大小和卓的祖先是中亞納格什班迪教派的領袖瑪赫杜米·阿札木。瑪赫杜米·阿札木據稱是先(xian)知穆(mu)罕默(mo)德女兒的(de)(de)后(hou)裔，其(qi)子孫號稱“和(he)卓(zhuo)”，主(zhu)要分為(wei)黑山(shan)(shan)(shan)派(pai)和(he)白(bai)(bai)山(shan)(shan)(shan)派(pai)兩(liang)個敵對的(de)(de)支(zhi)(zhi)系。明代中期，黑山(shan)(shan)(shan)派(pai)和(he)卓(zhuo)得到(dao)葉爾(er)(er)(er)(er)羌汗(han)(han)國王室的(de)(de)支(zhi)(zhi)持(chi)，成(cheng)為(wei)西域天山(shan)(shan)(shan)南路(lu)的(de)(de)穆(mu)斯林宗教(jiao)領(ling)袖(xiu)。明末清初，白(bai)(bai)山(shan)(shan)(shan)派(pai)領(ling)袖(xiu)瑪(ma)木特·玉(yu)(yu)素布(bu)(bu)從中亞來到(dao)喀(ka)(ka)什噶爾(er)(er)(er)(er)（今喀(ka)(ka)什市）傳教(jiao)，后(hou)來被葉爾(er)(er)(er)(er)羌汗(han)(han)和(he)黑山(shan)(shan)(shan)派(pai)驅逐。瑪(ma)木特·玉(yu)(yu)素布(bu)(bu)之(zhi)子伊達(da)雅(ya)圖勒拉(la)逃往(wang)甘(gan)肅河州（今臨夏市），輾轉來到(dao)西藏，尋求達(da)賴喇嘛和(he)蒙(meng)古準(zhun)(zhun)噶爾(er)(er)(er)(er)部的(de)(de)支(zhi)(zhi)持(chi)。清康熙十(shi)九年（1680年），在伊達(da)雅(ya)圖勒拉(la)的(de)(de)幫助下(xia)，準(zhun)(zhun)噶爾(er)(er)(er)(er)汗(han)(han)噶爾(er)(er)(er)(er)丹進(jin)兵葉爾(er)(er)(er)(er)羌，廢黜了葉爾(er)(er)(er)(er)羌汗(han)(han)伊思瑪(ma)業(ye)勒，扶(fu)植伊思瑪(ma)業(ye)勒之(zhi)侄阿卜都里什特即位(wei)。伊達(da)雅(ya)圖勒拉(la)驅逐了葉爾(er)(er)(er)(er)羌的(de)(de)黑山(shan)(shan)(shan)派(pai)首領(ling)，號稱“阿帕克(ke)和(he)卓(zhuo)”，但又與葉爾(er)(er)(er)(er)羌汗(han)(han)發生沖(chong)突。
約在1692年，阿(a)(a)帕克(ke)和(he)卓(zhuo)戰(zhan)勝了葉(xie)爾(er)(er)(er)羌(qiang)汗(han)(han)馬(ma)哈麻特·額(e)敏(min)，控制(zhi)了喀(ka)(ka)什(shen)噶(ga)(ga)爾(er)(er)(er)、葉(xie)爾(er)(er)(er)羌(qiang)等(deng)地。兩(liang)年后(hou)(hou)阿(a)(a)帕克(ke)和(he)卓(zhuo)去世(shi)，喀(ka)(ka)什(shen)噶(ga)(ga)爾(er)(er)(er)一帶陷入葉(xie)爾(er)(er)(er)羌(qiang)汗(han)(han)、白山(shan)(shan)(shan)派、吉(ji)利吉(ji)思（布(bu)魯(lu)特）和(he)各地伯克(ke)的混戰(zhan)之中。策(ce)妄阿(a)(a)拉布(bu)坦繼任準噶(ga)(ga)爾(er)(er)(er)汗(han)(han)后(hou)(hou)，將天山(shan)(shan)(shan)南路置于其直接統(tong)治之下，黑(hei)山(shan)(shan)(shan)、白山(shan)(shan)(shan)兩(liang)派的和(he)卓(zhuo)后(hou)(hou)裔都(dou)被遷至伊(yi)犁（今(jin)伊(yi)犁州(zhou)霍城縣）一帶囚(qiu)禁。到了噶(ga)(ga)爾(er)(er)(er)丹(dan)策(ce)零在位(wei)時(shi)，又任用黑(hei)山(shan)(shan)(shan)派和(he)卓(zhuo)達涅爾(er)(er)(er)管理葉(xie)爾(er)(er)(er)羌(qiang)、喀(ka)(ka)什(shen)噶(ga)(ga)爾(er)(er)(er)等(deng)地事務。此(ci)時(shi)，阿(a)(a)帕克(ke)和(he)卓(zhuo)之孫(sun)瑪罕木特已在囚(qiu)禁中死去，其二子波(bo)羅尼都(dou)、霍集(ji)占，即大小和(he)卓(zhuo)，被囚(qiu)禁于伊(yi)犁東北(bei)的額(e)林(lin)哈畢(bi)爾(er)(er)(er)噶(ga)(ga)（今(jin)依連哈比爾(er)(er)(er)尕山(shan)(shan)(shan)），由當地準噶(ga)(ga)爾(er)(er)(er)宰桑阿(a)(a)巴噶(ga)(ga)斯、哈丹(dan)兄弟看管。
乾隆二十年（1755年）初，清軍西征準噶爾，定(ding)北將(jiang)軍(jun)班第、定(ding)邊(bian)左副將(jiang)軍(jun)阿(a)睦爾撒(sa)納(na)出北路，參贊大(da)臣鄂容安、定(ding)邊(bian)右副將(jiang)軍(jun)薩(sa)(sa)喇勒(le)出西路，兩軍(jun)約于博羅塔(ta)拉（博爾塔(ta)拉）會師。在(zai)進軍(jun)途中，阿(a)巴噶斯、哈(ha)丹(dan)等(deng)人(ren)(ren)(ren)(ren)率眾投(tou)降。四月初八，波羅尼都來(lai)到(dao)西路軍(jun)薩(sa)(sa)喇勒(le)處投(tou)誠，稱：“策妄阿(a)喇布坦時將(jiang)我(wo)父(fu)縛來(lai)為質，至今并不(bu)將(jiang)我(wo)等(deng)放回。我(wo)等(deng)情愿帶(dai)領屬下三十余戶投(tou)降大(da)皇帝(di)為臣仆(pu)”。不(bu)久，霍集(ji)(ji)占(zhan)亦隨哈(ha)丹(dan)來(lai)降，并稱“若荷恩(en)得回故土，情愿招服喀什噶爾、葉(xie)爾羌各處人(ren)(ren)(ren)(ren)眾，同來(lai)歸順”。五月，清兵進駐伊犁(li)。班第擬送波羅尼都赴京(jing)朝覲，留霍集(ji)(ji)占(zhan)在(zai)伊犁(li)“照(zhao)管游牧(mu)”，即(ji)管理被準噶爾遷至伊犁(li)的(de)回人(ren)(ren)(ren)(ren)（清代稱維吾爾人(ren)(ren)(ren)(ren)為“回人(ren)(ren)(ren)(ren)”）。
六月，烏什(shen)(shen)伯(bo)克(ke)(ke)(ke)霍(huo)集(ji)(ji)斯誘擒準噶(ga)(ga)(ga)爾(er)汗達瓦(wa)齊(qi)，將達瓦(wa)齊(qi)縛獻清軍(jun)，準噶(ga)(ga)(ga)爾(er)汗國滅亡。此時(shi)，喀什(shen)(shen)噶(ga)(ga)(ga)爾(er)的(de)黑山派和(he)卓(zhuo)(zhuo)玉素普（達涅(nie)爾(er)之子）正計劃向北進軍(jun)。阿克(ke)(ke)(ke)蘇(su)的(de)阿奇木伯(bo)克(ke)(ke)(ke)阿卜(bu)都瓜卜(bu)（霍(huo)集(ji)(ji)斯之兄）向班第提議(yi)：由清軍(jun)派使者護(hu)送大小(xiao)和(he)卓(zhuo)(zhuo)之一前(qian)去喀什(shen)(shen)噶(ga)(ga)(ga)爾(er)，“然后宣告(gao)他(ta)已被中國皇(huang)帝指(zhi)定為該地區(qu)的(de)統(tong)治(zhi)者”。班第派遣侍(shi)衛托(tuo)倫泰(tai)與(yu)霍(huo)集(ji)(ji)斯護(hu)送波(bo)羅(luo)尼(ni)都南下(xia)招服喀什(shen)(shen)噶(ga)(ga)(ga)爾(er)、葉爾(er)羌，霍(huo)集(ji)(ji)占則仍留伊犁。托(tuo)倫泰(tai)與(yu)波(bo)羅(luo)尼(ni)都在霍(huo)集(ji)(ji)斯家族的(de)支持下(xia)，在烏什(shen)(shen)集(ji)(ji)結軍(jun)隊(dui)，擊敗(bai)了北上的(de)黑山派，并乘勝南進。喀什(shen)(shen)噶(ga)(ga)(ga)爾(er)的(de)阿奇木伯(bo)克(ke)(ke)(ke)和(he)什(shen)(shen)克(ke)(ke)(ke)開城投降。葉爾(er)羌的(de)黑山派首領和(he)卓(zhuo)(zhuo)加罕（即雅庫布(bu)，玉素普長兄）力戰不(bu)敵(di)，最后兵敗(bai)被殺。
清軍(jun)占(zhan)領伊(yi)(yi)犁(li)(li)(li)后，朝廷以平定準噶爾(er)(er)(er)大功告(gao)成(cheng)，將(jiang)西征大軍(jun)撤回(hui)內地，僅留少量兵(bing)力駐守伊(yi)(yi)犁(li)(li)(li)、烏魯(lu)木齊等(deng)(deng)處(chu)(chu)。乾隆皇帝認(ren)為阿(a)睦(mu)爾(er)(er)(er)撒(sa)(sa)納(na)雖有覬覦準噶爾(er)(er)(er)汗位之(zhi)志，但“料(liao)伊(yi)(yi)亦不敢遽爾(er)(er)(er)妄行(xing)”，并指示諸大臣：阿(a)睦(mu)爾(er)(er)(er)撒(sa)(sa)納(na)“不過希圖肥己，不必過于苛(ke)求”。乾隆二十年（1755年）八月，阿(a)睦(mu)爾(er)(er)(er)撒(sa)(sa)納(na)在赴熱河途中叛逃(tao)，潛往塔爾(er)(er)(er)巴哈(ha)臺。伊(yi)(yi)犁(li)(li)(li)的(de)宰桑、喇(la)(la)嘛起兵(bing)響應，攻占(zhan)了伊(yi)(yi)犁(li)(li)(li)城。霍集(ji)(ji)(ji)(ji)占(zhan)在戰亂(luan)中率(lv)所屬維(wei)吾爾(er)(er)(er)人逃(tao)離伊(yi)(yi)犁(li)(li)(li)。同被(bei)準噶爾(er)(er)(er)囚禁在伊(yi)(yi)犁(li)(li)(li)的(de)白山派額爾(er)(er)(er)克(ke)和卓(zhuo)額色尹（霍集(ji)(ji)(ji)(ji)占(zhan)族叔）、鄂托(tuo)(tuo)蘭珠和卓(zhuo)瑪(ma)木特等(deng)(deng)人不愿(yuan)依附霍集(ji)(ji)(ji)(ji)占(zhan)，逃(tao)往布魯(lu)特部落及浩(hao)罕(han)等(deng)(deng)地。是年末，阿(a)睦(mu)爾(er)(er)(er)撒(sa)(sa)納(na)遣使至波(bo)羅尼都處(chu)(chu)，告(gao)知攻陷(xian)伊(yi)(yi)犁(li)(li)(li)情形。波(bo)羅尼都等(deng)(deng)將(jiang)托(tuo)(tuo)倫(lun)泰、特古斯（薩喇(la)(la)勒之(zhi)兄）等(deng)(deng)人及蒙古官兵(bing)扣留。乾隆二十一年（1756年）二月，定西將(jiang)軍(jun)策楞率(lv)西路清軍(jun)收(shou)復伊(yi)(yi)犁(li)(li)(li)，阿(a)睦(mu)爾(er)(er)(er)撒(sa)(sa)納(na)逃(tao)往哈(ha)薩克(ke)，形勢再度逆轉。五月，霍集(ji)(ji)(ji)(ji)占(zhan)與波(bo)羅尼都會合。霍集(ji)(ji)(ji)(ji)占(zhan)殺死阿(a)睦(mu)爾(er)(er)(er)撒(sa)(sa)納(na)派來(lai)的(de)使者，將(jiang)托(tuo)(tuo)倫(lun)泰送回(hui)；又以投誠為名，派人到清軍(jun)大營探聽消息。
