國清寺始建于唐憲宗時(806-820年),開山祖(zu)師名為行(xing)滿,是天(tian)臺山國清寺(si)的(de)第十代祖(zu)師,故(gu)此寺(si)與之同名,為中國佛教最(zui)早宗派天(tian)臺宗的(de)一(yi)脈。國清寺(si)歷經(jing)(jing)戰火,屢次遭損,民國15年(1926年)南通張謇等人發起募化重修大雄寶殿(dian)(dian)、金剛殿(dian)(dian)、藏經(jing)(jing)樓等處,1946年冬月,因(yin)戰爭拆除天(tian)王殿(dian)(dian)部分(fen)和藏經(jing)(jing)樓、西廂房,保(bao)留大雄寶殿(dian)(dian),1968年被拆除寺(si)廟(miao)全部建(jian)(jian)筑,基址上建(jian)(jian)成(cheng)機(ji)關和民居。
現在的國清寺為重建建筑,遷建于掘港西南隅古芳泉廟遺址,寺廟東園依中軸線建造了牌坊、山門、照壁、天王殿、大雄寶殿、藏經樓、丈室;兩側建有釋迦殿、四大名山殿、千佛殿、大圣殿、文昌殿、東岳殿、土地祠、龍王殿以及鐘樓、祖堂、客堂、僧寮等。其(qi)殿堂齊全,布局合理,層次分(fen)明,朱紅(hong)色圓柱、杏黃色粉墻、麻石板地面,配以雕梁畫棟、翹檐飛角,造(zao)型雄偉壯觀。
原國清寺遺址總面積約15000平方米,是與日本第十三次遣唐使相關的近海唯一一處明確可指的文化遺產,也是國內目前所知唯一見證日本遣唐使的考古遺跡,現已辟(pi)為掘港國清(qing)寺遺(yi)址公園。