大小和卓的祖先是中亞納格什班迪教派的領袖瑪赫杜米·阿札木。瑪赫杜米·阿札木(mu)據稱是先(xian)知穆罕(han)默德(de)女兒的(de)后裔，其子(zi)孫號(hao)稱“和(he)卓”，主(zhu)要分為黑(hei)山(shan)(shan)(shan)派(pai)和(he)白(bai)山(shan)(shan)(shan)派(pai)兩個敵對的(de)支(zhi)系(xi)。明代(dai)中(zhong)期，黑(hei)山(shan)(shan)(shan)派(pai)和(he)卓得到(dao)葉(xie)(xie)爾(er)羌(qiang)汗(han)(han)(han)國(guo)王(wang)室的(de)支(zhi)持(chi)，成為西域天山(shan)(shan)(shan)南(nan)路的(de)穆斯林宗教(jiao)領(ling)袖(xiu)。明末清初，白(bai)山(shan)(shan)(shan)派(pai)領(ling)袖(xiu)瑪木(mu)特(te)·玉(yu)素布從中(zhong)亞(ya)來(lai)(lai)到(dao)喀什噶(ga)爾(er)（今(jin)喀什市(shi)）傳教(jiao)，后來(lai)(lai)被葉(xie)(xie)爾(er)羌(qiang)汗(han)(han)(han)和(he)黑(hei)山(shan)(shan)(shan)派(pai)驅逐。瑪木(mu)特(te)·玉(yu)素布之子(zi)伊(yi)達雅(ya)圖(tu)勒拉逃往甘肅河州（今(jin)臨夏市(shi)），輾轉(zhuan)來(lai)(lai)到(dao)西藏(zang)，尋求達賴喇(la)嘛(ma)和(he)蒙古準噶(ga)爾(er)部(bu)的(de)支(zhi)持(chi)。清康熙十九年(nian)(nian)（1680年(nian)(nian)），在伊(yi)達雅(ya)圖(tu)勒拉的(de)幫助下，準噶(ga)爾(er)汗(han)(han)(han)噶(ga)爾(er)丹(dan)進兵葉(xie)(xie)爾(er)羌(qiang)，廢(fei)黜了(le)葉(xie)(xie)爾(er)羌(qiang)汗(han)(han)(han)伊(yi)思瑪業(ye)勒，扶植伊(yi)思瑪業(ye)勒之侄阿卜都(dou)里(li)什特(te)即位(wei)。伊(yi)達雅(ya)圖(tu)勒拉驅逐了(le)葉(xie)(xie)爾(er)羌(qiang)的(de)黑(hei)山(shan)(shan)(shan)派(pai)首領(ling)，號(hao)稱“阿帕克和(he)卓”，但又與葉(xie)(xie)爾(er)羌(qiang)汗(han)(han)(han)發生(sheng)沖(chong)突。
約在1692年，阿帕克(ke)和(he)卓(zhuo)戰勝(sheng)了(le)葉爾(er)(er)(er)羌汗(han)馬哈麻特·額敏，控(kong)制了(le)喀(ka)什(shen)噶爾(er)(er)(er)、葉爾(er)(er)(er)羌等地(di)(di)。兩年后(hou)阿帕克(ke)和(he)卓(zhuo)去世，喀(ka)什(shen)噶爾(er)(er)(er)一帶陷入葉爾(er)(er)(er)羌汗(han)、白山(shan)(shan)派、吉利吉思（布(bu)(bu)魯(lu)特）和(he)各地(di)(di)伯克(ke)的混戰之中。策妄阿拉布(bu)(bu)坦(tan)繼任準噶爾(er)(er)(er)汗(han)后(hou)，將天山(shan)(shan)南(nan)路置于(yu)其直接統治之下(xia)，黑山(shan)(shan)、白山(shan)(shan)兩派的和(he)卓(zhuo)后(hou)裔都被(bei)(bei)遷至(zhi)伊犁（今伊犁州(zhou)霍城縣）一帶囚(qiu)(qiu)禁。到(dao)了(le)噶爾(er)(er)(er)丹策零在位時，又(you)任用黑山(shan)(shan)派和(he)卓(zhuo)達涅爾(er)(er)(er)管理葉爾(er)(er)(er)羌、喀(ka)什(shen)噶爾(er)(er)(er)等地(di)(di)事務。此時，阿帕克(ke)和(he)卓(zhuo)之孫瑪罕木特已在囚(qiu)(qiu)禁中死去，其二子波羅尼都、霍集占，即(ji)大小和(he)卓(zhuo)，被(bei)(bei)囚(qiu)(qiu)禁于(yu)伊犁東北的額林哈畢爾(er)(er)(er)噶（今依連哈比爾(er)(er)(er)尕(ga)山(shan)(shan)），由當地(di)(di)準噶爾(er)(er)(er)宰桑阿巴噶斯、哈丹兄弟看管。
乾隆二十年（1755年）初，清軍西征準噶爾，定(ding)北將軍(jun)(jun)班第、定(ding)邊左副將軍(jun)(jun)阿睦爾(er)撒納出(chu)北路(lu)，參(can)贊大臣(chen)鄂容安、定(ding)邊右副將軍(jun)(jun)薩(sa)喇勒出(chu)西路(lu)，兩軍(jun)(jun)約于(yu)博羅(luo)(luo)塔(ta)拉(la)(la)（博爾(er)塔(ta)拉(la)(la)）會師。在進軍(jun)(jun)途(tu)中，阿巴噶(ga)斯、哈(ha)(ha)丹等(deng)人(ren)率眾投(tou)(tou)降。四月(yue)初(chu)八，波(bo)羅(luo)(luo)尼都來到西路(lu)軍(jun)(jun)薩(sa)喇勒處投(tou)(tou)誠，稱(cheng)(cheng)：“策妄阿喇布(bu)坦時將我(wo)父縛來為質，至(zhi)今并不(bu)將我(wo)等(deng)放回(hui)。我(wo)等(deng)情愿帶領屬下三十余(yu)戶投(tou)(tou)降大皇帝為臣(chen)仆”。不(bu)久，霍集占(zhan)亦隨哈(ha)(ha)丹來降，并稱(cheng)(cheng)“若荷恩得回(hui)故土，情愿招服喀什噶(ga)爾(er)、葉爾(er)羌各處人(ren)眾，同來歸(gui)順”。五月(yue)，清(qing)兵進駐伊(yi)(yi)犁。班第擬(ni)送波(bo)羅(luo)(luo)尼都赴京朝(chao)覲，留(liu)霍集占(zhan)在伊(yi)(yi)犁“照管游牧(mu)”，即管理被準(zhun)噶(ga)爾(er)遷(qian)至(zhi)伊(yi)(yi)犁的回(hui)人(ren)（清(qing)代稱(cheng)(cheng)維吾爾(er)人(ren)為“回(hui)人(ren)”）。
六月，烏什(shen)伯(bo)克(ke)霍(huo)(huo)集(ji)(ji)(ji)斯(si)誘擒準噶爾(er)汗達(da)瓦齊，將達(da)瓦齊縛(fu)獻清軍，準噶爾(er)汗國滅亡。此(ci)時，喀什(shen)噶爾(er)的(de)黑山(shan)派(pai)和(he)卓玉(yu)素普（達(da)涅爾(er)之(zhi)子）正計劃向北進(jin)軍。阿(a)克(ke)蘇的(de)阿(a)奇木伯(bo)克(ke)阿(a)卜都瓜(gua)卜（霍(huo)(huo)集(ji)(ji)(ji)斯(si)之(zhi)兄）向班(ban)第(di)提(ti)議：由清軍派(pai)使者(zhe)護送大小和(he)卓之(zhi)一前去(qu)喀什(shen)噶爾(er)，“然(ran)后宣告他已被(bei)中國皇帝指定為(wei)該地(di)區的(de)統治者(zhe)”。班(ban)第(di)派(pai)遣侍衛托倫泰與(yu)霍(huo)(huo)集(ji)(ji)(ji)斯(si)護送波(bo)羅尼都南(nan)下(xia)招服喀什(shen)噶爾(er)、葉爾(er)羌，霍(huo)(huo)集(ji)(ji)(ji)占則仍(reng)留伊犁(li)。托倫泰與(yu)波(bo)羅尼都在霍(huo)(huo)集(ji)(ji)(ji)斯(si)家族的(de)支持(chi)下(xia)，在烏什(shen)集(ji)(ji)(ji)結(jie)軍隊，擊敗了北上的(de)黑山(shan)派(pai)，并乘(cheng)勝南(nan)進(jin)。喀什(shen)噶爾(er)的(de)阿(a)奇木伯(bo)克(ke)和(he)什(shen)克(ke)開城投降。葉爾(er)羌的(de)黑山(shan)派(pai)首領和(he)卓加罕（即雅庫布，玉(yu)素普長兄）力(li)戰不敵，最后兵敗被(bei)殺。
清軍(jun)占領伊(yi)(yi)(yi)(yi)(yi)犁(li)(li)(li)(li)后(hou)，朝(chao)廷以平定準噶(ga)(ga)爾(er)(er)(er)(er)大(da)功(gong)告成，將(jiang)(jiang)西(xi)征大(da)軍(jun)撤回(hui)內地，僅留少量兵力駐守伊(yi)(yi)(yi)(yi)(yi)犁(li)(li)(li)(li)、烏(wu)魯木齊等(deng)處。乾隆(long)(long)皇帝認為(wei)阿(a)(a)睦(mu)爾(er)(er)(er)(er)撒(sa)(sa)納(na)雖有(you)覬覦準噶(ga)(ga)爾(er)(er)(er)(er)汗位之志(zhi)，但(dan)“料(liao)伊(yi)(yi)(yi)(yi)(yi)亦不敢(gan)遽(ju)爾(er)(er)(er)(er)妄行”，并指示(shi)諸大(da)臣(chen)：阿(a)(a)睦(mu)爾(er)(er)(er)(er)撒(sa)(sa)納(na)“不過希圖肥己(ji)，不必過于苛求”。乾隆(long)(long)二(er)(er)十(shi)年（1755年）八(ba)月，阿(a)(a)睦(mu)爾(er)(er)(er)(er)撒(sa)(sa)納(na)在(zai)赴(fu)熱(re)河(he)途中叛逃，潛往塔爾(er)(er)(er)(er)巴(ba)哈(ha)臺。伊(yi)(yi)(yi)(yi)(yi)犁(li)(li)(li)(li)的(de)宰(zai)桑、喇嘛起兵響應，攻占了伊(yi)(yi)(yi)(yi)(yi)犁(li)(li)(li)(li)城。霍集占在(zai)戰亂中率(lv)所屬(shu)維吾爾(er)(er)(er)(er)人逃離伊(yi)(yi)(yi)(yi)(yi)犁(li)(li)(li)(li)。同被準噶(ga)(ga)爾(er)(er)(er)(er)囚禁在(zai)伊(yi)(yi)(yi)(yi)(yi)犁(li)(li)(li)(li)的(de)白山派(pai)額爾(er)(er)(er)(er)克和卓(zhuo)額色尹（霍集占族(zu)叔(shu)）、鄂托蘭珠和卓(zhuo)瑪木特等(deng)人不愿(yuan)依附霍集占，逃往布魯特部(bu)落(luo)及浩(hao)罕(han)等(deng)地。是年末，阿(a)(a)睦(mu)爾(er)(er)(er)(er)撒(sa)(sa)納(na)遣使(shi)至波羅(luo)(luo)尼都處，告知(zhi)攻陷伊(yi)(yi)(yi)(yi)(yi)犁(li)(li)(li)(li)情形。波羅(luo)(luo)尼都等(deng)將(jiang)(jiang)托倫泰、特古斯（薩(sa)喇勒之兄）等(deng)人及蒙古官兵扣留。乾隆(long)(long)二(er)(er)十(shi)一年（1756年）二(er)(er)月，定西(xi)將(jiang)(jiang)軍(jun)策楞(leng)率(lv)西(xi)路清軍(jun)收復伊(yi)(yi)(yi)(yi)(yi)犁(li)(li)(li)(li)，阿(a)(a)睦(mu)爾(er)(er)(er)(er)撒(sa)(sa)納(na)逃往哈(ha)薩(sa)克，形勢(shi)再度逆轉(zhuan)。五月，霍集占與(yu)波羅(luo)(luo)尼都會合。霍集占殺(sha)死(si)阿(a)(a)睦(mu)爾(er)(er)(er)(er)撒(sa)(sa)納(na)派(pai)來的(de)使(shi)者(zhe)，將(jiang)(jiang)托倫泰送回(hui)；又以投誠為(wei)名，派(pai)人到(dao)清軍(jun)大(da)營探(tan)聽消息。
