大小和卓的祖先是中亞納格什班迪教派的領袖瑪赫杜米·阿札木。瑪赫杜米·阿札木(mu)據稱(cheng)(cheng)是先知(zhi)穆罕默德女兒(er)的(de)(de)后(hou)裔，其子孫(sun)號稱(cheng)(cheng)“和(he)(he)卓(zhuo)”，主要分為(wei)(wei)黑(hei)山(shan)派(pai)和(he)(he)白山(shan)派(pai)兩(liang)個敵(di)對的(de)(de)支(zhi)系。明代(dai)中期，黑(hei)山(shan)派(pai)和(he)(he)卓(zhuo)得到(dao)葉(xie)爾(er)(er)羌汗(han)國王室的(de)(de)支(zhi)持(chi)，成為(wei)(wei)西域天山(shan)南路的(de)(de)穆斯林(lin)宗(zong)教領袖。明末清初，白山(shan)派(pai)領袖瑪木(mu)特·玉素布從中亞來到(dao)喀什(shen)(shen)噶爾(er)(er)（今喀什(shen)(shen)市）傳教，后(hou)來被(bei)葉(xie)爾(er)(er)羌汗(han)和(he)(he)黑(hei)山(shan)派(pai)驅(qu)逐(zhu)。瑪木(mu)特·玉素布之(zhi)子伊達(da)雅圖勒(le)拉(la)逃往甘肅河州（今臨夏市），輾轉來到(dao)西藏，尋求(qiu)達(da)賴喇嘛和(he)(he)蒙古準噶爾(er)(er)部(bu)的(de)(de)支(zhi)持(chi)。清康(kang)熙十九(jiu)年（1680年），在伊達(da)雅圖勒(le)拉(la)的(de)(de)幫助(zhu)下，準噶爾(er)(er)汗(han)噶爾(er)(er)丹進兵葉(xie)爾(er)(er)羌，廢黜了葉(xie)爾(er)(er)羌汗(han)伊思瑪業勒(le)，扶植(zhi)伊思瑪業勒(le)之(zhi)侄阿卜都里什(shen)(shen)特即位。伊達(da)雅圖勒(le)拉(la)驅(qu)逐(zhu)了葉(xie)爾(er)(er)羌的(de)(de)黑(hei)山(shan)派(pai)首領，號稱(cheng)(cheng)“阿帕(pa)克和(he)(he)卓(zhuo)”，但又與葉(xie)爾(er)(er)羌汗(han)發生沖突。
約在1692年(nian)，阿(a)帕克(ke)和(he)(he)卓(zhuo)戰勝了葉(xie)爾羌(qiang)(qiang)汗馬哈(ha)麻特·額(e)敏，控(kong)制(zhi)了喀什(shen)(shen)噶(ga)(ga)爾、葉(xie)爾羌(qiang)(qiang)等地(di)(di)。兩(liang)年(nian)后阿(a)帕克(ke)和(he)(he)卓(zhuo)去世(shi)，喀什(shen)(shen)噶(ga)(ga)爾一(yi)(yi)帶陷入葉(xie)爾羌(qiang)(qiang)汗、白山(shan)派、吉利(li)吉思（布魯(lu)特）和(he)(he)各地(di)(di)伯克(ke)的混戰之中。策(ce)妄阿(a)拉布坦繼任準噶(ga)(ga)爾汗后，將天山(shan)南(nan)路置于(yu)其(qi)直接統治之下(xia)，黑山(shan)、白山(shan)兩(liang)派的和(he)(he)卓(zhuo)后裔都(dou)被遷至(zhi)伊犁（今伊犁州霍城縣）一(yi)(yi)帶囚禁。到了噶(ga)(ga)爾丹(dan)策(ce)零在位時(shi)，又任用黑山(shan)派和(he)(he)卓(zhuo)達涅爾管理葉(xie)爾羌(qiang)(qiang)、喀什(shen)(shen)噶(ga)(ga)爾等地(di)(di)事務。此時(shi)，阿(a)帕克(ke)和(he)(he)卓(zhuo)之孫(sun)瑪(ma)罕木特已在囚禁中死去，其(qi)二子波羅尼都(dou)、霍集占，即大小(xiao)和(he)(he)卓(zhuo)，被囚禁于(yu)伊犁東北的額(e)林哈(ha)畢爾噶(ga)(ga)（今依連哈(ha)比爾尕山(shan)），由當(dang)地(di)(di)準噶(ga)(ga)爾宰桑阿(a)巴噶(ga)(ga)斯、哈(ha)丹(dan)兄弟看(kan)管。
乾隆二十年（1755年）初，清軍西征準噶爾，定(ding)北將(jiang)(jiang)(jiang)軍班(ban)(ban)第、定(ding)邊左副(fu)將(jiang)(jiang)(jiang)軍阿睦(mu)爾撒納出北路(lu)，參贊大臣鄂容安(an)、定(ding)邊右副(fu)將(jiang)(jiang)(jiang)軍薩(sa)喇(la)勒出西路(lu)，兩軍約(yue)于博(bo)羅塔拉(la)（博(bo)爾塔拉(la)）會師。在進軍途中，阿巴噶(ga)(ga)斯、哈丹(dan)等(deng)人(ren)率眾投(tou)降(jiang)。四月(yue)(yue)初八，波(bo)羅尼都來(lai)(lai)到西路(lu)軍薩(sa)喇(la)勒處投(tou)誠(cheng)，稱：“策妄阿喇(la)布坦(tan)時將(jiang)(jiang)(jiang)我父縛(fu)來(lai)(lai)為質，至今并(bing)不將(jiang)(jiang)(jiang)我等(deng)放回(hui)。我等(deng)情(qing)愿(yuan)帶領屬下三十余戶(hu)投(tou)降(jiang)大皇帝為臣仆”。不久(jiu)，霍集(ji)占(zhan)(zhan)亦隨哈丹(dan)來(lai)(lai)降(jiang)，并(bing)稱“若(ruo)荷恩得回(hui)故土，情(qing)愿(yuan)招服喀什噶(ga)(ga)爾、葉爾羌各處人(ren)眾，同(tong)來(lai)(lai)歸順”。五月(yue)(yue)，清兵進駐(zhu)伊犁。班(ban)(ban)第擬(ni)送波(bo)羅尼都赴京朝覲，留霍集(ji)占(zhan)(zhan)在伊犁“照管游牧”，即管理被(bei)準噶(ga)(ga)爾遷至伊犁的(de)回(hui)人(ren)（清代稱維吾爾人(ren)為“回(hui)人(ren)”）。
六月，烏(wu)什(shen)伯克(ke)霍(huo)(huo)(huo)集斯誘擒準噶(ga)(ga)爾(er)汗(han)達(da)瓦齊，將達(da)瓦齊縛獻清(qing)軍(jun)，準噶(ga)(ga)爾(er)汗(han)國(guo)滅亡。此時，喀(ka)什(shen)噶(ga)(ga)爾(er)的(de)(de)黑(hei)山(shan)(shan)派(pai)(pai)和(he)(he)卓玉素普（達(da)涅(nie)爾(er)之(zhi)子）正計劃(hua)向北(bei)進軍(jun)。阿克(ke)蘇的(de)(de)阿奇(qi)木(mu)伯克(ke)阿卜(bu)(bu)都(dou)(dou)瓜卜(bu)(bu)（霍(huo)(huo)(huo)集斯之(zhi)兄(xiong)）向班第提議：由清(qing)軍(jun)派(pai)(pai)使者護(hu)送大小和(he)(he)卓之(zhi)一前去(qu)喀(ka)什(shen)噶(ga)(ga)爾(er)，“然后(hou)宣(xuan)告他(ta)已被(bei)中國(guo)皇帝指定(ding)為該地區的(de)(de)統治者”。班第派(pai)(pai)遣侍衛(wei)托倫(lun)泰(tai)與霍(huo)(huo)(huo)集斯護(hu)送波羅(luo)尼都(dou)(dou)南下招服(fu)喀(ka)什(shen)噶(ga)(ga)爾(er)、葉爾(er)羌，霍(huo)(huo)(huo)集占則仍留伊犁。托倫(lun)泰(tai)與波羅(luo)尼都(dou)(dou)在(zai)霍(huo)(huo)(huo)集斯家族的(de)(de)支持下，在(zai)烏(wu)什(shen)集結軍(jun)隊，擊敗(bai)了北(bei)上的(de)(de)黑(hei)山(shan)(shan)派(pai)(pai)，并乘勝南進。喀(ka)什(shen)噶(ga)(ga)爾(er)的(de)(de)阿奇(qi)木(mu)伯克(ke)和(he)(he)什(shen)克(ke)開城投(tou)降(jiang)。葉爾(er)羌的(de)(de)黑(hei)山(shan)(shan)派(pai)(pai)首領(ling)和(he)(he)卓加罕（即雅庫布(bu)，玉素普長兄(xiong)）力戰(zhan)不敵，最(zui)后(hou)兵敗(bai)被(bei)殺。
清軍(jun)占(zhan)領伊(yi)(yi)(yi)(yi)(yi)犁后，朝廷(ting)以(yi)平定準噶爾(er)(er)(er)(er)大(da)功(gong)告成，將(jiang)西(xi)征大(da)軍(jun)撤回(hui)內地(di)，僅(jin)留少量(liang)兵(bing)力駐(zhu)守伊(yi)(yi)(yi)(yi)(yi)犁、烏魯木(mu)齊等(deng)處(chu)。乾(qian)(qian)隆皇帝認(ren)為阿(a)(a)睦(mu)(mu)爾(er)(er)(er)(er)撒(sa)(sa)納(na)(na)雖有覬覦準噶爾(er)(er)(er)(er)汗位之志(zhi)，但(dan)“料伊(yi)(yi)(yi)(yi)(yi)亦不敢遽(ju)爾(er)(er)(er)(er)妄(wang)行”，并指(zhi)示諸大(da)臣(chen)：阿(a)(a)睦(mu)(mu)爾(er)(er)(er)(er)撒(sa)(sa)納(na)(na)“不過希圖肥(fei)己(ji)，不必過于苛求”。乾(qian)(qian)隆二十年(nian)(nian)（1755年(nian)(nian)）八月，阿(a)(a)睦(mu)(mu)爾(er)(er)(er)(er)撒(sa)(sa)納(na)(na)在(zai)(zai)赴熱(re)河途(tu)中(zhong)叛逃，潛往塔爾(er)(er)(er)(er)巴哈臺。伊(yi)(yi)(yi)(yi)(yi)犁的(de)宰桑、喇嘛起兵(bing)響應，攻(gong)占(zhan)了伊(yi)(yi)(yi)(yi)(yi)犁城。霍(huo)集(ji)(ji)占(zhan)在(zai)(zai)戰(zhan)亂(luan)中(zhong)率(lv)所屬(shu)維吾爾(er)(er)(er)(er)人(ren)(ren)逃離伊(yi)(yi)(yi)(yi)(yi)犁。同被準噶爾(er)(er)(er)(er)囚禁在(zai)(zai)伊(yi)(yi)(yi)(yi)(yi)犁的(de)白(bai)山派(pai)額爾(er)(er)(er)(er)克(ke)和(he)卓額色尹（霍(huo)集(ji)(ji)占(zhan)族叔）、鄂托蘭珠和(he)卓瑪木(mu)特等(deng)人(ren)(ren)不愿依附(fu)霍(huo)集(ji)(ji)占(zhan)，逃往布魯特部(bu)落及浩罕等(deng)地(di)。是(shi)年(nian)(nian)末，阿(a)(a)睦(mu)(mu)爾(er)(er)(er)(er)撒(sa)(sa)納(na)(na)遣(qian)使至波羅尼都(dou)(dou)處(chu)，告知(zhi)攻(gong)陷伊(yi)(yi)(yi)(yi)(yi)犁情(qing)形。波羅尼都(dou)(dou)等(deng)將(jiang)托倫泰、特古(gu)斯（薩(sa)喇勒(le)之兄(xiong)）等(deng)人(ren)(ren)及蒙(meng)古(gu)官兵(bing)扣(kou)留。乾(qian)(qian)隆二十一(yi)年(nian)(nian)（1756年(nian)(nian)）二月，定西(xi)將(jiang)軍(jun)策楞(leng)率(lv)西(xi)路(lu)清軍(jun)收復伊(yi)(yi)(yi)(yi)(yi)犁，阿(a)(a)睦(mu)(mu)爾(er)(er)(er)(er)撒(sa)(sa)納(na)(na)逃往哈薩(sa)克(ke)，形勢再度逆轉。五月，霍(huo)集(ji)(ji)占(zhan)與波羅尼都(dou)(dou)會合。霍(huo)集(ji)(ji)占(zhan)殺死阿(a)(a)睦(mu)(mu)爾(er)(er)(er)(er)撒(sa)(sa)納(na)(na)派(pai)來(lai)的(de)使者(zhe)，將(jiang)托倫泰送回(hui)；又以(yi)投誠為名，派(pai)人(ren)(ren)到(dao)清軍(jun)大(da)營探聽消息。
