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華大基因與英偉達達成合作 使用CUDA進行全基因組測序

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2019年12月18日,英偉達GTC China大(da)會在(zai)蘇州舉(ju)行(xing)(xing),maigoo小編了(le)解(jie)到,英偉達為(wei)CUDA增加了(le)兩個(ge)(ge)新的(de)主流(liu)應(ying)用——5G vRAN和基(ji)(ji)(ji)因(yin)組處理,基(ji)(ji)(ji)因(yin)組行(xing)(xing)業的(de)華大(da)基(ji)(ji)(ji)因(yin)對應(ying)用實現了(le)支持。華大(da)基(ji)(ji)(ji)因(yin)的(de)生命科學(xue)超級計算機以每天60個(ge)(ge)基(ji)(ji)(ji)因(yin)組的(de)吞吐量,改(gai)變(bian)了(le)全基(ji)(ji)(ji)因(yin)組測序,并同時(shi)降低了(le)成本(ben)。

  • 全基(ji)因(yin)(yin)組測序會分(fen)析整個基(ji)因(yin)(yin)序列,可以檢測由遺(yi)傳性疾(ji)病(bing)引起(qi)的DNA突變(bian),突變(bian)導致的癌癥擴散,或是追(zhui)蹤基(ji)因(yin)(yin)突變(bian)引發疾(ji)病(bing)的機制。

    同(tong)時(shi)這項技術也(ye)用于研究(jiu)畜牧(mu)業、農特和(he)導(dao)致疾病(bing)的微生物。

    但是,如(ru)何解決大(da)(da)數據(ju)存取能力以及計(ji)算能力不足等瓶頸問題(ti),是基(ji)因組學研究和應用面臨的(de)一(yi)大(da)(da)難題(ti)。基(ji)因組處理(li)流程在行業標準中被稱為GATK,這一(yi)過程可根(gen)據(ju)參(can)考繪制DNA短鏈(lian),以重建基(ji)因組并找出變異,屬(shu)于計(ji)算密集型任務(wu)。

    大會現(xian)場,黃仁勛(xun)發(fa)布NVIDIA Parabricks基(ji)因(yin)組(zu)分析工具包,Parabricks是(shi)一個(ge)基(ji)于CUDA加(jia)速(su)的基(ji)因(yin)組(zu)處(chu)理工具包,可以(yi)用于發(fa)現(xian)變異,并能產生與(yu)GATK最佳(jia)實(shi)踐流(liu)程一致的結果,實(shi)現(xian)30-50倍的加(jia)速(su)。

    Parabricks提供了DeepVariant工具,利用(yong)(yong)深(shen)度(du)學習技術進行基(ji)(ji)因(yin)變異(yi)檢測。現在,華大基(ji)(ji)因(yin)就采用(yong)(yong)了Parabricks。借助若干GPU服(fu)務(wu)器(qi),華大基(ji)(ji)因(yin)可(ke)以按照測序(xu)儀生成數據的速率來處理(li)基(ji)(ji)因(yin)組。

  • 華大基因品牌介紹
行業(ye)推(tui)薦(jian)品牌

華(hua)大基因主營業務為(wei)通(tong)過(guo)基因檢測(ce)、質譜檢測(ce)、生(sheng)物信息分(fen)析等多組學大數據技術(shu)手段,為(wei)科研(yan)機構、企事業單位、醫療機構、社會(hui)衛生(sheng)組織(zhi)等提(ti)供研(yan)究服務和精準醫學檢測(ce)綜合(he)解決方案。

華大基因(yin)秉承“基因(yin)科(ke)技(ji)造福人類”的愿景,以推動生命科(ke)學(xue)研究進展(zhan)、生命大數據應(ying)用和提(ti)高全(quan)球醫(yi)療健康水(shui)平為(wei)出發點,基于(yu)(yu)基因(yin)領域研究成果及精準(zhun)(zhun)(zhun)檢測技(ji)術在民生健康方面的應(ying)用,致力于(yu)(yu)加(jia)(jia)速科(ke)技(ji)創新,減少出生缺陷,加(jia)(jia)強腫瘤防控,抑制重大疾(ji)病對(dui)人類的危害,實(shi)現精準(zhun)(zhun)(zhun)治愈感染,全(quan)面助力精準(zhun)(zhun)(zhun)醫(yi)學(xue)。

公司依(yi)托(tuo)領先的生物信息研發、轉化和應用平臺(tai),數百(bai)臺(tai)高(gao)通量(liang)測序儀、質譜儀和高(gao)性能計算機,為數據(ju)的產(chan)出、存儲、分析提供有力保障。