霍(huo)(huo)集占(zhan)(zhan)欲反(fan)清自立(li)，與手下(xia)各頭(tou)目商議：“甫免為(wei)(wei)厄(e)(e)魯特（準(zhun)(zhun)噶爾(er)）役使(shi)，今若投誠，又當納貢。不若自長一方(fang)，種地守(shou)城(cheng)，足為(wei)(wei)捍御。”波羅尼都(dou)不愿與清軍為(wei)(wei)敵(di)，說：“從前受辱于厄(e)(e)魯特，非大國(guo)（清）兵力(li)(li)，安能復歸故(gu)土？恩(en)不可負，即兵力(li)(li)亦斷不能抗(kang)。”霍(huo)(huo)集占(zhan)(zhan)派人殺死蒙古察合臺(tai)汗王后裔以及葉爾(er)羌舊首領(ling)伊克和(he)卓，又自加汗號，稱“巴圖爾(er)汗”。波羅尼都(dou)勸阻霍(huo)(huo)集占(zhan)(zhan)：“我(wo)兄弟(di)自祖父三世，俱(ju)被準(zhun)(zhun)噶爾(er)囚禁。荷(he)蒙天恩(en)釋放，仍為(wei)(wei)回部(bu)頭(tou)目，受恩(en)深(shen)重。若爾(er)有(you)負天朝，任爾(er)自為(wei)(wei)，我(wo)必(bi)不能聽(ting)從”。霍(huo)(huo)集占(zhan)(zhan)固執(zhi)己見，兄弟(di)二人出現不和(he)。
霍(huo)集(ji)占(zhan)只信任在(zai)伊犁囚(qiu)禁時追(zhui)隨他的(de)屬下，對回疆各地原有伯(bo)克(ke)(ke)則明(ming)加籠(long)絡，暗奪(duo)其(qi)權(quan)，致使(shi)(shi)“各城(cheng)頭(tou)目(mu)，俱不心(xin)服”。霍(huo)集(ji)占(zhan)因忌憚烏什、阿克(ke)(ke)蘇的(de)霍(huo)集(ji)斯(si)(si)(si)家族勢力，以烏什伯(bo)克(ke)(ke)霍(huo)集(ji)斯(si)(si)(si)為和闐伯(bo)克(ke)(ke)，阿克(ke)(ke)蘇伯(bo)克(ke)(ke)阿卜都(dou)瓜(gua)卜為葉爾(er)(er)羌伯(bo)克(ke)(ke)，使(shi)(shi)霍(huo)集(ji)斯(si)(si)(si)兄弟(di)子侄分居各城(cheng)。霍(huo)集(ji)斯(si)(si)(si)畏(wei)其(qi)聲勢不敢違抗。“喀(ka)什噶爾(er)(er)、葉爾(er)(er)羌的(de)伯(bo)克(ke)(ke)階級(ji)也幾乎沒有支持(chi)和卓木(mu)兄弟(di)的(de)”。喀(ka)什噶爾(er)(er)伯(bo)克(ke)(ke)和什克(ke)(ke)不愿依附霍(huo)集(ji)占(zhan)，不得不逃(tao)亡至布魯特。阿睦爾(er)(er)撒(sa)納叛亂前(qian)后(hou)，庫(ku)車伯(bo)克(ke)(ke)鄂對、拜城(cheng)伯(bo)克(ke)(ke)噶岱默特等人(ren)已避亂投奔清(qing)軍，于(yu)是霍(huo)集(ji)占(zhan)又接收(shou)了庫(ku)車、拜城(cheng)，控制了喀(ka)喇(la)沙爾(er)(er)（今焉耆）以南(nan)、塔里木(mu)盆地西部的(de)大部分地方。
乾隆二十一年（1756年）閏九月，駐扎伊犁的(de)戶部左侍郎(lang)兆(zhao)惠接到托倫泰返(fan)回的(de)報文，認為“回城(cheng)(cheng)地(di)方并(bing)無事(shi)故(gu)”，于(yu)是(shi)遣副(fu)都統阿敏道、宰桑錫克(ke)錫爾(er)格帶索(suo)倫、準噶爾(er)兵三千余人往招(zhao)撫(fu)(fu)回部各城(cheng)(cheng)，“將回人等加(jia)意安撫(fu)(fu)”，并(bing)催(cui)繳各地(di)稅賦。和卓軍隊據守(shou)庫(ku)車城(cheng)(cheng)與阿敏道對峙。阿敏道詢問庫(ku)車伯(bo)克(ke)呼(hu)岱巴爾(er)氐（霍(huo)集斯長子(zi)）為何據城(cheng)(cheng)迎(ying)戰(zhan)，呼(hu)岱巴爾(er)氐詭(gui)稱因畏(wei)懼(ju)清軍中(zhong)的(de)準噶爾(er)兵，不敢歸(gui)降。于(yu)是(shi)阿敏道令準噶爾(er)兵撤回，僅帶索(suo)倫兵一百余人入城(cheng)(cheng)。
十月，先前由策楞遣往葉爾羌(qiang)、喀(ka)什噶爾的官員提(ti)奇(qi)圖等返回(hui)伊(yi)犁軍營，報告霍(huo)集(ji)(ji)占(zhan)扣留清(qing)軍派去的蒙古兵丁及種種謀(mou)反情(qing)形。兆(zhao)惠認(ren)為波羅尼都“似屬(shu)恭順”，霍(huo)集(ji)(ji)占(zhan)“顯(xian)有(you)背(bei)逆情(qing)狀”，擬令霍(huo)集(ji)(ji)占(zhan)親自來(lai)伊(yi)犁謁見。但乾(qian)隆皇帝(di)(di)并未(wei)意識(shi)到局(ju)勢的嚴重。此時(shi)，霍(huo)集(ji)(ji)占(zhan)派出的使者沙泥雅斯抵達京師謝(xie)恩，乾(qian)隆皇帝(di)(di)認(ren)為霍(huo)集(ji)(ji)占(zhan)遣使遠(yuan)來(lai)“意甚誠篤(du)”；且因其(qi)向來(lai)畏懼準噶爾，情(qing)有(you)可原；并傳諭兆(zhao)惠“但令其(qi)每(mei)年貢(gong)賦照交納，毋庸加以兵威”。
此時，征討阿(a)(a)睦爾(er)撒(sa)納的(de)清軍主力陸續撤(che)回(hui)，一(yi)部(bu)份(fen)清軍被調(diao)往蒙古(gu)平定撤(che)驛之(zhi)變，天山北(bei)路守備空(kong)虛。十一(yi)月，乾隆皇帝冊封的(de)輝特汗班珠爾(er)與綽羅斯汗噶勒藏多爾(er)濟相約舉(ju)兵(bing)叛(pan)亂。已升任定邊右副將軍的(de)兆惠率五百余(yu)人由(you)伊犁(li)東(dong)撤(che)，在鄂(e)壘(lei)扎拉圖(tu)（今屬烏(wu)蘇市）、庫圖(tu)齊、烏(wu)魯木齊經數次惡戰后，于(yu)次年(nian)二(er)月退回(hui)巴里坤。阿(a)(a)睦爾(er)撒(sa)納重返西(xi)(xi)域，清軍再(zai)次失去對天山北(bei)路的(de)控(kong)制(zhi)。在此情勢(shi)下，霍集(ji)占認為清廷在西(xi)(xi)域的(de)統治已近乎崩潰(kui)，遂于(yu)乾隆二(er)十二(er)年(nian)（1757年(nian)）三月令人殺死(si)庫車城內的(de)阿(a)(a)敏(min)道(dao)(dao)(dao)，公開舉(ju)兵(bing)反叛(pan)。呼岱巴爾(er)氐得知這(zhe)一(yi)命令后，暗中告知阿(a)(a)敏(min)道(dao)(dao)(dao)。阿(a)(a)敏(min)道(dao)(dao)(dao)率眾逃出城外，被霍集(ji)占軍追及，一(yi)百余(yu)人全(quan)部(bu)戰死(si)。
霍集占的反叛大出乾隆皇帝之預料。乾隆二十二年五月，定邊將軍成袞扎布奏請前往回疆平叛。乾隆皇帝傳諭成袞扎布、兆惠全力擒拿阿睦爾撒納，定于次年春天再進兵回部。六月，阿睦爾撒納與哈薩克汗阿布賚反目，逃入俄羅斯。乾隆二十三年正月二十六日癸丑（1758年3月5日），確認阿睦爾撒納在俄羅斯出痘身死后，乾隆皇帝下諭征討霍集占乾隆皇帝與大臣(chen)認為(wei)波羅尼(ni)都(dou)“頗圖安靜”、并(bing)無謀反之(zhi)心，以(yi)(yi)至期望波羅尼(ni)都(dou)將(jiang)(jiang)霍集(ji)(ji)占擒獲(huo)，并(bing)向清軍投(tou)誠。二月(yue)，朝廷(ting)以(yi)(yi)雅爾哈善(shan)為(wei)靖(jing)逆將(jiang)(jiang)軍，率參贊大臣(chen)哈寧阿(a)、巴里坤領隊大臣(chen)愛隆阿(a)、吐魯(lu)番(fan)貝勒額敏和卓、哈密貝子玉素富、肅州總(zong)兵(bing)閆相(xiang)師、鑲(xiang)黃旗(qi)察哈爾總(zong)管端濟布、庫(ku)車伯克鄂(e)對等(deng)，領兵(bing)八千，由吐魯(lu)番(fan)西進，四月(yue)中旬至喀喇(la)沙爾集(ji)(ji)結。
五月初，清兵包圍庫車。庫車城墻十分堅固，由霍集占的親信阿卜都克勒木駐守。六月，阿卜都克勒木之弟阿卜都哈里克由賽里木率軍來援，在托木羅克被額敏和卓擊退。霍集占親率鳥槍兵數(shu)千由烏什來援，在庫車城(cheng)南(nan)被愛(ai)隆阿、端(duan)濟布等擊敗。霍集(ji)占負傷逃入庫車城(cheng)，堅守不出。提督馬得勝(sheng)派兵挖隧道(dao)攻(gong)城(cheng)，雅爾哈(ha)善求(qiu)勝(sheng)心切(qie)，催(cui)促士兵日(ri)夜挖掘(jue)。守軍(jun)在夜間看到火光，引水灌入隧道(dao)將清兵淹死。乾隆皇帝(di)見雅爾哈(ha)善指揮無方，遂令定邊將軍(jun)兆惠(hui)率兵南(nan)下征討。
霍(huo)集(ji)占入城(cheng)后(hou)，便殺戮鄂(e)對(dui)在(zai)城(cheng)中(zhong)的親屬。鄂(e)對(dui)之妻(qi)依熱木(mu)年(nian)少(shao)，霍(huo)集(ji)占欲納為妾。依熱木(mu)不從，被囚于(yu)高樓，日加(jia)凌辱，其二(er)子(zi)一女被叛(pan)軍從城(cheng)墻上拋下而死。鄂(e)對(dui)向雅爾哈(ha)善提議：分兵埋伏于(yu)庫車城(cheng)西、北的兩處隘口(kou)，城(cheng)中(zhong)糧盡時，霍(huo)集(ji)占必出(chu)城(cheng)逃(tao)走，可(ke)從容將其擒獲。雅爾哈(ha)善認為鄂(e)對(dui)是新(xin)降(jiang)之人，并不聽信(xin)其言(yan)。六(liu)月二(er)十(shi)三日夜，霍(huo)集(ji)占率(lv)騎(qi)兵四百余(yu)人出(chu)西門逃(tao)遁。八月，阿(a)卜(bu)都克勒(le)木(mu)也棄城(cheng)逃(tao)走。城(cheng)中(zhong)頭人阿(a)拉難爾率(lv)老弱(ruo)殘兵出(chu)降(jiang)。鄂(e)對(dui)入城(cheng)后(hou)，手刃霍(huo)集(ji)占黨羽三十(shi)余(yu)人。
乾隆皇帝得知雅爾(er)哈善(shan)疏于防守(shou)(shou)，致霍集(ji)占(zhan)走(zou)脫(tuo)，極(ji)為(wei)(wei)震怒，命將雅爾(er)哈善(shan)逮(dai)京議斬(zhan)；以工部尚(shang)書納(na)穆(mu)札爾(er)代雅爾(er)哈善(shan)為(wei)(wei)靖逆將軍(jun)，戶部侍郎石三泰為(wei)(wei)參贊大臣，受兆惠節制。此時，雅爾(er)哈善(shan)留玉素(su)富(fu)駐守(shou)(shou)庫車，以端濟布為(wei)(wei)前鋒，開赴阿克(ke)蘇。
當(dang)六月清(qing)(qing)軍圍攻庫車之時，賽喇木（今拜(bai)城(cheng)縣賽里木鎮）、沙雅(ya)爾(er)(er)（今沙雅(ya)縣）爆發了反對(dui)霍集(ji)占(zhan)(zhan)的起義，二城(cheng)隨即向清(qing)(qing)軍投降。在霍集(ji)占(zhan)(zhan)從庫車逃往阿克蘇(su)途(tu)中，阿克蘇(su)毛拉阿舒爾(er)(er)率(lv)眾(zhong)殺(sha)死霍集(ji)占(zhan)(zhan)的親信(xin)，推舉頗(po)拉特為總伯克，派人向清(qing)(qing)軍投誠。霍集(ji)占(zhan)(zhan)攻阿克蘇(su)城(cheng)不下(xia)，又奔赴烏什。
八(ba)月二十(shi)四日(ri)(ri)，兆(zhao)惠與雅(ya)(ya)爾(er)哈(ha)善(shan)會合，次(ci)日(ri)(ri)進(jin)駐(zhu)(zhu)阿(a)(a)(a)克(ke)蘇(su)。兆(zhao)惠奏請以(yi)鄂對(dui)為阿(a)(a)(a)克(ke)蘇(su)之阿(a)(a)(a)奇木伯克(ke)，頗拉(la)特為其副手(shou)；并收繳雅(ya)(ya)爾(er)哈(ha)善(shan)官(guan)印，將其押(ya)解赴京(jing)。兆(zhao)惠隨即向烏(wu)什進(jin)發(fa)，留閆相師綠(lv)營兵(bing)八(ba)百人駐(zhu)(zhu)防阿(a)(a)(a)克(ke)蘇(su)城。革職(zhi)后在兆(zhao)惠軍中效力的舒赫德也留在阿(a)(a)(a)克(ke)蘇(su)。
