402年司(si)馬元顯(xian)為(wei)了(le)避免桓(huan)(huan)玄(xuan)乘亂偷襲,搶先(xian)西(xi)征(zheng),任(ren)劉(liu)(liu)(liu)牢(lao)之(zhi)(zhi)(zhi)為(wei)先(xian)鋒,司(si)馬尚之(zhi)(zhi)(zhi)為(wei)后(hou)部。桓(huan)(huan)玄(xuan)也率(lv)軍(jun)(jun)東(dong)下(xia),最后(hou)大破司(si)馬尚之(zhi)(zhi)(zhi)。劉(liu)(liu)(liu)牢(lao)之(zhi)(zhi)(zhi)認(ren)為(wei)司(si)馬元顯(xian)無用(yong),倒戈引(yin)桓(huan)(huan)軍(jun)(jun)入建康(kang)。桓(huan)(huan)玄(xuan)控制朝廷(ting),誅殺(sha)異己,先(xian)后(hou)殺(sha)司(si)馬元顯(xian)與道子,并奪取劉(liu)(liu)(liu)牢(lao)之(zhi)(zhi)(zhi)兵權,誅戮部分北(bei)府(fu)將(jiang)領,提(ti)拔北(bei)府(fu)將(jiang)領劉(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)。他最初有意(yi)革新(xin)朝廷(ting),但最后(hou)豪奢縱欲,政令無常(chang),漸失(shi)人心。403年桓(huan)(huan)玄(xuan)篡位稱帝(di),建國桓(huan)(huan)楚。隔(ge)年劉(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)同北(bei)府(fu)舊將(jiang)何(he)無忌、劉(liu)(liu)(liu)毅舉兵,收(shou)復(fu)建康(kang),桓(huan)(huan)玄(xuan)挾晉(jin)安帝(di)西(xi)撤江陵。不(bu)久(jiu)桓(huan)(huan)玄(xuan)又(you)率(lv)軍(jun)(jun)東(dong)下(xia),被(bei)劉(liu)(liu)(liu)毅擊敗,在逃(tao)往蜀(shu)地途中(zhong)被(bei)馮(feng)遷所(suo)殺(sha)。而(er)后(hou)桓(huan)(huan)振(zhen)、桓(huan)(huan)謙又(you)挾晉(jin)安帝(di)反抗(kang),劉(liu)(liu)(liu)裕(yu)(yu)直到405年肅清桓(huan)(huan)氏勢力(li),得(de)以迎晉(jin)安帝(di)復(fu)位,掌控了(le)朝廷(ting)。
劉裕掌控(kong)朝(chao)廷后,荊州刺(ci)史(shi)劉毅(yi)忌妒,意(yi)圖(tu)舉(ju)兵(bing)。412年劉裕搶先討(tao)伐劉毅(yi),劉毅(yi)兵(bing)敗自(zi)(zi)殺(sha)。405年,益州刺(ci)史(shi)毛璩(qu)率軍(jun)(jun)討(tao)伐江陵桓(huan)振(zhen),蜀(shu)軍(jun)(jun)不愿(yuan)遠征,推譙縱為首叛晉,譙蜀(shu)建立。蜀(shu)軍(jun)(jun)隨后攻陷成都(dou),殺(sha)死毛璩(qu),譙縱自(zi)(zi)號(hao)成都(dou)王(wang)。408年晉廷派(pai)劉敬宣率軍(jun)(jun)討(tao)伐但(dan)失敗。413年劉裕派(pai)西陵太(tai)守(shou)朱齡(ling)石(shi)率軍(jun)(jun)西伐,攻占(zhan)成都(dou)。譙縱敗退自(zi)(zi)殺(sha),譙蜀(shu)亡(wang)。
盧(lu)(lu)(lu)循(xun)為孫(sun)恩繼承人,桓(huan)玄(xuan)為安撫(fu)他任為永嘉太(tai)守,但他仍不(bu)(bu)斷襲(xi)擾沿海。404年(nian)盧(lu)(lu)(lu)循(xun)由海路(lu)攻(gong)占廣(guang)州(zhou),隔年(nian)晉(jin)(jin)廷又(you)任命他為廣(guang)州(zhou)刺(ci)史。410年(nian)盧(lu)(lu)(lu)循(xun)趁劉裕(yu)北伐(fa)南燕之(zhi)機,與(yu)其姐夫(fu)徐道(dao)(dao)覆(fu)(fu)分二(er)路(lu)北伐(fa),于(yu)桑洛州(zhou)合力(li)擊(ji)潰劉毅(今(jin)江(jiang)西九江(jiang)市),乘勢(shi)攻(gong)入京師(shi)建(jian)康,史稱盧(lu)(lu)(lu)循(xun)之(zhi)亂(luan)。此時劉裕(yu)回(hui)撤,盧(lu)(lu)(lu)循(xun)和徐道(dao)(dao)覆(fu)(fu)發生內訌(hong),盧(lu)(lu)(lu)循(xun)久攻(gong)京師(shi)不(bu)(bu)破,撤守尋陽。10月徐道(dao)(dao)覆(fu)(fu)進攻(gong)江(jiang)陵,為守將劉道(dao)(dao)規所敗(bai)(bai)。12月盧(lu)(lu)(lu)循(xun)被晉(jin)(jin)軍(jun)打敗(bai)(bai),退守廣(guang)州(zhou)。411年(nian)劉裕(yu)派兵擊(ji)殺徐道(dao)(dao)覆(fu)(fu)。盧(lu)(lu)(lu)循(xun)最后于(yu)交(jiao)州(zhou)被交(jiao)州(zhou)刺(ci)史杜慧度(du)殲滅,投(tou)水自(zi)殺,至此亂(luan)事平定。