霍(huo)集占(zhan)欲反清自(zi)立，與手下各頭目商議(yi)：“甫免(mian)為厄魯特(te)（準(zhun)噶爾(er)）役使，今若投(tou)誠，又(you)當(dang)納貢。不(bu)若自(zi)長一方，種(zhong)地(di)守城，足為捍御。”波(bo)羅尼都不(bu)愿(yuan)與清軍為敵(di)，說：“從前受辱于厄魯特(te)，非大國(guo)（清）兵力，安能(neng)(neng)復(fu)歸故土？恩(en)不(bu)可負(fu)，即兵力亦斷不(bu)能(neng)(neng)抗(kang)。”霍(huo)集占(zhan)派人殺死蒙古察合臺汗王(wang)后裔(yi)以及葉爾(er)羌舊首領伊克(ke)和卓，又(you)自(zi)加汗號，稱(cheng)“巴圖(tu)爾(er)汗”。波(bo)羅尼都勸(quan)阻霍(huo)集占(zhan)：“我兄(xiong)弟(di)自(zi)祖父三世(shi)，俱被準(zhun)噶爾(er)囚禁。荷蒙天恩(en)釋放，仍為回部頭目，受恩(en)深重。若爾(er)有(you)負(fu)天朝，任爾(er)自(zi)為，我必不(bu)能(neng)(neng)聽從”。霍(huo)集占(zhan)固執己(ji)見，兄(xiong)弟(di)二人出(chu)現不(bu)和。
霍(huo)(huo)集(ji)(ji)占(zhan)(zhan)只信(xin)任(ren)在伊犁囚禁時追隨他的(de)(de)屬下，對回疆各(ge)地(di)原(yuan)有伯(bo)克(ke)(ke)(ke)(ke)則(ze)明加籠絡，暗奪(duo)其權(quan)，致使(shi)“各(ge)城(cheng)頭目，俱不(bu)心服”。霍(huo)(huo)集(ji)(ji)占(zhan)(zhan)因(yin)忌憚(dan)烏什(shen)(shen)、阿(a)克(ke)(ke)(ke)(ke)蘇(su)(su)的(de)(de)霍(huo)(huo)集(ji)(ji)斯家族勢力，以烏什(shen)(shen)伯(bo)克(ke)(ke)(ke)(ke)霍(huo)(huo)集(ji)(ji)斯為和(he)闐伯(bo)克(ke)(ke)(ke)(ke)，阿(a)克(ke)(ke)(ke)(ke)蘇(su)(su)伯(bo)克(ke)(ke)(ke)(ke)阿(a)卜(bu)都(dou)瓜卜(bu)為葉(xie)爾(er)羌伯(bo)克(ke)(ke)(ke)(ke)，使(shi)霍(huo)(huo)集(ji)(ji)斯兄弟子侄(zhi)分(fen)居各(ge)城(cheng)。霍(huo)(huo)集(ji)(ji)斯畏(wei)其聲(sheng)勢不(bu)敢(gan)違抗。“喀什(shen)(shen)噶爾(er)、葉(xie)爾(er)羌的(de)(de)伯(bo)克(ke)(ke)(ke)(ke)階級也幾乎沒(mei)有支持(chi)和(he)卓木(mu)兄弟的(de)(de)”。喀什(shen)(shen)噶爾(er)伯(bo)克(ke)(ke)(ke)(ke)和(he)什(shen)(shen)克(ke)(ke)(ke)(ke)不(bu)愿依(yi)附霍(huo)(huo)集(ji)(ji)占(zhan)(zhan)，不(bu)得不(bu)逃亡至布魯(lu)特(te)。阿(a)睦爾(er)撒納叛亂前后，庫(ku)車(che)伯(bo)克(ke)(ke)(ke)(ke)鄂對、拜城(cheng)伯(bo)克(ke)(ke)(ke)(ke)噶岱(dai)默(mo)特(te)等人(ren)已(yi)避(bi)亂投奔清軍，于是(shi)霍(huo)(huo)集(ji)(ji)占(zhan)(zhan)又接收了庫(ku)車(che)、拜城(cheng)，控制了喀喇沙爾(er)（今焉耆）以南、塔里木(mu)盆(pen)地(di)西(xi)部(bu)(bu)的(de)(de)大部(bu)(bu)分(fen)地(di)方。
乾隆二十一年（1756年）閏九月，駐扎伊犁的戶部左(zuo)侍郎兆惠接到托倫(lun)泰返回(hui)(hui)(hui)的報文(wen)，認為“回(hui)(hui)(hui)城(cheng)地方并無事故”，于是遣(qian)副都統(tong)阿敏(min)(min)道、宰(zai)桑錫克錫爾(er)格帶(dai)索(suo)倫(lun)、準噶爾(er)兵(bing)三千余(yu)(yu)人往招撫(fu)回(hui)(hui)(hui)部各城(cheng)，“將回(hui)(hui)(hui)人等加意安撫(fu)”，并催(cui)繳各地稅(shui)賦。和卓軍隊據(ju)守庫車城(cheng)與(yu)阿敏(min)(min)道對峙。阿敏(min)(min)道詢問庫車伯克呼岱巴爾(er)氐(di)（霍集(ji)斯長子）為何據(ju)城(cheng)迎戰，呼岱巴爾(er)氐(di)詭稱因畏(wei)懼清軍中的準噶爾(er)兵(bing)，不敢歸降(jiang)。于是阿敏(min)(min)道令準噶爾(er)兵(bing)撤回(hui)(hui)(hui)，僅帶(dai)索(suo)倫(lun)兵(bing)一百余(yu)(yu)人入城(cheng)。
十月(yue)，先前由(you)策楞遣(qian)往葉(xie)爾羌、喀什噶爾的官(guan)員提奇圖(tu)等返回(hui)伊(yi)犁軍營，報告霍集(ji)(ji)占扣留清軍派去的蒙古(gu)兵(bing)丁及種種謀反情形。兆惠認為(wei)波羅尼都“似屬恭(gong)順(shun)”，霍集(ji)(ji)占“顯有背(bei)逆(ni)情狀”，擬令霍集(ji)(ji)占親自來(lai)伊(yi)犁謁見。但乾(qian)隆皇帝(di)并未意(yi)識到局勢的嚴重。此時(shi)，霍集(ji)(ji)占派出(chu)的使(shi)者(zhe)沙泥雅斯抵達京師謝恩，乾(qian)隆皇帝(di)認為(wei)霍集(ji)(ji)占遣(qian)使(shi)遠(yuan)來(lai)“意(yi)甚誠(cheng)篤”；且(qie)因其向來(lai)畏懼(ju)準噶爾，情有可原；并傳諭(yu)兆惠“但令其每年貢賦照交納，毋庸加(jia)以兵(bing)威”。
此(ci)時(shi)，征(zheng)討阿睦爾(er)撒(sa)納(na)的(de)清(qing)(qing)軍(jun)(jun)(jun)主力陸續撤(che)回(hui)，一部(bu)份清(qing)(qing)軍(jun)(jun)(jun)被(bei)調往蒙(meng)古平定撤(che)驛之(zhi)變，天(tian)山北(bei)路(lu)守備空虛。十一月，乾隆皇帝冊封的(de)輝特汗班(ban)珠爾(er)與綽羅斯汗噶勒(le)藏多(duo)爾(er)濟相(xiang)約舉(ju)兵(bing)叛(pan)亂。已升任定邊右副將軍(jun)(jun)(jun)的(de)兆惠率(lv)五百余人由伊犁(li)東撤(che)，在鄂(e)壘扎拉圖（今屬烏(wu)蘇市）、庫圖齊、烏(wu)魯木齊經數次(ci)惡(e)戰(zhan)后(hou)，于次(ci)年(nian)(nian)二(er)月退回(hui)巴(ba)里(li)坤(kun)。阿睦爾(er)撒(sa)納(na)重返西域(yu)，清(qing)(qing)軍(jun)(jun)(jun)再次(ci)失去對天(tian)山北(bei)路(lu)的(de)控制(zhi)。在此情勢下，霍(huo)集(ji)占認為(wei)清(qing)(qing)廷在西域(yu)的(de)統治(zhi)已近乎崩潰，遂(sui)于乾隆二(er)十二(er)年(nian)(nian)（1757年(nian)(nian)）三(san)月令人殺死(si)庫車城內的(de)阿敏道，公開舉(ju)兵(bing)反叛(pan)。呼岱巴(ba)爾(er)氐(di)得知這一命令后(hou)，暗(an)中告(gao)知阿敏道。阿敏道率(lv)眾逃出(chu)城外，被(bei)霍(huo)集(ji)占軍(jun)(jun)(jun)追(zhui)及，一百余人全部(bu)戰(zhan)死(si)。
霍集占的反叛大出乾隆皇帝之預料。乾隆二十二年五月，定邊將軍成袞扎布奏請前往回疆平叛。乾隆皇帝傳諭成袞扎布、兆惠全力擒拿阿睦爾撒納，定于次年春天再進兵回部。六月，阿睦爾撒納與哈薩克汗阿布賚反目，逃入俄羅斯。乾隆二十三年正月二十六日癸丑（1758年3月5日），確認阿睦爾撒納在俄羅斯出痘身死后，乾隆皇帝下諭征討霍集占乾(qian)隆(long)皇帝與大(da)臣(chen)認為波羅尼(ni)都(dou)(dou)“頗圖安靜(jing)”、并無謀反之心，以至(zhi)期望波羅尼(ni)都(dou)(dou)將(jiang)(jiang)霍集占擒(qin)獲，并向清軍(jun)投誠。二(er)月，朝廷以雅爾(er)哈善為靖逆將(jiang)(jiang)軍(jun)，率參贊大(da)臣(chen)哈寧阿、巴里坤領隊大(da)臣(chen)愛隆(long)阿、吐魯(lu)番貝勒額敏和卓、哈密貝子玉素富、肅(su)州總兵閆相(xiang)師、鑲黃(huang)旗(qi)察哈爾(er)總管端濟布、庫(ku)車伯克鄂對(dui)等，領兵八千，由吐魯(lu)番西進，四月中旬至(zhi)喀喇沙爾(er)集結(jie)。
五月初，清兵包圍庫車。庫車城墻十分堅固，由霍集占的親信阿卜都克勒木駐守。六月，阿卜都克勒木之弟阿卜都哈里克由賽里木率軍來援，在托木羅克被額敏和卓擊退。霍集占親率鳥槍兵(bing)(bing)數千(qian)由烏什來(lai)援，在(zai)庫車(che)城(cheng)南被愛隆(long)阿、端濟布等擊敗(bai)。霍集占(zhan)負傷(shang)逃入(ru)庫車(che)城(cheng)，堅守不(bu)出。提督馬得勝派兵(bing)(bing)挖隧道攻(gong)城(cheng)，雅爾哈善(shan)求(qiu)勝心切，催(cui)促士兵(bing)(bing)日夜挖掘(jue)。守軍(jun)在(zai)夜間看到火光，引(yin)水灌(guan)入(ru)隧道將清兵(bing)(bing)淹(yan)死(si)。乾隆(long)皇(huang)帝見雅爾哈善(shan)指揮無(wu)方，遂(sui)令(ling)定邊將軍(jun)兆惠(hui)率兵(bing)(bing)南下征討。
霍集占入城(cheng)(cheng)后(hou)，便殺戮鄂(e)(e)(e)對在城(cheng)(cheng)中(zhong)的親屬。鄂(e)(e)(e)對之妻依(yi)熱(re)木(mu)年少，霍集占欲納為(wei)(wei)妾。依(yi)熱(re)木(mu)不從，被(bei)囚于高(gao)樓，日加凌辱，其二子(zi)一(yi)女被(bei)叛軍從城(cheng)(cheng)墻上拋(pao)下而死。鄂(e)(e)(e)對向雅爾哈善(shan)提議：分兵埋(mai)伏于庫車城(cheng)(cheng)西、北的兩處隘(ai)口，城(cheng)(cheng)中(zhong)糧(liang)盡(jin)時，霍集占必出(chu)城(cheng)(cheng)逃走，可從容將其擒獲。雅爾哈善(shan)認為(wei)(wei)鄂(e)(e)(e)對是(shi)新降之人(ren)，并不聽信其言。六月二十三日夜(ye)，霍集占率騎兵四百余(yu)(yu)人(ren)出(chu)西門逃遁。八月，阿(a)卜都克勒木(mu)也棄城(cheng)(cheng)逃走。城(cheng)(cheng)中(zhong)頭人(ren)阿(a)拉難爾率老弱殘兵出(chu)降。鄂(e)(e)(e)對入城(cheng)(cheng)后(hou)，手刃霍集占黨羽三十余(yu)(yu)人(ren)。
乾隆皇帝得(de)知雅爾哈善疏于防守(shou)，致(zhi)霍集占走脫，極為震怒(nu)，命將(jiang)(jiang)雅爾哈善逮京議斬；以工部尚書納穆札爾代雅爾哈善為靖逆將(jiang)(jiang)軍，戶部侍郎石三泰為參贊大臣，受(shou)兆惠節制。此(ci)時，雅爾哈善留玉素(su)富駐守(shou)庫車，以端濟(ji)布為前鋒，開赴阿克(ke)蘇。
當六(liu)月清(qing)軍圍(wei)攻(gong)庫車之(zhi)時(shi)，賽(sai)喇木（今拜城(cheng)(cheng)縣賽(sai)里(li)木鎮）、沙(sha)雅爾（今沙(sha)雅縣）爆發了反對霍(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)的(de)起義，二(er)城(cheng)(cheng)隨即向(xiang)清(qing)軍投降。在(zai)霍(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)從庫車逃往阿(a)克蘇(su)途中，阿(a)克蘇(su)毛拉阿(a)舒(shu)爾率眾(zhong)殺死(si)霍(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)的(de)親信，推舉頗拉特為總伯克，派人向(xiang)清(qing)軍投誠(cheng)。霍(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)攻(gong)阿(a)克蘇(su)城(cheng)(cheng)不下，又奔赴烏什。
