十(shi)(shi)八世紀前(qian)期的(de)尼泊(bo)爾(er)(er)分為(wei)數十(shi)(shi)個互不統(tong)屬的(de)部(bu)族。居住在加德(de)滿(man)都谷地的(de)陽布(bu)（今加德(de)滿(man)都）、廓庫穆（巴(ba)德(de)崗）、葉楞（帕坦）三部(bu)落(luo)于雍正年(nian)(nian)間入貢(gong)中國，清(qing)(qing)人依藏語讀(du)音稱之為(wei)巴(ba)勒(le)(le)布(bu)。十(shi)(shi)八世紀后期，居于巴(ba)勒(le)(le)布(bu)西北的(de)廓爾(er)(er)喀(ka)(ka)部(bu)族興起。廓爾(er)(er)喀(ka)(ka)人在沙阿(a)王朝(chao)的(de)普(pu)利特維(wei)·納(na)拉揚·沙阿(a)（清(qing)(qing)朝(chao)譯作(zuo)“博(bo)納(na)喇赤”）統(tong)治時期，趁巴(ba)勒(le)(le)布(bu)內亂，“漸(jian)次(ci)將巴(ba)勒(le)(le)布(bu)三部(bu)落(luo)侵奪，周圍二十(shi)(shi)余(yu)處部(bu)落(luo)，全行(xing)占據”。乾隆(long)三十(shi)(shi)四年(nian)(nian)（1769年(nian)(nian)），廓爾(er)(er)喀(ka)(ka)遷(qian)都至原屬巴(ba)勒(le)(le)布(bu)的(de)陽布(bu)，形成了統(tong)一的(de)尼泊(bo)爾(er)(er)王國（又稱廓爾(er)(er)喀(ka)(ka)王國）。
尼泊爾(er)(er)(er)境內多高(gao)山，地狹人稠，“國(guo)內之民難于自給，亦必別覓(mi)出口”，迫切需要向(xiang)周邊擴張領土。乾隆(long)四十二(er)年(nian)（1777年(nian)），年(nian)幼(you)的(de)(de)喇納巴(ba)都爾(er)(er)(er)（拉納·巴(ba)哈杜爾(er)(er)(er)·沙(sha)阿）繼承王位后，其叔巴(ba)都爾(er)(er)(er)薩(sa)野（Bahadur Shah）攝政，將擴張矛頭指(zhi)向(xiang)北方(fang)的(de)(de)西藏(zang)。
廓(kuo)爾(er)(er)喀與后藏交(jiao)界，貿(mao)易關(guan)系密切。乾隆帝五十三年（1788年），藏廓(kuo)發(fa)生(sheng)(sheng)貿(mao)易糾紛，適逢六世班(ban)禪之(zhi)弟(di)沙瑪(ma)爾(er)(er)巴(ba)正與其(qi)兄(xiong)仲(zhong)巴(ba)呼圖克圖發(fa)生(sheng)(sheng)內爭，沙瑪(ma)爾(er)(er)巴(ba)請求廓(kuo)爾(er)(er)喀兵相助。于(yu)是，廓(kuo)爾(er)(er)喀兵以(yi)“西藏運往之(zhi)食(shi)鹽摻(chan)土”等為借口，乘機進攻西藏。
乾(qian)隆四十(shi)五年（1780年），六世(shi)班禪額(e)爾(er)(er)德尼(ni)在(zai)北京圓寂。班禪之兄仲巴(ba)呼(hu)(hu)圖克(ke)圖護(hu)送班禪靈柩(jiu)返(fan)回日喀(ka)則札(zha)什倫布(bu)(bu)寺，得到乾(qian)隆皇帝(di)賞(shang)賜(si)(si)及王公貴(gui)族供奉的大(da)量金銀寶物，“無慮數(shu)十(shi)萬金”，“珍(zhen)寶不可勝計”。仲巴(ba)呼(hu)(hu)圖克(ke)圖有(you)一同母(mu)異父(fu)之弟，為(wei)白(bai)教沙(sha)瑪爾(er)(er)巴(ba)活佛，與信(xin)奉黃(huang)教的仲巴(ba)呼(hu)(hu)圖克(ke)圖不睦。仲巴(ba)呼(hu)(hu)圖克(ke)圖將(jiang)乾(qian)隆皇帝(di)賞(shang)賜(si)(si)之財物“悉踞(ju)為(wei)己有(you)，既不布(bu)(bu)施各寺，番兵、喇嘛等亦一無所(suo)(suo)與”。沙(sha)瑪爾(er)(er)巴(ba)垂涎(xian)其財物不得，遂生怨忿，乃以朝拜(bai)佛塔為(wei)名出走至尼(ni)泊爾(er)(er)。廓(kuo)爾(er)(er)喀(ka)王族尊崇紅教，素與沙(sha)瑪爾(er)(er)巴(ba)通(tong)好。沙(sha)瑪爾(er)(er)巴(ba)極(ji)言札(zha)什倫布(bu)(bu)寺所(suo)(suo)得財物之豐厚，又將(jiang)藏兵虛實相告，唆(suo)使廓(kuo)爾(er)(er)喀(ka)入(ru)藏劫掠。
清代西(xi)藏(zang)(zang)所用之銀(yin)錢，原為藏(zang)(zang)人將(jiang)白銀(yin)交予(yu)巴勒(le)(le)布(bu)人，委托其(qi)鑄(zhu)成巴勒(le)(le)布(bu)銀(yin)幣（藏(zang)(zang)語稱之為“章噶(ga)”），再(zai)運(yun)回藏(zang)(zang)內使用。巴勒(le)(le)布(bu)人往往從中摻雜(za)銅、鉛(qian)，再(zai)運(yun)回西(xi)藏(zang)(zang)換取純銀(yin)，以謀厚利。廓爾喀(ka)兼并巴勒(le)(le)布(bu)各部之后，鑄(zhu)造(zao)新錢，其(qi)成色較巴勒(le)(le)布(bu)錢為高，故要求(qiu)西(xi)藏(zang)(zang)將(jiang)廓爾喀(ka)新錢1圓折(zhe)巴勒(le)(le)布(bu)舊錢兩圓使用。西(xi)藏(zang)(zang)噶(ga)廈(sha)認(ren)為折(zhe)價不(bu)公，未(wei)予(yu)應(ying)允。
乾隆五(wu)十三年(nian)（1788年(nian)）五(wu)月，廓爾喀致(zhi)書噶廈，聲稱：“西(xi)藏(zang)境內(nei)所用(yong)的(de)錢兩，都(dou)(dou)是我(wo)們(men)巴勒(le)布(bu)镕鑄的(de)。此后都(dou)(dou)使用(yong)新(xin)鑄錢文，舊錢不可(ke)再使用(yong)。而(er)且西(xi)藏(zang)與巴勒(le)布(bu)接(jie)壤地(di)(di)區的(de)聶拉木(mu)、濟(ji)嚨兩個(ge)地(di)(di)區，原(yuan)本就是我(wo)們(men)巴勒(le)布(bu)的(de)地(di)(di)方，仍然應該(gai)歸還(huan)我(wo)們(men)。如果你們(men)還(huan)覺(jue)得應該(gai)理論，可(ke)以派遣官員前來。”
噶廈(sha)回復廓爾(er)喀(ka)稱：新(xin)鑄之錢(qian)數量甚少，不足以流通(tong)，仍將新(xin)舊銀錢(qian)混用；聶拉木、濟(ji)嚨兩處都系西(xi)(xi)藏地(di)(di)方，雙方并(bing)無疑(yi)議；現在天氣炎熱，待立(li)冬(dong)時再派人(ren)前(qian)往與之理論。但噶廈(sha)未向(xiang)駐藏大(da)臣稟告此事(shi)。廓爾(er)喀(ka)又指責西(xi)(xi)藏對巴(ba)勒布貨物“任意(yi)加收稅(shui)項”，并(bing)向(xiang)販往巴(ba)勒布的(de)食鹽中(zhong)摻土，決意(yi)入侵藏地(di)(di)。
