洪武(wu)三年(nian)（1370年(nian)）四月，明太(tai)祖(zu)朱元璋為確(que)保明王(wang)(wang)朝的(de)長治(zhi)久(jiu)安，想方設(she)(she)法加強皇室(shi)(shi)本(ben)身的(de)力量，其具體的(de)辦法就(jiu)是(shi)分(fen)封(feng)(feng)諸(zhu)子為王(wang)(wang)。他把(ba)宗室(shi)(shi)二十(shi)五人（24個(ge)兒子和1個(ge)從(cong)孫）封(feng)(feng)為藩王(wang)(wang)，分(fen)駐北部邊境和全國各戰略要(yao)地(di)，想通(tong)過他們來屏藩皇室(shi)(shi)。朱元璋曾說的(de)：“天下之大，必建藩屏，上衛國家(jia)，下安生民，今諸(zhu)子既(ji)長，宜各有(you)爵封(feng)(feng)，分(fen)鎮諸(zhu)國。”從(cong)全國來看，這些封(feng)(feng)藩主要(yao)有(you)兩類：一(yi)是(shi)腹里，二是(shi)邊塞要(yao)地(di)。受封(feng)(feng)諸(zhu)王(wang)(wang)在自己(ji)的(de)封(feng)(feng)地(di)建立王(wang)(wang)府，設(she)(she)置官屬，地(di)位相當高(gao)，公(gong)侯大臣進見親王(wang)(wang)都(dou)得伏而拜謁。
明朝初年，每一個藩(fan)王(wang)(wang)(wang)除食糧萬(wan)石以外，還有軍(jun)事指揮權(quan)(quan)。藩(fan)王(wang)(wang)(wang)于王(wang)(wang)(wang)府設親王(wang)(wang)(wang)護(hu)衛指揮使(shi)司，轄軍(jun)三護(hu)衛。護(hu)衛甲(jia)士少(shao)者3000人(ren)，多者1.9萬(wan)人(ren)。九位(wei)(wei)塞(sai)王(wang)(wang)(wang)（遼、寧、燕、谷、代、晉(jin)、秦、慶、肅）因(yin)有防御蒙古貴族侵擾的(de)重(zhong)(zhong)任(ren)，所(suo)以護(hu)衛甲(jia)士尤多。北(bei)平的(de)皇四子(zi)燕王(wang)(wang)(wang)朱棣擁兵10萬(wan)，大(da)(da)寧的(de)皇十七子(zi)寧王(wang)(wang)(wang)朱權(quan)(quan)“帶甲(jia)八(ba)萬(wan)，革車六千(qian)”。他們在(zai)邊塞(sai)負(fu)責(ze)筑城(cheng)屯田、訓將練兵、巡視要害、督造軍(jun)器。晉(jin)王(wang)(wang)(wang)、燕王(wang)(wang)(wang)多次出塞(sai)征(zheng)戰，打(da)敗蒙元(yuan)殘(can)余勢(shi)力的(de)軍(jun)隊，尤被明太祖(zu)重(zhong)(zhong)視，軍(jun)中大(da)(da)將皆(jie)受其(qi)節制(zhi)。甚至特(te)詔二王(wang)(wang)(wang)軍(jun)中小(xiao)事自斷，大(da)(da)事才向朝廷報告。尤其(qi)是燕王(wang)(wang)(wang)朱棣，由于功績卓(zhuo)著，朱元(yuan)璋(zhang)令其(qi)“節制(zhi)沿邊士馬”，地位(wei)(wei)獨(du)尊。
藩(fan)王(wang)勢力的(de)膨(peng)脹，勢必(bi)對中央(yang)政(zheng)權構成威脅。在朱元(yuan)璋大封諸王(wang)的(de)時候，時任平(ping)遙縣訓(xun)導的(de)葉(xie)伯巨就指出(chu)，藩(fan)王(wang)勢力過重(zhong)，數代(dai)之后尾大不(bu)掉，到那時再削奪諸藩(fan)，恐怕會釀成漢代(dai)“七國(guo)之亂”、西晉“八王(wang)之亂”的(de)悲劇。提醒朱元(yuan)璋“節(jie)其(qi)(qi)都邑(yi)之制(zhi)，減其(qi)(qi)衛兵，限其(qi)(qi)疆土”。朱元(yuan)璋不(bu)但(dan)聽不(bu)進(jin)勸告，反而將(jiang)其(qi)(qi)下獄囚死。
在分封(feng)之(zhi)中(zhong)，朱元(yuan)(yuan)璋(zhang)曾規定凡(fan)受封(feng)諸(zhu)王(wang)(wang)必須離(li)(li)開(kai)京城(cheng)，到(dao)封(feng)地就藩。不允許各親王(wang)(wang)之(zhi)間相(xiang)互往來(lai)，即使入朝，也不能同時(shi)前來(lai)，必須一王(wang)(wang)離(li)(li)京，另(ling)一王(wang)(wang)才可啟程。朱元(yuan)(yuan)璋(zhang)此舉的(de)(de)目的(de)(de)在于(yu)避免諸(zhu)王(wang)(wang)相(xiang)互串聯，與(yu)中(zhong)央相(xiang)對抗。所以(yi)，諸(zhu)王(wang)(wang)就藩，可以(yi)說是“生離(li)(li)死別”。但朱元(yuan)(yuan)璋(zhang)的(de)(de)用(yong)心良苦，卻未能收到(dao)預期的(de)(de)后果。
明太祖(zu)朱(zhu)元璋(zhang)不僅(jin)分封諸(zhu)子為(wei)藩(fan)(fan)王，而且(qie)在(zai)其成法中(zhong)有(you)一條是關于“靖難”的(de)。朱(zhu)元璋(zhang)當國時，恐權臣篡(cuan)權，規定藩(fan)(fan)王有(you)移文中(zhong)央索(suo)取奸(jian)臣和舉(ju)兵清君(jun)側的(de)權利，他在(zai)《皇明祖(zu)訓(xun)》中(zhong)說：“朝無正(zheng)臣，內有(you)奸(jian)逆，必(bi)舉(ju)兵誅討，以清君(jun)側。”后來的(de)朱(zhu)棣即(ji)以此為(wei)理由，指齊泰、黃子澄為(wei)奸(jian)臣，須加誅討，并稱(cheng)自己的(de)舉(ju)動為(wei)“靖難”，即(ji)靖禍難之(zhi)意。故而靖難之(zhi)役(yi)中(zhong)朱(zhu)棣的(de)口號是“清君(jun)側，靖國難”。
這(zhe)其(qi)中(zhong)，“靖(jing)(jing)難”的(de)意思(si)：“靖(jing)(jing)”指(zhi)平息(xi)，掃(sao)平，清除。“靖(jing)(jing)難”代表平定禍亂，平息(xi)戰亂，掃(sao)平奸(jian)臣的(de)意思(si)。不過太祖的(de)成法里面還有一條就是(shi)皇(huang)帝(di)先召喚(huan)藩王，藩王才(cai)能起兵，且成功鏟除奸(jian)臣后(hou)要(yao)五日(ri)之(zhi)內離京。所(suo)以這(zhe)不過是(shi)朱棣想(xiang)要(yao)奪取皇(huang)位的(de)一個借口而已。
洪武二十五年（1392年），皇太(tai)子(zi)朱(zhu)(zhu)標病死，明(ming)太(tai)祖立(li)朱(zhu)(zhu)標次子(zi)朱(zhu)(zhu)允(yun)(yun)炆為皇太(tai)孫。朱(zhu)(zhu)允(yun)(yun)炆因生性“穎慧好學(xue)，性至(zhi)孝”，而深得朱(zhu)(zhu)元(yuan)(yuan)璋的喜愛，朱(zhu)(zhu)元(yuan)(yuan)璋稱贊他(ta)“而誠(cheng)純孝，顧不忘我乎。”不過，對(dui)于這位“仁柔少斷(duan)”的皇太(tai)孫將來(lai)繼任帝位，朱(zhu)(zhu)元(yuan)(yuan)璋并(bing)不十分滿意(yi)，曾一度打(da)算更換太(tai)子(zi)，后因翰林(lin)學(xue)士劉三吾的勸諫，才沒有(you)這樣(yang)做。
盡管(guan)如此，朱(zhu)元(yuan)(yuan)璋(zhang)對(dui)朱(zhu)允炆的繼位仍放心不(bu)下(xia)。洪武(wu)三十一年（1398年）閏五月，朱(zhu)元(yuan)(yuan)璋(zhang)病故，廟號(hao)太祖，皇太孫朱(zhu)允炆即位為帝。臨終前，朱(zhu)元(yuan)(yuan)璋(zhang)立下(xia)遺詔(zhao)，“皇太孫允炆仁明孝友，天(tian)下(xia)歸心，宜(yi)登大(da)位。內(nei)外文(wen)武(wu)臣(chen)僚同心輔政，以(yi)安吾民(min)”、“諸王臨國中，毋(wu)至(zhi)京(jing)師(shi)”。
朱(zhu)允炆(wen)即位，是為明惠帝，改元建文。盡管有(you)朱(zhu)元璋的遺詔，不(bu)許(xu)諸(zhu)王“入臨、會葬(zang)”，但燕王朱(zhu)棣仍直(zhi)奔京師（今南京）。朱(zhu)允炆(wen)聞訊(xun)后(hou)，立刻派(pai)人持敕，令朱(zhu)棣返回北平（今北京），對此朱(zhu)棣十分(fen)不(bu)悅。
建文(wen)帝即(ji)位(wei)時，鎮守北部(bu)邊疆的(de)諸(zhu)王(wang)(wang)已有很(hen)大的(de)權(quan)勢，寧王(wang)(wang)朱(zhu)(zhu)權(quan)“帶甲八萬(wan)，革車六(liu)千”。燕(yan)王(wang)(wang)朱(zhu)(zhu)棣更握有“節制(zhi)沿邊士(shi)馬(ma)”的(de)重權(quan)。朱(zhu)(zhu)允(yun)(yun)炆(wen)(wen)對(dui)這(zhe)些皇(huang)叔(shu)們憂心忡(chong)(chong)忡(chong)(chong)。建文(wen)元年(nian)（1399年(nian)）正(zheng)月，朱(zhu)(zhu)允(yun)(yun)炆(wen)(wen)即(ji)位(wei)不久，燕(yan)王(wang)(wang)朱(zhu)(zhu)棣即(ji)遣長(chang)史(shi)葛誠(cheng)入朝奏事。朱(zhu)(zhu)允(yun)(yun)炆(wen)(wen)遂向葛誠(cheng)密問燕(yan)王(wang)(wang)府之事，葛誠(cheng)如實(shi)稟(bing)告，乃派他返(fan)回燕(yan)王(wang)(wang)府，作為內(nei)應。葛誠(cheng)回到(dao)燕(yan)王(wang)(wang)府，朱(zhu)(zhu)棣見他神色不對(dui)，心中不免作疑。隨即(ji)朱(zhu)(zhu)棣親(qin)自(zi)入朝，他自(zi)恃皇(huang)叔(shu)身份，徑(jing)直走皇(huang)道入宮，登(deng)陛不拜。監察御史(shi)曾鳳韶彈劾其不敬，戶(hu)部(bu)侍(shi)郎卓敬也(ye)密奏，以(yi)(yi)(yi)燕(yan)王(wang)(wang)“智慮絕(jue)人”，建議(yi)將他徙封至(zhi)南昌，但都被(bei)朱(zhu)(zhu)允(yun)(yun)炆(wen)(wen)以(yi)(yi)(yi)“骨肉至(zhi)親(qin)”，婉言拒(ju)絕(jue)。朱(zhu)(zhu)棣察覺(jue)到(dao)朝廷對(dui)自(zi)己(ji)懷有貳心，回燕(yan)王(wang)(wang)府后，便(bian)托(tuo)辭(ci)患病，以(yi)(yi)(yi)觀事態(tai)的(de)變(bian)化。