烏什伯克漠咱帕爾(er)(er)是霍(huo)(huo)集(ji)斯(si)之子，得知(zhi)霍(huo)(huo)集(ji)占(zhan)率軍前來，企圖設宴(yan)將其(qi)誘擒(qin)，但計劃泄露(lu)。霍(huo)(huo)集(ji)占(zhan)得知(zhi)后不敢入城(cheng)，派(pai)隨(sui)軍的霍(huo)(huo)集(ji)斯(si)招降漠咱帕爾(er)(er)。霍(huo)(huo)集(ji)斯(si)原(yuan)為烏什、吐魯番一(yi)帶(dai)豪族(zu)，被迫(po)依附(fu)于霍(huo)(huo)集(ji)占(zhan)。入城(cheng)后，霍(huo)(huo)集(ji)斯(si)隨(sui)即倒戈，派(pai)其(qi)子呼岱巴爾(er)(er)氐前往(wang)阿克蘇迎清軍入城(cheng)。霍(huo)(huo)集(ji)占(zhan)一(yi)路向南退(tui)卻，返回(hui)喀什噶爾(er)(er)。八(ba)月三十日，兆惠進(jin)駐烏什，以霍(huo)(huo)集(ji)斯(si)之妻與總兵丑(chou)達駐守。
九(jiu)月(yue)初(chu)，兆惠派侍(shi)衛齊(qi)凌扎布與鄂對前往和(he)闐(tian)招降。由于和(he)闐(tian)伯克霍(huo)集斯已降清，和(he)闐(tian)首城額里齊(qi)（今(jin)(jin)和(he)田市）的(de)頭(tou)人將霍(huo)集占黨羽驅(qu)逐，迎清兵入城。九(jiu)月(yue)下旬，和(he)闐(tian)所轄(xia)的(de)哈喇(la)哈什(shen)(shen)（今(jin)(jin)墨玉(yu)縣）、克勒(le)底雅（今(jin)(jin)于田縣）、齊(qi)爾拉（今(jin)(jin)策(ce)勒(le)縣）、玉(yu)隴哈什(shen)(shen)（今(jin)(jin)洛浦縣玉(yu)龍(long)喀什(shen)(shen)鎮）、塔克（在今(jin)(jin)于田縣南(nan)）全部(bu)歸降。至此，僅有喀什(shen)(shen)噶(ga)爾、葉爾羌二城尚在大(da)小和(he)卓手中。
自兆(zhao)(zhao)惠(hui)南下一月(yue)有余，阿克(ke)蘇(su)、烏什(shen)、和(he)(he)闐(tian)望(wang)風而降(jiang)，致使其錯判形勢，輕敵冒進。霍(huo)集(ji)斯向兆(zhao)(zhao)惠(hui)提(ti)議：先(xian)攻占葉(xie)(xie)爾羌(qiang)，截住大小和(he)(he)卓(zhuo)出逃(tao)之路；再進兵(bing)喀(ka)什(shen)噶(ga)爾，則波羅(luo)尼都(dou)自當歸(gui)降(jiang)。于(yu)是兆(zhao)(zhao)惠(hui)不等(deng)納穆札(zha)爾、石三泰的(de)主力抵(di)達，先(xian)率四千(qian)人向葉(xie)(xie)爾羌(qiang)進發(fa)，愛隆阿、戶部侍(shi)郎明瑞、霍(huo)集(ji)斯、端濟布、噶(ga)岱默特等(deng)從行。乾隆皇帝也認為(wei)“回部各(ge)城迎降(jiang)相(xiang)繼，大功可計日而成”，開始考慮(lv)各(ge)城伯克(ke)人選，以及駐兵(bing)屯田等(deng)事宜(yi)。又(you)令(ling)(ling)章嘉呼圖克(ke)圖寫信給拉達克(ke)（今(jin)克(ke)什(shen)米(mi)爾東南）頭人，若大小和(he)(he)卓(zhuo)逃(tao)至彼處，“即擒解(jie)前來”，“斷不可容(rong)留疏縱”。九月(yue)，乾隆皇帝令(ling)(ling)在哈薩克(ke)追(zhui)剿叛軍的(de)參贊大臣富德(de)前往阿克(ke)蘇(su)策應兆(zhao)(zhao)惠(hui)。又(you)起用舒赫德(de)為(wei)頭等(deng)侍(shi)衛(wei)，并增派(pai)察(cha)哈爾兵(bing)七百(bai)人、綠營兵(bing)三百(bai)人赴阿克(ke)蘇(su)，歸(gui)舒赫德(de)統領。
霍集占(zhan)(zhan)(zhan)退(tui)回喀什噶爾后，波(bo)(bo)羅尼(ni)都怨其輕舉妄動，招致清(qing)(qing)軍(jun)(jun)征討(tao)。于(yu)是(shi)霍集占(zhan)(zhan)(zhan)前(qian)(qian)往葉爾羌(qiang)駐守，堅(jian)壁清(qing)(qing)野，并(bing)散布謠(yao)言稱(cheng)清(qing)(qing)軍(jun)(jun)已將(jiang)霍集斯殺害，且(qie)要來殺盡回人。十月(yue)初五(wu)，兆惠進兵(bing)(bing)葉爾羌(qiang)城下，見葉爾羌(qiang)城池較大，便(bian)設法(fa)誘敵出(chu)戰。初六日，清(qing)(qing)兵(bing)(bing)分七隊攻(gong)城。霍集占(zhan)(zhan)(zhan)的(de)騎兵(bing)(bing)出(chu)北(bei)門(men)突擊，擊潰了清(qing)(qing)軍(jun)(jun)中的(de)索倫兵(bing)(bing)，但被健銳營擊敗，于(yu)是(shi)固守不出(chu)。兆惠兵(bing)(bing)少不能圍城，令愛隆阿、侍衛奎瑪岱領兵(bing)(bing)八百人北(bei)上防范喀什噶爾來援(yuan)，并(bing)接應(ying)納穆(mu)札爾、石三泰的(de)援(yuan)軍(jun)(jun)。此時，波(bo)(bo)羅尼(ni)都親率五(wu)千人前(qian)(qian)來增(zeng)援(yuan)霍集占(zhan)(zhan)(zhan)。
富(fu)德接到諭旨后，于十(shi)月(yue)抵達烏魯木齊。十(shi)月(yue)中旬，乾(qian)隆皇帝又令富(fu)德領(ling)兵(bing)南下(xia)巴爾楚克(ke)（今巴楚縣）護衛清軍臺(tai)站；若到時兆惠仍未攻下(xia)葉爾羌(qiang)，即(ji)可領(ling)兵(bing)攻取喀什噶爾。
兆惠(hui)偵知和卓(zhuo)士兵在(zai)葉爾羌(qiang)城南的英額齊盤山放牧，打算突襲牧地(di)，掠其牲畜。
十月(yue)(yue)十三日(ri)（公歷(li)1758年11月(yue)(yue)13日(ri)），兆惠由城南奪橋渡(du)黑水(shui)（維吾爾語稱(cheng)黑水(shui)為喀喇烏蘇），才(cai)過四百(bai)人(ren)(ren)時，橋梁垮塌，隨即被(bei)霍(huo)集占(zhan)軍(jun)(jun)一萬余人(ren)(ren)包圍(wei)。在混(hun)亂中清軍(jun)(jun)被(bei)圍(wei)成數截，且戰(zhan)(zhan)(zhan)且渡(du)。兆惠傷(shang)及(ji)面頰，坐騎中槍倒斃，兩度(du)換馬。激(ji)戰(zhan)(zhan)(zhan)五晝夜(ye)后(hou)，清兵(bing)陣亡數百(bai)人(ren)(ren)，馬匹陷入(ru)泥淖者(zhe)甚多。西寧鎮總兵(bing)高天喜、副都統三格(ge)、護軍(jun)(jun)統領鄂實、監察御史(shi)何泰、侍(shi)衛特(te)通額等戰(zhan)(zhan)(zhan)死(si)。兆惠無法突圍(wei)，遂于黑水(shui)南岸就(jiu)地(di)結營，修筑(zhu)壕溝，此即當時著名(ming)的“黑水(shui)營”。霍(huo)集占(zhan)軍(jun)(jun)也就(jiu)地(di)駐(zhu)扎(zha)，將清軍(jun)(jun)營盤團團圍(wei)住。此役即通古思魯克之戰(zhan)(zhan)(zhan)。
十(shi)月十(shi)三日黑水之戰(zhan)的同時，納(na)穆(mu)札(zha)爾(er)(er)、石(shi)三泰(tai)的援軍(jun)與(yu)愛(ai)隆(long)阿(a)會(hui)(hui)合。納(na)穆(mu)札(zha)爾(er)(er)與(yu)諸(zhu)將率二(er)百(bai)余騎(qi)兵(bing)趁(chen)夜行軍(jun)，以期黎(li)明時與(yu)兆(zhao)惠(hui)會(hui)(hui)合，但在途中遇到波羅(luo)尼都派出的援軍(jun)三千余人(ren)，陷入包圍。納(na)穆(mu)札(zha)爾(er)(er)、石(shi)三泰(tai)、侍衛奎(kui)瑪岱、彰(zhang)武(wu)、班泰(tai)、管站西拉布(bu)、護(hu)軍(jun)校(xiao)齊(qi)旺扎布(bu)等皆戰(zhan)死，僅有少數兵(bing)丁逃出。愛(ai)隆(long)阿(a)聞訊前往援救，得知納(na)穆(mu)札(zha)爾(er)(er)已全軍(jun)覆(fu)沒，遂撤往阿(a)克蘇(su)。兆(zhao)惠(hui)上(shang)書請罪，并(bing)奏請調阿(a)克蘇(su)等地(di)守(shou)軍(jun)于(yu)年(nian)底齊(qi)集，“合力(li)攻剿”。
和卓軍向黑水營清兵輪番發動攻擊，均被兆惠擊退，于是打算長期圍困，待清兵糧盡時不攻自破。和卓兵引上游河水灌入清營，被清兵導入戰壕排至下游，反而便于清兵汲水。清軍營地多林木，和卓兵射出的鉛彈陷入樹中，清兵砍柴生火時將子彈取出，足以補充彈藥。十一月中旬，布魯特（柯爾克孜人）頭人納喇巴圖流亡(wang)的額(e)爾克(ke)和卓(zhuo)額(e)色尹等人領(ling)兵(bing)(bing)襲擊了(le)喀什噶爾的屬城英(ying)吉沙(sha)爾（今英(ying)吉沙(sha)縣(xian)），同一天，兆惠出擊焚毀了(le)兩(liang)處(chu)和卓(zhuo)軍(jun)營。大小(xiao)和卓(zhuo)以為布魯特(te)與清軍(jun)聯(lian)合，遂遣人與兆惠議和。兆惠提出大小(xiao)和卓(zhuo)必須先(xian)行入京朝覲；大小(xiao)和卓(zhuo)則(ze)稱“愿(yuan)送口糧(liang)，撤圍相見”，兆惠不予答復(fu)。于是(shi)波羅(luo)尼都領(ling)兵(bing)(bing)撤回喀什噶爾，防御(yu)布魯特(te)侵擾。至(zhi)年末，兆惠已被圍困三(san)個月，軍(jun)糧(liang)耗盡，士兵(bing)(bing)只得(de)焚煮(zhu)馬(ma)鞍、皮革(ge)，甚至(zhi)掠取(qu)平民(min)烹食。
十一月(yue)初，乾隆皇帝(di)接到兆惠(hui)被(bei)圍(wei)(wei)的奏報，以富德(de)為(wei)定邊右副將(jiang)軍，徑(jing)赴葉爾羌解(jie)兆惠(hui)之(zhi)圍(wei)(wei)；以副都統阿里袞(gun)、舒赫德(de)、愛(ai)隆阿為(wei)參贊大臣，調(diao)集兵馬、駱駝(tuo)前往增(zeng)援；令陜甘總督(du)黃廷桂預備馬匹二萬，供西(xi)征清軍調(diao)用。又命成(cheng)袞(gun)扎布(bu)征發漠(mo)北達什達瓦所屬準(zhun)噶爾兵丁，于次年從特穆爾圖淖爾（今吉(ji)(ji)爾吉(ji)(ji)斯(si)斯(si)坦伊(yi)塞克湖）南下助(zhu)攻。
富德得知兆惠被圍困后，率副都統鄂博什及侍衛瑪瑺、額爾登額、老格等，于十一月十一日從烏魯木齊出發，日夜兼程開赴阿克蘇。領隊大臣豆斌、散秩大臣永慶、副都統瑚爾起、福祿、總(zong)管(guan)端(duan)濟布等領兵(bing)(bing)(bing)協同(tong)。十(shi)(shi)二月(yue)初(chu)四日，舒(shu)赫德率新到的內地(di)、索倫士兵(bing)(bing)(bing)與原駐(zhu)兵(bing)(bing)(bing)丁共三千五(wu)百人由阿(a)克(ke)蘇開(kai)拔。十(shi)(shi)二月(yue)十(shi)(shi)六日，富德抵達阿(a)克(ke)蘇。二十(shi)(shi)五(wu)日，阿(a)里(li)袞押送駝馬到達阿(a)克(ke)蘇；同(tong)時(shi)，富德在巴爾楚克(ke)趕上舒(shu)赫德的隊伍(wu)，向葉爾羌(qiang)進(jin)發。