尼(ni)(ni)泊爾(er)(er)(er)方面的(de)文(wen)獻記載，則(ze)與中國(guo)略有(you)不(bu)同(tong)(tong)。尼(ni)(ni)泊爾(er)(er)(er)方面聲稱，廓(kuo)爾(er)(er)(er)喀同(tong)(tong)西藏(zang)發(fa)生銀錢(qian)糾紛(fen)之(zhi)后，攝政王巴哈(ha)都(dou)(dou)爾(er)(er)(er)·沙阿(a)（巴都(dou)(dou)爾(er)(er)(er)薩(sa)野）希望同(tong)(tong)西藏(zang)地方簽(qian)訂新的(de)貿易(yi)條約，但(dan)遭(zao)到粗魯拒絕(jue)，并(bing)警告廓(kuo)爾(er)(er)(er)喀不(bu)要動用武力。廓(kuo)爾(er)(er)(er)喀第二次派往拉(la)薩(sa)的(de)使團(tuan)又(you)遭(zao)到扣留，因此使得巴哈(ha)都(dou)(dou)爾(er)(er)(er)·沙阿(a)非常憤怒，決(jue)定入侵西藏(zang)。
乾(qian)隆五十(shi)三年（1788年）六月，素(su)爾(er)巴爾(er)達布率廓(kuo)爾(er)喀兵(bing)3000人，先后占領(ling)西藏南部邊境(jing)之聶拉木、濟嚨宗(zong)(zong)（今(jin)西藏吉隆東南）、宗(zong)(zong)喀宗(zong)(zong)（今(jin)吉隆）等地(di)，圍攻協噶(ga)爾(er)宗(zong)(zong)（今(jin)西藏定(ding)日）。
七月(yue)，清(qing)(qing)軍反擊。命(ming)駐(zhu)藏(zang)(zang)大(da)(da)臣雅滿(man)(man)泰(tai)率(lv)駐(zhu)藏(zang)(zang)綠(lv)營兵(bing)(bing)(bing)及駐(zhu)達(da)木厄魯特蒙古(gu)兵(bing)(bing)(bing)，前(qian)往札什倫布（今(jin)西(xi)藏(zang)(zang)日喀則）慰問班(ban)(ban)禪，并與班(ban)(ban)禪之(zhi)兄仲巴(ba)(ba)呼圖克圖部署(shu)沿邊(bian)防御(yu)(yu)(yu)；命(ming)駐(zhu)藏(zang)(zang)大(da)(da)臣慶麟主持前(qian)藏(zang)(zang)地區(qu)之(zhi)防御(yu)(yu)(yu)；命(ming)四川(chuan)總督(du)李世杰、四川(chuan)提督(du)成(cheng)(cheng)德，抽調(diao)滿(man)(man)、漢、藏(zang)(zang)兵(bing)(bing)(bing)4000余人(ren)(ren)(ren)，由成(cheng)(cheng)德統領，馳赴(fu)(fu)后藏(zang)(zang)，命(ming)尚在(zai)熱河(he)之(zhi)成(cheng)(cheng)都將軍鄂輝(hui)速返成(cheng)(cheng)都，至西(xi)藏(zang)(zang)統兵(bing)(bing)(bing)。為(wei)保證作戰軍隊糧草(cao)，暫(zan)撥達(da)賴、班(ban)(ban)禪庫存，并于藏(zang)(zang)內買糧。乾隆帝并遣御(yu)(yu)(yu)前(qian)侍衛巴(ba)(ba)忠為(wei)欽差(cha)大(da)(da)臣，赴(fu)(fu)藏(zang)(zang)主持用兵(bing)(bing)(bing)。時(shi)西(xi)藏(zang)(zang)駐(zhu)有清(qing)(qing)軍500人(ren)(ren)(ren)，藏(zang)(zang)兵(bing)(bing)(bing)1600人(ren)(ren)(ren)，臺站(zhan)兵(bing)(bing)(bing)1300人(ren)(ren)(ren)。慶麟在(zai)接到(dao)(dao)朝廷諭旨之(zhi)前(qian)，便調(diao)藏(zang)(zang)內500人(ren)(ren)(ren)綠(lv)營兵(bing)(bing)(bing)及察(cha)木多、達(da)木等(deng)兵(bing)(bing)(bing)700人(ren)(ren)(ren)，分(fen)路堵御(yu)(yu)(yu)廓爾(er)喀侵(qin)略軍。四川(chuan)總督(du)李世杰亦于成(cheng)(cheng)都抽調(diao)滿(man)(man)兵(bing)(bing)(bing)500名，綠(lv)營兵(bing)(bing)(bing)1300人(ren)(ren)(ren)，屯練降“番(fan)”兵(bing)(bing)(bing)1200人(ren)(ren)(ren)，俱交提督(du)成(cheng)(cheng)德、總兵(bing)(bing)(bing)穆克登阿率(lv)領，經由打箭(jian)爐（今(jin)四川(chuan)康(kang)定）、巴(ba)(ba)塘(tang)、里(li)塘(tang)（今(jin)四川(chuan)理(li)塘(tang)）、察(cha)木多，馳赴(fu)(fu)后藏(zang)(zang)。但是(shi)，當清(qing)(qing)軍日夜(ye)兼程(cheng)，奔赴(fu)(fu)藏(zang)(zang)廓邊(bian)境(jing)之(zhi)時(shi)，達(da)賴喇嘛、仲巴(ba)(ba)呼圖克圖和噶布倫班(ban)(ban)第達(da)、慶麟、雅滿(man)(man)泰(tai)等(deng)，已(yi)私下同廓爾(er)喀議和，后得到(dao)(dao)巴(ba)(ba)忠、鄂輝(hui)、成(cheng)(cheng)德等(deng)贊同。
乾隆五十四(si)年（1789年）初，藏廓(kuo)簽定協議，由西藏噶(ga)布倫每年向廓(kuo)爾(er)喀(ka)交納元寶300錠，作(zuo)為聶(nie)拉(la)木、濟(ji)嚨(long)宗(zong)、宗(zong)喀(ka)宗(zong)三地(di)的贖金，廓(kuo)爾(er)喀(ka)退兵(bing)。此事，巴忠、雅滿(man)泰等(deng)(deng)(deng)隱瞞(man)不上報。三月(yue)，鄂(e)輝等(deng)(deng)(deng)率清(qing)軍(jun)“收復”失(shi)地(di)。因廓(kuo)爾(er)喀(ka)兵(bing)先已(yi)(yi)陸續(xu)撤回(hui)，故未遇(yu)任何抵抗。六月(yue)，清(qing)廷(ting)調(diao)整(zheng)(zheng)西藏之(zhi)(zhi)防務，加強(qiang)札什倫布等(deng)(deng)(deng)地(di)防兵(bing)，于宗(zong)喀(ka)宗(zong)、聶(nie)拉(la)木、濟(ji)嚨(long)宗(zong)等(deng)(deng)(deng)要地(di)修砌卡(ka)碉。并調(diao)整(zheng)(zheng)與(yu)廓(kuo)爾(er)喀(ka)貿(mao)易之(zhi)(zhi)政策。清(qing)軍(jun)此次出兵(bing)雖(sui)未交戰，已(yi)(yi)耗(hao)費軍(jun)餉百余萬兩白銀。巴忠以(yi)有功(gong)之(zhi)(zhi)臣離藏回(hui)京。
廓爾喀退兵后，清廷不(bu)得不(bu)撤換(huan)一批擅權、失(shi)職的西藏(zang)官員。駐藏(zang)辦事大臣舒濂(lian)包庇(bi)聚斂舞弊的達賴(lai)喇嘛之兄羅布(bu)(bu)藏(zang)多吉、同母弟(di)羅布(bu)(bu)藏(zang)根敦扎克巴，與幫辦大臣普福互(hu)相參奏。