公司總(zong)部位于(yu)中(zhong)國(guo)深(shen)圳,在北京、天津、武(wu)漢、上海(hai)、廣州、香港等國(guo)內主(zhu)要城市設有分支機構(gou)和醫學(xue)檢驗所,并在歐洲(zhou)、美(mei)洲(zhou)、亞(ya)太等地區設有海(hai)外(wai)中(zhong)心和核(he)心實驗室,已(yi)形成(cheng)“覆蓋全(quan)國(guo)、輻射全(quan)球(qiu)”的網絡(luo)布(bu)局(ju)。

公(gong)(gong)司(si)主要(yao)服務(wu)于國(guo)內(nei)(nei)外(wai)(wai)的科(ke)(ke)(ke)研院校、研究(jiu)所、獨立(li)醫(yi)(yi)學檢驗(yan)實驗(yan)室、制藥公(gong)(gong)司(si)等(deng)機(ji)構(gou)(gou),以及國(guo)內(nei)(nei)外(wai)(wai)的各級(ji)醫(yi)(yi)院、體檢機(ji)構(gou)(gou)等(deng)醫(yi)(yi)療衛生機(ji)構(gou)(gou)、公(gong)(gong)司(si)客戶和(he)大眾(zhong)客戶。目前,公(gong)(gong)司(si)業務(wu)已經覆蓋了全球100多(duo)個(ge)國(guo)家(jia)(jia)和(he)地區,包括中國(guo)境(jing)內(nei)(nei)2,000多(duo)家(jia)(jia)科(ke)(ke)(ke)研機(ji)構(gou)(gou)和(he)2,300多(duo)家(jia)(jia)醫(yi)(yi)療機(ji)構(gou)(gou),其中三甲醫(yi)(yi)院300多(duo)家(jia)(jia);歐洲、美洲、亞太(tai)等(deng)地區合作的海外(wai)(wai)醫(yi)(yi)療和(he)科(ke)(ke)(ke)研機(ji)構(gou)(gou)超(chao)過3,000家(jia)(jia)。

  • 英偉達品牌介紹
行業(ye)推薦品牌

1999年,NVIDIA®(英偉(wei)達)公司發明了GPU(圖(tu)形處理器(qi)),讓全世界重新認識了計算機圖(tu)形的威力(li)。

自那(nei)時起,NVIDIA®(英(ying)偉(wei)達?)不斷(duan)為(wei)視覺計(ji)算(suan)樹立新(xin)標(biao)準,其令(ling)人嘆(tan)為(wei)觀止的(de)(de)交互式(shi)圖(tu)(tu)形產品可廣泛用于從(cong)平板(ban)電腦和便(bian)攜式(shi)媒體播放器到筆記本(ben)與工作站等(deng)各種設備之(zhi)上(shang)。NVIDIA®(英(ying)偉(wei)達)在(zai)可編程GPU(圖(tu)(tu)形處理(li)器)方面擁有(you)專業(ye)的(de)(de)專業(ye)技術(shu),在(zai)并行處理(li)方面實現了諸多突破(po),從(cong)而普及了低價超級計(ji)算(suan)機的(de)(de)使用。公司持有(you)1,100多項美國專利,其中(zhong)涵蓋了關乎現代計(ji)算(suan)之(zhi)根本(ben)的(de)(de)諸多設計(ji)與深刻(ke)見解。

隨著對GPU的需求不斷迅猛增長,NVIDIA®(英偉達)已經開發出五大產品品牌,以滿足特定細分市場的需求:Tegra?(圖(tu)睿?)掀起了移動計(ji)算的革命。它是一款擁有八個專(zhuan)用處理器的復雜片上系統(System-on-a-Chip),其功耗比(bi)普通筆記本PC芯片低(di)50倍(bei)。Tegra?(圖(tu)睿?)能(neng)夠為(wei)新(xin)一代平板(ban)電(dian)(dian)腦、智能(neng)電(dian)(dian)話(hua)、便(bian)攜式媒體播放器以及車載駕駛員安(an)全(quan)/輔助/信息(xi)系統提供(gong)計(ji)算動力。ION?(翼揚(yang)?)能(neng)夠提(ti)升上(shang)網本的(de)(de)性能(neng)。它可以在游戲、電影以及基于Web的(de)(de)視頻當(dang)中呈(cheng)現豐富的(de)(de)高清媒體,同時還(huan)提(ti)供(gong)了(le)對(dui)Windows 家庭高級版的(de)(de)支(zhi)持(chi)。憑(ping)借下(xia)述(shu)NVIDIA®(英(ying)偉達)Optimus的(de)(de)技術的(de)(de)有力補充,ION?(圖(tu)睿?)可謂(wei)無(wu)瑕。GeForce®(精視?)能夠為消(xiao)費級臺式(shi)PC與筆記本(ben)加速