乾隆(long)二十四(si)年(nian)正月(yue)(yue)初六日（1759年(nian)2月(yue)(yue)3日），富(fu)(fu)德(de)(de)在葉爾(er)羌東北(bei)的呼爾(er)滿與(yu)(yu)前來截擊(ji)的和(he)(he)(he)(he)卓(zhuo)軍(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)五千余(yu)人遭遇。激戰(zhan)(zhan)(zhan)至(zhi)夜(ye)(ye)間，和(he)(he)(he)(he)卓(zhuo)軍(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)退卻，清(qing)軍(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)戰(zhan)(zhan)(zhan)馬經長途(tu)跋涉，紛紛倒斃，無(wu)力追趕(gan)。次日（2月(yue)(yue)4日），和(he)(he)(he)(he)卓(zhuo)軍(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)占(zhan)據(ju)山崗，與(yu)(yu)富(fu)(fu)德(de)(de)軍(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)相持于(yu)戈壁(bi)(bi)中。初八日（2月(yue)(yue)5日），和(he)(he)(he)(he)卓(zhuo)軍(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)得(de)知清(qing)軍(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)少馬，率大軍(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)圍攻富(fu)(fu)德(de)(de)。清(qing)軍(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)拒守于(yu)沁達爾(er)，苦戰(zhan)(zhan)(zhan)不(bu)能突破，且戈壁(bi)(bi)無(wu)水，士兵(bing)(bing)只得(de)吞咽冰(bing)塊。初九日（2月(yue)(yue)6日）夜(ye)(ye)，阿(a)里(li)袞(gun)率援軍(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)及馬一千匹、駝(tuo)四(si)百只趕(gan)到，與(yu)(yu)鄂博什(shen)從兩翼突擊(ji)和(he)(he)(he)(he)卓(zhuo)軍(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)營，富(fu)(fu)德(de)(de)乘勢掩殺，和(he)(he)(he)(he)卓(zhuo)軍(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)開始潰退。十日（2月(yue)(yue)7日）黎明，阿(a)里(li)袞(gun)、護軍(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)統領努三與(yu)(yu)富(fu)(fu)德(de)(de)三路夾攻，和(he)(he)(he)(he)卓(zhuo)軍(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)向南遁(dun)去。此(ci)役，富(fu)(fu)德(de)(de)、阿(a)里(li)袞(gun)等斬殺和(he)(he)(he)(he)卓(zhuo)兵(bing)(bing)千余(yu)人，史稱呼爾(er)滿大捷(jie)。
正月初八，兆(zhao)惠聽到北方有(you)槍炮聲，又(you)(you)見圍(wei)營(ying)的和(he)卓兵(bing)漸少，料想援軍(jun)已至，遂分兵(bing)兩(liang)(liang)路出擊(ji)，攻取營(ying)壘(lei)，并派(pai)(pai)人(ren)聯絡富(fu)(fu)(fu)德(de)。十(shi)三日夜，富(fu)(fu)(fu)德(de)進兵(bing)至葉(xie)爾羌河岸，距兆(zhao)惠兵(bing)營(ying)尚有(you)二十(shi)里。十(shi)四(si)日黎(li)明，富(fu)(fu)(fu)德(de)領兵(bing)前行，斬(zhan)殺和(he)卓兵(bing)二三百人(ren)。和(he)卓軍(jun)隊渡河而去。富(fu)(fu)(fu)德(de)與兆(zhao)惠會合(he)，按(an)照諭旨于(yu)當晚啟程返回阿克蘇。至此(ci)(ci)黑(hei)水之圍(wei)得解，“將(jiang)軍(jun)以下皆無恙”，“卒(zu)得全，莫不(bu)喜極(ji)涕出”。霍集占(zhan)見兩(liang)(liang)路清軍(jun)匯(hui)合(he)后，不(bu)再派(pai)(pai)兵(bing)阻截。此(ci)(ci)間，波(bo)羅(luo)尼都(dou)中(zhong)鳥槍受傷，欲向清軍(jun)投降(jiang)，霍集占(zhan)又(you)(you)不(bu)許。
在呼爾滿之戰前的乾隆二十三年十一月二十六日（1758年12月26日），霍集占派遣的阿卜都克勒木兄弟與鄂斯滿、塞頗爾等率兵六百余人進攻和闐，阻截額里齊、哈喇哈什之間道路；又派其岳父薩里克誘降當地伯克。當地駐防清兵只有綠營、索倫兵五百五十人，分守各城。鄂斯滿首先攻占克勒底雅，滿洲通事哲勒順被殺，克(ke)勒底雅(ya)伯克(ke)阿(a)(a)里(li)木(mu)沙逃(tao)往額里(li)齊(qi)。阿(a)(a)卜(bu)都哈(ha)(ha)里(li)克(ke)將阿(a)(a)里(li)木(mu)沙之(zhi)妻帶到額里(li)齊(qi)城下，又(you)將其子當阿(a)(a)里(li)木(mu)沙之(zhi)面殺死。不久，齊(qi)拉爾失陷，伯克(ke)錫(xi)魯卜(bu)亦逃(tao)入額里(li)齊(qi)。齊(qi)凌(ling)扎布(bu)、鄂對行(xing)文(wen)阿(a)(a)克(ke)蘇請求增援(yuan)。乾隆(long)二十(shi)四年(nian)正(zheng)月(yue)，阿(a)(a)克(ke)蘇辦(ban)事侍郎永貴派兵(bing)一百人護送(song)軍馬前往。正(zheng)月(yue)十(shi)五日（1759年(nian)2月(yue)12日）后，和(he)卓兵(bing)圍攻額里(li)齊(qi)、哈(ha)(ha)喇哈(ha)(ha)什。索倫驍騎校烏爾圖保固守額里(li)齊(qi)，哈(ha)(ha)喇哈(ha)(ha)什伯克(ke)海里(li)雅(ya)木(mu)哈(ha)(ha)子、阿(a)(a)瓦斯默特領(ling)四千回兵(bing)與齊(qi)凌(ling)扎布(bu)一同(tong)抵抗。
正月(yue)末(mo)，駐(zhu)守巴爾楚(chu)克的(de)參(can)贊大臣巴祿(lu)派(pai)兵(bing)三百名援救(jiu)和闐(tian)(tian)。乾隆(long)皇帝命(ming)巴祿(lu)親(qin)自領兵(bing)增援，同時以(yi)(yi)賽音諾顏部郡王策(ce)布登扎布為副將(jiang)軍，福祿(lu)、車木楚(chu)克扎布為參(can)贊，巡查(cha)額爾齊斯(si)河至巴爾喀什湖一帶，防(fang)備霍集(ji)占經伊犁逃往(wang)俄羅斯(si)。兆惠回到阿克蘇后(hou)，令愛隆(long)阿駐(zhu)防(fang)烏什，派(pai)瑚爾起、巴圖濟(ji)爾噶爾帶九百兵(bing)援救(jiu)和闐(tian)(tian)；上奏待糧餉、馬匹到后(hou)，再遣富德領兵(bing)數千(qian)前(qian)往(wang)。乾隆(long)皇帝因兆惠、富德進兵(bing)過緩，加以(yi)(yi)申斥(chi)。二月(yue)，玉(yu)隴哈什失陷。乾隆(long)皇帝因新任陜甘總(zong)督(du)(du)吳達善辦(ban)理兵(bing)馬事務不力(li)，命(ming)閩浙總(zong)督(du)(du)楊應琚來京(jing)，不久調任陜甘總(zong)督(du)(du)。
三月三日，哈喇哈什失陷，齊(qi)凌扎布(bu)(bu)突圍而出。六日，瑚爾起等(deng)抵達(da)額里齊(qi)，與散秩(zhi)大臣鄂(e)對、侍衛噶布(bu)(bu)舒相會。九日，瑚爾起進至哈喇哈什，乘霧(wu)襲(xi)擊和(he)卓(zhuo)軍(jun)(jun)(jun)營(ying)，射殺(sha)阿卜都哈里克(ke)。鄂(e)斯滿(man)、霍集雅(ya)(ya)斯負傷逃走(zou)。十一(yi)日，清軍(jun)(jun)(jun)收復(fu)玉(yu)隴(long)哈什、齊(qi)爾拉(la)。隨后遣人(ren)(ren)招降(jiang)克(ke)勒(le)底雅(ya)(ya)、塔克(ke)。克(ke)勒(le)底雅(ya)(ya)頭(tou)人(ren)(ren)四德和(he)卓(zhuo)將阿卜都克(ke)勒(le)木屬下布(bu)(bu)庫塔斯執獻清軍(jun)(jun)(jun)。塔克(ke)頭(tou)人(ren)(ren)默(mo)里善也將諾們伯克(ke)、毛拉(la)岳科卜等(deng)擒獻，和(he)闐(tian)平定。四月二十二日，富德率(lv)軍(jun)(jun)(jun)抵達(da)額里齊(qi)駐守。
呼爾滿之戰后，霍集占兄弟“由于清軍的進攻和維吾爾群眾的背離，整個陷入了困境”。二、三月間，霍集占派人聯絡蔥嶺以西的巴達克山、浩罕等國。因浩罕未有回信，且懼布魯特沿途騷擾，和卓兄弟決定逃往巴達克山，或再由巴達克山前往痕都斯坦（今克什米爾地區南(nan)部及巴(ba)基斯坦(tan)北(bei)部）。四月，清兵占領和闐(tian)的消息傳來，葉爾羌(qiang)人(ren)心驚動，霍集(ji)占將家眷(juan)、財物移(yi)往葉爾羌(qiang)以西的赫色勒(le)塔(ta)克。波(bo)羅尼都也向喀什噶(ga)爾居(ju)民索取軍糧、馬匹，在六月十日(ri)之前陸(lu)續(xu)運(yun)到(dao)塔(ta)勒(le)巴(ba)楚克河，自己僅與親信留在喀什噶(ga)爾居(ju)住。
在(zai)大小和卓準備出逃的(de)(de)(de)同時，兆(zhao)惠(hui)、富德(de)(de)正籌集糧餉，計劃乘(cheng)麥熟之前(qian)(qian)進(jin)攻葉(xie)爾(er)羌。五月，避難(nan)于(yu)(yu)布魯(lu)特(te)的(de)(de)(de)原喀什(shen)噶(ga)爾(er)伯克和什(shen)克隨清(qing)軍(jun)侍衛布占泰(tai)來到阿克蘇，向兆(zhao)惠(hui)建議(yi)先攻取喀什(shen)噶(ga)爾(er)，以(yi)免霍集占投奔浩罕的(de)(de)(de)額(e)爾(er)德(de)(de)尼伯克。于(yu)(yu)是兆(zhao)惠(hui)等人議(yi)定先攻喀什(shen)噶(ga)爾(er)，再取葉(xie)爾(er)羌。此時，流(liu)亡于(yu)(yu)境外的(de)(de)(de)和卓后裔(yi)陸續向清(qing)軍(jun)投誠。額(e)色尹、瑪(ma)木特(te)派人前(qian)(qian)往(wang)兆(zhao)惠(hui)軍(jun)營，稱其現在(zai)布魯(lu)特(te)“候進(jin)兵信息，情愿效力(li)”。在(zai)清(qing)兵進(jin)發之前(qian)(qian)，與波羅尼都交情深厚的(de)(de)(de)霍集斯派親(qin)信巴喇特(te)前(qian)(qian)往(wang)喀什(shen)噶(ga)爾(er)，仍期望波羅尼都歸降。