乾隆五十五年（1790年）四月(yue)(yue)，成(cheng)都(dou)將(jiang)(jiang)軍鄂輝奉旨(zhi)入(ru)藏(zang)(zang)查辦。五月(yue)(yue)，乾隆皇帝將(jiang)(jiang)舒濂(lian)革(ge)職(zhi)(zhi)，以普(pu)(pu)福(fu)為(wei)(wei)辦事(shi)大臣，雅(ya)滿(man)泰為(wei)(wei)幫(bang)辦大臣。七月(yue)(yue)，又將(jiang)(jiang)普(pu)(pu)福(fu)革(ge)職(zhi)(zhi)，降為(wei)(wei)三等侍衛，命(ming)保泰入(ru)藏(zang)(zang)接替(ti)駐藏(zang)(zang)辦事(shi)大臣普(pu)(pu)福(fu)之(zhi)職(zhi)(zhi)。八月(yue)(yue)，命(ming)舒濂(lian)解送(song)達賴喇(la)嘛之(zhi)兄弟來京。同時，令西藏(zang)(zang)的攝(she)政活佛濟嚨呼(hu)圖克(ke)(ke)圖來京，遣噶勒丹錫哷圖呼(hu)圖克(ke)(ke)圖阿旺楚爾提木(mu)入(ru)藏(zang)(zang)主政。雅(ya)滿(man)泰、保泰分別與當年十月(yue)(yue)二十日(ri)、十一月(yue)(yue)二十九日(ri)抵達拉薩上任(ren)。
乾隆五十(shi)(shi)五年(nian)（1790年(nian)）十(shi)(shi)月(yue)，廓爾(er)(er)(er)(er)(er)喀(ka)遣大頭目(mu)一人、小頭目(mu)兩人來到(dao)拉薩，依照乾隆五十(shi)(shi)四(si)年(nian)（1789年(nian)）的約(yue)定，索要贖(shu)地(di)銀(yin)兩。新上(shang)(shang)任(ren)主(zhu)政的噶勒丹錫哷圖(tu)呼圖(tu)克(ke)圖(tu)拒絕(jue)給付。達賴(lai)喇(la)嘛還(huan)派喇(la)嘛敦珠(zhu)布朋楚克(ke)、博爾(er)(er)(er)(er)(er)東到(dao)邊境上(shang)(shang)放言，廓爾(er)(er)(er)(er)(er)喀(ka)既已(yi)成為(wei)大清屬國，則不應照前(qian)約(yue)索要贖(shu)地(di)銀(yin)兩。廓使又請朝廷賞給廓爾(er)(er)(er)(er)(er)喀(ka)王拉納·巴哈(ha)都爾(er)(er)(er)(er)(er)·沙(sha)阿(a)俸祿(lu)及土地(di)，也被(bei)駐(zhu)藏(zang)大臣(chen)普福回(hui)絕(jue)。廓使一事無成，只得返回(hui)。
達(da)賴(lai)喇(la)嘛則派堪(kan)(kan)布(bu)托格(ge)穆特(te)(te)、商(shang)(shang)(shang)卓特(te)(te)巴吉彌(mi)敦第(di)、仔(zi)琫(beng)第(di)卜(bu)巴赴廓(kuo)爾喀商(shang)(shang)(shang)談(tan)，打算付給(gei)廓(kuo)爾喀150個元寶(bao)，同(tong)時(shi)將原訂合約撤回，永絕瓜(gua)葛。廓(kuo)方(fang)以托格(ge)穆特(te)(te)地位不高，指(zhi)名要求達(da)賴(lai)喇(la)嘛叔父阿古拉(la)與噶倫(lun)丹津班珠爾來(lai)邊(bian)境商(shang)(shang)(shang)談(tan)。此時(shi)阿古拉(la)已(yi)去世，不久，派去商(shang)(shang)(shang)談(tan)的堪(kan)(kan)布(bu)托格(ge)穆特(te)(te)也在廓(kuo)爾喀病(bing)逝(shi)。
西藏地方(fang)的(de)(de)一(yi)系列(lie)舉措，令廓爾(er)(er)喀攝政(zheng)王巴哈(ha)都(dou)爾(er)(er)·沙(sha)阿(a)(a)非常憤怒。巴哈(ha)都(dou)爾(er)(er)·沙(sha)阿(a)(a)感到進退兩難(nan)：若發動戰(zhan)爭，則必然(ran)要(yao)投入大量經(jing)費、部隊和武(wu)器(qi)，因(yin)為清廷方(fang)面顯然(ran)已經(jing)對廓爾(er)(er)喀有所戒備；若放(fang)棄戰(zhan)爭，則之前盟約的(de)(de)被撕毀(hui)令他非常不甘。最終他聲稱要(yao)懲治西藏地方(fang)的(de)(de)背(bei)盟，仍然(ran)決定：再次入侵西藏。
乾隆五十六年(nian)（1791年(nian)），噶勒丹錫哷圖呼圖克圖圓寂，八世(shi)達賴喇嘛再(zai)度(du)執政(zheng)。五月(yue)，達賴喇嘛令噶倫(lun)(lun)丹津(jin)班(ban)珠(zhu)爾(er)赴邊(bian)界，與廓爾(er)喀密談撤約事(shi)宜(yi)。五月(yue)十一日，丹津(jin)班(ban)珠(zhu)爾(er)、扎什端珠(zhu)布、札薩(sa)(sa)克喇嘛格桑定結(jie)自拉(la)薩(sa)(sa)啟程前(qian)往聶拉(la)木(mu)，向駐藏大臣稟稱檢閱軍(jun)隊、修(xiu)葺廟宇，實則(ze)繼續與廓方商談贖銀(yin)撤約之事(shi)。噶倫(lun)(lun)丹津(jin)班(ban)珠(zhu)爾(er)等認為，此前(qian)帶去的(de)元寶只及半數，難(nan)以(yi)撤回合同，于是又攜(xie)150個元寶前(qian)往。一路上，扎什倫(lun)(lun)布寺(si)、薩(sa)(sa)迦寺(si)喇嘛及駐守(shou)聶拉(la)木(mu)之戴(dai)琫江(jiang)結(jie)也加(jia)入談判使團。
六(liu)月上旬，噶倫(lun)丹津班珠爾(er)(er)抵(di)達(da)聶(nie)拉(la)(la)(la)木之沖堆(dui)（今(jin)聶(nie)拉(la)(la)(la)木鎮(zhen)充堆(dui)），札(zha)薩(sa)克喇(la)嘛(ma)格桑定(ding)結(jie)與扎、薩(sa)二寺喇(la)嘛(ma)則受沙瑪(ma)爾(er)(er)巴活佛之邀來到(dao)扎木（今(jin)聶(nie)拉(la)(la)(la)木縣樟木鎮(zhen)）。六(liu)月二十二日（西歷(li)7月22日），噶倫(lun)丹津班珠爾(er)(er)、扎什端珠布、戴(dai)琫(beng)江結(jie)在沖堆(dui)，遭(zao)到(dao)廓爾(er)(er)喀(ka)兵突襲，被俘后押(ya)往廓爾(er)(er)喀(ka)都城陽布。格桑定(ding)結(jie)、扎、薩(sa)二寺喇(la)嘛(ma)、聶(nie)拉(la)(la)(la)木教習軍官王(wang)剛、馮(feng)大成等人也(ye)同時被拘押(ya)。七月，廓爾(er)(er)喀(ka)軍隊再次侵入(ru)聶(nie)拉(la)(la)(la)木和濟嚨(long)。廓軍兵分兩路(lu)，一路(lu)由達(da)莫達(da)爾(er)(er)·潘(pan)德（《清(qing)史稿》稱之為“噶箕·旦(dan)姆達(da)爾(er)(er)·邦里”）率領(ling)，自(zi)濟嚨(long)進(jin)攻宗喀(ka)；一路(lu)由阿比(bi)曼·辛格率領(ling)，從(cong)聶(nie)拉(la)(la)(la)木進(jin)攻定(ding)日（在今(jin)定(ding)日縣西）；另有(you)一路(lu)繞過(guo)定(ding)日，經薩(sa)迦直趨日喀(ka)則。
