國清寺始建于唐憲宗時(806-820年(nian)),開(kai)山祖(zu)師(shi)名為行滿,是天臺山國(guo)清(qing)(qing)寺(si)的第(di)十(shi)代祖(zu)師(shi),故此寺(si)與之(zhi)同名,為中國(guo)佛教最早(zao)宗派天臺宗的一(yi)脈(mo)。國(guo)清(qing)(qing)寺(si)歷經(jing)(jing)戰火,屢次遭損,民(min)國(guo)15年(1926年)南通張謇等人(ren)發起募化重(zhong)修大(da)雄寶(bao)殿、金剛殿、藏經(jing)(jing)樓等處,1946年冬月,因戰爭拆除天王殿部分和(he)藏經(jing)(jing)樓、西廂房(fang),保(bao)留(liu)大(da)雄寶(bao)殿,1968年被拆除寺(si)廟全部建筑(zhu),基址上建成機關和(he)民(min)居(ju)。
現在的國清寺為重建建筑,遷建于掘港西南隅古芳泉廟遺址,寺廟東園依中軸線建造了牌坊、山門、照壁、天王殿、大雄寶殿、藏經樓、丈室;兩側建有釋迦殿、四大名山殿、千佛殿、大圣殿、文昌殿、東岳殿、土地祠、龍王殿以及鐘樓、祖堂、客堂、僧寮等。其(qi)殿堂齊全,布局合理,層次(ci)分明,朱紅(hong)色圓(yuan)柱(zhu)、杏黃色粉墻、麻石板地(di)面(mian),配以雕梁畫棟、翹檐飛角,造(zao)型雄偉壯(zhuang)觀。
原國清寺遺址總面積約15000平方米,是與日本第十三次遣唐使相關的近海唯一一處明確可指的文化遺產,也是國內目前所知唯一見證日本遣唐使的考古遺跡,現已辟(pi)為掘港國清寺遺址公園。