402年(nian)(nian)司(si)馬(ma)元顯(xian)(xian)為了(le)避免桓玄(xuan)乘亂(luan)偷襲,搶先西征,任劉(liu)(liu)牢之(zhi)(zhi)為先鋒,司(si)馬(ma)尚之(zhi)(zhi)為后(hou)部(bu)(bu)。桓玄(xuan)也率軍(jun)東下(xia),最(zui)后(hou)大破司(si)馬(ma)尚之(zhi)(zhi)。劉(liu)(liu)牢之(zhi)(zhi)認(ren)為司(si)馬(ma)元顯(xian)(xian)無(wu)用,倒戈引桓軍(jun)入建(jian)康。桓玄(xuan)控制朝廷(ting),誅殺(sha)異己,先后(hou)殺(sha)司(si)馬(ma)元顯(xian)(xian)與道子,并奪取劉(liu)(liu)牢之(zhi)(zhi)兵權,誅戮部(bu)(bu)分北(bei)府將領,提拔北(bei)府將領劉(liu)(liu)裕(yu)。他最(zui)初有意革新朝廷(ting),但最(zui)后(hou)豪奢縱欲,政令無(wu)常(chang),漸失人心。403年(nian)(nian)桓玄(xuan)篡位(wei)稱帝(di)(di),建(jian)國桓楚。隔(ge)年(nian)(nian)劉(liu)(liu)裕(yu)同北(bei)府舊將何無(wu)忌(ji)、劉(liu)(liu)毅(yi)舉(ju)兵,收(shou)復建(jian)康,桓玄(xuan)挾(xie)晉安帝(di)(di)西撤江陵。不久桓玄(xuan)又(you)率軍(jun)東下(xia),被(bei)劉(liu)(liu)毅(yi)擊(ji)敗,在逃往蜀地途中(zhong)被(bei)馮遷(qian)所(suo)殺(sha)。而后(hou)桓振、桓謙(qian)又(you)挾(xie)晉安帝(di)(di)反抗(kang),劉(liu)(liu)裕(yu)直到405年(nian)(nian)肅清桓氏勢(shi)力,得(de)以(yi)迎晉安帝(di)(di)復位(wei),掌控了(le)朝廷(ting)。
劉裕掌控朝廷(ting)后(hou)(hou),荊州(zhou)刺史劉毅忌妒,意圖舉兵(bing)(bing)。412年(nian)劉裕搶(qiang)先討伐(fa)劉毅,劉毅兵(bing)(bing)敗(bai)自殺(sha)。405年(nian),益州(zhou)刺史毛璩率(lv)軍討伐(fa)江陵(ling)桓振,蜀(shu)軍不愿(yuan)遠征,推譙(qiao)(qiao)縱為首叛晉,譙(qiao)(qiao)蜀(shu)建(jian)立。蜀(shu)軍隨后(hou)(hou)攻(gong)陷成(cheng)都,殺(sha)死毛璩,譙(qiao)(qiao)縱自號(hao)成(cheng)都王。408年(nian)晉廷(ting)派劉敬宣率(lv)軍討伐(fa)但(dan)失敗(bai)。413年(nian)劉裕派西陵(ling)太守朱(zhu)齡(ling)石率(lv)軍西伐(fa),攻(gong)占成(cheng)都。譙(qiao)(qiao)縱敗(bai)退自殺(sha),譙(qiao)(qiao)蜀(shu)亡。
盧(lu)(lu)循(xun)為(wei)孫恩繼承人,桓玄為(wei)安(an)撫他任(ren)為(wei)永嘉太守,但他仍不斷襲擾沿海。404年(nian)盧(lu)(lu)循(xun)由海路攻(gong)占(zhan)廣(guang)州(zhou),隔(ge)年(nian)晉廷又任(ren)命他為(wei)廣(guang)州(zhou)刺史。410年(nian)盧(lu)(lu)循(xun)趁劉(liu)裕北(bei)伐(fa)南燕之(zhi)(zhi)機,與其姐夫徐(xu)(xu)(xu)道(dao)(dao)覆分(fen)二(er)路北(bei)伐(fa),于桑洛(luo)州(zhou)合力(li)擊潰劉(liu)毅(yi)(今江(jiang)西九江(jiang)市),乘(cheng)勢攻(gong)入京(jing)師建康,史稱盧(lu)(lu)循(xun)之(zhi)(zhi)亂(luan)。此時劉(liu)裕回(hui)撤,盧(lu)(lu)循(xun)和徐(xu)(xu)(xu)道(dao)(dao)覆發生內訌,盧(lu)(lu)循(xun)久攻(gong)京(jing)師不破,撤守尋陽。10月徐(xu)(xu)(xu)道(dao)(dao)覆進攻(gong)江(jiang)陵,為(wei)守將(jiang)劉(liu)道(dao)(dao)規(gui)所(suo)敗。12月盧(lu)(lu)循(xun)被晉軍打敗,退守廣(guang)州(zhou)。411年(nian)劉(liu)裕派兵(bing)擊殺徐(xu)(xu)(xu)道(dao)(dao)覆。盧(lu)(lu)循(xun)最后于交州(zhou)被交州(zhou)刺史杜慧度殲滅,投水自殺,至(zhi)此亂(luan)事平(ping)定。