藩(fan)王(wang)勢(shi)力如此做大，建文帝與兵部尚書齊泰(tai)、太常卿(qing)黃子(zi)(zi)澄商量(liang)削(xue)(xue)藩(fan)之事。齊泰(tai)、黃子(zi)(zi)澄以諸王(wang)權勢(shi)過大，恐(kong)難駕馭為(wei)由，力主削(xue)(xue)藩(fan)。在(zai)削(xue)(xue)藩(fan)順序上，齊泰(tai)認(ren)為(wei)應先削(xue)(xue)實力最強的燕(yan)(yan)王(wang)。但(dan)黃子(zi)(zi)澄反對，認(ren)為(wei)燕(yan)(yan)王(wang)有功(gong)無過，為(wei)了(le)爭取輿論支持(chi)，應該先找有問題的親王(wang)下手。建文帝支持(chi)黃子(zi)(zi)澄，遂先后廢(fei)除五位親王(wang)。
洪(hong)武三十一(yi)年(nian)（1398年(nian)）七(qi)月，建文帝(di)削周王(wang)朱橚。因周王(wang)朱橚是(shi)燕王(wang)同母(mu)兄弟，而朱允炆怕(pa)他與燕王(wang)沆瀣一(yi)氣，于是(shi)決定(ding)先廢(fei)(fei)周王(wang)。時周王(wang)次子朱有(you)爋告發父親謀反，于是(shi)派曹國公李(li)景隆以備邊(bian)之名經過開封，將周王(wang)全(quan)家押回南京，廢(fei)(fei)為庶人，遷往云南蒙化（今(jin)昆明(ming)以西、大(da)理以南）。
建文元年(nian)（1399年(nian)）四月，朝廷(ting)削齊(qi)(qi)、湘、代(dai)三位親(qin)王，廢為(wei)庶(shu)人。湘王朱柏不堪受(shou)辱，為(wei)保(bao)名節舉家(jia)自(zi)焚；齊(qi)(qi)王朱榑被軟(ruan)禁在南京；代(dai)王朱桂(gui)被軟(ruan)禁在封地(di)大(da)同。兩(liang)個月后，明廷(ting)削岷王朱楩，廢為(wei)庶(shu)人，徙漳州。
由于朝(chao)廷削藩(fan)激(ji)化(hua)(hua)矛盾，藩(fan)王與朝(chao)廷開始決裂，此時實力最強(qiang)的燕王就成了真正的眾藩(fan)之首。而朱允炆與朱棣之間(jian)的博弈亦逐漸激(ji)化(hua)(hua)。
洪武三(san)十一年(nian)(nian)(nian)（1398年(nian)(nian)(nian)）十二月，為了提(ti)防燕(yan)王(wang)(wang)謀反，朱允炆派(pai)工部侍郎張昺(bing)為北(bei)(bei)(bei)平(ping)(ping)布政使，都指(zhi)揮使謝貴、張信為北(bei)(bei)(bei)平(ping)(ping)都指(zhi)揮使。隨(sui)后(hou)又命都督宋忠屯兵駐(zhu)開平(ping)(ping)，并調走(zou)北(bei)(bei)(bei)平(ping)(ping)原屬(shu)燕(yan)王(wang)(wang)管轄的(de)軍(jun)隊。燕(yan)王(wang)(wang)朱棣(di)(di)見到幾位藩(fan)王(wang)(wang)先(xian)后(hou)被(bei)削，明白如(ru)此下去必無(wu)法(fa)逃(tao)過此劫，遂一邊爭取(qu)時間(jian)一邊做戰爭準備。為了爭取(qu)時間(jian)，建(jian)文元年(nian)(nian)(nian)（1399年(nian)(nian)(nian)），朱棣(di)(di)先(xian)裝病，使惠帝(di)放(fang)三(san)子回北(bei)(bei)(bei)平(ping)(ping)；之后(hou)由于屬(shu)下被(bei)朝廷處死，遂裝瘋(feng)。但由于王(wang)(wang)府長史葛誠叛變，密(mi)奏(zou)朝廷“燕(yan)王(wang)(wang)裝病”。朱棣(di)(di)裝瘋(feng)被(bei)發覺。而(er)心中(zhong)早已對父皇冊立自己的(de)侄子為太孫而(er)繼(ji)位有所不滿，便立即誘殺了前來執行監(jian)視(shi)逮捕任務的(de)將臣(chen)，于建(jian)文元年(nian)(nian)(nian)（1399年(nian)(nian)(nian)）七(qi)月起兵反抗明朝中(zhong)央政府。
燕王(wang)(wang)遣使入(ru)京師金(jin)陵(ling)奏(zou)事，使者被齊泰等審(shen)訊(xun)，被迫供(gong)出燕王(wang)(wang)的(de)異狀(zhuang)，于(yu)是(shi)朝(chao)廷下(xia)密(mi)旨，令張(zhang)(zhang)昺(bing)、謝貴(gui)逮捕(bu)燕王(wang)(wang)府(fu)的(de)官屬，張(zhang)(zhang)信(xin)逮捕(bu)燕王(wang)(wang)本(ben)人(ren)。但張(zhang)(zhang)信(xin)與其母(mu)親討(tao)論之后(hou)，將(jiang)(jiang)此事告知朱(zhu)(zhu)棣(di)(di)。于(yu)是(shi)朱(zhu)(zhu)棣(di)(di)和姚廣(guang)孝等進(jin)行舉兵(bing)的(de)謀(mou)劃，令張(zhang)(zhang)玉(yu)、朱(zhu)(zhu)能將(jiang)(jiang)八百勇(yong)士帶入(ru)燕王(wang)(wang)府(fu)中潛伏，以待變故。張(zhang)(zhang)昺(bing)、謝貴(gui)得到朱(zhu)(zhu)允(yun)炆密(mi)詔(zhao)后(hou)，于(yu)建文元年(nian)（1399年(nian)）七月初四帶兵(bing)包圍了燕王(wang)(wang)府(fu)。朱(zhu)(zhu)棣(di)(di)假意將(jiang)(jiang)官屬全部捆縛，請(qing)二(er)人(ren)進(jin)府(fu)查驗。二(er)人(ren)進(jin)府(fu)后(hou)，朱(zhu)(zhu)棣(di)(di)派出府(fu)內(nei)死士將(jiang)(jiang)其擒獲，并連同(tong)(tong)府(fu)內(nei)叛變的(de)葛誠、盧振一(yi)同(tong)(tong)處決。當日夜里，朱(zhu)(zhu)棣(di)(di)攻下(xia)北平九門，遂控制北平城(cheng)。
燕軍(jun)(jun)控制北(bei)(bei)平(ping)后，建文元年（1399年）七(qi)月(yue)初(chu)六，通州主動歸附；七(qi)月(yue)初(chu)八，攻(gong)破薊州，遵化、密(mi)云(yun)歸附；七(qi)月(yue)十一，攻(gong)破居庸關(guan)；七(qi)月(yue)十六，攻(gong)破懷來，擒(qin)殺宋忠等；七(qi)月(yue)十八，永平(ping)府（今河北(bei)(bei)盧龍縣(xian)，屬(shu)秦皇島(dao)市(shi)）歸附。七(qi)月(yue)二(er)十七(qi)，為防止大寧軍(jun)(jun)隊從松亭(ting)關(guan)偷襲(xi)北(bei)(bei)平(ping)，用反間計(ji)使松亭(ting)關(guan)內訌，守(shou)將(jiang)卜萬(wan)下(xia)獄。至此，北(bei)(bei)平(ping)周(zhou)圍(wei)全(quan)部掃清。燕軍(jun)(jun)兵(bing)力增至數(shu)萬(wan)。
燕軍攻(gong)破(po)懷(huai)來后，由于領地相距(ju)太近，七月二十四日，谷王(wang)朱橞逃離封地宣府（今(jin)屬(shu)張家口，距(ju)北京約150公(gong)里(li)，距(ju)懷(huai)來約60公(gong)里(li)），奔金陵。八月，齊(qi)泰等顧(gu)慮遼王(wang)、寧王(wang)幫助燕王(wang)，建議(yi)召(zhao)還京師；遼王(wang)從(cong)海路返京，而寧王(wang)不從(cong)，遂削寧王(wang)護衛(wei)。宋(song)忠失(shi)敗后，部將(jiang)陳質(zhi)退(tui)守大(da)同。代王(wang)本(ben)欲(yu)起兵(bing)呼應朱棣(di)，被陳質(zhi)所控(kong)制，未果。
建文元(yuan)年（1399年）七月，朱(zhu)棣反書(shu)至南京，朱(zhu)允炆祭(ji)告太廟，削朱(zhu)棣宗室屬籍，廢為庶(shu)人。決定起兵討燕。在真定（今河北(bei)正定）設置平燕布(bu)政司。
朱(zhu)(zhu)棣初(chu)起兵(bing)(bing)時，燕(yan)軍(jun)(jun)(jun)只(zhi)據北(bei)(bei)(bei)(bei)(bei)平(ping)(ping)一隅之(zhi)地，勢(shi)小(xiao)力弱，朝(chao)廷(ting)則在各方面都占(zhan)壓倒性優(you)勢(shi)。所以戰爭初(chu)期，朝(chao)廷(ting)擬以優(you)勢(shi)兵(bing)(bing)力，分進合擊，將燕(yan)軍(jun)(jun)(jun)圍殲于北(bei)(bei)(bei)(bei)(bei)平(ping)(ping)。朱(zhu)(zhu)棣采取內線作戰，以部將郭資戍守北(bei)(bei)(bei)(bei)(bei)平(ping)(ping)（今北(bei)(bei)(bei)(bei)(bei)京），迅速即攻取了北(bei)(bei)(bei)(bei)(bei)平(ping)(ping)以北(bei)(bei)(bei)(bei)(bei)的居庸關、懷來(lai)、密(mi)云和以東(dong)的薊州(zhou)、遵化、永平(ping)(ping)（今河(he)(he)北(bei)(bei)(bei)(bei)(bei)盧龍）等州(zhou)縣，掃平(ping)(ping)了北(bei)(bei)(bei)(bei)(bei)平(ping)(ping)的外圍，排除了后(hou)(hou)顧之(zhi)憂，便于從容對付(fu)朝(chao)廷(ting)的問(wen)罪之(zhi)師(shi)。經(jing)過(guo)朱(zhu)(zhu)元璋(zhang)大(da)(da)肆殺戮功(gong)臣宿將之(zhi)后(hou)(hou)，朝(chao)廷(ting)也(ye)無將可(ke)用(yong)，朱(zhu)(zhu)允炆只(zhi)好起用(yong)年近古稀(xi)的幸存老將長(chang)興侯耿(geng)炳文為大(da)(da)將軍(jun)(jun)(jun)，駙馬都尉李(li)堅為左(zuo)副(fu)將軍(jun)(jun)(jun)，都督寧(ning)忠為右副(fu)將軍(jun)(jun)(jun)，率軍(jun)(jun)(jun)13萬(wan)(wan)伐燕(yan)，數路并進，號稱百萬(wan)(wan)大(da)(da)軍(jun)(jun)(jun)，同時傳檄山東(dong)、河(he)(he)南、山西三(san)省供給軍(jun)(jun)(jun)餉。耿(geng)炳文率軍(jun)(jun)(jun)在八(ba)月(yue)十三(san)日到達真定，并分兵(bing)(bing)于河(he)(he)間(jian)、鄚(mao)州(zhou)（河(he)(he)北(bei)(bei)(bei)(bei)(bei)任丘北(bei)(bei)(bei)(bei)(bei)約30里）、雄(xiong)縣，為犄角之(zhi)勢(shi)。在經(jing)過(guo)觀察后(hou)(hou)，八(ba)月(yue)十五日，燕(yan)軍(jun)(jun)(jun)趁中秋夜敵軍(jun)(jun)(jun)不(bu)備，偷襲雄(xiong)縣；成功(gong)后(hou)(hou)又利用(yong)伏擊擊敗了鄚(mao)州(zhou)的援兵(bing)(bing)，遂攻克(ke)鄚(mao)州(zhou)，收編剩余的部隊(dui)。