八月三(san)日(ri)，廓(kuo)軍攻占定(ding)日(ri)、濟嚨。八月十六日(ri)，廓(kuo)軍攻陷薩迦。同(tong)日(ri)，保泰送年僅10歲的七世(shi)班禪(chan)額(e)爾德尼(ni)前往拉薩，命仲(zhong)(zhong)巴呼(hu)(hu)圖克圖留守(shou)札(zha)什(shen)倫布(bu)寺(si)。札(zha)什(shen)倫布(bu)寺(si)濟仲(zhong)(zhong)喇嘛(ma)羅布(bu)藏丹(dan)巴與群僧(seng)占卜，得(de)到“不可與賊(zei)作戰(zhan)”的神示。仲(zhong)(zhong)巴呼(hu)(hu)圖克圖遂遣人(ren)(ren)赴廓(kuo)營求和。然(ran)而，該使者半路逃走，于是寺(si)內外(wai)喇嘛(ma)三(san)千余人(ren)(ren)紛紛潰(kui)散(san)。仲(zhong)(zhong)巴呼(hu)(hu)圖克圖也(ye)攜(xie)金(jin)銀(yin)及班禪(chan)所余貴(gui)重物件(jian)，裝為233捆，先(xian)行(xing)逃出。二十一日(ri)，廓(kuo)軍隊長（Captain，清人(ren)(ren)譯作“噶布(bu)黨”）瑪木(mu)薩野攻入(ru)札(zha)什(shen)倫布(bu)寺(si)，寺(si)內僅余9人(ren)(ren)。瑪木(mu)薩野即入(ru)住班禪(chan)額(e)爾德尼(ni)禪(chan)房內，大小頭目分(fen)據各處，將金(jin)銀(yin)佛(fo)像、供器、貯藏及靈塔鑲嵌之(zhi)珍(zhen)珠珊(shan)瑚寶石(shi)等物盡行(xing)掠(lve)去(qu)。冊封(feng)六世(shi)班禪(chan)的金(jin)冊也(ye)被盜走。
九月(yue)初，廓(kuo)軍進攻日(ri)喀則宗城(cheng)(cheng)，都司徐南鵬率80人(ren)(ren)堅守，擊斃廓(kuo)軍10余人(ren)(ren)、頭目(mu)1人(ren)(ren)。圍(wei)攻八(ba)晝夜后，廓(kuo)軍仍不(bu)能破城(cheng)(cheng)，遂攜(xie)所掠財寶退往邊(bian)境(jing)。
乾(qian)隆皇(huang)帝(di)判定廓(kuo)爾喀此(ci)次(ci)犯邊，志(zhi)在(zai)劫(jie)掠后藏(zang)財物(wu)；此(ci)時冬雪迫近，廓(kuo)軍必(bi)不能進(jin)兵前藏(zang)。一(yi)俟朝廷調(diao)集大(da)軍進(jin)討，廓(kuo)軍便(bian)可從容遁去。因(yin)此(ci)，乾(qian)隆皇(huang)帝(di)決定大(da)舉出兵，待來(lai)年(nian)春雪消(xiao)融后攻(gong)入廓(kuo)爾喀腹(fu)地(di)，令其徹(che)底臣服(fu)，不敢(gan)復萌故志(zhi)。因(yin)成都(dou)將(jiang)軍鄂輝等人資望尚淺(qian)，乾(qian)隆五(wu)十(shi)六年(nian)（1791年(nian)）九月(yue)(yue)二十(shi)五(wu)日，皇(huang)帝(di)召平(ping)定臺灣林爽文(wen)叛亂的(de)兩廣總督(du)福康(kang)安來(lai)京。十(shi)月(yue)(yue)，福康(kang)安抵京，授將(jiang)軍銜，督(du)辦西藏(zang)軍事。以平(ping)臺之役中福康(kang)安的(de)副手(shou)海(hai)蘭察、臺斐英阿等為參(can)贊大(da)臣，率(lv)黑龍江索倫(lun)、達呼爾兵丁千名(ming)，由青(qing)海(hai)入藏(zang)，征討廓(kuo)爾喀。十(shi)二月(yue)(yue)，四川提督(du)成德在(zai)聶拉木拍甲嶺一(yi)役戰勝廓(kuo)軍。
從西(xi)(xi)(xi)北前(qian)后(hou)入藏(zang)(zang)的官兵有(you)（1）福康(kang)(kang)安(an)及其隨(sui)員，（2）海蘭察(cha)及100名侍衛，（3）烏什哈(ha)達、岱森保及所率1500名索(suo)倫達斡爾(er)(er)兵。陜甘總督勒保、青(qing)海辦事大臣奎(kui)舒(shu)奉(feng)旨預為籌辦乘(cheng)騎、運畜、糧秣、柴薪、臺站、向導等(deng)事宜。乾隆(long)五(wu)(wu)十(shi)六年（1791年）十(shi)二(er)月(yue)十(shi)五(wu)(wu)日(ri)，福康(kang)(kang)安(an)抵(di)達青(qing)海西(xi)(xi)(xi)寧，一(yi)切都(dou)已準備(bei)就緒，大致是，陜甘總督勒保從屬下甘肅綠營調出了1500匹馬(ma)供官員使用(yong)(yong)，青(qing)海辦事大臣奎(kui)舒(shu)通過青(qing)海蒙古(gu)王公從各旗采購了3000多(duo)匹馬(ma)，供索(suo)倫達斡爾(er)(er)兵騎用(yong)(yong)；遙接西(xi)(xi)(xi)藏(zang)(zang)沿途設立了傳遞文(wen)書信(xin)息(xi)的臺站，派綠營兵和當地蒙古(gu)兵共同駐守，后(hou)因另有(you)川藏(zang)(zang)驛路可用(yong)(yong)，這一(yi)線(xian)臺站在全(quan)軍分批經過完畢即卷撤。福康(kang)(kang)安(an)于十(shi)二(er)月(yue)二(er)十(shi)日(ri)離(li)開西(xi)(xi)(xi)寧，嚴冬(dong)中走(zou)上寒冷(leng)荒涼崎嶇的青(qing)藏(zang)(zang)高原(yuan)，并(bing)站兼行，乾隆(long)五(wu)(wu)十(shi)七年正(zheng)月(yue)二(er)十(shi)日(ri)（1792年2月(yue)12日(ri)）到拉薩，全(quan)程將及5000華里(li)，包括耽擱日(ri)數在內，用(yong)(yong)了50天。他詢問藏(zang)(zang)人，皆云對比喇嘛等(deng)行走(zou)需一(yi)百二(er)三十(shi)日(ri)，可謂快速。
福(fu)康安進入藏境后(hou)，接見(jian)達賴喇嘛遣(qian)來迎接的高級官員，即(ji)逐一(yi)詢問廓爾喀兩次(ci)滋事(shi)的緣(yuan)由，并札詢鄂輝、成德，令將先(xian)后(hou)情節(jie)據實答復。
乾隆五十七年(nian)（1792年(nian)）正月二十三日，福康安(an)于(yu)布(bu)達拉宮會見(jian)達賴(lai)(lai)喇(la)嘛、班(ban)禪(chan)等，以面(mian)奉(feng)諭旨再次傳(chuan)達嘉獎達賴(lai)(lai)喇(la)嘛深明大義，不聽保泰內遷妄(wang)請，并正式提出(chu)，將來事(shi)定，辦理善后時(shi)，必須另立《章程(cheng)》，逐條辦事(shi)，務(wu)使邊圉永寧(ning)。對于(yu)達賴(lai)(lai)喇(la)嘛、班(ban)禪(chan)的(de)回(hui)答相(xiang)當滿意。及至談論(lun)公事(shi)訖，福康安(an)斟酌上諭及實(shi)情，擬遵佛法，向(xiang)達賴(lai)(lai)喇(la)嘛、班(ban)禪(chan)施(shi)禮，為喇(la)嘛婉拒(ju)，但后來私下(xia)仍向(xiang)達賴(lai)(lai)行了叩首禮。