霍(huo)集(ji)占欲反清自(zi)立，與手下各頭目商議：“甫免為(wei)厄(e)魯特(te)（準(zhun)(zhun)噶爾(er)）役使(shi)，今若(ruo)投誠，又當(dang)納貢。不(bu)(bu)若(ruo)自(zi)長一(yi)方(fang)，種(zhong)地(di)守城(cheng)，足為(wei)捍御。”波羅尼都(dou)不(bu)(bu)愿與清軍為(wei)敵，說：“從(cong)前受辱于(yu)厄(e)魯特(te)，非大國(guo)（清）兵力，安能復歸故土？恩不(bu)(bu)可負，即兵力亦斷不(bu)(bu)能抗。”霍(huo)集(ji)占派人殺死(si)蒙(meng)古察合臺汗王(wang)后裔以(yi)及葉爾(er)羌(qiang)舊首領伊克和卓，又自(zi)加汗號(hao)，稱“巴圖(tu)爾(er)汗”。波羅尼都(dou)勸阻(zu)霍(huo)集(ji)占：“我兄(xiong)弟自(zi)祖父三世，俱被準(zhun)(zhun)噶爾(er)囚禁。荷蒙(meng)天(tian)恩釋放，仍為(wei)回部頭目，受恩深重(zhong)。若(ruo)爾(er)有(you)負天(tian)朝，任爾(er)自(zi)為(wei)，我必(bi)不(bu)(bu)能聽從(cong)”。霍(huo)集(ji)占固執己見(jian)，兄(xiong)弟二人出現不(bu)(bu)和。
霍(huo)(huo)集(ji)占(zhan)只信任(ren)在(zai)伊(yi)犁囚(qiu)禁時追隨他的屬下(xia)，對回疆各(ge)地(di)原(yuan)有伯(bo)克(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)則明加籠絡，暗奪其(qi)權，致使“各(ge)城頭目(mu)，俱不心服”。霍(huo)(huo)集(ji)占(zhan)因忌憚烏什(shen)、阿(a)(a)克(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)蘇的霍(huo)(huo)集(ji)斯(si)(si)(si)家族勢(shi)力，以烏什(shen)伯(bo)克(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)霍(huo)(huo)集(ji)斯(si)(si)(si)為(wei)和(he)(he)闐伯(bo)克(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)，阿(a)(a)克(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)蘇伯(bo)克(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)阿(a)(a)卜(bu)都瓜(gua)卜(bu)為(wei)葉(xie)爾(er)羌伯(bo)克(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)，使霍(huo)(huo)集(ji)斯(si)(si)(si)兄弟子侄分(fen)居各(ge)城。霍(huo)(huo)集(ji)斯(si)(si)(si)畏其(qi)聲勢(shi)不敢違抗。“喀(ka)什(shen)噶(ga)爾(er)、葉(xie)爾(er)羌的伯(bo)克(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)階級(ji)也幾乎沒有支持和(he)(he)卓木(mu)兄弟的”。喀(ka)什(shen)噶(ga)爾(er)伯(bo)克(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)和(he)(he)什(shen)克(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)不愿依附霍(huo)(huo)集(ji)占(zhan)，不得不逃亡至布魯特。阿(a)(a)睦爾(er)撒納(na)叛亂(luan)(luan)前后(hou)，庫車(che)伯(bo)克(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)鄂(e)對、拜(bai)城伯(bo)克(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)噶(ga)岱(dai)默特等(deng)人(ren)已避亂(luan)(luan)投奔清軍，于是霍(huo)(huo)集(ji)占(zhan)又接收了(le)庫車(che)、拜(bai)城，控制了(le)喀(ka)喇沙爾(er)（今焉耆）以南、塔里木(mu)盆地(di)西(xi)部的大部分(fen)地(di)方(fang)。
乾隆二十一年（1756年）閏九月，駐扎伊犁的(de)戶部左(zuo)侍郎(lang)兆惠接到托倫泰(tai)返回(hui)的(de)報文(wen)，認為“回(hui)城(cheng)地方(fang)并無事(shi)故”，于是遣副(fu)都統阿(a)敏(min)(min)道、宰桑(sang)錫克錫爾格(ge)帶(dai)(dai)索倫、準噶(ga)(ga)爾兵(bing)(bing)三千余(yu)(yu)人往(wang)招撫(fu)回(hui)部各(ge)城(cheng)，“將回(hui)人等加意安(an)撫(fu)”，并催繳各(ge)地稅(shui)賦。和卓軍隊據守庫(ku)車城(cheng)與阿(a)敏(min)(min)道對峙。阿(a)敏(min)(min)道詢問庫(ku)車伯克呼岱巴爾氐(di)(di)（霍集斯(si)長子）為何(he)據城(cheng)迎戰(zhan)，呼岱巴爾氐(di)(di)詭稱因畏懼清軍中(zhong)的(de)準噶(ga)(ga)爾兵(bing)(bing)，不敢歸(gui)降。于是阿(a)敏(min)(min)道令準噶(ga)(ga)爾兵(bing)(bing)撤回(hui)，僅帶(dai)(dai)索倫兵(bing)(bing)一(yi)百余(yu)(yu)人入城(cheng)。
十(shi)月，先前(qian)由策楞遣往(wang)葉爾(er)羌、喀什噶爾(er)的官(guan)員提(ti)奇圖(tu)等返回伊(yi)犁(li)軍營，報告霍集占(zhan)扣留清(qing)軍派去的蒙古兵(bing)丁及種種謀反情(qing)(qing)形。兆(zhao)惠認為波羅尼都“似屬(shu)恭(gong)順”，霍集占(zhan)“顯(xian)有(you)背逆情(qing)(qing)狀”，擬令霍集占(zhan)親自來伊(yi)犁(li)謁見。但乾隆皇帝(di)并未(wei)意(yi)識到局勢的嚴重。此時，霍集占(zhan)派出(chu)的使者沙泥雅斯抵達京師(shi)謝恩，乾隆皇帝(di)認為霍集占(zhan)遣使遠來“意(yi)甚誠篤”；且(qie)因其向來畏懼(ju)準噶爾(er)，情(qing)(qing)有(you)可原；并傳諭兆(zhao)惠“但令其每(mei)年貢賦照交(jiao)納，毋庸(yong)加以兵(bing)威”。
此時(shi)，征討阿睦爾(er)(er)(er)撒納(na)的(de)清(qing)軍(jun)主(zhu)力陸(lu)續撤回，一(yi)部份清(qing)軍(jun)被(bei)調往蒙古平定(ding)撤驛之(zhi)變(bian)，天山北路守備空虛(xu)。十一(yi)月(yue)，乾(qian)隆皇帝(di)冊封(feng)的(de)輝特(te)汗班珠爾(er)(er)(er)與綽羅斯汗噶(ga)勒(le)藏多爾(er)(er)(er)濟相(xiang)約舉兵(bing)叛(pan)亂。已升任定(ding)邊右副(fu)將軍(jun)的(de)兆惠率(lv)五(wu)百(bai)(bai)余(yu)人由伊犁東撤，在鄂壘扎(zha)拉圖（今(jin)屬烏蘇市）、庫(ku)圖齊、烏魯木齊經(jing)數次(ci)惡(e)戰后，于(yu)次(ci)年(nian)二(er)(er)月(yue)退回巴里坤。阿睦爾(er)(er)(er)撒納(na)重返西域，清(qing)軍(jun)再次(ci)失去對(dui)天山北路的(de)控(kong)制。在此(ci)情勢(shi)下，霍集占(zhan)認為清(qing)廷在西域的(de)統治(zhi)已近乎崩潰，遂于(yu)乾(qian)隆二(er)(er)十二(er)(er)年(nian)（1757年(nian)）三月(yue)令人殺死庫(ku)車城內的(de)阿敏道(dao)，公開舉兵(bing)反叛(pan)。呼岱巴爾(er)(er)(er)氐得知(zhi)這一(yi)命令后，暗中告(gao)知(zhi)阿敏道(dao)。阿敏道(dao)率(lv)眾逃出城外，被(bei)霍集占(zhan)軍(jun)追及，一(yi)百(bai)(bai)余(yu)人全部戰死。
霍集占的反叛大出乾隆皇帝之預料。乾隆二十二年五月，定邊將軍成袞扎布奏請前往回疆平叛。乾隆皇帝傳諭成袞扎布、兆惠全力擒拿阿睦爾撒納，定于次年春天再進兵回部。六月，阿睦爾撒納與哈薩克汗阿布賚反目，逃入俄羅斯。乾隆二十三年正月二十六日癸丑（1758年3月5日），確認阿睦爾撒納在俄羅斯出痘身死后，乾隆皇帝下諭征討霍集占乾隆皇帝與大臣認為波羅尼都“頗圖安(an)靜”、并(bing)無謀(mou)反(fan)之心，以(yi)至期望(wang)波羅尼都將霍集(ji)占擒獲，并(bing)向清軍投(tou)誠。二月(yue)，朝廷(ting)以(yi)雅爾哈善為靖逆將軍，率參贊大臣哈寧阿、巴里坤領(ling)隊(dui)大臣愛隆阿、吐(tu)魯番(fan)貝(bei)(bei)勒額敏和(he)卓(zhuo)、哈密貝(bei)(bei)子(zi)玉素(su)富、肅(su)州總兵閆相(xiang)師、鑲黃旗察哈爾總管端濟布(bu)、庫車伯克鄂對等，領(ling)兵八千(qian)，由吐(tu)魯番(fan)西(xi)進(jin)，四月(yue)中旬(xun)至喀喇沙爾集(ji)結。
五月初，清兵包圍庫車。庫車城墻十分堅固，由霍集占的親信阿卜都克勒木駐守。六月，阿卜都克勒木之弟阿卜都哈里克由賽里木率軍來援，在托木羅克被額敏和卓擊退。霍集占親率鳥槍(qiang)兵數千由(you)烏什來援，在(zai)庫車(che)城南被愛隆阿、端(duan)濟布等擊敗。霍集占負傷逃入(ru)庫車(che)城，堅守(shou)不出。提督馬得勝派兵挖(wa)隧道(dao)攻城，雅爾哈善(shan)求(qiu)勝心切，催促士兵日(ri)夜挖(wa)掘。守(shou)軍在(zai)夜間看到火光(guang)，引水灌入(ru)隧道(dao)將清兵淹死。乾隆皇帝見雅爾哈善(shan)指揮無方，遂令(ling)定邊(bian)將軍兆惠率兵南下征(zheng)討(tao)。
霍(huo)集(ji)占入(ru)城(cheng)后，便殺戮鄂對(dui)在(zai)城(cheng)中(zhong)的親屬(shu)。鄂對(dui)之(zhi)妻依(yi)熱木(mu)年少，霍(huo)集(ji)占欲納為妾。依(yi)熱木(mu)不從，被囚于高樓，日(ri)加(jia)凌辱(ru)，其(qi)(qi)二子一女被叛(pan)軍從城(cheng)墻上拋下而死。鄂對(dui)向雅(ya)爾哈善(shan)提議(yi)：分兵埋伏于庫車城(cheng)西、北的兩(liang)處隘口，城(cheng)中(zhong)糧盡時，霍(huo)集(ji)占必出(chu)城(cheng)逃走(zou)，可從容將其(qi)(qi)擒獲。雅(ya)爾哈善(shan)認為鄂對(dui)是新降之(zhi)人，并不聽信其(qi)(qi)言。六月(yue)(yue)二十三(san)日(ri)夜，霍(huo)集(ji)占率騎兵四(si)百(bai)余人出(chu)西門逃遁。八月(yue)(yue)，阿(a)卜都克勒木(mu)也棄城(cheng)逃走(zou)。城(cheng)中(zhong)頭人阿(a)拉難爾率老弱殘(can)兵出(chu)降。鄂對(dui)入(ru)城(cheng)后，手刃霍(huo)集(ji)占黨羽三(san)十余人。