耿(geng)(geng)炳(bing)(bing)文部將(jiang)張保(bao)來(lai)降，告(gao)知朱棣耿(geng)(geng)炳(bing)(bing)文的(de)部隊(dui)分駐滹沱河兩岸(an)，于是朱棣讓(rang)他(ta)回去告(gao)訴耿(geng)(geng)炳(bing)(bing)文“雄縣、鄚州大敗，燕兵將(jiang)至(zhi)”，以(yi)打擊其士氣，并使耿(geng)(geng)炳(bing)(bing)文合兵一處，便(bian)于一舉擊潰。耿(geng)(geng)炳(bing)(bing)文果然將(jiang)南岸(an)的(de)兵調過河。八月(yue)二十四日，燕軍到達(da)無極縣。從(cong)樵夫和南軍被俘士兵處得知敵(di)情，于是燕軍發(fa)動(dong)決戰。
建文(wen)元年（1399年）八月，南(nan)軍(jun)(jun)師(shi)至河北(bei)(bei)滹沱(tuo)河地(di)區。燕(yan)王(wang)在中秋(qiu)夜乘南(nan)軍(jun)(jun)飲酒作樂之機，突(tu)破(po)雄(xiong)縣，盡克(ke)南(nan)軍(jun)(jun)的先頭(tou)部隊。繼而又于滹沱(tuo)河北(bei)(bei)岸大敗南(nan)軍(jun)(jun)的主力部隊。耿炳文(wen)逃入真定(ding)(ding)城(cheng)中，閉門固(gu)守。燕(yan)軍(jun)(jun)攻城(cheng)三(san)日(ri)不(bu)(bu)克(ke)，還師(shi)北(bei)(bei)平(ping)。耿炳文(wen)率(lv)殘部不(bu)(bu)到(dao)十萬(wan)人在真定(ding)(ding)堅守不(bu)(bu)出，燕(yan)軍(jun)(jun)攻城(cheng)三(san)天不(bu)(bu)克(ke)。八月二十九(jiu)日(ri)，燕(yan)軍(jun)(jun)返回(hui)北(bei)(bei)平(ping)。顧成(cheng)降燕(yan)之后，留在北(bei)(bei)平(ping)協助燕(yan)世子(zi)朱高熾守城(cheng)。
建文帝聽到耿炳(bing)文軍(jun)敗(bai)，根據黃子(zi)澄(cheng)的推薦，任曹國公李文忠之(zhi)子(zi)李景隆(long)為大將軍(jun)，代替耿炳(bing)文對(dui)燕軍(jun)作戰。又(you)令遼東江陰侯吳高等領兵圍攻永平（今河北(bei)昌黎西北(bei)）。朱棣留下(xia)少(shao)量(liang)兵將堅守北(bei)平，自己親統大軍(jun)救(jiu)援永平。
本是紈绔子弟，素不(bu)知(zhi)(zhi)兵(bing)，“寡謀而驕，色厲而餒”。建文元年（1399年）九月，李景(jing)隆(long)至山東德州，收集耿炳文的潰(kui)散兵(bing)將，并調各路(lu)軍(jun)馬，共計50萬，進(jin)(jin)抵河(he)間駐扎(zha)。當朱棣(di)偵知(zhi)(zhi)李景(jing)隆(long)軍(jun)中的部(bu)署后，笑著說，兵(bing)法(fa)有五敗，李景(jing)隆(long)全犯了，其兵(bing)必敗無疑，這(zhe)就是政令不(bu)修(xiu)，上下離心(xin)；兵(bing)將不(bu)適北平霜雪(xue)氣候，糧草不(bu)足；不(bu)計險(xian)易(yi)，深入(ru)趨利；求勝心(xin)切，剛愎自用，但智(zhi)信不(bu)足，仁勇俱無；所(suo)部(bu)盡是烏(wu)合之眾，且(qie)不(bu)團(tuan)結(jie)。為了引誘南軍(jun)深入(ru)，朱棣(di)決計姚廣孝協(xie)助世子朱高(gao)熾(chi)留守北平，自己親率(lv)大軍(jun)去援救(jiu)被(bei)遼(liao)東軍(jun)進(jin)(jin)攻的永平，并告誡朱高(gao)熾(chi)說：“李景(jing)隆(long)來，只(zhi)宜堅守，不(bu)能出戰。”朱棣(di)還撤去了盧溝(gou)橋的守兵(bing)。
朱(zhu)棣(di)這(zhe)(zhe)一招果然(ran)靈驗，李景隆(long)(long)聽說(shuo)(shuo)朱(zhu)棣(di)率軍(jun)赴援(yuan)永平，就(jiu)率師(shi)于建文元年（1399年）十(shi)月直(zhi)趨北(bei)平城(cheng)下(xia)。經過(guo)(guo)盧溝橋(qiao)時(shi)見無守(shou)兵，禁不住歡(huan)喜，說(shuo)(shuo)：“不守(shou)此(ci)橋(qiao)，我看(kan)朱(zhu)棣(di)是(shi)無能為(wei)力了(le)。”這(zhe)(zhe)時(shi)朱(zhu)高熾(chi)在北(bei)平城(cheng)內嚴密部署，拼死守(shou)衛(wei)。李景隆(long)(long)則(ze)號令不嚴，指揮失當，幾次(ci)攻(gong)(gong)城(cheng)，皆被擊退(tui)。南軍(jun)都(dou)督瞿能曾率千余精(jing)騎(qi)，殺入張掖(ye)門，但后援(yuan)不至，只好停止進(jin)攻(gong)(gong)。又因(yin)李景隆(long)(long)貪功(gong)，要瞿能等待(dai)大部隊(dui)一起進(jin)攻(gong)(gong)，錯過(guo)(guo)了(le)時(shi)機(ji)。燕軍(jun)則(ze)因(yin)此(ci)得到喘息，連夜往城(cheng) 墻上(shang)潑水，天冷結(jie)冰(bing)，待(dai)到次(ci)日，南軍(jun)也無法(fa)攀(pan)城(cheng)進(jin)攻(gong)(gong)了(le)。吳高怯懦，不敢應戰，退(tui)保山海(hai)關。朱(zhu)棣(di)解救(jiu)永平之后，率師(shi)直(zhi)趨大寧（今內蒙古(gu)寧城(cheng)西）。
建文(wen)元年（1399年）九月(yue)初一，江陰侯吳(wu)高率(lv)遼東兵攻打永平郡，故朱(zhu)(zhu)(zhu)棣(di)趁李景隆躊躇不決之際(ji)，九月(yue)十(shi)(shi)九日前往(wang)救援。九月(yue)二十(shi)(shi)五日，朱(zhu)(zhu)(zhu)棣(di)擊敗吳(wu)高，并決定(ding)趁勢偷襲十(shi)(shi)七弟(di)寧王(wang)朱(zhu)(zhu)(zhu)權的藩地大寧（今(jin)內蒙(meng)古(gu)寧城(cheng)(cheng)）以獲得(de)其精銳(rui)部隊(dui)朵顏三衛；另一方面利而誘之，將南軍(jun)引(yin)至(zhi)“空城(cheng)(cheng)”北平下。九月(yue)二十(shi)(shi)八日，朱(zhu)(zhu)(zhu)棣(di)率(lv)眾出師。傳信給(gei)燕世子朱(zhu)(zhu)(zhu)高熾，令其堅守北平城(cheng)(cheng)。
十月(yue)(yue)初六日，燕軍經小(xiao)路(lu)到(dao)達(da)大(da)(da)寧(ning)(ning)城(cheng)(cheng)下。朱棣單騎入(ru)城(cheng)(cheng)（一說擊敗守將房(fang)寬后(hou)入(ru)城(cheng)(cheng)），見(jian)寧(ning)(ning)王朱權(quan)(quan)(quan)，哭訴(su)自己(ji)無路(lu)可走(zou)，向(xiang)(xiang)朱權(quan)(quan)(quan)求救，希望能向(xiang)(xiang)朝(chao)廷上書(shu)，謝罪(zui)免死。朱權(quan)(quan)(quan)相信并(bing)收留了他。在居大(da)(da)寧(ning)(ning)期間，朱棣令手(shou)下吏士入(ru)城(cheng)(cheng)結交(jiao)并(bing)賄賂大(da)(da)寧(ning)(ning)的(de)軍官(guan)等。十月(yue)(yue)十三(san)日，朱棣提出告(gao)辭(ci)，朱權(quan)(quan)(quan)在郊(jiao)外(wai)送行；但(dan)朱權(quan)(quan)(quan)來到(dao)郊(jiao)外(wai)后(hou)，伏兵盡起，大(da)(da)寧(ning)(ning)軍紛紛叛變，歸附朱棣。于是朱權(quan)(quan)(quan)與(yu)寧(ning)(ning)王妃、寧(ning)(ning)王世(shi)子等一同隨朱棣前往北平，而(er)大(da)(da)寧(ning)(ning)的(de)全部軍隊(dui)（包括其騎兵精銳朵顏三(san)衛）都被朱棣收編(bian)。大(da)(da)寧(ning)(ning)成(cheng)為空城(cheng)(cheng)，朱棣實力大(da)(da)增。
聽(ting)說(shuo)燕王(wang)朱棣率精銳征大寧，李(li)景(jing)隆引軍(jun)(jun)攻(gong)(gong)北(bei)平。南軍(jun)(jun)在鄭村壩（今大興以(yi)東二十里(li)）扎營(ying)，筑(zhu)壘同(tong)攻(gong)(gong)北(bei)平九門。燕王(wang)世子朱高熾(chi)堅守。朱高熾(chi)遣(qian)人夜間偷襲(xi)南軍(jun)(jun)大營(ying)，獲得了一定的(de)喘(chuan)息時間；南軍(jun)(jun)攻(gong)(gong)城急時，城中(zhong)婦(fu)女也上城頭向下投擲(zhi)瓦石。