福(fu)(fu)康(kang)安(an)在拉薩停留了近二十七(qi)天(tian)后，去后藏。在這期間，憑(ping)借他的(de)地位威(wei)望，及大軍將到(dao)(dao)的(de)聲(sheng)勢，向(xiang)西藏上層(ceng)宣(xuan)諭援藏用兵的(de)意義(yi)。二月間，福(fu)(fu)康(kang)安(an)檄令布魯(lu)克巴(ba)（不丹）、哲孟雄(xiong)（錫金(jin)）及界外(wai)的(de)作木(mu)朗(lang)、披楞（指英國東(dong)印(yin)度公(gong)司(si)）等。發兵合(he)攻廓爾喀，但被乾隆(long)皇(huang)帝批評(ping)為時(shi)過早，不夠策略。上述各部接到(dao)(dao)福(fu)(fu)康(kang)安(an)檄令后，反(fan)應消極(ji)。達賴喇嘛也于二月九日(ri)（1792年3月1日(ri)）致函(han)英國東(dong)印(yin)度公(gong)司(si)首腦，促請勿聽信廓爾喀求援的(de)讕言。
福(fu)康(kang)(kang)安(an)奉詔檢讀后(hou)，認(ren)為廓爾喀當滋擾之(zhi)(zhi)后(hou)，尚逞此詭譎(jue)之(zhi)(zhi)辭，實堪(kan)痛(tong)恨。二月(yue)十日(ri)，海蘭(lan)察也到(dao)了，福(fu)康(kang)(kang)安(an)得到(dao)了兩名軍(jun)(jun)事助手。三月(yue)十五日(ri)，乾(qian)隆皇帝特授福(fu)康(kang)(kang)安(an)為“大將軍(jun)(jun)”，俾其等列威(wei)嚴在(zai)一般(ban)外省(sheng)駐(zhu)防將軍(jun)(jun)之(zhi)(zhi)上。旨意傳至西藏，當在(zai)四月(yue)。三月(yue)內，福(fu)康(kang)(kang)安(an)檄(xi)諭廓爾喀王子(zi)，希望能夠和平罷兵，但如果廓爾喀執(zhi)意開戰(zhan)，清廷也時刻(ke)準備著。清廷檄(xi)諭口氣很強硬。
稍(shao)前，即乾隆五十七(qi)年（1792年）正月，成(cheng)德(de)收復(fu)聶(nie)(nie)(nie)拉(la)木東官寨，陣(zhen)斬廓軍將領呢瑪(ma)叭噶嘶、踏(ta)巴。二月，川軍攻克(ke)聶(nie)(nie)(nie)拉(la)木的廓軍西北碉寨，俘獲瑪(ma)木薩野(ye)之侄咱瑪(ma)達阿(a)爾曾薩野(ye)，聶(nie)(nie)(nie)拉(la)木全境(jing)收復(fu)。閏四月十八日(ri)，福(fu)康(kang)安(an)、海蘭察、惠齡由日(ri)喀則馳往(wang)江孜，督運軍糧(liang)。二十七(qi)日(ri)，抵達定日(ri)之第哩朗(lang)古(gu)，與成(cheng)德(de)會(hui)合。福(fu)康(kang)安(an)、海蘭察等(deng)分頭察看(kan)聶(nie)(nie)(nie)拉(la)木、絨轄等(deng)地后(hou)，率主力前往(wang)宗喀，決(jue)定由濟嚨向南，攻入廓爾喀。
五(wu)月六日，福康安(an)、海蘭察領兵行(xing)至宗喀以南的轄布基，進攻擦木山(shan)隘（在今吉隆縣(xian)宗喀鎮南）。是日夜，清軍乘雨分(fen)兵五(wu)路，海蘭察居中，哲森保等由東西兩山(shan)夾(jia)擊廓軍營寨，莫爾根保繞到(dao)營后偷襲。
初七日(ri)黎明(ming)之時，清(qing)兵攻克擦木(mu)山梁(liang)上的(de)兩座廓(kuo)軍石碉樓(lou)，斬殺二百余人。初八日(ri)，清(qing)軍進至(zhi)(zhi)瑪噶爾轄爾甲(jia)，擊潰由濟嚨前(qian)來迎戰的(de)廓(kuo)軍。初十日(ri)，清(qing)兵攻克濟嚨，斬殺640余人，俘虜200余人。至(zhi)(zhi)此，西(xi)藏全境收復。
熱索橋之戰
乾隆(long)五(wu)(wu)十七年(nian)（1792年(nian)）五(wu)(wu)月十三日（西歷(li)1792年(nian)7月1日），福(fu)康安、海蘭察率軍由濟嚨啟程，沿吉隆(long)河東(dong)岸(an)(an)南(nan)下。十四(si)日，清軍過藏廓邊界之擺嗎(ma)奈撒，進入廓爾喀境內之熱索(suo)(suo)(suo)瓦（尼泊爾語Rasuwa），與(yu)廓軍隔熱索(suo)(suo)(suo)河對峙。熱索(suo)(suo)(suo)河為(wei)吉隆(long)河支流，其上有木板(ban)浮橋(qiao)，即(ji)熱索(suo)(suo)(suo)橋(qiao)。廓兵在熱索(suo)(suo)(suo)河北岸(an)(an)索(suo)(suo)(suo)喇拉山(shan)上筑碉(diao)(diao)樓一座，南(nan)岸(an)(an)臨河有碉(diao)(diao)樓兩座，并將熱索(suo)(suo)(suo)橋(qiao)木板(ban)撤(che)去，憑河據守。十五(wu)(wu)日，清兵佯攻河北岸(an)(an)的廓軍碉(diao)(diao)樓；另遣金川藏兵翻(fan)越兩座高山(shan)，繞道至熱索(suo)(suo)(suo)河上游六七里處，伐木做筏，渡河后沿南(nan)岸(an)(an)疾行，突襲臨河碉(diao)(diao)房。南(nan)岸(an)(an)廓兵出卡抵御之際(ji)，北岸(an)(an)的清兵主力搭橋(qiao)渡河，一舉奪取(qu)三座石(shi)碉(diao)(diao)，是為(wei)熱索(suo)(suo)(suo)橋(qiao)之戰。
協布嚕、東覺山之戰
得知清軍將(jiang)至首(shou)都的(de)時候(hou)，廓爾(er)喀(ka)王(wang)(wang)拉納·巴(ba)(ba)哈(ha)都爾(er)·沙(sha)阿(a)逃往臨近英屬印度的(de)邊境。留守陽布的(de)王(wang)(wang)叔巴(ba)(ba)哈(ha)都爾(er)·沙(sha)阿(a)召見(jian)被扣(kou)押的(de)噶倫丹(dan)津(jin)班珠爾(er)，請求其轉告福康安，廓爾(er)喀(ka)侵犯(fan)藏境，全因沙(sha)瑪爾(er)巴(ba)(ba)活佛唆使，并保證歸還扎什倫布寺財物，賠償在沖都被襲的(de)官兵命價(jia)。此外，巴(ba)(ba)哈(ha)都爾(er)·沙(sha)阿(a)向英屬印度殖民政府(fu)求助，希望得到武器(qi)彈藥的(de)支持。
印度總督康沃利斯(si)侯爵考慮到(dao)若公開支(zhi)持廓爾喀(ka)，勢必會使英國(guo)人在廣州的貿易(yi)受(shou)到(dao)影(ying)響(xiang)，因此拒絕(jue)了這(zhe)個要(yao)求。但后來，康沃利斯(si)又發(fa)現(xian)，這(zhe)是(shi)控制廓爾喀(ka)地區商業(ye)貿易(yi)的絕(jue)佳時(shi)機，便派海德(de)拉(la)巴邦(bang)的執政者詹姆斯(si)·阿基琉(liu)斯(si)·克爾帕(pa)特里克率英國(guo)使團前往廓爾喀(ka)。