劉(liu)(liu)裕(yu)(yu)消(xiao)滅若干異己后(hou)(hou)(hou)(hou),先后(hou)(hou)(hou)(hou)發動兩次北(bei)伐(fa)。當時南(nan)(nan)(nan)(nan)燕(yan)(yan)慕容超(chao)屢(lv)屢(lv)入侵,409年劉(liu)(liu)裕(yu)(yu)率(lv)軍伐(fa)南(nan)(nan)(nan)(nan)燕(yan)(yan),次年攻破(po)南(nan)(nan)(nan)(nan)燕(yan)(yan)都城(cheng)廣固(gu)(今山(shan)東(dong)青州市),擒殺慕容超(chao),南(nan)(nan)(nan)(nan)燕(yan)(yan)亡(wang)。而后(hou)(hou)(hou)(hou)因盧循叛亂(luan),劉(liu)(liu)裕(yu)(yu)回師(shi)。后(hou)(hou)(hou)(hou)秦屢(lv)遭(zao)胡夏帝(di)赫(he)連勃(bo)勃(bo)入侵,國勢大(da)(da)衰,幼主(zhu)姚泓初立(li)。416年12月劉(liu)(liu)裕(yu)(yu)再度(du)北(bei)伐(fa),連克(ke)許昌、洛(luo)陽(yang)。隔年劉(liu)(liu)裕(yu)(yu)兵分兩路圍攻關(guan)中(zhong),最后(hou)(hou)(hou)(hou)攻破(po)長安,后(hou)(hou)(hou)(hou)秦亡(wang)。但該年冬(dong)天(tian),留守(shou)京(jing)師(shi)的劉(liu)(liu)穆之(zhi)突(tu)然(ran)去世,為免(mian)后(hou)(hou)(hou)(hou)方生變影響自己的篡(cuan)晉(jin)(jin)計(ji)劃,劉(liu)(liu)裕(yu)(yu)不得不返回京(jing)師(shi)。他命其幼子劉(liu)(liu)義真同王鎮(zhen)惡(e)、沈田子諸(zhu)將(jiang)防守(shou)長安,后(hou)(hou)(hou)(hou)來諸(zhu)將(jiang)內訌,胡夏帝(di)赫(he)連勃(bo)勃(bo)率(lv)軍攻擊。417年冬(dong)劉(liu)(liu)裕(yu)(yu)命劉(liu)(liu)義真等率(lv)軍東(dong)歸(gui),遭(zao)夏軍追(zhui)擊,元氣大(da)(da)傷(shang),至(zhi)此(ci)(ci)北(bei)伐(fa)結束(shu)。長安雖得而復失,良將(jiang)勁兵損(sun)失頗多,但收(shou)復之(zhi)地(di)(di)(di)并未損(sun)失多少,潼關(guan)以(yi)東(dong)收(shou)復的部分關(guan)中(zhong)之(zhi)地(di)(di)(di)和整個河南(nan)(nan)(nan)(nan)地(di)(di)(di)區(qu)(qu)仍然(ran)得到劉(liu)(liu)裕(yu)(yu)的重兵扼(e)守(shou)。經過兩次北(bei)伐(fa),黃河以(yi)南(nan)(nan)(nan)(nan)、淮(huai)水以(yi)北(bei)以(yi)及漢水上游的大(da)(da)片(pian)地(di)(di)(di)區(qu)(qu),為劉(liu)(liu)裕(yu)(yu)據(ju)有。同年劉(liu)(liu)裕(yu)(yu)殺晉(jin)(jin)安帝(di),立(li)其弟德(de)文(wen),為晉(jin)(jin)恭帝(di)。420年劉(liu)(liu)裕(yu)(yu)廢晉(jin)(jin)恭帝(di)自立(li),是為宋(song)(song)武帝(di),建國宋(song)(song),史稱南(nan)(nan)(nan)(nan)朝宋(song)(song),東(dong)晉(jin)(jin)至(zhi)此(ci)(ci)滅亡(wang),進(jin)入“南(nan)(nan)(nan)(nan)北(bei)朝時期”。此(ci)(ci)時北(bei)方仍處(chu)于五胡十六國時期,直(zhi)至(zhi)440年北(bei)魏(wei)統一后(hou)(hou)(hou)(hou)方形(xing)成南(nan)(nan)(nan)(nan)北(bei)朝對峙格(ge)局。