愛新覺羅·努爾哈赤是清朝的清朝的奠基者，后金開國之君，清朝建立后被稱為清太祖。但是努爾哈赤死亡卻稱了未解之謎，根據《袁崇煥列中說》、《中國皇帝要錄》、歷代帝王傳記》史料記載努爾哈赤是戰死于寧遠戰役，死于與袁崇煥的交鋒中。還有根據《清朝全史》記載努爾哈赤是被袁崇煥給氣死的，也有史書說努爾哈赤是死于疽發背死。

清朝第二位皇帝是太宗皇太極，他是努爾哈赤的第八個兒子。皇太極既然排行老八，他又是如何在眾多兄長中得到努爾哈赤的垂愛，又是如何與皇位有力人選多爾袞進行權力爭奪的?努爾哈赤想將汗位傳給多爾袞的說法究竟是不是事實呢?皇太極登基稱帝，堪稱滿清歷史上最大的懸疑。更確切的消息說，努爾哈赤死前，留下來的遺囑是實行八和碩貝勒共議制，總之，沒皇太極什么事兒。

清世宗順治，名愛新覺羅.福臨，滿清入主中原后的第一個皇帝，但是最后順治帝的下落卻成了歷史謎題。據清代史書記載，順治十八年（1662年）正月初二，清世宗（順治）患病，正月初七駕崩于養心殿。《清世宗實錄》之中也曾對順治患病的經過、去世前的表現以及死亡時的情況做過簡短描述。另一則說法，也是最廣泛的民間說法，是說順治帝出家為僧，但是事實上順治帶真的出家做了和尚也是眾說紛紜。2004年，一冊清朝手抄本《延平王起義實錄》被人發現，上面記載了順治帝是死于高崎之戰，順治皇帝被火炮擊中，跌落水中，尋覓不見。

太后下嫁是指孝莊太后到底有沒有下嫁于攝政王多爾袞。孝莊太后是公認的賢后，也是杰出的女政治家，她以太后的身份輔佐順治、康熙兩位皇帝，可以說是居功至偉。但在其身后也留下了一個難以解答的謎題：孝莊太后是否下嫁攝政王多爾袞？其實對于孝莊太后是否下嫁多爾袞，正史并無記載，史家也各執所見。“下嫁說”認為滿族有寡嫂嫁叔的舊習，而且這種舊習也為當時道德規范所承認。“未嫁說”則以為滿族既已入關，又志在天下，便不能不受漢族禮俗的制約，而且如果“太后下嫁”是名正言順的成婚大典，那沒有什么可值得隱瞞的。

歷史上雍正到底有沒有殺害自己的三皇子弘時呢？曾任清史館協修的唐邦治先生，首先提出雍正殺子說。他于1923年出版的《清皇室四譜》一書中指出，“皇三子弘時康熙四十三年甲申二月十三日子時生，雍正五年丁未八月初六日申刻，以年少放縱，行事不謹削宗籍死，年二十四。十三年十月，高宗即位，追復宗籍。”事實上，弘時并沒有被雍正帝處死，但確實受到極為嚴厲的懲治。《清高宗實錄》有意不載其后莊親王允祿等人關于恢復弘時宗籍的奏折，而它則是澄清弘時之死疑點的有力史證。

公元1735年一個清冷的早晨，清朝皇帝雍正突然暴死在圓明園離宮中。關于他的死因，始終籠罩著一層神秘的色彩，雍正剛駕崩時，京師中便謠言迭起，猜測紛紛，后世對其死因說法也各異，終成一大奇案。綜合各家觀點，對雍正之死有三種解釋。一是正常死亡，由史料看來，雍正的病應當是一種急癥，有人推測雍正可能是中風而亡。二是被刺身亡。這也是民間最廣為流傳的一種說法，例如《滿清外史》、《清宮遺聞》、《清宮十三朝》等等記載說呂留良的孫女呂四娘刺殺了皇帝。第三種說法，認為雍正是服丹藥中毒而亡。

傳說，乾隆曾經有一個妃子叫香妃，這是一個奇異的女子，不僅美貌聰穎，而且體內還能散發出一種芬芳之氣，因此乾隆對她寵愛有加。傳說中這位香妃是新疆維吾爾族人，可是人們查遍史籍，發現在乾隆的眾多妃子中，只有一個是維吾爾族人，那就是容妃。《清史稿·后妃列傳》說她為和卓氏，回部臺吉和扎麥女，初入宮，號貴人。遺憾的是，未見這位容妃身上有奇特香氣的記載。史載容妃在宮中28年，一直深受皇帝寵愛。香妃究竟真有其人嗎？乾隆帝為她在新疆修建的清真宮寺是為她而建的嗎，還待歷史學家和考古學家們一步步的揭曉。

董鄂妃（1639—1660年），順治帝最寵愛的妃子。關于她的身世有兩種說法，第一種說法就是秦淮八艷之一之董小宛說，第二種說法就是襄昭親王博穆博果爾福晉說。順治帝與董鄂妃的愛情悲劇，歷來為世人所矚目。辛亥革命后，董鄂妃的來歷問題，又引起人們的議論和猜測，先曾說她是明末名妓董小宛，后又認為她本順治弟媳、襄親王博穆博果爾的福晉。前一種說法屬于誤解，較快得到澄清，后一種意見則綿延不絕，流傳至今。還有一個版本則真實性比較高，據《清史稿》后妃傳記載，董鄂氏(即董鄂妃)是內大臣鄂碩的女兒。

慈禧太后是是中國歷史上最有權勢的女人，在清朝史書記載，慈禧太后是出生在鑲藍旗世家，父親叫惠征。由于清宮檔案、國朝正史等資料對于慈禧的童年生活記載甚少，由此，也引發出了慈禧太后出生地之謎。有人認為慈禧太后出生于西單牌樓北劈柴胡同一帶。也有人認為出生于甘肅蘭州，不過經過許多的學者調查專門的文獻，檔案，認為這種說法難以得到成立。最后一種說法是生于山西長治，據說慈禧太后不是滿族人，生父并不是惠征，是一個地地道道的漢族人。還有人認為是出生呼和浩特和浙江乍浦，不過根據相關史料記載并不可信。

關于乾隆皇帝的身世，一直以來都是備受爭議的，有說乾隆是雍正和一個宮女生下的，還有說乾隆是和海寧陳家的孩子換了過來，不過這兩種說法根據相應的史料記載都是錯誤的，只是在民間廣為流傳而已。但就件事卻還有一個令人疑惑的地方，那就是嘉慶和道光對乾隆的出生地說法不一。這件事還在乾隆的兒子嘉慶去世時引發了一場風波。嘉慶去世后，道光登基。道光按例發布了嘉慶遺詔，很快卻有大臣發現遺詔中有“我皇考即將避暑山莊”字樣，這很明顯與官方說的乾隆出生在雍和宮的說法不符。