大小和卓的祖先是中亞納格什班迪教派的領袖瑪赫杜米·阿札木。瑪赫杜米·阿札木據稱(cheng)(cheng)是先(xian)知穆罕默德女兒的(de)(de)(de)后裔，其子孫號稱(cheng)(cheng)“和(he)(he)卓(zhuo)”，主要(yao)分(fen)為(wei)黑山(shan)(shan)派和(he)(he)白(bai)山(shan)(shan)派兩個敵對的(de)(de)(de)支(zhi)系。明代中期(qi)，黑山(shan)(shan)派和(he)(he)卓(zhuo)得到葉(xie)(xie)爾(er)羌(qiang)(qiang)(qiang)汗(han)(han)(han)(han)國王(wang)室(shi)的(de)(de)(de)支(zhi)持(chi)，成為(wei)西域(yu)天山(shan)(shan)南路的(de)(de)(de)穆斯林宗教(jiao)領袖。明末清初，白(bai)山(shan)(shan)派領袖瑪木特·玉素布從中亞來到喀(ka)(ka)什噶(ga)(ga)爾(er)（今喀(ka)(ka)什市）傳教(jiao)，后來被葉(xie)(xie)爾(er)羌(qiang)(qiang)(qiang)汗(han)(han)(han)(han)和(he)(he)黑山(shan)(shan)派驅逐。瑪木特·玉素布之(zhi)子伊達(da)(da)雅(ya)圖勒(le)拉(la)逃往甘肅河州(zhou)（今臨夏市），輾轉(zhuan)來到西藏(zang)，尋求達(da)(da)賴喇嘛和(he)(he)蒙古準噶(ga)(ga)爾(er)部(bu)的(de)(de)(de)支(zhi)持(chi)。清康熙十九(jiu)年（1680年），在伊達(da)(da)雅(ya)圖勒(le)拉(la)的(de)(de)(de)幫助(zhu)下，準噶(ga)(ga)爾(er)汗(han)(han)(han)(han)噶(ga)(ga)爾(er)丹(dan)進(jin)兵葉(xie)(xie)爾(er)羌(qiang)(qiang)(qiang)，廢(fei)黜(chu)了葉(xie)(xie)爾(er)羌(qiang)(qiang)(qiang)汗(han)(han)(han)(han)伊思瑪業勒(le)，扶(fu)植伊思瑪業勒(le)之(zhi)侄阿卜(bu)都里什特即位。伊達(da)(da)雅(ya)圖勒(le)拉(la)驅逐了葉(xie)(xie)爾(er)羌(qiang)(qiang)(qiang)的(de)(de)(de)黑山(shan)(shan)派首領，號稱(cheng)(cheng)“阿帕克和(he)(he)卓(zhuo)”，但又與葉(xie)(xie)爾(er)羌(qiang)(qiang)(qiang)汗(han)(han)(han)(han)發生沖突。
約在(zai)1692年，阿(a)帕克和(he)(he)(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)戰勝了葉爾(er)羌汗(han)(han)馬哈麻特(te)·額敏，控(kong)制了喀(ka)(ka)什噶(ga)爾(er)、葉爾(er)羌等(deng)(deng)地(di)。兩(liang)年后阿(a)帕克和(he)(he)(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)去世，喀(ka)(ka)什噶(ga)爾(er)一帶(dai)陷入(ru)葉爾(er)羌汗(han)(han)、白(bai)山(shan)派、吉利吉思（布(bu)魯特(te)）和(he)(he)(he)(he)各地(di)伯克的(de)混(hun)戰之(zhi)(zhi)中。策(ce)妄阿(a)拉(la)布(bu)坦繼(ji)任準噶(ga)爾(er)汗(han)(han)后，將天山(shan)南路(lu)置于其直接統治之(zhi)(zhi)下，黑(hei)山(shan)、白(bai)山(shan)兩(liang)派的(de)和(he)(he)(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)后裔都(dou)被(bei)遷至(zhi)伊犁（今(jin)伊犁州霍城縣）一帶(dai)囚禁(jin)(jin)。到了噶(ga)爾(er)丹策(ce)零在(zai)位時，又任用(yong)黑(hei)山(shan)派和(he)(he)(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)達(da)涅爾(er)管(guan)理葉爾(er)羌、喀(ka)(ka)什噶(ga)爾(er)等(deng)(deng)地(di)事務(wu)。此(ci)時，阿(a)帕克和(he)(he)(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)之(zhi)(zhi)孫瑪罕木特(te)已在(zai)囚禁(jin)(jin)中死(si)去，其二子波羅尼(ni)都(dou)、霍集(ji)占(zhan)，即大(da)小(xiao)和(he)(he)(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)，被(bei)囚禁(jin)(jin)于伊犁東(dong)北的(de)額林哈畢爾(er)噶(ga)（今(jin)依連哈比(bi)爾(er)尕山(shan)），由當地(di)準噶(ga)爾(er)宰(zai)桑阿(a)巴(ba)噶(ga)斯、哈丹兄弟看管(guan)。
乾隆二十年（1755年）初，清軍西征準噶爾，定(ding)北將(jiang)(jiang)軍(jun)班(ban)第、定(ding)邊左副(fu)將(jiang)(jiang)軍(jun)阿(a)睦爾(er)(er)(er)撒納(na)出北路(lu)，參贊大(da)(da)臣鄂容安(an)、定(ding)邊右副(fu)將(jiang)(jiang)軍(jun)薩喇(la)勒出西路(lu)，兩軍(jun)約于博(bo)羅(luo)塔(ta)(ta)拉（博(bo)爾(er)(er)(er)塔(ta)(ta)拉）會師。在進(jin)軍(jun)途中，阿(a)巴噶斯(si)、哈(ha)丹等人(ren)(ren)率眾投降。四月初八，波羅(luo)尼都(dou)來(lai)到西路(lu)軍(jun)薩喇(la)勒處(chu)投誠，稱(cheng)：“策(ce)妄阿(a)喇(la)布坦時將(jiang)(jiang)我父(fu)縛來(lai)為(wei)質，至今并不將(jiang)(jiang)我等放回(hui)(hui)。我等情愿帶領屬下三十(shi)余戶投降大(da)(da)皇帝為(wei)臣仆”。不久(jiu)，霍集占(zhan)亦隨哈(ha)丹來(lai)降，并稱(cheng)“若荷恩得回(hui)(hui)故(gu)土(tu)，情愿招服(fu)喀什噶爾(er)(er)(er)、葉爾(er)(er)(er)羌各處(chu)人(ren)(ren)眾，同(tong)來(lai)歸(gui)順”。五月，清兵進(jin)駐伊(yi)犁(li)(li)。班(ban)第擬送波羅(luo)尼都(dou)赴京朝覲，留霍集占(zhan)在伊(yi)犁(li)(li)“照管游牧”，即管理(li)被準噶爾(er)(er)(er)遷至伊(yi)犁(li)(li)的回(hui)(hui)人(ren)(ren)（清代(dai)稱(cheng)維(wei)吾爾(er)(er)(er)人(ren)(ren)為(wei)“回(hui)(hui)人(ren)(ren)”）。
六月，烏什(shen)(shen)伯克(ke)霍(huo)集(ji)斯(si)誘(you)擒準噶爾(er)汗達瓦(wa)齊，將達瓦(wa)齊縛獻清軍(jun)(jun)，準噶爾(er)汗國滅亡。此時，喀(ka)(ka)什(shen)(shen)噶爾(er)的(de)黑(hei)山派(pai)和(he)卓(zhuo)玉素(su)普（達涅爾(er)之子）正計劃向(xiang)(xiang)北進軍(jun)(jun)。阿(a)克(ke)蘇(su)的(de)阿(a)奇木伯克(ke)阿(a)卜都(dou)瓜卜（霍(huo)集(ji)斯(si)之兄）向(xiang)(xiang)班第(di)提議：由清軍(jun)(jun)派(pai)使者護(hu)送大(da)小和(he)卓(zhuo)之一前(qian)去喀(ka)(ka)什(shen)(shen)噶爾(er)，“然后(hou)宣告他已被中國皇帝指定為該地區的(de)統治者”。班第(di)派(pai)遣(qian)侍衛托倫泰(tai)與(yu)霍(huo)集(ji)斯(si)護(hu)送波羅尼(ni)都(dou)南(nan)下(xia)招服喀(ka)(ka)什(shen)(shen)噶爾(er)、葉爾(er)羌，霍(huo)集(ji)占則(ze)仍留(liu)伊犁。托倫泰(tai)與(yu)波羅尼(ni)都(dou)在(zai)霍(huo)集(ji)斯(si)家(jia)族的(de)支(zhi)持下(xia)，在(zai)烏什(shen)(shen)集(ji)結(jie)軍(jun)(jun)隊，擊(ji)敗了(le)北上的(de)黑(hei)山派(pai)，并乘(cheng)勝南(nan)進。喀(ka)(ka)什(shen)(shen)噶爾(er)的(de)阿(a)奇木伯克(ke)和(he)什(shen)(shen)克(ke)開城投降。葉爾(er)羌的(de)黑(hei)山派(pai)首領和(he)卓(zhuo)加罕（即雅庫布(bu)，玉素(su)普長兄）力戰不敵(di)，最后(hou)兵(bing)敗被殺(sha)。
清(qing)軍(jun)占(zhan)(zhan)(zhan)領伊(yi)(yi)犁(li)(li)(li)后(hou)，朝廷(ting)以(yi)平定(ding)準噶爾(er)(er)(er)大(da)功告成，將西(xi)征大(da)軍(jun)撤(che)回內地，僅留(liu)少量兵力駐守(shou)伊(yi)(yi)犁(li)(li)(li)、烏魯(lu)木齊等(deng)處。乾(qian)(qian)隆皇(huang)帝(di)認為阿(a)(a)睦(mu)(mu)爾(er)(er)(er)撒納(na)(na)雖有覬覦準噶爾(er)(er)(er)汗位之(zhi)志(zhi)，但“料伊(yi)(yi)亦不敢遽(ju)爾(er)(er)(er)妄(wang)行”，并指示諸大(da)臣：阿(a)(a)睦(mu)(mu)爾(er)(er)(er)撒納(na)(na)“不過(guo)希圖肥己，不必(bi)過(guo)于苛求”。乾(qian)(qian)隆二十年（1755年）八月(yue)，阿(a)(a)睦(mu)(mu)爾(er)(er)(er)撒納(na)(na)在(zai)赴熱河途中叛(pan)逃，潛(qian)往(wang)塔爾(er)(er)(er)巴(ba)哈(ha)臺。伊(yi)(yi)犁(li)(li)(li)的宰桑、喇嘛(ma)起兵響應，攻(gong)占(zhan)(zhan)(zhan)了伊(yi)(yi)犁(li)(li)(li)城(cheng)。霍(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)(zhan)在(zai)戰亂中率(lv)所屬維(wei)吾爾(er)(er)(er)人逃離伊(yi)(yi)犁(li)(li)(li)。同被準噶爾(er)(er)(er)囚(qiu)禁在(zai)伊(yi)(yi)犁(li)(li)(li)的白山派(pai)(pai)額爾(er)(er)(er)克和卓額色尹（霍(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)(zhan)族(zu)叔）、鄂(e)托蘭珠和卓瑪木特等(deng)人不愿依附霍(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)(zhan)，逃往(wang)布魯(lu)特部(bu)落(luo)及浩(hao)罕等(deng)地。是年末，阿(a)(a)睦(mu)(mu)爾(er)(er)(er)撒納(na)(na)遣使至波羅(luo)(luo)(luo)尼都處，告知攻(gong)陷伊(yi)(yi)犁(li)(li)(li)情形。波羅(luo)(luo)(luo)尼都等(deng)將托倫泰、特古斯（薩(sa)喇勒(le)之(zhi)兄）等(deng)人及蒙古官兵扣留(liu)。乾(qian)(qian)隆二十一年（1756年）二月(yue)，定(ding)西(xi)將軍(jun)策楞率(lv)西(xi)路清(qing)軍(jun)收復伊(yi)(yi)犁(li)(li)(li)，阿(a)(a)睦(mu)(mu)爾(er)(er)(er)撒納(na)(na)逃往(wang)哈(ha)薩(sa)克，形勢再度逆轉。五(wu)月(yue)，霍(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)(zhan)與波羅(luo)(luo)(luo)尼都會(hui)合。霍(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)(zhan)殺死阿(a)(a)睦(mu)(mu)爾(er)(er)(er)撒納(na)(na)派(pai)(pai)來的使者，將托倫泰送回；又(you)以(yi)投誠為名(ming)，派(pai)(pai)人到清(qing)軍(jun)大(da)營探聽消(xiao)息。