六月二十(shi)五(wu)日，廓爾(er)(er)(er)喀頭(tou)人(ren)噶(ga)布黨普都(dou)爾(er)(er)(er)幫里(li)、噶(ga)箕朗穆(mu)幾爾(er)(er)(er)幫里(li)、達薩爾(er)(er)(er)（Taksari，官職名(ming)，掌管鑄錢）乃(nai)爾(er)(er)(er)興、小(xiao)頭(tou)目(mu)巴(ba)(ba)拉(la)(la)(la)巴(ba)(ba)都(dou)爾(er)(er)(er)哈瓦斯4人(ren)及隨從20余人(ren)，來到雍鴉大營，將(jiang)去年(nian)在(zai)沖堆被(bei)擄走的丹津班珠爾(er)(er)(er)、扎什(shen)端珠布、藏軍營官聶堆、盧(lu)獻麟、馮大成(cheng)等人(ren)送還(huan)。福康安面諭廓爾(er)(er)(er)喀頭(tou)人(ren)，令其(qi)(qi)(qi)遵辦五(wu)條事(shi)宜，方準其(qi)(qi)(qi)投降：“廓兵須退出噶(ga)勒拉(la)(la)(la)、堆補木、甲爾(er)(er)(er)古拉(la)(la)(la)、集木集等處山梁(liang)；廓爾(er)(er)(er)喀王喇(la)納巴(ba)(ba)都(dou)爾(er)(er)(er)、王叔(shu)巴(ba)(ba)都(dou)爾(er)(er)(er)薩野親自(zi)前來；將(jiang)沙瑪爾(er)(er)(er)巴(ba)(ba)活佛尸骨(gu)及其(qi)(qi)(qi)徒(tu)弟(di)交出；所掠之(zhi)扎什(shen)倫布寺(si)財寶全(quan)行歸還(huan)；交出乾隆五(wu)十(shi)四(si)年(nian)與丹津班珠爾(er)(er)(er)私訂之(zhi)合同，不(bu)得再提西藏交付贖銀之(zhi)事(shi)。”清兵將(jiang)廓使送還(huan)7天后，并無回(hui)音。廓軍仍占據諸處山梁(liang)。
帕朗古之戰
乾隆五十七(qi)年（1792年）七(qi)月二(er)日，清軍進(jin)攻噶勒(le)拉(la)、堆(dui)補(bu)木。在進(jin)攻甲爾古拉(la)山時，廓爾喀軍隊(dui)誘(you)清軍進(jin)入叢林，隨(sui)后三面放火燒(shao)林。清軍失利，臺斐英(ying)阿(a)、阿(a)滿泰、莫爾根保、英(ying)貴、張占魁等人戰(zhan)(zhan)死，是為帕朗古之戰(zhan)(zhan)。
廓爾喀請降
乾隆五(wu)十(shi)七年(nian)(nian)八月(yue)八日（西(xi)歷(li)1792年(nian)(nian)9月(yue)23日），廓爾喀管事頭人噶箕(ji)第烏達特(te)塔巴來(lai)到清軍大營，請(qing)求歸誠，并代廓王、王叔進京朝覲。十(shi)九(jiu)日，福(fu)康安準其歸降。二十(shi)一日，清軍開始從帕朗古撤回。九(jiu)月(yue)四日，清兵全部撤回濟(ji)嚨。
清(qing)兵撤退(tui)的同時(shi)，福(fu)康(kang)安(an)(an)派穆克登阿勘察西藏、廓爾(er)喀(ka)邊(bian)界。十(shi)(shi)月(yue)十(shi)(shi)五(wu)日，福(fu)康(kang)安(an)(an)來到拉薩，達(da)賴喇(la)嘛率僧俗官(guan)員出(chu)迎。福(fu)康(kang)安(an)(an)在拉薩停留了(le)四個(ge)多月(yue)，與(yu)惠(hui)齡、孫(sun)士(shi)毅(yi)、和(he)琳擬定了(le)《藏內善(shan)后章程(cheng)》。十(shi)(shi)二月(yue)二十(shi)(shi)三日，廓爾(er)喀(ka)貢(gong)(gong)使抵達(da)京師，并謁(ye)見和(he)珅。次日，貢(gong)(gong)使覲見乾隆(long)皇帝。二十(shi)(shi)七日，皇帝準許(xu)恢復喇(la)納巴(ba)都爾(er)的王爵、巴(ba)都爾(er)薩野的公(gong)爵名(ming)號。白教活佛夏瑪巴(ba)欽定不準轉世(shi)，弟(di)子一律(lv)改宗黃(huang)教。
乾隆五(wu)十(shi)七(qi)年八月(yue)八日（1792年9月(yue)23日），廓爾喀(ka)在清(qing)(qing)軍(jun)的(de)(de)凌厲攻勢(shi)下請求投(tou)降(jiang)，八月(yue)十(shi)九日，清(qing)(qing)軍(jun)準(zhun)降(jiang)。清(qing)(qing)兵撤退的(de)(de)同(tong)時還(huan)勘察西藏(zang)、廓爾喀(ka)的(de)(de)邊(bian)界。福(fu)康(kang)安等人擬定(ding)了《藏(zang)內(nei)善后章(zhang)程(cheng)》。雙(shuang)方經(jing)過會商(shang)，共提出一百零(ling)二(er)項條(tiao)款。次年正月(yue)，經(jing)清(qing)(qing)政府修訂(ding)為(wei)二(er)十(shi)九條(tiao)，即《欽定(ding)藏(zang)內(nei)善后章(zhang)程(cheng)》，改革并充實了多項方針，加強了駐(zhu)藏(zang)大(da)臣(chen)的(de)(de)職權和地位。
經(jing)過了(le)這場戰爭，廓(kuo)爾(er)(er)(er)(er)喀(ka)(ka)(ka)的(de)(de)勢力受到(dao)削弱。之前被(bei)其所(suo)滅的(de)(de)錫金也得(de)以復國(guo)(guo)，不過其原有領土(tu)仍有一部分被(bei)廓(kuo)爾(er)(er)(er)(er)喀(ka)(ka)(ka)占據。在廓(kuo)爾(er)(er)(er)(er)喀(ka)(ka)(ka)與(yu)清(qing)朝(chao)議和之后，由克(ke)爾(er)(er)(er)(er)帕特(te)里克(ke)率(lv)領的(de)(de)英(ying)國(guo)(guo)使團才到(dao)達(da)廓(kuo)爾(er)(er)(er)(er)喀(ka)(ka)(ka)，希望(wang)(wang)同(tong)廓(kuo)爾(er)(er)(er)(er)喀(ka)(ka)(ka)就(jiu)武(wu)器之事進行會談(tan)。巴(ba)哈都爾(er)(er)(er)(er)·沙阿拒絕了(le)英(ying)國(guo)(guo)人的(de)(de)建議，將這個使團禮送出境。雖(sui)然和約已經(jing)達(da)成，但西藏地方對廓(kuo)爾(er)(er)(er)(er)喀(ka)(ka)(ka)依然非(fei)常戒備。八世達(da)賴希望(wang)(wang)聯(lian)合廓(kuo)爾(er)(er)(er)(er)喀(ka)(ka)(ka)的(de)(de)鄰國(guo)(guo)來與(yu)之對抗(kang)，曾派遣一個代表(biao)團去(qu)英(ying)屬(shu)印(yin)度當時的(de)(de)首都的(de)(de)加爾(er)(er)(er)(er)各答，希望(wang)(wang)與(yu)不列顛東印(yin)度公司合作，來牽制廓(kuo)爾(er)(er)(er)(er)喀(ka)(ka)(ka)。
清(qing)(qing)朝用兵(bing)西(xi)藏(zang)，進一步提高了(le)(le)清(qing)(qing)朝中(zhong)央的(de)(de)威望(wang)，促進了(le)(le)西(xi)藏(zang)地(di)方(fang)(fang)對(dui)清(qing)(qing)中(zhong)央政(zheng)府(fu)的(de)(de)向心力作用。清(qing)(qing)朝用兵(bing)西(xi)藏(zang)又推(tui)進了(le)(le)民族關系和民族融合的(de)(de)發(fa)展。在西(xi)藏(zang)人(ren)民的(de)(de)支持下，清(qing)(qing)軍(jun)(jun)迅速收復失地(di)。清(qing)(qing)軍(jun)(jun)旋(xuan)即(ji)而歸，廓(kuo)爾(er)喀派人(ren)至北京認罪。清(qing)(qing)朝兩(liang)次(ci)派軍(jun)(jun)入藏(zang)，驅逐(zhu)廓(kuo)爾(er)喀的(de)(de)入侵，保衛了(le)(le)西(xi)藏(zang)，鞏固了(le)(le)邊防，增(zeng)強(qiang)了(le)(le)漢(han)藏(zang)等各族人(ren)民的(de)(de)愛國(guo)主義精神。