乾(qian)隆(long)皇(huang)帝得知雅爾哈善疏(shu)于防守(shou)，致(zhi)霍集占走脫，極為震怒(nu)，命(ming)將雅爾哈善逮京議斬；以(yi)工部尚書納(na)穆(mu)札(zha)爾代雅爾哈善為靖逆(ni)將軍，戶(hu)部侍郎石(shi)三泰為參贊大臣，受兆(zhao)惠節制(zhi)。此時(shi)，雅爾哈善留玉素富駐守(shou)庫車(che)，以(yi)端濟布為前鋒，開赴阿克蘇(su)。
當六月清(qing)軍圍攻(gong)庫(ku)車之(zhi)時(shi)，賽喇木(mu)（今(jin)拜城縣賽里(li)木(mu)鎮）、沙(sha)雅爾（今(jin)沙(sha)雅縣）爆發了反對(dui)霍集(ji)占(zhan)的起(qi)義，二(er)城隨即向(xiang)清(qing)軍投降(jiang)。在(zai)霍集(ji)占(zhan)從庫(ku)車逃往(wang)阿(a)(a)(a)克(ke)蘇途中，阿(a)(a)(a)克(ke)蘇毛(mao)拉阿(a)(a)(a)舒爾率(lv)眾(zhong)殺死霍集(ji)占(zhan)的親(qin)信，推舉頗拉特為總伯(bo)克(ke)，派人向(xiang)清(qing)軍投誠。霍集(ji)占(zhan)攻(gong)阿(a)(a)(a)克(ke)蘇城不下，又奔赴烏什。
八(ba)月二十四日(ri)，兆惠與雅爾哈善會合(he)，次(ci)日(ri)進駐(zhu)阿克(ke)蘇(su)。兆惠奏請(qing)以鄂(e)對為(wei)阿克(ke)蘇(su)之阿奇木伯克(ke)，頗拉特為(wei)其副手；并(bing)收(shou)繳雅爾哈善官印，將其押解(jie)赴京。兆惠隨即向烏什進發，留閆相師綠營兵八(ba)百人駐(zhu)防阿克(ke)蘇(su)城(cheng)。革職后在(zai)兆惠軍中效(xiao)力的舒赫德也留在(zai)阿克(ke)蘇(su)。
烏什(shen)(shen)伯克(ke)漠咱帕爾(er)是霍集(ji)斯(si)之子，得知(zhi)霍集(ji)占(zhan)率軍前(qian)來，企(qi)圖設(she)宴(yan)將其(qi)誘擒，但計劃泄露。霍集(ji)占(zhan)得知(zhi)后不敢入城，派隨軍的(de)霍集(ji)斯(si)招降漠咱帕爾(er)。霍集(ji)斯(si)原(yuan)為(wei)烏什(shen)(shen)、吐魯番(fan)一帶豪族，被迫依(yi)附于霍集(ji)占(zhan)。入城后，霍集(ji)斯(si)隨即倒戈，派其(qi)子呼岱(dai)巴爾(er)氐前(qian)往(wang)阿克(ke)蘇迎清軍入城。霍集(ji)占(zhan)一路向南退卻(que)，返回喀什(shen)(shen)噶爾(er)。八月三(san)十(shi)日，兆(zhao)惠進(jin)駐烏什(shen)(shen)，以霍集(ji)斯(si)之妻與總兵丑達駐守(shou)。
九(jiu)月初，兆(zhao)惠(hui)派(pai)侍衛齊凌扎布與鄂對前往和(he)闐招降。由于(yu)(yu)和(he)闐伯克霍(huo)集斯(si)已降清，和(he)闐首(shou)城(cheng)額里齊（今(jin)和(he)田(tian)(tian)市）的頭人將(jiang)霍(huo)集占黨(dang)羽驅逐，迎清兵(bing)入城(cheng)。九(jiu)月下旬，和(he)闐所(suo)轄的哈喇(la)哈什（今(jin)墨玉(yu)縣(xian)(xian)）、克勒(le)底雅(ya)（今(jin)于(yu)(yu)田(tian)(tian)縣(xian)(xian)）、齊爾(er)拉(la)（今(jin)策勒(le)縣(xian)(xian)）、玉(yu)隴哈什（今(jin)洛(luo)浦縣(xian)(xian)玉(yu)龍喀什鎮）、塔(ta)克（在今(jin)于(yu)(yu)田(tian)(tian)縣(xian)(xian)南）全部(bu)歸降。至此，僅有喀什噶(ga)爾(er)、葉爾(er)羌(qiang)二城(cheng)尚(shang)在大小和(he)卓手中。
自(zi)兆(zhao)惠南下一月有余，阿(a)(a)(a)克(ke)(ke)蘇(su)、烏什(shen)(shen)、和(he)闐望風而降(jiang)，致使其(qi)錯判形勢(shi)，輕敵冒進。霍集斯向兆(zhao)惠提(ti)議：先攻占葉(xie)爾(er)羌，截住大(da)小和(he)卓出逃之路；再進兵(bing)(bing)喀什(shen)(shen)噶爾(er)，則波羅尼都(dou)自(zi)當(dang)歸降(jiang)。于是兆(zhao)惠不(bu)等納穆札爾(er)、石三(san)泰(tai)的(de)主力抵達，先率(lv)四千人(ren)向葉(xie)爾(er)羌進發(fa)，愛隆(long)(long)阿(a)(a)(a)、戶部侍郎明瑞、霍集斯、端濟(ji)布(bu)、噶岱默(mo)特等從行。乾隆(long)(long)皇(huang)(huang)帝也(ye)認為(wei)“回部各城(cheng)迎降(jiang)相繼，大(da)功可(ke)計日而成”，開始考慮各城(cheng)伯克(ke)(ke)人(ren)選，以及駐兵(bing)(bing)屯(tun)田(tian)等事宜。又(you)(you)令(ling)(ling)章(zhang)嘉呼圖克(ke)(ke)圖寫信給拉達克(ke)(ke)（今克(ke)(ke)什(shen)(shen)米爾(er)東南）頭人(ren)，若(ruo)大(da)小和(he)卓逃至彼處，“即擒(qin)解前(qian)來”，“斷不(bu)可(ke)容留疏縱”。九月，乾隆(long)(long)皇(huang)(huang)帝令(ling)(ling)在哈(ha)薩克(ke)(ke)追剿叛軍的(de)參贊大(da)臣(chen)富德(de)(de)前(qian)往阿(a)(a)(a)克(ke)(ke)蘇(su)策應兆(zhao)惠。又(you)(you)起用舒赫(he)德(de)(de)為(wei)頭等侍衛，并增派察哈(ha)爾(er)兵(bing)(bing)七(qi)百人(ren)、綠(lv)營兵(bing)(bing)三(san)百人(ren)赴(fu)阿(a)(a)(a)克(ke)(ke)蘇(su)，歸舒赫(he)德(de)(de)統領。
霍(huo)(huo)集(ji)占(zhan)退回喀什噶(ga)爾(er)(er)(er)后，波(bo)羅(luo)尼都怨其輕舉妄(wang)動，招(zhao)致清(qing)(qing)軍征(zheng)討。于是霍(huo)(huo)集(ji)占(zhan)前往葉爾(er)(er)(er)羌(qiang)駐守，堅壁清(qing)(qing)野，并(bing)散布謠言稱清(qing)(qing)軍已將霍(huo)(huo)集(ji)斯殺害，且要來(lai)殺盡(jin)回人(ren)。十月初(chu)五，兆惠進兵(bing)葉爾(er)(er)(er)羌(qiang)城下，見葉爾(er)(er)(er)羌(qiang)城池(chi)較(jiao)大，便(bian)設法誘敵出(chu)戰(zhan)。初(chu)六(liu)日，清(qing)(qing)兵(bing)分(fen)七隊(dui)攻城。霍(huo)(huo)集(ji)占(zhan)的(de)騎兵(bing)出(chu)北門(men)突(tu)擊(ji)，擊(ji)潰了(le)清(qing)(qing)軍中的(de)索(suo)倫兵(bing)，但(dan)被(bei)健銳營擊(ji)敗，于是固守不出(chu)。兆惠兵(bing)少不能圍城，令(ling)愛(ai)隆(long)阿(a)、侍衛(wei)奎(kui)瑪岱領兵(bing)八百人(ren)北上防范喀什噶(ga)爾(er)(er)(er)來(lai)援(yuan)，并(bing)接應納穆札(zha)爾(er)(er)(er)、石三泰的(de)援(yuan)軍。此時，波(bo)羅(luo)尼都親(qin)率五千人(ren)前來(lai)增援(yuan)霍(huo)(huo)集(ji)占(zhan)。
富德(de)(de)接到(dao)諭(yu)旨后，于十月抵(di)達烏魯木齊。十月中旬，乾(qian)隆皇帝又令(ling)富德(de)(de)領兵(bing)南下巴(ba)爾(er)楚克（今巴(ba)楚縣(xian)）護衛清軍臺站(zhan)；若到(dao)時兆惠仍未攻下葉爾(er)羌，即可領兵(bing)攻取(qu)喀(ka)什噶爾(er)。
兆惠偵知(zhi)和(he)卓士(shi)兵在葉(xie)爾羌(qiang)城南(nan)的(de)英額齊盤(pan)山放牧，打算(suan)突襲牧地，掠(lve)其牲畜(chu)。
十月十三日(ri)（公歷1758年11月13日(ri)），兆惠由城南(nan)奪橋渡(du)黑水（維吾爾語稱黑水為喀(ka)喇烏蘇），才過(guo)四百(bai)人時，橋梁垮塌，隨即被(bei)(bei)霍集(ji)占軍(jun)一萬余人包圍(wei)。在混亂中清軍(jun)被(bei)(bei)圍(wei)成(cheng)數截，且戰且渡(du)。兆惠傷(shang)及面頰，坐騎中槍(qiang)倒斃，兩度換馬。激(ji)戰五晝夜后(hou)，清兵陣亡數百(bai)人，馬匹陷(xian)入(ru)泥淖者(zhe)甚(shen)多。西寧(ning)鎮(zhen)總兵高天喜、副都統三格、護軍(jun)統領鄂實、監察御史何泰、侍衛特通額(e)等戰死(si)。兆惠無法突(tu)圍(wei)，遂(sui)于黑水南(nan)岸就(jiu)地結(jie)營(ying)(ying)，修筑壕溝，此即當時著名的“黑水營(ying)(ying)”。霍集(ji)占軍(jun)也(ye)就(jiu)地駐扎，將清軍(jun)營(ying)(ying)盤團(tuan)團(tuan)圍(wei)住。此役即通古思(si)魯克之戰。
十(shi)(shi)月十(shi)(shi)三日黑水之戰的(de)同(tong)時(shi)，納(na)(na)穆札(zha)爾、石三泰的(de)援軍(jun)(jun)與(yu)(yu)愛隆阿會合。納(na)(na)穆札(zha)爾與(yu)(yu)諸(zhu)將率二百余(yu)騎兵趁夜行軍(jun)(jun)，以期黎明時(shi)與(yu)(yu)兆(zhao)惠會合，但在途中遇到波(bo)羅尼都(dou)派出(chu)(chu)的(de)援軍(jun)(jun)三千余(yu)人，陷入包圍。納(na)(na)穆札(zha)爾、石三泰、侍衛奎瑪岱、彰武、班泰、管站西拉布、護軍(jun)(jun)校齊旺扎(zha)布等(deng)皆戰死，僅(jin)有少數兵丁逃出(chu)(chu)。愛隆阿聞訊前(qian)往援救，得(de)知(zhi)納(na)(na)穆札(zha)爾已全軍(jun)(jun)覆沒，遂撤往阿克(ke)蘇。兆(zhao)惠上(shang)書請罪(zui)，并奏請調阿克(ke)蘇等(deng)地守軍(jun)(jun)于年底齊集，“合力攻剿”。
和卓軍向黑水營清兵輪番發動攻擊，均被兆惠擊退，于是打算長期圍困，待清兵糧盡時不攻自破。和卓兵引上游河水灌入清營，被清兵導入戰壕排至下游，反而便于清兵汲水。清軍營地多林木，和卓兵射出的鉛彈陷入樹中，清兵砍柴生火時將子彈取出，足以補充彈藥。十一月中旬，布魯特（柯爾克孜人）頭人納喇巴圖流亡(wang)的額爾(er)(er)克(ke)和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)額色尹(yin)等(deng)人(ren)領兵(bing)襲(xi)擊了(le)喀什噶爾(er)(er)的屬城英吉沙爾(er)(er)（今(jin)英吉沙縣），同(tong)一天，兆惠出(chu)擊焚毀了(le)兩處(chu)和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)營(ying)。大小和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)以為布(bu)魯(lu)特(te)與清(qing)軍(jun)聯合，遂遣人(ren)與兆惠議和(he)(he)。兆惠提出(chu)大小和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)必須(xu)先行入京朝(chao)覲；大小和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)則(ze)稱(cheng)“愿送口糧，撤(che)圍(wei)相(xiang)見”，兆惠不予(yu)答復。于(yu)是(shi)波羅尼(ni)都領兵(bing)撤(che)回(hui)喀什噶爾(er)(er)，防御(yu)布(bu)魯(lu)特(te)侵擾。至(zhi)年末，兆惠已被圍(wei)困三個月，軍(jun)糧耗盡(jin)，士兵(bing)只得焚煮馬鞍(an)、皮革，甚至(zhi)掠取平民(min)烹食(shi)。
