黑龍江中醫藥大學附屬第一醫院暨黑龍江中醫藥大學第一臨床醫學院（原名黑龍江中醫學院附屬醫院），于1963年建院，屬衛生事業單位、非營利性醫療機構。醫院曾先后榮獲黑龍江省少有的一所國家中醫臨床研究基地、全國愛嬰醫院、國家藥品不良反應監測哨點醫療機構定點單位、全國衛生系統先進集體、國家中醫藥管理局首批中醫住院醫師、全科醫師規范化培訓基地等榮譽稱號。

哈爾濱醫科大學附屬第一醫院始建于1949年，是一所集醫療、教學、科研為一體的大型三級甲等綜合性醫院，是黑龍江省較大的醫療中心。醫院積極參加社會公益活動，成為多項慈善基金定點醫院，每年定期組織專家醫療隊赴貧困、邊遠地區義診，先后獲得全國百姓放心示范醫院、全國百佳醫院等榮譽稱號。

哈爾濱醫科大學附屬腫瘤醫院始建于1972年，開放病床2200張，有34個醫療科室，16個醫技科室，10個教研室，2個研究所。醫院是腫瘤科國家臨床重點專科建設單位、黑龍江省癌癥中心、黑龍江省腫瘤科和放療質量控制中心。醫院始終秉承“追求卓越、創造健康”的宗旨，堅持公益辦院和為社會服務的方向，積極倡導并廣泛傳播健康文化。現醫院已發展成為國內知名，在國際上醫學交流不斷擴大，在世界越來越有影響的腫瘤專業醫院。

黑龍江省醫院暨黑龍江省中日友誼醫院,直屬于黑龍江省衛生和計劃生育委員會，成立于1954年9月8日，是一所集醫療、教學、科研、預防保健、社區服務和康復醫療于一體的三級甲等綜合性醫院。醫院先后被評為全國衛生計生系統先進集體，三級甲等醫院，愛嬰醫院、百佳醫院、省“三下鄉”先進集體、中華全國總工會“抗震救災重建家園工人先鋒號”、省級文明單位、全省衛生計生系統行風建設先進集體、省醫德醫風示范單位、省衛生計生系統安全生產優秀單位。

哈爾濱醫科大學附屬第二醫院創建于1954年，是集醫療、教學、科研、預防、保健和康復為一體的大型綜合性三級甲等醫院。醫院一流的技術、一流的服務贏得了社會廣泛贊譽。醫院重視三下鄉工作，義診足跡遍布黑龍江省各個市縣，2010年醫院購置國內首輛“汽車醫院”，將三下鄉工作開展到社區、村鎮。醫院曾多次榮獲國務院、國家勞動人事部、衛生部、省政府嘉獎；先后榮獲“全國百佳醫院”、“全國衛生系統先進集體”、“全國綠化四百佳單位”、國家十四部委授予“全國科技、文化、衛生‘三下鄉’先進集體”、“全國五一勞動獎狀”等光榮稱號。

哈爾濱醫科大學附屬第四醫院，其前身為東清鐵路中央醫院，始建于1898年，幾經易名，1953年更名為哈爾濱鐵路中心醫院，2004年并入哈爾濱醫科大學更名為哈醫大四院。醫院是衛生部專科醫師培訓基地、衛生部臨床藥師培訓基地、黑龍江省專業技術人員繼續教育培訓基地；國家首批三級甲等醫院，全國百佳醫院，全國百姓放心百佳示范醫院。醫院院長申寶忠教授為973首席科學家，并于2014年獲得國家科技進步二等獎。

哈爾濱市兒童醫院創建于1955年12月，是東北三省面積最大、醫療設備最先進、功能最齊全的綜合性兒童醫院。醫院在實施低年齡、小體重、復雜型先心病手術治療已達國際先進水平。醫院設有33個專業、28個臨床科室、12個醫技科室、專科門診15個，涵蓋兒科各個領域，專業技術力量雄厚。ICU病房是聯合國兒童基金會贊助的全國十三家兒童急救中心之一，開展嬰幼兒唇腭裂同期修復技術達國內先進水平。

黑龍江省農墾總局總醫院是一所集醫療、教學、科研、預防、康復、保健和急救于一體的大型省級綜合性三級甲等醫院。是黑龍江省、哈爾濱市職工、黑龍江省農墾系統、鐵路系統基本醫療保險、哈市轄區及10縣城鄉居民醫保定點醫院、哈市特殊疾病門診定點醫院、省直工傷康復定點醫院，省內異地直接結算和跨省異地直接結算定點醫院，在省內享有盛譽。是哈爾濱醫科大學(大慶)非隸屬附屬第一醫院，齊齊哈爾醫學院非隸屬附屬第十一醫院，省級住院醫師規范化培訓基地。2018年通過國際康復質量認證委員會認證（CARF）。

哈爾濱市第一醫院是集醫教科、預防保健為一體，哈市直衛生系統唯一一所大型綜合性三級甲等醫院。醫院先后獲得“中國質量萬里行服務信譽滿意單位”、“全國醫院文化建設先進單位”、“全國醫院醫保管理先進單位”、“省級文明單位標兵”、“全省衛生系統創建群眾滿意醫院活動先進集體”、“全省衛生系統政風行風建設最佳單位”、“全省衛生系統醫德醫風示范醫院”、“省院務公開民主管理示范單位”、“黑龍江省百姓口碑最佳單位”、“優質服務金獎單位 ”等光榮稱號。