南軍唯一(yi)一(yi)次獲勝(sheng)的機會是(shi)都督(du)瞿能(neng)攻(gong)(gong)張(zhang)掖(ye)門（一(yi)說彰義門，據《方輿紀要》，彰義門即西直門；存疑），幾乎要攻(gong)(gong)下時(shi)，因被李景隆所(suo)忌，只得停止(zhi)。功(gong)敗垂成。農歷十月北平甚是(shi)寒冷，于是(shi)燕軍守城部隊(dui)夜里汲水澆于城墻上，次日城墻結冰(bing)，南軍無法攀登。南軍因天(tian)寒地(di)凍，戰(zhan)斗力驟降，攻(gong)(gong)勢(shi)自此受阻。
建文(wen)元年（1399年）十(shi)(shi)(shi)月十(shi)(shi)(shi)九(jiu)日(ri)，燕(yan)軍(jun)(jun)(jun)在會州(zhou)（今河北(bei)省(sheng)平泉縣）整編，分立五(wu)(wu)軍(jun)(jun)(jun)（中、前、左(zuo)、右、后）。十(shi)(shi)(shi)月二十(shi)(shi)(shi)一(yi)(yi)日(ri)，燕(yan)軍(jun)(jun)(jun)入(ru)松(song)亭關(guan)（今河北(bei)寬城(cheng)縣西南）。十(shi)(shi)(shi)一(yi)(yi)月初(chu)五(wu)(wu)日(ri)，燕(yan)軍(jun)(jun)(jun)渡白河（時已結冰，渡河處在今北(bei)京順義區東），并打(da)敗李景(jing)(jing)隆(long)的哨探(tan)陳暉(hui)部(bu)隊(dui)萬余(yu)人。當天，與李景(jing)(jing)隆(long)大軍(jun)(jun)(jun)在鄭(zheng)村壩會戰(zhan)。燕(yan)軍(jun)(jun)(jun)左(zuo)右沖擊(ji)，連破南軍(jun)(jun)(jun)七營，李景(jing)(jing)隆(long)大敗。當夜，李景(jing)(jing)隆(long)見戰(zhan)事不利，令(ling)鄭(zheng)村壩所有軍(jun)(jun)(jun)隊(dui)輕(qing)裝(zhuang)撤退(tui)。數十(shi)(shi)(shi)萬人的輜(zi)重全部(bu)留(liu)給了燕(yan)軍(jun)(jun)(jun)。但李景(jing)(jing)隆(long)走得匆(cong)忙，沒(mei)有通知圍攻北(bei)平城(cheng)的南軍(jun)(jun)(jun)軍(jun)(jun)(jun)隊(dui)，于(yu)是燕(yan)軍(jun)(jun)(jun)輕(qing)易擊(ji)潰北(bei)平城(cheng)下的南軍(jun)(jun)(jun)，獲得其物資。李景(jing)(jing)隆(long)率軍(jun)(jun)(jun)撤回德州(zhou)，鄭(zheng)村壩之戰(zhan)結束。此戰(zhan)南軍(jun)(jun)(jun)喪師十(shi)(shi)(shi)余(yu)萬人。
建(jian)文(wen)元年(nian)（1399年(nian)）十一月初九日，朱棣(di)回(hui)到北平城，因為之前（七月）上(shang)書沒(mei)有回(hui)信，再次(ci)上(shang)書朝廷，陳述齊泰、黃子(zi)澄構(gou)陷宗藩的(de)罪過。建(jian)文(wen)帝沒(mei)有回(hui)應。十二月，朱棣(di)用反間計令(ling)遼東守(shou)將吳高被削爵貶黜，消除東北方(fang)向的(de)后顧之憂。
由于(yu)李(li)景隆(long)(long)準備等來年(nian)（1400年(nian)）開春再北上攻(gong)燕(yan)，朱(zhu)棣(di)決定攻(gong)打山(shan)西大(da)(da)同，以使南軍疲于(yu)奔(ben)命。十二月(yue)十九日(ri)，朱(zhu)棣(di)出師攻(gong)大(da)(da)同。十二月(yue)二十四日(ri)，燕(yan)軍抵達廣昌(chang)，守將楊宗投降。建文二年(nian)（1400年(nian)）正月(yue)初一，燕(yan)軍抵達蔚州，明軍守將王(wang)忠、李(li)遠(yuan)投降燕(yan)軍。二月(yue)初二日(ri)，燕(yan)軍攻(gong)打大(da)(da)同。由于(yu)大(da)(da)同是代王(wang)的封地(di)(di)(di)且軍事地(di)(di)(di)位極重要(yao)，李(li)景隆(long)(long)不(bu)得不(bu)救援。待李(li)景隆(long)(long)走(zou)出紫荊關后，燕(yan)軍從居庸關返(fan)回北平(ping)。南軍在冰天雪(xue)地(di)(di)(di)中白跑(pao)一趟，兵力、裝備大(da)(da)量(liang)損(sun)失，士氣受(shou)到重創。
建(jian)文二年（1400年）二月二十八日，李景(jing)隆給朱棣(di)寫信，請求暫時(shi)停戰。燕(yan)王(wang)回信索要(yao)齊泰(tai)、黃(huang)子澄(cheng)等。一(yi)說李景(jing)隆自(zi)此(ci)有二心(xin)。除了使南軍白跑了一(yi)個月外，燕(yan)軍在本次伐大同時(shi)意(yi)外遇到了從(cong)蒙古來(lai)降(jiang)(jiang)的(de)軍隊(dui)，收編之。此(ci)外，保定(ding)府(fu)于建(jian)文二年（1400年）二月降(jiang)(jiang)燕(yan)。
李景(jing)隆在(zai)幾個月的(de)時間內一(yi)敗再敗，建文帝(di)撤(che)免了他的(de)大將軍(jun)職務(wu)，建文帝(di)采黃(huang)子澄(cheng)之(zhi)謀(mou)，遣使議和以求緩攻(gong)，又任命(ming)盛庸為平燕將軍(jun)，代李景(jing)隆統兵(bing)。盛庸屯兵(bing)德州，以遏燕軍(jun)南下。
李景隆敗退后，燕(yan)軍(jun)圍濟(ji)(ji)南。右(you)參政鐵鉉、盛庸(yong)堅(jian)守。朱棣(di)射信入城招降(jiang)，未果。建文二(er)年(nian)（1400年(nian)）五月十七(qi)日，燕(yan)軍(jun)掘開河(he)堤，放水(shui)灌城。鐵鉉見勢不(bu)妙，決(jue)定派(pai)千(qian)人詐降(jiang)，誘朱棣(di)進(jin)城。次(ci)日，朱棣(di)前往濟(ji)(ji)南，走到城門口(kou)時，城門預設(she)的(de)鐵板落下，但略快(kuai)了(le)些，只打中了(le)其所乘馬(ma)的(de)頭。朱棣(di)大驚，換馬(ma)跑回。由(you)于事出意外，斷其后路等工作沒能成功。朱棣(di)逃回，大怒，圍城攻打三個月。
由于濟南(nan)的(de)軍(jun)(jun)(jun)事地位極重要，若取得(de)濟南(nan)，進(jin)可南(nan)下(xia)攻打(da)，退(tui)可畫疆自守，故(gu)燕(yan)(yan)軍(jun)(jun)(jun)乘(cheng)新勝(sheng)之銳氣，志在必(bi)得(de)。不(bu)(bu)(bu)料攻城不(bu)(bu)(bu)利，朱(zhu)棣憤怒(nu)之下(xia)決定使用大(da)炮攻城，城中不(bu)(bu)(bu)支。鐵(tie)鉉(xuan)見狀，在一些木牌上寫了“高皇帝(di)神牌”幾個字并掛在城頭(tou)，燕(yan)(yan)軍(jun)(jun)(jun)只得(de)停止炮擊(ji)。六(liu)月(yue)，惠帝(di)見濟南(nan)危急，遣使求和(he)。朱(zhu)棣不(bu)(bu)(bu)聽。七月(yue)，平(ping)安進(jin)軍(jun)(jun)(jun)河間(jian)，擾亂燕(yan)(yan)軍(jun)(jun)(jun)糧道。朱(zhu)棣進(jin)退(tui)不(bu)(bu)(bu)得(de)，八(ba)月(yue)十六(liu)，撤兵回北(bei)平(ping)。盛庸、鐵(tie)鉉(xuan)追擊(ji)，大(da)敗燕(yan)(yan)軍(jun)(jun)(jun)，收復(fu)德州(zhou)。濟南(nan)之戰結束。
九月初十，朱(zhu)允炆(wen)升鐵鉉為(wei)(wei)山東布政使，參(can)贊軍務，不久后升兵部尚書(shu)；封盛庸(yong)為(wei)(wei)歷城(cheng)侯(hou)，平燕將(jiang)軍，撤換(huan)李景隆。都(dou)督陳暉(hui)、平安為(wei)(wei)副職。南(nan)軍重新進(jin)到德州(zhou)、定(ding)州(zhou)（今保定(ding)與石家莊之(zhi)間(jian)）、滄州(zhou)（今河北滄州(zhou)）。
東昌(chang)之敗(bai)之后，朱(zhu)棣(di)以此為恥，與道(dao)衍和尚(shang)姚廣孝商議對(dui)策。道(dao)衍強(qiang)烈支持朱(zhu)棣(di)再(zai)次出兵(bing)。于是于建文三(san)年(nian)（1401年(nian)）二月(yue)初九日(ri)(ri)，朱(zhu)棣(di)祭陣(zhen)亡(wang)將士，并脫下袍子燒(shao)掉，激勵軍(jun)士。二月(yue)十(shi)六日(ri)(ri)，朱(zhu)棣(di)再(zai)次出師。當時(shi)盛(sheng)庸駐(zhu)兵(bing)二十(shi)萬于山東德州，吳杰(jie)、平(ping)安駐(zhu)扎在(zai)真定。朱(zhu)棣(di)決定趁(chen)南軍(jun)兩(liang)軍(jun)分隔(ge)，先破盛(sheng)庸一部。三(san)月(yue)二十(shi)日(ri)(ri)，燕(yan)軍(jun)探知(zhi)盛(sheng)庸在(zai)夾河(he)（今河(he)北省衡水市武邑縣附近，漳(zhang)河(he)支流(liu)）駐(zhu)扎，于是駐(zhu)扎在(zai)距對(dui)方(fang)(fang)四十(shi)里的地方(fang)(fang)。