十一(yi)月初(chu)，乾隆皇帝接到兆惠被圍的奏報，以富(fu)德為定邊右副(fu)(fu)將軍，徑(jing)赴葉爾(er)羌解兆惠之圍；以副(fu)(fu)都統阿里袞(gun)、舒赫德、愛隆阿為參贊大(da)臣，調(diao)集兵(bing)馬、駱(luo)駝前(qian)往(wang)增援(yuan)；令陜甘總(zong)督(du)黃廷桂預(yu)備馬匹二萬，供西征清軍調(diao)用。又命成(cheng)袞(gun)扎布征發(fa)漠北達(da)什達(da)瓦所屬準噶爾(er)兵(bing)丁，于(yu)次年從特穆爾(er)圖淖(nao)爾(er)（今吉爾(er)吉斯斯坦伊塞克湖）南下助攻(gong)。
富德得知兆惠被圍困后，率副都統鄂博什及侍衛瑪瑺、額爾登額、老格等，于十一月十一日從烏魯木齊出發，日夜兼程開赴阿克蘇。領隊大臣豆斌、散秩大臣永慶、副都統瑚(hu)爾起、福(fu)祿、總管端濟布(bu)等領(ling)兵協(xie)同。十二月初四日(ri)，舒(shu)赫(he)德率新到(dao)的內地(di)、索(suo)倫士(shi)兵與(yu)原駐(zhu)兵丁共三千(qian)五(wu)百人(ren)由阿(a)克蘇開拔。十二月十六日(ri)，富(fu)(fu)德抵達阿(a)克蘇。二十五(wu)日(ri)，阿(a)里袞押送駝(tuo)馬到(dao)達阿(a)克蘇；同時，富(fu)(fu)德在巴爾楚(chu)克趕上舒(shu)赫(he)德的隊伍，向葉爾羌進發。
乾隆二(er)十四年正月(yue)(yue)初六日（1759年2月(yue)(yue)3日），富(fu)(fu)德(de)(de)(de)在葉(xie)爾(er)羌東(dong)北的呼爾(er)滿與前來截擊的和(he)(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)五千余人(ren)遭遇。激戰至夜(ye)間(jian)，和(he)(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)退(tui)卻(que)，清(qing)軍(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)戰馬(ma)(ma)經長途(tu)跋(ba)涉，紛紛倒斃，無力追趕(gan)。次(ci)日（2月(yue)(yue)4日），和(he)(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)占據山崗，與富(fu)(fu)德(de)(de)(de)軍(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)相持于戈壁中。初八日（2月(yue)(yue)5日），和(he)(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)得知清(qing)軍(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)少馬(ma)(ma)，率(lv)大軍(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)圍攻(gong)富(fu)(fu)德(de)(de)(de)。清(qing)軍(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)拒守于沁達爾(er)，苦(ku)戰不能(neng)突破，且戈壁無水，士兵只得吞咽冰塊。初九日（2月(yue)(yue)6日）夜(ye)，阿(a)里袞率(lv)援軍(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)及(ji)馬(ma)(ma)一千匹(pi)、駝四百只趕(gan)到，與鄂博什從兩翼(yi)突擊和(he)(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)營，富(fu)(fu)德(de)(de)(de)乘(cheng)勢掩殺，和(he)(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)開始潰退(tui)。十日（2月(yue)(yue)7日）黎(li)明，阿(a)里袞、護軍(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)統領努三與富(fu)(fu)德(de)(de)(de)三路夾攻(gong)，和(he)(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)向(xiang)南(nan)遁去。此役，富(fu)(fu)德(de)(de)(de)、阿(a)里袞等(deng)斬(zhan)殺和(he)(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)兵千余人(ren)，史稱呼爾(er)滿大捷。
正月(yue)初(chu)八，兆(zhao)惠聽到(dao)北(bei)方有(you)(you)槍(qiang)炮聲，又見圍(wei)營的(de)和卓(zhuo)(zhuo)兵(bing)(bing)漸少，料想援軍(jun)已至，遂分(fen)兵(bing)(bing)兩路出擊，攻(gong)取營壘(lei)，并派人聯絡富(fu)(fu)德(de)。十(shi)三(san)日夜，富(fu)(fu)德(de)進兵(bing)(bing)至葉爾羌河(he)岸，距兆(zhao)惠兵(bing)(bing)營尚有(you)(you)二十(shi)里。十(shi)四日黎明，富(fu)(fu)德(de)領(ling)兵(bing)(bing)前(qian)行，斬(zhan)殺和卓(zhuo)(zhuo)兵(bing)(bing)二三(san)百人。和卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)隊渡河(he)而去。富(fu)(fu)德(de)與兆(zhao)惠會(hui)合，按照(zhao)諭旨于當晚啟程返回阿(a)克(ke)蘇。至此黑水之圍(wei)得解，“將軍(jun)以下皆無恙”，“卒得全，莫(mo)不喜極涕出”。霍(huo)集占(zhan)見兩路清軍(jun)匯合后，不再派兵(bing)(bing)阻截。此間，波(bo)羅(luo)尼都中鳥槍(qiang)受傷，欲向清軍(jun)投降，霍(huo)集占(zhan)又不許。
在呼爾滿之戰前的乾隆二十三年十一月二十六日（1758年12月26日），霍集占派遣的阿卜都克勒木兄弟與鄂斯滿、塞頗爾等率兵六百余人進攻和闐，阻截額里齊、哈喇哈什之間道路；又派其岳父薩里克誘降當地伯克。當地駐防清兵只有綠營、索倫兵五百五十人，分守各城。鄂斯滿首先攻占克勒底雅，滿洲(zhou)通(tong)事哲勒順被殺，克(ke)勒底雅(ya)伯克(ke)阿里(li)(li)(li)(li)(li)木(mu)沙(sha)逃(tao)往(wang)額(e)里(li)(li)(li)(li)(li)齊(qi)。阿卜都哈里(li)(li)(li)(li)(li)克(ke)將阿里(li)(li)(li)(li)(li)木(mu)沙(sha)之(zhi)妻(qi)帶到額(e)里(li)(li)(li)(li)(li)齊(qi)城下，又將其子(zi)當(dang)阿里(li)(li)(li)(li)(li)木(mu)沙(sha)之(zhi)面(mian)殺死。不久，齊(qi)拉爾失陷，伯克(ke)錫魯卜亦逃(tao)入額(e)里(li)(li)(li)(li)(li)齊(qi)。齊(qi)凌扎布(bu)、鄂對行(xing)文阿克(ke)蘇(su)請求增援。乾隆二十四年正(zheng)月(yue)，阿克(ke)蘇(su)辦事侍郎(lang)永貴派兵(bing)一百人(ren)護(hu)送軍(jun)馬前往(wang)。正(zheng)月(yue)十五日（1759年2月(yue)12日）后，和(he)卓兵(bing)圍(wei)攻額(e)里(li)(li)(li)(li)(li)齊(qi)、哈喇哈什。索倫驍騎(qi)校(xiao)烏爾圖保(bao)固守額(e)里(li)(li)(li)(li)(li)齊(qi)，哈喇哈什伯克(ke)海里(li)(li)(li)(li)(li)雅(ya)木(mu)哈子(zi)、阿瓦斯(si)默特(te)領四千回兵(bing)與齊(qi)凌扎布(bu)一同抵抗。
正月末(mo)，駐守巴(ba)(ba)爾(er)(er)楚克的參贊(zan)大臣巴(ba)(ba)祿派(pai)兵(bing)三百(bai)名援救和(he)(he)闐。乾(qian)(qian)隆(long)(long)(long)皇帝(di)命(ming)巴(ba)(ba)祿親自領(ling)兵(bing)增援，同時(shi)以賽音諾顏(yan)部(bu)郡王(wang)策布(bu)登扎(zha)(zha)布(bu)為副將(jiang)軍，福(fu)祿、車木楚克扎(zha)(zha)布(bu)為參贊(zan)，巡查(cha)額爾(er)(er)齊(qi)斯(si)河至巴(ba)(ba)爾(er)(er)喀(ka)什湖一帶(dai)，防備霍集(ji)占(zhan)經伊犁(li)逃往(wang)俄(e)羅斯(si)。兆惠回到阿(a)克蘇后，令(ling)愛隆(long)(long)(long)阿(a)駐防烏(wu)什，派(pai)瑚爾(er)(er)起、巴(ba)(ba)圖(tu)濟爾(er)(er)噶爾(er)(er)帶(dai)九百(bai)兵(bing)援救和(he)(he)闐；上奏待糧餉、馬(ma)匹(pi)到后，再(zai)遣富(fu)德領(ling)兵(bing)數千前往(wang)。乾(qian)(qian)隆(long)(long)(long)皇帝(di)因兆惠、富(fu)德進兵(bing)過(guo)緩(huan)，加以申斥。二月，玉隴(long)哈什失陷(xian)。乾(qian)(qian)隆(long)(long)(long)皇帝(di)因新任(ren)陜(shan)甘總(zong)督(du)吳(wu)達善辦理(li)兵(bing)馬(ma)事務不力，命(ming)閩浙總(zong)督(du)楊(yang)應琚來京，不久調任(ren)陜(shan)甘總(zong)督(du)。
三(san)月(yue)(yue)三(san)日，哈喇哈什失陷，齊凌扎布(bu)突圍而出。六日，瑚爾(er)起等抵達額里齊，與散(san)秩大(da)臣(chen)鄂(e)對、侍衛噶布(bu)舒相會(hui)。九(jiu)日，瑚爾(er)起進至哈喇哈什，乘霧襲(xi)擊(ji)和卓軍營，射殺阿(a)卜(bu)(bu)都哈里克(ke)。鄂(e)斯(si)滿、霍集(ji)雅(ya)斯(si)負傷逃(tao)走。十一日，清(qing)軍收復玉隴(long)哈什、齊爾(er)拉。隨后遣人(ren)招降克(ke)勒底(di)雅(ya)、塔克(ke)。克(ke)勒底(di)雅(ya)頭人(ren)四德和卓將(jiang)阿(a)卜(bu)(bu)都克(ke)勒木屬下布(bu)庫(ku)塔斯(si)執獻清(qing)軍。塔克(ke)頭人(ren)默(mo)里善也將(jiang)諾們伯克(ke)、毛(mao)拉岳科卜(bu)(bu)等擒獻，和闐(tian)平定。四月(yue)(yue)二十二日，富德率軍抵達額里齊駐守。
呼爾滿之戰后，霍集占兄弟“由于清軍的進攻和維吾爾群眾的背離，整個陷入了困境”。二、三月間，霍集占派人聯絡蔥嶺以西的巴達克山、浩罕等國。因浩罕未有回信，且懼布魯特沿途騷擾，和卓兄弟決定逃往巴達克山，或再由巴達克山前往痕都斯坦（今克什米爾地區南部及巴基斯坦(tan)北部）。四(si)月，清(qing)兵占領和闐的消息(xi)傳來，葉(xie)爾(er)羌人心(xin)驚動，霍集占將家眷、財物移往葉(xie)爾(er)羌以西(xi)的赫色(se)勒塔克。波羅尼都也向(xiang)喀什噶(ga)爾(er)居民索取軍糧、馬(ma)匹，在六月十日之前(qian)陸續運(yun)到塔勒巴楚克河，自己僅與親信留在喀什噶(ga)爾(er)居住。
