大小和卓的祖先是中亞納格什班迪教派的領袖瑪赫杜米·阿札木。瑪赫杜米·阿札(zha)木據稱(cheng)是(shi)先知穆罕默德女兒的(de)(de)后裔，其子(zi)孫號稱(cheng)“和卓”，主要分為(wei)黑(hei)山(shan)派(pai)和白(bai)山(shan)派(pai)兩個(ge)敵對的(de)(de)支系(xi)。明代中(zhong)期，黑(hei)山(shan)派(pai)和卓得到(dao)葉爾(er)(er)(er)(er)羌(qiang)(qiang)(qiang)(qiang)汗國(guo)王室的(de)(de)支持，成(cheng)為(wei)西域天山(shan)南路的(de)(de)穆斯林宗教領袖。明末清初，白(bai)山(shan)派(pai)領袖瑪木特(te)·玉素布(bu)從中(zhong)亞來到(dao)喀(ka)什(shen)噶(ga)(ga)(ga)爾(er)(er)(er)(er)（今喀(ka)什(shen)市）傳教，后來被葉爾(er)(er)(er)(er)羌(qiang)(qiang)(qiang)(qiang)汗和黑(hei)山(shan)派(pai)驅逐。瑪木特(te)·玉素布(bu)之子(zi)伊達(da)雅(ya)圖(tu)勒拉逃往甘肅河州(zhou)（今臨夏市），輾(zhan)轉(zhuan)來到(dao)西藏，尋求達(da)賴喇嘛和蒙古(gu)準(zhun)噶(ga)(ga)(ga)爾(er)(er)(er)(er)部的(de)(de)支持。清康熙(xi)十九(jiu)年（1680年），在伊達(da)雅(ya)圖(tu)勒拉的(de)(de)幫助下(xia)，準(zhun)噶(ga)(ga)(ga)爾(er)(er)(er)(er)汗噶(ga)(ga)(ga)爾(er)(er)(er)(er)丹進(jin)兵葉爾(er)(er)(er)(er)羌(qiang)(qiang)(qiang)(qiang)，廢黜了葉爾(er)(er)(er)(er)羌(qiang)(qiang)(qiang)(qiang)汗伊思瑪業勒，扶植伊思瑪業勒之侄(zhi)阿(a)卜都里什(shen)特(te)即(ji)位。伊達(da)雅(ya)圖(tu)勒拉驅逐了葉爾(er)(er)(er)(er)羌(qiang)(qiang)(qiang)(qiang)的(de)(de)黑(hei)山(shan)派(pai)首(shou)領，號稱(cheng)“阿(a)帕克和卓”，但又與葉爾(er)(er)(er)(er)羌(qiang)(qiang)(qiang)(qiang)汗發生沖突(tu)。
約在(zai)1692年，阿(a)(a)帕(pa)克(ke)和(he)卓戰(zhan)勝了(le)葉爾(er)羌(qiang)(qiang)汗馬哈麻特·額敏，控制了(le)喀什噶爾(er)、葉爾(er)羌(qiang)(qiang)等地(di)。兩年后阿(a)(a)帕(pa)克(ke)和(he)卓去世(shi)，喀什噶爾(er)一帶(dai)陷入(ru)葉爾(er)羌(qiang)(qiang)汗、白(bai)山(shan)(shan)(shan)(shan)派、吉利吉思(si)（布魯(lu)特）和(he)各地(di)伯克(ke)的混戰(zhan)之(zhi)中。策妄阿(a)(a)拉布坦繼(ji)任準噶爾(er)汗后，將(jiang)天山(shan)(shan)(shan)(shan)南(nan)路置于(yu)其直接(jie)統治(zhi)之(zhi)下，黑(hei)(hei)山(shan)(shan)(shan)(shan)、白(bai)山(shan)(shan)(shan)(shan)兩派的和(he)卓后裔都被(bei)遷至伊犁(li)（今(jin)伊犁(li)州霍城(cheng)縣）一帶(dai)囚(qiu)禁(jin)(jin)。到了(le)噶爾(er)丹(dan)策零(ling)在(zai)位時(shi)，又(you)任用黑(hei)(hei)山(shan)(shan)(shan)(shan)派和(he)卓達涅爾(er)管(guan)理葉爾(er)羌(qiang)(qiang)、喀什噶爾(er)等地(di)事務(wu)。此時(shi)，阿(a)(a)帕(pa)克(ke)和(he)卓之(zhi)孫(sun)瑪罕木(mu)特已在(zai)囚(qiu)禁(jin)(jin)中死去，其二子(zi)波羅尼都、霍集占，即大小和(he)卓，被(bei)囚(qiu)禁(jin)(jin)于(yu)伊犁(li)東北(bei)的額林(lin)哈畢爾(er)噶（今(jin)依連哈比爾(er)尕(ga)山(shan)(shan)(shan)(shan)），由當地(di)準噶爾(er)宰桑(sang)阿(a)(a)巴(ba)噶斯、哈丹(dan)兄弟看(kan)管(guan)。
乾隆二十年（1755年）初，清軍西征準噶爾，定北(bei)將軍(jun)班(ban)第、定邊左副將軍(jun)阿睦爾(er)(er)撒納出北(bei)路(lu)(lu)，參贊大臣鄂容(rong)安、定邊右副將軍(jun)薩喇(la)(la)勒出西(xi)路(lu)(lu)，兩軍(jun)約于博羅塔(ta)拉(la)(la)（博爾(er)(er)塔(ta)拉(la)(la)）會(hui)師。在進軍(jun)途中(zhong)，阿巴(ba)噶斯、哈丹等(deng)人(ren)(ren)率(lv)眾(zhong)(zhong)投降。四月初八，波羅尼都來(lai)(lai)到西(xi)路(lu)(lu)軍(jun)薩喇(la)(la)勒處(chu)(chu)投誠，稱：“策妄阿喇(la)(la)布坦時將我(wo)父縛來(lai)(lai)為(wei)(wei)質，至今并(bing)不(bu)將我(wo)等(deng)放回。我(wo)等(deng)情愿(yuan)帶領屬(shu)下三十余戶投降大皇帝為(wei)(wei)臣仆(pu)”。不(bu)久(jiu)，霍集(ji)占亦隨哈丹來(lai)(lai)降，并(bing)稱“若荷恩(en)得(de)回故土，情愿(yuan)招服喀(ka)什(shen)噶爾(er)(er)、葉爾(er)(er)羌(qiang)各處(chu)(chu)人(ren)(ren)眾(zhong)(zhong)，同來(lai)(lai)歸順”。五月，清兵進駐伊(yi)(yi)犁。班(ban)第擬(ni)送波羅尼都赴京朝覲(jin)，留霍集(ji)占在伊(yi)(yi)犁“照管游牧(mu)”，即(ji)管理被(bei)準噶爾(er)(er)遷(qian)至伊(yi)(yi)犁的(de)回人(ren)(ren)（清代稱維吾爾(er)(er)人(ren)(ren)為(wei)(wei)“回人(ren)(ren)”）。
六月，烏(wu)什(shen)(shen)伯(bo)克(ke)霍(huo)(huo)(huo)集(ji)斯誘擒準(zhun)噶(ga)(ga)爾(er)汗達(da)(da)瓦齊，將達(da)(da)瓦齊縛獻清軍(jun)，準(zhun)噶(ga)(ga)爾(er)汗國滅亡。此時(shi)，喀(ka)什(shen)(shen)噶(ga)(ga)爾(er)的(de)黑山派和卓玉(yu)素(su)普(pu)（達(da)(da)涅(nie)爾(er)之子）正計劃向北進軍(jun)。阿(a)(a)克(ke)蘇的(de)阿(a)(a)奇(qi)(qi)木伯(bo)克(ke)阿(a)(a)卜都(dou)瓜卜（霍(huo)(huo)(huo)集(ji)斯之兄）向班第(di)提議：由(you)清軍(jun)派使(shi)者護送大(da)小和卓之一前去喀(ka)什(shen)(shen)噶(ga)(ga)爾(er)，“然后(hou)宣告他已被(bei)中國皇帝指(zhi)定為(wei)該地區的(de)統治者”。班第(di)派遣侍(shi)衛托倫泰(tai)與霍(huo)(huo)(huo)集(ji)斯護送波(bo)羅尼(ni)(ni)都(dou)南下招服喀(ka)什(shen)(shen)噶(ga)(ga)爾(er)、葉爾(er)羌(qiang)，霍(huo)(huo)(huo)集(ji)占則仍留伊犁(li)。托倫泰(tai)與波(bo)羅尼(ni)(ni)都(dou)在(zai)霍(huo)(huo)(huo)集(ji)斯家(jia)族(zu)的(de)支(zhi)持下，在(zai)烏(wu)什(shen)(shen)集(ji)結軍(jun)隊，擊敗了北上(shang)的(de)黑山派，并乘勝南進。喀(ka)什(shen)(shen)噶(ga)(ga)爾(er)的(de)阿(a)(a)奇(qi)(qi)木伯(bo)克(ke)和什(shen)(shen)克(ke)開城(cheng)投降(jiang)。葉爾(er)羌(qiang)的(de)黑山派首領和卓加罕(han)（即雅庫布，玉(yu)素(su)普(pu)長兄）力戰不敵，最后(hou)兵敗被(bei)殺。
清軍(jun)占(zhan)(zhan)領伊(yi)犁(li)后(hou)，朝(chao)廷以(yi)(yi)平(ping)定準噶爾(er)(er)大功告成(cheng)，將(jiang)西(xi)(xi)征大軍(jun)撤回內(nei)地(di)(di)，僅留少量兵(bing)力駐守伊(yi)犁(li)、烏魯(lu)木(mu)齊等處。乾(qian)(qian)隆皇帝認為阿(a)(a)睦(mu)(mu)(mu)爾(er)(er)撒(sa)納(na)(na)雖有(you)覬覦準噶爾(er)(er)汗位之志，但“料伊(yi)亦不(bu)敢遽(ju)爾(er)(er)妄(wang)行(xing)”，并指示諸大臣：阿(a)(a)睦(mu)(mu)(mu)爾(er)(er)撒(sa)納(na)(na)“不(bu)過(guo)希圖(tu)肥己(ji)，不(bu)必過(guo)于苛(ke)求”。乾(qian)(qian)隆二十年（1755年）八(ba)月，阿(a)(a)睦(mu)(mu)(mu)爾(er)(er)撒(sa)納(na)(na)在(zai)赴熱河途(tu)中叛逃(tao)，潛往塔爾(er)(er)巴哈(ha)臺。伊(yi)犁(li)的宰桑、喇(la)嘛起兵(bing)響應(ying)，攻占(zhan)(zhan)了伊(yi)犁(li)城。霍(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)在(zai)戰亂中率所屬維吾(wu)爾(er)(er)人逃(tao)離伊(yi)犁(li)。同被準噶爾(er)(er)囚禁(jin)在(zai)伊(yi)犁(li)的白山派額爾(er)(er)克和(he)卓額色尹（霍(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)族(zu)叔）、鄂托蘭珠和(he)卓瑪木(mu)特(te)(te)等人不(bu)愿(yuan)依(yi)附(fu)霍(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)，逃(tao)往布魯(lu)特(te)(te)部落及浩罕(han)等地(di)(di)。是年末，阿(a)(a)睦(mu)(mu)(mu)爾(er)(er)撒(sa)納(na)(na)遣使至(zhi)波羅(luo)尼(ni)都處，告知(zhi)攻陷伊(yi)犁(li)情形。波羅(luo)尼(ni)都等將(jiang)托倫泰(tai)、特(te)(te)古斯（薩喇(la)勒之兄）等人及蒙古官兵(bing)扣留。乾(qian)(qian)隆二十一年（1756年）二月，定西(xi)(xi)將(jiang)軍(jun)策楞(leng)率西(xi)(xi)路清軍(jun)收復伊(yi)犁(li)，阿(a)(a)睦(mu)(mu)(mu)爾(er)(er)撒(sa)納(na)(na)逃(tao)往哈(ha)薩克，形勢再(zai)度(du)逆轉。五月，霍(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)與(yu)波羅(luo)尼(ni)都會合。霍(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)殺死(si)阿(a)(a)睦(mu)(mu)(mu)爾(er)(er)撒(sa)納(na)(na)派來的使者，將(jiang)托倫泰(tai)送(song)回；又(you)以(yi)(yi)投誠為名，派人到清軍(jun)大營探(tan)聽消息。