三月二十二日，燕軍(jun)(jun)進兵(bing)(bing)(bing)(bing)夾河。盛(sheng)庸(yong)仍(reng)結下堅(jian)陣，備大(da)量火槍強弩。朱(zhu)棣利(li)用建文帝(di)嚴禁(jin)傷(shang)(shang)害燕王之旨，親自率(lv)幾個輕(qing)騎兵(bing)(bing)(bing)(bing)掠過南軍(jun)(jun)陣地偵查(cha)。盛(sheng)庸(yong)不(bu)敢開槍，只得派出(chu)自己的(de)騎兵(bing)(bing)(bing)(bing)追(zhui)趕(gan)朱(zhu)棣，不(bu)了(le)了(le)之。偵查(cha)后，朱(zhu)棣率(lv)領一(yi)萬騎兵(bing)(bing)(bing)(bing)和五千步兵(bing)(bing)(bing)(bing)攻(gong)擊盛(sheng)庸(yong)軍(jun)(jun)左(zuo)翼，不(bu)能(neng)入。此時燕將(jiang)譚淵望見(jian)已經(jing)開戰(zhan)(zhan)，于是主(zhu)動(dong)出(chu)兵(bing)(bing)(bing)(bing)攻(gong)打(da)。盛(sheng)庸(yong)部(bu)將(jiang)莊(zhuang)得死戰(zhan)(zhan)，會合盛(sheng)庸(yong)軍(jun)(jun)，斬殺(sha)譚淵。朱(zhu)棣、朱(zhu)能(neng)等則趁南軍(jun)(jun)調動(dong)產生的(de)混亂(luan)，趁暮色向南軍(jun)(jun)后方(fang)猛攻(gong)，斬殺(sha)莊(zhuang)得。盛(sheng)庸(yong)穩住(zhu)了(le)陣腳，天(tian)色已晚，雙(shuang)方(fang)罷兵(bing)(bing)(bing)(bing)。此戰(zhan)(zhan)殺(sha)傷(shang)(shang)相(xiang)當，但燕軍(jun)(jun)損失了(le)大(da)將(jiang)譚淵。
當夜，朱(zhu)棣(di)(di)率領(ling)十(shi)余人(ren)在盛庸(yong)(yong)(yong)營(ying)地附近露宿；三(san)(san)月二十(shi)三(san)(san)日清晨，朱(zhu)棣(di)(di)發現被(bei)南(nan)軍包圍。朱(zhu)棣(di)(di)再次利用(yong)禁殺之(zhi)(zhi)旨，引馬鳴角，穿過敵軍，揚長而去。南(nan)軍愕然，不敢射箭。朱(zhu)棣(di)(di)回到營(ying)中(zhong)，鼓勵眾將(jiang)“兩軍相當，將(jiang)勇(yong)者勝”，于是燕軍在東北方向，盛庸(yong)(yong)(yong)軍在西南(nan)方向，再次會(hui)(hui)戰。燕軍左(zuo)右沖擊(ji)，盛庸(yong)(yong)(yong)堅守，雙方互有勝負。戰斗打了(le)三(san)(san)四個(ge)時辰后(hou)，突然刮起了(le)強烈的東北風(feng)，塵埃蔽天。南(nan)軍頂(ding)著風(feng)沙，根(gen)本沒法作戰；燕軍則乘風(feng)大呼，縱左(zuo)右翼(yi)橫擊(ji)之(zhi)(zhi)，盛庸(yong)(yong)(yong)大敗(bai)，損失了(le)數萬人(ren)后(hou)，退(tui)回德(de)州。吳杰、平安引兵(bing)準備會(hui)(hui)合盛庸(yong)(yong)(yong)，聞庸(yong)(yong)(yong)已敗(bai)，退(tui)回真(zhen)定。夾(jia)(jia)河(he)(he)之(zhi)(zhi)戰結束(shu)。夾(jia)(jia)河(he)(he)之(zhi)(zhi)戰重新確立(li)了(le)燕軍的優勢(shi)。閏三(san)(san)月初(chu)四，建文(wen)帝(di)因夾(jia)(jia)河(he)(he)之(zhi)(zhi)敗(bai)，再次罷免齊泰、黃子澄，謫出京(jing)城，暗中(zhong)令(ling)其(qi)募兵(bing)。
擊敗盛庸后，朱(zhu)(zhu)棣(di)進軍(jun)真定(ding)。考慮(lv)到攻(gong)城較(jiao)困難，決定(ding)誘敵(di)出戰(zhan)。于(yu)(yu)是(shi)下令(ling)軍(jun)中(zhong)四出取糧，而用(yong)間(jian)諜向(xiang)吳(wu)杰等透(tou)露此(ci)事(shi)。吳(wu)杰等見(jian)狀，決定(ding)襲擊燕軍(jun)。閏三(san)月初(chu)九(jiu)，兩軍(jun)會于(yu)(yu)藳城，遂交戰(zhan)。南軍(jun)列方陣，朱(zhu)(zhu)棣(di)則率精銳攻(gong)其東北角(jiao)以破陣。燕將薛祿由(you)于(yu)(yu)馬失足(zu)被擒，但奪敵(di)刀(dao)斬數(shu)人后，奪馬逃(tao)走。此(ci)戰(zhan)大量燕軍(jun)被南軍(jun)的火槍和(he)弓弩所傷，朱(zhu)(zhu)棣(di)的帥旗被射(she)得(de)像刺猬一樣(yang)；但是(shi)，由(you)于(yu)(yu)朱(zhu)(zhu)允炆的禁殺之旨，朱(zhu)(zhu)棣(di)本人反(fan)而沒(mei)事(shi)。
次日，兩軍(jun)再次交戰(zhan)(zhan)。在戰(zhan)(zhan)斗中(zhong)突然又(you)刮起了猛烈的大(da)風，南軍(jun)不(bu)能(neng)支，大(da)敗而去。燕(yan)軍(jun)四面(mian)圍攻，斬首六(liu)萬余級。吳(wu)杰、平安等逃回真定，堅守不(bu)出。朱棣將射成刺猬的軍(jun)旗(qi)送回北(bei)平，令世子朱高熾妥善保存，以警示后人(ren)。從白溝河、夾河到藳城(cheng)，燕(yan)軍(jun)三次得大(da)風相助而勝，朱棣認為這是天命所在，非人(ren)力所能(neng)為。
夾河(he)、藳城之戰(zhan)再次使南(nan)軍損失慘重(zhong)，正(zheng)面戰(zhan)場戰(zhan)事(shi)稍(shao)緩和。南(nan)軍改為(wei)通(tong)過(guo)(guo)談判、反間、襲擊后方等方式(shi)間接作戰(zhan)。擊敗平安后，燕軍南(nan)下，先后經過(guo)(guo)順德、廣平、大名(ming)，并駐扎于(yu)大名(ming)。諸郡縣望(wang)風而降。
朱(zhu)(zhu)棣(di)聽說(shuo)(shuo)齊泰和黃子(zi)澄(cheng)被貶，上(shang)書和談，表(biao)示(shi)“奸臣竄逐(zhu)而(er)其計實行，不(bu)敢撤兵”。朱(zhu)(zhu)允炆得(de)書，與(yu)方(fang)(fang)孝孺(ru)討(tao)論，方(fang)(fang)孝孺(ru)表(biao)示(shi)可(ke)以借(jie)此機會遣使回報，拖延時間(jian)，并(bing)懈(xie)怠(dai)其軍(jun)心(xin)；同(tong)時令(ling)(ling)遼(liao)東等(deng)軍(jun)隊攻(gong)其后方(fang)(fang)，以備夾(jia)攻(gong)。于是（四月）建(jian)文(wen)帝令(ling)(ling)大理寺(si)少卿薛(xue)嵓去見朱(zhu)(zhu)棣(di)，傳詔并(bing)秘密在(zai)軍(jun)中散布相(xiang)關消(xiao)息。薛(xue)嵓見朱(zhu)(zhu)棣(di)，說(shuo)(shuo)“朝(chao)廷言殿下旦(dan)釋甲(jia)，暮即旋師。”朱(zhu)(zhu)棣(di)表(biao)示(shi)這連三尺小(xiao)兒也騙不(bu)過。薛(xue)嵓無言以對。五月初(chu)一，盛(sheng)(sheng)庸(yong)、吳杰、平安等(deng)分兵騷擾燕軍(jun)餉(xiang)(xiang)道(dao)。朱(zhu)(zhu)棣(di)遣使者進京(jing)表(biao)示(shi)盛(sheng)(sheng)庸(yong)等(deng)不(bu)肯罷兵，必有主使。建(jian)文(wen)帝聽從方(fang)(fang)孝孺(ru)的意見，將其下獄（一說(shuo)(shuo)誅(zhu)殺），和談破裂(lie)。朱(zhu)(zhu)棣(di)見和談破裂(lie)，決定(ding)襲擊南(nan)(nan)軍(jun)餉(xiang)(xiang)道(dao)，以使德州南(nan)(nan)軍(jun)陷(xian)(xian)入困(kun)境，遂令(ling)(ling)都指揮李遠率(lv)兵六千(qian)，換穿南(nan)(nan)軍(jun)甲(jia)胄(zhou)，從濟寧南(nan)(nan)下；六月十五日，燕軍(jun)瞞過南(nan)(nan)軍(jun)到達沛縣，成(cheng)功焚燒大量南(nan)(nan)軍(jun)糧船，河中魚鱉盡死。南(nan)(nan)軍(jun)損失糧食數百萬(wan)石，京(jing)師大震，德州陷(xian)(xian)入窘(jiong)境。
七(qi)月(yue)，燕(yan)軍(jun)(jun)(jun)進攻(gong)(gong)彰(zhang)德，林縣投降(jiang)。七(qi)月(yue)初十(shi)，平安自真定(ding)(ding)趁虛(xu)攻(gong)(gong)北(bei)平，擾其耕牧。朱(zhu)(zhu)高熾固守。朱(zhu)(zhu)棣(di)(di)分兵(bing)回(hui)援(yuan)(yuan)；九月(yue)十(shi)八日(ri)，平安與戰不(bu)利(li)，退回(hui)真定(ding)(ding)。由于河北(bei)戰事不(bu)利(li)，方孝孺想出(chu)了(le)反間計，利(li)用朱(zhu)(zhu)高熾（長子）和(he)朱(zhu)(zhu)高煦（次子）的(de)矛(mao)盾，先寫一(yi)封信(xin)給守北(bei)平的(de)高熾，令其歸順朝廷，許以燕(yan)王(wang)之位(wei)；然后派人(ren)告訴朱(zhu)(zhu)棣(di)(di)和(he)高煦（隨(sui)軍(jun)(jun)(jun)）世子密通(tong)朝廷，以使燕(yan)軍(jun)(jun)(jun)北(bei)還。但朱(zhu)(zhu)高熾得(de)到信(xin)后，根本沒有(you)拆開，將朝廷使者連人(ren)帶信(xin)一(yi)起(qi)送往(wang)朱(zhu)(zhu)棣(di)(di)處(chu)。反間計失敗。七(qi)月(yue)十(shi)五(wu)日(ri)，盛庸令大(da)同守將房昭(zhao)(zhao)入紫(zi)荊(jing)關威(wei)脅保(bao)定(ding)(ding)，據易州西水(shui)寨以窺北(bei)平。朱(zhu)(zhu)棣(di)(di)見(jian)狀，只(zhi)得(de)回(hui)兵(bing)救援(yuan)(yuan)。朱(zhu)(zhu)棣(di)(di)分兵(bing)守保(bao)定(ding)(ding)，并包圍房昭(zhao)(zhao)的(de)山寨。十(shi)月(yue)初二，燕(yan)軍(jun)(jun)(jun)與真定(ding)(ding)援(yuan)(yuan)兵(bing)和(he)房昭(zhao)(zhao)軍(jun)(jun)(jun)決戰，朱(zhu)(zhu)棣(di)(di)令勇士悄(qiao)悄(qiao)登(deng)山，在敵(di)后大(da)張旗幟。南軍(jun)(jun)(jun)山寨見(jian)狀大(da)亂，與真定(ding)(ding)援(yuan)(yuan)兵(bing)一(yi)齊崩潰。房昭(zhao)(zhao)退回(hui)大(da)同。十(shi)月(yue)二十(shi)四日(ri)，燕(yan)軍(jun)(jun)(jun)回(hui)到北(bei)平。之后又擊敗了(le)襲永(yong)平的(de)遼東敵(di)軍(jun)(jun)(jun)。