在大小(xiao)和卓準(zhun)備出(chu)逃的同時(shi)，兆惠、富德正籌集(ji)糧(liang)餉，計劃乘麥熟之前(qian)進攻(gong)葉爾(er)(er)(er)羌。五月，避難于布(bu)(bu)魯特(te)的原喀什(shen)噶(ga)爾(er)(er)(er)伯克(ke)(ke)(ke)和什(shen)克(ke)(ke)(ke)隨清(qing)(qing)軍侍衛布(bu)(bu)占(zhan)泰來到(dao)阿克(ke)(ke)(ke)蘇，向(xiang)兆惠建(jian)議(yi)先(xian)攻(gong)取喀什(shen)噶(ga)爾(er)(er)(er)，以免霍集(ji)占(zhan)投(tou)奔浩罕的額爾(er)(er)(er)德尼(ni)伯克(ke)(ke)(ke)。于是兆惠等人議(yi)定先(xian)攻(gong)喀什(shen)噶(ga)爾(er)(er)(er)，再取葉爾(er)(er)(er)羌。此時(shi)，流亡于境(jing)外的和卓后裔陸(lu)續向(xiang)清(qing)(qing)軍投(tou)誠。額色尹、瑪(ma)木特(te)派人前(qian)往兆惠軍營(ying)，稱其(qi)現在布(bu)(bu)魯特(te)“候進兵信(xin)息(xi)，情愿(yuan)效力”。在清(qing)(qing)兵進發之前(qian)，與波羅尼(ni)都(dou)交情深厚的霍集(ji)斯派親信(xin)巴喇特(te)前(qian)往喀什(shen)噶(ga)爾(er)(er)(er)，仍期(qi)望波羅尼(ni)都(dou)歸降。
六月(yue)二日(ri)(ri)，富德由和闐啟程，進兵(bing)葉(xie)爾(er)(er)羌。十(shi)一日(ri)(ri)，兆惠(hui)領兵(bing)九千由烏什(shen)(shen)南下，進兵(bing)喀(ka)什(shen)(shen)噶(ga)爾(er)(er)。阿(a)(a)里袞、巴祿領兵(bing)三千出巴爾(er)(er)楚克(ke)，在喀(ka)什(shen)(shen)噶(ga)爾(er)(er)、葉(xie)爾(er)(er)羌之(zhi)間地(di)方等(deng)待(dai)與富德會(hui)合，并把守各(ge)處(chu)關隘。六月(yue)十(shi)二日(ri)(ri)，霍集(ji)占派(pai)阿(a)(a)卜(bu)都(dou)(dou)克(ke)勒木(mu)通知波(bo)(bo)羅尼都(dou)(dou)準(zhun)備(bei)逃離。六月(yue)十(shi)五日(ri)(ri)，布魯(lu)特(te)百余(yu)人劫掠了喀(ka)什(shen)(shen)噶(ga)爾(er)(er)城(cheng)北的阿(a)(a)喇(la)古，波(bo)(bo)羅尼都(dou)(dou)派(pai)鄂斯滿、優駑斯出戰，被(bei)布魯(lu)特(te)兵(bing)打敗(bai)。六月(yue)十(shi)八日(ri)(ri)，額色尹、瑪木(mu)特(te)與波(bo)(bo)羅尼都(dou)(dou)交戰，剿殺(sha)多(duo)人，隨(sui)后來到(dao)兆惠(hui)軍營(ying)投誠(cheng)。波(bo)(bo)羅尼都(dou)(dou)以抗(kang)擊布魯(lu)特(te)為(wei)由，向城(cheng)內居民勒索財物、兵(bing)器；又毀壞城(cheng)內街(jie)市、城(cheng)門(men)，“焚城(cheng)掘樹(shu)”，裹(guo)挾喀(ka)什(shen)(shen)噶(ga)爾(er)(er)及(ji)附(fu)屬各(ge)城(cheng)的貴族、民眾(zhong)西逃。阿(a)(a)奇木(mu)伯(bo)克(ke)阿(a)(a)卜(bu)都(dou)(dou)喇(la)伊木(mu)、密(mi)里木(mu)哈子墨墨氐敏(min)、伯(bo)克(ke)阿(a)(a)卜(bu)都(dou)(dou)爾(er)(er)滿以及(ji)霍集(ji)斯之(zhi)兄阿(a)(a)卜(bu)都(dou)(dou)瓜卜(bu)也被(bei)一并帶走。喀(ka)什(shen)(shen)噶(ga)爾(er)(er)居民不愿(yuan)隨(sui)行，在途中(zhong)紛紛逃逸，多(duo)前往附(fu)近(jin)的牌(pai)租阿(a)(a)巴特(te)（今伽師縣）。牌(pai)租阿(a)(a)巴特(te)伯(bo)克(ke)呢雅(ya)斯收留逃亡(wang)民眾(zhong)，閉城(cheng)拒守。汗額里吉衣、雅(ya)普爾(er)(er)古、烏什(shen)(shen)哈喇(la)等(deng)城(cheng)各(ge)自保聚。
六月二十七日，波羅尼都將喀什噶爾居民擄至城南的提斯袞，由玉魯克(ke)嶺（在今(jin)疏附(fu)縣西南）西逃(tao)，帶走居(ju)民(min)一(yi)百五十戶，及其(qi)親信之家眷、奴仆千(qian)余人。霍集占搶(qiang)掠葉(xie)(xie)爾(er)羌居(ju)民(min)的馬匹、牲畜后，又向當地毛拉(la)勒(le)索白銀四(si)千(qian)兩，于閏六(liu)月二(er)日(ri)啟程，經伯(bo)克(ke)和羅木渡口逃(tao)往羌呼勒(le)。大(da)小和卓在色勒(le)庫(ku)爾(er)（今(jin)塔什庫(ku)爾(er)干縣）會合后向西出逃(tao)。留在喀(ka)什噶(ga)爾(er)、葉(xie)(xie)爾(er)羌二(er)城(cheng)(cheng)的伯(bo)克(ke)隨即派(pai)人迎(ying)清兵入(ru)城(cheng)(cheng)。閏六(liu)月十四(si)日(ri)，兆(zhao)惠(hui)進駐喀(ka)什噶(ga)爾(er)城(cheng)(cheng)，富(fu)德(de)所部先鋒鄂(e)博什進駐葉(xie)(xie)爾(er)羌城(cheng)(cheng)。十八(ba)日(ri)，富(fu)德(de)進入(ru)葉(xie)(xie)爾(er)羌。乾隆(long)皇帝(di)令兆(zhao)惠(hui)留駐喀(ka)什噶(ga)爾(er)，辦理喀(ka)、葉(xie)(xie)二(er)城(cheng)(cheng)事務；富(fu)德(de)、明瑞等(deng)速領兵追(zhui)擊。
霍斯庫魯克之戰兆惠進入(ru)喀什(shen)噶爾(er)后，留閆相師(shi)的綠營兵(bing)駐守，派參贊大臣明(ming)(ming)瑞(rui)(rui)等率(lv)(lv)兵(bing)追(zhui)擊；同時傳檄浩罕(han)、那木干、安(an)集延、瑪爾(er)噶朗等國協同搜捕大小和(he)卓(zhuo)。明(ming)(ming)瑞(rui)(rui)、愛隆阿(a)于閏(run)六月(yue)十(shi)(shi)五(wu)日(ri)，率(lv)(lv)兩千(qian)人(ren)(ren)啟程，向西進入(ru)蔥嶺(ling)（帕米爾(er)）群山(shan)中。霍(huo)(huo)集占(zhan)兄弟欲往巴達(da)克(ke)山(shan)，但眾伯克(ke)不從(cong)，只得北上(shang)(shang)安(an)集延。得知(zhi)清兵(bing)追(zhui)緊，于是(shi)棄(qi)其輜(zi)重，令(ling)家眷先行。沿途無水草之處，以大麥喂馬。明(ming)(ming)瑞(rui)(rui)等緣山(shan)行走，繞峰(feng)渡河，由色(se)勒庫爾(er)向北前往哈喇庫勒（塔(ta)吉克(ke)斯坦東北之喀拉湖）。閏(run)六月(yue)二(er)十(shi)(shi)八日(ri)黎(li)明(ming)(ming)，明(ming)(ming)瑞(rui)(rui)率(lv)(lv)前鋒九百人(ren)(ren)在霍(huo)(huo)斯庫魯克(ke)嶺(ling)（在喀拉湖以北）追(zhui)上(shang)(shang)大小和(he)卓(zhuo)六千(qian)余人(ren)(ren)。明(ming)(ming)瑞(rui)(rui)誘敵下山(shan)不成，恐相持稍(shao)久(jiu)，使和(he)卓(zhuo)兄弟逃脫(tuo)，遂下令(ling)仰攻山(shan)峰(feng)。和(he)卓(zhuo)兵(bing)以槍炮(pao)還擊。激戰三個時辰，和(he)卓(zhuo)兵(bing)開始退卻，清兵(bing)因馬匹(pi)勞(lao)累，無力(li)追(zhui)及。和(he)卓(zhuo)兵(bing)重新集結后，恃其人(ren)(ren)眾，回(hui)師(shi)將明(ming)(ming)瑞(rui)(rui)分隊合圍。明(ming)(ming)瑞(rui)(rui)且戰且行，設埋兵(bing)從(cong)山(shan)上(shang)(shang)放槍，然后調頭沖(chong)入(ru)敵陣，才(cai)擊退和(he)卓(zhuo)兵(bing)。此戰明(ming)(ming)瑞(rui)(rui)軍斬殺五(wu)百余人(ren)(ren)，俘(fu)獲三十(shi)(shi)余人(ren)(ren)，清兵(bing)陣亡百余人(ren)(ren)，是(shi)為(wei)霍(huo)(huo)斯庫魯克(ke)之戰。
七(qi)(qi)月(yue)初，富德、阿里袞(gun)與明瑞(rui)(rui)在(zai)喀喇烏蘇會(hui)合，選四千精兵(bing)(bing)進發。其余(yu)兵(bing)(bing)丁由總兵(bing)(bing)楊寧帶領招降沙爾(er)(er)(er)呼勒，并(bing)聽(ting)候(hou)調遣。七(qi)(qi)月(yue)七(qi)(qi)日(ri)，富德探知霍集占在(zai)前(qian)方一百余(yu)里戈(ge)(ge)壁(bi)中(zhong)。九(jiu)日(ri)辰時，清兵(bing)(bing)追至阿爾(er)(er)(er)楚(chu)爾(er)(er)(er)（在(zai)今塔(ta)吉克(ke)斯坦戈(ge)(ge)爾(er)(er)(er)諾-巴達赫尚自治州穆爾(er)(er)(er)加(jia)布區東南(nan)）。大小和卓令(ling)馱載先(xian)行，設伏兵(bing)(bing)六千于(yu)阿爾(er)(er)(er)楚(chu)爾(er)(er)(er)山(shan)谷(gu)中(zhong)。富德以火器營、健銳營居中(zhong)，巴圖濟(ji)爾(er)(er)(er)噶爾(er)(er)(er)、鄂齊爾(er)(er)(er)出左翼，由屯、伊柱為(wei)右翼，奪取南(nan)、北阿爾(er)(er)(er)楚(chu)爾(er)(er)(er)山(shan)，并(bing)向下沖(chong)擊山(shan)谷(gu)中(zhong)的(de)和卓兵(bing)(bing)。阿里袞(gun)、明瑞(rui)(rui)、巴祿、參贊大臣阿桂(gui)也從兩翼突擊。富德出兵(bing)(bing)佯(yang)攻和卓馱隊，明瑞(rui)(rui)、鄂博什繞到(dao)后(hou)方夾擊。鏖(ao)戰一日(ri)，清軍殲滅和卓軍一千余(yu)人，生擒五十余(yu)人，陣斬阿卜(bu)都克(ke)勒木(mu)，此即阿爾(er)(er)(er)楚(chu)爾(er)(er)(er)之戰。
