廈門市博物館于1983年籌建，1988年正式對外開放，舊館原址位于鼓浪嶼的八卦樓。2006年6月，經中共廈門市委機構編制委員會批準，將廈門市鄭成功紀念館、廈門市文化遺產保護中心并入廈門市博物館，如今的廈門市博物館由廈門博物館主館、鄭成功紀念館、廈門經濟特區紀念館、廈門市文化遺產保護中心、思明破獄斗爭陳列館、陳化成紀念館、陳勝元故居七個部分組成，為全民所有制事業單位，隸屬廈門市文化局管理，是一座地方綜合性博物館。

華僑博物院是一座具有民族特色的歷史博物館，位于福建省廈門市思明南路493號西側，建筑面積三千多平方米，截至2017年3月，有七千多件展品。該館由著名華僑領袖陳嘉庚先生主持創辦，并由僑胞和歸僑捐款籌建，1956年動工，1959年5月正式開放。華僑博物院分為“華僑的產生和發展”、“解放前華僑的悲慘遭遇”、“華僑同僑居國人民的友誼”、“華僑對祖國的貢獻”、“華僑社會的過去和現在”、“華僑政策的回顧”等六個部分

廈門奧林匹克博物館是由國際奧委會和中國奧委會批準成立的中國第一家奧林匹克專題博物館，也是國際奧林匹克博物館聯盟22家成員之一，為獨立的國際化非盈利性公益機構。博物館由國際奧委會委員、國際拳擊聯合會主席、世界著名建筑專家吳經國先生多年籌劃、設計、創建并親任館長。館內收藏了豐富的奧運會相關文物，旨在薪傳奧林匹克文化、弘揚奧林匹克精神，讓更多的人了解、感受和分享奧運的歷史與輝煌。博物館呈開放結構，主體建筑分三層，設計上傳承了瑞士洛桑奧林匹克博物館的理念。

陳嘉庚紀念館屬社會歷史類名人紀念館，將成為陳嘉庚文物資料的主要收藏機構，宣傳教育機構和科學研究機構，充分發揮博物館的社會教育功能和作用，使之成為人民喜聞樂見的愛國主義教育基地、終身教育課堂和文化休閑設施，為構建和諧社會服務，為推進廈門經濟建設和社會發展服務。陳嘉庚紀念館的基本陳列有兩個：第一至第三展廳為《華僑旗幟 民族光輝——— 陳嘉庚生平陳列》，第四展廳為《在陳嘉庚身邊——— 嘉庚現象 誠毅同行》。

同安區博物館成立于館1989年7月，是同安區保護和弘揚歷史文化遺產的文博單位。主要職能是：宣傳貫徹執行黨和國家的文物保護方針、政策、法規；對文物進行收藏、保護、研究；對社會大眾進行歷史唯物主義、文化遺產保護、愛國主義宣傳教育；承擔區域內的文物考古、發掘、保護、弘揚；制定并組織實施博物館的工作任務及發展規劃，推動同安區文化遺產保護事業的發展。同安區博物館內設機構：辦公室；陳列展覽宣教部；保管考古征集部。

福建省九朝匯寶博物館位于廈門湖里區五緣文化展覽苑A區五、六、九棟，占地面積8000平方米，可供展覽、運營精品達數十萬件，門類涵蓋瓷器、銅器、金器、琺瑯、書畫、古玉、雜項、紫砂、文房四寶等，還可使用包括200余位國內外著名書畫家在內的創作資源。由于藏品豐富，該博物館展館每3個月就會將展品輪換一次，還將不定期舉辦專題展覽。

福建省鼓浪嶼餡餅食品文化博物館于2015年8月正式對外開放，2438平方米，展示了鼓浪嶼食品廠的前世今生，多維度地詮釋鼓浪嶼人的食品文化歷史，深層次地展示鼓浪嶼食品文化，成為大家認識、了解鼓浪嶼食品文化的一個窗口。鼓浪嶼食品廠自1956年成立至今，融合了五代人的智慧和汗水。從栩栩如生的油畫再現1958年的鼓浪嶼食品廠，到鼓浪嶼龍頭路的還原舊街景、熟悉的長條凳、再會咖啡店、添成餅家、龍頭路1號的大戶人家等老商鋪，各式的早期食品廠所使用制餅模具、購餅批條、舊糧票、米票、菜票、蛋票、肉票等，讓觀眾仿佛回到了那個年代。博物館的展示墻上，展示著鼓浪嶼食品廠歷任廠長的介紹，以及1958年至今所獲得的種種榮譽及包裝創新展位。值得一提的是，還展示了1956年林朱達先生首創的第一個創新的純樸紙質包裝，到如今的各式時尚包裝。

福建省源古歷史博物館位于福建省廈門市湖里區五緣灣文化展覽苑B區B2棟，占地面積2萬平米，建筑面積2065平米，館內展示面積1860平米，館藏文物4566件。我館是經福建省人民政府文化廳《福建省文化廳關于核準成立福建省源古歷史博物館的批復》（閩文物〔2011〕124號)和民政廳《福建省民政廳關于福建省源古歷史博物館成立登記的批復》（閩民館〔2011〕256號）批準成立的第一家綜合性民辦歷史博物館。

廈門大學人類博物館是聯合國教科文組織認定的著名博物館，也是中國大陸的一所人類學專科博物館，位于福建省廈門市廈門大學內，是廈門大學人文學院下轄的博物館之一 。廈門大學人類博物館是中國人類學、考古學、民族學專科性博物館。該館有文物4575號 （每號1件或數十件不等），專用圖書7110號（每號 1本或數十本不等）。陳列分人類的起源和發展、文化的起源和發展、中外民族文物 3部分。人類的起源和發展部分陳列了從猿到人發展路線全景，有等身大的各階段古人類模型、 原始社會生活全景、古人類和動物化石及復原像、馬來亞洞穴的各地舊石器等。

鼓浪嶼鋼琴博物館于2000年1月落成，位于福建省廈門市鼓浪嶼景區菽莊花園的“聽濤軒”，占地450平方米。分上下兩層，兩座管樓，博物館里陳列了愛國華僑胡友義收藏的40多架古鋼琴，其中有稀世名貴的鎦金鋼琴，有世界較早的四角鋼琴和較早較大的立式鋼琴，有古老的手搖鋼琴、有產自一百年前的腳踏自動演奏鋼琴和八個腳踏的古鋼琴等。