南京博物院，位于南京市玄武區中山東路321號，是一座大型綜合類博物館，是國家一級博物館，也是全國愛國主義教育示范基地。南京博物院占地70000余平方米，設立歷史館、藝術館、特展館、非遺館、民國館、數字館六大館，“一院六館”各有側重。南博擁有各類藏品43萬余件（套），上至舊石器時代，下迄當代，既有全國性的，又有江蘇地域性的，珍貴文物數量居中國第二，僅次于故宮博物院。

侵華日軍南京大屠殺遇難同胞紀念館成立于1985年，位于南京市建鄴區水西門大街418號，是關于南京大屠殺歷史、日軍“慰安婦”制度、世界反法西斯戰爭勝利的遺址型專史紀念館，也是南京大屠殺死難者國家公祭儀式的固定舉辦地。紀念館總占地面積10.3萬平方米，展出有三處南京大屠殺“萬人坑”遺址，分別為1984年、1998-1999年以及2006年發現的遇難同胞遺骸，以及大量的文物、照片、歷史證言、影像資料、檔案等。

南京市博物總館成立，按照“機制創新、人才交流、資源共享、合作互惠”的原則，充分發揮市屬文博場館及文物藏品的作用，開拓創新，實現“藏品打通”、“人才打通”、“管理打通”和“服務打通”。逐步在全市形成統一、規范的博物館管理和服務體制，在文物藏品、陳列展覽、學術研究、社會服務以及文創產品開發等方面產生集約化效應，促進南京文博事業健康、快速、可持續發展。南京市博物總館是國家一級博物館，中國國家一級博物館中唯一一家實行總、分館制的博物館，總館成立于2014年。

雨花臺烈士紀念館位于南京市雨花臺區雨花臺烈士陵園南端的任家山上，是一座既有傳統民族風格且具現代氣息的優美建筑。紀念館于1984年4月破土興建，1987年1月5日通過驗收，1988年7月1日正式對外開放，是著名建筑大師楊廷寶先生生前設計的最后一座建筑。鄧小平同志題寫的“雨花臺烈士紀念館”館名鐫刻在門額上方，檐下正中還雕著象征烈士英靈永存的“日月同輝”圖案。

中國科舉博物館位于南京市秦淮區夫子廟學宮東側，地處夫子廟秦淮風光帶核心區，是中國科舉制度中心、中國科舉文化中心和中國科舉文物收藏中心。已開放的部分場館包括博物館地下三層，地面上明遠樓、至公堂、號舍、碑刻及南苑的魁光閣等，含11個展廳，是中國唯一一家地下式博物館。中國科舉博物館由江南貢院改擴建而成，江南貢院是中國古代最大的科舉考場，鼎盛期可接納2萬多名考生同時考試，其規模之大、占地之廣居中國各省貢院之冠，創中國古代科舉考場之最。

明孝陵博物館位于江蘇省南京市玄武區鐘山風景名勝區內，是關于明太祖朱元璋、世界文化遺產明孝陵和南京明文化的專題展館，新館外觀采用了明清時期江南地區的建筑風格，白墻、灰瓦、雕花木門、坡頂屋面、馬頭墻、花格窗等典型元素的運用，使得整體建筑與周邊明孝陵遺存的大金門、四方城等文化遺址和草木蔥郁的自然環境相協調，這也與600多年前明孝陵“天人合一”的建造理念不謀而合。

大報恩寺遺址博物館位于南京城南中華門外古長干里，遺址得名于明代皇家寺院大報恩寺。該寺為明清時期中國佛教中心，為中世紀“世界七大奇跡”之一，被當時西方人視為代表中國的標志性建筑。三國孫吳時期此地建有佛教精舍和阿育王塔，是繼洛陽白馬寺之后中國第二座寺廟；也是中國南方首座佛教寺院建初寺所在地，為江南佛教發祥地。遺址長干塔地宮先后發現并清理出明代大報恩寺大殿、觀音殿、法堂，以及始建于北宋大中祥符四年的長干寺真身塔地宮等重要遺跡。

南京地質博物館位于南京市玄武區珠江路，建于1935年，原名中央地質調查所地質礦產陳列館，是中國歷史最悠久的自然科學博物館之一，也是中國第一個以地質礦產為主要內容的專業博物館，是中國地質科學的發源地，也是培養中國地質工作者的搖籃。南京地質博物館隸屬于江蘇省地質調查研究院，由老館和新館組成，建筑面積近萬平方米，設地學搖籃、中國石文化、礦產資源、地質環境、行星地球、生命演化、恐龍世界7個展廳及臨時展廳、學術報告廳等，展出巖石、礦物、古生物等標本約5000件。

江寧區博物館（南京市江寧區文化遺產保護中心）座落在江寧城區東山鎮竹山公園秦淮河畔（江寧區竹山路88號），主樓為仿古建筑，聳立于綠水青山之中，環境分清雅。江寧區博物館是南京市成立最早的區縣級博物館。2007年4月，江寧區博物館選址竹山公園東側，建設新館。南京市文物局批準將東晉歷史文化博物館與江寧博物館同址建設。新館占地面積17.8畝，建筑面積7,480平方米。2008年2月1日。江寧區博物館開始免費對外開放。2011年9月28日，江寧區博物館新館正式開放。2013年，江寧區博物館獲評第二批國家三級博物館。

中國南京云錦博物館位于南京市建鄴區，是中國唯一的云錦專業博物館、國家三級博物館，主要展示以南京云錦為代表的中國民族織錦藝術，是“新金陵四十八景”之一。其前身是創建于1984年的中國織錦工藝陳列館，是中國首家集知識、觀賞、娛樂為一體的織錦藝術博物館，由江蘇省南京云錦工藝研究生產試驗中心主辦，目的是為促進中國傳統民族民間織錦的開發利用、技藝交流，接待國內外專業人士參觀訪問。