七月十日傍晚，清兵追至阿爾楚爾以西的布(bu)隆庫(ku)(ku)勒，偵知大(da)(da)(da)小(xiao)和(he)(he)卓(zhuo)逃至(zhi)布(bu)隆庫(ku)(ku)勒湖東(dong)北(bei)的(de)伊西(xi)洱庫(ku)(ku)爾淖爾（塔吉克斯坦東(dong)南之(zhi)葉什(shen)(shen)勒池）湖畔(pan)。波羅尼(ni)都駐(zhu)扎于(yu)湖岸北(bei)山(shan)，霍集占(zhan)率(lv)部(bu)占(zhan)據(ju)東(dong)面山(shan)峰(feng)。伊西(xi)洱庫(ku)(ku)爾淖爾以西(xi)有一(yi)大(da)(da)(da)嶺(ling)(ling)(ling)，過(guo)此嶺(ling)(ling)(ling)即是巴達(da)克山(shan)界。富德先遣阿里(li)袞、達(da)爾黨阿、由屯、官長保、瑚什(shen)(shen)等(deng)領(ling)兵(bing)五百(bai)(bai)，往湖西(xi)堵截(jie)(jie)大(da)(da)(da)小(xiao)和(he)(he)卓(zhuo)去路(lu)；伊柱、鄂博什(shen)(shen)、溫布(bu)等(deng)領(ling)兵(bing)八(ba)百(bai)(bai)，往山(shan)后阻截(jie)(jie)。十一(yi)日(ri)，富德、巴祿、明瑞、阿桂(gui)、領(ling)隊大(da)(da)(da)臣(chen)傅景(jing)、瑚爾起等(deng)率(lv)兵(bing)一(yi)千(qian)余(yu)人，進至(zhi)伊西(xi)洱庫(ku)(ku)爾淖爾。和(he)(he)卓(zhuo)軍從山(shan)上炮擊清兵(bing)，以死相(xiang)拒(ju)。富德選健(jian)銳營、吉林、索倫、厄魯(lu)特(te)各(ge)營鳥(niao)槍兵(bing)四(si)(si)十余(yu)人，仰(yang)攻(gong)北(bei)路(lu)山(shan)嶺(ling)(ling)(ling)。又令霍集斯、鄂對樹起維吾(wu)爾人舊時旗(qi)幟招降和(he)(he)卓(zhuo)兵(bing)士。和(he)(he)卓(zhuo)軍大(da)(da)(da)潰，投(tou)降者(zhe)甚(shen)眾(zhong)，霍集占(zhan)奪馬而逃，乘夜(ye)繞過(guo)山(shan)嶺(ling)(ling)(ling)與波羅尼(ni)都會合。此即伊西(xi)洱庫(ku)(ku)爾淖爾之(zhi)戰。十二日(ri)，又有被(bei)堵截(jie)(jie)在北(bei)山(shan)的(de)和(he)(he)卓(zhuo)兵(bing)兩(liang)千(qian)人投(tou)降。大(da)(da)(da)小(xiao)和(he)(he)卓(zhuo)僅率(lv)妻子(zi)、奴仆(pu)三四(si)(si)百(bai)(bai)人出(chu)奔巴達(da)克山(shan)。富德派(pai)齊凌扎布(bu)、鄂對、散秩大(da)(da)(da)臣(chen)阿什(shen)(shen)默(mo)特(te)將投(tou)降人眾(zhong)送往英吉沙爾，又率(lv)巴祿、阿桂(gui)、傅景(jing)、瑚爾起等(deng)四(si)(si)百(bai)(bai)余(yu)人，與阿里(li)袞分兵(bing)兩(liang)路(lu)，于(yu)十二日(ri)啟程，追剿至(zhi)巴達(da)克山(shan)境(jing)內。
有西方學(xue)者認為伊(yi)西洱庫爾(er)淖(nao)爾(er)之戰(zhan)(zhan)是(shi)中國將(jiang)(jiang)領(ling)在奏(zou)折中虛構(gou)的，“無(wu)(wu)疑是(shi)十(shi)分夸張而在地(di)理的敘述上(shang)又(you)實在模糊(hu)”，而帕(pa)米爾(er)當(dang)地(di)居民(min)并不知曉(xiao)此事。十(shi)九世紀末(mo)的英(ying)國殖民(min)者內伊(yi)·伊(yi)萊(lai)亞斯（NeyElias）認為：跟隨大小和(he)(he)卓(zhuo)的僅有數百人(ren)，而且主要是(shi)婦女、兒童和(he)(he)奴隸。當(dang)中國軍隊(dui)到(dao)達湖畔時(shi)，發(fa)現和(he)(he)卓(zhuo)早已逃入(ru)巴達克山(shan)的錫克南，“于是(shi)便(bian)在一(yi)塊巖(yan)石上(shang)刻了些字，然后返回喀什噶爾(er)去了，根本未發(fa)生過戰(zhan)(zhan)斗。”這(zhe)種觀點無(wu)(wu)法解釋(shi)齊凌扎布將(jiang)(jiang)此戰(zhan)(zhan)的俘虜帶到(dao)英(ying)吉沙(sha)爾(er)后進行安置的奏(zou)折，而且忽略了在伊(yi)西洱庫爾(er)淖(nao)爾(er)的紀功碑是(shi)乾隆皇帝后來派人(ren)樹立的事實。
大小和卓被俘巴達(da)(da)克(ke)山(shan)是位于蔥嶺西部的(de)古(gu)國，在今(jin)阿富(fu)汗東北部。由伊西洱庫爾淖爾向西南行，渡噴赤河，即至巴達(da)(da)克(ke)山(shan)界。富(fu)德(de)一面領兵(bing)追擊，一面曉諭(yu)當地部(bu)落(luo)擒(qin)拿(na)大(da)小和(he)卓。七月(yue)(yue)十(shi)二日黃昏，依附于霍集占(zhan)的蒙(meng)古厄(e)魯(lu)特頭目沙(sha)(sha)喇斯(si)、瑪(ma)呼斯(si)率六百(bai)余人(ren)北逃，被(bei)清(qing)軍(jun)副都統伊柱(zhu)截(jie)住。富(fu)德(de)領兵(bing)進擊，剿二百(bai)余人(ren)，宰(zai)桑雅滿、得木齊（百(bai)戶長）丹巴投(tou)降。清(qing)軍(jun)繳獲(huo)駝炮(pao)八(ba)門(men)及去(qu)年失去(qu)的“威遠大(da)將軍(jun)”火炮(pao)二門(men)。七月(yue)(yue)十(shi)八(ba)日，富(fu)德(de)派侍(shi)衛薩穆坦(tan)（厄(e)魯(lu)特蒙(meng)古人(ren)）、伯克素(su)勒坦(tan)和(he)卓（維吾爾人(ren)）自巴沙(sha)(sha)楚(chu)爾啟程，曉諭(yu)巴達克山汗素(su)勒坦(tan)沙(sha)(sha)（實為蘇丹），令其擒(qin)獲(huo)大(da)小和(he)卓兄(xiong)弟(di)，縛獻清(qing)軍(jun)。
大小(xiao)和卓(zhuo)進入巴(ba)(ba)達克(ke)山(shan)境內后，遭到袞都伯(bo)克(ke)沙(sha)莽蘇(su)爾、錫克(ke)南（在(zai)(zai)今(jin)塔吉克(ke)斯(si)(si)坦戈(ge)爾諾(nuo)-巴(ba)(ba)達赫尚(shang)自治州錫克(ke)南區）伯(bo)克(ke)沙(sha)穆爾沿途追擊(ji)，一(yi)路向南遁去。霍(huo)(huo)集(ji)占聲稱借道前往麥加(jia)朝拜，于七(qi)月(yue)二十六(liu)日(ri)(ri)進抵(di)巴(ba)(ba)達克(ke)山(shan)都城牌租阿巴(ba)(ba)特（今(jin)阿富(fu)汗(han)巴(ba)(ba)達赫尚(shang)省首府法扎巴(ba)(ba)德）。同(tong)一(yi)天，清使薩(sa)穆坦等也來(lai)(lai)到牌租阿巴(ba)(ba)特，與(yu)素(su)(su)(su)勒(le)(le)坦沙(sha)會面。素(su)(su)(su)勒(le)(le)坦沙(sha)令霍(huo)(huo)集(ji)占派來(lai)(lai)交(jiao)涉的鄂斯(si)(si)滿(man)、雅斯(si)(si)布庫里與(yu)薩(sa)穆坦相見，薩(sa)穆坦面斥(chi)霍(huo)(huo)集(ji)占之種種罪過，鄂斯(si)(si)滿(man)不(bu)能辯(bian)駁。七(qi)月(yue)二十八日(ri)(ri)，素(su)(su)(su)勒(le)(le)坦沙(sha)邀(yao)大小(xiao)和卓(zhuo)入城。波羅尼都隨即入城，霍(huo)(huo)集(ji)占則(ze)領兵在(zai)(zai)城外揚言：若將(jiang)清使交(jiao)出，則(ze)愿為(wei)巴(ba)(ba)達克(ke)山(shan)奴仆。素(su)(su)(su)勒(le)(le)坦沙(sha)不(bu)允(yun)，霍(huo)(huo)集(ji)占遂劫(jie)掠村莊。素(su)(su)(su)勒(le)(le)坦沙(sha)出兵數(shu)千將(jiang)霍(huo)(huo)集(ji)占圍于阿爾渾楚哈嶺，霍(huo)(huo)集(ji)占敗退(tui)至齊那爾河(he)，身負重傷(shang)被俘(fu)。
素勒(le)(le)坦(tan)(tan)沙將(jiang)波羅尼(ni)都、霍集(ji)占(zhan)兄(xiong)弟囚禁于柴扎布，分別拘于二(er)(er)(er)室，并派人(ren)通告富(fu)德(de)。富(fu)德(de)責令(ling)素勒(le)(le)坦(tan)(tan)沙獻俘。巴達(da)(da)克(ke)(ke)山(shan)(shan)的阿(a)訇以大小和卓(zhuo)為(wei)伊(yi)斯蘭教先知(zhi)后裔，若(ruo)縛獻清(qing)(qing)軍(jun)，恐鄰(lin)國不(bu)(bu)服(fu)，請求清(qing)(qing)軍(jun)寬免。然而素勒(le)(le)坦(tan)(tan)沙既(ji)想(xiang)得到(dao)清(qing)(qing)軍(jun)庇護，以入侵博洛爾(er)(er)、奇特拉爾(er)(er)等鄰(lin)近部(bu)落(luo)，又(you)擔心殺死(si)(si)和卓(zhuo)導致眾阿(a)訇和鄰(lin)國的敵視，因(yin)此猶(you)豫(yu)不(bu)(bu)決。薩穆(mu)坦(tan)(tan)離開(kai)后二(er)(er)(er)日(ri)，素勒(le)(le)坦(tan)(tan)沙又(you)遣人(ren)告知(zhi)霍集(ji)占(zhan)重(zhong)傷(shang)已(yi)死(si)(si)。富(fu)德(de)令(ling)素勒(le)(le)坦(tan)(tan)沙“務將(jiang)波羅尼(ni)都俘獻；霍集(ji)占(zhan)雖(sui)死(si)(si)，亦(yi)(yi)必(bi)獻尸”。乾隆皇(huang)帝諭示富(fu)德(de)，必(bi)須得到(dao)和卓(zhuo)兄(xiong)弟二(er)(er)(er)人(ren)，“倘二(er)(er)(er)賊(zei)被獲情事不(bu)(bu)實(shi)，……即將(jiang)拔(ba)達(da)(da)克(ke)(ke)山(shan)(shan)部(bu)落(luo)一并辦理，亦(yi)(yi)無不(bu)(bu)可(ke)”。八月(yue)二(er)(er)(er)十五日(ri)，富(fu)德(de)召見巴達(da)(da)克(ke)(ke)山(shan)(shan)使者鄂(e)(e)穆(mu)爾(er)(er)拜(bai)(bai)。鄂(e)(e)穆(mu)爾(er)(er)拜(bai)(bai)聲稱素勒(le)(le)坦(tan)(tan)沙本欲將(jiang)和卓(zhuo)兄(xiong)弟呈獻，但受到(dao)當(dang)地(di)阿(a)訇阻撓。且(qie)聞阿(a)訇打(da)算將(jiang)和卓(zhuo)所住房屋焚毀后前往(wang)麥加，向回(hui)教各(ge)國控訴(su)素勒(le)(le)坦(tan)(tan)沙之罪，素勒(le)(le)坦(tan)(tan)沙被迫中止。次(ci)日(ri)，富(fu)德(de)派薩穆(mu)坦(tan)(tan)隨(sui)同(tong)鄂(e)(e)穆(mu)爾(er)(er)拜(bai)(bai)返回(hui)，限素勒(le)(le)坦(tan)(tan)沙于二(er)(er)(er)十五天內交出大小和卓(zhuo)；同(tong)時令(ling)侍衛額爾(er)(er)登額、伍岱領兵(bing)跟隨(sui)；又(you)派伊(yi)柱、巴圖(tu)濟爾(er)(er)噶爾(er)(er)、霍集(ji)斯進兵(bing)至(zhi)瓦罕（在今阿(a)富(fu)汗巴達(da)(da)赫尚省東部(bu)），施以兵(bing)威。九月(yue)三日(ri)，富(fu)德(de)派人(ren)前往(wang)招(zhao)撫巴達(da)(da)克(ke)(ke)山(shan)(shan)南邊的博洛爾(er)(er)部(bu)落(luo)（在今克(ke)(ke)什米爾(er)(er)巴基斯坦(tan)(tan)控制區北部(bu)）。博洛爾(er)(er)因(yin)與巴達(da)(da)克(ke)(ke)山(shan)(shan)不(bu)(bu)睦，其首領沙和碩(shuo)默特隨(sui)即稱臣(chen)歸附。