霍(huo)集(ji)占(zhan)欲反清(qing)自(zi)立，與手下各頭目商議：“甫免為(wei)厄魯(lu)特（準(zhun)噶(ga)爾(er)）役使，今若(ruo)投誠，又當納(na)貢(gong)。不(bu)(bu)若(ruo)自(zi)長(chang)一方，種地(di)守城，足為(wei)捍御。”波羅尼都不(bu)(bu)愿與清(qing)軍為(wei)敵(di)，說：“從(cong)前受辱于厄魯(lu)特，非大國（清(qing)）兵(bing)(bing)力(li)，安能復歸故(gu)土(tu)？恩(en)不(bu)(bu)可負(fu)，即兵(bing)(bing)力(li)亦斷不(bu)(bu)能抗。”霍(huo)集(ji)占(zhan)派人殺死蒙古(gu)察合(he)臺汗王后裔以及葉(xie)爾(er)羌(qiang)舊首領伊克(ke)和卓，又自(zi)加(jia)汗號，稱“巴(ba)圖爾(er)汗”。波羅尼都勸(quan)阻霍(huo)集(ji)占(zhan)：“我兄弟自(zi)祖(zu)父三世，俱(ju)被準(zhun)噶(ga)爾(er)囚禁。荷(he)蒙天(tian)恩(en)釋放(fang)，仍為(wei)回部頭目，受恩(en)深重(zhong)。若(ruo)爾(er)有(you)負(fu)天(tian)朝，任爾(er)自(zi)為(wei)，我必(bi)不(bu)(bu)能聽從(cong)”。霍(huo)集(ji)占(zhan)固執己見，兄弟二人出現(xian)不(bu)(bu)和。
霍(huo)集(ji)(ji)(ji)(ji)占(zhan)只信任(ren)在伊犁囚禁(jin)時追隨他的(de)屬下，對回疆各(ge)地(di)原有伯(bo)(bo)(bo)(bo)克(ke)(ke)(ke)則明加籠絡，暗奪其權，致使(shi)(shi)“各(ge)城(cheng)頭目(mu)，俱(ju)不(bu)心服”。霍(huo)集(ji)(ji)(ji)(ji)占(zhan)因(yin)忌憚烏(wu)什、阿(a)(a)克(ke)(ke)(ke)蘇的(de)霍(huo)集(ji)(ji)(ji)(ji)斯(si)家族勢(shi)力，以(yi)烏(wu)什伯(bo)(bo)(bo)(bo)克(ke)(ke)(ke)霍(huo)集(ji)(ji)(ji)(ji)斯(si)為(wei)和闐伯(bo)(bo)(bo)(bo)克(ke)(ke)(ke)，阿(a)(a)克(ke)(ke)(ke)蘇伯(bo)(bo)(bo)(bo)克(ke)(ke)(ke)阿(a)(a)卜(bu)都(dou)瓜卜(bu)為(wei)葉爾(er)羌伯(bo)(bo)(bo)(bo)克(ke)(ke)(ke)，使(shi)(shi)霍(huo)集(ji)(ji)(ji)(ji)斯(si)兄弟(di)子(zi)侄分(fen)居各(ge)城(cheng)。霍(huo)集(ji)(ji)(ji)(ji)斯(si)畏其聲勢(shi)不(bu)敢違抗。“喀什噶(ga)爾(er)、葉爾(er)羌的(de)伯(bo)(bo)(bo)(bo)克(ke)(ke)(ke)階級(ji)也幾乎沒有支持和卓木兄弟(di)的(de)”。喀什噶(ga)爾(er)伯(bo)(bo)(bo)(bo)克(ke)(ke)(ke)和什克(ke)(ke)(ke)不(bu)愿依附霍(huo)集(ji)(ji)(ji)(ji)占(zhan)，不(bu)得不(bu)逃亡(wang)至布魯特。阿(a)(a)睦爾(er)撒納叛亂前后，庫車伯(bo)(bo)(bo)(bo)克(ke)(ke)(ke)鄂對、拜城(cheng)伯(bo)(bo)(bo)(bo)克(ke)(ke)(ke)噶(ga)岱默(mo)特等人已避亂投奔清(qing)軍，于是霍(huo)集(ji)(ji)(ji)(ji)占(zhan)又接(jie)收了庫車、拜城(cheng)，控(kong)制了喀喇(la)沙爾(er)（今焉耆）以(yi)南、塔(ta)里木盆地(di)西部(bu)的(de)大部(bu)分(fen)地(di)方。
乾隆二十一年（1756年）閏九月，駐扎伊犁(li)的(de)戶部左(zuo)侍郎兆惠接到(dao)托倫泰(tai)返回(hui)的(de)報(bao)文，認(ren)為“回(hui)城(cheng)(cheng)地(di)方并無事故”，于是遣副都統阿(a)敏(min)(min)道(dao)、宰桑(sang)錫克錫爾(er)格帶索倫、準噶(ga)爾(er)兵三千余人往(wang)招撫(fu)(fu)回(hui)部各城(cheng)(cheng)，“將回(hui)人等加意安撫(fu)(fu)”，并催繳各地(di)稅(shui)賦。和(he)卓軍(jun)隊據(ju)守(shou)庫(ku)車城(cheng)(cheng)與阿(a)敏(min)(min)道(dao)對峙。阿(a)敏(min)(min)道(dao)詢問庫(ku)車伯克呼(hu)岱(dai)巴(ba)爾(er)氐（霍集(ji)斯長子）為何(he)據(ju)城(cheng)(cheng)迎戰，呼(hu)岱(dai)巴(ba)爾(er)氐詭稱因畏懼(ju)清(qing)軍(jun)中的(de)準噶(ga)爾(er)兵，不敢歸(gui)降。于是阿(a)敏(min)(min)道(dao)令準噶(ga)爾(er)兵撤(che)回(hui)，僅(jin)帶索倫兵一百(bai)余人入城(cheng)(cheng)。
十(shi)月，先前由策楞遣(qian)往葉爾羌、喀什噶(ga)爾的(de)官員(yuan)提奇圖等返(fan)回伊犁軍(jun)營，報告霍(huo)集(ji)(ji)占(zhan)(zhan)扣留(liu)清軍(jun)派(pai)去的(de)蒙古兵(bing)(bing)丁及種種謀(mou)反情(qing)(qing)形。兆(zhao)惠認(ren)為(wei)波羅尼(ni)都(dou)“似(si)屬恭順”，霍(huo)集(ji)(ji)占(zhan)(zhan)“顯有(you)背逆情(qing)(qing)狀”，擬(ni)令霍(huo)集(ji)(ji)占(zhan)(zhan)親自來伊犁謁見。但乾隆(long)皇(huang)帝并未意(yi)識到局勢的(de)嚴(yan)重(zhong)。此時，霍(huo)集(ji)(ji)占(zhan)(zhan)派(pai)出的(de)使(shi)(shi)者(zhe)沙泥(ni)雅(ya)斯抵(di)達京師(shi)謝(xie)恩，乾隆(long)皇(huang)帝認(ren)為(wei)霍(huo)集(ji)(ji)占(zhan)(zhan)遣(qian)使(shi)(shi)遠來“意(yi)甚誠篤”；且因其向來畏懼(ju)準噶(ga)爾，情(qing)(qing)有(you)可原；并傳諭兆(zhao)惠“但令其每年(nian)貢賦照(zhao)交(jiao)納(na)，毋庸加以兵(bing)(bing)威”。
此時，征討阿(a)(a)睦爾(er)(er)撒納的(de)清(qing)(qing)軍主力陸(lu)續撤(che)回，一(yi)部(bu)份清(qing)(qing)軍被(bei)調往(wang)蒙古平定撤(che)驛之(zhi)變，天山北路(lu)守備空虛(xu)。十(shi)一(yi)月，乾隆(long)(long)皇(huang)帝冊(ce)封的(de)輝特汗(han)班珠爾(er)(er)與綽羅(luo)斯汗(han)噶勒(le)藏多(duo)爾(er)(er)濟(ji)相約舉(ju)兵(bing)叛(pan)亂。已升任定邊右副將軍的(de)兆(zhao)惠率五百(bai)余(yu)人由伊犁東撤(che)，在(zai)鄂壘扎拉圖（今(jin)屬(shu)烏(wu)蘇市）、庫圖齊(qi)、烏(wu)魯木齊(qi)經數次惡戰(zhan)(zhan)后，于(yu)次年二(er)月退回巴里坤。阿(a)(a)睦爾(er)(er)撒納重返(fan)西域，清(qing)(qing)軍再次失去對天山北路(lu)的(de)控制。在(zai)此情勢下，霍集(ji)占認(ren)為(wei)清(qing)(qing)廷在(zai)西域的(de)統治已近乎崩潰，遂(sui)于(yu)乾隆(long)(long)二(er)十(shi)二(er)年（1757年）三月令(ling)人殺死庫車城內的(de)阿(a)(a)敏(min)道(dao)，公開舉(ju)兵(bing)反叛(pan)。呼岱巴爾(er)(er)氐得知(zhi)這(zhe)一(yi)命令(ling)后，暗中告知(zhi)阿(a)(a)敏(min)道(dao)。阿(a)(a)敏(min)道(dao)率眾逃(tao)出城外，被(bei)霍集(ji)占軍追及，一(yi)百(bai)余(yu)人全部(bu)戰(zhan)(zhan)死。
霍集占的反叛大出乾隆皇帝之預料。乾隆二十二年五月，定邊將軍成袞扎布奏請前往回疆平叛。乾隆皇帝傳諭成袞扎布、兆惠全力擒拿阿睦爾撒納，定于次年春天再進兵回部。六月，阿睦爾撒納與哈薩克汗阿布賚反目，逃入俄羅斯。乾隆二十三年正月二十六日癸丑（1758年3月5日），確認阿睦爾撒納在俄羅斯出痘身死后，乾隆皇帝下諭征討霍集占乾隆皇帝與大(da)臣(chen)認為波羅尼(ni)都(dou)“頗圖(tu)安(an)靜”、并(bing)無謀反之心，以至(zhi)期(qi)望波羅尼(ni)都(dou)將霍集占擒獲(huo)，并(bing)向清軍(jun)(jun)投(tou)誠。二月，朝廷以雅(ya)爾(er)哈(ha)善為靖逆(ni)將軍(jun)(jun)，率參贊大(da)臣(chen)哈(ha)寧阿、巴里坤領隊大(da)臣(chen)愛(ai)隆阿、吐魯番貝(bei)勒額敏和卓、哈(ha)密貝(bei)子玉素(su)富、肅州總兵閆相師、鑲(xiang)黃旗(qi)察(cha)哈(ha)爾(er)總管端濟(ji)布、庫車伯(bo)克鄂對等，領兵八(ba)千，由(you)吐魯番西進，四月中(zhong)旬至(zhi)喀喇沙爾(er)集結。
五月初，清兵包圍庫車。庫車城墻十分堅固，由霍集占的親信阿卜都克勒木駐守。六月，阿卜都克勒木之弟阿卜都哈里克由賽里木率軍來援，在托木羅克被額敏和卓擊退。霍集占親率鳥槍兵數千由(you)烏(wu)什來援，在(zai)庫車(che)城南(nan)被愛(ai)隆阿、端濟布等擊敗(bai)。霍集占負傷逃(tao)入庫車(che)城，堅守(shou)(shou)不(bu)出。提督馬(ma)得勝派兵挖隧(sui)道攻城，雅爾哈善求勝心切，催促士兵日夜挖掘。守(shou)(shou)軍在(zai)夜間看到火光，引水灌入隧(sui)道將(jiang)清兵淹死。乾隆皇帝見(jian)雅爾哈善指(zhi)揮(hui)無方，遂令定邊(bian)將(jiang)軍兆惠(hui)率兵南(nan)下征討。
霍(huo)集(ji)占入(ru)(ru)城(cheng)(cheng)后(hou)，便殺戮鄂(e)對(dui)在城(cheng)(cheng)中(zhong)(zhong)的(de)親屬。鄂(e)對(dui)之妻依熱(re)木(mu)年(nian)少，霍(huo)集(ji)占欲(yu)納(na)為妾。依熱(re)木(mu)不從，被囚于(yu)高樓(lou)，日(ri)加凌(ling)辱，其(qi)二子(zi)一女被叛軍從城(cheng)(cheng)墻上拋下而(er)死。鄂(e)對(dui)向(xiang)雅爾哈(ha)(ha)善提議(yi)：分兵(bing)(bing)(bing)埋伏于(yu)庫車城(cheng)(cheng)西(xi)、北的(de)兩處(chu)隘口，城(cheng)(cheng)中(zhong)(zhong)糧盡時，霍(huo)集(ji)占必出(chu)城(cheng)(cheng)逃(tao)走，可從容將其(qi)擒獲。雅爾哈(ha)(ha)善認(ren)為鄂(e)對(dui)是新降之人(ren)，并不聽(ting)信(xin)其(qi)言。六月二十三(san)日(ri)夜，霍(huo)集(ji)占率騎兵(bing)(bing)(bing)四百余人(ren)出(chu)西(xi)門(men)逃(tao)遁。八(ba)月，阿卜都克(ke)勒木(mu)也棄城(cheng)(cheng)逃(tao)走。城(cheng)(cheng)中(zhong)(zhong)頭人(ren)阿拉難爾率老弱(ruo)殘兵(bing)(bing)(bing)出(chu)降。鄂(e)對(dui)入(ru)(ru)城(cheng)(cheng)后(hou)，手刃霍(huo)集(ji)占黨羽三(san)十余人(ren)。