六(liu)月二日，富德由和闐啟程，進(jin)兵(bing)(bing)葉(xie)爾羌。十一日，兆惠領(ling)兵(bing)(bing)九千由烏(wu)什(shen)南(nan)下(xia)，進(jin)兵(bing)(bing)喀什(shen)噶爾。阿(a)里袞(gun)、巴(ba)祿領(ling)兵(bing)(bing)三千出巴(ba)爾楚克(ke)(ke)(ke)，在(zai)喀什(shen)噶爾、葉(xie)爾羌之(zhi)間地方等待與富德會合，并把守各處關隘。六(liu)月十二日，霍集占派(pai)(pai)阿(a)卜(bu)都(dou)克(ke)(ke)(ke)勒木(mu)(mu)通知波羅(luo)(luo)尼(ni)都(dou)準備逃(tao)離。六(liu)月十五日，布魯(lu)特(te)百余人(ren)劫掠了喀什(shen)噶爾城(cheng)北的(de)阿(a)喇古，波羅(luo)(luo)尼(ni)都(dou)派(pai)(pai)鄂斯(si)(si)滿、優駑斯(si)(si)出戰(zhan)(zhan)，被(bei)布魯(lu)特(te)兵(bing)(bing)打敗(bai)。六(liu)月十八(ba)日，額色尹、瑪木(mu)(mu)特(te)與波羅(luo)(luo)尼(ni)都(dou)交戰(zhan)(zhan)，剿殺多人(ren)，隨后來到(dao)兆惠軍營(ying)投誠。波羅(luo)(luo)尼(ni)都(dou)以抗擊布魯(lu)特(te)為由，向城(cheng)內(nei)(nei)居(ju)民(min)勒索財(cai)物、兵(bing)(bing)器(qi)；又(you)毀壞(huai)城(cheng)內(nei)(nei)街(jie)市(shi)、城(cheng)門，“焚城(cheng)掘(jue)樹(shu)”，裹挾喀什(shen)噶爾及(ji)附(fu)屬(shu)各城(cheng)的(de)貴(gui)族、民(min)眾(zhong)(zhong)西逃(tao)。阿(a)奇木(mu)(mu)伯克(ke)(ke)(ke)阿(a)卜(bu)都(dou)喇伊木(mu)(mu)、密(mi)里木(mu)(mu)哈(ha)子(zi)墨墨氐敏、伯克(ke)(ke)(ke)阿(a)卜(bu)都(dou)爾滿以及(ji)霍集斯(si)(si)之(zhi)兄阿(a)卜(bu)都(dou)瓜卜(bu)也被(bei)一并帶(dai)走。喀什(shen)噶爾居(ju)民(min)不愿隨行(xing)，在(zai)途中紛(fen)紛(fen)逃(tao)逸，多前往附(fu)近(jin)的(de)牌租阿(a)巴(ba)特(te)（今伽(jia)師縣）。牌租阿(a)巴(ba)特(te)伯克(ke)(ke)(ke)呢雅斯(si)(si)收留逃(tao)亡民(min)眾(zhong)(zhong)，閉城(cheng)拒守。汗額里吉衣、雅普爾古、烏(wu)什(shen)哈(ha)喇等城(cheng)各自(zi)保聚。
六月二十七日，波羅尼都將喀什噶爾居民擄至城南的提斯袞，由玉魯克(ke)嶺（在(zai)今疏附縣西南）西逃，帶走(zou)居民一百五十戶，及其(qi)親信(xin)之(zhi)家眷(juan)、奴(nu)仆千余(yu)人。霍集占搶掠葉(xie)爾(er)羌(qiang)居民的(de)(de)馬匹(pi)、牲畜后，又向當地毛拉勒(le)索白(bai)銀(yin)四千兩，于閏六月二日(ri)啟程，經伯克(ke)和羅木(mu)渡(du)口(kou)逃往(wang)羌(qiang)呼勒(le)。大小和卓在(zai)色(se)勒(le)庫(ku)爾(er)（今塔什(shen)(shen)庫(ku)爾(er)干縣）會(hui)合后向西出逃。留在(zai)喀什(shen)(shen)噶(ga)爾(er)、葉(xie)爾(er)羌(qiang)二城(cheng)(cheng)的(de)(de)伯克(ke)隨即(ji)派(pai)人迎清兵入城(cheng)(cheng)。閏六月十四日(ri)，兆惠進(jin)駐(zhu)喀什(shen)(shen)噶(ga)爾(er)城(cheng)(cheng)，富(fu)德所部先鋒鄂博什(shen)(shen)進(jin)駐(zhu)葉(xie)爾(er)羌(qiang)城(cheng)(cheng)。十八(ba)日(ri)，富(fu)德進(jin)入葉(xie)爾(er)羌(qiang)。乾隆皇帝(di)令兆惠留駐(zhu)喀什(shen)(shen)噶(ga)爾(er)，辦(ban)理喀、葉(xie)二城(cheng)(cheng)事務(wu)；富(fu)德、明(ming)瑞等速領兵追擊。
霍斯庫魯克之戰兆惠進(jin)入(ru)(ru)喀(ka)什(shen)噶爾(er)(er)后(hou)，留閆(yan)相(xiang)師(shi)的(de)綠(lv)營兵(bing)(bing)駐(zhu)守，派(pai)參贊大(da)臣明(ming)(ming)(ming)(ming)(ming)瑞(rui)(rui)(rui)等(deng)率(lv)(lv)兵(bing)(bing)追擊(ji)；同(tong)時傳檄(xi)浩(hao)罕、那(nei)木干、安(an)集延(yan)、瑪爾(er)(er)噶朗等(deng)國(guo)協同(tong)搜捕大(da)小和(he)(he)(he)卓。明(ming)(ming)(ming)(ming)(ming)瑞(rui)(rui)(rui)、愛隆阿于閏(run)六(liu)月十(shi)五日(ri)，率(lv)(lv)兩千人(ren)(ren)啟程，向西(xi)進(jin)入(ru)(ru)蔥嶺（帕米爾(er)(er)）群山(shan)(shan)中。霍(huo)(huo)集占兄弟欲往巴達(da)克山(shan)(shan)，但眾伯克不從(cong)，只得北(bei)上(shang)安(an)集延(yan)。得知清(qing)兵(bing)(bing)追緊，于是棄其(qi)輜(zi)重，令(ling)家眷先行(xing)。沿(yan)途無水草之(zhi)處，以(yi)大(da)麥喂馬。明(ming)(ming)(ming)(ming)(ming)瑞(rui)(rui)(rui)等(deng)緣山(shan)(shan)行(xing)走(zou)，繞(rao)峰渡河，由色勒庫(ku)爾(er)(er)向北(bei)前往哈喇庫(ku)勒（塔吉克斯坦東北(bei)之(zhi)喀(ka)拉湖(hu)）。閏(run)六(liu)月二十(shi)八日(ri)黎明(ming)(ming)(ming)(ming)(ming)，明(ming)(ming)(ming)(ming)(ming)瑞(rui)(rui)(rui)率(lv)(lv)前鋒九(jiu)百(bai)人(ren)(ren)在霍(huo)(huo)斯庫(ku)魯克嶺（在喀(ka)拉湖(hu)以(yi)北(bei)）追上(shang)大(da)小和(he)(he)(he)卓六(liu)千余(yu)(yu)人(ren)(ren)。明(ming)(ming)(ming)(ming)(ming)瑞(rui)(rui)(rui)誘敵下山(shan)(shan)不成，恐相(xiang)持稍久(jiu)，使和(he)(he)(he)卓兄弟逃脫，遂(sui)下令(ling)仰攻山(shan)(shan)峰。和(he)(he)(he)卓兵(bing)(bing)以(yi)槍(qiang)炮還擊(ji)。激戰三個(ge)時辰(chen)，和(he)(he)(he)卓兵(bing)(bing)開始退(tui)卻，清(qing)兵(bing)(bing)因(yin)馬匹勞累，無力(li)追及。和(he)(he)(he)卓兵(bing)(bing)重新(xin)集結(jie)后(hou)，恃其(qi)人(ren)(ren)眾，回(hui)師(shi)將明(ming)(ming)(ming)(ming)(ming)瑞(rui)(rui)(rui)分隊合圍。明(ming)(ming)(ming)(ming)(ming)瑞(rui)(rui)(rui)且(qie)戰且(qie)行(xing)，設埋兵(bing)(bing)從(cong)山(shan)(shan)上(shang)放(fang)槍(qiang)，然(ran)后(hou)調頭沖入(ru)(ru)敵陣(zhen)，才擊(ji)退(tui)和(he)(he)(he)卓兵(bing)(bing)。此戰明(ming)(ming)(ming)(ming)(ming)瑞(rui)(rui)(rui)軍斬殺五百(bai)余(yu)(yu)人(ren)(ren)，俘獲三十(shi)余(yu)(yu)人(ren)(ren)，清(qing)兵(bing)(bing)陣(zhen)亡百(bai)余(yu)(yu)人(ren)(ren)，是為霍(huo)(huo)斯庫(ku)魯克之(zhi)戰。
七月初(chu)，富(fu)德、阿(a)里(li)袞與(yu)明(ming)瑞在(zai)(zai)喀喇烏(wu)蘇會合，選四千(qian)精(jing)兵(bing)(bing)進發。其(qi)余兵(bing)(bing)丁(ding)由總兵(bing)(bing)楊寧帶領招降沙爾(er)呼勒，并聽候調遣。七月七日(ri)，富(fu)德探知霍集占(zhan)在(zai)(zai)前方(fang)一(yi)百余里(li)戈壁中(zhong)。九(jiu)日(ri)辰時，清兵(bing)(bing)追(zhui)至阿(a)爾(er)楚爾(er)（在(zai)(zai)今塔吉克(ke)斯坦戈爾(er)諾-巴達赫尚自治州穆爾(er)加(jia)布區東南）。大小和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)令馱載先行(xing)，設伏兵(bing)(bing)六千(qian)于阿(a)爾(er)楚爾(er)山(shan)(shan)(shan)谷中(zhong)。富(fu)德以(yi)火器營(ying)、健銳營(ying)居中(zhong)，巴圖(tu)濟爾(er)噶爾(er)、鄂齊爾(er)出(chu)左(zuo)翼，由屯、伊柱為右翼，奪(duo)取南、北阿(a)爾(er)楚爾(er)山(shan)(shan)(shan)，并向下沖擊(ji)山(shan)(shan)(shan)谷中(zhong)的和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)兵(bing)(bing)。阿(a)里(li)袞、明(ming)瑞、巴祿、參贊大臣阿(a)桂也(ye)從兩翼突擊(ji)。富(fu)德出(chu)兵(bing)(bing)佯攻和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)馱隊，明(ming)瑞、鄂博什繞到后方(fang)夾(jia)擊(ji)。鏖(ao)戰一(yi)日(ri)，清軍(jun)殲(jian)滅(mie)和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)一(yi)千(qian)余人(ren)，生(sheng)擒(qin)五十余人(ren)，陣(zhen)斬(zhan)阿(a)卜(bu)都克(ke)勒木，此即阿(a)爾(er)楚爾(er)之戰。
七月十日傍晚，清兵追至阿爾楚爾以西的布(bu)(bu)(bu)隆庫(ku)勒(le)，偵知大小(xiao)和(he)(he)卓逃至(zhi)布(bu)(bu)(bu)隆庫(ku)勒(le)湖(hu)東北(bei)(bei)的伊(yi)西(xi)洱庫(ku)爾(er)淖爾(er)（塔吉克斯坦東南之(zhi)葉什(shen)勒(le)池(chi)）湖(hu)畔。波(bo)(bo)羅尼都(dou)駐扎于(yu)湖(hu)岸北(bei)(bei)山(shan)(shan)(shan)(shan)，霍(huo)集占(zhan)率(lv)(lv)部占(zhan)據東面山(shan)(shan)(shan)(shan)峰。伊(yi)西(xi)洱庫(ku)爾(er)淖爾(er)以西(xi)有(you)一(yi)大嶺，過(guo)此(ci)嶺即是巴(ba)達(da)克山(shan)(shan)(shan)(shan)界。富(fu)(fu)(fu)德先(xian)遣阿里袞(gun)、達(da)爾(er)黨阿、由屯、官長(chang)保、瑚(hu)(hu)什(shen)等(deng)領兵五百，往湖(hu)西(xi)堵截(jie)大小(xiao)和(he)(he)卓去路(lu)(lu)(lu)；伊(yi)柱、鄂(e)博(bo)什(shen)、溫(wen)布(bu)(bu)(bu)等(deng)領兵八百，往山(shan)(shan)(shan)(shan)后阻截(jie)。十(shi)(shi)一(yi)日(ri)，富(fu)(fu)(fu)德、巴(ba)祿、明瑞(rui)、阿桂、領隊(dui)大臣傅景、瑚(hu)(hu)爾(er)起等(deng)率(lv)(lv)兵一(yi)千(qian)余(yu)人(ren)(ren)(ren)(ren)，進至(zhi)伊(yi)西(xi)洱庫(ku)爾(er)淖爾(er)。和(he)(he)卓軍(jun)從(cong)山(shan)(shan)(shan)(shan)上炮擊清兵，以死(si)相拒。富(fu)(fu)(fu)德選健銳營、吉林、索倫、厄(e)魯特各營鳥槍兵四(si)十(shi)(shi)余(yu)人(ren)(ren)(ren)(ren)，仰(yang)攻(gong)北(bei)(bei)路(lu)(lu)(lu)山(shan)(shan)(shan)(shan)嶺。又(you)(you)令霍(huo)集斯、鄂(e)對樹起維吾爾(er)人(ren)(ren)(ren)(ren)舊時(shi)旗幟招降和(he)(he)卓兵士。和(he)(he)卓軍(jun)大潰(kui)，投降者甚眾(zhong)，霍(huo)集占(zhan)奪馬而(er)逃，乘夜繞過(guo)山(shan)(shan)(shan)(shan)嶺與波(bo)(bo)羅尼都(dou)會合。此(ci)即伊(yi)西(xi)洱庫(ku)爾(er)淖爾(er)之(zhi)戰。十(shi)(shi)二日(ri)，又(you)(you)有(you)被(bei)堵截(jie)在北(bei)(bei)山(shan)(shan)(shan)(shan)的和(he)(he)卓兵兩千(qian)人(ren)(ren)(ren)(ren)投降。大小(xiao)和(he)(he)卓僅率(lv)(lv)妻子、奴仆三四(si)百人(ren)(ren)(ren)(ren)出奔巴(ba)達(da)克山(shan)(shan)(shan)(shan)。富(fu)(fu)(fu)德派齊凌扎布(bu)(bu)(bu)、鄂(e)對、散秩大臣阿什(shen)默特將投降人(ren)(ren)(ren)(ren)眾(zhong)送往英(ying)吉沙爾(er)，又(you)(you)率(lv)(lv)巴(ba)祿、阿桂、傅景、瑚(hu)(hu)爾(er)起等(deng)四(si)百余(yu)人(ren)(ren)(ren)(ren)，與阿里袞(gun)分兵兩路(lu)(lu)(lu)，于(yu)十(shi)(shi)二日(ri)啟程，追剿至(zhi)巴(ba)達(da)克山(shan)(shan)(shan)(shan)境內。