八(ba)(ba)月(yue)二十四日，兆(zhao)惠與雅爾哈(ha)善會合，次日進駐阿(a)克(ke)蘇。兆(zhao)惠奏請以鄂對為(wei)阿(a)克(ke)蘇之阿(a)奇木伯(bo)克(ke)，頗拉特為(wei)其(qi)(qi)副(fu)手(shou)；并收繳雅爾哈(ha)善官印，將其(qi)(qi)押解(jie)赴京。兆(zhao)惠隨(sui)即向烏什(shen)進發，留閆相師綠(lv)營兵八(ba)(ba)百人(ren)駐防阿(a)克(ke)蘇城。革(ge)職(zhi)后在兆(zhao)惠軍(jun)中效力的(de)舒赫德也留在阿(a)克(ke)蘇。
烏什伯克(ke)漠(mo)咱(zan)帕(pa)爾(er)(er)是(shi)霍(huo)集斯(si)之子，得(de)知霍(huo)集占率軍前來，企圖設(she)宴將其誘擒，但計劃泄露。霍(huo)集占得(de)知后不(bu)敢(gan)入(ru)城(cheng)(cheng)，派隨軍的霍(huo)集斯(si)招降漠(mo)咱(zan)帕(pa)爾(er)(er)。霍(huo)集斯(si)原為烏什、吐(tu)魯番一(yi)帶豪族，被(bei)迫依附于霍(huo)集占。入(ru)城(cheng)(cheng)后，霍(huo)集斯(si)隨即倒戈，派其子呼(hu)岱巴(ba)爾(er)(er)氐前往阿克(ke)蘇迎清軍入(ru)城(cheng)(cheng)。霍(huo)集占一(yi)路向(xiang)南(nan)退(tui)卻，返(fan)回(hui)喀什噶爾(er)(er)。八月三十日，兆(zhao)惠進駐(zhu)烏什，以霍(huo)集斯(si)之妻與總兵(bing)丑達駐(zhu)守。
九月(yue)初，兆(zhao)惠(hui)派侍衛(wei)齊(qi)(qi)凌扎布與鄂對前往和闐(tian)招降(jiang)。由于和闐(tian)伯克霍(huo)集斯已降(jiang)清(qing)，和闐(tian)首城額里齊(qi)(qi)（今(jin)和田市）的(de)頭人(ren)將霍(huo)集占黨羽驅逐(zhu)，迎清(qing)兵入(ru)城。九月(yue)下旬，和闐(tian)所(suo)轄的(de)哈喇哈什(shen)(shen)（今(jin)墨(mo)玉縣）、克勒(le)底雅（今(jin)于田縣）、齊(qi)(qi)爾拉（今(jin)策勒(le)縣）、玉隴(long)哈什(shen)(shen)（今(jin)洛浦縣玉龍喀什(shen)(shen)鎮）、塔克（在今(jin)于田縣南(nan)）全部歸降(jiang)。至此，僅有喀什(shen)(shen)噶爾、葉(xie)爾羌(qiang)二城尚在大小和卓(zhuo)手中。
自兆(zhao)(zhao)惠南下一(yi)月(yue)有余(yu)，阿(a)克(ke)蘇、烏什、和(he)闐望(wang)風而降(jiang)(jiang)，致使其錯判形(xing)勢，輕敵冒進(jin)(jin)。霍(huo)集斯(si)向(xiang)兆(zhao)(zhao)惠提議(yi)：先攻占葉爾(er)羌(qiang)，截(jie)住大(da)小(xiao)和(he)卓出逃之路；再進(jin)(jin)兵(bing)(bing)喀什噶(ga)(ga)爾(er)，則波羅尼都自當歸(gui)降(jiang)(jiang)。于是兆(zhao)(zhao)惠不(bu)等納(na)穆札爾(er)、石三泰的主力抵(di)達，先率四(si)千人(ren)向(xiang)葉爾(er)羌(qiang)進(jin)(jin)發，愛隆阿(a)、戶部(bu)侍(shi)郎明瑞、霍(huo)集斯(si)、端濟(ji)布、噶(ga)(ga)岱默特等從行。乾(qian)隆皇(huang)(huang)帝(di)也認為(wei)“回部(bu)各城(cheng)迎降(jiang)(jiang)相繼，大(da)功可計日而成”，開始考慮各城(cheng)伯克(ke)人(ren)選，以及駐兵(bing)(bing)屯田(tian)等事宜(yi)。又令章嘉呼圖克(ke)圖寫信(xin)給拉達克(ke)（今克(ke)什米爾(er)東南）頭人(ren)，若(ruo)大(da)小(xiao)和(he)卓逃至彼處，“即擒解前來”，“斷不(bu)可容留疏縱”。九月(yue)，乾(qian)隆皇(huang)(huang)帝(di)令在哈薩(sa)克(ke)追剿(jiao)叛軍的參贊(zan)大(da)臣富德前往阿(a)克(ke)蘇策應兆(zhao)(zhao)惠。又起用舒赫(he)德為(wei)頭等侍(shi)衛，并增(zeng)派(pai)察哈爾(er)兵(bing)(bing)七百人(ren)、綠營兵(bing)(bing)三百人(ren)赴阿(a)克(ke)蘇，歸(gui)舒赫(he)德統領。
霍(huo)(huo)集占退回喀什噶(ga)爾(er)后，波羅尼都(dou)怨其輕舉妄動，招致清(qing)軍(jun)征討。于是(shi)霍(huo)(huo)集占前往葉(xie)爾(er)羌(qiang)駐(zhu)守，堅壁清(qing)野，并(bing)散布謠言稱清(qing)軍(jun)已(yi)將(jiang)霍(huo)(huo)集斯殺(sha)害，且(qie)要來(lai)殺(sha)盡回人。十(shi)月初五(wu)，兆惠(hui)進兵葉(xie)爾(er)羌(qiang)城(cheng)下，見葉(xie)爾(er)羌(qiang)城(cheng)池(chi)較大(da)，便設法(fa)誘敵出戰(zhan)。初六日(ri)，清(qing)兵分七隊攻城(cheng)。霍(huo)(huo)集占的騎兵出北門突擊(ji)，擊(ji)潰了清(qing)軍(jun)中的索(suo)倫兵，但(dan)被健銳營擊(ji)敗，于是(shi)固守不出。兆惠(hui)兵少不能圍(wei)城(cheng)，令愛隆阿、侍衛奎瑪岱(dai)領兵八(ba)百(bai)人北上防范喀什噶(ga)爾(er)來(lai)援，并(bing)接(jie)應納穆札爾(er)、石三泰的援軍(jun)。此時(shi)，波羅尼都(dou)親率五(wu)千人前來(lai)增援霍(huo)(huo)集占。
富德(de)接到諭(yu)旨后，于十(shi)月(yue)抵(di)達烏魯木齊。十(shi)月(yue)中旬，乾隆皇帝又令富德(de)領兵南下巴爾楚克（今巴楚縣）護衛(wei)清軍臺站；若(ruo)到時(shi)兆惠仍(reng)未攻(gong)下葉爾羌，即可領兵攻(gong)取喀(ka)什噶爾。
兆(zhao)惠偵知和卓士兵在葉爾羌城南的英額齊盤山(shan)放牧，打算突襲牧地，掠(lve)其(qi)牲畜。
十月(yue)十三日（公歷1758年11月(yue)13日），兆(zhao)惠由城南(nan)奪橋(qiao)渡(du)黑水(shui)(shui)（維吾爾(er)語稱黑水(shui)(shui)為喀喇烏蘇），才過(guo)四百(bai)人(ren)時(shi)，橋(qiao)梁(liang)垮塌，隨即(ji)(ji)被(bei)(bei)霍集(ji)占(zhan)軍(jun)一(yi)萬余(yu)人(ren)包圍(wei)(wei)(wei)。在混亂中(zhong)清(qing)軍(jun)被(bei)(bei)圍(wei)(wei)(wei)成數截，且戰(zhan)(zhan)且渡(du)。兆(zhao)惠傷及面頰，坐騎中(zhong)槍(qiang)倒斃(bi)，兩度換(huan)馬。激(ji)戰(zhan)(zhan)五晝夜后，清(qing)兵(bing)陣亡數百(bai)人(ren)，馬匹陷入(ru)泥淖者甚(shen)多。西寧鎮(zhen)總兵(bing)高天喜、副都統(tong)三格、護軍(jun)統(tong)領鄂(e)實(shi)、監察御史(shi)何(he)泰(tai)、侍衛特通(tong)額等戰(zhan)(zhan)死。兆(zhao)惠無(wu)法突圍(wei)(wei)(wei)，遂于黑水(shui)(shui)南(nan)岸就(jiu)地結營(ying)，修(xiu)筑(zhu)壕(hao)溝，此即(ji)(ji)當時(shi)著名的“黑水(shui)(shui)營(ying)”。霍集(ji)占(zhan)軍(jun)也就(jiu)地駐扎，將(jiang)清(qing)軍(jun)營(ying)盤團團圍(wei)(wei)(wei)住。此役即(ji)(ji)通(tong)古思魯克之戰(zhan)(zhan)。
十月十三日黑水之戰的同時(shi)，納(na)穆札爾(er)(er)(er)、石三泰的援(yuan)軍(jun)與(yu)愛隆阿會合。納(na)穆札爾(er)(er)(er)與(yu)諸將率二百余騎(qi)兵(bing)趁夜行軍(jun)，以期黎明時(shi)與(yu)兆惠會合，但在途中遇到(dao)波羅尼都派出的援(yuan)軍(jun)三千余人，陷(xian)入(ru)包圍(wei)。納(na)穆札爾(er)(er)(er)、石三泰、侍衛奎(kui)瑪(ma)岱(dai)、彰武、班(ban)泰、管站西拉布(bu)、護軍(jun)校齊(qi)旺扎布(bu)等皆戰死，僅有少數(shu)兵(bing)丁(ding)逃出。愛隆阿聞(wen)訊前往援(yuan)救，得知納(na)穆札爾(er)(er)(er)已(yi)全軍(jun)覆沒(mei)，遂撤往阿克蘇。兆惠上書(shu)請(qing)罪，并奏(zou)請(qing)調阿克蘇等地守軍(jun)于年(nian)底齊(qi)集(ji)，“合力攻剿”。
和卓軍向黑水營清兵輪番發動攻擊，均被兆惠擊退，于是打算長期圍困，待清兵糧盡時不攻自破。和卓兵引上游河水灌入清營，被清兵導入戰壕排至下游，反而便于清兵汲水。清軍營地多林木，和卓兵射出的鉛彈陷入樹中，清兵砍柴生火時將子彈取出，足以補充彈藥。十一月中旬，布魯特（柯爾克孜人）頭人納喇巴圖流亡(wang)的額(e)爾克和(he)(he)(he)卓額(e)色尹等人(ren)領兵(bing)襲(xi)擊(ji)了喀什噶(ga)(ga)爾的屬(shu)城英(ying)(ying)吉(ji)沙(sha)爾（今英(ying)(ying)吉(ji)沙(sha)縣），同一天，兆惠(hui)(hui)出擊(ji)焚毀了兩(liang)處(chu)和(he)(he)(he)卓軍營。大小(xiao)和(he)(he)(he)卓以為(wei)布魯特(te)與清軍聯合，遂遣人(ren)與兆惠(hui)(hui)議和(he)(he)(he)。兆惠(hui)(hui)提出大小(xiao)和(he)(he)(he)卓必(bi)須先行入京朝覲；大小(xiao)和(he)(he)(he)卓則稱“愿(yuan)送口糧(liang)，撤圍相見(jian)”，兆惠(hui)(hui)不予(yu)答復。于(yu)是波(bo)羅尼都領兵(bing)撤回(hui)喀什噶(ga)(ga)爾，防(fang)御(yu)布魯特(te)侵擾。至(zhi)年末(mo)，兆惠(hui)(hui)已被圍困三個月，軍糧(liang)耗盡(jin)，士兵(bing)只得(de)焚煮馬鞍(an)、皮革，甚至(zhi)掠取平民烹食。
十一月(yue)初，乾隆皇帝接到(dao)兆惠(hui)被圍(wei)的奏(zou)報，以富德(de)(de)為(wei)定邊右(you)副(fu)將軍(jun)，徑(jing)赴葉(xie)爾(er)(er)羌(qiang)解兆惠(hui)之(zhi)圍(wei)；以副(fu)都統阿里(li)袞、舒(shu)赫(he)德(de)(de)、愛隆阿為(wei)參(can)贊大臣，調(diao)集兵(bing)馬、駱駝(tuo)前往(wang)增援(yuan)；令陜甘總督黃(huang)廷(ting)桂(gui)預備馬匹二萬(wan)，供(gong)西征清軍(jun)調(diao)用。又命成袞扎布征發漠北達什達瓦所(suo)屬準噶爾(er)(er)兵(bing)丁(ding)，于次年從特穆(mu)爾(er)(er)圖淖爾(er)(er)（今吉爾(er)(er)吉斯(si)斯(si)坦伊塞克湖）南(nan)下助攻。