乾隆皇帝得知雅爾(er)(er)(er)(er)哈善疏于防守(shou)，致霍集占走(zou)脫，極為(wei)震怒，命將(jiang)雅爾(er)(er)(er)(er)哈善逮京(jing)議斬(zhan)；以工部(bu)尚書納穆札爾(er)(er)(er)(er)代雅爾(er)(er)(er)(er)哈善為(wei)靖逆(ni)將(jiang)軍，戶部(bu)侍郎石三泰(tai)為(wei)參(can)贊大臣，受兆惠節(jie)制。此時，雅爾(er)(er)(er)(er)哈善留玉素富駐守(shou)庫車(che)，以端濟布為(wei)前鋒，開(kai)赴(fu)阿克蘇。
當六月清軍圍攻(gong)庫(ku)車之時，賽喇木(mu)（今拜(bai)城縣(xian)(xian)賽里木(mu)鎮）、沙雅爾(er)（今沙雅縣(xian)(xian)）爆發了反(fan)對(dui)霍集占的起義(yi)，二(er)城隨即向清軍投降。在霍集占從庫(ku)車逃(tao)往阿(a)克(ke)蘇(su)途中(zhong)，阿(a)克(ke)蘇(su)毛拉阿(a)舒爾(er)率(lv)眾(zhong)殺死霍集占的親信，推舉頗(po)拉特為總伯克(ke)，派人(ren)向清軍投誠。霍集占攻(gong)阿(a)克(ke)蘇(su)城不下，又奔赴(fu)烏(wu)什。
八(ba)月二(er)十四日，兆(zhao)惠(hui)與雅(ya)爾哈(ha)善會合，次日進駐(zhu)阿(a)(a)克(ke)蘇。兆(zhao)惠(hui)奏請以鄂對為阿(a)(a)克(ke)蘇之阿(a)(a)奇木伯克(ke)，頗拉特為其副(fu)手；并收繳雅(ya)爾哈(ha)善官印，將其押解赴(fu)京。兆(zhao)惠(hui)隨即向烏什進發，留閆相師綠(lv)營兵八(ba)百人駐(zhu)防阿(a)(a)克(ke)蘇城。革(ge)職后在(zai)兆(zhao)惠(hui)軍中效力的(de)舒赫德也留在(zai)阿(a)(a)克(ke)蘇。
烏什伯克(ke)漠咱帕(pa)爾是(shi)霍(huo)(huo)(huo)集(ji)斯(si)(si)之(zhi)(zhi)子(zi)，得(de)知(zhi)霍(huo)(huo)(huo)集(ji)占(zhan)率(lv)軍前來(lai)，企(qi)圖設(she)宴(yan)將其誘擒，但計劃(hua)泄露。霍(huo)(huo)(huo)集(ji)占(zhan)得(de)知(zhi)后不敢入(ru)城(cheng)(cheng)，派(pai)(pai)隨軍的霍(huo)(huo)(huo)集(ji)斯(si)(si)招降(jiang)漠咱帕(pa)爾。霍(huo)(huo)(huo)集(ji)斯(si)(si)原為烏什、吐魯(lu)番一帶豪族，被迫依附(fu)于霍(huo)(huo)(huo)集(ji)占(zhan)。入(ru)城(cheng)(cheng)后，霍(huo)(huo)(huo)集(ji)斯(si)(si)隨即(ji)倒戈，派(pai)(pai)其子(zi)呼(hu)岱巴爾氐前往(wang)阿(a)克(ke)蘇迎清軍入(ru)城(cheng)(cheng)。霍(huo)(huo)(huo)集(ji)占(zhan)一路向南退卻，返回喀(ka)什噶(ga)爾。八月三(san)十日，兆惠(hui)進駐(zhu)烏什，以霍(huo)(huo)(huo)集(ji)斯(si)(si)之(zhi)(zhi)妻與總(zong)兵丑達駐(zhu)守。
九月初，兆(zhao)惠派(pai)侍衛齊(qi)(qi)凌扎布與鄂對前往(wang)和(he)闐招降(jiang)(jiang)。由于和(he)闐伯(bo)克霍集斯(si)已降(jiang)(jiang)清(qing)，和(he)闐首城額里齊(qi)(qi)（今(jin)(jin)和(he)田(tian)市）的頭人將(jiang)霍集占黨羽驅(qu)逐，迎清(qing)兵(bing)入城。九月下旬，和(he)闐所轄的哈(ha)喇哈(ha)什（今(jin)(jin)墨玉(yu)縣）、克勒底雅（今(jin)(jin)于田(tian)縣）、齊(qi)(qi)爾(er)(er)拉（今(jin)(jin)策(ce)勒縣）、玉(yu)隴哈(ha)什（今(jin)(jin)洛浦縣玉(yu)龍喀什鎮）、塔克（在(zai)今(jin)(jin)于田(tian)縣南）全部(bu)歸降(jiang)(jiang)。至此，僅有(you)喀什噶爾(er)(er)、葉(xie)爾(er)(er)羌二(er)城尚在(zai)大小和(he)卓(zhuo)手(shou)中。
自兆(zhao)惠南下一月(yue)有(you)余(yu)，阿(a)(a)克(ke)蘇(su)、烏(wu)什、和闐望風而降(jiang)(jiang)，致使其錯(cuo)判形勢，輕敵(di)冒進(jin)(jin)。霍(huo)集斯向(xiang)兆(zhao)惠提議：先攻占葉爾(er)羌，截住大(da)小和卓出逃之(zhi)路；再進(jin)(jin)兵(bing)(bing)喀什噶(ga)爾(er)，則波羅尼都自當歸降(jiang)(jiang)。于是兆(zhao)惠不等(deng)納穆札爾(er)、石三(san)泰的(de)主(zhu)力抵(di)達，先率四(si)千人(ren)(ren)向(xiang)葉爾(er)羌進(jin)(jin)發，愛隆阿(a)(a)、戶部侍郎明(ming)瑞、霍(huo)集斯、端濟(ji)布、噶(ga)岱默特等(deng)從(cong)行。乾隆皇帝也認為(wei)“回部各(ge)城迎降(jiang)(jiang)相繼，大(da)功可計日而成”，開(kai)始考慮各(ge)城伯克(ke)人(ren)(ren)選，以及(ji)駐(zhu)兵(bing)(bing)屯田等(deng)事(shi)宜(yi)。又令章嘉呼(hu)圖克(ke)圖寫信給拉達克(ke)（今克(ke)什米爾(er)東(dong)南）頭(tou)人(ren)(ren)，若(ruo)大(da)小和卓逃至彼處，“即(ji)擒解前(qian)來”，“斷不可容留疏縱”。九月(yue)，乾隆皇帝令在哈薩克(ke)追剿叛軍(jun)的(de)參贊(zan)大(da)臣富德(de)前(qian)往阿(a)(a)克(ke)蘇(su)策應兆(zhao)惠。又起用舒赫(he)德(de)為(wei)頭(tou)等(deng)侍衛(wei)，并增(zeng)派察哈爾(er)兵(bing)(bing)七百(bai)人(ren)(ren)、綠營兵(bing)(bing)三(san)百(bai)人(ren)(ren)赴阿(a)(a)克(ke)蘇(su)，歸舒赫(he)德(de)統領。
霍(huo)集(ji)(ji)占(zhan)退回喀什(shen)噶爾(er)后，波羅(luo)尼都怨其輕舉妄動，招致清軍征討。于是霍(huo)集(ji)(ji)占(zhan)前往葉爾(er)羌駐守，堅壁(bi)清野，并散布謠言稱(cheng)清軍已將霍(huo)集(ji)(ji)斯殺害，且要來殺盡回人。十月(yue)初五(wu)，兆(zhao)(zhao)惠進兵(bing)(bing)葉爾(er)羌城(cheng)(cheng)下，見葉爾(er)羌城(cheng)(cheng)池較大，便設法誘敵出戰。初六(liu)日，清兵(bing)(bing)分(fen)七隊攻(gong)城(cheng)(cheng)。霍(huo)集(ji)(ji)占(zhan)的(de)騎(qi)兵(bing)(bing)出北門突擊，擊潰(kui)了清軍中的(de)索倫(lun)兵(bing)(bing)，但被健銳(rui)營擊敗，于是固守不出。兆(zhao)(zhao)惠兵(bing)(bing)少(shao)不能圍城(cheng)(cheng)，令愛隆阿、侍衛奎瑪岱領兵(bing)(bing)八(ba)百人北上防范喀什(shen)噶爾(er)來援(yuan)，并接應(ying)納穆札爾(er)、石(shi)三泰的(de)援(yuan)軍。此時，波羅(luo)尼都親率五(wu)千人前來增援(yuan)霍(huo)集(ji)(ji)占(zhan)。
富德(de)接到諭(yu)旨后，于十月抵(di)達烏魯木齊。十月中旬，乾隆皇帝又令富德(de)領兵(bing)南下(xia)巴(ba)爾楚克（今(jin)巴(ba)楚縣）護衛清軍臺站；若到時兆惠仍未攻(gong)下(xia)葉(xie)爾羌，即可領兵(bing)攻(gong)取喀什噶爾。
兆惠偵知和卓士兵在葉爾(er)羌城南(nan)的英額齊盤山放牧，打(da)算突襲牧地，掠(lve)其(qi)牲畜。
十月十三(san)日(ri)（公(gong)歷1758年11月13日(ri)），兆(zhao)(zhao)惠由城南(nan)奪橋(qiao)渡(du)黑水(shui)(shui)(shui)（維吾爾語稱黑水(shui)(shui)(shui)為(wei)喀喇烏蘇），才過四百人(ren)時，橋(qiao)梁垮塌，隨即被霍(huo)集占(zhan)軍(jun)(jun)一萬余(yu)人(ren)包圍(wei)。在混亂中清軍(jun)(jun)被圍(wei)成(cheng)數截，且戰(zhan)且渡(du)。兆(zhao)(zhao)惠傷及面頰，坐騎中槍倒斃，兩度換馬。激戰(zhan)五晝夜(ye)后，清兵(bing)陣亡數百人(ren)，馬匹陷入泥淖者甚多。西寧鎮總兵(bing)高(gao)天喜(xi)、副都統三(san)格、護軍(jun)(jun)統領鄂實、監察御史何泰、侍衛特通(tong)額等戰(zhan)死。兆(zhao)(zhao)惠無法突圍(wei)，遂(sui)于黑水(shui)(shui)(shui)南(nan)岸就地(di)結營(ying)，修筑(zhu)壕溝(gou)，此(ci)即當時著名的“黑水(shui)(shui)(shui)營(ying)”。霍(huo)集占(zhan)軍(jun)(jun)也(ye)就地(di)駐扎，將清軍(jun)(jun)營(ying)盤團團圍(wei)住。此(ci)役(yi)即通(tong)古(gu)思魯克之戰(zhan)。
十(shi)月十(shi)三日(ri)黑(hei)水(shui)之戰的(de)同時(shi)，納穆(mu)札爾、石(shi)三泰(tai)(tai)的(de)援(yuan)(yuan)軍(jun)與愛(ai)隆(long)阿(a)(a)會合。納穆(mu)札爾與諸(zhu)將率二百(bai)余(yu)騎兵趁夜行軍(jun)，以期黎明時(shi)與兆惠會合，但在(zai)途中遇到波羅尼都派出的(de)援(yuan)(yuan)軍(jun)三千余(yu)人，陷入(ru)包(bao)圍。納穆(mu)札爾、石(shi)三泰(tai)(tai)、侍衛奎(kui)瑪岱、彰武、班泰(tai)(tai)、管站(zhan)西(xi)拉布、護軍(jun)校齊旺扎布等(deng)皆戰死，僅有少數兵丁逃出。愛(ai)隆(long)阿(a)(a)聞訊前往援(yuan)(yuan)救，得知納穆(mu)札爾已全軍(jun)覆沒，遂撤(che)往阿(a)(a)克蘇(su)(su)。兆惠上(shang)書(shu)請罪，并奏請調阿(a)(a)克蘇(su)(su)等(deng)地守軍(jun)于年底(di)齊集，“合力(li)攻(gong)剿”。
和卓軍向黑水營清兵輪番發動攻擊，均被兆惠擊退，于是打算長期圍困，待清兵糧盡時不攻自破。和卓兵引上游河水灌入清營，被清兵導入戰壕排至下游，反而便于清兵汲水。清軍營地多林木，和卓兵射出的鉛彈陷入樹中，清兵砍柴生火時將子彈取出，足以補充彈藥。十一月中旬，布魯特（柯爾克孜人）頭人納喇巴圖流亡的(de)額爾(er)(er)克和卓額色(se)尹等人領兵(bing)襲(xi)擊了喀(ka)什(shen)噶(ga)爾(er)(er)的(de)屬城英(ying)吉(ji)沙爾(er)(er)（今(jin)英(ying)吉(ji)沙縣(xian)），同一天，兆(zhao)惠出擊焚(fen)毀了兩(liang)處和卓軍營。大小和卓以為布魯(lu)特與清軍聯合，遂遣人與兆(zhao)惠議(yi)和。兆(zhao)惠提(ti)出大小和卓必須先行入京朝覲；大小和卓則稱“愿(yuan)送口糧(liang)，撤圍相見”，兆(zhao)惠不予(yu)答復(fu)。于是波(bo)羅尼都領兵(bing)撤回喀(ka)什(shen)噶(ga)爾(er)(er)，防御布魯(lu)特侵擾。至年末，兆(zhao)惠已(yi)被圍困三個(ge)月，軍糧(liang)耗盡，士兵(bing)只(zhi)得焚(fen)煮(zhu)馬鞍、皮革，甚至掠取平民烹(peng)食。