有(you)西(xi)方學者(zhe)認為(wei)伊西(xi)洱庫(ku)(ku)爾(er)淖爾(er)之戰是(shi)中國將(jiang)領在(zai)奏折(zhe)中虛構(gou)的(de)，“無疑是(shi)十(shi)分夸張而(er)在(zai)地(di)理的(de)敘述上又實在(zai)模糊(hu)”，而(er)帕(pa)米爾(er)當地(di)居(ju)民并(bing)不知(zhi)曉此事。十(shi)九世紀末的(de)英(ying)(ying)國殖(zhi)民者(zhe)內(nei)伊·伊萊亞斯（NeyElias）認為(wei)：跟(gen)隨大小和(he)(he)卓的(de)僅有(you)數(shu)百人，而(er)且主(zhu)要是(shi)婦女、兒童和(he)(he)奴隸。當中國軍隊到達(da)湖(hu)畔時，發(fa)(fa)現和(he)(he)卓早已逃入(ru)巴達(da)克(ke)山的(de)錫克(ke)南(nan)，“于是(shi)便(bian)在(zai)一塊巖(yan)石上刻了(le)些字(zi)，然后返回喀什噶爾(er)去(qu)了(le)，根本未(wei)發(fa)(fa)生過戰斗。”這種觀(guan)點無法解釋齊凌扎布將(jiang)此戰的(de)俘虜帶(dai)到英(ying)(ying)吉(ji)沙爾(er)后進(jin)行(xing)安置的(de)奏折(zhe)，而(er)且忽略了(le)在(zai)伊西(xi)洱庫(ku)(ku)爾(er)淖爾(er)的(de)紀功碑是(shi)乾隆皇帝后來(lai)派(pai)人樹立的(de)事實。
大小和卓被俘巴達克山是位于(yu)蔥嶺西部的古國，在今阿富汗東北部。由(you)伊西洱庫爾淖爾向西南行，渡噴赤河(he)，即至巴達克山界(jie)。富德(de)一(yi)面(mian)領兵(bing)(bing)追擊(ji)，一(yi)面(mian)曉(xiao)諭當地部落擒拿(na)大(da)小(xiao)和(he)卓。七月(yue)(yue)十二日黃昏，依附于(yu)霍集(ji)占的(de)蒙(meng)古厄(e)魯特頭(tou)目沙(sha)喇斯(si)、瑪呼斯(si)率六百(bai)余人北(bei)逃，被清(qing)軍(jun)副都統伊柱截(jie)住(zhu)。富德(de)領兵(bing)(bing)進擊(ji)，剿(jiao)二百(bai)余人，宰桑雅滿(man)、得木(mu)齊（百(bai)戶長）丹巴投降。清(qing)軍(jun)繳獲(huo)駝炮(pao)八門及去年(nian)失去的(de)“威(wei)遠(yuan)大(da)將軍(jun)”火炮(pao)二門。七月(yue)(yue)十八日，富德(de)派(pai)侍衛(wei)薩(sa)穆坦（厄(e)魯特蒙(meng)古人）、伯(bo)克素(su)勒(le)坦和(he)卓（維吾爾人）自巴沙(sha)楚(chu)爾啟(qi)程，曉(xiao)諭巴達克山汗素(su)勒(le)坦沙(sha)（實為蘇丹），令其擒獲(huo)大(da)小(xiao)和(he)卓兄(xiong)弟(di)，縛獻清(qing)軍(jun)。
大小和卓進入巴達(da)(da)克(ke)(ke)(ke)(ke)山境內后(hou)，遭到袞(gun)都伯(bo)克(ke)(ke)(ke)(ke)沙莽蘇(su)爾(er)、錫(xi)克(ke)(ke)(ke)(ke)南（在今塔(ta)吉(ji)克(ke)(ke)(ke)(ke)斯坦戈爾(er)諾-巴達(da)(da)赫(he)(he)尚(shang)自治州(zhou)錫(xi)克(ke)(ke)(ke)(ke)南區）伯(bo)克(ke)(ke)(ke)(ke)沙穆(mu)爾(er)沿途追(zhui)擊，一(yi)路向南遁去(qu)。霍(huo)集(ji)(ji)(ji)占(zhan)(zhan)聲稱(cheng)借道(dao)前往麥加朝拜，于(yu)七月二十六日進抵巴達(da)(da)克(ke)(ke)(ke)(ke)山都城牌租阿巴特(te)（今阿富汗巴達(da)(da)赫(he)(he)尚(shang)省首府法(fa)扎(zha)巴德）。同一(yi)天，清(qing)使薩穆(mu)坦等也(ye)來(lai)到牌租阿巴特(te)，與(yu)素(su)勒坦沙會面。素(su)勒坦沙令霍(huo)集(ji)(ji)(ji)占(zhan)(zhan)派來(lai)交(jiao)涉的(de)鄂斯滿、雅(ya)斯布庫里與(yu)薩穆(mu)坦相(xiang)見，薩穆(mu)坦面斥霍(huo)集(ji)(ji)(ji)占(zhan)(zhan)之種種罪過，鄂斯滿不(bu)能辯駁(bo)。七月二十八日，素(su)勒坦沙邀大小和卓入城。波羅尼都隨即入城，霍(huo)集(ji)(ji)(ji)占(zhan)(zhan)則領兵(bing)在城外揚言：若將(jiang)清(qing)使交(jiao)出(chu)，則愿為巴達(da)(da)克(ke)(ke)(ke)(ke)山奴仆(pu)。素(su)勒坦沙不(bu)允，霍(huo)集(ji)(ji)(ji)占(zhan)(zhan)遂劫(jie)掠村莊(zhuang)。素(su)勒坦沙出(chu)兵(bing)數(shu)千將(jiang)霍(huo)集(ji)(ji)(ji)占(zhan)(zhan)圍(wei)于(yu)阿爾(er)渾楚(chu)哈嶺(ling)，霍(huo)集(ji)(ji)(ji)占(zhan)(zhan)敗(bai)退至齊那爾(er)河，身負重傷被俘(fu)。
素(su)勒(le)(le)坦(tan)(tan)(tan)(tan)沙(sha)(sha)(sha)將(jiang)(jiang)波羅尼都、霍(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)兄(xiong)弟囚(qiu)禁(jin)于(yu)(yu)柴扎布，分別拘于(yu)(yu)二室，并(bing)派(pai)人通告(gao)富(fu)(fu)德(de)。富(fu)(fu)德(de)責令素(su)勒(le)(le)坦(tan)(tan)(tan)(tan)沙(sha)(sha)(sha)獻(xian)俘。巴達(da)克(ke)山的阿(a)訇以(yi)大小和卓(zhuo)(zhuo)為伊斯蘭教先(xian)知后裔，若縛(fu)獻(xian)清軍，恐(kong)鄰國不服(fu)，請求(qiu)清軍寬(kuan)免。然(ran)而(er)素(su)勒(le)(le)坦(tan)(tan)(tan)(tan)沙(sha)(sha)(sha)既想(xiang)得(de)到清軍庇護，以(yi)入(ru)侵博(bo)洛(luo)爾(er)(er)(er)(er)(er)、奇特拉爾(er)(er)(er)(er)(er)等鄰近(jin)部(bu)落(luo)，又擔(dan)心殺死和卓(zhuo)(zhuo)導(dao)致眾阿(a)訇和鄰國的敵視(shi)，因此猶(you)豫不決。薩(sa)穆(mu)坦(tan)(tan)(tan)(tan)離(li)開后二日(ri)(ri)，素(su)勒(le)(le)坦(tan)(tan)(tan)(tan)沙(sha)(sha)(sha)又遣人告(gao)知霍(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)重傷已死。富(fu)(fu)德(de)令素(su)勒(le)(le)坦(tan)(tan)(tan)(tan)沙(sha)(sha)(sha)“務將(jiang)(jiang)波羅尼都俘獻(xian)；霍(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)雖死，亦必獻(xian)尸”。乾隆皇帝諭示富(fu)(fu)德(de)，必須得(de)到和卓(zhuo)(zhuo)兄(xiong)弟二人，“倘二賊被獲情事不實(shi)，……即(ji)將(jiang)(jiang)拔達(da)克(ke)山部(bu)落(luo)一并(bing)辦(ban)理，亦無不可”。八(ba)月(yue)二十五(wu)(wu)日(ri)(ri)，富(fu)(fu)德(de)召見巴達(da)克(ke)山使者鄂穆(mu)爾(er)(er)(er)(er)(er)拜。鄂穆(mu)爾(er)(er)(er)(er)(er)拜聲稱素(su)勒(le)(le)坦(tan)(tan)(tan)(tan)沙(sha)(sha)(sha)本欲將(jiang)(jiang)和卓(zhuo)(zhuo)兄(xiong)弟呈獻(xian)，但(dan)受(shou)到當(dang)地阿(a)訇阻撓。且聞阿(a)訇打算將(jiang)(jiang)和卓(zhuo)(zhuo)所住房屋(wu)焚毀后前(qian)往麥加，向回(hui)教各(ge)國控(kong)訴素(su)勒(le)(le)坦(tan)(tan)(tan)(tan)沙(sha)(sha)(sha)之(zhi)罪(zui)，素(su)勒(le)(le)坦(tan)(tan)(tan)(tan)沙(sha)(sha)(sha)被迫中止。次日(ri)(ri)，富(fu)(fu)德(de)派(pai)薩(sa)穆(mu)坦(tan)(tan)(tan)(tan)隨同(tong)鄂穆(mu)爾(er)(er)(er)(er)(er)拜返(fan)回(hui)，限(xian)素(su)勒(le)(le)坦(tan)(tan)(tan)(tan)沙(sha)(sha)(sha)于(yu)(yu)二十五(wu)(wu)天(tian)內交出大小和卓(zhuo)(zhuo)；同(tong)時令侍衛額(e)爾(er)(er)(er)(er)(er)登額(e)、伍(wu)岱(dai)領兵(bing)跟隨；又派(pai)伊柱、巴圖濟爾(er)(er)(er)(er)(er)噶爾(er)(er)(er)(er)(er)、霍(huo)集(ji)斯進兵(bing)至瓦罕（在今阿(a)富(fu)(fu)汗巴達(da)赫尚省東(dong)部(bu)），施(shi)以(yi)兵(bing)威。九月(yue)三日(ri)(ri)，富(fu)(fu)德(de)派(pai)人前(qian)往招(zhao)撫巴達(da)克(ke)山南邊(bian)的博(bo)洛(luo)爾(er)(er)(er)(er)(er)部(bu)落(luo)（在今克(ke)什米(mi)爾(er)(er)(er)(er)(er)巴基斯坦(tan)(tan)(tan)(tan)控(kong)制區北部(bu)）。博(bo)洛(luo)爾(er)(er)(er)(er)(er)因與(yu)巴達(da)克(ke)山不睦，其首(shou)領沙(sha)(sha)(sha)和碩默特隨即(ji)稱臣歸附。