富德得知兆惠被圍困后，率副都統鄂博什及侍衛瑪瑺、額爾登額、老格等，于十一月十一日從烏魯木齊出發，日夜兼程開赴阿克蘇。領隊大臣豆斌、散秩大臣永慶、副都統瑚爾起(qi)、福祿、總(zong)管端濟布等領兵(bing)協(xie)同(tong)。十(shi)(shi)二月初四日，舒(shu)赫德(de)(de)率新到的(de)內地、索倫(lun)士兵(bing)與原駐兵(bing)丁共三千五百人(ren)由阿克蘇(su)(su)開拔(ba)。十(shi)(shi)二月十(shi)(shi)六日，富(fu)德(de)(de)抵達阿克蘇(su)(su)。二十(shi)(shi)五日，阿里袞押(ya)送駝(tuo)馬(ma)到達阿克蘇(su)(su)；同(tong)時，富(fu)德(de)(de)在巴爾楚克趕上舒(shu)赫德(de)(de)的(de)隊伍，向葉爾羌進(jin)發(fa)。
乾隆二十(shi)四年正月(yue)(yue)初六日(ri)(ri)(ri)(ri)（1759年2月(yue)(yue)3日(ri)(ri)(ri)(ri)），富德在葉(xie)爾(er)(er)羌(qiang)東北(bei)的呼(hu)爾(er)(er)滿與(yu)前來截擊的和卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)(jun)(jun)五千余人(ren)遭遇。激(ji)戰至夜(ye)間，和卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)(jun)(jun)退卻，清軍(jun)(jun)(jun)戰馬經長(chang)途跋涉，紛(fen)紛(fen)倒斃，無(wu)力追趕(gan)。次日(ri)(ri)(ri)(ri)（2月(yue)(yue)4日(ri)(ri)(ri)(ri)），和卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)(jun)(jun)占據山崗(gang)，與(yu)富德軍(jun)(jun)(jun)相(xiang)持(chi)于戈壁(bi)中。初八日(ri)(ri)(ri)(ri)（2月(yue)(yue)5日(ri)(ri)(ri)(ri)），和卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)(jun)(jun)得知清軍(jun)(jun)(jun)少(shao)馬，率大軍(jun)(jun)(jun)圍攻富德。清軍(jun)(jun)(jun)拒守(shou)于沁達爾(er)(er)，苦(ku)戰不能突破，且戈壁(bi)無(wu)水(shui)，士兵只得吞咽冰塊。初九日(ri)(ri)(ri)(ri)（2月(yue)(yue)6日(ri)(ri)(ri)(ri)）夜(ye)，阿里袞率援軍(jun)(jun)(jun)及馬一千匹、駝四百只趕(gan)到，與(yu)鄂(e)博什從兩翼突擊和卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)(jun)(jun)營(ying)，富德乘勢掩(yan)殺(sha)，和卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)(jun)(jun)開始潰(kui)退。十(shi)日(ri)(ri)(ri)(ri)（2月(yue)(yue)7日(ri)(ri)(ri)(ri)）黎明，阿里袞、護軍(jun)(jun)(jun)統領(ling)努三與(yu)富德三路夾攻，和卓(zhuo)(zhuo)軍(jun)(jun)(jun)向南遁去。此(ci)役，富德、阿里袞等斬(zhan)殺(sha)和卓(zhuo)(zhuo)兵千余人(ren)，史稱(cheng)呼(hu)爾(er)(er)滿大捷。
正(zheng)月(yue)初(chu)八(ba)，兆惠聽(ting)到(dao)北方有(you)槍(qiang)炮聲，又(you)(you)見圍(wei)(wei)營的和(he)卓兵(bing)漸少(shao)，料想援(yuan)軍(jun)已(yi)至，遂(sui)分兵(bing)兩路出擊，攻取營壘，并派人(ren)聯絡富德。十三日夜，富德進(jin)兵(bing)至葉(xie)爾羌河岸，距兆惠兵(bing)營尚(shang)有(you)二十里。十四日黎明，富德領兵(bing)前行，斬殺和(he)卓兵(bing)二三百人(ren)。和(he)卓軍(jun)隊渡河而去。富德與兆惠會合，按(an)照諭旨于當晚(wan)啟程返回阿克蘇。至此(ci)黑水(shui)之圍(wei)(wei)得解，“將軍(jun)以下皆無恙(yang)”，“卒得全，莫不喜極(ji)涕出”。霍(huo)集(ji)占(zhan)見兩路清軍(jun)匯(hui)合后(hou)，不再(zai)派兵(bing)阻截。此(ci)間(jian)，波羅尼(ni)都(dou)中鳥槍(qiang)受傷，欲向清軍(jun)投(tou)降(jiang)，霍(huo)集(ji)占(zhan)又(you)(you)不許。
在呼爾滿之戰前的乾隆二十三年十一月二十六日（1758年12月26日），霍集占派遣的阿卜都克勒木兄弟與鄂斯滿、塞頗爾等率兵六百余人進攻和闐，阻截額里齊、哈喇哈什之間道路；又派其岳父薩里克誘降當地伯克。當地駐防清兵只有綠營、索倫兵五百五十人，分守各城。鄂斯滿首先攻占克勒底雅，滿洲通事(shi)哲勒(le)順被殺(sha)，克(ke)(ke)勒(le)底雅伯(bo)克(ke)(ke)阿(a)里(li)(li)(li)木(mu)沙(sha)逃往額里(li)(li)(li)齊(qi)(qi)。阿(a)卜都(dou)哈(ha)(ha)里(li)(li)(li)克(ke)(ke)將(jiang)阿(a)里(li)(li)(li)木(mu)沙(sha)之妻帶到額里(li)(li)(li)齊(qi)(qi)城下，又將(jiang)其子(zi)當(dang)阿(a)里(li)(li)(li)木(mu)沙(sha)之面殺(sha)死。不久，齊(qi)(qi)拉(la)爾失陷，伯(bo)克(ke)(ke)錫魯卜亦(yi)逃入額里(li)(li)(li)齊(qi)(qi)。齊(qi)(qi)凌扎布、鄂對行(xing)文(wen)阿(a)克(ke)(ke)蘇請求增援(yuan)。乾隆(long)二十(shi)四年正月，阿(a)克(ke)(ke)蘇辦事(shi)侍郎(lang)永貴派兵一百人護送軍馬前往。正月十(shi)五(wu)日（1759年2月12日）后，和卓兵圍(wei)攻額里(li)(li)(li)齊(qi)(qi)、哈(ha)(ha)喇哈(ha)(ha)什。索倫驍騎校烏(wu)爾圖保固守額里(li)(li)(li)齊(qi)(qi)，哈(ha)(ha)喇哈(ha)(ha)什伯(bo)克(ke)(ke)海里(li)(li)(li)雅木(mu)哈(ha)(ha)子(zi)、阿(a)瓦斯默特領(ling)四千回兵與齊(qi)(qi)凌扎布一同抵(di)抗。
正月末，駐(zhu)守巴爾(er)(er)楚克(ke)的參贊大臣巴祿(lu)派(pai)兵(bing)三(san)百(bai)名援(yuan)救(jiu)和闐。乾隆皇帝命(ming)(ming)巴祿(lu)親自領兵(bing)增援(yuan)，同時以賽音諾顏部郡王策布(bu)登扎布(bu)為副將軍，福(fu)祿(lu)、車木(mu)楚克(ke)扎布(bu)為參贊，巡查額(e)爾(er)(er)齊斯河(he)至巴爾(er)(er)喀什(shen)湖一帶，防(fang)(fang)備霍集占經伊犁逃往俄(e)羅斯。兆惠(hui)回(hui)到阿(a)克(ke)蘇后，令(ling)愛隆阿(a)駐(zhu)防(fang)(fang)烏什(shen)，派(pai)瑚爾(er)(er)起、巴圖(tu)濟爾(er)(er)噶爾(er)(er)帶九(jiu)百(bai)兵(bing)援(yuan)救(jiu)和闐；上奏待糧餉(xiang)、馬(ma)匹(pi)到后，再遣(qian)富德(de)領兵(bing)數(shu)千(qian)前往。乾隆皇帝因兆惠(hui)、富德(de)進兵(bing)過緩(huan)，加以申斥。二月，玉隴哈(ha)什(shen)失(shi)陷。乾隆皇帝因新任陜甘(gan)總督(du)吳(wu)達善辦理兵(bing)馬(ma)事務(wu)不(bu)力，命(ming)(ming)閩(min)浙(zhe)總督(du)楊(yang)應琚來京，不(bu)久調任陜甘(gan)總督(du)。
三月三日(ri)，哈喇哈什失陷(xian)，齊凌扎布突圍而出。六日(ri)，瑚(hu)爾(er)(er)起(qi)等(deng)抵(di)達(da)額里(li)(li)齊，與散秩(zhi)大臣鄂對、侍(shi)衛噶布舒相會。九日(ri)，瑚(hu)爾(er)(er)起(qi)進(jin)至(zhi)哈喇哈什，乘霧(wu)襲(xi)擊和(he)卓軍(jun)營(ying)，射殺(sha)阿卜都哈里(li)(li)克(ke)(ke)。鄂斯(si)滿、霍(huo)集雅(ya)斯(si)負傷逃(tao)走。十一(yi)日(ri)，清軍(jun)收復玉隴哈什、齊爾(er)(er)拉(la)。隨后(hou)遣人招降克(ke)(ke)勒(le)底雅(ya)、塔(ta)克(ke)(ke)。克(ke)(ke)勒(le)底雅(ya)頭人四德和(he)卓將(jiang)阿卜都克(ke)(ke)勒(le)木屬(shu)下布庫塔(ta)斯(si)執(zhi)獻清軍(jun)。塔(ta)克(ke)(ke)頭人默(mo)里(li)(li)善也將(jiang)諾們伯克(ke)(ke)、毛拉(la)岳(yue)科卜等(deng)擒獻，和(he)闐平定。四月二十二日(ri)，富德率軍(jun)抵(di)達(da)額里(li)(li)齊駐守。
呼爾滿之戰后，霍集占兄弟“由于清軍的進攻和維吾爾群眾的背離，整個陷入了困境”。二、三月間，霍集占派人聯絡蔥嶺以西的巴達克山、浩罕等國。因浩罕未有回信，且懼布魯特沿途騷擾，和卓兄弟決定逃往巴達克山，或再由巴達克山前往痕都斯坦（今克什米爾地區南部(bu)及巴基斯坦北部(bu)）。四月(yue)，清兵(bing)占領和闐(tian)的消(xiao)息(xi)傳來(lai)，葉(xie)爾(er)羌(qiang)人(ren)心驚動，霍集(ji)占將家眷、財物(wu)移往(wang)葉(xie)爾(er)羌(qiang)以西的赫(he)色勒塔克(ke)。波羅尼(ni)都(dou)也向喀(ka)什(shen)噶爾(er)居(ju)民索取軍糧、馬匹，在六月(yue)十日(ri)之前(qian)陸續運到塔勒巴楚克(ke)河，自己(ji)僅(jin)與親(qin)信(xin)留在喀(ka)什(shen)噶爾(er)居(ju)住。
在(zai)(zai)大小和卓準備(bei)出逃的(de)(de)同時，兆惠(hui)(hui)、富德正籌集糧餉，計(ji)劃乘麥熟之(zhi)前進(jin)(jin)攻葉爾(er)(er)羌(qiang)。五(wu)月，避(bi)難于(yu)布魯(lu)特的(de)(de)原喀(ka)什(shen)噶(ga)爾(er)(er)伯(bo)克和什(shen)克隨清(qing)軍(jun)侍衛布占(zhan)泰(tai)來到阿克蘇，向(xiang)(xiang)兆惠(hui)(hui)建(jian)議(yi)先攻取(qu)喀(ka)什(shen)噶(ga)爾(er)(er)，以免霍(huo)集占(zhan)投奔浩罕的(de)(de)額(e)爾(er)(er)德尼(ni)伯(bo)克。于(yu)是兆惠(hui)(hui)等人議(yi)定(ding)先攻喀(ka)什(shen)噶(ga)爾(er)(er)，再取(qu)葉爾(er)(er)羌(qiang)。此時，流亡于(yu)境外(wai)的(de)(de)和卓后裔陸續向(xiang)(xiang)清(qing)軍(jun)投誠。額(e)色尹、瑪木特派人前往(wang)兆惠(hui)(hui)軍(jun)營，稱其現在(zai)(zai)布魯(lu)特“候進(jin)(jin)兵(bing)(bing)信息，情(qing)愿效(xiao)力(li)”。在(zai)(zai)清(qing)兵(bing)(bing)進(jin)(jin)發之(zhi)前，與(yu)波(bo)羅(luo)(luo)尼(ni)都交情(qing)深(shen)厚(hou)的(de)(de)霍(huo)集斯派親信巴喇(la)特前往(wang)喀(ka)什(shen)噶(ga)爾(er)(er)，仍期望波(bo)羅(luo)(luo)尼(ni)都歸降(jiang)。