十一月初，乾隆皇(huang)帝接到(dao)兆惠被圍(wei)的奏報，以富德為(wei)定邊(bian)右(you)副將軍，徑赴葉爾(er)羌解(jie)兆惠之圍(wei)；以副都統阿(a)里袞、舒赫(he)德、愛隆阿(a)為(wei)參贊大(da)臣(chen)，調集兵馬、駱駝前往增援；令(ling)陜甘總督(du)黃廷桂預備(bei)馬匹(pi)二萬，供(gong)西(xi)征清軍調用。又命成袞扎布征發漠北達什達瓦所屬準噶(ga)爾(er)兵丁，于次年從特(te)穆(mu)爾(er)圖淖爾(er)（今吉(ji)爾(er)吉(ji)斯(si)斯(si)坦(tan)伊(yi)塞克湖）南下助攻(gong)。
富德得知兆惠被圍困后，率副都統鄂博什及侍衛瑪瑺、額爾登額、老格等，于十一月十一日從烏魯木齊出發，日夜兼程開赴阿克蘇。領隊大臣豆斌、散秩大臣永慶、副都統瑚(hu)爾起、福祿、總管端濟布等(deng)領兵(bing)(bing)協同(tong)。十(shi)二(er)月初四日，舒赫德率新(xin)到的(de)內地、索(suo)倫士(shi)兵(bing)(bing)與原(yuan)駐兵(bing)(bing)丁共三千五百人由阿(a)克(ke)蘇(su)開拔。十(shi)二(er)月十(shi)六日，富德抵達(da)阿(a)克(ke)蘇(su)。二(er)十(shi)五日，阿(a)里袞押送駝馬到達(da)阿(a)克(ke)蘇(su)；同(tong)時，富德在(zai)巴爾楚克(ke)趕上(shang)舒赫德的(de)隊伍，向葉爾羌進發(fa)。
乾隆二十四(si)年(nian)正(zheng)月(yue)初(chu)六(liu)日(ri)(ri)(ri)(ri)（1759年(nian)2月(yue)3日(ri)(ri)(ri)(ri)），富德(de)(de)在葉(xie)爾羌東北的(de)(de)呼(hu)爾滿與(yu)(yu)前來截(jie)擊的(de)(de)和卓(zhuo)軍(jun)五千(qian)余(yu)人遭遇。激戰至夜間，和卓(zhuo)軍(jun)退(tui)卻，清軍(jun)戰馬經長途跋涉，紛紛倒斃，無力追(zhui)趕。次日(ri)(ri)(ri)(ri)（2月(yue)4日(ri)(ri)(ri)(ri)），和卓(zhuo)軍(jun)占(zhan)據(ju)山崗，與(yu)(yu)富德(de)(de)軍(jun)相持于戈壁(bi)中。初(chu)八日(ri)(ri)(ri)(ri)（2月(yue)5日(ri)(ri)(ri)(ri)），和卓(zhuo)軍(jun)得知(zhi)清軍(jun)少(shao)馬，率(lv)大(da)軍(jun)圍(wei)攻(gong)(gong)富德(de)(de)。清軍(jun)拒守于沁達爾，苦戰不能突破，且戈壁(bi)無水，士兵只得吞(tun)咽(yan)冰塊(kuai)。初(chu)九日(ri)(ri)(ri)(ri)（2月(yue)6日(ri)(ri)(ri)(ri)）夜，阿里袞率(lv)援軍(jun)及馬一(yi)千(qian)匹、駝四(si)百只趕到，與(yu)(yu)鄂博什從兩翼突擊和卓(zhuo)軍(jun)營(ying)，富德(de)(de)乘勢(shi)掩殺，和卓(zhuo)軍(jun)開(kai)始潰退(tui)。十日(ri)(ri)(ri)(ri)（2月(yue)7日(ri)(ri)(ri)(ri)）黎明，阿里袞、護軍(jun)統(tong)領努三(san)與(yu)(yu)富德(de)(de)三(san)路(lu)夾攻(gong)(gong)，和卓(zhuo)軍(jun)向南遁去。此役(yi)，富德(de)(de)、阿里袞等斬殺和卓(zhuo)兵千(qian)余(yu)人，史稱呼(hu)爾滿大(da)捷。
正月初八(ba)，兆(zhao)惠(hui)聽(ting)到北方有槍(qiang)炮(pao)聲(sheng)，又見圍營(ying)的和(he)卓兵(bing)(bing)漸(jian)少(shao)，料想援軍(jun)(jun)(jun)已至，遂分兵(bing)(bing)兩路出擊，攻取營(ying)壘，并派(pai)人聯(lian)絡(luo)富德(de)。十(shi)(shi)三日(ri)夜，富德(de)進兵(bing)(bing)至葉爾(er)羌(qiang)河(he)岸，距兆(zhao)惠(hui)兵(bing)(bing)營(ying)尚有二十(shi)(shi)里。十(shi)(shi)四日(ri)黎明(ming)，富德(de)領兵(bing)(bing)前行，斬殺(sha)和(he)卓兵(bing)(bing)二三百人。和(he)卓軍(jun)(jun)(jun)隊渡河(he)而去(qu)。富德(de)與兆(zhao)惠(hui)會合，按照(zhao)諭旨于當晚(wan)啟程返回阿克蘇。至此黑水之(zhi)圍得解(jie)，“將軍(jun)(jun)(jun)以下皆無恙(yang)”，“卒得全，莫不(bu)喜極涕出”。霍(huo)集占見兩路清(qing)軍(jun)(jun)(jun)匯合后，不(bu)再(zai)派(pai)兵(bing)(bing)阻截。此間，波羅尼都中鳥槍(qiang)受傷(shang)，欲向清(qing)軍(jun)(jun)(jun)投降，霍(huo)集占又不(bu)許。
在呼爾滿之戰前的乾隆二十三年十一月二十六日（1758年12月26日），霍集占派遣的阿卜都克勒木兄弟與鄂斯滿、塞頗爾等率兵六百余人進攻和闐，阻截額里齊、哈喇哈什之間道路；又派其岳父薩里克誘降當地伯克。當地駐防清兵只有綠營、索倫兵五百五十人，分守各城。鄂斯滿首先攻占克勒底雅，滿洲通事哲勒順被殺，克勒底雅(ya)伯(bo)克阿(a)(a)里(li)(li)(li)木沙(sha)逃往額(e)里(li)(li)(li)齊(qi)(qi)。阿(a)(a)卜(bu)都哈(ha)(ha)里(li)(li)(li)克將阿(a)(a)里(li)(li)(li)木沙(sha)之妻(qi)帶到額(e)里(li)(li)(li)齊(qi)(qi)城下，又將其子當(dang)阿(a)(a)里(li)(li)(li)木沙(sha)之面殺死。不久，齊(qi)(qi)拉爾失(shi)陷，伯(bo)克錫魯卜(bu)亦逃入額(e)里(li)(li)(li)齊(qi)(qi)。齊(qi)(qi)凌(ling)扎(zha)布、鄂對行文阿(a)(a)克蘇請求增援。乾隆二十(shi)四(si)年正(zheng)月(yue)，阿(a)(a)克蘇辦事侍郎(lang)永貴派(pai)兵一百人護(hu)送軍馬前往。正(zheng)月(yue)十(shi)五日（1759年2月(yue)12日）后，和卓兵圍攻額(e)里(li)(li)(li)齊(qi)(qi)、哈(ha)(ha)喇哈(ha)(ha)什(shen)。索倫驍騎校烏爾圖保(bao)固守額(e)里(li)(li)(li)齊(qi)(qi)，哈(ha)(ha)喇哈(ha)(ha)什(shen)伯(bo)克海(hai)里(li)(li)(li)雅(ya)木哈(ha)(ha)子、阿(a)(a)瓦斯默特領四(si)千回兵與齊(qi)(qi)凌(ling)扎(zha)布一同抵抗。
正(zheng)月末，駐(zhu)守(shou)巴爾(er)楚(chu)克(ke)的參贊(zan)大(da)臣巴祿(lu)(lu)派兵(bing)三百(bai)名(ming)援救和闐。乾隆(long)(long)皇(huang)帝(di)命(ming)巴祿(lu)(lu)親自領兵(bing)增援，同時以賽音諾(nuo)顏部郡王策布(bu)(bu)登扎布(bu)(bu)為副(fu)將(jiang)軍，福(fu)祿(lu)(lu)、車木楚(chu)克(ke)扎布(bu)(bu)為參贊(zan)，巡查額爾(er)齊斯河至巴爾(er)喀什(shen)湖一帶，防(fang)備(bei)霍集占(zhan)經伊犁逃往俄羅斯。兆惠回到阿克(ke)蘇后(hou)，令愛隆(long)(long)阿駐(zhu)防(fang)烏什(shen)，派瑚爾(er)起、巴圖濟爾(er)噶爾(er)帶九百(bai)兵(bing)援救和闐；上奏(zou)待糧餉、馬(ma)匹到后(hou)，再遣富德領兵(bing)數千前往。乾隆(long)(long)皇(huang)帝(di)因兆惠、富德進兵(bing)過(guo)緩，加以申斥。二月，玉(yu)隴(long)哈什(shen)失陷(xian)。乾隆(long)(long)皇(huang)帝(di)因新(xin)任陜甘總(zong)督(du)(du)吳(wu)達(da)善辦理兵(bing)馬(ma)事(shi)務不力，命(ming)閩浙總(zong)督(du)(du)楊應琚來京，不久調(diao)任陜甘總(zong)督(du)(du)。
三月(yue)三日，哈(ha)(ha)喇哈(ha)(ha)什失陷，齊凌扎(zha)布(bu)突圍而出。六日，瑚(hu)爾起等(deng)抵達額(e)里齊，與散秩大臣(chen)鄂對、侍衛噶布(bu)舒(shu)相(xiang)會(hui)。九日，瑚(hu)爾起進至哈(ha)(ha)喇哈(ha)(ha)什，乘霧襲擊和卓軍(jun)(jun)營(ying)，射殺阿(a)卜都(dou)哈(ha)(ha)里克(ke)(ke)。鄂斯滿、霍集雅(ya)斯負(fu)傷(shang)逃走。十一日，清軍(jun)(jun)收復玉(yu)隴哈(ha)(ha)什、齊爾拉(la)。隨后遣(qian)人(ren)招(zhao)降克(ke)(ke)勒(le)底雅(ya)、塔克(ke)(ke)。克(ke)(ke)勒(le)底雅(ya)頭人(ren)四德和卓將阿(a)卜都(dou)克(ke)(ke)勒(le)木(mu)屬下布(bu)庫塔斯執獻清軍(jun)(jun)。塔克(ke)(ke)頭人(ren)默里善也將諾(nuo)們伯克(ke)(ke)、毛(mao)拉(la)岳科卜等(deng)擒獻，和闐平定。四月(yue)二十二日，富德率(lv)軍(jun)(jun)抵達額(e)里齊駐守。
呼爾滿之戰后，霍集占兄弟“由于清軍的進攻和維吾爾群眾的背離，整個陷入了困境”。二、三月間，霍集占派人聯絡蔥嶺以西的巴達克山、浩罕等國。因浩罕未有回信，且懼布魯特沿途騷擾，和卓兄弟決定逃往巴達克山，或再由巴達克山前往痕都斯坦（今克什米爾地區南部(bu)及巴基斯坦北部(bu)）。四(si)月，清兵占領和闐的(de)消息傳來，葉爾(er)羌(qiang)人心驚動(dong)，霍集占將家眷、財物移往葉爾(er)羌(qiang)以(yi)西的(de)赫色勒(le)塔克(ke)(ke)。波羅尼(ni)都也向(xiang)喀(ka)什噶爾(er)居民(min)索取軍糧、馬匹，在六月十日之前陸續運到塔勒(le)巴楚(chu)克(ke)(ke)河，自己僅(jin)與親(qin)信留(liu)在喀(ka)什噶爾(er)居住。
在大小和卓(zhuo)準(zhun)備(bei)出逃的同時，兆(zhao)惠(hui)(hui)、富德(de)正籌集糧餉，計(ji)劃乘麥熟(shu)之(zhi)前(qian)進攻(gong)葉爾(er)羌。五月，避難于(yu)布魯特的原(yuan)喀什噶爾(er)伯克(ke)和什克(ke)隨(sui)清軍侍衛(wei)布占(zhan)泰(tai)來到阿克(ke)蘇，向兆(zhao)惠(hui)(hui)建議先(xian)攻(gong)取喀什噶爾(er)，以(yi)免霍(huo)集占(zhan)投奔(ben)浩罕的額(e)爾(er)德(de)尼(ni)伯克(ke)。于(yu)是(shi)兆(zhao)惠(hui)(hui)等人議定(ding)先(xian)攻(gong)喀什噶爾(er)，再取葉爾(er)羌。此時，流亡(wang)于(yu)境外的和卓(zhuo)后裔陸(lu)續(xu)向清軍投誠。額(e)色尹、瑪(ma)木(mu)特派人前(qian)往(wang)兆(zhao)惠(hui)(hui)軍營(ying)，稱其現在布魯特“候進兵(bing)信息，情(qing)愿效力(li)”。在清兵(bing)進發之(zhi)前(qian)，與波羅(luo)尼(ni)都(dou)交情(qing)深厚的霍(huo)集斯派親信巴喇特前(qian)往(wang)喀什噶爾(er)，仍期望波羅(luo)尼(ni)都(dou)歸降。