九(jiu)月九(jiu)日，素(su)(su)(su)勒(le)(le)(le)(le)坦(tan)沙(sha)(sha)與額(e)(e)(e)爾(er)(er)登(deng)額(e)(e)(e)會(hui)面(mian)，稱(cheng)(cheng)(cheng)鄰近的琿都斯部落（今阿(a)(a)富(fu)汗昆(kun)都士）欲(yu)來(lai)索(suo)取大小和(he)(he)卓(zhuo)，且(qie)得(de)知(zhi)霍集占(zhan)(zhan)曾(ceng)暗通巴達克(ke)山的敵(di)國(guo)塔爾(er)(er)巴斯，現將(jiang)(jiang)(jiang)大小和(he)(he)卓(zhuo)先(xian)行殺(sha)死，以(yi)絕后患。額(e)(e)(e)爾(er)(er)登(deng)額(e)(e)(e)斥責素(su)(su)(su)勒(le)(le)(le)(le)坦(tan)沙(sha)(sha)擅殺(sha)和(he)(he)卓(zhuo)兄(xiong)弟，令其(qi)(qi)將(jiang)(jiang)(jiang)首(shou)級獻(xian)出(chu)。素(su)(su)(su)勒(le)(le)(le)(le)坦(tan)沙(sha)(sha)仍以(yi)教(jiao)義經典為由(you)，稱(cheng)(cheng)(cheng)“但自行獻(xian)出(chu)，恐眾人(ren)(ren)不服”，請求派(pai)人(ren)(ren)查驗(yan)(yan)尸(shi)首(shou)。額(e)(e)(e)爾(er)(er)登(deng)額(e)(e)(e)派(pai)熟(shu)識大小和(he)(he)卓(zhuo)的納達齊前往(wang)驗(yan)(yan)看(kan)。納達齊確認“霍集占(zhan)(zhan)之尸(shi)屬實(shi)”，然而(er)“其(qi)(qi)瘞埋波(bo)羅尼(ni)都之地與霍集占(zhan)(zhan)中隔一(yi)墻，但有(you)(you)血跡，并無尸(shi)骸。”額(e)(e)(e)爾(er)(er)登(deng)額(e)(e)(e)又令素(su)(su)(su)勒(le)(le)(le)(le)坦(tan)和(he)(he)卓(zhuo)密雜帕(pa)爾(er)(er)詳驗(yan)(yan)，亦稱(cheng)(cheng)(cheng)確實(shi)。因詢問波(bo)羅尼(ni)都尸(shi)首(shou)所在(zai)。素(su)(su)(su)勒(le)(le)(le)(le)坦(tan)沙(sha)(sha)又稱(cheng)(cheng)(cheng)，波(bo)羅尼(ni)都生前曾(ceng)囑咐(fu)其(qi)(qi)仆從，死后不可與霍集占(zhan)(zhan)同葬一(yi)處(chu)；其(qi)(qi)奴(nu)仆有(you)(you)十(shi)余(yu)人(ren)(ren)逃出(chu)，其(qi)(qi)中可能有(you)(you)人(ren)(ren)將(jiang)(jiang)(jiang)尸(shi)首(shou)盜去(qu)。九(jiu)月十(shi)三日，素(su)(su)(su)勒(le)(le)(le)(le)坦(tan)沙(sha)(sha)遣親信去(qu)囚禁(jin)之處(chu)，審(shen)訊看(kan)守人(ren)(ren)們多索(suo)丕(pi)等。十(shi)九(jiu)日，素(su)(su)(su)勒(le)(le)(le)(le)坦(tan)沙(sha)(sha)來(lai)告額(e)(e)(e)爾(er)(er)登(deng)額(e)(e)(e)，稱(cheng)(cheng)(cheng)實(shi)不知(zhi)何(he)人(ren)(ren)將(jiang)(jiang)(jiang)尸(shi)首(shou)盜去(qu)，并舉(ju)伊斯蘭教(jiao)經文(wen)發誓不曾(ceng)欺騙清軍。額(e)(e)(e)爾(er)(er)登(deng)額(e)(e)(e)派(pai)人(ren)(ren)密訪，也報稱(cheng)(cheng)(cheng)和(he)(he)卓(zhuo)被(bei)(bei)殺(sha)是實(shi)。二十(shi)一(yi)日，額(e)(e)(e)爾(er)(er)登(deng)額(e)(e)(e)傳(chuan)訊們多索(suo)丕(pi)及撫養、跟隨大小和(he)(he)卓(zhuo)的呢雅斯索(suo)丕(pi)、維吾(wu)爾(er)(er)婦女濟爾(er)(er)噶勒(le)(le)(le)(le)等人(ren)(ren)，確認波(bo)羅尼(ni)都、霍集占(zhan)(zhan)被(bei)(bei)殺(sha)之事經過。幾年后，清廷查出(chu)波(bo)羅尼(ni)都尸(shi)首(shou)系由(you)其(qi)(qi)仆人(ren)(ren)盜出(chu)，在(zai)牌租阿(a)(a)巴特就(jiu)地埋葬。
九月三十(shi)日，巴達克山使(shi)者、證人(ren)隨(sui)額爾(er)登額回(hui)到富(fu)德兵營，進獻霍(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)首(shou)級，經霍(huo)集(ji)斯(si)、毛拉郭波(bo)和卓(zhuo)及布魯(lu)特伯克辨識(shi)后確認無疑。富(fu)德責問(wen)巴達克山來使(shi)端(duan)(duan)伯克，為(wei)何先(xian)前(qian)(qian)報稱霍(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)已死(si)，后又(you)云(yun)兄弟(di)二(er)人(ren)同(tong)時被(bei)殺。端(duan)(duan)伯克辯稱：“前(qian)(qian)此拘禁時，傳聞(wen)霍(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)傷重身死(si)，及遣人(ren)往驗尚存。薩穆坦行后，琿(hun)都斯(si)即領眾五(wu)千，勒取二(er)人(ren)。因決計(ji)殺死(si)，以(yi)絕其(qi)望。”富(fu)德又(you)令(ling)鄂對、布魯(lu)特阿(a)奇木(mu)之親屬(shu)“密行訪問(wen)”，最終確認所(suo)言屬(shu)實。富(fu)德隨(sui)即遣額爾(er)登額將霍(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)首(shou)級函送京師，帶證人(ren)、巴達克山使(shi)者、博洛爾(er)使(shi)者一同(tong)前(qian)(qian)往。
十月初二日，富德率官兵啟程返回葉爾羌，酌留新派兵丁鎮守各處。乾隆二十四年十月(yue)二十三日庚子（1759年12月(yue)12日），乾隆(long)皇(huang)帝以(yi)平(ping)定(ding)回部(bu)宣諭中外(wai)。下諭賞(shang)兆惠宗室(shi)公品(pin)級(ji)鞍轡；富德晉封侯爵，賞(shang)戴(dai)雙眼(yan)翎(ling)；明瑞、阿(a)里袞賞(shang)戴(dai)雙眼(yan)翎(ling)；額(e)敏和卓晉封郡王(wang)；賞(shang)給玉(yu)素富郡王(wang)品(pin)級(ji)；舒赫德及在事大臣官員均交吏部(bu)從優(you)議敘(xu)。歷次戰斗(dou)中有功(gong)官兵各封賞(shang)有差(cha)，陣(zhen)亡者加以(yi)優(you)恤(xu)。西(xi)征在外(wai)兵丁(ding)均賞(shang)兩月(yue)錢糧，駐葉爾羌(qiang)等城(cheng)兵丁(ding)賞(shang)一月(yue)錢糧。同時下令籌備西(xi)征將士(shi)返京凱旋(xuan)及大閱八(ba)旗官兵事宜。十一月(yue)，乾隆(long)皇(huang)帝下令于葉爾羌(qiang)城(cheng)內、伊西(xi)洱庫爾淖爾湖(hu)畔(pan)立碑(bei)，勒石紀錄平(ping)定(ding)回部(bu)之功(gong)，并撰寫(xie)碑(bei)文。
乾隆(long)(long)二(er)十五年（1760年）正(zheng)月(yue)(yue)末，浩罕(han)、巴達(da)克山(shan)、博洛爾使臣(chen)至京。正(zheng)月(yue)(yue)二(er)十七(qi)日(ri)（1760年2月(yue)(yue)27日(ri)），乾隆(long)(long)皇帝升御座于午(wu)門，行受俘禮，額(e)爾登額(e)等(deng)官兵將(jiang)霍集占首級進獻闕(que)下。二(er)月(yue)(yue)二(er)十七(qi)日(ri)（1760年4月(yue)(yue)12日(ri)），兆惠(hui)(hui)、富(fu)德(de)、明瑞(rui)、巴祿等(deng)將(jiang)士(shi)抵京。乾隆(long)(long)皇帝駐蹕良鄉(xiang)縣（縣治(zhi)在今北京市房(fang)山(shan)區良鄉(xiang)鎮）黃新莊，郊勞西征諸(zhu)將(jiang)士(shi)，筑(zhu)壇告天(tian)，并設宴款待將(jiang)軍大臣(chen)與(yu)回部王公(gong)、伯(bo)克。三(san)(san)月(yue)(yue)三(san)(san)日(ri)（1760年4月(yue)(yue)18日(ri)），乾隆(long)(long)皇帝在豐澤園（今中南(nan)海內）宴請兆惠(hui)(hui)、富(fu)德(de)、明瑞(rui)、巴祿與(yu)回部王公(gong)伯(bo)克、文(wen)武大臣(chen)，賞賜出征將(jiang)士(shi)帑銀、緞(duan)匹。
霍集(ji)(ji)占妻妾雖多，但無子嗣。逃入巴達克山的霍集(ji)(ji)占親信阿(a)卜都海里(li)、鄂(e)斯滿二人(ren)，被(bei)素勒(le)(le)坦沙(sha)(sha)拘禁。乾隆皇帝(di)寬宥其(qi)罪，令素勒(le)(le)坦沙(sha)(sha)嚴行約束，逃逸的厄魯特頭目沙(sha)(sha)喇斯、瑪(ma)呼斯二人(ren)不久被(bei)其(qi)部下所殺。后世有民間傳說認為(wei)，霍集(ji)(ji)占有一妻（妾）被(bei)俘后成為(wei)乾隆皇帝(di)的嬪妃，被(bei)稱為(wei)香(xiang)妃。
波(bo)羅(luo)(luo)尼(ni)都(dou)死后，被(bei)仆人(ren)秘密葬(zang)于牌租阿巴(ba)(ba)特；其(qi)妻妾、子女也留在巴(ba)(ba)達(da)克山(shan)。乾(qian)隆二(er)十六年（1761年），清(qing)廷得知波(bo)羅(luo)(luo)尼(ni)都(dou)妻、子下落；及波(bo)羅(luo)(luo)尼(ni)都(dou)埋(mai)葬(zang)地(di)點，遂遣人(ren)向巴(ba)(ba)達(da)克山(shan)索取。乾(qian)隆二(er)十七年十二(er)月二(er)十三日（1763年2月5日），素(su)勒坦沙派人(ren)同清(qing)使薩里來到埋(mai)葬(zang)處將(jiang)波(bo)羅(luo)(luo)尼(ni)都(dou)尸(shi)骸取出；并將(jiang)波(bo)羅(luo)(luo)尼(ni)都(dou)之(zhi)妻妾、子嗣(si)六人(ren)交予清(qing)使，其(qi)分別是(shi)：
珠賚哈(ha)（維吾爾人），有子阿斯瑪。
巴特(te)(te)瑪(ma)（厄(e)魯特(te)(te)蒙古人(ren)），有子(zi)阿卜都哈里(li)克。
額爾克揚(yang)（柯爾克孜人），有子巴哈敦(dun)。