至此(ci)，燕軍靖(jing)難已有兩年(nian)多。雖(sui)然屢戰(zhan)屢勝，但因兵力不足，無法鞏固并擴張勝利(li)，往往放棄新(xin)取之地；僅能據有北平、保(bao)定(ding)、永平三個郡。
建文三年（1401年）冬，朱棣決定直接率兵南(nan)下，臨江(jiang)一(yi)決。道衍(yan)亦支持不再與盛庸、平(ping)安等糾纏(chan)，直趨京師。十二(er)(er)月(yue)初(chu)二(er)(er)日(ri)，燕師復(fu)出。十二(er)(er)月(yue)十二(er)(er)，到達(da)蠡縣（約在保定以南(nan)50公里）。建文四(si)年（1402年）正(zheng)(zheng)月(yue)，先后(hou)擊敗德州的一(yi)支分隊和(he)平(ping)安的部隊，于是(shi)燕軍(jun)南(nan)下（路(lu)線大致位于現京九鐵路(lu)和(he)京廣鐵路(lu)之間）至(zhi)館(guan)陶(tao)渡河(he)（進山東(dong)），并(bing)長驅(qu)直入(ru)。正(zheng)(zheng)月(yue)十二(er)(er)日(ri)，燕軍(jun)在館(guan)陶(tao)渡河(he)；正(zheng)(zheng)月(yue)十四(si)日(ri)，燕軍(jun)攻陷(xian)東(dong)阿；正(zheng)(zheng)月(yue)十五日(ri)，再攻陷(xian)東(dong)平(ping)；正(zheng)(zheng)月(yue)十七(qi)日(ri)，陷(xian)汶(wen)上；正(zheng)(zheng)月(yue)二(er)(er)十七(qi)日(ri)，陷(xian)沛(pei)縣（今江(jiang)蘇沛(pei)縣）；正(zheng)(zheng)月(yue)三十日(ri)，燕軍(jun)先頭部隊到達(da)徐(xu)州。
建(jian)文(wen)(wen)(wen)帝(di)見(jian)燕軍再次(ci)出動，建(jian)文(wen)(wen)(wen)三(san)年（1401年）十二月令駙馬(ma)都尉梅殷（建(jian)文(wen)(wen)(wen)帝(di)的(de)(de)姑父，顧命(ming)大臣）任總兵官(guan)，鎮(zhen)守淮安。建(jian)文(wen)(wen)(wen)四年（1402年）正月初一，建(jian)文(wen)(wen)(wen)帝(di)將遷(qian)往蒙化(hua)的(de)(de)朱橚(su)（廢周王）召回(hui)南京。命(ming)魏國公(gong)徐輝祖率兵援山東(dong)。
建文四年(nian)（1402年(nian)）二(er)(er)月(yue)初一(yi)，南軍(jun)(jun)將(jiang)領何福、平安(an)、陳暉進兵濟寧，盛庸進兵淮上。朱棣派兵襲(xi)擊南軍(jun)(jun)餉道后，二(er)(er)月(yue)二(er)(er)十一(yi)日，燕(yan)軍(jun)(jun)擊敗徐(xu)州的出戰軍(jun)(jun)隊(dui)，徐(xu)州自此閉城(cheng)死守。
徐州(zhou)堅守不(bu)出，朱棣(di)遂不(bu)再理會，繼續南下。三(san)(san)月(yue)(yue)(yue)(yue)初一，燕(yan)軍(jun)(jun)進(jin)逼安(an)徽(hui)宿州(zhou)。三(san)(san)月(yue)(yue)(yue)(yue)初九，抵達渦河(he)（今安(an)徽(hui)蚌埠市懷遠(yuan)縣以北）。平(ping)安(an)見(jian)到燕(yan)軍(jun)(jun)一路(lu)南下，帶兵來追(zhui)；但(dan)三(san)(san)月(yue)(yue)(yue)(yue)十(shi)(shi)四日(ri)在淝河(he)中了朱棣(di)所(suo)設(she)的伏兵，只得退(tui)回宿州(zhou)。三(san)(san)月(yue)(yue)(yue)(yue)二(er)十(shi)(shi)三(san)(san)日(ri)，朱棣(di)遣將斷徐州(zhou)餉(xiang)道，鐵鉉等(deng)率兵圍攻(gong)，互有勝(sheng)負。四月(yue)(yue)(yue)(yue)十(shi)(shi)四日(ri)，燕(yan)軍(jun)(jun)進(jin)達睢水之小河(he)，搭(da)浮(fu)橋(qiao)。次(ci)日(ri)，平(ping)安(an)、何福領軍(jun)(jun)奪(duo)橋(qiao)，雙方隔河(he)僵持(chi)。數日(ri)后，南軍(jun)(jun)糧盡，朱棣(di)決定偷襲(xi)。半(ban)夜，渡(du)河(he)繞至(zhi)敵(di)后；但(dan)徐輝祖(zu)援兵正好趕(gan)到，四月(yue)(yue)(yue)(yue)二(er)十(shi)(shi)二(er)日(ri)，雙方戰于齊(qi)眉山(shan)（靈壁縣西南三(san)(san)十(shi)(shi)里），南軍(jun)(jun)大勝(sheng)，斬燕(yan)將李斌。
南軍(jun)再(zai)次獲(huo)得勝(sheng)利，再(zai)加上暑熱，燕軍(jun)陷入窘境。四月(yue)(yue)二十三(san)日，燕軍(jun)眾將(jiang)要(yao)求北返(fan)，擇地休整，朱(zhu)(zhu)(zhu)棣不同意(yi)，說“欲(yu)渡河者左，不欲(yu)者右。”大部(bu)份人站于左側，朱(zhu)(zhu)(zhu)棣怒(nu)。朱(zhu)(zhu)(zhu)能這(zhe)時強力支(zhi)持朱(zhu)(zhu)(zhu)棣，表示“漢高(gao)祖十戰(zhan)九(jiu)不勝(sheng)，卒有天下(xia)”，堅定了燕軍(jun)堅持的決心。這(zhe)時，朝(chao)廷(ting)訛傳燕軍(jun)已(yi)兵敗，京師不可無良將(jiang)，遂(sui)召回徐輝祖。四月(yue)(yue)二十五日，考(kao)慮到在河邊不易防守，何福(fu)移營，與平安在靈(ling)(ling)壁（一作(zuo)靈(ling)(ling)璧）深(shen)溝高(gao)壘(lei)作(zuo)長遠之計。由于糧(liang)道被燕軍(jun)阻礙，平安親(qin)自率兵六萬護衛(wei)糧(liang)草。四月(yue)(yue)二十七日，朱(zhu)(zhu)(zhu)棣率精(jing)銳襲(xi)擊(ji)平安，將(jiang)其一分為(wei)二；何福(fu)全軍(jun)出(chu)動救援，朱(zhu)(zhu)(zhu)高(gao)煦也(ye)率伏兵出(chu)現，何福(fu)敗走。
南(nan)軍(jun)(jun)(jun)缺糧，何(he)福(fu)與平(ping)(ping)安(an)決定次(ci)日（二十(shi)九(jiu)日）突圍而(er)出，在淮河(he)取(qu)得給養(yang)，號(hao)令(ling)為三(san)聲(sheng)炮(pao)響(xiang)；次(ci)日，燕(yan)(yan)軍(jun)(jun)(jun)攻打(da)靈(ling)壁墻(qiang)壘(lei)，進(jin)(jin)攻信號(hao)正巧也是(shi)三(san)聲(sheng)炮(pao)響(xiang)。于是(shi)南(nan)軍(jun)(jun)(jun)以為是(shi)己方號(hao)炮(pao)，紛(fen)紛(fen)奪路而(er)逃；燕(yan)(yan)軍(jun)(jun)(jun)趁勢進(jin)(jin)攻，南(nan)軍(jun)(jun)(jun)全(quan)軍(jun)(jun)(jun)覆沒。靈(ling)壁之(zhi)(zhi)(zhi)戰(zhan)(zhan)就此(ci)意(yi)外(wai)結束。此(ci)戰(zhan)(zhan)燕(yan)(yan)軍(jun)(jun)(jun)生擒了陳暉、平(ping)(ping)安(an)、馬溥(pu)、徐(xu)真、孫成等(deng)三(san)十(shi)七員敵將，四名內官（宦官），一(yi)百(bai)五十(shi)員朝廷大臣，獲馬二萬余(yu)匹，降者不計其數。只有(you)何(he)福(fu)單騎逃走(zou)。靈(ling)壁之(zhi)(zhi)(zhi)戰(zhan)(zhan)徹底擊潰了南(nan)軍(jun)(jun)(jun)主力，此(ci)后燕(yan)(yan)軍(jun)(jun)(jun)在長江以北再也沒有(you)遇到像樣的(de)抵(di)抗。一(yi)千六百(bai)年(nian)前決定楚漢之(zhi)(zhi)(zhi)爭勝敗的(de)垓(gai)下之(zhi)(zhi)(zhi)戰(zhan)(zhan)就發生在靈(ling)壁附近，可謂歷史的(de)巧合。
按照齊、黃的(de)策劃，曾令遼東派兵南下欲與鐵鉉(xuan)會師濟南，但五月初一在直沽(gu)被燕軍擊潰(kui)。
靈璧之(zhi)戰(zhan)后(hou)，燕軍(jun)(jun)向東南方向直(zhi)線(xian)(xian)前進(jin)(jin)。五(wu)(wu)月初(chu)七下泗州(zhou)，朱棣謁祖陵。盛庸(yong)在淮河(he)(he)(he)設下防線(xian)(xian)阻(zu)礙(ai)燕軍(jun)(jun)渡河(he)(he)(he)，朱棣在嘗試取道淮安、鳳陽受阻(zu)后(hou)，遣朱能、丘福率士兵數百人繞道上游乘漁船(chuan)渡河(he)(he)(he)，五(wu)(wu)月初(chu)九(jiu)從后(hou)方突(tu)襲盛庸(yong)，盛庸(yong)敗走。燕軍(jun)(jun)遂克(ke)盱眙。五(wu)(wu)月十一日，燕軍(jun)(jun)向揚(yang)(yang)(yang)州(zhou)方向前進(jin)(jin)，五(wu)(wu)月十七日，到(dao)達(da)天長(chang)（揚(yang)(yang)(yang)州(zhou)西(xi)北50公(gong)里）。守揚(yang)(yang)(yang)州(zhou)的監察御史(shi)王彬(bin)本想(xiang)抵抗，但屬下反叛，趁(chen)其沐浴時綁縛之(zhi)。五(wu)(wu)月十八日，揚(yang)(yang)(yang)州(zhou)不(bu)戰(zhan)而降(jiang)，隨后(hou)高(gao)郵(you)歸降(jiang)。