六(liu)月(yue)二(er)日(ri)，富德由和闐啟(qi)程，進兵(bing)(bing)葉爾(er)羌。十(shi)一日(ri)，兆(zhao)惠領(ling)兵(bing)(bing)九(jiu)千(qian)由烏什南下(xia)，進兵(bing)(bing)喀(ka)什噶(ga)爾(er)。阿(a)(a)(a)里(li)袞、巴祿領(ling)兵(bing)(bing)三千(qian)出(chu)巴爾(er)楚(chu)克(ke)(ke)，在喀(ka)什噶(ga)爾(er)、葉爾(er)羌之間(jian)地方(fang)等待與富德會合，并把(ba)守各處關隘。六(liu)月(yue)十(shi)二(er)日(ri)，霍集占派阿(a)(a)(a)卜(bu)都(dou)(dou)(dou)克(ke)(ke)勒木通(tong)知(zhi)波(bo)羅(luo)尼都(dou)(dou)(dou)準(zhun)備逃離。六(liu)月(yue)十(shi)五日(ri)，布魯(lu)特(te)百余人(ren)劫掠了喀(ka)什噶(ga)爾(er)城北的(de)阿(a)(a)(a)喇古，波(bo)羅(luo)尼都(dou)(dou)(dou)派鄂斯(si)滿、優(you)駑斯(si)出(chu)戰(zhan)，被(bei)(bei)布魯(lu)特(te)兵(bing)(bing)打敗。六(liu)月(yue)十(shi)八(ba)日(ri)，額色尹、瑪木特(te)與波(bo)羅(luo)尼都(dou)(dou)(dou)交戰(zhan)，剿殺(sha)多(duo)人(ren)，隨后來到兆(zhao)惠軍營(ying)投誠。波(bo)羅(luo)尼都(dou)(dou)(dou)以抗擊(ji)布魯(lu)特(te)為由，向城內居民勒索財物、兵(bing)(bing)器；又毀壞(huai)城內街市(shi)、城門，“焚城掘樹”，裹挾喀(ka)什噶(ga)爾(er)及附(fu)屬各城的(de)貴族(zu)、民眾(zhong)西逃。阿(a)(a)(a)奇(qi)木伯克(ke)(ke)阿(a)(a)(a)卜(bu)都(dou)(dou)(dou)喇伊木、密里(li)木哈子墨墨氐敏(min)、伯克(ke)(ke)阿(a)(a)(a)卜(bu)都(dou)(dou)(dou)爾(er)滿以及霍集斯(si)之兄阿(a)(a)(a)卜(bu)都(dou)(dou)(dou)瓜卜(bu)也被(bei)(bei)一并帶走(zou)。喀(ka)什噶(ga)爾(er)居民不愿隨行，在途中(zhong)紛紛逃逸，多(duo)前往附(fu)近的(de)牌租阿(a)(a)(a)巴特(te)（今伽(jia)師縣）。牌租阿(a)(a)(a)巴特(te)伯克(ke)(ke)呢(ni)雅斯(si)收留逃亡民眾(zhong)，閉城拒(ju)守。汗額里(li)吉衣、雅普爾(er)古、烏什哈喇等城各自(zi)保聚。
六月二十七日，波羅尼都將喀什噶爾居民擄至城南的提斯袞，由玉魯克嶺(ling)（在(zai)今疏附(fu)縣西(xi)南）西(xi)逃，帶走居民(min)一百五(wu)十戶，及(ji)其親信之家(jia)眷(juan)、奴仆千余人(ren)。霍集(ji)占搶掠葉爾(er)(er)羌(qiang)居民(min)的(de)馬匹、牲(sheng)畜后，又向當地毛拉勒索白銀四(si)千兩，于閏六月(yue)二(er)日啟程，經伯(bo)克和羅木渡(du)口逃往(wang)羌(qiang)呼勒。大小和卓在(zai)色勒庫爾(er)(er)（今塔什(shen)(shen)(shen)庫爾(er)(er)干縣）會合后向西(xi)出逃。留在(zai)喀(ka)(ka)什(shen)(shen)(shen)噶爾(er)(er)、葉爾(er)(er)羌(qiang)二(er)城(cheng)(cheng)的(de)伯(bo)克隨即(ji)派(pai)人(ren)迎清兵(bing)入城(cheng)(cheng)。閏六月(yue)十四(si)日，兆(zhao)惠進駐(zhu)喀(ka)(ka)什(shen)(shen)(shen)噶爾(er)(er)城(cheng)(cheng)，富(fu)德(de)所部(bu)先鋒(feng)鄂博(bo)什(shen)(shen)(shen)進駐(zhu)葉爾(er)(er)羌(qiang)城(cheng)(cheng)。十八日，富(fu)德(de)進入葉爾(er)(er)羌(qiang)。乾隆皇帝令兆(zhao)惠留駐(zhu)喀(ka)(ka)什(shen)(shen)(shen)噶爾(er)(er)，辦理喀(ka)(ka)、葉二(er)城(cheng)(cheng)事(shi)務；富(fu)德(de)、明(ming)瑞等速領兵(bing)追(zhui)擊(ji)。
霍斯庫魯克之戰兆惠進入喀什噶爾(er)后，留閆(yan)相師的(de)綠(lv)營(ying)兵(bing)(bing)駐守，派參贊大(da)臣明(ming)(ming)瑞(rui)(rui)等(deng)率兵(bing)(bing)追(zhui)擊；同時傳檄(xi)浩罕、那木干、安(an)集(ji)延、瑪爾(er)噶朗(lang)等(deng)國協同搜捕大(da)小(xiao)和(he)(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)(zhuo)。明(ming)(ming)瑞(rui)(rui)、愛隆阿于(yu)閏六(liu)月十(shi)(shi)五日，率兩千(qian)人(ren)啟程，向(xiang)西進入蔥嶺(ling)（帕米爾(er)）群山(shan)(shan)中。霍集(ji)占兄弟欲往(wang)巴達克山(shan)(shan)，但(dan)眾(zhong)伯克不(bu)從，只(zhi)得北上安(an)集(ji)延。得知(zhi)清兵(bing)(bing)追(zhui)緊(jin)，于(yu)是棄其(qi)輜重(zhong)，令家(jia)眷先行(xing)。沿(yan)途無水草之(zhi)處，以大(da)麥(mai)喂(wei)馬(ma)。明(ming)(ming)瑞(rui)(rui)等(deng)緣山(shan)(shan)行(xing)走，繞(rao)峰渡河，由色勒庫(ku)爾(er)向(xiang)北前(qian)往(wang)哈喇庫(ku)勒（塔(ta)吉克斯坦東北之(zhi)喀拉湖）。閏六(liu)月二十(shi)(shi)八日黎(li)明(ming)(ming)，明(ming)(ming)瑞(rui)(rui)率前(qian)鋒九百(bai)人(ren)在霍斯庫(ku)魯克嶺(ling)（在喀拉湖以北）追(zhui)上大(da)小(xiao)和(he)(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)(zhuo)六(liu)千(qian)余人(ren)。明(ming)(ming)瑞(rui)(rui)誘敵下山(shan)(shan)不(bu)成，恐相持稍(shao)久(jiu)，使和(he)(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)(zhuo)兄弟逃脫，遂(sui)下令仰攻山(shan)(shan)峰。和(he)(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)(zhuo)兵(bing)(bing)以槍炮還擊。激戰三(san)個時辰(chen)，和(he)(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)(zhuo)兵(bing)(bing)開始退卻，清兵(bing)(bing)因(yin)馬(ma)匹(pi)勞(lao)累，無力追(zhui)及。和(he)(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)(zhuo)兵(bing)(bing)重(zhong)新集(ji)結后，恃(shi)其(qi)人(ren)眾(zhong)，回師將(jiang)明(ming)(ming)瑞(rui)(rui)分隊合圍。明(ming)(ming)瑞(rui)(rui)且戰且行(xing)，設埋(mai)兵(bing)(bing)從山(shan)(shan)上放槍，然后調頭(tou)沖入敵陣，才擊退和(he)(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)(zhuo)兵(bing)(bing)。此(ci)戰明(ming)(ming)瑞(rui)(rui)軍斬殺五百(bai)余人(ren)，俘(fu)獲(huo)三(san)十(shi)(shi)余人(ren)，清兵(bing)(bing)陣亡百(bai)余人(ren)，是為霍斯庫(ku)魯克之(zhi)戰。
七(qi)月(yue)初，富(fu)德、阿(a)里袞(gun)與(yu)明瑞(rui)(rui)在(zai)喀喇烏蘇會合，選四(si)千精(jing)兵進發。其余兵丁由(you)總兵楊寧帶領招降沙爾(er)呼勒，并(bing)聽候調遣。七(qi)月(yue)七(qi)日(ri)，富(fu)德探知霍集(ji)占在(zai)前(qian)方一百余里戈(ge)壁中(zhong)。九日(ri)辰時，清兵追至阿(a)爾(er)楚(chu)(chu)爾(er)（在(zai)今塔吉克斯(si)坦戈(ge)爾(er)諾-巴(ba)(ba)(ba)達(da)赫(he)尚自治州(zhou)穆爾(er)加布區東南）。大(da)小和(he)卓(zhuo)令馱(tuo)載先行，設伏兵六千于阿(a)爾(er)楚(chu)(chu)爾(er)山谷(gu)中(zhong)。富(fu)德以火器(qi)營(ying)、健銳營(ying)居中(zhong)，巴(ba)(ba)(ba)圖濟爾(er)噶爾(er)、鄂(e)齊爾(er)出左翼(yi)，由(you)屯、伊柱為右翼(yi)，奪(duo)取南、北阿(a)爾(er)楚(chu)(chu)爾(er)山，并(bing)向(xiang)下沖(chong)擊(ji)山谷(gu)中(zhong)的和(he)卓(zhuo)兵。阿(a)里袞(gun)、明瑞(rui)(rui)、巴(ba)(ba)(ba)祿、參贊大(da)臣阿(a)桂也從兩翼(yi)突(tu)擊(ji)。富(fu)德出兵佯(yang)攻和(he)卓(zhuo)馱(tuo)隊，明瑞(rui)(rui)、鄂(e)博什(shen)繞到后方夾擊(ji)。鏖戰一日(ri)，清軍殲滅和(he)卓(zhuo)軍一千余人，生擒五十(shi)余人，陣斬阿(a)卜(bu)都(dou)克勒木，此即阿(a)爾(er)楚(chu)(chu)爾(er)之戰。
七月十日傍晚，清兵追至阿爾楚爾以西的布(bu)(bu)(bu)隆(long)庫(ku)勒(le)，偵知大(da)小(xiao)和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)逃至布(bu)(bu)(bu)隆(long)庫(ku)勒(le)湖東(dong)北的伊(yi)(yi)西洱(er)(er)庫(ku)爾(er)(er)淖(nao)(nao)爾(er)(er)（塔吉克斯(si)坦東(dong)南之葉什勒(le)池）湖畔。波羅尼(ni)都駐扎(zha)于(yu)湖岸北山(shan)(shan)(shan)，霍集占率(lv)部占據東(dong)面山(shan)(shan)(shan)峰。伊(yi)(yi)西洱(er)(er)庫(ku)爾(er)(er)淖(nao)(nao)爾(er)(er)以(yi)西有(you)一(yi)大(da)嶺(ling)，過此嶺(ling)即(ji)是巴(ba)達克山(shan)(shan)(shan)界(jie)。富(fu)(fu)德先(xian)遣阿里袞、達爾(er)(er)黨阿、由屯、官長(chang)保、瑚什等(deng)領兵(bing)五百，往(wang)湖西堵(du)截(jie)大(da)小(xiao)和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)去路；伊(yi)(yi)柱、鄂(e)博什、溫布(bu)(bu)(bu)等(deng)領兵(bing)八百，往(wang)山(shan)(shan)(shan)后阻截(jie)。十(shi)一(yi)日，富(fu)(fu)德、巴(ba)祿、明瑞、阿桂、領隊大(da)臣傅景(jing)、瑚爾(er)(er)起等(deng)率(lv)兵(bing)一(yi)千余人(ren)，進至伊(yi)(yi)西洱(er)(er)庫(ku)爾(er)(er)淖(nao)(nao)爾(er)(er)。和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)軍從山(shan)(shan)(shan)上炮擊清兵(bing)，以(yi)死相拒。富(fu)(fu)德選健銳營、吉林(lin)、索倫、厄魯(lu)特各營鳥(niao)槍兵(bing)四(si)十(shi)余人(ren)，仰攻北路山(shan)(shan)(shan)嶺(ling)。