照(zhao)管波(bo)(bo)羅(luo)(luo)尼(ni)都(dou)(dou)妻、子(zi)的毛拉巴喇(la)特(te)、密(mi)(mi)諾羅(luo)(luo)斯(si)(si)等九人(ren)也愿同薩里(li)(li)返(fan)回內(nei)地。乾隆二十八(ba)年（1763年）正月，波(bo)(bo)羅(luo)(luo)尼(ni)都(dou)(dou)家眷被帶到葉爾(er)羌(qiang)。葉爾(er)羌(qiang)辦事(shi)都(dou)(dou)統新(xin)柱詰問(wen)巴達克山使臣密(mi)(mi)爾(er)咱阿(a)達里(li)(li)卜，素勒(le)坦沙先前聲稱波(bo)(bo)羅(luo)(luo)尼(ni)都(dou)(dou)之(zhi)(zhi)尸(shi)(shi)被其(qi)仆(pu)從(cong)伊(yi)里(li)(li)雅斯(si)(si)盜(dao)往(wang)(wang)琿都(dou)(dou)斯(si)(si)塔爾(er)罕(han)部(bu)落(luo)，今為何又(you)從(cong)維薩巴特(te)掘出？密(mi)(mi)爾(er)咱阿(a)達里(li)(li)卜稱：先前并不知尸(shi)(shi)首被盜(dao)原委。后來波(bo)(bo)羅(luo)(luo)尼(ni)都(dou)(dou)之(zhi)(zhi)幼女(nv)亡故，仆(pu)人(ren)夜間前往(wang)(wang)其(qi)父墓(mu)地埋葬時，曾追隨波(bo)(bo)羅(luo)(luo)尼(ni)都(dou)(dou)之(zhi)(zhi)舊人(ren)都(dou)(dou)前往(wang)(wang)祭奠，被巴達克山人(ren)目擊。二月，新(xin)柱將(jiang)波(bo)(bo)羅(luo)(luo)尼(ni)都(dou)(dou)尸(shi)(shi)骸匣封(feng)，與(yu)其(qi)妻、子(zi)、部(bu)屬一同送往(wang)(wang)北京。阿(a)卜都(dou)(dou)哈里(li)(li)克后來被編入正白旗蒙古，子(zi)孫世居內(nei)地。乾隆皇帝還令人(ren)保護大小和卓祖先阿(a)帕克和卓之(zhi)(zhi)墓(mu)，“毋得(de)樵采(cai)污穢(hui)，以昭國家矜恤之(zhi)(zhi)仁。”
波羅(luo)尼都(dou)另(ling)有一子(zi)薩(sa)(sa)(sa)(sa)(sa)木薩(sa)(sa)(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)，為其妾愛(ai)什阿哈(ha)察所(suo)生。后來波羅(luo)尼都(dou)與愛(ai)什阿哈(ha)察離異，薩(sa)(sa)(sa)(sa)(sa)木薩(sa)(sa)(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)遂由乳母撫養(yang)。乾隆(long)皇帝令(ling)將薩(sa)(sa)(sa)(sa)(sa)木薩(sa)(sa)(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)“送來京(jing)師，加恩養(yang)育”。后來舒赫德發現所(suo)獲之(zhi)(zhi)薩(sa)(sa)(sa)(sa)(sa)木薩(sa)(sa)(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)并非波羅(luo)尼都(dou)之(zhi)(zhi)子(zi)，而(er)是(shi)同(tong)名之(zhi)(zhi)人。后據素勒坦沙奏報，薩(sa)(sa)(sa)(sa)(sa)木薩(sa)(sa)(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)逃(tao)到(dao)了(le)愛(ai)烏罕(han)(han)東北之(zhi)(zhi)琿都(dou)斯(si)(si)（今(jin)阿富汗昆都(dou)士）。二十多(duo)年(nian)后，清(qing)廷又得知薩(sa)(sa)(sa)(sa)(sa)木薩(sa)(sa)(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)居住在(zai)布(bu)哈(ha)爾(er)之(zhi)(zhi)撒(sa)馬爾(er)罕(han)(han)，過著貧苦(ku)生活。喀(ka)什噶爾(er)伯(bo)克(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)鄂斯(si)(si)滿寫信招薩(sa)(sa)(sa)(sa)(sa)木薩(sa)(sa)(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)回國，但(dan)未成功。薩(sa)(sa)(sa)(sa)(sa)木薩(sa)(sa)(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)又前往忽氈（今(jin)塔吉克(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)斯(si)(si)坦苦(ku)盞(zhan)）等(deng)地居住，并受到(dao)浩(hao)罕(han)(han)伯(bo)克(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)那(nei)爾(er)巴圖的管制(zhi)，最后在(zai)布(bu)哈(ha)爾(er)（今(jin)烏茲別克(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)斯(si)(si)坦布(bu)哈(ha)拉）死(si)去。
薩木薩克有三子：和(he)卓玉(yu)素(su)普(pu)、張格(ge)爾(er)(er)、巴布頂(ding)。巴布頂(ding)早(zao)亡，玉(yu)素(su)普(pu)、張格(ge)爾(er)(er)后來都(dou)成為(wei)浩(hao)(hao)(hao)(hao)罕入侵新(xin)(xin)疆(jiang)的工具。由(you)于與新(xin)(xin)疆(jiang)的貿(mao)易(yi)是浩(hao)(hao)(hao)(hao)罕的經濟命脈，浩(hao)(hao)(hao)(hao)罕伯克表(biao)面上對清(qing)(qing)朝皇帝表(biao)示恭(gong)順(shun)，暗中利用和(he)卓后裔(yi)向(xiang)清(qing)(qing)廷和(he)新(xin)(xin)疆(jiang)官員施壓，謀取在新(xin)(xin)疆(jiang)南部(bu)的特(te)權，必要時(shi)直接派兵(bing)幫助和(he)卓后裔(yi)作(zuo)(zuo)(zuo)亂。和(he)卓后裔(yi)也(ye)依附浩(hao)(hao)(hao)(hao)罕壯大(da)自己的聲勢，張格(ge)爾(er)(er)就(jiu)許諾(nuo)將喀什噶爾(er)(er)城(cheng)贈(zeng)予(yu)浩(hao)(hao)(hao)(hao)罕。到了浩(hao)(hao)(hao)(hao)罕伯克愛瑪(ma)爾(er)(er)在位時(shi)，“藉張格(ge)爾(er)(er)為(wei)奇(qi)貨，暗令(ling)其(qi)滋擾邊界，復匿之境內，故(gu)使內地聞之，其(qi)情實(shi)為(wei)狡譎”。嘉慶(qing)末(mo)、道(dao)光(guang)初，張格(ge)爾(er)(er)四次潛(qian)入新(xin)(xin)疆(jiang)西部(bu)，倚仗浩(hao)(hao)(hao)(hao)罕、布魯特(te)軍隊在喀什噶爾(er)(er)一帶作(zuo)(zuo)(zuo)亂。道(dao)光(guang)八年（1828年），張格(ge)爾(er)(er)被(bei)擒，押解(jie)至北京處死(si)。道(dao)光(guang)十(shi)年（1830年），玉(yu)素(su)普(pu)入卡作(zuo)(zuo)(zuo)亂失敗。張格(ge)爾(er)(er)之子布素(su)魯克仍(reng)留在浩(hao)(hao)(hao)(hao)罕。
張(zhang)格爾(er)死(si)后，浩罕繼續(xu)利用白山派和卓(zhuo)后裔入侵新(xin)疆(jiang)，掠奪喀什噶爾(er)、葉(xie)爾(er)羌(qiang)等地的(de)財富。如(ru)道(dao)光年間的(de)七和卓(zhuo)之(zhi)(zhi)亂、咸豐年間的(de)倭里罕之(zhi)(zhi)亂。浩罕被(bei)俄國滅亡(wang)前夕，浩罕權臣阿古(gu)柏攜(xie)布素魯(lu)(lu)克入侵新(xin)疆(jiang)，建立“哲德(de)沙(sha)爾(er)國”和“洪福汗國”。光緒初，左宗棠領兵驅(qu)逐阿古(gu)柏，收復新(xin)疆(jiang)。布素魯(lu)(lu)克下(xia)落不(bu)明，倭里罕被(bei)阿古(gu)柏毒殺(sha)。和卓(zhuo)家族的(de)子孫至此退出(chu)歷史舞臺。
大小和卓西逃后，乾隆皇帝下令改革維吾爾人原有的伯克制，禁止伯克世襲，確(que)定大(da)(da)小(xiao)伯克的(de)品級、員額、俸祿，并實(shi)行回避。通過有限度的(de)“改土歸流”，伯克階層由世襲貴族(zu)轉變為清朝的(de)地(di)方(fang)官吏。在軍事方(fang)面，回部各(ge)城設駐札大(da)(da)臣，領八(ba)旗、綠營兵鎮守，各(ge)城大(da)(da)臣以喀什噶爾參贊大(da)(da)臣為首。乾隆(long)二十七年（1762年），置伊犁(li)將(jiang)軍統(tong)轄(xia)新(xin)疆各(ge)地(di)，以領兵追擊大(da)(da)小(xiao)和卓的(de)領侍衛內大(da)(da)臣明瑞補授。“軍府制”逐漸確(que)立。
早在霍(huo)集占起(qi)兵之(zhi)時(shi)，乾(qian)隆皇帝已命兆(zhao)惠(hui)清(qing)(qing)查回(hui)部各城戶(hu)口(kou)，調查準(zhun)噶爾(er)統(tong)治(zhi)(zhi)(zhi)時(shi)期(qi)的(de)歷年貢(gong)賦。兆(zhao)惠(hui)領兵南下后，舒(shu)赫德負責辦理此事，將人口(kou)、土地、賦稅(shui)情況陸續造冊呈報。西域(yu)底定后，清(qing)(qing)廷減輕了準(zhun)噶爾(er)、大小和卓統(tong)治(zhi)(zhi)(zhi)時(shi)期(qi)的(de)沉重賦稅(shui)，廢(fei)止了名目繁多(duo)的(de)勒索攤派。同時(shi)廣辟屯田(tian)、治(zhi)(zhi)(zhi)水(shui)灌(guan)溉，頒行制錢，使新疆經(jing)濟得到恢復(fu)和發展(zhan)。
中(zhong)(zhong)國(guo)與西亞(ya)、南亞(ya)的陸路貿(mao)易也(ye)因回(hui)部平(ping)定(ding)而重新打通。中(zhong)(zhong)國(guo)出產的茶葉(xie)(xie)、絲綢、羊(yang)毛在(zai)葉(xie)(xie)爾羌、喀什噶爾經浩罕進入波斯(si)和(he)俄國(guo)；經拉達克進入英(ying)屬印度并販往歐洲。俄國(guo)的皮革、火器，英(ying)國(guo)的鴉(ya)片則經葉(xie)(xie)爾羌流入中(zhong)(zhong)國(guo)。回(hui)部的平(ping)定(ding)還使(shi)自明代中(zhong)(zhong)期(qi)中(zhong)(zhong)斷(duan)的和(he)闐(tian)玉石(shi)供應得以恢復。此后，和(he)闐(tian)玉成為清皇室(shi)壟斷(duan)的珍寶，其采集和(he)運輸受到嚴(yan)格的監管。
平定(ding)大小和卓(zhuo)是清朝統一(yi)中(zhong)國(guo)(guo)戰爭的(de)(de)最后(hou)(hou)一(yi)役，使(shi)天山(shan)(shan)南(nan)路復入(ru)中(zhong)國(guo)(guo)版圖(tu)(tu)。西域底(di)定(ding)后(hou)(hou)，清代中(zhong)國(guo)(guo)疆(jiang)域的(de)(de)正(zheng)西端延(yan)至(zhi)帕米(mi)爾以西的(de)(de)噴赤河流域，版圖(tu)(tu)臻于極盛。鄰近(jin)新(xin)(xin)疆(jiang)的(de)(de)浩罕、布哈爾、安集延(yan)、巴達克(ke)山(shan)(shan)、愛烏(wu)罕（阿富汗）、博洛爾、乾(qian)竺特（坎巨(ju)提）等部落遣(qian)使(shi)入(ru)貢，臣屬于中(zhong)國(guo)(guo)。自康(kang)熙時準噶爾東侵以來(lai)，持續七十余年的(de)(de)西北邊(bian)患暫告終結。此后(hou)(hou)至(zhi)道光(guang)初的(de)(de)六十年間，新(xin)(xin)疆(jiang)、蒙(meng)古(gu)沒有發生大的(de)(de)變亂。道光(guang)以降，俄羅斯、英國(guo)(guo)的(de)(de)殖民(min)者深(shen)入(ru)費爾干納盆地和克(ke)什米(mi)爾，逼(bi)近(jin)中(zhong)國(guo)(guo)西境，新(xin)(xin)疆(jiang)又進入(ru)動蕩時期(qi)。