六(liu)(liu)月二日(ri)，富德由(you)和闐啟程，進(jin)兵(bing)(bing)(bing)葉(xie)(xie)爾羌(qiang)。十(shi)(shi)一(yi)日(ri)，兆惠領(ling)兵(bing)(bing)(bing)九千由(you)烏(wu)什(shen)(shen)南下，進(jin)兵(bing)(bing)(bing)喀(ka)什(shen)(shen)噶(ga)爾。阿(a)(a)里袞(gun)、巴祿領(ling)兵(bing)(bing)(bing)三千出巴爾楚(chu)克，在(zai)喀(ka)什(shen)(shen)噶(ga)爾、葉(xie)(xie)爾羌(qiang)之間地方等待與富德會合，并把守各處關隘(ai)。六(liu)(liu)月十(shi)(shi)二日(ri)，霍集占(zhan)派阿(a)(a)卜都(dou)克勒(le)木(mu)(mu)通知波(bo)羅尼(ni)都(dou)準備逃(tao)離。六(liu)(liu)月十(shi)(shi)五日(ri)，布魯(lu)特(te)(te)百余(yu)人(ren)(ren)劫(jie)掠(lve)了喀(ka)什(shen)(shen)噶(ga)爾城(cheng)(cheng)(cheng)北的(de)阿(a)(a)喇(la)古，波(bo)羅尼(ni)都(dou)派鄂斯滿(man)(man)、優(you)駑斯出戰(zhan)，被布魯(lu)特(te)(te)兵(bing)(bing)(bing)打敗。六(liu)(liu)月十(shi)(shi)八(ba)日(ri)，額色尹、瑪木(mu)(mu)特(te)(te)與波(bo)羅尼(ni)都(dou)交戰(zhan)，剿殺多人(ren)(ren)，隨(sui)后來到兆惠軍營(ying)投誠(cheng)。波(bo)羅尼(ni)都(dou)以(yi)抗擊(ji)布魯(lu)特(te)(te)為由(you)，向城(cheng)(cheng)(cheng)內(nei)居民勒(le)索財物、兵(bing)(bing)(bing)器；又毀壞城(cheng)(cheng)(cheng)內(nei)街市、城(cheng)(cheng)(cheng)門，“焚城(cheng)(cheng)(cheng)掘樹”，裹挾喀(ka)什(shen)(shen)噶(ga)爾及附屬各城(cheng)(cheng)(cheng)的(de)貴族、民眾西逃(tao)。阿(a)(a)奇木(mu)(mu)伯(bo)克阿(a)(a)卜都(dou)喇(la)伊木(mu)(mu)、密(mi)里木(mu)(mu)哈(ha)子墨(mo)墨(mo)氐敏、伯(bo)克阿(a)(a)卜都(dou)爾滿(man)(man)以(yi)及霍集斯之兄阿(a)(a)卜都(dou)瓜卜也被一(yi)并帶走。喀(ka)什(shen)(shen)噶(ga)爾居民不愿隨(sui)行，在(zai)途中(zhong)紛紛逃(tao)逸(yi)，多前往附近的(de)牌租(zu)阿(a)(a)巴特(te)(te)（今伽師縣）。牌租(zu)阿(a)(a)巴特(te)(te)伯(bo)克呢雅斯收留逃(tao)亡(wang)民眾，閉城(cheng)(cheng)(cheng)拒守。汗額里吉衣、雅普爾古、烏(wu)什(shen)(shen)哈(ha)喇(la)等城(cheng)(cheng)(cheng)各自保聚。
六月二十七日，波羅尼都將喀什噶爾居民擄至城南的提斯袞，由玉魯克(ke)嶺(ling)（在(zai)今疏附(fu)縣(xian)西(xi)南）西(xi)逃，帶(dai)走居(ju)民(min)一百五十(shi)戶，及其親(qin)信之家(jia)眷(juan)、奴仆千余人(ren)。霍集占(zhan)搶掠(lve)葉(xie)爾(er)(er)羌居(ju)民(min)的(de)(de)馬匹、牲(sheng)畜后，又向當(dang)地毛拉勒索(suo)白銀(yin)四千兩(liang)，于閏(run)六(liu)(liu)月(yue)二日(ri)啟程，經伯克(ke)和羅木渡口逃往(wang)羌呼勒。大小和卓在(zai)色勒庫(ku)爾(er)(er)（今塔(ta)什(shen)庫(ku)爾(er)(er)干縣(xian)）會合(he)后向西(xi)出(chu)逃。留在(zai)喀(ka)什(shen)噶爾(er)(er)、葉(xie)爾(er)(er)羌二城(cheng)(cheng)的(de)(de)伯克(ke)隨即派人(ren)迎清兵入城(cheng)(cheng)。閏(run)六(liu)(liu)月(yue)十(shi)四日(ri)，兆惠(hui)進駐喀(ka)什(shen)噶爾(er)(er)城(cheng)(cheng)，富德所(suo)部先鋒(feng)鄂(e)博什(shen)進駐葉(xie)爾(er)(er)羌城(cheng)(cheng)。十(shi)八日(ri)，富德進入葉(xie)爾(er)(er)羌。乾隆皇帝令兆惠(hui)留駐喀(ka)什(shen)噶爾(er)(er)，辦理(li)喀(ka)、葉(xie)二城(cheng)(cheng)事務；富德、明瑞等速領兵追(zhui)擊。
霍斯庫魯克之戰兆(zhao)惠進入喀什(shen)噶(ga)爾后，留閆相師的綠營(ying)兵(bing)(bing)駐守，派(pai)參(can)贊大(da)(da)臣明(ming)(ming)(ming)瑞等率(lv)兵(bing)(bing)追(zhui)(zhui)擊；同時傳檄浩罕、那木干(gan)、安集延、瑪爾噶(ga)朗(lang)等國協同搜捕大(da)(da)小和(he)(he)卓。明(ming)(ming)(ming)瑞、愛(ai)隆阿于(yu)閏六月十五日，率(lv)兩千人(ren)(ren)啟程，向(xiang)西進入蔥(cong)嶺（帕米爾）群山中(zhong)。霍(huo)集占兄弟欲往巴達克(ke)(ke)山，但眾伯克(ke)(ke)不(bu)從(cong)，只得北上安集延。得知清兵(bing)(bing)追(zhui)(zhui)緊，于(yu)是棄其(qi)輜重，令(ling)家眷先行(xing)(xing)。沿途無水草(cao)之(zhi)處，以(yi)大(da)(da)麥喂馬(ma)(ma)。明(ming)(ming)(ming)瑞等緣山行(xing)(xing)走，繞峰渡河，由(you)色勒(le)庫爾向(xiang)北前往哈(ha)喇庫勒(le)（塔吉(ji)克(ke)(ke)斯(si)(si)坦東(dong)北之(zhi)喀拉湖）。閏六月二(er)十八日黎明(ming)(ming)(ming)，明(ming)(ming)(ming)瑞率(lv)前鋒九(jiu)百人(ren)(ren)在霍(huo)斯(si)(si)庫魯(lu)克(ke)(ke)嶺（在喀拉湖以(yi)北）追(zhui)(zhui)上大(da)(da)小和(he)(he)卓六千余人(ren)(ren)。明(ming)(ming)(ming)瑞誘(you)敵下(xia)山不(bu)成，恐相持稍久，使和(he)(he)卓兄弟逃脫，遂下(xia)令(ling)仰攻(gong)山峰。和(he)(he)卓兵(bing)(bing)以(yi)槍炮還擊。激戰(zhan)三個時辰，和(he)(he)卓兵(bing)(bing)開(kai)始(shi)退卻，清兵(bing)(bing)因馬(ma)(ma)匹勞(lao)累(lei)，無力追(zhui)(zhui)及。和(he)(he)卓兵(bing)(bing)重新集結(jie)后，恃(shi)其(qi)人(ren)(ren)眾，回師將明(ming)(ming)(ming)瑞分隊合(he)圍。明(ming)(ming)(ming)瑞且(qie)戰(zhan)且(qie)行(xing)(xing)，設埋兵(bing)(bing)從(cong)山上放槍，然后調(diao)頭沖(chong)入敵陣，才擊退和(he)(he)卓兵(bing)(bing)。此(ci)戰(zhan)明(ming)(ming)(ming)瑞軍斬殺五百余人(ren)(ren)，俘(fu)獲三十余人(ren)(ren)，清兵(bing)(bing)陣亡(wang)百余人(ren)(ren)，是為(wei)霍(huo)斯(si)(si)庫魯(lu)克(ke)(ke)之(zhi)戰(zhan)。
七(qi)月初(chu)，富(fu)(fu)德、阿(a)里袞與明瑞在喀喇烏蘇會(hui)合，選(xuan)四(si)千(qian)精(jing)兵(bing)(bing)進發。其(qi)余兵(bing)(bing)丁由總兵(bing)(bing)楊寧帶領招降沙爾(er)(er)(er)(er)呼勒，并(bing)聽候(hou)調遣。七(qi)月七(qi)日，富(fu)(fu)德探知霍(huo)集占在前(qian)方一(yi)百(bai)余里戈(ge)壁中。九日辰時，清兵(bing)(bing)追至阿(a)爾(er)(er)(er)(er)楚(chu)爾(er)(er)(er)(er)（在今塔(ta)吉克斯(si)坦(tan)戈(ge)爾(er)(er)(er)(er)諾-巴(ba)達赫尚自治州穆爾(er)(er)(er)(er)加(jia)布區東(dong)南）。大小和(he)卓(zhuo)令馱(tuo)載先行，設伏兵(bing)(bing)六千(qian)于阿(a)爾(er)(er)(er)(er)楚(chu)爾(er)(er)(er)(er)山(shan)谷中。富(fu)(fu)德以火器營(ying)、健銳營(ying)居中，巴(ba)圖(tu)濟爾(er)(er)(er)(er)噶爾(er)(er)(er)(er)、鄂齊爾(er)(er)(er)(er)出左翼，由屯、伊柱為右(you)翼，奪(duo)取南、北阿(a)爾(er)(er)(er)(er)楚(chu)爾(er)(er)(er)(er)山(shan)，并(bing)向下(xia)沖擊山(shan)谷中的和(he)卓(zhuo)兵(bing)(bing)。阿(a)里袞、明瑞、巴(ba)祿、參贊大臣阿(a)桂也從兩翼突擊。富(fu)(fu)德出兵(bing)(bing)佯攻和(he)卓(zhuo)馱(tuo)隊，明瑞、鄂博什繞到(dao)后(hou)方夾擊。鏖戰(zhan)一(yi)日，清軍(jun)殲滅(mie)和(he)卓(zhuo)軍(jun)一(yi)千(qian)余人，生(sheng)擒五十余人，陣斬阿(a)卜都克勒木，此即阿(a)爾(er)(er)(er)(er)楚(chu)爾(er)(er)(er)(er)之戰(zhan)。
七月十日傍晚，清兵追至阿爾楚爾以西的布(bu)(bu)隆庫(ku)勒，偵知大(da)小和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)逃(tao)至布(bu)(bu)隆庫(ku)勒湖東北的(de)伊西(xi)洱(er)庫(ku)爾(er)(er)(er)淖(nao)爾(er)(er)(er)（塔吉克(ke)斯(si)坦東南之(zhi)葉什(shen)勒池）湖畔(pan)。波羅(luo)(luo)尼都(dou)駐扎于湖岸北山(shan)(shan)(shan)，霍(huo)集占率(lv)部占據東面(mian)山(shan)(shan)(shan)峰。伊西(xi)洱(er)庫(ku)爾(er)(er)(er)淖(nao)爾(er)(er)(er)以(yi)西(xi)有一(yi)大(da)嶺，過(guo)此(ci)嶺即(ji)是巴(ba)達(da)(da)克(ke)山(shan)(shan)(shan)界。富德(de)(de)先遣阿(a)里(li)袞、達(da)(da)爾(er)(er)(er)黨阿(a)、由屯(tun)、官長(chang)保、瑚什(shen)等(deng)領兵(bing)(bing)五百(bai)(bai)，往湖西(xi)堵(du)截(jie)大(da)小和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)去路(lu)；伊柱、鄂博什(shen)、溫布(bu)(bu)等(deng)領兵(bing)(bing)八百(bai)(bai)，往山(shan)(shan)(shan)后阻截(jie)。十(shi)一(yi)日，富德(de)(de)、巴(ba)祿、明瑞、阿(a)桂、領隊大(da)臣傅景、瑚爾(er)(er)(er)起等(deng)率(lv)兵(bing)(bing)一(yi)千余人(ren)，進至伊西(xi)洱(er)庫(ku)爾(er)(er)(er)淖(nao)爾(er)(er)(er)。和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)軍從山(shan)(shan)(shan)上炮擊清兵(bing)(bing)，以(yi)死相拒。富德(de)(de)選健(jian)銳營(ying)、吉林、索倫、厄(e)魯特(te)各營(ying)鳥槍兵(bing)(bing)四(si)十(shi)余人(ren)，仰(yang)攻北路(lu)山(shan)(shan)(shan)嶺。