此外，清(qing)(qing)政(zheng)府(fu)又對(dui)藏(zang)事作了(le)(le)重大整頓。乾隆(long)帝批準了(le)(le)由福康(kang)安、和琳(lin)、惠(hui)琳(lin)等奉旨酌籌的(de)(de)《藏(zang)內(nei)善(shan)后章(zhang)程(cheng)》，即(ji)清(qing)(qing)政(zheng)府(fu)于乾隆(long)五十八年（1793年）頒發(fa)的(de)(de)著名的(de)(de)《新訂章(zhang)程(cheng)二十九(jiu)條(tiao)(tiao)》，又稱為(wei)《藏(zang)內(nei)善(shan)后章(zhang)程(cheng)二十九(jiu)條(tiao)(tiao)》。章(zhang)程(cheng)對(dui)西(xi)藏(zang)地(di)方(fang)(fang)的(de)(de)政(zheng)治、經(jing)濟、軍(jun)(jun)事、法制和外事等方(fang)(fang)面(mian)均作了(le)(le)明確規(gui)定(ding)。
清(qing)政府為了加強西(xi)藏地方管理、鞏固勝(sheng)利、穩(wen)定(ding)(ding)政局(ju)，參照慣(guan)例，決定(ding)(ding)在前后(hou)藏邊(bian)防要隘、交通樞紐(niu)、重(zhong)要城鎮，以(yi)及(ji)川邊(bian)至拉薩的(de)臺站，均派兵駐防，總計兵力1300余名。
章(zhang)(zhang)程(cheng)規定整(zheng)(zheng)編(bian)藏(zang)(zang)(zang)(zang)軍(jun)(jun)，設(she)藏(zang)(zang)(zang)(zang)兵(bing)(bing)(bing)3000名(ming)，駐(zhu)扎(zha)前藏(zang)(zang)(zang)(zang)1000名(ming)、后(hou)藏(zang)(zang)(zang)(zang)1000名(ming)、定日500名(ming)、江孜500名(ming)。《藏(zang)(zang)(zang)(zang)內善后(hou)章(zhang)(zhang)程(cheng)二十九(jiu)條》對(dui)(dui)藏(zang)(zang)(zang)(zang)軍(jun)(jun)的(de)各級軍(jun)(jun)官（代本(ben)、如本(ben)、甲本(ben)等(deng)）、藏(zang)(zang)(zang)(zang)軍(jun)(jun)薪俸、餉銀、操防(fang)、軍(jun)(jun)器、馬匹(pi)等(deng)，以及(ji)清(qing)朝派(pai)駐(zhu)前后(hou)藏(zang)(zang)(zang)(zang)及(ji)各地的(de)官兵(bing)(bing)(bing)額(e)數、駐(zhu)防(fang)等(deng)方(fang)面章(zhang)(zhang)程(cheng)也作(zuo)(zuo)了具體的(de)規定。整(zheng)(zheng)編(bian)后(hou)的(de)藏(zang)(zang)(zang)(zang)軍(jun)(jun)作(zuo)(zuo)為清(qing)中央(yang)政府領導下(xia)的(de)一(yi)(yi)支地方(fang)軍(jun)(jun)隊，在以后(hou)維(wei)護(hu)地方(fang)安定和(he)抗擊外敵侵略(lve)的(de)斗爭中發(fa)揮了積極(ji)作(zuo)(zuo)用。章(zhang)(zhang)程(cheng)規定駐(zhu)藏(zang)(zang)(zang)(zang)大臣每年(nian)五、六月(yue)輪流一(yi)(yi)人，到后(hou)藏(zang)(zang)(zang)(zang)巡邊(bian)，“操閱番兵(bing)(bing)(bing)”；檢查和(he)維(wei)護(hu)邊(bian)界；在重(zhong)(zhong)要的(de)邊(bian)防(fang)要隘(ai)設(she)立定額(e)駐(zhu)軍(jun)(jun)，分防(fang)巡守。隨著(zhu)乾隆年(nian)間在西藏(zang)(zang)(zang)(zang)重(zhong)(zhong)新布署(shu)駐(zhu)防(fang)清(qing)軍(jun)(jun)、頒布和(he)執行(xing)章(zhang)(zhang)程(cheng)以及(ji)藏(zang)(zang)(zang)(zang)軍(jun)(jun)的(de)整(zheng)(zheng)編(bian)，清(qing)朝用兵(bing)(bing)(bing)西藏(zang)(zang)(zang)(zang)的(de)能量達到極(ji)至(zhi)(zhi)，駐(zhu)兵(bing)(bing)(bing)西藏(zang)(zang)(zang)(zang)形成制(zhi)度化(hua)和(he)法律化(hua)。上述舉(ju)措，作(zuo)(zuo)為歷史(shi)定制(zhi)，直至(zhi)(zhi)清(qing)末(mo)。它(ta)對(dui)(dui)于鞏固(gu)和(he)加強(qiang)清(qing)朝統一(yi)(yi)、維(wei)護(hu)對(dui)(dui)西藏(zang)(zang)(zang)(zang)的(de)主權、鞏固(gu)國(guo)防(fang)、促進西藏(zang)(zang)(zang)(zang)社會的(de)穩定和(he)發(fa)展都發(fa)揮了重(zhong)(zhong)要作(zuo)(zuo)用。
清軍(jun)平定廓(kuo)爾喀，進(jin)藏(zang)(zang)(zang)駐藏(zang)(zang)(zang)對(dui)(dui)西(xi)(xi)(xi)藏(zang)(zang)(zang)地(di)方(fang)社會(hui)經濟的(de)(de)(de)發展也產(chan)生了積極的(de)(de)(de)影響。清朝(chao)自康熙五(wu)十九年(nian)（1720年(nian)）用兵(bing)西(xi)(xi)(xi)藏(zang)(zang)(zang)后，即打通(tong)了川(chuan)藏(zang)(zang)(zang)、滇藏(zang)(zang)(zang)和(he)(he)青(qing)藏(zang)(zang)(zang)三條進(jin)藏(zang)(zang)(zang)主干驛(yi)路，沿(yan)途添設(she)軍(jun)站，設(she)置糧(liang)(liang)臺，派兵(bing)守護，保障了進(jin)藏(zang)(zang)(zang)交通(tong)的(de)(de)(de)通(tong)暢。這有(you)利(li)于西(xi)(xi)(xi)藏(zang)(zang)(zang)與內(nei)地(di)之(zhi)間的(de)(de)(de)貿易往來(lai)，當(dang)時留駐中甸、打箭爐、巴塘(tang)、理(li)塘(tang)、察木多(duo)(duo)、拉薩等(deng)地(di)的(de)(de)(de)漢人(ren)(ren)和(he)(he)商(shang)貿小(xiao)販日(ri)益增(zeng)多(duo)(duo)。