霍(huo)(huo)(huo)集(ji)占欲(yu)反清自(zi)(zi)立，與(yu)手下各頭(tou)目商議：“甫免為(wei)厄魯特（準(zhun)噶爾(er)）役使(shi)，今(jin)若(ruo)(ruo)投(tou)誠，又(you)當(dang)納貢。不(bu)若(ruo)(ruo)自(zi)(zi)長(chang)一方，種地守城(cheng)，足為(wei)捍御。”波羅(luo)尼都不(bu)愿與(yu)清軍為(wei)敵(di)，說：“從前受辱于厄魯特，非(fei)大國(guo)（清）兵(bing)力，安能復歸故土？恩(en)(en)不(bu)可負(fu)，即兵(bing)力亦(yi)斷不(bu)能抗。”霍(huo)(huo)(huo)集(ji)占派人(ren)殺死蒙(meng)古察合臺汗(han)王后裔以(yi)及葉爾(er)羌舊首領(ling)伊(yi)克(ke)和卓(zhuo)，又(you)自(zi)(zi)加(jia)汗(han)號，稱“巴圖爾(er)汗(han)”。波羅(luo)尼都勸阻霍(huo)(huo)(huo)集(ji)占：“我(wo)兄(xiong)弟自(zi)(zi)祖父三世，俱被準(zhun)噶爾(er)囚禁。荷蒙(meng)天恩(en)(en)釋放，仍為(wei)回部頭(tou)目，受恩(en)(en)深重。若(ruo)(ruo)爾(er)有負(fu)天朝，任爾(er)自(zi)(zi)為(wei)，我(wo)必不(bu)能聽從”。霍(huo)(huo)(huo)集(ji)占固執(zhi)己見，兄(xiong)弟二人(ren)出(chu)現不(bu)和。
霍(huo)集占(zhan)只信任在(zai)伊犁囚禁時(shi)追(zhui)隨(sui)他(ta)的(de)屬下，對(dui)回疆(jiang)各(ge)地原有(you)伯(bo)克(ke)則明加籠絡，暗奪(duo)其(qi)權，致使“各(ge)城頭目，俱(ju)不(bu)(bu)心服”。霍(huo)集占(zhan)因忌憚烏什、阿克(ke)蘇的(de)霍(huo)集斯家族勢(shi)力，以(yi)烏什伯(bo)克(ke)霍(huo)集斯為和闐伯(bo)克(ke)，阿克(ke)蘇伯(bo)克(ke)阿卜都瓜(gua)卜為葉爾羌伯(bo)克(ke)，使霍(huo)集斯兄弟子侄分(fen)居(ju)各(ge)城。霍(huo)集斯畏(wei)其(qi)聲(sheng)勢(shi)不(bu)(bu)敢違抗。“喀(ka)什噶(ga)(ga)(ga)爾、葉爾羌的(de)伯(bo)克(ke)階級也幾乎沒有(you)支持和卓(zhuo)木(mu)兄弟的(de)”。喀(ka)什噶(ga)(ga)(ga)爾伯(bo)克(ke)和什克(ke)不(bu)(bu)愿依附(fu)霍(huo)集占(zhan)，不(bu)(bu)得不(bu)(bu)逃(tao)亡至(zhi)布魯特(te)。阿睦爾撒(sa)納叛亂前后(hou)，庫(ku)車伯(bo)克(ke)鄂對(dui)、拜城伯(bo)克(ke)噶(ga)(ga)(ga)岱默特(te)等(deng)人已避亂投奔清軍，于是霍(huo)集占(zhan)又接收了庫(ku)車、拜城，控制了喀(ka)喇沙爾（今焉耆）以(yi)南、塔里木(mu)盆地西部(bu)的(de)大部(bu)分(fen)地方。
乾隆二十一年（1756年）閏九月，駐扎伊犁的(de)戶部(bu)左侍郎兆惠接到托倫(lun)泰(tai)返回(hui)(hui)(hui)的(de)報文，認為(wei)“回(hui)(hui)(hui)城(cheng)地方并(bing)無(wu)事故(gu)”，于(yu)是(shi)遣副都統阿敏道(dao)、宰桑錫克錫爾(er)格(ge)帶索倫(lun)、準(zhun)噶爾(er)兵三千余(yu)人(ren)往招撫回(hui)(hui)(hui)部(bu)各城(cheng)，“將回(hui)(hui)(hui)人(ren)等加意安撫”，并(bing)催繳各地稅賦。和卓(zhuo)軍(jun)隊據(ju)守庫車城(cheng)與(yu)阿敏道(dao)對峙。阿敏道(dao)詢問庫車伯(bo)克呼岱巴爾(er)氐（霍(huo)集(ji)斯長子）為(wei)何據(ju)城(cheng)迎戰，呼岱巴爾(er)氐詭稱因(yin)畏懼清軍(jun)中的(de)準(zhun)噶爾(er)兵，不敢歸降。于(yu)是(shi)阿敏道(dao)令準(zhun)噶爾(er)兵撤回(hui)(hui)(hui)，僅帶索倫(lun)兵一百余(yu)人(ren)入城(cheng)。
十(shi)月(yue)，先(xian)前(qian)由策楞遣(qian)往葉爾羌、喀什噶(ga)爾的(de)官員提奇圖等返回(hui)伊(yi)犁軍(jun)營，報告霍集占(zhan)扣留清(qing)軍(jun)派去的(de)蒙古兵丁及種種謀反(fan)情形。兆惠認(ren)為波羅尼都“似屬恭順(shun)”，霍集占(zhan)“顯(xian)有(you)背逆情狀”，擬(ni)令霍集占(zhan)親自來伊(yi)犁謁見。但乾(qian)隆皇(huang)帝并(bing)未意識(shi)到(dao)局(ju)勢(shi)的(de)嚴重。此時，霍集占(zhan)派出的(de)使(shi)者沙(sha)泥雅(ya)斯抵達京師謝恩，乾(qian)隆皇(huang)帝認(ren)為霍集占(zhan)遣(qian)使(shi)遠(yuan)來“意甚(shen)誠篤”；且因其(qi)向來畏懼準(zhun)噶(ga)爾，情有(you)可原；并(bing)傳諭兆惠“但令其(qi)每年貢賦(fu)照交(jiao)納(na)，毋庸加(jia)以兵威”。
此(ci)時，征討阿(a)(a)睦爾(er)撒(sa)納的(de)清(qing)軍(jun)(jun)主力陸續(xu)撤回，一(yi)部(bu)份清(qing)軍(jun)(jun)被(bei)調往蒙古平定(ding)(ding)撤驛(yi)之變(bian)，天(tian)山北路(lu)(lu)守備空(kong)虛。十一(yi)月(yue)(yue)(yue)，乾(qian)隆(long)皇(huang)帝(di)冊封的(de)輝特汗班珠(zhu)爾(er)與(yu)綽羅斯汗噶(ga)勒藏多爾(er)濟相約舉(ju)兵叛亂。已(yi)升任定(ding)(ding)邊(bian)右副將軍(jun)(jun)的(de)兆惠率五百余人(ren)由伊犁東撤，在(zai)鄂壘(lei)扎(zha)拉圖（今屬烏蘇市）、庫圖齊(qi)、烏魯木齊(qi)經數次惡戰(zhan)后，于(yu)次年(nian)二(er)(er)月(yue)(yue)(yue)退回巴里坤(kun)。阿(a)(a)睦爾(er)撒(sa)納重返(fan)西域(yu)，清(qing)軍(jun)(jun)再次失(shi)去對(dui)天(tian)山北路(lu)(lu)的(de)控制。在(zai)此情勢下，霍(huo)集占(zhan)(zhan)認為清(qing)廷(ting)在(zai)西域(yu)的(de)統治(zhi)已(yi)近乎崩(beng)潰，遂(sui)于(yu)乾(qian)隆(long)二(er)(er)十二(er)(er)年(nian)（1757年(nian)）三月(yue)(yue)(yue)令人(ren)殺死庫車城內(nei)的(de)阿(a)(a)敏道(dao)(dao)，公開舉(ju)兵反叛。呼岱巴爾(er)氐(di)得知這一(yi)命令后，暗(an)中告知阿(a)(a)敏道(dao)(dao)。阿(a)(a)敏道(dao)(dao)率眾逃出城外，被(bei)霍(huo)集占(zhan)(zhan)軍(jun)(jun)追及，一(yi)百余人(ren)全部(bu)戰(zhan)死。
霍集占的反叛大出乾隆皇帝之預料。乾隆二十二年五月，定邊將軍成袞扎布奏請前往回疆平叛。乾隆皇帝傳諭成袞扎布、兆惠全力擒拿阿睦爾撒納，定于次年春天再進兵回部。六月，阿睦爾撒納與哈薩克汗阿布賚反目，逃入俄羅斯。乾隆二十三年正月二十六日癸丑（1758年3月5日），確認阿睦爾撒納在俄羅斯出痘身死后，乾隆皇帝下諭征討霍集占乾隆皇帝與大(da)臣(chen)認為(wei)波羅(luo)尼都“頗圖(tu)安靜”、并(bing)無(wu)謀(mou)反之心，以至期(qi)望波羅(luo)尼都將(jiang)霍(huo)集占擒獲，并(bing)向(xiang)清軍(jun)投誠(cheng)。二月，朝廷(ting)以雅爾哈善為(wei)靖逆(ni)將(jiang)軍(jun)，率參贊大(da)臣(chen)哈寧阿(a)、巴里坤領(ling)隊大(da)臣(chen)愛隆阿(a)、吐魯番貝(bei)勒(le)額(e)敏和(he)卓(zhuo)、哈密貝(bei)子玉素富、肅州總(zong)兵(bing)(bing)閆相師、鑲黃旗察哈爾總(zong)管端濟布、庫車伯克鄂對等，領(ling)兵(bing)(bing)八(ba)千，由吐魯番西進，四(si)月中旬(xun)至喀(ka)喇沙爾集結。
五月初，清兵包圍庫車。庫車城墻十分堅固，由霍集占的親信阿卜都克勒木駐守。六月，阿卜都克勒木之弟阿卜都哈里克由賽里木率軍來援，在托木羅克被額敏和卓擊退。霍集占親率鳥(niao)槍(qiang)兵(bing)數(shu)千由烏什來(lai)援(yuan)，在庫(ku)(ku)車城南(nan)被愛隆(long)阿、端濟布等擊敗。霍集(ji)占(zhan)負傷逃(tao)入庫(ku)(ku)車城，堅(jian)守不出。提(ti)督馬得勝派兵(bing)挖隧(sui)道(dao)攻城，雅爾哈善(shan)求勝心切，催促士兵(bing)日(ri)夜挖掘。守軍(jun)在夜間看到火光，引水灌入隧(sui)道(dao)將清兵(bing)淹死。乾隆(long)皇帝見雅爾哈善(shan)指揮(hui)無方(fang)，遂令定(ding)邊將軍(jun)兆惠率(lv)兵(bing)南(nan)下(xia)征討。
霍集(ji)(ji)(ji)占入城(cheng)后，便殺戮鄂(e)對在(zai)城(cheng)中(zhong)的(de)親(qin)屬(shu)。鄂(e)對之妻依(yi)熱木年少，霍集(ji)(ji)(ji)占欲納(na)為妾。依(yi)熱木不從(cong)，被(bei)囚于(yu)高樓，日(ri)加凌辱，其(qi)二子一女被(bei)叛軍從(cong)城(cheng)墻上拋下而死。鄂(e)對向雅爾哈善(shan)提議：分(fen)兵埋伏于(yu)庫車(che)城(cheng)西、北的(de)兩處隘口，城(cheng)中(zhong)糧盡時，霍集(ji)(ji)(ji)占必出(chu)城(cheng)逃走(zou)，可從(cong)容將其(qi)擒獲。雅爾哈善(shan)認為鄂(e)對是新降之人(ren)(ren)，并(bing)不聽信(xin)其(qi)言(yan)。六(liu)月(yue)二十三日(ri)夜，霍集(ji)(ji)(ji)占率(lv)騎兵四百余(yu)人(ren)(ren)出(chu)西門逃遁。八月(yue)，阿(a)卜都克勒木也棄城(cheng)逃走(zou)。城(cheng)中(zhong)頭(tou)人(ren)(ren)阿(a)拉難(nan)爾率(lv)老弱殘兵出(chu)降。鄂(e)對入城(cheng)后，手刃霍集(ji)(ji)(ji)占黨羽(yu)三十余(yu)人(ren)(ren)。
乾隆皇帝得知(zhi)雅(ya)爾(er)哈善疏于防守，致霍集(ji)占走脫，極為震怒，命將雅(ya)爾(er)哈善逮京(jing)議斬(zhan)；以工部尚書納穆札爾(er)代雅(ya)爾(er)哈善為靖逆(ni)將軍，戶(hu)部侍郎石(shi)三泰為參贊(zan)大臣，受兆惠節制。此(ci)時，雅(ya)爾(er)哈善留玉素富駐(zhu)守庫車，以端濟布為前(qian)鋒，開赴(fu)阿克(ke)蘇。
當六月(yue)清(qing)(qing)(qing)軍(jun)圍攻(gong)庫(ku)車之時，賽喇(la)木（今(jin)拜城縣賽里木鎮）、沙(sha)雅爾（今(jin)沙(sha)雅縣）爆發了反對霍(huo)集(ji)占的起(qi)義，二城隨即向清(qing)(qing)(qing)軍(jun)投降。在霍(huo)集(ji)占從庫(ku)車逃往阿(a)克(ke)蘇途中(zhong)，阿(a)克(ke)蘇毛(mao)拉阿(a)舒(shu)爾率(lv)眾(zhong)殺死(si)霍(huo)集(ji)占的親(qin)信，推(tui)舉頗拉特為(wei)總伯克(ke)，派人向清(qing)(qing)(qing)軍(jun)投誠。霍(huo)集(ji)占攻(gong)阿(a)克(ke)蘇城不(bu)下，又奔赴烏什(shen)。
