新疆維吾爾自治區人民醫院始建于1934年，是一所集醫療、教學、科研、預防、保健和社區衛生服務為一體的大型綜合性“三級甲等醫院”。曾先后榮獲“全國文明單位”、“全國百佳醫院”、“全國五·一勞動獎狀”、“全國衛生系統先進集體”、“全國萬名醫師支援農村衛生工程先進集體”、“全國十大百姓放心醫院”、“全國衛生系統思想政治工作先進集體”、“自治區民族團結進步模范單位”等榮譽稱號，是中國醫院競爭力·頂級醫院100強。

新疆醫科大學第一附屬醫院始建于1956年，是國家第一個五年計劃中156個重點建設項目之一，是一所集醫療、教學、科研、預防和管理為一體的大型綜合性三級甲等綜合醫院，是新疆維吾爾自治區首家通過JCI認證、HIMSS EMRAM 6級評審和AAALAC評審等國際認證的公立醫院。先后榮獲“全國文明單位”、“全國衛生系統先進集體”、“改善醫療服務創新醫院”、“中國研究型醫院建設示范醫院”、“全國衛生系統醫院文化建設創新獎”、“全國城市醫院文化建設先進集體”、“全國百家改革創新醫院”等榮譽稱號。

新疆維吾爾自治區腫瘤醫院暨新疆醫科大學附屬腫瘤醫院、新疆醫科大學第三附屬醫院、新疆醫科大學第三臨床醫學院成立于1989年12月，是自治區唯一一所集醫療、教學、科研、預防和繼續醫學教育為一體的三級甲等腫瘤專科醫院。醫院屬于國家級住院醫師規范化培訓基地醫院（含9個自治區級專業基地），擁有腫瘤科國家臨床重點專科建設項目，新疆腫瘤學重點實驗室,臨床醫學（腫瘤學）博士后科研流動站，1個國家級臨床醫學技術研究基地，11個自治區級臨床重點專科建設項目，3個自治區級質量控制中心和1個自治區級培訓基地。

新疆醫科大學第二附屬醫院建于1954年，是一所集醫療、教學、科研、康復與預防保健于一體的省級綜合型三級甲等醫院，是自治區人民政府評定的患者滿意單位、自治區文明單位和自治區行風政風示范窗口單位。該院是西北五省唯一的民政部“明天計劃”新疆腦癱手術康復治療定點醫院、民政部“殘疾孤兒手術康復明天計劃”項目、“西部貧困家庭疝氣兒童手術康復計劃”項目、新疆貧困兒童住院大病救治合作項目定點醫院、自治區省級干部定點保健醫院，“新疆骨關節及周圍神經疾病診治中心”、“新疆耳聾防治及聽力重建中心也設在該院。

新疆醫科大學第五臨床醫學院暨第五附屬醫院是一所集醫療、教學、科研、預防、康復為一體的綜合性三級甲等醫院，位于烏魯木齊市高新區（新市區）中心地帶，占地面積約5萬平方米，建筑面積約12萬平方米，始建于1937年，是自治區首家命名的三級甲等綜合醫院。目前編制床位860張，開放床位952張，設有臨床、醫技等專業科室54個，行政職能科室27個，職工1450余人。

新疆烏魯木齊市友誼醫院，創建于1948年，醫院是烏魯木齊市一所集醫療、預防、教學、科研、保健、康復為一體。醫院曾先后榮獲“國家級愛嬰醫院”、衛生部“國際緊急救援中心”，“亞洲緊急救援中心”定點醫院、新疆醫科大學教學醫院、新疆醫科大學臨床醫學院、自治區全科醫師培訓中心實踐教學基地、“自治區級文明單位”、“自治區衛生系統先進集體”和“全國百佳品牌醫院”等榮譽稱號。2010年9月成立北京大學人民醫院—烏魯木齊市友誼醫院醫療衛生服務共同體。2011年10月成為“神華愛心行動”新疆合作項目定點醫院。

新疆生產建設兵團總醫院正式成立于1982年，是一所集醫療、教學、科研、預防、保健、康復為一體的省級綜合性三甲醫院。醫院不僅承擔著兵團、自治區廣大人民群眾保健的任務，還擔負著兵團主要疑難危重疾病的診治和突發公共衛生事件的救治任務。先后榮獲全國扶殘助殘先進單位，全國殘疾人三項康復工作先進單位，全國三甲醫院感染工作先進單位連續五年榮獲自治區藥品價格定點監測先進單位一等獎、連續三年榮獲烏魯木齊市醫療保險優秀定點醫院和醫療保險先進單位，連續兩年榮獲優秀商業保險定點醫院,榮獲兵團、烏市文明單位等榮譽稱號 。