(si)年（369年），桓溫北(bei)伐(fa)前(qian)燕，一直打(da)到(dao)枋頭，距前(qian)燕國都鄴城(cheng)只(zhi)有二百多里，還收復了(le)淮水(shui)以北(bei)的廣(guang)大地區，可惜最終以失敗告終。
桓溫三(san)次北伐是王(wang)導(dao)“克復神(shen)州”口(kou)號的(de)(de)付諸實踐，恢復了(le)部分失地，打擊(ji)了(le)氐族(zu)(zu)、羌族(zu)(zu)、鮮卑族(zu)(zu)的(de)(de)統治者殘暴統治，并以實際行動支持(chi)了(le)北方(fang)各(ge)族(zu)(zu)人(ren)民(min)的(de)(de)反壓迫斗爭，這些是符合(he)當時(shi)中原人(ren)民(min)愿望的(de)(de)。
疏陳七事
桓溫(wen)在進行北伐的(de)(de)同時，深感朝廷“外(wai)難未弭，內弊交興”，曾(ceng)提出著(zhu)名的(de)(de)《七項事宜疏(shu)》：
抑制朋黨，杜絕因(yin)政見不(bu)同(tong)而(er)相互傾軋；
合并、裁撤冗余(yu)的官職；
重視機要政務，對公(gong)文案卷(juan)的處理要限制時日(ri)；
明確長幼之禮，獎勵(li)忠實、公正的官吏；
褒獎懲罰，應(ying)與事實(shi)相符；
繼承、遵守古(gu)制，弘揚(yang)學業；
選派(pai)史(shi)官，編修(xiu)晉書(shu)。
推行土斷
東(dong)晉(jin)朝廷(ting)渡江(jiang)以來，對北來流(liu)民采取優待政策，并設置大量的僑(qiao)(qiao)州郡(jun)縣(xian)（僑(qiao)(qiao)州、僑(qiao)(qiao)郡(jun)、僑(qiao)(qiao)縣(xian)）予(yu)以安置，稱為(wei)僑(qiao)(qiao)人。僑(qiao)(qiao)人的戶籍(ji)稱為(wei)白籍(ji)，不算正式戶籍(ji)，也不負(fu)(fu)擔國家(jia)的賦役。世族地主利用特(te)權，蔭庇大量流(liu)民，侵占良田，逃避(bi)賦役。自(zi)咸和年間(jian)起(qi)，東(dong)晉(jin)政府開始實(shi)行土斷，撤銷(xiao)僑(qiao)(qiao)置郡(jun)縣(xian)與僑(qiao)(qiao)籍(ji)，通過清查戶口(kou)讓僑(qiao)(qiao)民入當地戶籍(ji)，同時擔負(fu)(fu)課稅(shui)與徭役，以穩定(ding)國家(jia)稅(shui)收。
興(xing)寧(ning)二年（364年）三(san)月(yue)初(chu)一(yi)（庚(geng)戌日），桓溫受命主持土斷，史稱(cheng)“庚(geng)戌土斷”。他不斷土斷僑居人戶(hu)(hu)，對(dui)世(shi)族貴(gui)戚隱占人口也進行糾(jiu)查，對(dui)隱匿(ni)戶(hu)(hu)口的(de)予(yu)以(yi)懲處。彭城王司(si)馬玄(xuan)因違禁藏匿(ni)流民五(wu)戶(hu)(hu)，被下廷(ting)尉問罪(zui)。僅會稽郡便“亡戶(hu)(hu)歸口三(san)萬余口”。這(zhe)次土斷卓有成效，使僑戶(hu)(hu)上籍納(na)租，限制了(le)士族特權(quan)，增(zeng)加了(le)政府租稅調(diao)役的(de)來源，還大大提高(gao)了(le)東晉的(de)經濟與軍事實力，為太(tai)和四年的(de)伐燕之(zhi)戰(zhan)，以(yi)及后來的(de)淝水之(zhi)戰(zhan)的(de)勝利奠定了(le)基礎。
提拔人才
東(dong)晉(jin)是典型(xing)的(de)門(men)閥政(zheng)治，世族門(men)閥完(wan)全壟斷(duan)中央政(zheng)權。九品中正制成(cheng)為門(men)閥貴(gui)族仕進、升遷和(he)壟斷(duan)政(zheng)治的(de)工具，進一(yi)步(bu)確立了(le)(le)“舉(ju)賢不出世族，用法不及(ji)權貴(gui)”的(de)政(zheng)治準則(ze)(ze)，導致了(le)(le)“貴(gui)仕素資，皆由門(men)慶(qing)，平(ping)流(liu)進取(qu)，坐至(zhi)公卿”的(de)現象。高(gao)門(men)士族世代擔(dan)任(ren)高(gao)官美職(zhi)，寒(han)門(men)地主則(ze)(ze)無進升之階(jie)。但桓溫卻能夠招納士人、任(ren)賢使(shi)能，他(ta)主要：