八月二十四(si)日(ri)，兆(zhao)(zhao)惠(hui)與雅爾(er)哈(ha)善會合，次(ci)日(ri)進(jin)駐阿(a)克蘇(su)。兆(zhao)(zhao)惠(hui)奏請以鄂對(dui)為阿(a)克蘇(su)之阿(a)奇木伯克，頗拉特為其副(fu)手；并(bing)收繳雅爾(er)哈(ha)善官印，將其押(ya)解(jie)赴(fu)京。兆(zhao)(zhao)惠(hui)隨(sui)即向烏什進(jin)發，留閆相師綠營兵八百(bai)人駐防阿(a)克蘇(su)城(cheng)。革(ge)職后在兆(zhao)(zhao)惠(hui)軍中效(xiao)力的(de)舒赫德也留在阿(a)克蘇(su)。
烏(wu)(wu)(wu)什(shen)(shen)伯克漠咱(zan)(zan)帕(pa)爾(er)是(shi)霍(huo)集(ji)(ji)(ji)(ji)斯(si)之子，得知(zhi)霍(huo)集(ji)(ji)(ji)(ji)占(zhan)(zhan)率軍前來，企(qi)圖設宴(yan)將其誘擒，但計劃泄露。霍(huo)集(ji)(ji)(ji)(ji)占(zhan)(zhan)得知(zhi)后不(bu)敢入(ru)城(cheng)，派隨(sui)軍的霍(huo)集(ji)(ji)(ji)(ji)斯(si)招降漠咱(zan)(zan)帕(pa)爾(er)。霍(huo)集(ji)(ji)(ji)(ji)斯(si)原為烏(wu)(wu)(wu)什(shen)(shen)、吐魯番一帶豪(hao)族，被(bei)迫依(yi)附于(yu)霍(huo)集(ji)(ji)(ji)(ji)占(zhan)(zhan)。入(ru)城(cheng)后，霍(huo)集(ji)(ji)(ji)(ji)斯(si)隨(sui)即倒戈，派其子呼岱(dai)巴(ba)爾(er)氐(di)前往阿(a)克蘇(su)迎清軍入(ru)城(cheng)。霍(huo)集(ji)(ji)(ji)(ji)占(zhan)(zhan)一路向南退卻，返回喀什(shen)(shen)噶爾(er)。八(ba)月三十日，兆惠進駐烏(wu)(wu)(wu)什(shen)(shen)，以霍(huo)集(ji)(ji)(ji)(ji)斯(si)之妻與總兵丑達駐守。
九月初(chu)，兆惠派侍衛齊(qi)凌扎(zha)布(bu)與鄂對前(qian)往和(he)(he)闐(tian)招(zhao)降。由(you)于和(he)(he)闐(tian)伯克(ke)霍(huo)集斯已降清(qing)，和(he)(he)闐(tian)首城(cheng)額里齊(qi)（今(jin)(jin)(jin)和(he)(he)田(tian)市）的頭人將霍(huo)集占黨(dang)羽驅逐，迎清(qing)兵入(ru)城(cheng)。九月下旬(xun)，和(he)(he)闐(tian)所轄的哈喇哈什（今(jin)(jin)(jin)墨玉(yu)縣(xian)）、克(ke)勒底雅（今(jin)(jin)(jin)于田(tian)縣(xian)）、齊(qi)爾(er)拉(la)（今(jin)(jin)(jin)策勒縣(xian)）、玉(yu)隴哈什（今(jin)(jin)(jin)洛浦縣(xian)玉(yu)龍(long)喀(ka)什鎮(zhen)）、塔克(ke)（在今(jin)(jin)(jin)于田(tian)縣(xian)南）全部歸降。至此，僅有喀(ka)什噶爾(er)、葉爾(er)羌二城(cheng)尚在大小(xiao)和(he)(he)卓手(shou)中(zhong)。
自(zi)兆惠(hui)南(nan)下一月(yue)有(you)余(yu)，阿(a)克(ke)(ke)蘇(su)、烏(wu)什(shen)、和(he)闐(tian)望(wang)風而(er)降，致使其錯判形勢，輕敵冒進。霍(huo)集斯向兆惠(hui)提議：先(xian)攻占(zhan)葉爾羌，截住大(da)(da)小和(he)卓(zhuo)出(chu)逃之路；再進兵喀什(shen)噶爾，則波羅尼都自(zi)當歸降。于是兆惠(hui)不等納穆札爾、石(shi)三泰(tai)的主力抵達(da)(da)，先(xian)率四千(qian)人向葉爾羌進發(fa)，愛隆阿(a)、戶部(bu)(bu)侍郎明瑞、霍(huo)集斯、端(duan)濟布(bu)、噶岱默特等從行(xing)。乾(qian)隆皇(huang)帝(di)(di)也認為(wei)“回(hui)部(bu)(bu)各城迎降相繼，大(da)(da)功(gong)可(ke)(ke)計日而(er)成”，開始考(kao)慮(lv)各城伯(bo)克(ke)(ke)人選(xuan)，以及駐兵屯田(tian)等事宜。又(you)令(ling)章嘉(jia)呼圖(tu)克(ke)(ke)圖(tu)寫信給拉達(da)(da)克(ke)(ke)（今(jin)克(ke)(ke)什(shen)米爾東南(nan)）頭(tou)人，若大(da)(da)小和(he)卓(zhuo)逃至彼處，“即擒(qin)解前來(lai)”，“斷不可(ke)(ke)容留(liu)疏縱”。九(jiu)月(yue)，乾(qian)隆皇(huang)帝(di)(di)令(ling)在(zai)哈薩克(ke)(ke)追剿叛軍的參贊大(da)(da)臣富德前往(wang)阿(a)克(ke)(ke)蘇(su)策應兆惠(hui)。又(you)起(qi)用舒赫德為(wei)頭(tou)等侍衛，并增派察哈爾兵七百人、綠營(ying)兵三百人赴阿(a)克(ke)(ke)蘇(su)，歸舒赫德統(tong)領。
霍(huo)(huo)集(ji)(ji)(ji)占退(tui)回(hui)喀(ka)什噶爾后，波羅尼都怨其輕(qing)舉妄(wang)動(dong)，招致(zhi)清(qing)軍征討。于(yu)是霍(huo)(huo)集(ji)(ji)(ji)占前往葉爾羌駐守(shou)，堅壁清(qing)野(ye)，并散布謠言稱清(qing)軍已將霍(huo)(huo)集(ji)(ji)(ji)斯(si)殺害(hai)，且(qie)要來(lai)殺盡回(hui)人(ren)。十月(yue)初五，兆惠進兵(bing)葉爾羌城(cheng)(cheng)下(xia)，見葉爾羌城(cheng)(cheng)池較大(da)，便(bian)設(she)法誘敵出戰。初六(liu)日，清(qing)兵(bing)分七(qi)隊攻城(cheng)(cheng)。霍(huo)(huo)集(ji)(ji)(ji)占的騎兵(bing)出北(bei)(bei)門突擊，擊潰了清(qing)軍中的索倫兵(bing)，但被(bei)健銳營擊敗，于(yu)是固守(shou)不出。兆惠兵(bing)少不能圍(wei)城(cheng)(cheng)，令(ling)愛(ai)隆阿、侍(shi)衛奎(kui)瑪岱(dai)領兵(bing)八百人(ren)北(bei)(bei)上(shang)防(fang)范喀(ka)什噶爾來(lai)援(yuan)(yuan)，并接應(ying)納(na)穆札(zha)爾、石三泰的援(yuan)(yuan)軍。此(ci)時，波羅尼都親率五千人(ren)前來(lai)增援(yuan)(yuan)霍(huo)(huo)集(ji)(ji)(ji)占。
富(fu)(fu)德接到(dao)諭旨后，于(yu)十(shi)月抵達烏魯木齊。十(shi)月中(zhong)旬，乾隆皇帝又(you)令富(fu)(fu)德領兵南下巴爾楚克（今巴楚縣(xian)）護衛清軍臺站；若到(dao)時兆惠(hui)仍未(wei)攻下葉爾羌，即(ji)可領兵攻取(qu)喀什(shen)噶爾。
兆惠偵知和(he)卓(zhuo)士兵在葉爾(er)羌城南(nan)的英額齊盤山放牧(mu)，打算突襲牧(mu)地，掠其牲畜。
十(shi)月十(shi)三日(ri)(ri)（公歷1758年(nian)11月13日(ri)(ri)），兆(zhao)惠由城南奪橋渡黑水(shui)(shui)（維吾爾語(yu)稱黑水(shui)(shui)為喀喇烏蘇(su)），才過四百(bai)人(ren)時，橋梁垮塌(ta)，隨即被霍(huo)集占(zhan)軍(jun)(jun)一萬余人(ren)包圍(wei)。在混亂中清(qing)(qing)軍(jun)(jun)被圍(wei)成數(shu)截，且戰(zhan)且渡。兆(zhao)惠傷(shang)及面頰，坐騎中槍倒斃，兩度換(huan)馬。激戰(zhan)五晝夜后，清(qing)(qing)兵陣亡數(shu)百(bai)人(ren)，馬匹陷(xian)入泥淖(nao)者(zhe)甚多。西寧鎮(zhen)總(zong)兵高天喜、副都統三格、護軍(jun)(jun)統領鄂(e)實、監察御史何泰、侍衛特通(tong)額等戰(zhan)死。兆(zhao)惠無法突圍(wei)，遂于黑水(shui)(shui)南岸就地結(jie)營(ying)，修筑壕溝，此即當(dang)時著名的“黑水(shui)(shui)營(ying)”。霍(huo)集占(zhan)軍(jun)(jun)也就地駐扎(zha)，將清(qing)(qing)軍(jun)(jun)營(ying)盤(pan)團團圍(wei)住。此役即通(tong)古思魯克之戰(zhan)。
十月(yue)十三(san)日(ri)黑(hei)水(shui)之戰(zhan)的(de)(de)同時(shi)，納(na)穆(mu)札爾(er)、石三(san)泰的(de)(de)援軍(jun)與愛隆(long)阿會(hui)合。納(na)穆(mu)札爾(er)與諸將率(lv)二(er)百余(yu)騎(qi)兵(bing)趁(chen)夜行軍(jun)，以期黎(li)明(ming)時(shi)與兆惠會(hui)合，但在途(tu)中遇到(dao)波羅尼都派出的(de)(de)援軍(jun)三(san)千余(yu)人，陷入包圍。納(na)穆(mu)札爾(er)、石三(san)泰、侍衛(wei)奎瑪岱、彰武(wu)、班泰、管(guan)站西拉布、護軍(jun)校齊(qi)旺扎布等(deng)皆戰(zhan)死，僅(jin)有(you)少(shao)數兵(bing)丁(ding)逃出。愛隆(long)阿聞訊前(qian)往援救，得知納(na)穆(mu)札爾(er)已全軍(jun)覆沒，遂撤往阿克(ke)(ke)蘇(su)。兆惠上(shang)書請罪(zui)，并奏請調(diao)阿克(ke)(ke)蘇(su)等(deng)地守軍(jun)于年底(di)齊(qi)集，“合力攻剿”。
和卓軍向黑水營清兵輪番發動攻擊，均被兆惠擊退，于是打算長期圍困，待清兵糧盡時不攻自破。和卓兵引上游河水灌入清營，被清兵導入戰壕排至下游，反而便于清兵汲水。清軍營地多林木，和卓兵射出的鉛彈陷入樹中，清兵砍柴生火時將子彈取出，足以補充彈藥。十一月中旬，布魯特（柯爾克孜人）頭人納喇巴圖流(liu)亡的(de)額(e)爾克和(he)(he)(he)卓(zhuo)額(e)色尹等(deng)人領兵(bing)襲擊(ji)了喀什噶爾的(de)屬城(cheng)英吉沙爾（今英吉沙縣），同一天，兆(zhao)惠(hui)出(chu)擊(ji)焚毀了兩處和(he)(he)(he)卓(zhuo)軍(jun)營。大小和(he)(he)(he)卓(zhuo)以為布魯特與清軍(jun)聯(lian)合，遂(sui)遣人與兆(zhao)惠(hui)議(yi)和(he)(he)(he)。兆(zhao)惠(hui)提出(chu)大小和(he)(he)(he)卓(zhuo)必(bi)須先行入(ru)京朝(chao)覲；大小和(he)(he)(he)卓(zhuo)則稱“愿送口糧(liang)，撤圍相見”，兆(zhao)惠(hui)不予答復。于(yu)是(shi)波羅尼都領兵(bing)撤回喀什噶爾，防御(yu)布魯特侵(qin)擾。至(zhi)(zhi)年末，兆(zhao)惠(hui)已被圍困(kun)三個月，軍(jun)糧(liang)耗盡，士兵(bing)只得焚煮馬鞍、皮革(ge)，甚(shen)至(zhi)(zhi)掠(lve)取平(ping)民(min)烹食(shi)。
十一月初(chu)，乾隆皇帝接到兆(zhao)惠被圍的奏報(bao)，以(yi)富德(de)(de)為定邊右副將軍，徑赴葉爾羌解(jie)兆(zhao)惠之(zhi)圍；以(yi)副都統阿里袞、舒赫德(de)(de)、愛隆阿為參贊大臣，調集兵馬(ma)、駱駝前往(wang)增援(yuan)；令陜甘總(zong)督黃廷桂預備馬(ma)匹二萬，供西征(zheng)清(qing)軍調用(yong)。又命成袞扎布(bu)征(zheng)發漠北(bei)達什(shen)達瓦所屬準噶爾兵丁，于次年從特穆爾圖淖爾（今吉(ji)(ji)爾吉(ji)(ji)斯(si)斯(si)坦伊塞克湖(hu)）南下助攻。