五月(yue)二十(shi)二日(ri)，朱(zhu)(zhu)允炆遣(qian)慶(qing)成郡(jun)主（朱(zhu)(zhu)元璋的(de)(de)侄女、朱(zhu)(zhu)棣(di)的(de)(de)堂姐(jie)）與朱(zhu)(zhu)棣(di)談(tan)判，表示愿意(yi)割(ge)地。朱(zhu)(zhu)棣(di)說“此(ci)奸(jian)臣(chen)欲姑緩我，以(yi)俟(si)遠(yuan)方之兵耳。”郡(jun)主無言以(yi)對(dui)，遂(sui)返。六月(yue)初一(yi)日(ri)，燕(yan)軍(jun)(jun)準備從浦子口渡江，但遇到了(le)盛庸最(zui)后(hou)的(de)(de)抵抗。燕(yan)軍(jun)(jun)戰(zhan)不利，朱(zhu)(zhu)棣(di)打(da)算議和北還(huan)。此(ci)時(shi)朱(zhu)(zhu)高(gao)(gao)煦引(yin)兵來援(yuan)，朱(zhu)(zhu)棣(di)非常(chang)(chang)高(gao)(gao)興，說“努力罷！世子常(chang)(chang)常(chang)(chang)生病(bing)啊。”暗示朱(zhu)(zhu)高(gao)(gao)煦有機會取(qu)得儲君寶座，于是朱(zhu)(zhu)高(gao)(gao)煦大(da)受鼓(gu)舞，率眾(zhong)殊死戰(zhan)，擊敗(bai)(bai)盛庸。隨后(hou)中央(yang)軍(jun)(jun)的(de)(de)一(yi)支水(shui)軍(jun)(jun)部隊降(jiang)(jiang)燕(yan)，燕(yan)軍(jun)(jun)遂(sui)于六月(yue)初三(san)日(ri)自瓜洲(zhou)渡江，并(bing)再次擊敗(bai)(bai)退守(shou)此(ci)地的(de)(de)盛庸。六月(yue)初六日(ri)，燕(yan)軍(jun)(jun)至鎮江，守(shou)將(jiang)率城投降(jiang)(jiang)。
六(liu)(liu)月初(chu)八(ba)，燕(yan)軍(jun)(jun)駐扎于(yu)龍潭（距京(jing)(jing)師金(jin)陵東(dong)約(yue)30公里），朝(chao)廷大(da)震。朱(zhu)(zhu)(zhu)(zhu)允炆徘徊殿間，召方孝(xiao)孺問計。有人(ren)提議逃往內(nei)地以圖興復，方孝(xiao)孺表示城(cheng)(cheng)中(zhong)尚(shang)有二十萬兵(bing)，應(ying)堅守待援；即使真(zhen)戰(zhan)敗，國君為社稷而死(si)，是理所(suo)應(ying)當的。可(ke)以再(zai)派大(da)臣(chen)、在(zai)京(jing)(jing)諸王前往談(tan)(tan)判以拖延時(shi)間。于(yu)是六(liu)(liu)月初(chu)九，派李(li)景隆、茹(ru)瑺等(deng)見(jian)朱(zhu)(zhu)(zhu)(zhu)棣，再(zai)次談(tan)(tan)判；朱(zhu)(zhu)(zhu)(zhu)棣表示割地無(wu)名，只(zhi)要(yao)奸(jian)臣(chen)。六(liu)(liu)月初(chu)十，遣谷王朱(zhu)(zhu)(zhu)(zhu)橞（建文(wen)元(yuan)年(nian)逃回京(jing)(jing)城(cheng)(cheng)）、安王朱(zhu)(zhu)(zhu)(zhu)楹等(deng)第(di)三次前往談(tan)(tan)判，無(wu)果(guo)。六(liu)(liu)月十二日(ri)，外出募兵(bing)的大(da)臣(chen)們仍未返回，朱(zhu)(zhu)(zhu)(zhu)允炆只(zhi)得派在(zai)京(jing)(jing)諸王和武臣(chen)們守衛各門。時(shi)左都督徐增(zeng)(zeng)壽(shou)（徐達(da)子，輝祖弟）謀(mou)內(nei)應(ying)，被(bei)(bei)一群文(wen)官圍毆(ou)。次日(ri)（1402年(nian)7月13日(ri)），燕(yan)軍(jun)(jun)抵金(jin)陵。徐增(zeng)(zeng)壽(shou)作(zuo)內(nei)應(ying)，事敗，被(bei)(bei)朱(zhu)(zhu)(zhu)(zhu)允炆親自誅殺(sha)于(yu)左順(shun)門。守衛金(jin)川門（位于(yu)南京(jing)(jing)城(cheng)(cheng)西(xi)北面(mian)）的朱(zhu)(zhu)(zhu)(zhu)橞和李(li)景隆望(wang)見(jian)朱(zhu)(zhu)(zhu)(zhu)棣麾蓋，開門迎降(jiang)。
燕(yan)王進入京城，文(wen)武百官紛紛跪迎(ying)道(dao)旁(pang)，在群(qun)臣(chen)的(de)擁戴(dai)下(xia)即皇帝位(wei)，是為(wei)明成祖，年號永樂。歷時四年的(de)“靖難之役”以燕(yan)王朱(zhu)棣的(de)勝利而告終。
建(jian)文(wen)四年（1402年）六月十三，燕(yan)軍(jun)抵(di)金(jin)陵(ling)。徐增壽作內應，事敗，被(bei)朱(zhu)允炆親自誅殺于(yu)(yu)左順門(men)。守衛金(jin)川門(men)（位于(yu)(yu)南京城西北(bei)面）的朱(zhu)橞和李(li)景(jing)隆望(wang)見朱(zhu)棣麾蓋(gai)，開門(men)迎降，是為金(jin)川門(men)之(zhi)(zhi)變(bian)。燕(yan)軍(jun)攻入金(jin)陵(ling)，江山易(yi)主。靖(jing)難之(zhi)(zhi)役結(jie)束。戰爭雖結(jie)束，與此相關的歷史卻(que)在發展。燕(yan)王進京后，宮(gong)(gong)中(zhong)起火(huo)，建(jian)文(wen)帝(di)下(xia)落不(bu)明。有(you)的說(shuo)建(jian)文(wen)帝(di)于(yu)(yu)宮(gong)(gong)中(zhong)自焚而(er)死，或云建(jian)文(wen)帝(di)由(you)地道出亡，落發為僧，云游天下(xia)，傳(chuan)說(shuo)他于(yu)(yu)正統(tong)朝入居宮(gong)(gong)中(zhong)，壽年而(er)終(zhong)；又(you)有(you)一說(shuo)建(jian)文(wen)帝(di)逃至東南亞，鄭和下(xia)西洋的其中(zhong)一個目的就(jiu)是尋(xun)找建(jian)文(wen)帝(di)。建(jian)文(wen)帝(di)的真正下(xia)落已不(bu)可確(que)考，成(cheng)為明史上的一大(da)懸案。
朱(zhu)(zhu)棣(di)稱(cheng)帝后，建(jian)文(wen)(wen)四年(nian)（1402年(nian)）六月(yue)十(shi)(shi)八日，恢復了周王朱(zhu)(zhu)橚、齊王朱(zhu)(zhu)榑的爵位。隨后恢復代王朱(zhu)(zhu)桂、岷(min)王朱(zhu)(zhu)楩的爵位。永(yong)樂(le)元年(nian)（1403年(nian)）正月(yue)，明成(cheng)(cheng)(cheng)祖(zu)(zu)令(ling)周、齊、代、岷(min)四王歸(gui)藩。六月(yue)二十(shi)(shi)六日，成(cheng)(cheng)(cheng)祖(zu)(zu)取消建(jian)文(wen)(wen)帝之父朱(zhu)(zhu)標的興宗(zong)廟號，重新稱(cheng)懿文(wen)(wen)太子(zi)；七月(yue)十(shi)(shi)二日，成(cheng)(cheng)(cheng)祖(zu)(zu)將朱(zhu)(zhu)允(yun)炆的三個(ge)弟(di)弟(di)由親王降為郡王；十(shi)(shi)一(yi)月(yue)將朱(zhu)(zhu)標之子(zi)朱(zhu)(zhu)允(yun)熥、朱(zhu)(zhu)允(yun)熞廢為庶人，囚禁在老家鳳陽。
朱棣因為(wei)反對(dui)建文帝削藩而起兵(bing)，為(wei)了(le)爭取諸王(wang)擁(yong)戴，還(huan)改(gai)變(bian)祖制給(gei)予宗室(shi)更高的品(pin)級。如按照洪(hong)武年(nian)間規(gui)定，鎮國(guo)(guo)將(jiang)軍(jun)(jun)（郡(jun)王(wang)之子(zi)）為(wei)三品(pin)，輔(fu)國(guo)(guo)將(jiang)軍(jun)(jun)四品(pin)，奉國(guo)(guo)將(jiang)軍(jun)(jun)五品(pin)，鎮國(guo)(guo)中(zhong)(zhong)尉(wei)(wei)(wei)六(liu)品(pin)，輔(fu)國(guo)(guo)中(zhong)(zhong)尉(wei)(wei)(wei)七品(pin)，奉國(guo)(guo)中(zhong)(zhong)尉(wei)(wei)(wei)八(ba)品(pin)。而成祖“遂加鎮國(guo)(guo)將(jiang)軍(jun)(jun)從(cong)一品(pin)，輔(fu)國(guo)(guo)將(jiang)軍(jun)(jun)從(cong)二品(pin)，奉國(guo)(guo)將(jiang)軍(jun)(jun)從(cong)三品(pin)，鎮國(guo)(guo)中(zhong)(zhong)尉(wei)(wei)(wei)從(cong)四品(pin)，輔(fu)國(guo)(guo)中(zhong)(zhong)尉(wei)(wei)(wei)從(cong)五品(pin)，奉國(guo)(guo)中(zhong)(zhong)尉(wei)(wei)(wei)從(cong)六(liu)品(pin)”。
然(ran)而(er)由于朱棣自己是武裝奪權(quan)(quan)的(de)，為(wei)了保證中(zhong)(zhong)央(yang)政權(quan)(quan)穩固(gu)，他即位(wei)后(hou)(hou)先將諸(zhu)邊塞王(wang)改(gai)封(feng)于內地，然(ran)后(hou)(hou)逐(zhu)漸解(jie)除(chu)諸(zhu)王(wang)的(de)兵(bing)(bing)權(quan)(quan)：永樂(le)元年(nian)(nian)(nian)（1403年(nian)(nian)(nian)）削(xue)代(dai)王(wang)護(hu)(hu)衛及(ji)(ji)(ji)官屬；永樂(le)四年(nian)(nian)(nian)（1406年(nian)(nian)(nian)）削(xue)齊(qi)王(wang)護(hu)(hu)衛及(ji)(ji)(ji)官屬，不久廢為(wei)庶(shu)人(ren)；永樂(le)六年(nian)(nian)(nian)（1408年(nian)(nian)(nian)）削(xue)岷王(wang)護(hu)(hu)衛及(ji)(ji)(ji)官屬；永樂(le)十(shi)年(nian)(nian)(nian)（1412年(nian)(nian)(nian)）削(xue)遼(liao)王(wang)護(hu)(hu)衛；永樂(le)十(shi)五(wu)年(nian)(nian)(nian)（1417年(nian)(nian)(nian)）廢谷王(wang)為(wei)庶(shu)人(ren)；永樂(le)十(shi)九年(nian)(nian)(nian)（1419年(nian)(nian)(nian)）周王(wang)見勢不妙，主動(dong)獻(xian)還護(hu)(hu)衛。洪(hong)武朝帶兵(bing)(bing)的(de)十(shi)三(san)位(wei)親王(wang)，永樂(le)朝削(xue)去(qu)了六個護(hu)(hu)衛。與此(ci)同時，大(da)封(feng)靖難功臣，將大(da)批有經驗的(de)武臣保留下來，加強中(zhong)(zhong)央(yang)政權(quan)(quan)，從(cong)根本上(shang)改(gai)變了中(zhong)(zhong)央(yang)和(he)諸(zhu)藩(fan)的(de)軍事力量對比。