又(you)令霍集斯(si)、鄂(e)對(dui)樹起維吾爾(er)(er)人(ren)舊(jiu)時旗幟招(zhao)降(jiang)和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)兵(bing)士。和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)軍大(da)潰，投降(jiang)者甚眾，霍集占奪馬而逃，乘夜繞過山(shan)(shan)(shan)嶺(ling)與波羅尼(ni)都會合。此即(ji)伊(yi)(yi)西洱(er)(er)庫(ku)爾(er)(er)淖(nao)(nao)爾(er)(er)之戰。十(shi)二日，又(you)有(you)被(bei)堵(du)截(jie)在北山(shan)(shan)(shan)的和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)兵(bing)兩(liang)(liang)千人(ren)投降(jiang)。大(da)小(xiao)和(he)(he)卓(zhuo)(zhuo)僅(jin)率(lv)妻子、奴仆三四(si)百人(ren)出奔巴(ba)達克山(shan)(shan)(shan)。富(fu)(fu)德派齊(qi)凌扎(zha)布(bu)(bu)(bu)、鄂(e)對(dui)、散(san)秩大(da)臣阿什默特將(jiang)投降(jiang)人(ren)眾送往(wang)英吉沙爾(er)(er)，又(you)率(lv)巴(ba)祿、阿桂、傅景(jing)、瑚爾(er)(er)起等(deng)四(si)百余人(ren)，與阿里袞分(fen)兵(bing)兩(liang)(liang)路，于(yu)十(shi)二日啟程，追(zhui)剿至巴(ba)達克山(shan)(shan)(shan)境內。
有西方學者認(ren)(ren)為伊西洱庫爾(er)淖爾(er)之(zhi)戰是(shi)中國將領(ling)在奏折(zhe)中虛構的(de)(de)(de)，“無疑是(shi)十分夸張而(er)在地(di)理的(de)(de)(de)敘述上又實在模糊”，而(er)帕米爾(er)當地(di)居民(min)并不知曉此事。十九世紀末的(de)(de)(de)英國殖(zhi)民(min)者內伊·伊萊亞斯（NeyElias）認(ren)(ren)為：跟隨大(da)小和卓(zhuo)的(de)(de)(de)僅有數百(bai)人，而(er)且(qie)主(zhu)要是(shi)婦女、兒童和奴隸(li)。當中國軍(jun)隊到達湖畔時，發現和卓(zhuo)早已(yi)逃入巴(ba)達克(ke)山的(de)(de)(de)錫克(ke)南，“于是(shi)便在一塊巖(yan)石(shi)上刻了(le)些字，然后(hou)返回喀什噶(ga)爾(er)去了(le)，根本未發生過(guo)戰斗。”這種觀點無法解(jie)釋齊凌扎布將此戰的(de)(de)(de)俘虜帶到英吉(ji)沙爾(er)后(hou)進行(xing)安置的(de)(de)(de)奏折(zhe)，而(er)且(qie)忽略(lve)了(le)在伊西洱庫爾(er)淖爾(er)的(de)(de)(de)紀功碑是(shi)乾隆皇帝后(hou)來派人樹立的(de)(de)(de)事實。
大小和卓被俘巴達克(ke)山(shan)是位(wei)于蔥嶺西部的古國，在今阿富(fu)汗東北部。由伊西洱庫(ku)爾(er)淖爾(er)向西南行，渡噴赤(chi)河，即至巴達克(ke)山(shan)界。富(fu)德(de)(de)一面領兵(bing)追擊，一面曉(xiao)諭(yu)當地部落(luo)擒拿大小(xiao)和(he)卓。七月十(shi)二日黃昏，依附于霍集占的蒙古(gu)厄魯特(te)頭目沙(sha)喇斯、瑪呼斯率六百余人(ren)北逃，被清(qing)軍(jun)(jun)副(fu)都統伊柱(zhu)截住。富(fu)德(de)(de)領兵(bing)進(jin)擊，剿二百余人(ren)，宰桑雅滿(man)、得木齊(qi)（百戶長）丹巴投降(jiang)。清(qing)軍(jun)(jun)繳獲(huo)駝炮(pao)八(ba)門(men)及去年失去的“威遠大將軍(jun)(jun)”火炮(pao)二門(men)。七月十(shi)八(ba)日，富(fu)德(de)(de)派(pai)侍衛薩穆(mu)坦（厄魯特(te)蒙古(gu)人(ren)）、伯克素勒坦和(he)卓（維吾爾(er)人(ren)）自巴沙(sha)楚爾(er)啟(qi)程，曉(xiao)諭(yu)巴達克山(shan)汗素勒坦沙(sha)（實(shi)為蘇丹），令其擒獲(huo)大小(xiao)和(he)卓兄弟，縛獻(xian)清(qing)軍(jun)(jun)。
大小(xiao)(xiao)和卓進(jin)入巴(ba)(ba)達克(ke)(ke)山境內后，遭到(dao)袞都(dou)(dou)伯(bo)克(ke)(ke)沙(sha)(sha)莽(mang)蘇(su)爾(er)、錫克(ke)(ke)南（在今塔(ta)吉克(ke)(ke)斯坦(tan)戈爾(er)諾(nuo)-巴(ba)(ba)達赫尚自(zi)治州錫克(ke)(ke)南區）伯(bo)克(ke)(ke)沙(sha)(sha)穆爾(er)沿途追擊，一路向南遁去(qu)。霍(huo)(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)聲稱借(jie)道(dao)前往麥加朝(chao)拜，于(yu)七(qi)月(yue)二十(shi)六(liu)日進(jin)抵巴(ba)(ba)達克(ke)(ke)山都(dou)(dou)城牌(pai)租阿(a)巴(ba)(ba)特（今阿(a)富汗巴(ba)(ba)達赫尚省首府法扎巴(ba)(ba)德(de)）。同一天(tian)，清(qing)使薩穆坦(tan)等(deng)也(ye)來(lai)到(dao)牌(pai)租阿(a)巴(ba)(ba)特，與素勒坦(tan)沙(sha)(sha)會面。素勒坦(tan)沙(sha)(sha)令霍(huo)(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)派來(lai)交(jiao)涉的鄂(e)斯滿、雅(ya)斯布庫里(li)與薩穆坦(tan)相見，薩穆坦(tan)面斥霍(huo)(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)之(zhi)種種罪過，鄂(e)斯滿不(bu)能辯駁。七(qi)月(yue)二十(shi)八(ba)日，素勒坦(tan)沙(sha)(sha)邀大小(xiao)(xiao)和卓入城。波羅尼都(dou)(dou)隨(sui)即(ji)入城，霍(huo)(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)則領兵在城外揚言：若將清(qing)使交(jiao)出(chu)，則愿為巴(ba)(ba)達克(ke)(ke)山奴仆。素勒坦(tan)沙(sha)(sha)不(bu)允，霍(huo)(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)遂劫(jie)掠村莊。素勒坦(tan)沙(sha)(sha)出(chu)兵數(shu)千將霍(huo)(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)圍于(yu)阿(a)爾(er)渾(hun)楚哈嶺(ling)，霍(huo)(huo)集(ji)占(zhan)(zhan)敗退至齊(qi)那(nei)爾(er)河(he)，身負重傷被俘。
素(su)(su)勒(le)(le)(le)坦(tan)(tan)(tan)沙(sha)將(jiang)波羅(luo)尼(ni)都、霍集(ji)占(zhan)兄弟囚禁于(yu)(yu)柴扎布，分別拘于(yu)(yu)二(er)室，并派(pai)人(ren)通告富(fu)(fu)(fu)德(de)(de)(de)(de)。富(fu)(fu)(fu)德(de)(de)(de)(de)責令素(su)(su)勒(le)(le)(le)坦(tan)(tan)(tan)沙(sha)獻(xian)(xian)俘。巴(ba)達(da)(da)克(ke)(ke)(ke)山的阿訇(hong)(hong)(hong)以(yi)大(da)小和(he)(he)卓(zhuo)為伊斯蘭教(jiao)先知后裔，若縛獻(xian)(xian)清(qing)(qing)軍，恐鄰國(guo)不(bu)服，請求清(qing)(qing)軍寬(kuan)免。然而素(su)(su)勒(le)(le)(le)坦(tan)(tan)(tan)沙(sha)既想得(de)到(dao)(dao)清(qing)(qing)軍庇護，以(yi)入(ru)侵(qin)博洛爾(er)(er)(er)、奇特(te)(te)拉(la)爾(er)(er)(er)等鄰近部(bu)落(luo)，又(you)擔(dan)心殺死和(he)(he)卓(zhuo)導致眾阿訇(hong)(hong)(hong)和(he)(he)鄰國(guo)的敵視，因此猶豫(yu)不(bu)決。薩(sa)穆坦(tan)(tan)(tan)離開后二(er)日，素(su)(su)勒(le)(le)(le)坦(tan)(tan)(tan)沙(sha)又(you)遣人(ren)告知霍集(ji)占(zhan)重傷已死。富(fu)(fu)(fu)德(de)(de)(de)(de)令素(su)(su)勒(le)(le)(le)坦(tan)(tan)(tan)沙(sha)“務將(jiang)波羅(luo)尼(ni)都俘獻(xian)(xian)；霍集(ji)占(zhan)雖死，亦必(bi)(bi)獻(xian)(xian)尸”。乾隆(long)皇帝(di)諭示富(fu)(fu)(fu)德(de)(de)(de)(de)，必(bi)(bi)須得(de)到(dao)(dao)和(he)(he)卓(zhuo)兄弟二(er)人(ren)，“倘二(er)賊(zei)被(bei)獲情(qing)事不(bu)實(shi)，……即將(jiang)拔(ba)達(da)(da)克(ke)(ke)(ke)山部(bu)落(luo)一并辦理，亦無不(bu)可(ke)”。八月二(er)十五(wu)日，富(fu)(fu)(fu)德(de)(de)(de)(de)召見巴(ba)達(da)(da)克(ke)(ke)(ke)山使者鄂(e)穆爾(er)(er)(er)拜。鄂(e)穆爾(er)(er)(er)拜聲(sheng)稱素(su)(su)勒(le)(le)(le)坦(tan)(tan)(tan)沙(sha)本欲將(jiang)和(he)(he)卓(zhuo)兄弟呈獻(xian)(xian)，但(dan)受到(dao)(dao)當地阿訇(hong)(hong)(hong)阻撓。且聞阿訇(hong)(hong)(hong)打算將(jiang)和(he)(he)卓(zhuo)所住房屋焚毀后前(qian)往(wang)麥加，向回(hui)教(jiao)各(ge)國(guo)控(kong)訴素(su)(su)勒(le)(le)(le)坦(tan)(tan)(tan)沙(sha)之(zhi)罪，素(su)(su)勒(le)(le)(le)坦(tan)(tan)(tan)沙(sha)被(bei)迫中(zhong)止。次日，富(fu)(fu)(fu)德(de)(de)(de)(de)派(pai)薩(sa)穆坦(tan)(tan)(tan)隨同鄂(e)穆爾(er)(er)(er)拜返回(hui)，限素(su)(su)勒(le)(le)(le)坦(tan)(tan)(tan)沙(sha)于(yu)(yu)二(er)十五(wu)天內交(jiao)出大(da)小和(he)(he)卓(zhuo)；同時(shi)令侍衛額爾(er)(er)(er)登(deng)額、伍岱領兵(bing)(bing)跟隨；又(you)派(pai)伊柱、巴(ba)圖濟爾(er)(er)(er)噶爾(er)(er)(er)、霍集(ji)斯進兵(bing)(bing)至瓦罕（在今阿富(fu)(fu)(fu)汗巴(ba)達(da)(da)赫尚省東部(bu)），施以(yi)兵(bing)(bing)威。九月三(san)日，富(fu)(fu)(fu)德(de)(de)(de)(de)派(pai)人(ren)前(qian)往(wang)招撫巴(ba)達(da)(da)克(ke)(ke)(ke)山南邊的博洛爾(er)(er)(er)部(bu)落(luo)（在今克(ke)(ke)(ke)什米爾(er)(er)(er)巴(ba)基斯坦(tan)(tan)(tan)控(kong)制區北(bei)部(bu)）。博洛爾(er)(er)(er)因與巴(ba)達(da)(da)克(ke)(ke)(ke)山不(bu)睦，其首(shou)領沙(sha)和(he)(he)碩默特(te)(te)隨即稱臣歸附。