又(you)令霍(huo)集斯(si)、鄂對(dui)樹起維吾爾(er)(er)(er)人(ren)舊(jiu)時旗幟招降和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)兵(bing)(bing)士。和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)軍大(da)潰，投降者甚眾，霍(huo)集占奪馬而逃(tao)，乘夜(ye)繞過(guo)山(shan)(shan)(shan)嶺與(yu)(yu)波羅(luo)(luo)尼都(dou)會合。此(ci)即(ji)伊西(xi)洱(er)庫(ku)爾(er)(er)(er)淖(nao)爾(er)(er)(er)之(zhi)戰。十(shi)二日，又(you)有被(bei)堵(du)截(jie)在北山(shan)(shan)(shan)的(de)和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)兵(bing)(bing)兩千人(ren)投降。大(da)小和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)僅率(lv)妻子(zi)、奴(nu)仆三四(si)百(bai)(bai)人(ren)出奔巴(ba)達(da)(da)克(ke)山(shan)(shan)(shan)。富德(de)(de)派齊(qi)凌(ling)扎布(bu)(bu)、鄂對(dui)、散(san)秩大(da)臣阿(a)什(shen)默特(te)將投降人(ren)眾送往英吉沙爾(er)(er)(er)，又(you)率(lv)巴(ba)祿、阿(a)桂、傅景、瑚爾(er)(er)(er)起等(deng)四(si)百(bai)(bai)余人(ren)，與(yu)(yu)阿(a)里(li)袞分兵(bing)(bing)兩路(lu)，于十(shi)二日啟程，追剿至巴(ba)達(da)(da)克(ke)山(shan)(shan)(shan)境(jing)內(nei)。
有西方學者(zhe)認(ren)(ren)為(wei)伊(yi)(yi)西洱(er)庫爾淖爾之戰是(shi)中(zhong)國將領在奏(zou)折(zhe)中(zhong)虛構的，“無疑是(shi)十(shi)分夸張而在地(di)理的敘述上(shang)又(you)實在模(mo)糊”，而帕米爾當(dang)地(di)居(ju)民并不(bu)知曉此事(shi)。十(shi)九世紀末的英(ying)國殖民者(zhe)內伊(yi)(yi)·伊(yi)(yi)萊亞斯（NeyElias）認(ren)(ren)為(wei)：跟隨大小(xiao)和(he)卓(zhuo)的僅有數百人(ren)，而且(qie)(qie)主要是(shi)婦女、兒童和(he)奴隸(li)。當(dang)中(zhong)國軍(jun)隊到達湖(hu)畔(pan)時，發現和(he)卓(zhuo)早已逃(tao)入(ru)巴達克山的錫克南，“于是(shi)便在一(yi)塊巖石上(shang)刻了(le)(le)些字(zi)，然(ran)后返回喀什(shen)噶爾去了(le)(le)，根本未發生過戰斗。”這種觀點無法解釋齊凌(ling)扎布將此戰的俘虜帶(dai)到英(ying)吉(ji)沙爾后進行(xing)安置的奏(zou)折(zhe)，而且(qie)(qie)忽略了(le)(le)在伊(yi)(yi)西洱(er)庫爾淖爾的紀功碑(bei)是(shi)乾隆皇帝(di)后來派人(ren)樹立(li)的事(shi)實。
大小和卓被俘巴達克山是(shi)位于蔥嶺西(xi)(xi)部(bu)的古國，在(zai)今阿(a)富汗(han)東北部(bu)。由伊西(xi)(xi)洱庫(ku)爾淖爾向(xiang)西(xi)(xi)南(nan)行，渡噴(pen)赤河(he)，即至巴達克山界。富德一(yi)面(mian)領兵(bing)(bing)追擊(ji)，一(yi)面(mian)曉諭當地部落擒拿大小和卓。七(qi)月十二日(ri)(ri)黃(huang)昏，依附于霍(huo)集(ji)占的蒙古厄魯(lu)特頭目沙(sha)喇斯(si)(si)、瑪呼斯(si)(si)率六百余(yu)人北逃(tao)，被清軍(jun)副都統伊柱截住。富德領兵(bing)(bing)進擊(ji)，剿二百余(yu)人，宰桑雅滿、得木(mu)齊（百戶長）丹巴投降。清軍(jun)繳獲駝炮(pao)八(ba)門(men)及去(qu)年失去(qu)的“威(wei)遠大將(jiang)軍(jun)”火炮(pao)二門(men)。七(qi)月十八(ba)日(ri)(ri)，富德派(pai)侍衛薩穆坦（厄魯(lu)特蒙古人）、伯克素(su)勒坦和卓（維吾爾人）自巴沙(sha)楚(chu)爾啟程，曉諭巴達(da)克山汗(han)素(su)勒坦沙(sha)（實為蘇丹），令其擒獲大小和卓兄(xiong)弟，縛獻清軍(jun)。
大小(xiao)(xiao)和卓進(jin)入巴(ba)達(da)克(ke)(ke)山境內后，遭到(dao)袞都(dou)(dou)伯克(ke)(ke)沙莽蘇爾(er)、錫克(ke)(ke)南（在(zai)今塔吉克(ke)(ke)斯坦(tan)戈爾(er)諾-巴(ba)達(da)赫尚(shang)自治州錫克(ke)(ke)南區）伯克(ke)(ke)沙穆(mu)(mu)爾(er)沿(yan)途(tu)追(zhui)擊，一(yi)路向南遁去。霍(huo)集(ji)(ji)(ji)占(zhan)聲稱借道前往麥加(jia)朝拜(bai)，于七月(yue)二(er)十六日(ri)進(jin)抵(di)巴(ba)達(da)克(ke)(ke)山都(dou)(dou)城牌租(zu)阿巴(ba)特(te)（今阿富汗巴(ba)達(da)赫尚(shang)省首府(fu)法扎巴(ba)德）。同一(yi)天(tian)，清使(shi)薩(sa)穆(mu)(mu)坦(tan)等(deng)也來到(dao)牌租(zu)阿巴(ba)特(te)，與素勒(le)坦(tan)沙會面(mian)(mian)。素勒(le)坦(tan)沙令霍(huo)集(ji)(ji)(ji)占(zhan)派來交(jiao)涉(she)的鄂(e)斯滿(man)、雅斯布庫里與薩(sa)穆(mu)(mu)坦(tan)相見(jian)，薩(sa)穆(mu)(mu)坦(tan)面(mian)(mian)斥(chi)霍(huo)集(ji)(ji)(ji)占(zhan)之種種罪(zui)過，鄂(e)斯滿(man)不能辯駁(bo)。七月(yue)二(er)十八日(ri)，素勒(le)坦(tan)沙邀大小(xiao)(xiao)和卓入城。波羅尼都(dou)(dou)隨即入城，霍(huo)集(ji)(ji)(ji)占(zhan)則領兵在(zai)城外揚言(yan)：若將(jiang)(jiang)清使(shi)交(jiao)出，則愿(yuan)為巴(ba)達(da)克(ke)(ke)山奴(nu)仆。素勒(le)坦(tan)沙不允，霍(huo)集(ji)(ji)(ji)占(zhan)遂劫掠村(cun)莊。素勒(le)坦(tan)沙出兵數千將(jiang)(jiang)霍(huo)集(ji)(ji)(ji)占(zhan)圍于阿爾(er)渾楚(chu)哈嶺，霍(huo)集(ji)(ji)(ji)占(zhan)敗(bai)退至齊那(nei)爾(er)河，身負重傷被俘。
素(su)(su)勒(le)坦(tan)沙(sha)(sha)將(jiang)波羅(luo)尼都(dou)、霍集占兄(xiong)(xiong)弟(di)囚禁于(yu)柴扎布，分別拘于(yu)二室，并(bing)派(pai)(pai)人通告(gao)富德。富德責令(ling)素(su)(su)勒(le)坦(tan)沙(sha)(sha)獻(xian)(xian)(xian)俘。巴達克山(shan)的(de)阿(a)(a)訇(hong)以大(da)小和(he)卓(zhuo)為伊斯(si)蘭教先知(zhi)后裔，若(ruo)縛獻(xian)(xian)(xian)清軍(jun)，恐鄰(lin)國(guo)不(bu)服，請求清軍(jun)寬免(mian)。然而素(su)(su)勒(le)坦(tan)沙(sha)(sha)既(ji)想得(de)到清軍(jun)庇(bi)護，以入(ru)侵博(bo)洛爾(er)(er)、奇特拉(la)爾(er)(er)等鄰(lin)近(jin)部(bu)落，又(you)擔心殺(sha)死和(he)卓(zhuo)導致(zhi)眾(zhong)阿(a)(a)訇(hong)和(he)鄰(lin)國(guo)的(de)敵(di)視(shi)，因(yin)此猶豫不(bu)決。薩穆(mu)坦(tan)離(li)開后二日，素(su)(su)勒(le)坦(tan)沙(sha)(sha)又(you)遣(qian)人告(gao)知(zhi)霍集占重傷已死。富德令(ling)素(su)(su)勒(le)坦(tan)沙(sha)(sha)“務將(jiang)波羅(luo)尼都(dou)俘獻(xian)(xian)(xian)；霍集占雖死，亦必獻(xian)(xian)(xian)尸(shi)”。乾隆(long)皇帝諭示富德，必須得(de)到和(he)卓(zhuo)兄(xiong)(xiong)弟(di)二人，“倘二賊被(bei)獲情事不(bu)實，……即將(jiang)拔達克山(shan)部(bu)落一并(bing)辦理，亦無不(bu)可”。八(ba)月二十(shi)五日，富德召(zhao)見巴達克山(shan)使者鄂(e)穆(mu)爾(er)(er)拜。鄂(e)穆(mu)爾(er)(er)拜聲(sheng)稱素(su)(su)勒(le)坦(tan)沙(sha)(sha)本欲將(jiang)和(he)卓(zhuo)兄(xiong)(xiong)弟(di)呈獻(xian)(xian)(xian)，但(dan)受到當地(di)阿(a)(a)訇(hong)阻撓(nao)。且(qie)聞阿(a)(a)訇(hong)打算將(jiang)和(he)卓(zhuo)所住(zhu)房(fang)屋焚毀后前往麥加(jia)，向回教各(ge)國(guo)控(kong)訴素(su)(su)勒(le)坦(tan)沙(sha)(sha)之罪，素(su)(su)勒(le)坦(tan)沙(sha)(sha)被(bei)迫(po)中止(zhi)。次日，富德派(pai)(pai)薩穆(mu)坦(tan)隨同(tong)鄂(e)穆(mu)爾(er)(er)拜返回，限素(su)(su)勒(le)坦(tan)沙(sha)(sha)于(yu)二十(shi)五天內交出大(da)小和(he)卓(zhuo)；同(tong)時令(ling)侍(shi)衛額爾(er)(er)登額、伍岱領兵跟隨；又(you)派(pai)(pai)伊柱、巴圖(tu)濟爾(er)(er)噶爾(er)(er)、霍集斯(si)進兵至瓦罕（在(zai)今阿(a)(a)富汗巴達赫尚省東(dong)部(bu)），施(shi)以兵威(wei)。九月三日，富德派(pai)(pai)人前往招撫巴達克山(shan)南邊的(de)博(bo)洛爾(er)(er)部(bu)落（在(zai)今克什米(mi)爾(er)(er)巴基斯(si)坦(tan)控(kong)制區(qu)北部(bu)）。博(bo)洛爾(er)(er)因(yin)與巴達克山(shan)不(bu)睦，其首領沙(sha)(sha)和(he)碩默特隨即稱臣歸附(fu)。