富德得知兆惠被圍困后，率副都統鄂博什及侍衛瑪瑺、額爾登額、老格等，于十一月十一日從烏魯木齊出發，日夜兼程開赴阿克蘇。領隊大臣豆斌、散秩大臣永慶、副都統瑚(hu)爾起、福(fu)祿、總管端濟布等領(ling)兵(bing)協同(tong)。十(shi)二月初四日(ri)(ri)，舒赫德率新(xin)到的內地(di)、索倫士兵(bing)與原駐兵(bing)丁共三千五百人由阿(a)克(ke)蘇(su)開拔。十(shi)二月十(shi)六日(ri)(ri)，富(fu)德抵達(da)阿(a)克(ke)蘇(su)。二十(shi)五日(ri)(ri)，阿(a)里(li)袞押(ya)送駝馬到達(da)阿(a)克(ke)蘇(su)；同(tong)時，富(fu)德在巴爾楚克(ke)趕上舒赫德的隊(dui)伍，向葉(xie)爾羌進發。
乾隆(long)二十(shi)(shi)四(si)年正月(yue)初六日(ri)(ri)(ri)（1759年2月(yue)3日(ri)(ri)(ri)），富(fu)(fu)德(de)在葉爾(er)羌東(dong)北的(de)呼爾(er)滿與(yu)前來截(jie)擊的(de)和(he)(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)(jun)(jun)(jun)五千(qian)(qian)余人遭遇(yu)。激戰至夜間，和(he)(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)(jun)(jun)(jun)退卻，清(qing)(qing)軍(jun)(jun)(jun)(jun)戰馬經長途跋涉，紛(fen)紛(fen)倒斃，無力(li)追趕。次(ci)日(ri)(ri)(ri)（2月(yue)4日(ri)(ri)(ri)），和(he)(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)(jun)(jun)(jun)占(zhan)據山崗(gang)，與(yu)富(fu)(fu)德(de)軍(jun)(jun)(jun)(jun)相(xiang)持于戈(ge)壁(bi)(bi)中。初八日(ri)(ri)(ri)（2月(yue)5日(ri)(ri)(ri)），和(he)(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)(jun)(jun)(jun)得知清(qing)(qing)軍(jun)(jun)(jun)(jun)少馬，率大軍(jun)(jun)(jun)(jun)圍攻富(fu)(fu)德(de)。清(qing)(qing)軍(jun)(jun)(jun)(jun)拒(ju)守于沁達(da)爾(er)，苦(ku)戰不(bu)能突破，且戈(ge)壁(bi)(bi)無水，士兵只得吞咽冰塊。初九日(ri)(ri)(ri)（2月(yue)6日(ri)(ri)(ri)）夜，阿(a)(a)里袞率援軍(jun)(jun)(jun)(jun)及馬一千(qian)(qian)匹、駝四(si)百只趕到，與(yu)鄂博什從(cong)兩翼突擊和(he)(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)(jun)(jun)(jun)營，富(fu)(fu)德(de)乘勢掩殺，和(he)(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)(jun)(jun)(jun)開(kai)始潰退。十(shi)(shi)日(ri)(ri)(ri)（2月(yue)7日(ri)(ri)(ri)）黎(li)明，阿(a)(a)里袞、護軍(jun)(jun)(jun)(jun)統(tong)領努三(san)與(yu)富(fu)(fu)德(de)三(san)路夾攻，和(he)(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)(jun)(jun)(jun)向南遁去。此役，富(fu)(fu)德(de)、阿(a)(a)里袞等斬殺和(he)(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)兵千(qian)(qian)余人，史稱呼爾(er)滿大捷。
正月初(chu)八，兆(zhao)(zhao)惠聽到(dao)北方有槍(qiang)炮(pao)聲，又見圍(wei)營的和卓(zhuo)兵(bing)漸少，料想援軍(jun)已(yi)至(zhi)，遂分(fen)兵(bing)兩(liang)路(lu)出(chu)擊，攻取營壘，并派(pai)人(ren)聯絡富(fu)德。十三(san)日夜，富(fu)德進兵(bing)至(zhi)葉爾羌河(he)岸，距兆(zhao)(zhao)惠兵(bing)營尚有二十里。十四(si)日黎明，富(fu)德領兵(bing)前(qian)行(xing)，斬(zhan)殺和卓(zhuo)兵(bing)二三(san)百(bai)人(ren)。和卓(zhuo)軍(jun)隊(dui)渡河(he)而去。富(fu)德與兆(zhao)(zhao)惠會合，按照諭(yu)旨于當晚啟(qi)程(cheng)返回阿克蘇。至(zhi)此黑水之圍(wei)得解，“將軍(jun)以下皆無恙”，“卒得全，莫(mo)不(bu)喜(xi)極涕出(chu)”。霍集占見兩(liang)路(lu)清軍(jun)匯合后(hou)，不(bu)再派(pai)兵(bing)阻截。此間(jian)，波羅尼都(dou)中鳥槍(qiang)受(shou)傷(shang)，欲向清軍(jun)投降，霍集占又不(bu)許。
在呼爾滿之戰前的乾隆二十三年十一月二十六日（1758年12月26日），霍集占派遣的阿卜都克勒木兄弟與鄂斯滿、塞頗爾等率兵六百余人進攻和闐，阻截額里齊、哈喇哈什之間道路；又派其岳父薩里克誘降當地伯克。當地駐防清兵只有綠營、索倫兵五百五十人，分守各城。鄂斯滿首先攻占克勒底雅，滿洲通事哲勒順被殺，克(ke)勒底雅伯(bo)(bo)(bo)克(ke)阿(a)(a)里(li)(li)木沙(sha)逃(tao)往(wang)額(e)(e)(e)里(li)(li)齊(qi)。阿(a)(a)卜(bu)都哈里(li)(li)克(ke)將阿(a)(a)里(li)(li)木沙(sha)之(zhi)妻(qi)帶到(dao)額(e)(e)(e)里(li)(li)齊(qi)城下，又將其(qi)子當阿(a)(a)里(li)(li)木沙(sha)之(zhi)面(mian)殺死。不久，齊(qi)拉爾(er)失陷(xian)，伯(bo)(bo)(bo)克(ke)錫魯卜(bu)亦逃(tao)入額(e)(e)(e)里(li)(li)齊(qi)。齊(qi)凌扎(zha)布、鄂對行(xing)文阿(a)(a)克(ke)蘇請(qing)求增(zeng)援。乾隆二十(shi)四(si)年正月，阿(a)(a)克(ke)蘇辦事侍郎永(yong)貴派兵一百人護送軍馬前往(wang)。正月十(shi)五日（1759年2月12日）后，和卓兵圍攻額(e)(e)(e)里(li)(li)齊(qi)、哈喇(la)哈什。索倫(lun)驍騎校烏爾(er)圖(tu)保(bao)固守額(e)(e)(e)里(li)(li)齊(qi)，哈喇(la)哈什伯(bo)(bo)(bo)克(ke)海里(li)(li)雅木哈子、阿(a)(a)瓦斯(si)默特領四(si)千回兵與齊(qi)凌扎(zha)布一同抵抗(kang)。
正(zheng)月末，駐守巴(ba)(ba)爾(er)(er)楚(chu)克的參(can)(can)贊(zan)大臣巴(ba)(ba)祿派(pai)兵(bing)(bing)三百(bai)名(ming)援救(jiu)和闐。乾隆皇(huang)帝(di)命(ming)巴(ba)(ba)祿親自領(ling)兵(bing)(bing)增援，同(tong)時以賽音諾(nuo)顏部郡王策(ce)布(bu)登扎(zha)布(bu)為副將軍(jun)，福祿、車(che)木楚(chu)克扎(zha)布(bu)為參(can)(can)贊(zan)，巡查額爾(er)(er)齊(qi)斯河(he)至(zhi)巴(ba)(ba)爾(er)(er)喀什湖(hu)一(yi)帶，防備霍集占(zhan)經伊犁逃(tao)往俄羅斯。兆(zhao)惠回到阿(a)克蘇后，令(ling)愛隆阿(a)駐防烏什，派(pai)瑚爾(er)(er)起、巴(ba)(ba)圖(tu)濟爾(er)(er)噶(ga)爾(er)(er)帶九百(bai)兵(bing)(bing)援救(jiu)和闐；上奏待糧餉(xiang)、馬(ma)匹到后，再(zai)遣富德領(ling)兵(bing)(bing)數千前(qian)往。乾隆皇(huang)帝(di)因兆(zhao)惠、富德進兵(bing)(bing)過緩，加以申(shen)斥。二月，玉隴哈什失陷。乾隆皇(huang)帝(di)因新任陜甘(gan)總(zong)(zong)(zong)督吳達善辦理兵(bing)(bing)馬(ma)事務(wu)不力(li)，命(ming)閩(min)浙總(zong)(zong)(zong)督楊應琚來京，不久調任陜甘(gan)總(zong)(zong)(zong)督。
三月三日，哈喇(la)哈什(shen)失陷，齊凌(ling)扎(zha)布(bu)突(tu)圍(wei)而(er)出。六(liu)日，瑚爾起等(deng)抵(di)達額(e)里齊，與散秩大臣鄂對、侍衛噶布(bu)舒相會(hui)。九日，瑚爾起進至(zhi)哈喇(la)哈什(shen)，乘霧(wu)襲擊和(he)卓軍(jun)營，射殺(sha)阿(a)卜(bu)(bu)都哈里克(ke)(ke)(ke)。鄂斯滿、霍(huo)集雅斯負傷逃走。十(shi)一日，清(qing)(qing)軍(jun)收復玉隴哈什(shen)、齊爾拉(la)。隨(sui)后(hou)遣人(ren)招(zhao)降(jiang)克(ke)(ke)(ke)勒(le)底(di)雅、塔(ta)克(ke)(ke)(ke)。克(ke)(ke)(ke)勒(le)底(di)雅頭(tou)人(ren)四(si)德和(he)卓將(jiang)阿(a)卜(bu)(bu)都克(ke)(ke)(ke)勒(le)木屬下布(bu)庫塔(ta)斯執獻清(qing)(qing)軍(jun)。塔(ta)克(ke)(ke)(ke)頭(tou)人(ren)默(mo)里善(shan)也(ye)將(jiang)諾們伯克(ke)(ke)(ke)、毛拉(la)岳科卜(bu)(bu)等(deng)擒獻，和(he)闐平定。四(si)月二(er)十(shi)二(er)日，富德率軍(jun)抵(di)達額(e)里齊駐(zhu)守。
呼爾滿之戰后，霍集占兄弟“由于清軍的進攻和維吾爾群眾的背離，整個陷入了困境”。二、三月間，霍集占派人聯絡蔥嶺以西的巴達克山、浩罕等國。因浩罕未有回信，且懼布魯特沿途騷擾，和卓兄弟決定逃往巴達克山，或再由巴達克山前往痕都斯坦（今克什米爾地區南部(bu)及巴(ba)基斯坦北(bei)部(bu)）。四月(yue)，清(qing)兵占(zhan)領(ling)和闐的消息傳來，葉爾(er)羌(qiang)人心驚動，霍集占(zhan)將家眷、財物移往葉爾(er)羌(qiang)以西(xi)的赫色(se)勒(le)塔克。波羅尼都也向喀(ka)什噶爾(er)居民(min)索取(qu)軍糧、馬匹，在六月(yue)十日(ri)之前陸續運到塔勒(le)巴(ba)楚克河，自己僅與(yu)親信留在喀(ka)什噶爾(er)居住。
在(zai)大小和(he)卓準備出逃的同時(shi)，兆(zhao)(zhao)惠(hui)、富德正籌(chou)集糧餉，計(ji)劃乘麥熟之前進(jin)攻葉爾(er)(er)(er)羌。五月(yue)，避難(nan)于布(bu)魯特的原喀(ka)什(shen)噶爾(er)(er)(er)伯(bo)克(ke)和(he)什(shen)克(ke)隨清(qing)軍侍衛布(bu)占泰(tai)來到阿克(ke)蘇，向兆(zhao)(zhao)惠(hui)建議先(xian)攻取喀(ka)什(shen)噶爾(er)(er)(er)，以(yi)免霍集占投奔(ben)浩罕的額(e)爾(er)(er)(er)德尼(ni)伯(bo)克(ke)。于是兆(zhao)(zhao)惠(hui)等人(ren)議定先(xian)攻喀(ka)什(shen)噶爾(er)(er)(er)，再取葉爾(er)(er)(er)羌。此時(shi)，流(liu)亡于境外的和(he)卓后(hou)裔陸續向清(qing)軍投誠。額(e)色尹(yin)、瑪木特派人(ren)前往兆(zhao)(zhao)惠(hui)軍營(ying)，稱其現(xian)在(zai)布(bu)魯特“候進(jin)兵信息，情愿效力”。在(zai)清(qing)兵進(jin)發之前，與波羅(luo)尼(ni)都交情深厚的霍集斯派親信巴喇特前往喀(ka)什(shen)噶爾(er)(er)(er)，仍期望波羅(luo)尼(ni)都歸降(jiang)。