九(jiu)(jiu)月九(jiu)(jiu)日，素(su)勒(le)坦(tan)(tan)沙(sha)與額(e)(e)(e)(e)爾(er)(er)登額(e)(e)(e)(e)會面，稱(cheng)(cheng)鄰近的(de)琿都(dou)斯部落（今(jin)阿富汗昆都(dou)士(shi)）欲來(lai)索取大(da)(da)小和卓(zhuo)(zhuo)，且得知霍(huo)(huo)集占(zhan)曾(ceng)暗通巴達(da)克(ke)山的(de)敵國塔爾(er)(er)巴斯，現將大(da)(da)小和卓(zhuo)(zhuo)先行殺(sha)死，以(yi)絕后(hou)患。額(e)(e)(e)(e)爾(er)(er)登額(e)(e)(e)(e)斥責素(su)勒(le)坦(tan)(tan)沙(sha)擅殺(sha)和卓(zhuo)(zhuo)兄弟，令其(qi)將首級獻出(chu)。素(su)勒(le)坦(tan)(tan)沙(sha)仍以(yi)教義經(jing)典(dian)為(wei)由，稱(cheng)(cheng)“但自行獻出(chu)，恐眾人(ren)(ren)不(bu)服(fu)”，請(qing)求派人(ren)(ren)查(cha)驗(yan)尸首。額(e)(e)(e)(e)爾(er)(er)登額(e)(e)(e)(e)派熟識大(da)(da)小和卓(zhuo)(zhuo)的(de)納達(da)齊前往驗(yan)看。納達(da)齊確認“霍(huo)(huo)集占(zhan)之(zhi)(zhi)尸屬實(shi)(shi)”，然而“其(qi)瘞(yi)埋(mai)波羅(luo)(luo)尼(ni)(ni)(ni)都(dou)之(zhi)(zhi)地與霍(huo)(huo)集占(zhan)中(zhong)隔一墻(qiang)，但有血跡，并(bing)(bing)無尸骸。”額(e)(e)(e)(e)爾(er)(er)登額(e)(e)(e)(e)又令素(su)勒(le)坦(tan)(tan)和卓(zhuo)(zhuo)密(mi)雜帕爾(er)(er)詳驗(yan)，亦稱(cheng)(cheng)確實(shi)(shi)。因詢(xun)問波羅(luo)(luo)尼(ni)(ni)(ni)都(dou)尸首所在。素(su)勒(le)坦(tan)(tan)沙(sha)又稱(cheng)(cheng)，波羅(luo)(luo)尼(ni)(ni)(ni)都(dou)生前曾(ceng)囑咐其(qi)仆(pu)(pu)從，死后(hou)不(bu)可與霍(huo)(huo)集占(zhan)同(tong)葬一處；其(qi)奴仆(pu)(pu)有十(shi)(shi)余人(ren)(ren)逃(tao)出(chu)，其(qi)中(zhong)可能有人(ren)(ren)將尸首盜(dao)去。九(jiu)(jiu)月十(shi)(shi)三日，素(su)勒(le)坦(tan)(tan)沙(sha)遣(qian)親(qin)信去囚禁之(zhi)(zhi)處，審訊(xun)看守人(ren)(ren)們(men)(men)多索丕(pi)(pi)等(deng)。十(shi)(shi)九(jiu)(jiu)日，素(su)勒(le)坦(tan)(tan)沙(sha)來(lai)告額(e)(e)(e)(e)爾(er)(er)登額(e)(e)(e)(e)，稱(cheng)(cheng)實(shi)(shi)不(bu)知何(he)人(ren)(ren)將尸首盜(dao)去，并(bing)(bing)舉(ju)伊斯蘭教經(jing)文(wen)發誓不(bu)曾(ceng)欺騙(pian)清(qing)軍。額(e)(e)(e)(e)爾(er)(er)登額(e)(e)(e)(e)派人(ren)(ren)密(mi)訪(fang)，也報稱(cheng)(cheng)和卓(zhuo)(zhuo)被(bei)殺(sha)是實(shi)(shi)。二(er)十(shi)(shi)一日，額(e)(e)(e)(e)爾(er)(er)登額(e)(e)(e)(e)傳訊(xun)們(men)(men)多索丕(pi)(pi)及撫養、跟隨大(da)(da)小和卓(zhuo)(zhuo)的(de)呢雅斯索丕(pi)(pi)、維(wei)吾爾(er)(er)婦女濟(ji)爾(er)(er)噶勒(le)等(deng)人(ren)(ren)，確認波羅(luo)(luo)尼(ni)(ni)(ni)都(dou)、霍(huo)(huo)集占(zhan)被(bei)殺(sha)之(zhi)(zhi)事經(jing)過。幾年后(hou)，清(qing)廷查(cha)出(chu)波羅(luo)(luo)尼(ni)(ni)(ni)都(dou)尸首系由其(qi)仆(pu)(pu)人(ren)(ren)盜(dao)出(chu)，在牌租阿巴特就地埋(mai)葬。
九月三十(shi)日，巴(ba)達(da)克(ke)山(shan)使(shi)(shi)者、證(zheng)人(ren)(ren)(ren)隨(sui)額(e)(e)爾登額(e)(e)回到(dao)富(fu)德(de)兵營(ying)，進(jin)獻霍(huo)集占首級，經霍(huo)集斯、毛(mao)拉郭波和卓(zhuo)及布魯特伯(bo)(bo)克(ke)辨識后確認無疑(yi)。富(fu)德(de)責問巴(ba)達(da)克(ke)山(shan)來使(shi)(shi)端伯(bo)(bo)克(ke)，為何先前報稱(cheng)霍(huo)集占已死，后又(you)(you)云(yun)兄(xiong)弟二人(ren)(ren)(ren)同時被(bei)殺。端伯(bo)(bo)克(ke)辯稱(cheng)：“前此拘禁時，傳(chuan)聞(wen)霍(huo)集占傷重(zhong)身死，及遣人(ren)(ren)(ren)往驗尚存。薩穆坦行后，琿都斯即領眾五(wu)千，勒(le)取(qu)二人(ren)(ren)(ren)。因決計殺死，以(yi)絕(jue)其(qi)望。”富(fu)德(de)又(you)(you)令鄂對、布魯特阿奇木之親屬(shu)(shu)“密行訪問”，最終確認所言屬(shu)(shu)實。富(fu)德(de)隨(sui)即遣額(e)(e)爾登額(e)(e)將霍(huo)集占首級函送京師，帶證(zheng)人(ren)(ren)(ren)、巴(ba)達(da)克(ke)山(shan)使(shi)(shi)者、博洛爾使(shi)(shi)者一(yi)同前往。
十月初二日，富德率官兵啟程返回葉爾羌，酌留新派兵丁鎮守各處。乾隆二十四年十月(yue)(yue)二十三日(ri)庚子(zi)（1759年12月(yue)(yue)12日(ri)），乾隆皇帝以平定(ding)回(hui)部宣諭中(zhong)外。下(xia)諭賞(shang)兆惠宗室公品(pin)級鞍轡；富德(de)晉封侯(hou)爵，賞(shang)戴雙眼翎；明瑞、阿里袞賞(shang)戴雙眼翎；額敏和(he)卓晉封郡王；賞(shang)給(gei)玉素(su)富郡王品(pin)級；舒赫德(de)及在事大(da)臣官員均交(jiao)吏(li)部從優議敘。歷(li)次戰斗中(zhong)有功官兵(bing)各封賞(shang)有差，陣亡者加以優恤。西(xi)征(zheng)在外兵(bing)丁(ding)均賞(shang)兩月(yue)(yue)錢(qian)糧(liang)(liang)，駐葉(xie)(xie)爾羌等城兵(bing)丁(ding)賞(shang)一月(yue)(yue)錢(qian)糧(liang)(liang)。同時下(xia)令籌備西(xi)征(zheng)將士返(fan)京(jing)凱旋及大(da)閱八旗官兵(bing)事宜(yi)。十一月(yue)(yue)，乾隆皇帝下(xia)令于(yu)葉(xie)(xie)爾羌城內、伊西(xi)洱庫爾淖爾湖畔(pan)立碑，勒石紀錄平定(ding)回(hui)部之功，并撰寫碑文。
乾(qian)(qian)隆(long)(long)二(er)(er)十(shi)五年(nian)(nian)（1760年(nian)(nian)）正月末，浩罕、巴達克山(shan)、博洛(luo)爾(er)使臣至京(jing)。正月二(er)(er)十(shi)七日(ri)（1760年(nian)(nian)2月27日(ri)），乾(qian)(qian)隆(long)(long)皇帝(di)升御座于午門(men)，行受(shou)俘禮，額(e)(e)爾(er)登(deng)額(e)(e)等官(guan)兵將(jiang)(jiang)霍集占首級進獻闕(que)下。二(er)(er)月二(er)(er)十(shi)七日(ri)（1760年(nian)(nian)4月12日(ri)），兆惠、富(fu)德、明(ming)瑞、巴祿等將(jiang)(jiang)士(shi)抵(di)京(jing)。乾(qian)(qian)隆(long)(long)皇帝(di)駐(zhu)蹕良(liang)鄉縣（縣治在今北京(jing)市房山(shan)區(qu)良(liang)鄉鎮）黃(huang)新莊，郊(jiao)勞(lao)西(xi)征諸將(jiang)(jiang)士(shi)，筑壇告天，并設(she)宴(yan)款(kuan)待將(jiang)(jiang)軍大臣與(yu)回部王公、伯克。三月三日(ri)（1760年(nian)(nian)4月18日(ri)），乾(qian)(qian)隆(long)(long)皇帝(di)在豐澤園（今中南(nan)海內）宴(yan)請(qing)兆惠、富(fu)德、明(ming)瑞、巴祿與(yu)回部王公伯克、文武大臣，賞賜出征將(jiang)(jiang)士(shi)帑銀、緞匹。
霍集(ji)占妻妾雖多，但無子嗣(si)。逃入巴達(da)克山的(de)(de)霍集(ji)占親(qin)信阿(a)卜都海里、鄂(e)斯(si)滿(man)二人，被(bei)(bei)素勒(le)坦沙(sha)(sha)拘禁。乾(qian)隆皇帝(di)寬宥其罪，令素勒(le)坦沙(sha)(sha)嚴(yan)行約束，逃逸的(de)(de)厄(e)魯特頭目沙(sha)(sha)喇斯(si)、瑪呼(hu)斯(si)二人不(bu)久被(bei)(bei)其部下所殺。后世(shi)有民(min)間傳(chuan)說認為，霍集(ji)占有一妻（妾）被(bei)(bei)俘后成(cheng)為乾(qian)隆皇帝(di)的(de)(de)嬪妃，被(bei)(bei)稱為香妃。
波(bo)(bo)羅(luo)尼(ni)都(dou)(dou)死后，被(bei)仆人秘密葬(zang)(zang)于牌租阿巴特(te)；其(qi)妻(qi)妾、子女(nv)也留在巴達克山(shan)。乾隆二十六年(nian)（1761年(nian)），清廷得知波(bo)(bo)羅(luo)尼(ni)都(dou)(dou)妻(qi)、子下(xia)落；及波(bo)(bo)羅(luo)尼(ni)都(dou)(dou)埋(mai)葬(zang)(zang)地點(dian)，遂(sui)遣人向巴達克山(shan)索取(qu)。乾隆二十七年(nian)十二月二十三(san)日（1763年(nian)2月5日），素勒(le)坦(tan)沙派人同清使薩里來到埋(mai)葬(zang)(zang)處將波(bo)(bo)羅(luo)尼(ni)都(dou)(dou)尸骸取(qu)出；并將波(bo)(bo)羅(luo)尼(ni)都(dou)(dou)之妻(qi)妾、子嗣六人交予清使，其(qi)分別是：
珠賚(lai)哈（維吾爾人），有子阿斯瑪(ma)。
巴特(te)瑪（厄魯(lu)特(te)蒙古人），有子阿卜都(dou)哈里克。
額爾克揚（柯(ke)爾克孜人(ren)），有子巴哈敦。