雖(sui)然朱棣實現了(le)朱允(yun)炆當(dang)年(nian)的目的，但只解決了(le)眼(yan)前(qian)的問(wen)題，并(bing)沒有(you)改變祖制；其子漢王(wang)朱高煦(xu)和趙王(wang)朱高燧仍然設立(li)了(le)三護(hu)衛。宣德元(yuan)年(nian)（1426年(nian)），朱高煦(xu)叛(pan)亂(luan)，再次(ci)證明(ming)親王(wang)典兵不是辦(ban)法。親征平(ping)定叛(pan)亂(luan)后，明(ming)宣宗(zong)利用其威望，迫使絕(jue)大(da)部份藩王(wang)交出了(le)護(hu)衛，并(bing)從(cong)各個方面對(dui)宗(zong)室(shi)加(jia)以控制。此后，宗(zong)室(shi)與中(zhong)央的矛(mao)盾(dun)逐漸由軍事上對(dui)政(zheng)權的威脅轉變為大(da)量增加(jia)的俸祿對(dui)中(zhong)央財政(zheng)的壓力。
為了更有(you)效率地處理國務(wu)，建(jian)文四(si)年(nian)（1402年(nian)）八月初一(yi)，朱棣令(ling)解(jie)縉、黃淮(huai)入直(zhi)文淵閣(ge)(ge)，預機務(wu)。隨后擴(kuo)充內閣(ge)(ge)至(zhi)(zhi)七人。從此內閣(ge)(ge)開(kai)始在明朝(chao)政治中發揮(hui)越來越重要的作用，甚至(zhi)(zhi)清朝(chao)仍沿(yan)用此制度。
另一方面，由于朱(zhu)(zhu)棣是造反(fan)稱帝的(de)(de)(de)，對大臣有(you)所猜(cai)忌，故恢復(fu)了(le)(le)洪武(wu)年間廢(fei)除的(de)(de)(de)錦衣衛，重新開始(shi)實施(shi)明(ming)朝(chao)的(de)(de)(de)特(te)務(wu)(wu)統治。隨后，永樂十八年（1420年），朱(zhu)(zhu)棣又設立了(le)(le)東廠，令親(qin)信太監掌權，加強特(te)務(wu)(wu)統治的(de)(de)(de)同(tong)時(shi)提高了(le)(le)宦官的(de)(de)(de)地(di)位。有(you)明(ming)一代，特(te)務(wu)(wu)統治幾乎貫穿始(shi)終，成(cheng)為(wei)一大特(te)點。
由于(yu)(yu)靖(jing)難之役時，京中(zhong)宦(huan)(huan)官提(ti)供(gong)的(de)情報幫助成祖(zu)擊敗惠(hui)帝，成祖(zu)即(ji)位后便改變(bian)太祖(zu)以(yi)來禁止宦(huan)(huan)官干政的(de)政策，開始重用宦(huan)(huan)官。一(yi)方面，明(ming)朝出(chu)現了鄭和等著(zhu)名的(de)優秀宦(huan)(huan)官，下西洋宣揚國威；另一(yi)方面，由于(yu)(yu)司(si)禮監、東廠等宦(huan)(huan)官掌權的(de)部門地位提(ti)高(gao)，且地方鎮(zhen)守、監督采辦等重要工作皆(jie)由宦(huan)(huan)官擔任（不全(quan)為朱(zhu)棣(di)設置），埋下了日(ri)后宦(huan)(huan)官禍國的(de)種(zhong)子。
由于洪武年(nian)間(jian)，北(bei)方的防務多由幾位邊(bian)王(wang)（如朱(zhu)棣(di)、朱(zhu)權）負(fu)責，而靖難后(hou)朱(zhu)棣(di)徙諸(zhu)邊(bian)王(wang)于內地，導致華(hua)北(bei)防務空虛(xu)(xu)；又由于有唐(tang)朝(chao)之守(shou)(shou)外虛(xu)(xu)內、宋朝(chao)之守(shou)(shou)內虛(xu)(xu)外的教訓，故在軍事上，定都(dou)金(jin)陵（南(nan)京(jing)(jing)）、遙控將領守(shou)(shou)衛邊(bian)界的風險很(hen)大；“天(tian)子(zi)守(shou)(shou)國門”則可(ke)以解決(jue)這一問(wen)題。另(ling)一方面，由于南(nan)京(jing)(jing)的建文帝影響較(jiao)大，在政治上考慮，作為(wei)朱(zhu)棣(di)大本營(ying)的北(bei)平更加適(shi)合作為(wei)帝都(dou)。故考慮各(ge)種因素(su)后(hou)，朱(zhu)棣(di)決(jue)定遷都(dou)北(bei)京(jing)(jing)。
永樂元年(nian)(nian)（1403年(nian)(nian)）二(er)月(yue)，朱棣改北(bei)平為北(bei)京(jing)(jing)，名順天府（與元朝(chao)大(da)都(dou)區別(bie)）；隨后(hou)遷(qian)徙各地富民于(yu)北(bei)京(jing)(jing)。稱北(bei)京(jing)(jing)為行(xing)在。永樂年(nian)(nian)間，遷(qian)都(dou)北(bei)京(jing)(jing)的準備一直在進行(xing)，如(ru)建(jian)北(bei)京(jing)(jing)城(cheng)(cheng)、建(jian)宮(gong)殿、疏通漕運(yun)等；直到(dao)永樂十八年(nian)(nian)（1420年(nian)(nian)），北(bei)京(jing)(jing)皇(huang)宮(gong)（即紫禁城(cheng)(cheng)，故宮(gong)）和北(bei)京(jing)(jing)城(cheng)(cheng)建(jian)成，遂下令遷(qian)都(dou)，以南京(jing)(jing)作(zuo)為留(liu)都(dou)。
朱棣在靖難初始時曾將大(da)寧(ning)的全部軍力（包括朵顏(yan)三(san)(san)衛）納入(ru)麾下(xia)，朵顏(yan)三(san)(san)衛在后續作戰中起(qi)到了重(zhong)要作用；故朱棣稱帝(di)后，將寧(ning)王封于南(nan)昌，永樂元(yuan)年(nian)（1403年(nian)）三(san)(san)月把大(da)寧(ning)封賞給朵顏(yan)三(san)(san)衛作酬勞。
大寧(ning)(ning)位(wei)于遼(liao)(liao)(liao)(liao)蒙冀(ji)三省(sheng)交界處，遼(liao)(liao)(liao)(liao)東—薊(ji)(ji)州—宣(xuan)府弓(gong)形(xing)的(de)中(zhong)心，軍(jun)事(shi)地位(wei)相當重要；洪武十三年(nian)（1380年(nian)）收復，并建立衛(wei)所(suo)(suo)，至此廢除(chu)。大寧(ning)(ning)可以作(zuo)為(wei)遼(liao)(liao)(liao)(liao)東、薊(ji)(ji)州、宣(xuan)府等地的(de)防(fang)衛(wei)前哨，并影響其防(fang)衛(wei)效果；失去大寧(ning)(ning)，從關內(nei)到遼(liao)(liao)(liao)(liao)東就只能走山(shan)海關過錦州。此后（尤其是土木(mu)之變后），薊(ji)(ji)遼(liao)(liao)(liao)(liao)的(de)戰事(shi)不斷(duan)。割大寧(ning)(ning)之事(shi)，多為(wei)后人(ren)所(suo)(suo)詬病(bing)。
靖難之役涉及整個華北和華東(dong)地區，反復的(de)拉鋸戰使得淮(huai)河以北的(de)社會經濟(ji)遭到極大的(de)破壞(huai)。朱棣登基后，減免了河北、河南、山東(dong)等曾為戰場的(de)省(sheng)份(fen)及其它省(sheng)份(fen)的(de)賦稅，以休(xiu)養(yang)生息。
“靖難之役”是(shi)明朝歷史(shi)上第一(yi)場皇帝和藩王之間的內(nei)戰。這場戰爭是(shi)建(jian)文帝朱允炆為了鞏(gong)固自己的權力、決定削(xue)藩而引起的。
“靖(jing)難之役(yi)”是明(ming)朝歷(li)(li)史上(shang)影響(xiang)深(shen)遠的(de)(de)(de)一次(ci)政權爭奪(duo)戰，不(bu)僅(jin)導致了明(ming)朝皇位歸屬(shu)的(de)(de)(de)改(gai)變(bian)，也極大(da)(da)影響(xiang)了此后二(er)百多年(nian)明(ming)朝政治、思(si)想的(de)(de)(de)走(zou)向。清代大(da)(da)學(xue)者、《〈說文解字(zi)〉注》的(de)(de)(de)作者段(duan)玉裁在(zai)《明(ming)史十二(er)論(lun)》中(zhong)將(jiang)“靖(jing)難之役(yi)”、景(jing)泰末年(nian)的(de)(de)(de)“奪(duo)門之變(bian)”以及嘉靖(jing)初年(nian)的(de)(de)(de)“大(da)(da)禮議”稱為影響(xiang)明(ming)朝歷(li)(li)史走(zou)向的(de)(de)(de)“三(san)大(da)(da)案”。
“靖(jing)難(nan)之(zhi)役”以(yi)后，開(kai)(kai)國(guo)功(gong)臣(chen)集團(tuan)(tuan)——明(ming)朝初(chu)年(nian)(nian)的(de)“太子黨”地(di)位急劇下降。南京是(shi)開(kai)(kai)國(guo)功(gong)臣(chen)集團(tuan)(tuan)的(de)巢穴，永樂十九年(nian)(nian)（1421年(nian)(nian)），朱(zhu)棣正式把明(ming)朝的(de)首都從南京遷往北京，更加削(xue)弱了開(kai)(kai)國(guo)功(gong)臣(chen)的(de)影(ying)響力(li)(li)。伴(ban)隨(sui)著開(kai)(kai)國(guo)功(gong)臣(chen)集團(tuan)(tuan)地(di)位的(de)下降，靖(jing)難(nan)功(gong)臣(chen)的(de)影(ying)響力(li)(li)迅速攀升，英國(guo)公張家(jia)成了此后明(ming)朝政(zheng)壇(tan)的(de)不倒(dao)翁(weng)，長期(qi)處于最高統治集團(tuan)(tuan)之(zhi)列。
巧笑倩兮 