六月二日，富(fu)德由(you)(you)和闐啟(qi)程，進兵(bing)(bing)葉(xie)爾(er)羌。十一日，兆(zhao)惠領(ling)兵(bing)(bing)九千(qian)由(you)(you)烏什(shen)南下(xia)，進兵(bing)(bing)喀(ka)什(shen)噶爾(er)。阿(a)(a)里(li)(li)袞、巴祿領(ling)兵(bing)(bing)三(san)千(qian)出巴爾(er)楚克(ke)(ke)(ke)，在喀(ka)什(shen)噶爾(er)、葉(xie)爾(er)羌之(zhi)間(jian)地方(fang)等待與(yu)富(fu)德會合，并把守(shou)各處關(guan)隘。六月十二日，霍集占(zhan)派(pai)阿(a)(a)卜都(dou)(dou)克(ke)(ke)(ke)勒木(mu)通知波(bo)羅尼(ni)都(dou)(dou)準備逃(tao)離。六月十五日，布(bu)魯特(te)(te)百余人(ren)劫(jie)掠了喀(ka)什(shen)噶爾(er)城(cheng)北的阿(a)(a)喇(la)(la)古(gu)，波(bo)羅尼(ni)都(dou)(dou)派(pai)鄂斯滿、優駑斯出戰，被布(bu)魯特(te)(te)兵(bing)(bing)打敗。六月十八日，額(e)色尹、瑪木(mu)特(te)(te)與(yu)波(bo)羅尼(ni)都(dou)(dou)交戰，剿殺多(duo)人(ren)，隨后來(lai)到(dao)兆(zhao)惠軍(jun)營投誠。波(bo)羅尼(ni)都(dou)(dou)以抗擊(ji)布(bu)魯特(te)(te)為由(you)(you)，向城(cheng)內(nei)(nei)居民勒索財(cai)物、兵(bing)(bing)器；又毀(hui)壞城(cheng)內(nei)(nei)街(jie)市、城(cheng)門，“焚(fen)城(cheng)掘(jue)樹”，裹挾喀(ka)什(shen)噶爾(er)及(ji)附屬各城(cheng)的貴(gui)族、民眾西(xi)逃(tao)。阿(a)(a)奇木(mu)伯克(ke)(ke)(ke)阿(a)(a)卜都(dou)(dou)喇(la)(la)伊木(mu)、密里(li)(li)木(mu)哈子(zi)墨墨氐敏、伯克(ke)(ke)(ke)阿(a)(a)卜都(dou)(dou)爾(er)滿以及(ji)霍集斯之(zhi)兄阿(a)(a)卜都(dou)(dou)瓜卜也被一并帶走(zou)。喀(ka)什(shen)噶爾(er)居民不愿隨行，在途中紛紛逃(tao)逸，多(duo)前(qian)往(wang)附近的牌租阿(a)(a)巴特(te)(te)（今伽師縣）。牌租阿(a)(a)巴特(te)(te)伯克(ke)(ke)(ke)呢雅斯收留(liu)逃(tao)亡(wang)民眾，閉城(cheng)拒守(shou)。汗額(e)里(li)(li)吉衣、雅普爾(er)古(gu)、烏什(shen)哈喇(la)(la)等城(cheng)各自保聚。
六月二十七日，波羅尼都將喀什噶爾居民擄至城南的提斯袞，由玉魯克(ke)嶺（在今疏附(fu)縣西(xi)(xi)南）西(xi)(xi)逃，帶走居(ju)民一百五十(shi)戶(hu)，及其親(qin)信之家(jia)眷、奴(nu)仆千余人。霍集(ji)占搶掠葉爾(er)(er)(er)羌居(ju)民的(de)(de)馬(ma)匹、牲(sheng)畜后，又向(xiang)當地毛(mao)拉勒(le)索白銀四千兩，于閏(run)六(liu)月(yue)二(er)日(ri)啟程，經伯克(ke)和羅木(mu)渡口(kou)逃往羌呼勒(le)。大小和卓在色勒(le)庫(ku)爾(er)(er)(er)（今塔(ta)什庫(ku)爾(er)(er)(er)干縣）會合后向(xiang)西(xi)(xi)出逃。留在喀(ka)什噶(ga)爾(er)(er)(er)、葉爾(er)(er)(er)羌二(er)城的(de)(de)伯克(ke)隨即派人迎清兵入(ru)城。閏(run)六(liu)月(yue)十(shi)四日(ri)，兆(zhao)惠進駐(zhu)(zhu)喀(ka)什噶(ga)爾(er)(er)(er)城，富德(de)所部先鋒鄂博什進駐(zhu)(zhu)葉爾(er)(er)(er)羌城。十(shi)八日(ri)，富德(de)進入(ru)葉爾(er)(er)(er)羌。乾(qian)隆皇帝令(ling)兆(zhao)惠留駐(zhu)(zhu)喀(ka)什噶(ga)爾(er)(er)(er)，辦理(li)喀(ka)、葉二(er)城事務；富德(de)、明瑞等速領兵追擊(ji)。
霍斯庫魯克之戰兆惠進入喀(ka)什噶(ga)爾后(hou)(hou)，留閆相(xiang)師的(de)綠營(ying)兵(bing)(bing)駐守，派(pai)參贊大(da)臣明瑞(rui)(rui)等率兵(bing)(bing)追(zhui)(zhui)擊(ji)；同時傳檄浩罕、那木干、安(an)集延、瑪(ma)爾噶(ga)朗(lang)等國協同搜捕(bu)大(da)小(xiao)和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)。明瑞(rui)(rui)、愛隆阿于(yu)閏六月十五(wu)日，率兩千(qian)人(ren)啟程，向西進入蔥嶺（帕米爾）群(qun)山(shan)中(zhong)。霍集占兄(xiong)弟欲往巴達克(ke)(ke)山(shan)，但眾(zhong)伯克(ke)(ke)不從(cong)，只(zhi)得北上(shang)安(an)集延。得知清(qing)兵(bing)(bing)追(zhui)(zhui)緊，于(yu)是(shi)棄(qi)其輜重，令家眷先行。沿途無(wu)水草之處，以(yi)大(da)麥喂馬(ma)。明瑞(rui)(rui)等緣山(shan)行走(zou)，繞(rao)峰渡河，由色勒(le)庫爾向北前(qian)往哈(ha)喇庫勒(le)（塔吉克(ke)(ke)斯(si)(si)坦東北之喀(ka)拉(la)湖）。閏六月二十八日黎明，明瑞(rui)(rui)率前(qian)鋒(feng)九百人(ren)在霍斯(si)(si)庫魯克(ke)(ke)嶺（在喀(ka)拉(la)湖以(yi)北）追(zhui)(zhui)上(shang)大(da)小(xiao)和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)六千(qian)余(yu)人(ren)。明瑞(rui)(rui)誘敵下山(shan)不成，恐相(xiang)持稍(shao)久，使和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)兄(xiong)弟逃脫，遂下令仰攻山(shan)峰。和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)兵(bing)(bing)以(yi)槍(qiang)炮(pao)還擊(ji)。激戰三(san)個時辰，和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)兵(bing)(bing)開始退卻(que)，清(qing)兵(bing)(bing)因(yin)馬(ma)匹(pi)勞(lao)累，無(wu)力追(zhui)(zhui)及(ji)。和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)兵(bing)(bing)重新集結后(hou)(hou)，恃(shi)其人(ren)眾(zhong)，回師將明瑞(rui)(rui)分隊(dui)合(he)圍。明瑞(rui)(rui)且戰且行，設埋兵(bing)(bing)從(cong)山(shan)上(shang)放槍(qiang)，然后(hou)(hou)調(diao)頭沖入敵陣，才擊(ji)退和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)兵(bing)(bing)。此戰明瑞(rui)(rui)軍(jun)斬殺五(wu)百余(yu)人(ren)，俘獲三(san)十余(yu)人(ren)，清(qing)兵(bing)(bing)陣亡百余(yu)人(ren)，是(shi)為霍斯(si)(si)庫魯克(ke)(ke)之戰。
七月初，富(fu)德、阿里(li)袞與明瑞在喀(ka)喇(la)烏(wu)蘇會合，選(xuan)四(si)千精(jing)兵(bing)(bing)(bing)進(jin)發。其(qi)余(yu)(yu)兵(bing)(bing)(bing)丁(ding)由(you)總(zong)兵(bing)(bing)(bing)楊寧帶領招降沙爾(er)(er)(er)呼勒(le)，并(bing)聽(ting)候調遣(qian)。七月七日(ri)，富(fu)德探知(zhi)霍集(ji)占在前方一(yi)百余(yu)(yu)里(li)戈壁(bi)中。九日(ri)辰(chen)時，清(qing)兵(bing)(bing)(bing)追(zhui)至阿爾(er)(er)(er)楚爾(er)(er)(er)（在今塔(ta)吉克斯(si)坦戈爾(er)(er)(er)諾-巴(ba)達赫尚自治州穆爾(er)(er)(er)加布區東南(nan)）。大小和卓令馱載先行，設伏兵(bing)(bing)(bing)六千于阿爾(er)(er)(er)楚爾(er)(er)(er)山谷中。富(fu)德以(yi)火(huo)器營、健銳營居中，巴(ba)圖濟爾(er)(er)(er)噶(ga)爾(er)(er)(er)、鄂齊爾(er)(er)(er)出(chu)左翼(yi)(yi)，由(you)屯、伊(yi)柱為(wei)右(you)翼(yi)(yi)，奪取南(nan)、北阿爾(er)(er)(er)楚爾(er)(er)(er)山，并(bing)向(xiang)下沖擊山谷中的和卓兵(bing)(bing)(bing)。阿里(li)袞、明瑞、巴(ba)祿、參贊大臣阿桂(gui)也(ye)從兩(liang)翼(yi)(yi)突擊。富(fu)德出(chu)兵(bing)(bing)(bing)佯攻和卓馱隊，明瑞、鄂博什繞到(dao)后方夾擊。鏖戰(zhan)一(yi)日(ri)，清(qing)軍(jun)殲滅和卓軍(jun)一(yi)千余(yu)(yu)人，生擒(qin)五(wu)十(shi)余(yu)(yu)人，陣斬阿卜都克勒(le)木，此(ci)即阿爾(er)(er)(er)楚爾(er)(er)(er)之戰(zhan)。
七月十日傍晚，清兵追至阿爾楚爾以西的布隆(long)庫(ku)(ku)(ku)勒(le)，偵(zhen)知大小和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)逃至(zhi)(zhi)(zhi)布隆(long)庫(ku)(ku)(ku)勒(le)湖(hu)(hu)東北(bei)(bei)的(de)伊西洱庫(ku)(ku)(ku)爾(er)淖爾(er)（塔吉克(ke)斯坦東南之葉什(shen)(shen)勒(le)池）湖(hu)(hu)畔。波(bo)羅(luo)尼都駐扎于湖(hu)(hu)岸北(bei)(bei)山，霍(huo)集占率(lv)部占據東面山峰(feng)。伊西洱庫(ku)(ku)(ku)爾(er)淖爾(er)以西有(you)一(yi)大嶺(ling)，過此嶺(ling)即(ji)是巴達克(ke)山界。富德先遣阿(a)里袞(gun)、達爾(er)黨(dang)阿(a)、由屯、官長(chang)保(bao)、瑚(hu)什(shen)(shen)等領(ling)(ling)兵(bing)(bing)五(wu)百(bai)，往湖(hu)(hu)西堵截大小和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)去(qu)路；伊柱、鄂(e)博什(shen)(shen)、溫布等領(ling)(ling)兵(bing)(bing)八百(bai)，往山后(hou)阻截。十(shi)一(yi)日(ri)，富德、巴祿(lu)、明(ming)瑞、阿(a)桂(gui)、領(ling)(ling)隊大臣(chen)傅景、瑚(hu)爾(er)起等率(lv)兵(bing)(bing)一(yi)千余(yu)人(ren)(ren)，進至(zhi)(zhi)(zhi)伊西洱庫(ku)(ku)(ku)爾(er)淖爾(er)。和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)從(cong)山上炮擊清兵(bing)(bing)，以死相拒。富德選健銳營(ying)、吉林、索(suo)倫、厄魯(lu)特各營(ying)鳥槍兵(bing)(bing)四十(shi)余(yu)人(ren)(ren)，仰(yang)攻北(bei)(bei)路山嶺(ling)。又令霍(huo)集斯、鄂(e)對樹起維吾爾(er)人(ren)(ren)舊時(shi)旗幟招降和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)兵(bing)(bing)士。和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)大潰，投降者甚(shen)眾，霍(huo)集占奪馬(ma)而逃，乘夜繞過山嶺(ling)與(yu)波(bo)羅(luo)尼都會合。此即(ji)伊西洱庫(ku)(ku)(ku)爾(er)淖爾(er)之戰。十(shi)二日(ri)，又有(you)被(bei)堵截在北(bei)(bei)山的(de)和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)兵(bing)(bing)兩(liang)千人(ren)(ren)投降。大小和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)僅率(lv)妻子、奴仆三四百(bai)人(ren)(ren)出奔巴達克(ke)山。富德派齊凌扎布、鄂(e)對、散(san)秩大臣(chen)阿(a)什(shen)(shen)默特將投降人(ren)(ren)眾送往英吉沙爾(er)，又率(lv)巴祿(lu)、阿(a)桂(gui)、傅景、瑚(hu)爾(er)起等四百(bai)余(yu)人(ren)(ren)，與(yu)阿(a)里袞(gun)分(fen)兵(bing)(bing)兩(liang)路，于十(shi)二日(ri)啟程，追(zhui)剿至(zhi)(zhi)(zhi)巴達克(ke)山境內。