照管(guan)波(bo)羅(luo)(luo)尼都(dou)(dou)妻、子的毛拉(la)巴喇特(te)、密諾羅(luo)(luo)斯等(deng)九(jiu)人也愿同薩里(li)(li)返回(hui)內(nei)(nei)地。乾隆(long)二(er)十八年（1763年）正月，波(bo)羅(luo)(luo)尼都(dou)(dou)家眷被(bei)(bei)帶到葉爾羌。葉爾羌辦(ban)事都(dou)(dou)統新柱詰(jie)問巴達克山(shan)使臣密爾咱阿(a)(a)達里(li)(li)卜(bu)，素勒坦沙(sha)先前聲稱波(bo)羅(luo)(luo)尼都(dou)(dou)之(zhi)(zhi)(zhi)尸被(bei)(bei)其(qi)仆從(cong)伊(yi)里(li)(li)雅斯盜(dao)往琿都(dou)(dou)斯塔爾罕部落(luo)，今為何又從(cong)維(wei)薩巴特(te)掘出？密爾咱阿(a)(a)達里(li)(li)卜(bu)稱：先前并(bing)不知尸首被(bei)(bei)盜(dao)原委(wei)。后(hou)(hou)來波(bo)羅(luo)(luo)尼都(dou)(dou)之(zhi)(zhi)(zhi)幼女亡故，仆人夜間前往其(qi)父(fu)墓地埋(mai)葬時，曾追(zhui)隨波(bo)羅(luo)(luo)尼都(dou)(dou)之(zhi)(zhi)(zhi)舊(jiu)人都(dou)(dou)前往祭(ji)奠，被(bei)(bei)巴達克山(shan)人目擊。二(er)月，新柱將波(bo)羅(luo)(luo)尼都(dou)(dou)尸骸(hai)匣封，與其(qi)妻、子、部屬一同送往北京。阿(a)(a)卜(bu)都(dou)(dou)哈里(li)(li)克后(hou)(hou)來被(bei)(bei)編入正白旗蒙(meng)古，子孫世(shi)居內(nei)(nei)地。乾隆(long)皇(huang)帝還令(ling)人保護大小和(he)(he)卓祖先阿(a)(a)帕(pa)克和(he)(he)卓之(zhi)(zhi)(zhi)墓，“毋得樵(qiao)采污穢，以昭國家矜恤之(zhi)(zhi)(zhi)仁(ren)。”
波羅尼(ni)都(dou)另有一(yi)子薩(sa)(sa)(sa)(sa)木(mu)薩(sa)(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)(ke)，為其妾愛什阿哈(ha)察(cha)(cha)所(suo)生。后來波羅尼(ni)都(dou)與愛什阿哈(ha)察(cha)(cha)離異(yi)，薩(sa)(sa)(sa)(sa)木(mu)薩(sa)(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)(ke)遂由乳(ru)母撫(fu)養。乾(qian)隆皇帝(di)令(ling)將薩(sa)(sa)(sa)(sa)木(mu)薩(sa)(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)(ke)“送(song)來京師，加恩養育”。后來舒赫德發現所(suo)獲之(zhi)薩(sa)(sa)(sa)(sa)木(mu)薩(sa)(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)(ke)并非波羅尼(ni)都(dou)之(zhi)子，而是同名之(zhi)人。后據素勒坦沙奏報，薩(sa)(sa)(sa)(sa)木(mu)薩(sa)(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)(ke)逃到了愛烏罕東北(bei)之(zhi)琿都(dou)斯(si)（今(jin)阿富汗昆(kun)都(dou)士）。二十多年后，清廷又(you)(you)得知薩(sa)(sa)(sa)(sa)木(mu)薩(sa)(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)(ke)居(ju)住(zhu)在布哈(ha)爾(er)之(zhi)撒馬爾(er)罕，過著貧(pin)苦生活。喀什噶(ga)爾(er)伯(bo)克(ke)(ke)(ke)鄂斯(si)滿寫(xie)信招薩(sa)(sa)(sa)(sa)木(mu)薩(sa)(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)(ke)回國，但未(wei)成功。薩(sa)(sa)(sa)(sa)木(mu)薩(sa)(sa)(sa)(sa)克(ke)(ke)(ke)又(you)(you)前往(wang)忽(hu)氈（今(jin)塔吉克(ke)(ke)(ke)斯(si)坦苦盞）等地(di)居(ju)住(zhu)，并受(shou)到浩罕伯(bo)克(ke)(ke)(ke)那爾(er)巴圖的管制，最(zui)后在布哈(ha)爾(er)（今(jin)烏茲別克(ke)(ke)(ke)斯(si)坦布哈(ha)拉）死去。
薩木薩克(ke)有三(san)子(zi)：和(he)(he)卓玉(yu)(yu)素普、張(zhang)(zhang)格(ge)(ge)(ge)爾(er)(er)、巴布頂。巴布頂早(zao)亡，玉(yu)(yu)素普、張(zhang)(zhang)格(ge)(ge)(ge)爾(er)(er)后(hou)來都成(cheng)為浩(hao)罕(han)(han)入侵新疆(jiang)的(de)工(gong)具。由于與新疆(jiang)的(de)貿(mao)易是浩(hao)罕(han)(han)的(de)經濟命脈，浩(hao)罕(han)(han)伯(bo)克(ke)表(biao)面上對清朝皇帝表(biao)示恭(gong)順，暗(an)中利(li)用和(he)(he)卓后(hou)裔(yi)向清廷(ting)和(he)(he)新疆(jiang)官(guan)員(yuan)施壓，謀(mou)取在(zai)(zai)新疆(jiang)南部的(de)特(te)權，必要時直接(jie)派兵(bing)幫(bang)助和(he)(he)卓后(hou)裔(yi)作(zuo)亂(luan)(luan)。和(he)(he)卓后(hou)裔(yi)也(ye)依附浩(hao)罕(han)(han)壯大自己的(de)聲(sheng)勢，張(zhang)(zhang)格(ge)(ge)(ge)爾(er)(er)就許諾將喀什(shen)噶(ga)爾(er)(er)城(cheng)贈予浩(hao)罕(han)(han)。到了浩(hao)罕(han)(han)伯(bo)克(ke)愛(ai)瑪爾(er)(er)在(zai)(zai)位時，“藉張(zhang)(zhang)格(ge)(ge)(ge)爾(er)(er)為奇貨，暗(an)令(ling)其滋擾邊(bian)界，復匿(ni)之境內，故(gu)使(shi)內地聞之，其情實為狡譎”。嘉(jia)慶末(mo)、道(dao)光(guang)初，張(zhang)(zhang)格(ge)(ge)(ge)爾(er)(er)四次潛入新疆(jiang)西部，倚仗浩(hao)罕(han)(han)、布魯特(te)軍隊在(zai)(zai)喀什(shen)噶(ga)爾(er)(er)一帶作(zuo)亂(luan)(luan)。道(dao)光(guang)八年(nian)（1828年(nian)），張(zhang)(zhang)格(ge)(ge)(ge)爾(er)(er)被(bei)擒，押(ya)解至北京處死。道(dao)光(guang)十年(nian)（1830年(nian)），玉(yu)(yu)素普入卡(ka)作(zuo)亂(luan)(luan)失(shi)敗。張(zhang)(zhang)格(ge)(ge)(ge)爾(er)(er)之子(zi)布素魯克(ke)仍留(liu)在(zai)(zai)浩(hao)罕(han)(han)。
張格(ge)爾死后，浩罕(han)(han)繼續利用(yong)白山派和卓(zhuo)后裔入(ru)侵新疆，掠奪喀什(shen)噶爾、葉(xie)爾羌等地的財富。如道光年間的七和卓(zhuo)之(zhi)亂、咸豐年間的倭(wo)里罕(han)(han)之(zhi)亂。浩罕(han)(han)被俄國滅(mie)亡前夕，浩罕(han)(han)權臣(chen)阿(a)古柏(bo)攜布(bu)素(su)魯克入(ru)侵新疆，建立“哲德沙爾國”和“洪福汗國”。光緒初(chu)，左宗棠領兵(bing)驅逐阿(a)古柏(bo)，收復新疆。布(bu)素(su)魯克下落(luo)不明，倭(wo)里罕(han)(han)被阿(a)古柏(bo)毒殺(sha)。和卓(zhuo)家族的子孫至此退(tui)出歷(li)史舞臺。
大小和卓西逃后，乾隆皇帝下令改革維吾爾人原有的伯克制，禁止伯克世襲，確(que)定大(da)(da)(da)小伯克(ke)的品級(ji)、員(yuan)額、俸祿(lu)，并實行回避(bi)。通(tong)過(guo)有限度的“改(gai)土歸流”，伯克(ke)階層(ceng)由(you)世襲(xi)貴族轉變(bian)為(wei)清(qing)朝的地(di)方官吏。在軍(jun)事方面，回部各(ge)城設駐札(zha)大(da)(da)(da)臣(chen)(chen)，領(ling)八旗、綠營兵鎮守，各(ge)城大(da)(da)(da)臣(chen)(chen)以(yi)喀(ka)什噶爾(er)參贊大(da)(da)(da)臣(chen)(chen)為(wei)首。乾隆(long)二十七年（1762年），置伊犁將軍(jun)統轄(xia)新疆各(ge)地(di)，以(yi)領(ling)兵追擊大(da)(da)(da)小和卓(zhuo)的領(ling)侍衛內(nei)大(da)(da)(da)臣(chen)(chen)明瑞補授。“軍(jun)府制(zhi)”逐漸確(que)立(li)。
早(zao)在霍集占起兵之時(shi)，乾隆皇帝已命(ming)兆惠清查(cha)回部各城(cheng)戶口，調查(cha)準(zhun)噶(ga)爾(er)統治時(shi)期的歷年(nian)貢賦(fu)。兆惠領兵南下后(hou)(hou)，舒赫(he)德負(fu)責辦理(li)此事，將人口、土地、賦(fu)稅(shui)(shui)情況陸(lu)續(xu)造冊呈報。西域底(di)定后(hou)(hou)，清廷(ting)減輕了(le)(le)準(zhun)噶(ga)爾(er)、大(da)小和卓統治時(shi)期的沉重賦(fu)稅(shui)(shui)，廢止了(le)(le)名目繁多的勒索(suo)攤(tan)派。同時(shi)廣辟屯田、治水(shui)灌溉，頒行制(zhi)錢，使新疆(jiang)經濟得到恢復和發展。
中(zhong)國(guo)與西亞、南亞的(de)(de)陸路貿(mao)易也因回部平定(ding)而重新打通(tong)。中(zhong)國(guo)出產的(de)(de)茶葉、絲綢、羊(yang)毛在葉爾羌、喀什噶爾經浩罕進(jin)入(ru)波斯和(he)俄(e)國(guo)；經拉(la)達克進(jin)入(ru)英屬(shu)印度并販往歐洲。俄(e)國(guo)的(de)(de)皮(pi)革、火器，英國(guo)的(de)(de)鴉片則經葉爾羌流入(ru)中(zhong)國(guo)。回部的(de)(de)平定(ding)還使自(zi)明代中(zhong)期(qi)中(zhong)斷的(de)(de)和(he)闐玉(yu)石(shi)供應得以恢復。此后，和(he)闐玉(yu)成為清皇室壟斷的(de)(de)珍(zhen)寶(bao)，其采(cai)集和(he)運(yun)輸受(shou)到嚴格的(de)(de)監管。
平定(ding)大(da)小和卓(zhuo)是(shi)清朝統一中(zhong)(zhong)國(guo)戰爭的最后一役，使天(tian)山(shan)南(nan)路復入(ru)中(zhong)(zhong)國(guo)版圖(tu)。西域底定(ding)后，清代中(zhong)(zhong)國(guo)疆(jiang)域的正西端延至帕米爾(er)以西的噴(pen)赤河流域，版圖(tu)臻于極盛(sheng)。鄰近新(xin)疆(jiang)的浩罕、布哈爾(er)、安(an)集延、巴達克(ke)山(shan)、愛(ai)烏罕（阿富汗）、博洛爾(er)、乾竺特（坎(kan)巨提）等部落遣使入(ru)貢(gong)，臣屬于中(zhong)(zhong)國(guo)。自(zi)康(kang)熙時(shi)準噶爾(er)東侵以來，持續七十(shi)余年的西北邊(bian)患暫(zan)告終結。此后至道光初的六十(shi)年間，新(xin)疆(jiang)、蒙古沒有發(fa)生大(da)的變(bian)亂(luan)。道光以降(jiang)，俄羅斯、英(ying)國(guo)的殖(zhi)民(min)者深入(ru)費爾(er)干(gan)納盆(pen)地和克(ke)什米爾(er)，逼近中(zhong)(zhong)國(guo)西境，新(xin)疆(jiang)又(you)進入(ru)動蕩時(shi)期(qi)。