九(jiu)(jiu)月九(jiu)(jiu)日(ri)，素(su)勒(le)(le)(le)坦(tan)(tan)(tan)(tan)沙與額(e)(e)爾(er)(er)(er)(er)登額(e)(e)會(hui)面，稱(cheng)(cheng)鄰近的(de)(de)琿都(dou)(dou)斯部落（今阿(a)富(fu)汗昆都(dou)(dou)士）欲來(lai)索(suo)取大(da)小和(he)(he)(he)(he)卓(zhuo)，且(qie)得(de)知(zhi)霍集(ji)(ji)占(zhan)(zhan)曾暗通(tong)巴達克山的(de)(de)敵國塔爾(er)(er)(er)(er)巴斯，現將大(da)小和(he)(he)(he)(he)卓(zhuo)先行殺死，以絕后(hou)患(huan)。額(e)(e)爾(er)(er)(er)(er)登額(e)(e)斥責素(su)勒(le)(le)(le)坦(tan)(tan)(tan)(tan)沙擅(shan)殺和(he)(he)(he)(he)卓(zhuo)兄弟，令(ling)其(qi)(qi)將首(shou)(shou)級(ji)獻出(chu)。素(su)勒(le)(le)(le)坦(tan)(tan)(tan)(tan)沙仍以教義經(jing)典為由(you)，稱(cheng)(cheng)“但自行獻出(chu)，恐眾人(ren)(ren)(ren)不服”，請求(qiu)派人(ren)(ren)(ren)查驗(yan)尸首(shou)(shou)。額(e)(e)爾(er)(er)(er)(er)登額(e)(e)派熟識大(da)小和(he)(he)(he)(he)卓(zhuo)的(de)(de)納達齊前往(wang)驗(yan)看。納達齊確認“霍集(ji)(ji)占(zhan)(zhan)之尸屬實(shi)”，然而“其(qi)(qi)瘞(yi)埋波(bo)羅(luo)尼都(dou)(dou)之地與霍集(ji)(ji)占(zhan)(zhan)中隔(ge)一(yi)(yi)墻，但有(you)血跡，并無尸骸。”額(e)(e)爾(er)(er)(er)(er)登額(e)(e)又(you)令(ling)素(su)勒(le)(le)(le)坦(tan)(tan)(tan)(tan)和(he)(he)(he)(he)卓(zhuo)密(mi)雜帕爾(er)(er)(er)(er)詳驗(yan)，亦稱(cheng)(cheng)確實(shi)。因詢問(wen)波(bo)羅(luo)尼都(dou)(dou)尸首(shou)(shou)所(suo)在。素(su)勒(le)(le)(le)坦(tan)(tan)(tan)(tan)沙又(you)稱(cheng)(cheng)，波(bo)羅(luo)尼都(dou)(dou)生前曾囑咐其(qi)(qi)仆從，死后(hou)不可與霍集(ji)(ji)占(zhan)(zhan)同葬(zang)(zang)一(yi)(yi)處；其(qi)(qi)奴仆有(you)十余人(ren)(ren)(ren)逃(tao)出(chu)，其(qi)(qi)中可能有(you)人(ren)(ren)(ren)將尸首(shou)(shou)盜去(qu)。九(jiu)(jiu)月十三日(ri)，素(su)勒(le)(le)(le)坦(tan)(tan)(tan)(tan)沙遣親(qin)信去(qu)囚(qiu)禁之處，審(shen)訊看守人(ren)(ren)(ren)們多索(suo)丕(pi)等。十九(jiu)(jiu)日(ri)，素(su)勒(le)(le)(le)坦(tan)(tan)(tan)(tan)沙來(lai)告額(e)(e)爾(er)(er)(er)(er)登額(e)(e)，稱(cheng)(cheng)實(shi)不知(zhi)何人(ren)(ren)(ren)將尸首(shou)(shou)盜去(qu)，并舉伊斯蘭(lan)教經(jing)文發誓不曾欺(qi)騙清軍。額(e)(e)爾(er)(er)(er)(er)登額(e)(e)派人(ren)(ren)(ren)密(mi)訪，也報稱(cheng)(cheng)和(he)(he)(he)(he)卓(zhuo)被(bei)殺是實(shi)。二十一(yi)(yi)日(ri)，額(e)(e)爾(er)(er)(er)(er)登額(e)(e)傳訊們多索(suo)丕(pi)及(ji)撫養(yang)、跟(gen)隨大(da)小和(he)(he)(he)(he)卓(zhuo)的(de)(de)呢雅斯索(suo)丕(pi)、維吾爾(er)(er)(er)(er)婦女(nv)濟爾(er)(er)(er)(er)噶勒(le)(le)(le)等人(ren)(ren)(ren)，確認波(bo)羅(luo)尼都(dou)(dou)、霍集(ji)(ji)占(zhan)(zhan)被(bei)殺之事(shi)經(jing)過(guo)。幾年后(hou)，清廷查出(chu)波(bo)羅(luo)尼都(dou)(dou)尸首(shou)(shou)系由(you)其(qi)(qi)仆人(ren)(ren)(ren)盜出(chu)，在牌租阿(a)巴特(te)就地埋葬(zang)(zang)。
九月三十日，巴達(da)克(ke)山使(shi)者、證人隨額(e)(e)爾登額(e)(e)回(hui)到(dao)富(fu)(fu)(fu)德(de)(de)兵營，進獻霍(huo)集(ji)(ji)(ji)占(zhan)(zhan)首(shou)級，經霍(huo)集(ji)(ji)(ji)斯(si)、毛拉郭(guo)波(bo)和卓(zhuo)及布魯(lu)(lu)特(te)伯(bo)(bo)克(ke)辨識后(hou)確認無(wu)疑。富(fu)(fu)(fu)德(de)(de)責問(wen)巴達(da)克(ke)山來使(shi)端(duan)伯(bo)(bo)克(ke)，為何先前(qian)報(bao)稱(cheng)霍(huo)集(ji)(ji)(ji)占(zhan)(zhan)已死(si)，后(hou)又云兄(xiong)弟二(er)人同時(shi)被(bei)殺。端(duan)伯(bo)(bo)克(ke)辯稱(cheng)：“前(qian)此拘(ju)禁時(shi)，傳聞霍(huo)集(ji)(ji)(ji)占(zhan)(zhan)傷重身死(si)，及遣人往(wang)驗尚(shang)存(cun)。薩穆坦行后(hou)，琿都斯(si)即領眾(zhong)五千，勒取二(er)人。因決計(ji)殺死(si)，以(yi)絕其望。”富(fu)(fu)(fu)德(de)(de)又令鄂(e)對、布魯(lu)(lu)特(te)阿(a)奇(qi)木之親屬“密(mi)行訪問(wen)”，最(zui)終確認所言屬實。富(fu)(fu)(fu)德(de)(de)隨即遣額(e)(e)爾登額(e)(e)將霍(huo)集(ji)(ji)(ji)占(zhan)(zhan)首(shou)級函送(song)京師(shi)，帶(dai)證人、巴達(da)克(ke)山使(shi)者、博(bo)洛爾使(shi)者一同前(qian)往(wang)。
十月初二日，富德率官兵啟程返回葉爾羌，酌留新派兵丁鎮守各處。乾隆二十四年十(shi)月(yue)二十(shi)三日庚(geng)子（1759年12月(yue)12日），乾隆皇(huang)帝以平定回部宣諭(yu)中外。下(xia)(xia)諭(yu)賞(shang)兆惠(hui)宗(zong)室(shi)公品(pin)(pin)級(ji)鞍轡；富德晉封侯(hou)爵，賞(shang)戴雙(shuang)眼(yan)翎；明瑞、阿里袞(gun)賞(shang)戴雙(shuang)眼(yan)翎；額(e)敏和(he)卓晉封郡王(wang)；賞(shang)給玉素富郡王(wang)品(pin)(pin)級(ji)；舒赫(he)德及在事(shi)大(da)臣官(guan)員均交吏部從優議敘。歷次戰斗中有功(gong)官(guan)兵(bing)(bing)各(ge)封賞(shang)有差，陣亡者加(jia)以優恤。西(xi)征在外兵(bing)(bing)丁均賞(shang)兩(liang)月(yue)錢糧，駐葉爾羌等城(cheng)兵(bing)(bing)丁賞(shang)一月(yue)錢糧。同時下(xia)(xia)令籌(chou)備西(xi)征將士返京(jing)凱旋及大(da)閱八旗官(guan)兵(bing)(bing)事(shi)宜(yi)。十(shi)一月(yue)，乾隆皇(huang)帝下(xia)(xia)令于葉爾羌城(cheng)內、伊西(xi)洱庫爾淖爾湖畔立(li)碑(bei)，勒石紀錄(lu)平定回部之(zhi)功(gong)，并撰寫(xie)碑(bei)文。
乾隆(long)二(er)十五年（1760年）正月(yue)(yue)末，浩(hao)罕(han)、巴(ba)達克山、博洛爾使(shi)臣至京(jing)。正月(yue)(yue)二(er)十七(qi)日(ri)(ri)(ri)（1760年2月(yue)(yue)27日(ri)(ri)(ri)），乾隆(long)皇帝(di)升御座(zuo)于午門，行受俘禮(li)，額爾登額等(deng)官兵將(jiang)霍集占首級進獻闕下。二(er)月(yue)(yue)二(er)十七(qi)日(ri)(ri)(ri)（1760年4月(yue)(yue)12日(ri)(ri)(ri)），兆(zhao)惠(hui)、富(fu)德、明瑞、巴(ba)祿(lu)(lu)等(deng)將(jiang)士抵京(jing)。乾隆(long)皇帝(di)駐蹕良(liang)鄉縣（縣治在今北(bei)京(jing)市房山區(qu)良(liang)鄉鎮）黃新莊，郊勞西征(zheng)(zheng)諸將(jiang)士，筑壇告天，并設宴(yan)款待將(jiang)軍大(da)臣與回部王(wang)公(gong)、伯克。三月(yue)(yue)三日(ri)(ri)(ri)（1760年4月(yue)(yue)18日(ri)(ri)(ri)），乾隆(long)皇帝(di)在豐澤(ze)園（今中南海(hai)內）宴(yan)請兆(zhao)惠(hui)、富(fu)德、明瑞、巴(ba)祿(lu)(lu)與回部王(wang)公(gong)伯克、文(wen)武(wu)大(da)臣，賞賜出征(zheng)(zheng)將(jiang)士帑銀、緞匹。
霍集(ji)占妻(qi)妾雖多，但無子嗣。逃(tao)(tao)入巴達克(ke)山的霍集(ji)占親信(xin)阿卜都海里、鄂(e)斯滿二(er)人(ren)，被素(su)勒(le)坦沙拘禁。乾(qian)隆皇帝(di)寬(kuan)宥其罪，令素(su)勒(le)坦沙嚴行約束，逃(tao)(tao)逸的厄(e)魯特頭目沙喇斯、瑪呼(hu)斯二(er)人(ren)不久被其部(bu)下所殺。后世有民間傳說認(ren)為(wei)(wei)，霍集(ji)占有一妻(qi)（妾）被俘后成為(wei)(wei)乾(qian)隆皇帝(di)的嬪妃，被稱為(wei)(wei)香妃。
波(bo)(bo)羅(luo)尼都死后，被仆人秘密葬(zang)于牌租阿巴(ba)(ba)特(te)；其妻妾、子女也留(liu)在巴(ba)(ba)達(da)克山。乾(qian)隆(long)二十(shi)六(liu)年(nian)（1761年(nian)），清廷(ting)得知波(bo)(bo)羅(luo)尼都妻、子下落；及波(bo)(bo)羅(luo)尼都埋(mai)葬(zang)地點，遂遣人向巴(ba)(ba)達(da)克山索取。乾(qian)隆(long)二十(shi)七年(nian)十(shi)二月二十(shi)三日(ri)（1763年(nian)2月5日(ri)），素勒(le)坦沙派(pai)人同(tong)清使(shi)薩里(li)來到(dao)埋(mai)葬(zang)處將(jiang)波(bo)(bo)羅(luo)尼都尸骸取出；并將(jiang)波(bo)(bo)羅(luo)尼都之妻妾、子嗣六(liu)人交予清使(shi)，其分別是：
珠賚(lai)哈（維吾(wu)爾(er)人），有子阿斯瑪。
巴特(te)瑪（厄(e)魯特(te)蒙古人），有子阿(a)卜都(dou)哈里克。
額爾(er)克揚(yang)（柯爾(er)克孜人），有子(zi)巴哈敦(dun)。