有(you)(you)西(xi)(xi)方學者(zhe)認為伊西(xi)(xi)洱庫(ku)爾(er)(er)(er)(er)淖爾(er)(er)(er)(er)之戰(zhan)是(shi)中國(guo)(guo)(guo)將(jiang)領(ling)在奏折中虛構的(de)(de)，“無疑(yi)是(shi)十分夸張而(er)在地理的(de)(de)敘述上(shang)又實(shi)(shi)在模(mo)糊(hu)”，而(er)帕米爾(er)(er)(er)(er)當地居民(min)并不(bu)知曉(xiao)此事。十九世(shi)紀末的(de)(de)英(ying)國(guo)(guo)(guo)殖民(min)者(zhe)內伊·伊萊亞斯(si)（NeyElias）認為：跟隨大小(xiao)和卓(zhuo)的(de)(de)僅有(you)(you)數百人，而(er)且主(zhu)要是(shi)婦女、兒童和奴隸(li)。當中國(guo)(guo)(guo)軍隊到(dao)達湖(hu)畔時，發現(xian)和卓(zhuo)早已逃入巴(ba)達克山的(de)(de)錫克南，“于是(shi)便在一塊巖石上(shang)刻了(le)些(xie)字(zi)，然(ran)后返回喀什噶(ga)爾(er)(er)(er)(er)去了(le)，根本(ben)未發生過(guo)戰(zhan)斗(dou)。”這種觀點無法解釋齊凌扎布將(jiang)此戰(zhan)的(de)(de)俘虜(lu)帶到(dao)英(ying)吉沙爾(er)(er)(er)(er)后進行安置的(de)(de)奏折，而(er)且忽略了(le)在伊西(xi)(xi)洱庫(ku)爾(er)(er)(er)(er)淖爾(er)(er)(er)(er)的(de)(de)紀功碑(bei)是(shi)乾隆皇帝后來派人樹(shu)立的(de)(de)事實(shi)(shi)。
大小和卓被俘巴達克(ke)山是位于蔥嶺西(xi)部的古國，在(zai)今阿富汗東北部。由伊西(xi)洱(er)庫(ku)爾淖爾向西(xi)南行，渡(du)噴赤河，即至巴達克(ke)山界。富德一(yi)面領兵(bing)追擊(ji)，一(yi)面曉諭(yu)當地部落擒拿大小和卓。七(qi)月十二(er)日黃昏(hun)，依附于霍集(ji)占的蒙(meng)(meng)古厄(e)魯特頭目沙喇斯、瑪呼斯率(lv)六百(bai)余(yu)人北逃，被清軍副都統(tong)伊柱截(jie)住。富德領兵(bing)進擊(ji)，剿二(er)百(bai)余(yu)人，宰桑雅滿、得(de)木齊(qi)（百(bai)戶長）丹巴投降。清軍繳(jiao)獲(huo)駝炮八門及(ji)去(qu)年失去(qu)的“威(wei)遠大將軍”火炮二(er)門。七(qi)月十八日，富德派侍衛薩穆坦(tan)(tan)(tan)（厄(e)魯特蒙(meng)(meng)古人）、伯克(ke)素(su)勒坦(tan)(tan)(tan)和卓（維(wei)吾爾人）自(zi)巴沙楚爾啟(qi)程，曉諭(yu)巴達克(ke)山汗素(su)勒坦(tan)(tan)(tan)沙（實為蘇丹），令(ling)其(qi)擒獲(huo)大小和卓兄弟，縛獻(xian)清軍。
大(da)小(xiao)和卓進入(ru)(ru)巴(ba)達(da)克(ke)山(shan)境內后，遭(zao)到(dao)袞都伯(bo)克(ke)沙(sha)莽蘇爾(er)(er)(er)、錫克(ke)南(nan)（在今塔(ta)吉克(ke)斯坦(tan)戈(ge)爾(er)(er)(er)諾-巴(ba)達(da)赫尚(shang)自治州錫克(ke)南(nan)區）伯(bo)克(ke)沙(sha)穆爾(er)(er)(er)沿途追(zhui)擊，一路向南(nan)遁去。霍(huo)(huo)(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)聲稱借道(dao)前往(wang)麥(mai)加朝拜，于(yu)七月二(er)十六日進抵巴(ba)達(da)克(ke)山(shan)都城(cheng)(cheng)牌租阿(a)(a)巴(ba)特（今阿(a)(a)富汗巴(ba)達(da)赫尚(shang)省首(shou)府法扎巴(ba)德(de)）。同一天，清使薩(sa)穆坦(tan)等(deng)也(ye)來到(dao)牌租阿(a)(a)巴(ba)特，與素(su)勒(le)坦(tan)沙(sha)會面。素(su)勒(le)坦(tan)沙(sha)令霍(huo)(huo)(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)派來交涉的鄂斯滿(man)、雅(ya)斯布庫里與薩(sa)穆坦(tan)相見，薩(sa)穆坦(tan)面斥霍(huo)(huo)(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)之種(zhong)種(zhong)罪過，鄂斯滿(man)不能辯駁。七月二(er)十八日，素(su)勒(le)坦(tan)沙(sha)邀大(da)小(xiao)和卓入(ru)(ru)城(cheng)(cheng)。波羅尼都隨(sui)即入(ru)(ru)城(cheng)(cheng)，霍(huo)(huo)(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)則(ze)領(ling)兵在城(cheng)(cheng)外揚(yang)言(yan)：若將清使交出，則(ze)愿為(wei)巴(ba)達(da)克(ke)山(shan)奴(nu)仆。素(su)勒(le)坦(tan)沙(sha)不允，霍(huo)(huo)(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)遂劫掠村莊。素(su)勒(le)坦(tan)沙(sha)出兵數千將霍(huo)(huo)(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)圍于(yu)阿(a)(a)爾(er)(er)(er)渾楚哈嶺，霍(huo)(huo)(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)敗(bai)退至齊(qi)那爾(er)(er)(er)河，身負(fu)重傷(shang)被俘。
素(su)(su)勒(le)(le)坦(tan)(tan)沙(sha)(sha)(sha)將波(bo)(bo)羅(luo)尼都、霍集占(zhan)兄弟(di)囚禁于(yu)(yu)柴扎布(bu)，分(fen)別拘于(yu)(yu)二(er)(er)室，并派人通告富(fu)德(de)(de)(de)。富(fu)德(de)(de)(de)責令素(su)(su)勒(le)(le)坦(tan)(tan)沙(sha)(sha)(sha)獻(xian)俘。巴(ba)(ba)達克(ke)山(shan)的(de)(de)阿訇以大(da)小(xiao)和卓(zhuo)(zhuo)為伊斯蘭(lan)教先知(zhi)后裔，若(ruo)縛(fu)獻(xian)清軍(jun)，恐鄰國(guo)不服，請(qing)求清軍(jun)寬(kuan)免(mian)。然而(er)素(su)(su)勒(le)(le)坦(tan)(tan)沙(sha)(sha)(sha)既想得到(dao)清軍(jun)庇護，以入侵博洛爾(er)(er)(er)、奇特拉爾(er)(er)(er)等鄰近部(bu)落，又擔心殺死和卓(zhuo)(zhuo)導致眾阿訇和鄰國(guo)的(de)(de)敵視(shi)，因(yin)此猶(you)豫不決。薩(sa)穆(mu)(mu)坦(tan)(tan)離開后二(er)(er)日，素(su)(su)勒(le)(le)坦(tan)(tan)沙(sha)(sha)(sha)又遣人告知(zhi)霍集占(zhan)重傷(shang)已死。富(fu)德(de)(de)(de)令素(su)(su)勒(le)(le)坦(tan)(tan)沙(sha)(sha)(sha)“務將波(bo)(bo)羅(luo)尼都俘獻(xian)；霍集占(zhan)雖死，亦必(bi)獻(xian)尸”。乾隆皇帝諭示富(fu)德(de)(de)(de)，必(bi)須(xu)得到(dao)和卓(zhuo)(zhuo)兄弟(di)二(er)(er)人，“倘二(er)(er)賊(zei)被(bei)獲情事(shi)不實，……即(ji)將拔(ba)達克(ke)山(shan)部(bu)落一并辦理，亦無不可”。八月二(er)(er)十五(wu)日，富(fu)德(de)(de)(de)召見巴(ba)(ba)達克(ke)山(shan)使者鄂(e)穆(mu)(mu)爾(er)(er)(er)拜(bai)。鄂(e)穆(mu)(mu)爾(er)(er)(er)拜(bai)聲稱素(su)(su)勒(le)(le)坦(tan)(tan)沙(sha)(sha)(sha)本欲(yu)將和卓(zhuo)(zhuo)兄弟(di)呈獻(xian)，但受(shou)到(dao)當地阿訇阻撓。且聞(wen)阿訇打算將和卓(zhuo)(zhuo)所住房屋焚(fen)毀后前(qian)往麥(mai)加(jia)，向回教各國(guo)控訴素(su)(su)勒(le)(le)坦(tan)(tan)沙(sha)(sha)(sha)之(zhi)罪(zui)，素(su)(su)勒(le)(le)坦(tan)(tan)沙(sha)(sha)(sha)被(bei)迫中止。次(ci)日，富(fu)德(de)(de)(de)派薩(sa)穆(mu)(mu)坦(tan)(tan)隨(sui)(sui)同鄂(e)穆(mu)(mu)爾(er)(er)(er)拜(bai)返(fan)回，限素(su)(su)勒(le)(le)坦(tan)(tan)沙(sha)(sha)(sha)于(yu)(yu)二(er)(er)十五(wu)天內(nei)交出大(da)小(xiao)和卓(zhuo)(zhuo)；同時令侍(shi)衛額爾(er)(er)(er)登額、伍岱領兵跟隨(sui)(sui)；又派伊柱、巴(ba)(ba)圖濟爾(er)(er)(er)噶爾(er)(er)(er)、霍集斯進兵至瓦罕(han)（在今阿富(fu)汗巴(ba)(ba)達赫尚(shang)省東部(bu)），施以兵威(wei)。九(jiu)月三日，富(fu)德(de)(de)(de)派人前(qian)往招撫巴(ba)(ba)達克(ke)山(shan)南(nan)邊的(de)(de)博洛爾(er)(er)(er)部(bu)落（在今克(ke)什米爾(er)(er)(er)巴(ba)(ba)基斯坦(tan)(tan)控制區(qu)北(bei)部(bu)）。博洛爾(er)(er)(er)因(yin)與巴(ba)(ba)達克(ke)山(shan)不睦，其首領沙(sha)(sha)(sha)和碩默特隨(sui)(sui)即(ji)稱臣歸(gui)附。