九(jiu)月(yue)九(jiu)日，素勒(le)坦(tan)(tan)沙(sha)與額(e)爾(er)(er)(er)登(deng)額(e)會(hui)面，稱(cheng)(cheng)(cheng)(cheng)鄰近的琿都斯(si)部(bu)落（今阿富汗昆都士）欲來索取大小(xiao)(xiao)(xiao)和(he)卓(zhuo)(zhuo)，且得(de)知霍(huo)集(ji)占(zhan)曾暗通巴(ba)達克(ke)山的敵國塔爾(er)(er)(er)巴(ba)斯(si)，現將(jiang)大小(xiao)(xiao)(xiao)和(he)卓(zhuo)(zhuo)先行殺死，以絕(jue)后(hou)患。額(e)爾(er)(er)(er)登(deng)額(e)斥(chi)責(ze)素勒(le)坦(tan)(tan)沙(sha)擅(shan)殺和(he)卓(zhuo)(zhuo)兄弟，令(ling)其(qi)(qi)將(jiang)首(shou)(shou)(shou)級(ji)獻出(chu)。素勒(le)坦(tan)(tan)沙(sha)仍以教義經(jing)(jing)典(dian)為(wei)由，稱(cheng)(cheng)(cheng)(cheng)“但(dan)(dan)自行獻出(chu)，恐眾人(ren)(ren)(ren)不(bu)服”，請求(qiu)派(pai)人(ren)(ren)(ren)查驗(yan)(yan)尸(shi)(shi)首(shou)(shou)(shou)。額(e)爾(er)(er)(er)登(deng)額(e)派(pai)熟識大小(xiao)(xiao)(xiao)和(he)卓(zhuo)(zhuo)的納(na)達齊前往驗(yan)(yan)看。納(na)達齊確(que)認“霍(huo)集(ji)占(zhan)之(zhi)尸(shi)(shi)屬(shu)實”，然而“其(qi)(qi)瘞埋波羅尼都之(zhi)地與霍(huo)集(ji)占(zhan)中隔(ge)一(yi)(yi)墻，但(dan)(dan)有(you)(you)血跡，并(bing)無(wu)尸(shi)(shi)骸。”額(e)爾(er)(er)(er)登(deng)額(e)又令(ling)素勒(le)坦(tan)(tan)和(he)卓(zhuo)(zhuo)密雜帕(pa)爾(er)(er)(er)詳(xiang)驗(yan)(yan)，亦(yi)稱(cheng)(cheng)(cheng)(cheng)確(que)實。因詢(xun)問(wen)波羅尼都尸(shi)(shi)首(shou)(shou)(shou)所在。素勒(le)坦(tan)(tan)沙(sha)又稱(cheng)(cheng)(cheng)(cheng)，波羅尼都生前曾囑咐(fu)其(qi)(qi)仆(pu)(pu)從，死后(hou)不(bu)可(ke)與霍(huo)集(ji)占(zhan)同葬(zang)一(yi)(yi)處；其(qi)(qi)奴(nu)仆(pu)(pu)有(you)(you)十余人(ren)(ren)(ren)逃(tao)出(chu)，其(qi)(qi)中可(ke)能有(you)(you)人(ren)(ren)(ren)將(jiang)尸(shi)(shi)首(shou)(shou)(shou)盜(dao)(dao)去(qu)。九(jiu)月(yue)十三日，素勒(le)坦(tan)(tan)沙(sha)遣親信去(qu)囚禁之(zhi)處，審訊看守人(ren)(ren)(ren)們多(duo)索丕(pi)(pi)(pi)等(deng)。十九(jiu)日，素勒(le)坦(tan)(tan)沙(sha)來告額(e)爾(er)(er)(er)登(deng)額(e)，稱(cheng)(cheng)(cheng)(cheng)實不(bu)知何人(ren)(ren)(ren)將(jiang)尸(shi)(shi)首(shou)(shou)(shou)盜(dao)(dao)去(qu)，并(bing)舉伊斯(si)蘭教經(jing)(jing)文發誓不(bu)曾欺騙(pian)清(qing)(qing)軍。額(e)爾(er)(er)(er)登(deng)額(e)派(pai)人(ren)(ren)(ren)密訪，也報(bao)稱(cheng)(cheng)(cheng)(cheng)和(he)卓(zhuo)(zhuo)被殺是實。二十一(yi)(yi)日，額(e)爾(er)(er)(er)登(deng)額(e)傳訊們多(duo)索丕(pi)(pi)(pi)及撫養、跟隨大小(xiao)(xiao)(xiao)和(he)卓(zhuo)(zhuo)的呢(ni)雅斯(si)索丕(pi)(pi)(pi)、維吾爾(er)(er)(er)婦女濟爾(er)(er)(er)噶(ga)勒(le)等(deng)人(ren)(ren)(ren)，確(que)認波羅尼都、霍(huo)集(ji)占(zhan)被殺之(zhi)事經(jing)(jing)過。幾年后(hou)，清(qing)(qing)廷查出(chu)波羅尼都尸(shi)(shi)首(shou)(shou)(shou)系由其(qi)(qi)仆(pu)(pu)人(ren)(ren)(ren)盜(dao)(dao)出(chu)，在牌租阿巴(ba)特就(jiu)地埋葬(zang)。
九月三十日，巴達克(ke)(ke)山使(shi)(shi)者、證(zheng)人隨額爾(er)登額回(hui)到(dao)富德(de)(de)兵營，進獻霍集(ji)占首級，經(jing)霍集(ji)斯、毛拉郭波和卓及(ji)(ji)布魯(lu)特伯克(ke)(ke)辨識后確認無疑。富德(de)(de)責問巴達克(ke)(ke)山來使(shi)(shi)端伯克(ke)(ke)，為何先前報(bao)稱(cheng)(cheng)霍集(ji)占已死(si)，后又云兄(xiong)弟二(er)人同時被(bei)殺。端伯克(ke)(ke)辯稱(cheng)(cheng)：“前此拘禁時，傳聞(wen)霍集(ji)占傷重身死(si)，及(ji)(ji)遣人往(wang)(wang)驗尚存。薩穆坦(tan)行后，琿(hun)都斯即(ji)領眾五千，勒取二(er)人。因(yin)決計殺死(si)，以絕其望(wang)。”富德(de)(de)又令鄂對、布魯(lu)特阿奇木之親屬(shu)“密行訪問”，最終確認所(suo)言屬(shu)實。富德(de)(de)隨即(ji)遣額爾(er)登額將霍集(ji)占首級函(han)送京師，帶證(zheng)人、巴達克(ke)(ke)山使(shi)(shi)者、博(bo)洛爾(er)使(shi)(shi)者一同前往(wang)(wang)。
十月初二日，富德率官兵啟程返回葉爾羌，酌留新派兵丁鎮守各處。乾隆二十四年(nian)十(shi)(shi)月二十(shi)(shi)三日庚(geng)子（1759年(nian)12月12日），乾(qian)隆(long)皇帝以(yi)平定(ding)回(hui)部宣諭(yu)中外(wai)。下諭(yu)賞兆惠宗室公品級(ji)鞍轡；富德晉封(feng)侯(hou)爵(jue)，賞戴雙眼翎；明瑞、阿里袞賞戴雙眼翎；額敏(min)和卓晉封(feng)郡王(wang)；賞給玉(yu)素富郡王(wang)品級(ji)；舒(shu)赫德及在事大臣官(guan)員均交吏(li)部從(cong)優議敘。歷次戰斗中有(you)(you)功官(guan)兵(bing)各封(feng)賞有(you)(you)差，陣亡者加以(yi)優恤。西征在外(wai)兵(bing)丁均賞兩(liang)月錢糧，駐葉爾羌(qiang)等城兵(bing)丁賞一月錢糧。同時下令(ling)籌備西征將士返京(jing)凱旋及大閱八(ba)旗官(guan)兵(bing)事宜。十(shi)(shi)一月，乾(qian)隆(long)皇帝下令(ling)于(yu)葉爾羌(qiang)城內(nei)、伊(yi)西洱庫(ku)爾淖爾湖(hu)畔(pan)立(li)碑(bei)，勒石紀錄平定(ding)回(hui)部之功，并撰寫(xie)碑(bei)文。
乾(qian)隆(long)(long)(long)二十(shi)五年(nian)（1760年(nian)）正月(yue)(yue)(yue)末，浩罕、巴(ba)(ba)達克(ke)山(shan)、博洛爾(er)使臣(chen)至京(jing)。正月(yue)(yue)(yue)二十(shi)七日(ri)(ri)（1760年(nian)2月(yue)(yue)(yue)27日(ri)(ri)），乾(qian)隆(long)(long)(long)皇帝(di)升(sheng)御(yu)座于午門，行受俘禮，額爾(er)登額等官兵將(jiang)霍集占首級進獻闕下(xia)。二月(yue)(yue)(yue)二十(shi)七日(ri)(ri)（1760年(nian)4月(yue)(yue)(yue)12日(ri)(ri)），兆惠(hui)、富德、明(ming)瑞、巴(ba)(ba)祿等將(jiang)士抵京(jing)。乾(qian)隆(long)(long)(long)皇帝(di)駐(zhu)蹕良鄉縣（縣治在今(jin)北京(jing)市房(fang)山(shan)區(qu)良鄉鎮）黃新莊(zhuang)，郊勞西(xi)征諸(zhu)將(jiang)士，筑壇告天，并設宴款待將(jiang)軍大臣(chen)與回部王公(gong)、伯克(ke)。三月(yue)(yue)(yue)三日(ri)(ri)（1760年(nian)4月(yue)(yue)(yue)18日(ri)(ri)），乾(qian)隆(long)(long)(long)皇帝(di)在豐(feng)澤園（今(jin)中南海內）宴請兆惠(hui)、富德、明(ming)瑞、巴(ba)(ba)祿與回部王公(gong)伯克(ke)、文武大臣(chen)，賞賜出(chu)征將(jiang)士帑銀、緞匹。
霍(huo)集(ji)占(zhan)妻(qi)妾雖(sui)多，但無子嗣。逃入(ru)巴達克山(shan)的霍(huo)集(ji)占(zhan)親信阿卜都海里、鄂斯(si)滿二(er)人，被素勒坦(tan)沙拘禁(jin)。乾(qian)隆(long)皇帝寬(kuan)宥其罪，令素勒坦(tan)沙嚴行約束，逃逸的厄魯特頭目沙喇斯(si)、瑪(ma)呼斯(si)二(er)人不久被其部下所殺。后世有民間傳說(shuo)認(ren)為，霍(huo)集(ji)占(zhan)有一妻(qi)（妾）被俘后成為乾(qian)隆(long)皇帝的嬪妃(fei)，被稱為香妃(fei)。
波(bo)(bo)羅尼(ni)都死后，被仆人(ren)秘密(mi)葬(zang)(zang)于牌租阿巴(ba)特；其妻(qi)妾(qie)、子女也留在巴(ba)達(da)克(ke)山(shan)。乾隆二(er)十(shi)六(liu)年(nian)(nian)（1761年(nian)(nian)），清廷得知波(bo)(bo)羅尼(ni)都妻(qi)、子下落；及波(bo)(bo)羅尼(ni)都埋葬(zang)(zang)地點，遂(sui)遣人(ren)向巴(ba)達(da)克(ke)山(shan)索取(qu)。乾隆二(er)十(shi)七年(nian)(nian)十(shi)二(er)月二(er)十(shi)三日(ri)（1763年(nian)(nian)2月5日(ri)），素勒坦沙派人(ren)同清使薩里來到埋葬(zang)(zang)處將波(bo)(bo)羅尼(ni)都尸骸(hai)取(qu)出；并(bing)將波(bo)(bo)羅尼(ni)都之妻(qi)妾(qie)、子嗣六(liu)人(ren)交予清使，其分(fen)別是：
珠(zhu)賚(lai)哈（維吾爾人），有子阿斯瑪(ma)。
巴(ba)特瑪（厄魯特蒙古人），有子阿卜都哈里克(ke)。
額爾(er)克(ke)揚（柯爾(er)克(ke)孜人），有子巴(ba)哈敦。
照(zhao)管波羅(luo)(luo)(luo)尼(ni)都(dou)(dou)(dou)(dou)妻(qi)、子(zi)的毛拉巴(ba)(ba)喇特(te)、密諾(nuo)羅(luo)(luo)(luo)斯(si)(si)等九人也愿同薩里(li)(li)返回(hui)內(nei)地。乾隆二十八年(nian)（1763年(nian)）正(zheng)月，波羅(luo)(luo)(luo)尼(ni)都(dou)(dou)(dou)(dou)家眷被(bei)帶到(dao)葉爾(er)羌。葉爾(er)羌辦事都(dou)(dou)(dou)(dou)統新(xin)柱(zhu)詰問(wen)巴(ba)(ba)達(da)克(ke)山(shan)使(shi)臣密爾(er)咱阿(a)達(da)里(li)(li)卜，素勒坦沙(sha)先前(qian)聲稱波羅(luo)(luo)(luo)尼(ni)都(dou)(dou)(dou)(dou)之(zhi)(zhi)尸(shi)被(bei)其仆從(cong)伊里(li)(li)雅(ya)斯(si)(si)盜往(wang)琿(hun)都(dou)(dou)(dou)(dou)斯(si)(si)塔爾(er)罕部落，今為何又從(cong)維薩巴(ba)(ba)特(te)掘出？密爾(er)咱阿(a)達(da)里(li)(li)卜稱：先前(qian)并不知(zhi)尸(shi)首被(bei)盜原委。后來波羅(luo)(luo)(luo)尼(ni)都(dou)(dou)(dou)(dou)之(zhi)(zhi)幼女亡故，仆人夜間(jian)前(qian)往(wang)其父墓(mu)地埋葬時(shi)，曾追隨(sui)波羅(luo)(luo)(luo)尼(ni)都(dou)(dou)(dou)(dou)之(zhi)(zhi)舊人都(dou)(dou)(dou)(dou)前(qian)往(wang)祭(ji)奠(dian)，被(bei)巴(ba)(ba)達(da)克(ke)山(shan)人目擊。二月，新(xin)柱(zhu)將波羅(luo)(luo)(luo)尼(ni)都(dou)(dou)(dou)(dou)尸(shi)骸匣封，與(yu)其妻(qi)、子(zi)、部屬(shu)一同送往(wang)北京。阿(a)卜都(dou)(dou)(dou)(dou)哈里(li)(li)克(ke)后來被(bei)編入正(zheng)白旗蒙(meng)古(gu)，子(zi)孫(sun)世(shi)居內(nei)地。乾隆皇帝(di)還令人保護(hu)大(da)小和卓祖先阿(a)帕(pa)克(ke)和卓之(zhi)(zhi)墓(mu)，“毋(wu)得樵(qiao)采(cai)污(wu)穢，以昭國家矜恤之(zhi)(zhi)仁。”