照管波(bo)羅(luo)(luo)尼(ni)(ni)都(dou)妻(qi)、子(zi)的毛拉(la)巴(ba)喇特、密諾(nuo)羅(luo)(luo)斯等九人(ren)也(ye)愿同(tong)薩里返回內(nei)地(di)。乾(qian)隆二十八年（1763年）正(zheng)(zheng)月，波(bo)羅(luo)(luo)尼(ni)(ni)都(dou)家眷被(bei)帶到葉爾羌。葉爾羌辦事(shi)都(dou)統(tong)新柱詰問(wen)巴(ba)達(da)克(ke)山(shan)使(shi)臣密爾咱阿(a)(a)達(da)里卜(bu)，素勒坦(tan)沙(sha)先前(qian)聲(sheng)稱(cheng)波(bo)羅(luo)(luo)尼(ni)(ni)都(dou)之(zhi)尸(shi)被(bei)其仆從伊里雅斯盜往(wang)琿都(dou)斯塔爾罕部落，今為何又從維(wei)薩巴(ba)特掘(jue)出？密爾咱阿(a)(a)達(da)里卜(bu)稱(cheng)：先前(qian)并不知尸(shi)首被(bei)盜原委。后來(lai)波(bo)羅(luo)(luo)尼(ni)(ni)都(dou)之(zhi)幼(you)女亡故(gu)，仆人(ren)夜間前(qian)往(wang)其父墓地(di)埋葬時(shi)，曾追隨(sui)波(bo)羅(luo)(luo)尼(ni)(ni)都(dou)之(zhi)舊人(ren)都(dou)前(qian)往(wang)祭奠，被(bei)巴(ba)達(da)克(ke)山(shan)人(ren)目擊。二月，新柱將波(bo)羅(luo)(luo)尼(ni)(ni)都(dou)尸(shi)骸匣封，與(yu)其妻(qi)、子(zi)、部屬一同(tong)送往(wang)北京。阿(a)(a)卜(bu)都(dou)哈(ha)里克(ke)后來(lai)被(bei)編入正(zheng)(zheng)白旗(qi)蒙(meng)古，子(zi)孫世(shi)居內(nei)地(di)。乾(qian)隆皇(huang)帝還令人(ren)保護大(da)小(xiao)和(he)卓祖先阿(a)(a)帕(pa)克(ke)和(he)卓之(zhi)墓，“毋得(de)樵采污穢(hui)，以(yi)昭國家矜恤(xu)之(zhi)仁。”
波羅尼(ni)都(dou)另有(you)一子薩(sa)木(mu)(mu)薩(sa)克(ke)(ke)(ke)，為其妾愛什阿哈(ha)察所(suo)生(sheng)。后來波羅尼(ni)都(dou)與愛什阿哈(ha)察離異(yi)，薩(sa)木(mu)(mu)薩(sa)克(ke)(ke)(ke)遂由乳(ru)母撫養(yang)。乾隆皇帝令(ling)將(jiang)薩(sa)木(mu)(mu)薩(sa)克(ke)(ke)(ke)“送來京師，加恩養(yang)育(yu)”。后來舒赫德發現(xian)所(suo)獲之(zhi)薩(sa)木(mu)(mu)薩(sa)克(ke)(ke)(ke)并非波羅尼(ni)都(dou)之(zhi)子，而是同名之(zhi)人。后據素(su)勒坦沙奏報，薩(sa)木(mu)(mu)薩(sa)克(ke)(ke)(ke)逃到了愛烏(wu)罕(han)東北之(zhi)琿都(dou)斯(si)(si)（今(jin)阿富汗(han)昆都(dou)士）。二(er)十多年后，清(qing)廷又得知薩(sa)木(mu)(mu)薩(sa)克(ke)(ke)(ke)居住(zhu)(zhu)在布哈(ha)爾之(zhi)撒馬爾罕(han)，過著貧苦(ku)生(sheng)活。喀什噶爾伯克(ke)(ke)(ke)鄂斯(si)(si)滿寫信招薩(sa)木(mu)(mu)薩(sa)克(ke)(ke)(ke)回(hui)國，但未成功。薩(sa)木(mu)(mu)薩(sa)克(ke)(ke)(ke)又前(qian)往(wang)忽(hu)氈（今(jin)塔吉克(ke)(ke)(ke)斯(si)(si)坦苦(ku)盞(zhan)）等地(di)居住(zhu)(zhu)，并受到浩罕(han)伯克(ke)(ke)(ke)那爾巴圖的(de)管制(zhi)，最后在布哈(ha)爾（今(jin)烏(wu)茲別克(ke)(ke)(ke)斯(si)(si)坦布哈(ha)拉）死去。
薩木薩克(ke)有三子(zi)：和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)(zhuo)(zhuo)玉素(su)普(pu)、張(zhang)(zhang)格(ge)爾(er)(er)(er)、巴(ba)布(bu)(bu)頂。巴(ba)布(bu)(bu)頂早亡，玉素(su)普(pu)、張(zhang)(zhang)格(ge)爾(er)(er)(er)后(hou)來(lai)都成為浩(hao)罕(han)(han)(han)(han)入侵新(xin)(xin)疆(jiang)的(de)(de)(de)工具。由于與新(xin)(xin)疆(jiang)的(de)(de)(de)貿易(yi)是浩(hao)罕(han)(han)(han)(han)的(de)(de)(de)經濟(ji)命脈(mo)，浩(hao)罕(han)(han)(han)(han)伯克(ke)表面上對清朝皇帝表示恭順(shun)，暗中(zhong)利用和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)(zhuo)(zhuo)后(hou)裔向(xiang)清廷和(he)(he)新(xin)(xin)疆(jiang)官員施壓，謀取在新(xin)(xin)疆(jiang)南部的(de)(de)(de)特(te)權，必(bi)要(yao)時直接派兵幫助和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)(zhuo)(zhuo)后(hou)裔作亂(luan)。和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)(zhuo)(zhuo)后(hou)裔也依附浩(hao)罕(han)(han)(han)(han)壯大自己的(de)(de)(de)聲勢(shi)，張(zhang)(zhang)格(ge)爾(er)(er)(er)就許諾(nuo)將喀(ka)(ka)什噶(ga)爾(er)(er)(er)城贈予浩(hao)罕(han)(han)(han)(han)。到了浩(hao)罕(han)(han)(han)(han)伯克(ke)愛瑪爾(er)(er)(er)在位時，“藉(jie)張(zhang)(zhang)格(ge)爾(er)(er)(er)為奇貨(huo)，暗令其滋(zi)擾邊界，復匿之境(jing)內(nei)，故使內(nei)地聞之，其情實為狡(jiao)譎”。嘉慶末(mo)、道(dao)光初，張(zhang)(zhang)格(ge)爾(er)(er)(er)四次潛入新(xin)(xin)疆(jiang)西部，倚仗浩(hao)罕(han)(han)(han)(han)、布(bu)(bu)魯(lu)特(te)軍隊在喀(ka)(ka)什噶(ga)爾(er)(er)(er)一帶作亂(luan)。道(dao)光八年(nian)（1828年(nian)），張(zhang)(zhang)格(ge)爾(er)(er)(er)被擒，押解(jie)至北(bei)京處(chu)死。道(dao)光十年(nian)（1830年(nian)），玉素(su)普(pu)入卡作亂(luan)失(shi)敗(bai)。張(zhang)(zhang)格(ge)爾(er)(er)(er)之子(zi)布(bu)(bu)素(su)魯(lu)克(ke)仍留在浩(hao)罕(han)(han)(han)(han)。
張格爾(er)死(si)后，浩(hao)罕繼續利用白山派和卓后裔(yi)入(ru)侵(qin)新(xin)疆，掠奪喀什噶爾(er)、葉爾(er)羌等地的財富(fu)。如道光年(nian)間的七和卓之亂(luan)、咸豐年(nian)間的倭里罕之亂(luan)。浩(hao)罕被俄(e)國(guo)滅(mie)亡前(qian)夕，浩(hao)罕權臣阿古(gu)柏攜(xie)布(bu)素魯(lu)克入(ru)侵(qin)新(xin)疆，建立“哲德沙爾(er)國(guo)”和“洪福(fu)汗(han)國(guo)”。光緒初，左宗棠領兵驅逐(zhu)阿古(gu)柏，收復新(xin)疆。布(bu)素魯(lu)克下落(luo)不明，倭里罕被阿古(gu)柏毒(du)殺。和卓家(jia)族的子孫至此(ci)退出歷史舞(wu)臺。
大小和卓西逃后，乾隆皇帝下令改革維吾爾人原有的伯克制，禁止伯克世襲，確(que)定大(da)(da)小伯克的(de)品級(ji)、員(yuan)額、俸祿(lu)，并實行回避。通過(guo)有限度(du)的(de)“改土歸流”，伯克階層由(you)世襲貴族轉變為清朝的(de)地方(fang)官吏。在軍事方(fang)面，回部各城(cheng)(cheng)設駐札大(da)(da)臣(chen)，領(ling)八旗、綠營兵鎮守(shou)，各城(cheng)(cheng)大(da)(da)臣(chen)以(yi)喀什噶爾(er)參贊大(da)(da)臣(chen)為首。乾隆二十七年（1762年），置(zhi)伊犁(li)將軍統轄(xia)新疆(jiang)各地，以(yi)領(ling)兵追擊大(da)(da)小和(he)卓的(de)領(ling)侍衛內大(da)(da)臣(chen)明瑞(rui)補授。“軍府制(zhi)”逐(zhu)漸確(que)立。
早在霍集占起兵(bing)之時，乾隆皇帝(di)已命兆惠清查回(hui)部各(ge)城戶口，調查準噶爾統(tong)治(zhi)時期的(de)歷年貢賦。兆惠領兵(bing)南下后，舒赫德負責辦理此(ci)事，將人口、土地、賦稅情況陸續造冊呈報。西(xi)域底定后，清廷減輕了(le)(le)準噶爾、大小(xiao)和卓統(tong)治(zhi)時期的(de)沉(chen)重賦稅，廢(fei)止(zhi)了(le)(le)名(ming)目(mu)繁多的(de)勒索攤(tan)派。同時廣辟屯田、治(zhi)水灌溉，頒行制(zhi)錢(qian)，使新疆經濟得到(dao)恢復和發展。
中(zhong)(zhong)國(guo)(guo)與西亞、南亞的(de)陸路(lu)貿易也因回部平定而重新打通。中(zhong)(zhong)國(guo)(guo)出產(chan)的(de)茶葉、絲綢、羊毛在葉爾羌、喀什噶爾經(jing)浩罕(han)進(jin)入(ru)波(bo)斯和俄國(guo)(guo)；經(jing)拉(la)達克(ke)進(jin)入(ru)英(ying)屬(shu)印度并(bing)販往(wang)歐洲。俄國(guo)(guo)的(de)皮革、火器(qi)，英(ying)國(guo)(guo)的(de)鴉片則經(jing)葉爾羌流入(ru)中(zhong)(zhong)國(guo)(guo)。回部的(de)平定還使自明代中(zhong)(zhong)期(qi)中(zhong)(zhong)斷(duan)(duan)的(de)和闐(tian)玉(yu)(yu)石供應(ying)得以恢復。此(ci)后(hou)，和闐(tian)玉(yu)(yu)成(cheng)為清皇室壟斷(duan)(duan)的(de)珍寶，其采集(ji)和運輸受到嚴格的(de)監管(guan)。
平定(ding)大(da)小和卓是清朝統一中國戰爭的(de)最后(hou)一役(yi)，使(shi)天山(shan)南(nan)路(lu)復入(ru)(ru)中國版圖。西域底定(ding)后(hou)，清代(dai)中國疆(jiang)域的(de)正(zheng)西端延至帕米(mi)爾以(yi)西的(de)噴(pen)赤(chi)河流域，版圖臻(zhen)于極盛。鄰(lin)近(jin)新疆(jiang)的(de)浩(hao)罕、布哈爾、安集延、巴達(da)克山(shan)、愛烏罕（阿富汗）、博(bo)洛爾、乾竺特(te)（坎巨提）等部(bu)落遣使(shi)入(ru)(ru)貢(gong)，臣屬于中國。自康熙時(shi)準(zhun)噶爾東侵以(yi)來，持續七十余年的(de)西北邊患暫告終結。此(ci)后(hou)至道(dao)光(guang)初的(de)六十年間，新疆(jiang)、蒙古沒(mei)有發生大(da)的(de)變亂。道(dao)光(guang)以(yi)降，俄(e)羅斯、英(ying)國的(de)殖民者深入(ru)(ru)費爾干(gan)納盆(pen)地(di)和克什(shen)米(mi)爾，逼(bi)近(jin)中國西境，新疆(jiang)又進入(ru)(ru)動蕩時(shi)期。