九(jiu)(jiu)月九(jiu)(jiu)日(ri)，素(su)勒(le)坦(tan)(tan)(tan)沙(sha)與(yu)(yu)額(e)(e)(e)(e)爾(er)(er)(er)登(deng)額(e)(e)(e)(e)會(hui)面(mian)，稱(cheng)鄰近的(de)琿都(dou)斯(si)(si)(si)部落（今阿富汗(han)昆(kun)都(dou)士(shi)）欲來索(suo)取(qu)大(da)小和(he)(he)(he)(he)卓(zhuo)，且得(de)知霍(huo)(huo)集(ji)(ji)占(zhan)曾暗(an)通巴達克山的(de)敵國(guo)塔爾(er)(er)(er)巴斯(si)(si)(si)，現將大(da)小和(he)(he)(he)(he)卓(zhuo)先行(xing)殺(sha)死(si)，以(yi)絕后患。額(e)(e)(e)(e)爾(er)(er)(er)登(deng)額(e)(e)(e)(e)斥責素(su)勒(le)坦(tan)(tan)(tan)沙(sha)擅殺(sha)和(he)(he)(he)(he)卓(zhuo)兄弟，令其(qi)將首(shou)級獻出(chu)(chu)。素(su)勒(le)坦(tan)(tan)(tan)沙(sha)仍以(yi)教義經(jing)典為由(you)，稱(cheng)“但(dan)自行(xing)獻出(chu)(chu)，恐(kong)眾(zhong)人不(bu)服”，請求派(pai)人查(cha)(cha)驗尸(shi)首(shou)。額(e)(e)(e)(e)爾(er)(er)(er)登(deng)額(e)(e)(e)(e)派(pai)熟(shu)識大(da)小和(he)(he)(he)(he)卓(zhuo)的(de)納達齊前往驗看。納達齊確認“霍(huo)(huo)集(ji)(ji)占(zhan)之尸(shi)屬(shu)實(shi)”，然而“其(qi)瘞埋波(bo)(bo)羅(luo)尼(ni)(ni)(ni)都(dou)之地(di)與(yu)(yu)霍(huo)(huo)集(ji)(ji)占(zhan)中隔一墻，但(dan)有(you)(you)血跡(ji)，并無尸(shi)骸。”額(e)(e)(e)(e)爾(er)(er)(er)登(deng)額(e)(e)(e)(e)又令素(su)勒(le)坦(tan)(tan)(tan)和(he)(he)(he)(he)卓(zhuo)密雜帕爾(er)(er)(er)詳驗，亦稱(cheng)確實(shi)。因詢問波(bo)(bo)羅(luo)尼(ni)(ni)(ni)都(dou)尸(shi)首(shou)所(suo)在。素(su)勒(le)坦(tan)(tan)(tan)沙(sha)又稱(cheng)，波(bo)(bo)羅(luo)尼(ni)(ni)(ni)都(dou)生前曾囑咐(fu)其(qi)仆從，死(si)后不(bu)可與(yu)(yu)霍(huo)(huo)集(ji)(ji)占(zhan)同葬(zang)一處；其(qi)奴仆有(you)(you)十余人逃出(chu)(chu)，其(qi)中可能有(you)(you)人將尸(shi)首(shou)盜去(qu)。九(jiu)(jiu)月十三日(ri)，素(su)勒(le)坦(tan)(tan)(tan)沙(sha)遣親信去(qu)囚禁之處，審(shen)訊看守人們多索(suo)丕等(deng)。十九(jiu)(jiu)日(ri)，素(su)勒(le)坦(tan)(tan)(tan)沙(sha)來告額(e)(e)(e)(e)爾(er)(er)(er)登(deng)額(e)(e)(e)(e)，稱(cheng)實(shi)不(bu)知何人將尸(shi)首(shou)盜去(qu)，并舉(ju)伊(yi)斯(si)(si)(si)蘭(lan)教經(jing)文發誓不(bu)曾欺騙(pian)清軍。額(e)(e)(e)(e)爾(er)(er)(er)登(deng)額(e)(e)(e)(e)派(pai)人密訪，也報稱(cheng)和(he)(he)(he)(he)卓(zhuo)被殺(sha)是實(shi)。二十一日(ri)，額(e)(e)(e)(e)爾(er)(er)(er)登(deng)額(e)(e)(e)(e)傳訊們多索(suo)丕及撫養(yang)、跟隨大(da)小和(he)(he)(he)(he)卓(zhuo)的(de)呢雅斯(si)(si)(si)索(suo)丕、維吾爾(er)(er)(er)婦女(nv)濟爾(er)(er)(er)噶勒(le)等(deng)人，確認波(bo)(bo)羅(luo)尼(ni)(ni)(ni)都(dou)、霍(huo)(huo)集(ji)(ji)占(zhan)被殺(sha)之事經(jing)過。幾年(nian)后，清廷查(cha)(cha)出(chu)(chu)波(bo)(bo)羅(luo)尼(ni)(ni)(ni)都(dou)尸(shi)首(shou)系(xi)由(you)其(qi)仆人盜出(chu)(chu)，在牌租阿巴特就地(di)埋葬(zang)。
九月(yue)三十日，巴(ba)達克(ke)(ke)山使者(zhe)、證(zheng)人(ren)(ren)隨額(e)爾(er)登(deng)額(e)回到(dao)富德兵營，進(jin)獻霍集占(zhan)首級(ji)，經霍集斯(si)、毛拉郭(guo)波(bo)和卓(zhuo)及(ji)布魯特(te)伯克(ke)(ke)辨(bian)識(shi)后確(que)認無疑。富德責問(wen)(wen)巴(ba)達克(ke)(ke)山來使端伯克(ke)(ke)，為(wei)何(he)先前(qian)報稱(cheng)霍集占(zhan)已死(si)，后又云兄(xiong)弟二(er)人(ren)(ren)同時被殺。端伯克(ke)(ke)辯稱(cheng)：“前(qian)此拘禁時，傳聞霍集占(zhan)傷重身死(si)，及(ji)遣(qian)人(ren)(ren)往(wang)驗尚存。薩穆(mu)坦行后，琿都斯(si)即領眾五(wu)千，勒取二(er)人(ren)(ren)。因(yin)決計殺死(si)，以絕其望。”富德又令鄂對、布魯特(te)阿(a)奇木(mu)之親屬“密行訪問(wen)(wen)”，最終確(que)認所言屬實。富德隨即遣(qian)額(e)爾(er)登(deng)額(e)將霍集占(zhan)首級(ji)函送京師，帶(dai)證(zheng)人(ren)(ren)、巴(ba)達克(ke)(ke)山使者(zhe)、博洛(luo)爾(er)使者(zhe)一同前(qian)往(wang)。
十月初二日，富德率官兵啟程返回葉爾羌，酌留新派兵丁鎮守各處。乾隆二十四年十月(yue)二十三(san)日庚子（1759年12月(yue)12日），乾隆皇帝(di)以平(ping)定(ding)(ding)回(hui)部宣諭中外。下諭賞(shang)兆惠宗(zong)室公品級鞍轡；富德晉封侯爵，賞(shang)戴雙眼(yan)(yan)翎；明(ming)瑞、阿里袞賞(shang)戴雙眼(yan)(yan)翎；額(e)敏和卓晉封郡王(wang)；賞(shang)給玉素富郡王(wang)品級；舒赫(he)德及在事(shi)大臣(chen)官員均交吏部從優議敘。歷次戰(zhan)斗中有功官兵(bing)各封賞(shang)有差，陣亡者加以優恤。西(xi)征(zheng)在外兵(bing)丁(ding)(ding)均賞(shang)兩月(yue)錢糧，駐(zhu)葉爾(er)羌等(deng)城兵(bing)丁(ding)(ding)賞(shang)一月(yue)錢糧。同時下令(ling)籌備西(xi)征(zheng)將士返京凱旋(xuan)及大閱(yue)八(ba)旗官兵(bing)事(shi)宜。十一月(yue)，乾隆皇帝(di)下令(ling)于葉爾(er)羌城內、伊西(xi)洱庫爾(er)淖爾(er)湖畔立碑，勒石紀錄(lu)平(ping)定(ding)(ding)回(hui)部之(zhi)功，并撰寫碑文。
乾(qian)(qian)隆(long)(long)二(er)十五年(nian)(nian)(nian)（1760年(nian)(nian)(nian)）正月(yue)(yue)(yue)(yue)末(mo)，浩罕、巴(ba)達克(ke)山、博(bo)洛爾使臣至京(jing)。正月(yue)(yue)(yue)(yue)二(er)十七日（1760年(nian)(nian)(nian)2月(yue)(yue)(yue)(yue)27日），乾(qian)(qian)隆(long)(long)皇帝(di)升(sheng)御座于(yu)午門(men)，行(xing)受(shou)俘禮，額(e)爾登(deng)額(e)等官(guan)兵將(jiang)霍集(ji)占首級進獻闕下。二(er)月(yue)(yue)(yue)(yue)二(er)十七日（1760年(nian)(nian)(nian)4月(yue)(yue)(yue)(yue)12日），兆(zhao)惠(hui)、富德、明(ming)瑞、巴(ba)祿等將(jiang)士抵京(jing)。乾(qian)(qian)隆(long)(long)皇帝(di)駐蹕良(liang)鄉縣（縣治在(zai)今北(bei)京(jing)市房山區良(liang)鄉鎮）黃新莊，郊勞西征諸將(jiang)士，筑壇告天，并設宴款(kuan)待將(jiang)軍大臣與(yu)回部王(wang)公、伯克(ke)。三(san)月(yue)(yue)(yue)(yue)三(san)日（1760年(nian)(nian)(nian)4月(yue)(yue)(yue)(yue)18日），乾(qian)(qian)隆(long)(long)皇帝(di)在(zai)豐澤(ze)園（今中南(nan)海(hai)內）宴請(qing)兆(zhao)惠(hui)、富德、明(ming)瑞、巴(ba)祿與(yu)回部王(wang)公伯克(ke)、文武大臣，賞賜出征將(jiang)士帑銀、緞匹。
霍(huo)集占妻妾雖多，但無子嗣。逃入巴達克(ke)山的霍(huo)集占親信(xin)阿卜(bu)都海里、鄂(e)斯(si)滿二人(ren)，被(bei)(bei)素(su)勒坦沙拘禁。乾(qian)隆皇(huang)帝(di)寬宥其罪，令素(su)勒坦沙嚴行約束(shu)，逃逸的厄(e)魯特頭目(mu)沙喇(la)斯(si)、瑪呼斯(si)二人(ren)不久(jiu)被(bei)(bei)其部下所殺。后(hou)世有(you)民間傳說認為，霍(huo)集占有(you)一妻（妾）被(bei)(bei)俘后(hou)成(cheng)為乾(qian)隆皇(huang)帝(di)的嬪(pin)妃，被(bei)(bei)稱(cheng)為香妃。
波(bo)(bo)羅尼(ni)(ni)(ni)(ni)都(dou)死(si)后，被仆人秘(mi)密(mi)葬(zang)于牌(pai)租(zu)阿巴(ba)(ba)特；其妻(qi)(qi)妾、子(zi)女也留在巴(ba)(ba)達克山(shan)。乾隆二(er)十(shi)六年（1761年），清(qing)廷(ting)得知波(bo)(bo)羅尼(ni)(ni)(ni)(ni)都(dou)妻(qi)(qi)、子(zi)下落；及波(bo)(bo)羅尼(ni)(ni)(ni)(ni)都(dou)埋葬(zang)地點(dian)，遂遣(qian)人向(xiang)巴(ba)(ba)達克山(shan)索取。乾隆二(er)十(shi)七年十(shi)二(er)月二(er)十(shi)三日（1763年2月5日），素(su)勒坦沙(sha)派人同清(qing)使薩里來到埋葬(zang)處將波(bo)(bo)羅尼(ni)(ni)(ni)(ni)都(dou)尸骸(hai)取出；并將波(bo)(bo)羅尼(ni)(ni)(ni)(ni)都(dou)之妻(qi)(qi)妾、子(zi)嗣六人交予清(qing)使，其分別是：
珠賚哈（維(wei)吾爾(er)人），有子阿斯瑪。
巴特瑪（厄魯特蒙(meng)古人(ren)），有子阿卜都哈(ha)里克。
額爾克(ke)揚（柯爾克(ke)孜人），有子巴哈敦。
照(zhao)管波(bo)(bo)羅(luo)(luo)(luo)尼(ni)都(dou)(dou)(dou)(dou)妻(qi)(qi)、子的毛拉巴(ba)喇特(te)、密諾羅(luo)(luo)(luo)斯(si)等(deng)九人(ren)(ren)也愿(yuan)同薩里(li)返回內(nei)地(di)。乾隆二十八年（1763年）正月(yue)(yue)，波(bo)(bo)羅(luo)(luo)(luo)尼(ni)都(dou)(dou)(dou)(dou)家(jia)眷被帶到葉爾(er)羌。葉爾(er)羌辦事(shi)都(dou)(dou)(dou)(dou)統新柱(zhu)詰問巴(ba)達克(ke)山使臣密爾(er)咱阿(a)達里(li)卜，素(su)勒坦(tan)沙先(xian)前(qian)(qian)聲稱波(bo)(bo)羅(luo)(luo)(luo)尼(ni)都(dou)(dou)(dou)(dou)之(zhi)尸(shi)被其(qi)(qi)仆(pu)從伊里(li)雅斯(si)盜(dao)往(wang)(wang)琿都(dou)(dou)(dou)(dou)斯(si)塔爾(er)罕部落，今為何又從維薩巴(ba)特(te)掘出(chu)？密爾(er)咱阿(a)達里(li)卜稱：先(xian)前(qian)(qian)并不(bu)知尸(shi)首被盜(dao)原委。后(hou)來波(bo)(bo)羅(luo)(luo)(luo)尼(ni)都(dou)(dou)(dou)(dou)之(zhi)幼女亡(wang)故(gu)，仆(pu)人(ren)(ren)夜間前(qian)(qian)往(wang)(wang)其(qi)(qi)父(fu)墓地(di)埋葬時，曾追隨波(bo)(bo)羅(luo)(luo)(luo)尼(ni)都(dou)(dou)(dou)(dou)之(zhi)舊(jiu)人(ren)(ren)都(dou)(dou)(dou)(dou)前(qian)(qian)往(wang)(wang)祭奠，被巴(ba)達克(ke)山人(ren)(ren)目擊。二月(yue)(yue)，新柱(zhu)將波(bo)(bo)羅(luo)(luo)(luo)尼(ni)都(dou)(dou)(dou)(dou)尸(shi)骸(hai)匣封，與其(qi)(qi)妻(qi)(qi)、子、部屬一同送往(wang)(wang)北京(jing)。阿(a)卜都(dou)(dou)(dou)(dou)哈里(li)克(ke)后(hou)來被編(bian)入正白旗(qi)蒙古，子孫世居內(nei)地(di)。乾隆皇帝(di)還令人(ren)(ren)保護大小(xiao)和(he)卓祖先(xian)阿(a)帕克(ke)和(he)卓之(zhi)墓，“毋得(de)樵采污穢，以昭(zhao)國家(jia)矜恤之(zhi)仁。”