波羅(luo)尼都另有一子薩(sa)(sa)(sa)木(mu)薩(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)，為其妾(qie)愛(ai)(ai)什阿哈(ha)察(cha)所(suo)生(sheng)。后(hou)來(lai)波羅(luo)尼都與(yu)愛(ai)(ai)什阿哈(ha)察(cha)離異，薩(sa)(sa)(sa)木(mu)薩(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)遂由乳(ru)母撫(fu)養。乾隆皇(huang)帝令將薩(sa)(sa)(sa)木(mu)薩(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)“送來(lai)京師，加恩養育”。后(hou)來(lai)舒(shu)赫德(de)發現(xian)所(suo)獲之薩(sa)(sa)(sa)木(mu)薩(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)并(bing)非波羅(luo)尼都之子，而是同名之人。后(hou)據素勒(le)坦沙奏報，薩(sa)(sa)(sa)木(mu)薩(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)逃到(dao)了愛(ai)(ai)烏(wu)罕(han)東北(bei)之琿都斯(si)（今(jin)(jin)阿富汗(han)昆都士(shi)）。二十(shi)多年后(hou)，清廷(ting)又得知薩(sa)(sa)(sa)木(mu)薩(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)居(ju)住在(zai)布哈(ha)爾之撒(sa)馬爾罕(han)，過著貧苦生(sheng)活。喀什噶爾伯(bo)克(ke)(ke)鄂斯(si)滿寫信招(zhao)薩(sa)(sa)(sa)木(mu)薩(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)回國(guo)，但未成功。薩(sa)(sa)(sa)木(mu)薩(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)又前往忽(hu)氈(zhan)（今(jin)(jin)塔吉克(ke)(ke)斯(si)坦苦盞）等地居(ju)住，并(bing)受到(dao)浩罕(han)伯(bo)克(ke)(ke)那(nei)爾巴圖的(de)管制，最(zui)后(hou)在(zai)布哈(ha)爾（今(jin)(jin)烏(wu)茲(zi)別克(ke)(ke)斯(si)坦布哈(ha)拉）死(si)去。
薩(sa)木薩(sa)克(ke)有三子：和卓玉素(su)普(pu)、張(zhang)(zhang)格(ge)爾(er)(er)、巴布(bu)頂。巴布(bu)頂早亡，玉素(su)普(pu)、張(zhang)(zhang)格(ge)爾(er)(er)后(hou)來都成為浩(hao)(hao)(hao)(hao)罕(han)入(ru)(ru)侵新(xin)疆(jiang)(jiang)的(de)工具。由于與新(xin)疆(jiang)(jiang)的(de)貿易是(shi)浩(hao)(hao)(hao)(hao)罕(han)的(de)經(jing)濟命脈，浩(hao)(hao)(hao)(hao)罕(han)伯克(ke)表(biao)面上對(dui)清朝皇帝表(biao)示恭(gong)順(shun)，暗(an)中(zhong)利(li)用和卓后(hou)裔(yi)(yi)向清廷(ting)和新(xin)疆(jiang)(jiang)官員施壓，謀取在新(xin)疆(jiang)(jiang)南部的(de)特權，必要時(shi)直接派兵幫(bang)助(zhu)和卓后(hou)裔(yi)(yi)作(zuo)亂。和卓后(hou)裔(yi)(yi)也依附浩(hao)(hao)(hao)(hao)罕(han)壯大自己的(de)聲勢，張(zhang)(zhang)格(ge)爾(er)(er)就許諾將喀什噶(ga)(ga)爾(er)(er)城贈予浩(hao)(hao)(hao)(hao)罕(han)。到(dao)了(le)浩(hao)(hao)(hao)(hao)罕(han)伯克(ke)愛(ai)瑪爾(er)(er)在位時(shi)，“藉張(zhang)(zhang)格(ge)爾(er)(er)為奇貨，暗(an)令其(qi)滋擾邊(bian)界，復(fu)匿之境內，故使內地聞(wen)之，其(qi)情(qing)實為狡譎(jue)”。嘉慶末、道(dao)光(guang)初，張(zhang)(zhang)格(ge)爾(er)(er)四次潛入(ru)(ru)新(xin)疆(jiang)(jiang)西部，倚仗浩(hao)(hao)(hao)(hao)罕(han)、布(bu)魯特軍(jun)隊(dui)在喀什噶(ga)(ga)爾(er)(er)一帶作(zuo)亂。道(dao)光(guang)八年(nian)（1828年(nian)），張(zhang)(zhang)格(ge)爾(er)(er)被擒(qin)，押解至北京處死。道(dao)光(guang)十年(nian)（1830年(nian)），玉素(su)普(pu)入(ru)(ru)卡作(zuo)亂失敗(bai)。張(zhang)(zhang)格(ge)爾(er)(er)之子布(bu)素(su)魯克(ke)仍留在浩(hao)(hao)(hao)(hao)罕(han)。
張格(ge)爾(er)死后(hou)，浩(hao)罕(han)繼續利用白(bai)山派(pai)和(he)卓后(hou)裔入侵(qin)新疆(jiang)(jiang)，掠(lve)奪(duo)喀什(shen)噶爾(er)、葉爾(er)羌等地的財富。如道光(guang)年間(jian)的七和(he)卓之亂(luan)、咸豐(feng)年間(jian)的倭里(li)罕(han)之亂(luan)。浩(hao)罕(han)被(bei)俄國(guo)(guo)滅亡(wang)前夕(xi)，浩(hao)罕(han)權臣阿(a)古柏攜布素魯克(ke)入侵(qin)新疆(jiang)(jiang)，建(jian)立(li)“哲(zhe)德沙(sha)爾(er)國(guo)(guo)”和(he)“洪福汗國(guo)(guo)”。光(guang)緒初，左宗棠領(ling)兵驅逐阿(a)古柏，收(shou)復新疆(jiang)(jiang)。布素魯克(ke)下(xia)落不明，倭里(li)罕(han)被(bei)阿(a)古柏毒殺。和(he)卓家族的子孫(sun)至此退出歷史舞(wu)臺。
大小和卓西逃后，乾隆皇帝下令改革維吾爾人原有的伯克制，禁止伯克世襲，確(que)定大(da)(da)小(xiao)伯克的(de)品級、員(yuan)額、俸祿，并(bing)實行回避。通過有限度(du)的(de)“改土歸流(liu)”，伯克階層由世(shi)襲貴(gui)族(zu)轉變為清朝(chao)的(de)地(di)方官吏(li)。在軍(jun)事方面，回部各(ge)城設駐札大(da)(da)臣(chen)，領八旗(qi)、綠(lv)營(ying)兵鎮守(shou)，各(ge)城大(da)(da)臣(chen)以(yi)(yi)喀什噶爾參贊大(da)(da)臣(chen)為首(shou)。乾隆二十七年（1762年），置伊犁將軍(jun)統轄新疆各(ge)地(di)，以(yi)(yi)領兵追擊大(da)(da)小(xiao)和卓的(de)領侍(shi)衛內大(da)(da)臣(chen)明瑞補(bu)授。“軍(jun)府制”逐(zhu)漸(jian)確(que)立。
早在霍集占起兵(bing)(bing)之(zhi)時(shi)，乾隆皇帝已命兆惠清查回部各(ge)城戶口，調查準(zhun)噶(ga)爾(er)統治(zhi)(zhi)時(shi)期的(de)(de)歷年貢賦。兆惠領兵(bing)(bing)南下后(hou)，舒赫德(de)負責辦(ban)理此事，將人口、土地、賦稅情況陸續造冊呈(cheng)報(bao)。西域底(di)定(ding)后(hou)，清廷減(jian)輕了準(zhun)噶(ga)爾(er)、大(da)小和(he)卓統治(zhi)(zhi)時(shi)期的(de)(de)沉(chen)重賦稅，廢(fei)止了名目繁多(duo)的(de)(de)勒索攤(tan)派。同時(shi)廣辟(pi)屯田(tian)、治(zhi)(zhi)水灌溉，頒行(xing)制(zhi)錢，使新疆經濟得到恢復和(he)發展(zhan)。
中(zhong)國(guo)與西(xi)亞(ya)、南亞(ya)的(de)(de)陸路(lu)貿(mao)易(yi)也因(yin)回部平定而重新打(da)通。中(zhong)國(guo)出產的(de)(de)茶葉、絲(si)綢、羊毛在葉爾(er)羌、喀什(shen)噶爾(er)經(jing)(jing)浩罕進入波(bo)斯和俄國(guo)；經(jing)(jing)拉達克(ke)進入英(ying)屬印度(du)并販往歐洲。俄國(guo)的(de)(de)皮革、火器(qi)，英(ying)國(guo)的(de)(de)鴉(ya)片則經(jing)(jing)葉爾(er)羌流(liu)入中(zhong)國(guo)。回部的(de)(de)平定還使(shi)自明(ming)代中(zhong)期中(zhong)斷的(de)(de)和闐(tian)(tian)玉石供應得以(yi)恢復。此后，和闐(tian)(tian)玉成為清皇室壟斷的(de)(de)珍寶，其(qi)采集和運輸受到嚴格的(de)(de)監管。
平定大小和(he)卓是清(qing)朝統(tong)一中(zhong)國(guo)戰爭的(de)(de)最后一役，使(shi)天山南路復(fu)入(ru)中(zhong)國(guo)版圖。西域(yu)底定后，清(qing)代中(zhong)國(guo)疆(jiang)(jiang)(jiang)域(yu)的(de)(de)正西端延至(zhi)帕米(mi)爾(er)(er)以(yi)西的(de)(de)噴赤河流(liu)域(yu)，版圖臻于(yu)極盛。鄰近新疆(jiang)(jiang)(jiang)的(de)(de)浩罕、布(bu)哈爾(er)(er)、安集延、巴達克(ke)山、愛(ai)烏罕（阿富汗）、博洛爾(er)(er)、乾竺特（坎巨提(ti)）等部落(luo)遣(qian)使(shi)入(ru)貢，臣屬于(yu)中(zhong)國(guo)。自康熙時(shi)準噶爾(er)(er)東侵以(yi)來(lai)，持續七十余年(nian)的(de)(de)西北(bei)邊患暫告終結。此后至(zhi)道(dao)(dao)光初的(de)(de)六十年(nian)間，新疆(jiang)(jiang)(jiang)、蒙古沒有發生大的(de)(de)變(bian)亂。道(dao)(dao)光以(yi)降，俄羅斯、英國(guo)的(de)(de)殖民者深入(ru)費爾(er)(er)干納(na)盆地和(he)克(ke)什米(mi)爾(er)(er)，逼(bi)近中(zhong)國(guo)西境(jing)，新疆(jiang)(jiang)(jiang)又進入(ru)動(dong)蕩時(shi)期。