劉裕(yu)(yu)消滅若干異(yi)己(ji)后(hou)(hou)(hou),先(xian)后(hou)(hou)(hou)發動兩次(ci)(ci)北(bei)(bei)(bei)(bei)(bei)伐(fa)。當時南(nan)(nan)(nan)(nan)燕(yan)慕(mu)(mu)容(rong)超屢屢入(ru)(ru)侵(qin)(qin),409年(nian)(nian)劉裕(yu)(yu)率(lv)軍伐(fa)南(nan)(nan)(nan)(nan)燕(yan),次(ci)(ci)年(nian)(nian)攻(gong)破南(nan)(nan)(nan)(nan)燕(yan)都城廣固(今山東青州市),擒殺(sha)慕(mu)(mu)容(rong)超,南(nan)(nan)(nan)(nan)燕(yan)亡。而(er)后(hou)(hou)(hou)因(yin)盧循叛亂,劉裕(yu)(yu)回(hui)師(shi)。后(hou)(hou)(hou)秦屢遭胡(hu)(hu)夏(xia)帝(di)(di)赫連勃(bo)勃(bo)入(ru)(ru)侵(qin)(qin),國(guo)勢大衰,幼主姚泓初(chu)立(li)(li)。416年(nian)(nian)12月劉裕(yu)(yu)再度北(bei)(bei)(bei)(bei)(bei)伐(fa),連克(ke)許昌、洛(luo)陽。隔(ge)年(nian)(nian)劉裕(yu)(yu)兵(bing)分兩路(lu)圍攻(gong)關中,最后(hou)(hou)(hou)攻(gong)破長(chang)安(an),后(hou)(hou)(hou)秦亡。但(dan)該年(nian)(nian)冬天(tian),留守京師(shi)的(de)(de)劉穆之(zhi)突然去世,為免后(hou)(hou)(hou)方生變影響自己(ji)的(de)(de)篡晉(jin)(jin)計(ji)劃(hua),劉裕(yu)(yu)不得(de)(de)不返回(hui)京師(shi)。他命其幼子劉義真同王(wang)鎮(zhen)惡、沈田子諸將(jiang)防守長(chang)安(an),后(hou)(hou)(hou)來諸將(jiang)內訌,胡(hu)(hu)夏(xia)帝(di)(di)赫連勃(bo)勃(bo)率(lv)軍攻(gong)擊。417年(nian)(nian)冬劉裕(yu)(yu)命劉義真等(deng)率(lv)軍東歸,遭夏(xia)軍追擊,元氣大傷,至此(ci)北(bei)(bei)(bei)(bei)(bei)伐(fa)結束。長(chang)安(an)雖得(de)(de)而(er)復失,良將(jiang)勁(jing)兵(bing)損(sun)失頗(po)多,但(dan)收復之(zhi)地(di)并未損(sun)失多少,潼關以(yi)(yi)東收復的(de)(de)部分關中之(zhi)地(di)和整個河(he)南(nan)(nan)(nan)(nan)地(di)區仍然得(de)(de)到劉裕(yu)(yu)的(de)(de)重兵(bing)扼守。經過兩次(ci)(ci)北(bei)(bei)(bei)(bei)(bei)伐(fa),黃河(he)以(yi)(yi)南(nan)(nan)(nan)(nan)、淮水(shui)(shui)以(yi)(yi)北(bei)(bei)(bei)(bei)(bei)以(yi)(yi)及(ji)漢水(shui)(shui)上游的(de)(de)大片地(di)區,為劉裕(yu)(yu)據有。同年(nian)(nian)劉裕(yu)(yu)殺(sha)晉(jin)(jin)安(an)帝(di)(di),立(li)(li)其弟德文,為晉(jin)(jin)恭(gong)(gong)帝(di)(di)。420年(nian)(nian)劉裕(yu)(yu)廢(fei)晉(jin)(jin)恭(gong)(gong)帝(di)(di)自立(li)(li),是(shi)為宋武帝(di)(di),建國(guo)宋,史稱(cheng)南(nan)(nan)(nan)(nan)朝(chao)宋,東晉(jin)(jin)至此(ci)滅亡,進入(ru)(ru)“南(nan)(nan)(nan)(nan)北(bei)(bei)(bei)(bei)(bei)朝(chao)時期”。此(ci)時北(bei)(bei)(bei)(bei)(bei)方仍處(chu)于五胡(hu)(hu)十(shi)六國(guo)時期,直至440年(nian)(nian)北(bei)(bei)(bei)(bei)(bei)魏(wei)統(tong)一后(hou)(hou)(hou)方形成南(nan)(nan)(nan)(nan)北(bei)(bei)(bei)(bei)(bei)朝(chao)對峙(zhi)格局。