波羅(luo)尼(ni)都(dou)另有一子薩(sa)(sa)(sa)木(mu)(mu)(mu)(mu)薩(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)，為其妾愛什阿(a)哈(ha)(ha)察所生。后來(lai)(lai)波羅(luo)尼(ni)都(dou)與愛什阿(a)哈(ha)(ha)察離異，薩(sa)(sa)(sa)木(mu)(mu)(mu)(mu)薩(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)遂(sui)由乳(ru)母撫(fu)養。乾隆(long)皇帝令(ling)將薩(sa)(sa)(sa)木(mu)(mu)(mu)(mu)薩(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)“送來(lai)(lai)京師，加(jia)恩養育”。后來(lai)(lai)舒赫(he)德發(fa)現所獲(huo)之(zhi)薩(sa)(sa)(sa)木(mu)(mu)(mu)(mu)薩(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)并(bing)非波羅(luo)尼(ni)都(dou)之(zhi)子，而(er)是同名(ming)之(zhi)人。后據素(su)勒坦(tan)沙奏報，薩(sa)(sa)(sa)木(mu)(mu)(mu)(mu)薩(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)逃到了愛烏(wu)罕(han)(han)東北之(zhi)琿都(dou)斯（今(jin)阿(a)富汗昆(kun)都(dou)士）。二十多年(nian)后，清廷又得知(zhi)薩(sa)(sa)(sa)木(mu)(mu)(mu)(mu)薩(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)居住(zhu)在布哈(ha)(ha)爾(er)之(zhi)撒馬爾(er)罕(han)(han)，過著貧苦生活。喀什噶爾(er)伯(bo)克(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)鄂斯滿寫信招薩(sa)(sa)(sa)木(mu)(mu)(mu)(mu)薩(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)回國，但未成功。薩(sa)(sa)(sa)木(mu)(mu)(mu)(mu)薩(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)又前(qian)往忽氈（今(jin)塔吉克(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)斯坦(tan)苦盞）等(deng)地居住(zhu)，并(bing)受到浩罕(han)(han)伯(bo)克(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)那爾(er)巴圖的管制，最后在布哈(ha)(ha)爾(er)（今(jin)烏(wu)茲別(bie)克(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)斯坦(tan)布哈(ha)(ha)拉）死去。
薩木薩克(ke)(ke)有三(san)子：和(he)(he)卓玉素(su)普、張格(ge)(ge)爾(er)、巴布(bu)頂。巴布(bu)頂早亡，玉素(su)普、張格(ge)(ge)爾(er)后來都成為浩(hao)(hao)(hao)罕(han)入(ru)侵新疆(jiang)的(de)(de)工具。由于與新疆(jiang)的(de)(de)貿易(yi)是浩(hao)(hao)(hao)罕(han)的(de)(de)經(jing)濟命脈，浩(hao)(hao)(hao)罕(han)伯(bo)克(ke)(ke)表面上對(dui)清(qing)朝皇帝表示恭(gong)順，暗中利用和(he)(he)卓后裔(yi)向清(qing)廷(ting)和(he)(he)新疆(jiang)官員施(shi)壓，謀取(qu)在(zai)新疆(jiang)南部的(de)(de)特(te)(te)權，必要(yao)時直接派(pai)兵(bing)幫助和(he)(he)卓后裔(yi)作(zuo)亂(luan)。和(he)(he)卓后裔(yi)也(ye)依附浩(hao)(hao)(hao)罕(han)壯大自己(ji)的(de)(de)聲勢，張格(ge)(ge)爾(er)就(jiu)許諾將喀什噶爾(er)城(cheng)贈予浩(hao)(hao)(hao)罕(han)。到了浩(hao)(hao)(hao)罕(han)伯(bo)克(ke)(ke)愛瑪爾(er)在(zai)位(wei)時，“藉張格(ge)(ge)爾(er)為奇貨，暗令其滋擾邊(bian)界，復匿之(zhi)(zhi)境(jing)內，故(gu)使內地聞之(zhi)(zhi)，其情(qing)實為狡譎”。嘉慶(qing)末、道光(guang)(guang)初，張格(ge)(ge)爾(er)四次潛入(ru)新疆(jiang)西部，倚仗浩(hao)(hao)(hao)罕(han)、布(bu)魯(lu)特(te)(te)軍隊在(zai)喀什噶爾(er)一帶(dai)作(zuo)亂(luan)。道光(guang)(guang)八年(nian)(nian)(nian)（1828年(nian)(nian)(nian)），張格(ge)(ge)爾(er)被擒，押解至北京(jing)處死。道光(guang)(guang)十(shi)年(nian)(nian)(nian)（1830年(nian)(nian)(nian)），玉素(su)普入(ru)卡作(zuo)亂(luan)失敗。張格(ge)(ge)爾(er)之(zhi)(zhi)子布(bu)素(su)魯(lu)克(ke)(ke)仍留在(zai)浩(hao)(hao)(hao)罕(han)。
張格爾死(si)后(hou)，浩罕(han)繼續利用白山派和(he)(he)卓后(hou)裔入(ru)侵新疆(jiang)，掠奪喀什噶(ga)爾、葉爾羌等地的(de)財富。如道光年(nian)間(jian)的(de)七和(he)(he)卓之亂(luan)、咸豐年(nian)間(jian)的(de)倭里罕(han)之亂(luan)。浩罕(han)被(bei)俄(e)國滅(mie)亡(wang)前(qian)夕(xi)，浩罕(han)權臣阿古(gu)柏(bo)攜(xie)布(bu)素(su)魯(lu)克(ke)入(ru)侵新疆(jiang)，建(jian)立“哲德沙爾國”和(he)(he)“洪福汗國”。光緒初，左宗棠領(ling)兵驅逐(zhu)阿古(gu)柏(bo)，收(shou)復新疆(jiang)。布(bu)素(su)魯(lu)克(ke)下落不明，倭里罕(han)被(bei)阿古(gu)柏(bo)毒殺。和(he)(he)卓家族的(de)子(zi)孫至此退出歷史舞臺。
大小和卓西逃后，乾隆皇帝下令改革維吾爾人原有的伯克制，禁止伯克世襲，確(que)定大(da)小伯(bo)克的(de)品級、員額(e)、俸祿，并實(shi)行回避(bi)。通(tong)過有限度的(de)“改土歸(gui)流”，伯(bo)克階層由世襲貴族轉(zhuan)變為清朝的(de)地方官吏(li)。在(zai)軍(jun)事方面，回部各(ge)城設駐札大(da)臣(chen)，領八旗、綠(lv)營兵鎮(zhen)守，各(ge)城大(da)臣(chen)以喀什噶爾參贊大(da)臣(chen)為首。乾隆二十七年（1762年），置伊(yi)犁將(jiang)軍(jun)統轄(xia)新(xin)疆各(ge)地，以領兵追擊大(da)小和卓的(de)領侍(shi)衛內大(da)臣(chen)明瑞(rui)補(bu)授(shou)。“軍(jun)府(fu)制”逐漸確(que)立。
早在(zai)霍集占(zhan)起兵之時，乾隆(long)皇帝已命兆(zhao)惠(hui)清查(cha)(cha)回(hui)部各城戶口(kou)，調查(cha)(cha)準(zhun)噶爾(er)統(tong)治(zhi)時期的歷年貢賦(fu)。兆(zhao)惠(hui)領兵南下后(hou)，舒(shu)赫德(de)負責(ze)辦(ban)理此事，將(jiang)人口(kou)、土地、賦(fu)稅(shui)情況陸續造冊呈報。西域底定后(hou)，清廷減(jian)輕了(le)準(zhun)噶爾(er)、大小(xiao)和(he)卓(zhuo)統(tong)治(zhi)時期的沉重賦(fu)稅(shui)，廢止了(le)名(ming)目(mu)繁多的勒(le)索攤(tan)派。同時廣辟屯田、治(zhi)水灌(guan)溉(gai)，頒行制錢，使新疆經(jing)濟得到恢(hui)復和(he)發展。
中國(guo)(guo)與西亞(ya)、南亞(ya)的(de)陸路貿易(yi)也(ye)因(yin)回(hui)部平定(ding)(ding)而重(zhong)新打通。中國(guo)(guo)出(chu)產的(de)茶(cha)葉(xie)(xie)、絲綢、羊毛在葉(xie)(xie)爾(er)羌、喀什噶爾(er)經浩罕進入(ru)波斯和(he)俄國(guo)(guo)；經拉達克進入(ru)英(ying)(ying)屬印度并販往歐(ou)洲。俄國(guo)(guo)的(de)皮革、火器，英(ying)(ying)國(guo)(guo)的(de)鴉(ya)片則經葉(xie)(xie)爾(er)羌流入(ru)中國(guo)(guo)。回(hui)部的(de)平定(ding)(ding)還使自明代中期中斷的(de)和(he)闐(tian)玉石供(gong)應得以恢復。此后，和(he)闐(tian)玉成為(wei)清(qing)皇室壟斷的(de)珍寶(bao)，其采集和(he)運輸受到嚴格的(de)監(jian)管(guan)。
平定(ding)大小和卓(zhuo)是清朝統(tong)一中國(guo)戰爭的(de)(de)(de)最后一役，使天山(shan)南(nan)路復入(ru)中國(guo)版圖。西(xi)(xi)(xi)域(yu)底定(ding)后，清代(dai)中國(guo)疆域(yu)的(de)(de)(de)正西(xi)(xi)(xi)端延(yan)至帕米(mi)爾(er)以(yi)西(xi)(xi)(xi)的(de)(de)(de)噴赤河流域(yu)，版圖臻于極盛。鄰近新疆的(de)(de)(de)浩罕(han)、布哈爾(er)、安(an)集延(yan)、巴達克山(shan)、愛(ai)烏(wu)罕(han)（阿富汗）、博(bo)洛爾(er)、乾(qian)竺特（坎巨提）等部落遣(qian)使入(ru)貢，臣屬于中國(guo)。自康(kang)熙時準噶(ga)爾(er)東侵以(yi)來，持續七十(shi)余年的(de)(de)(de)西(xi)(xi)(xi)北邊(bian)患暫告(gao)終結。此(ci)后至道光(guang)(guang)初的(de)(de)(de)六十(shi)年間(jian)，新疆、蒙古沒有發生大的(de)(de)(de)變亂。道光(guang)(guang)以(yi)降(jiang)，俄羅斯、英國(guo)的(de)(de)(de)殖民者深入(ru)費爾(er)干納(na)盆地和克什米(mi)爾(er)，逼近中國(guo)西(xi)(xi)(xi)境(jing)，新疆又進入(ru)動(dong)蕩(dang)時期。