尋訪(fang)隱逸之(zhi)士(shi)：兩(liang)晉(jin)時期(qi)，很多志士(shi)仁人修身(shen)自保，“藏聲江海(hai)之(zhi)上，卷跡囂氛之(zhi)表”。僅據《晉(jin)書·隱逸列(lie)傳》記載，桓(huan)溫便曾(ceng)先后推(tui)薦、拜(bai)訪(fang)孟陋、譙秀、瞿硎先生。
辟舉寒門士人：車胤的父親只是(shi)一名郡主簿，但因(yin)學習刻(ke)苦(ku)，能(neng)辨識義(yi)理(li)，得到桓溫所重，被辟為從事。
敬重(zhong)高門士族中(zhong)賢(xian)達而有才干的人：謝安是(shi)晉(jin)代名相，出(chu)身(shen)謝氏高門，早年隱居不出(chu)，桓(huan)溫(wen)數次征召，終(zhong)于將(jiang)他請出(chu)，加以重(zhong)用。此外，袁宏、顧愷(kai)之等人皆是(shi)高門出(chu)身(shen)，都曾得到(dao)桓(huan)溫(wen)的器重(zhong)。
對(dui)新征服地區，從“行陣”、“亡虜”之內提(ti)拔賢良：桓溫平蜀后將成漢舊(jiu)臣王(wang)(wang)誓、王(wang)(wang)瑜(yu)、鄧定、常璩(qu)等人辟為(wei)參軍。
桓溫生活簡樸，富(fu)有軍政之才，很熟悉兵法，也(ye)善于用兵，但并不是一個出色的(de)軍事(shi)家。其戰(zhan)績是負多勝(sheng)少，而(er)且多數是先勝(sheng)后敗。桓溫一生主要有四次(ci)(ci)征(zheng)戰(zhan)，即一次(ci)(ci)西征(zheng)和三次(ci)(ci)北伐。西征(zheng)之役(yi)勝(sheng)之僥幸；第二次(ci)(ci)北伐雖勝(sheng)，但規模不大(da)；第一、三次(ci)(ci)北伐則都是慘敗而(er)歸(gui)。這有主客觀二方面的(de)原因。
從(cong)主(zhu)觀(guan)(guan)上來說，桓(huan)(huan)溫北(bei)伐不(bu)是(shi)真(zhen)正(zheng)想收復中原(yuan)，而(er)是(shi)志(zhi)在(zai)立(li)威(wei)(wei)，企(qi)圖(tu)通過(guo)北(bei)伐，樹立(li)個(ge)人(ren)威(wei)(wei)信，伺機(ji)取晉室而(er)代之。因(yin)此(ci)，他在(zai)作戰中務求持重，在(zai)大好形勢下常常觀(guan)(guan)望不(bu)進(jin)，貽(yi)誤戰機(ji)。桓(huan)(huan)溫確實很熟(shu)悉(xi)兵(bing)法，也善于用兵(bing)，但(dan)(dan)還不(bu)是(shi)一(yi)個(ge)出(chu)類撥(bo)萃(cui)的軍事家。用兵(bing)貴在(zai)多謀善斷，相機(ji)而(er)動。桓(huan)(huan)溫于此(ci)卻略遜一(yi)籌。他多次在(zai)大好形勢下觀(guan)(guan)望不(bu)進(jin)，雖與他志(zhi)在(zai)立(li)威(wei)(wei)，無意真(zhen)正(zheng)北(bei)伐有(you)關，但(dan)(dan)也反映出(chu)他用兵(bing)不(bu)善于捕(bu)捉戰機(ji)，缺(que)乏靈活性(xing)。
從(cong)客觀上來說(shuo)，東晉君臣無(wu)意恢(hui)復失地，志在(zai)割江自保(bao)，又桓溫(wen)(wen)權(quan)勢(shi)日(ri)增，朝廷對其深(shen)懷戒心(xin)，因此其北伐得不到(dao)真(zhen)正的支持(chi)。當桓溫(wen)(wen)大(da)軍進(jin)展順利(li)之(zhi)時，申(shen)胤就曾預料說(shuo)：“以溫(wen)(wen)今日(ri)聲勢(shi)，似能(neng)有為(wei)，然在(zai)吾(wu)觀之(zhi)，必(bi)無(wu)成功(gong)。何則？晉室衰微，溫(wen)(wen)專制其國，晉之(zhi)朝臣未必(bi)皆與之(zhi)同心(xin)。故溫(wen)(wen)之(zhi)得志，眾所不愿也，必(bi)將乖阻以敗其事”。這是正確的分(fen)析(xi)。
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