清朝(chao)每次(ci)用兵(bing)西(xi)(xi)(xi)藏(zang)(zang)(zang)，均動員了川(chuan)、滇、青(qing)等(deng)藏(zang)(zang)(zang)區(qu)的(de)(de)(de)僧俗民眾(zhong)、土司和(he)(he)部落頭(tou)人(ren)(ren)，征(zheng)調(diao)大(da)量(liang)的(de)(de)(de)人(ren)(ren)力(li)、畜力(li)和(he)(he)物(wu)力(li)擔當(dang)后勤供應，保障軍(jun)需物(wu)資運藏(zang)(zang)(zang)。清朝(chao)官府對(dui)(dui)所征(zheng)烏拉都付給腳價，對(dui)(dui)西(xi)(xi)(xi)藏(zang)(zang)(zang)地(di)方(fang)政府的(de)(de)(de)供應采(cai)取購(gou)買方(fang)式付給銀兩。如(ru)乾隆五(wu)十三年(nian)（1788年(nian)），就西(xi)(xi)(xi)藏(zang)(zang)(zang)籌(chou)辦(ban)軍(jun)用糧(liang)(liang)餉事，對(dui)(dui)于駐藏(zang)(zang)(zang)官兵(bing)的(de)(de)(de)口糧(liang)(liang)供應，形式多(duo)(duo)樣。如(ru)雍正帝曾下旨將(jiang)駐藏(zang)(zang)(zang)官兵(bing)的(de)(de)(de)口糧(liang)(liang)，由(you)官府發給銀兩，到藏(zang)(zang)(zang)之(zhi)日(ri)，由(you)士兵(bing)自行(xing)買備。乾隆十八年(nian)（1753年(nian)）以后又實行(xing)提前采(cai)買貯存，以免出現供糧(liang)(liang)危機。清軍(jun)出錢在藏(zang)(zang)(zang)區(qu)購(gou)買數量(liang)龐大(da)的(de)(de)(de)軍(jun)糧(liang)(liang)物(wu)資，多(duo)(duo)少帶有(you)商(shang)品買賣的(de)(de)(de)性質，在某種意義上有(you)利(li)于刺激西(xi)(xi)(xi)藏(zang)(zang)(zang)農牧業(ye)生產(chan)和(he)(he)商(shang)品經濟的(de)(de)(de)興起(qi)。
推行軍(jun)屯(tun)是清(qing)代就近(jin)解(jie)決戍邊部(bu)隊糧餉問題(ti)的(de)(de)(de)又一(yi)辦法。清(qing)自(zi)康熙年(nian)間用兵西(xi)(xi)藏(zang)(zang)(zang)后，逐漸(jian)在鄰近(jin)的(de)(de)(de)川（如(ru)(ru)大小金川）、滇（如(ru)(ru)中甸和維西(xi)(xi)）、青（如(ru)(ru)西(xi)(xi)寧至格爾木）等省藏(zang)(zang)(zang)區(qu)推行軍(jun)屯(tun)。雍正九年(nian)（1731年(nian)），清(qing)廷即派兵在青海(hai)柴達(da)木盆(pen)地(di)的(de)(de)(de)額色爾津地(di)方(fang)筑城建廒，進行屯(tun)田(tian)(tian)。官府還(huan)將直隸、山西(xi)(xi)、河南、山東、陜西(xi)(xi)五省軍(jun)流罪(zui)人(ren)犯發配(pei)到青海(hai)大通(tong)布隆吉爾等處，令他們(men)一(yi)同開(kai)墾那里的(de)(de)(de)土(tu)地(di)。屯(tun)田(tian)(tian)地(di)區(qu)除接受(shou)犯人(ren)之外(wai)，還(huan)吸引(yin)不少漢人(ren)向(xiang)藏(zang)(zang)(zang)區(qu)遷移，官府給予屯(tun)田(tian)(tian)眷屬的(de)(de)(de)待遇。對(dui)投(tou)誠的(de)(de)(de)藏(zang)(zang)(zang)民，官府也安插(cha)與漢人(ren)一(yi)體(ti)屯(tun)墾。屯(tun)田(tian)(tian)帶有軍(jun)民混合(he)、漢藏(zang)(zang)(zang)結合(he)的(de)(de)(de)特點。這(zhe)些(xie)屯(tun)田(tian)(tian)，支(zhi)持(chi)了(le)西(xi)(xi)藏(zang)(zang)(zang)，解(jie)決了(le)駐藏(zang)(zang)(zang)清(qing)軍(jun)的(de)(de)(de)一(yi)部(bu)分養贍問題(ti)，減(jian)少了(le)內地(di)供糧的(de)(de)(de)壓力。屯(tun)田(tian)(tian)不僅是對(dui)藏(zang)(zang)(zang)區(qu)農(nong)牧業生(sheng)產有示范(fan)效應，而且(qie)也有利于促進藏(zang)(zang)(zang)區(qu)的(de)(de)(de)開(kai)發。
平(ping)定廓(kuo)爾(er)喀后，清(qing)(qing)(qing)(qing)軍(jun)(jun)進藏(zang)和(he)駐藏(zang)極大地(di)(di)推動了西(xi)藏(zang)與(yu)(yu)內(nei)地(di)(di)、藏(zang)族(zu)(zu)與(yu)(yu)漢族(zu)(zu)之(zhi)間的(de)文(wen)(wen)化(hua)交流(liu)。清(qing)(qing)(qing)(qing)軍(jun)(jun)把(ba)軍(jun)(jun)用(yong)物資、生活用(yong)品(pin)以及內(nei)地(di)(di)先進的(de)農耕、畜牧、建筑(zhu)、藝術等(deng)方面的(de)技術帶進西(xi)藏(zang)，又(you)把(ba)西(xi)藏(zang)的(de)文(wen)(wen)化(hua)及地(di)(di)方特產、各(ge)種藝術品(pin)等(deng)帶回內(nei)地(di)(di)，形成廣泛的(de)交流(liu)。清(qing)(qing)(qing)(qing)軍(jun)(jun)進藏(zang)后主(zhu)動學(xue)習(xi)藏(zang)族(zu)(zu)文(wen)(wen)化(hua)，清(qing)(qing)(qing)(qing)統治者鼓勵(li)清(qing)(qing)(qing)(qing)軍(jun)(jun)要(yao)“熟悉夷(yi)情”，士兵主(zhu)動適應高原生活，甚至與(yu)(yu)藏(zang)族(zu)(zu)通婚。藏(zang)族(zu)(zu)也向清(qing)(qing)(qing)(qing)軍(jun)(jun)學(xue)習(xi)先進的(de)內(nei)地(di)(di)文(wen)(wen)化(hua)和(he)生產技術。清(qing)(qing)(qing)(qing)軍(jun)(jun)作為一個(ge)文(wen)(wen)化(hua)的(de)載體，在與(yu)(yu)藏(zang)族(zu)(zu)的(de)接(jie)觸中，留(liu)下了許多(duo)反(fan)(fan)映(ying)藏(zang)漢民族(zu)(zu)文(wen)(wen)化(hua)交流(liu)的(de)歷史遺跡。由清(qing)(qing)(qing)(qing)軍(jun)(jun)建造的(de)分布(bu)于拉薩等(deng)西(xi)藏(zang)各(ge)地(di)(di)的(de)關帝廟就(jiu)是(shi)其(qi)中的(de)重要(yao)反(fan)(fan)映(ying)。
巧笑倩兮 