GeForce®(精視?)是我們(men)出(chu)色的(de)產品(pin)線,它能夠(gou)為暢(chang)玩(wan)游戲、欣賞電(dian)影或者使用PC來(lai)體(ti)驗其它形式數字娛樂的(de)用戶實現(xian)充沛(pei)的(de)性能。Quadro 是強大工(gong)作站(zhan)的(de)(de)動力源泉。動畫公(gong)司(si)(si)、廣(guang)播公(gong)司(si)(si)、視覺特(te)效藝術家(jia)以及工(gong)業設(she)計師(shi)均采用Quadro來幫助(zhu)其打造(zao)較復雜的(de)(de)項(xiang)(xiang)目并(bing)實現(xian)這(zhe)些項(xiang)(xiang)目的(de)(de)可視化。世界上大多數汽車、飛機以及各種各樣的(de)(de)消費級產品都(dou)是利(li)用Quadro專(zhuan)業圖(tu)形解決方案設(she)計出來的(de)(de)。Tesla 正在徹底改變(bian)超(chao)級計(ji)算(suan)領(ling)域的(de)(de)面貌。通過利用GPU的(de)(de)并行處理能(neng)力(li),Tesla能(neng)夠為(wei)需要超(chao)級計(ji)算(suan)機處理能(neng)力(li)的(de)(de)科(ke)學家以(yi)及研究人員提供(gong)超(chao)強性(xing)能(neng),然而(er)其成本和功耗卻比常規解決(jue)方案低得多(duo)。

NVIDIA®(英偉達)還推出了大量重要技術:3D立體幻鏡? 集專(zhuan)門的快(kuai)門式(shi)眼鏡與軟件于一身,能夠(gou)為游戲、視頻、照片以及藍光3D實現令人身臨其境的3D可視化(hua)效果。SLI®(速力?)能(neng)夠(gou)利(li)用同一塊(kuai)主(zhu)板(ban)上多(duo)顆GPU的處理能(neng)力來打造高分辨率游戲(xi)體驗。Optimus 能夠利用(yong)同一塊主板上多(duo)顆GPU的處(chu)理能力來(lai)打造高分辨率游戲體驗。PhysX 是一(yi)種圖形引擎(qing),該引擎(qing)能夠(gou)實時重(zhong)現例如重(zhong)力(li)和運動(dong)等自然力(li)施加在物體上(shang)的動(dong)態(tai)效果。PhysX可運用于所有游戲平臺(tai)之(zhi)上(shang),其中包括(kuo)PC、游戲機以及iPhone。尤其(qi)是 CUDA 令我們引以(yi)為傲(ao)。CUDA是我們的并行計算(suan)架構(gou),該(gai)架構(gou)讓GPU能夠處理不計其(qi)數的數據以(yi)及圖像(xiang)的幾何圖形(xing)與像(xiang)素。

從生命科學(xue)與醫學(xue)到能源勘(kan)探(tan)和量子化學(xue),CUDA現已越來越多(duo)地應用到各種非(fei)視覺領域當(dang)中。世界(jie)上現在(zai)已有超過60,000名活躍的CUDA開(kai)(kai)發人員(yuan)。40個國家(jia)和地區的300多(duo)所大學(xue)院(yuan)校均開(kai)(kai)設了(le)CUDA課(ke)程。

NVIDIA®(英偉達)公司(si)(si)于(yu)1993年(nian)由黃(huang)仁勛(xun)(xun)(Jen-Hsun Huang)、Chris Malachowsky以及Curtis Priem聯合創辦(ban),總(zong)部位于(yu)美國加(jia)利(li)福尼亞州圣克拉拉市。黃(huang)仁勛(xun)(xun)此前曾供職于(yu)LSI Logic以及AMD公司(si)(si),而Chris Malachowsky與Curtis Priem則來(lai)自Sun Microsystems公司(si)(si)

NVIDIA®(英偉(wei)達(da))公(gong)司(si)于1999年在(zai)納斯達(da)克公(gong)開掛牌上市,股票(piao)交易代(dai)碼為NVDA。公(gong)司(si)在(zai)20多(duo)個(ge)國家和地區擁(yong)有約5,700名員(yuan)工。

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