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華大基因與英偉達達成合作 使用CUDA進行全基因組測序

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2019年12月18日,英偉(wei)達(da)GTC China大(da)會在蘇州舉行(xing),maigoo小編(bian)了(le)(le)解到,英偉(wei)達(da)為CUDA增加(jia)了(le)(le)兩(liang)個新(xin)的(de)主流應(ying)用——5G vRAN和基(ji)因(yin)組處理,基(ji)因(yin)組行(xing)業的(de)華大(da)基(ji)因(yin)對應(ying)用實現了(le)(le)支持。華大(da)基(ji)因(yin)的(de)生命科(ke)學超級計算(suan)機(ji)以每天(tian)60個基(ji)因(yin)組的(de)吞(tun)吐量,改(gai)變了(le)(le)全基(ji)因(yin)組測(ce)序,并同時降低了(le)(le)成本。

  • 全基因(yin)組(zu)測序會(hui)分析整個基因(yin)序列,可以檢測由(you)遺(yi)傳性疾病引起的DNA突(tu)變,突(tu)變導致(zhi)的癌癥擴(kuo)散,或是追蹤(zong)基因(yin)突(tu)變引發(fa)疾病的機制。

    同時這(zhe)項技術也用于研究畜(chu)牧(mu)業、農特和導(dao)致疾病的(de)微生物。

    但是,如何解決大(da)數據存取(qu)能(neng)力以(yi)及(ji)計算能(neng)力不足等瓶頸(jing)問題,是基(ji)因(yin)(yin)組(zu)學研究和應(ying)用面臨的一大(da)難題。基(ji)因(yin)(yin)組(zu)處(chu)理流程在行業標準中被(bei)稱為(wei)GATK,這一過程可(ke)根據參考繪制DNA短鏈,以(yi)重建基(ji)因(yin)(yin)組(zu)并(bing)找出變(bian)異(yi),屬于計算密集型任(ren)務。

    大(da)會(hui)現(xian)場,黃仁勛發(fa)布NVIDIA Parabricks基因組分析工具包,Parabricks是一個基于CUDA加(jia)速的基因組處理(li)工具包,可以用(yong)于發(fa)現(xian)變(bian)異,并能(neng)產(chan)生與GATK最佳實(shi)踐(jian)流程(cheng)一致的結果,實(shi)現(xian)30-50倍的加(jia)速。

    Parabricks提供(gong)了DeepVariant工具,利用深度學習技術進行基(ji)因(yin)變異檢測。現在(zai),華大(da)基(ji)因(yin)就采用了Parabricks。借助若(ruo)干GPU服務器,華大(da)基(ji)因(yin)可以按照測序儀生成數據(ju)的速率來(lai)處理基(ji)因(yin)組。

  • 華大基因品牌介紹
行(xing)業推薦(jian)品牌(pai)

華(hua)大(da)基因主營業(ye)務為通過基因檢(jian)測、質(zhi)譜檢(jian)測、生物信息分析等多(duo)組學大數據技術手段,為科研機構(gou)、企事業(ye)單位、醫療(liao)機構(gou)、社會(hui)衛生組織等提供研究服務和精(jing)準醫學檢(jian)測綜合(he)解決(jue)方(fang)案。

華大(da)基(ji)因(yin)秉(bing)承“基(ji)因(yin)科(ke)(ke)(ke)技(ji)造福人類”的(de)愿景,以推動(dong)生命科(ke)(ke)(ke)學研(yan)究(jiu)進展、生命大(da)數據應(ying)用(yong)(yong)和提高全(quan)球醫療健(jian)康(kang)水平為出發點(dian),基(ji)于(yu)基(ji)因(yin)領域研(yan)究(jiu)成果(guo)及(ji)精(jing)準檢測技(ji)術在民生健(jian)康(kang)方面的(de)應(ying)用(yong)(yong),致力(li)于(yu)加(jia)(jia)速科(ke)(ke)(ke)技(ji)創新,減(jian)少出生缺(que)陷,加(jia)(jia)強(qiang)腫瘤防控,抑(yi)制(zhi)重(zhong)大(da)疾病對(dui)人類的(de)危害,實現(xian)精(jing)準治(zhi)愈感染,全(quan)面助力(li)精(jing)準醫學。

公(gong)司依托領先的(de)生物(wu)信息研發、轉化和應用(yong)平臺,數(shu)百臺高通(tong)量測序儀、質譜儀和高性能計算機,為數(shu)據的(de)產(chan)出(chu)、存儲、分析提供有(you)力保障。

公司總部(bu)位于中國(guo)深(shen)圳(zhen),在(zai)(zai)北京、天(tian)津、武漢、上海、廣(guang)州、香(xiang)港等國(guo)內主要城市設有分(fen)支機(ji)構和醫學檢驗所,并在(zai)(zai)歐洲(zhou)、美洲(zhou)、亞太(tai)等地區設有海外中心和核心實(shi)驗室,已形(xing)成“覆蓋全國(guo)、輻射全球(qiu)”的網絡布局(ju)。

公司(si)主要服務(wu)于國內外(wai)的科(ke)研(yan)(yan)院(yuan)校(xiao)、研(yan)(yan)究(jiu)所、獨立(li)醫(yi)學(xue)檢驗(yan)實驗(yan)室、制藥公司(si)等(deng)機(ji)構(gou),以(yi)及(ji)國內外(wai)的各級醫(yi)院(yuan)、體檢機(ji)構(gou)等(deng)醫(yi)療衛生機(ji)構(gou)、公司(si)客(ke)戶和(he)大(da)眾客(ke)戶。目前(qian),公司(si)業務(wu)已(yi)經覆蓋了(le)全球100多(duo)個國家和(he)地(di)區,包(bao)括(kuo)中(zhong)國境內2,000多(duo)家科(ke)研(yan)(yan)機(ji)構(gou)和(he)2,300多(duo)家醫(yi)療機(ji)構(gou),其(qi)中(zhong)三(san)甲醫(yi)院(yuan)300多(duo)家;歐洲、美洲、亞(ya)太等(deng)地(di)區合作的海外(wai)醫(yi)療和(he)科(ke)研(yan)(yan)機(ji)構(gou)超過3,000家。

  • 英偉達品牌介紹
行(xing)業(ye)推(tui)薦品(pin)牌

1999年,NVIDIA®(英(ying)偉達)公(gong)司發明了GPU(圖形處理器),讓(rang)全世界(jie)重新認識(shi)了計算機圖形的威力。

自那時起(qi),NVIDIA®(英偉(wei)達?)不斷(duan)為視覺(jue)計算樹立新(xin)標準,其(qi)令(ling)人(ren)嘆為觀止(zhi)的交互式圖(tu)形(xing)產品可廣(guang)泛用于從(cong)平板電腦和便(bian)攜式媒體播放器到(dao)筆記本與工作(zuo)站等各種(zhong)設(she)備(bei)之上。NVIDIA®(英偉(wei)達)在可編程GPU(圖(tu)形(xing)處(chu)理器)方面擁有專業(ye)的專業(ye)技術,在并行處(chu)理方面實現了(le)諸(zhu)多突(tu)破(po),從(cong)而(er)普及了(le)低價超級計算機的使用。公司持有1,100多項(xiang)美(mei)國專利,其(qi)中涵蓋(gai)了(le)關乎(hu)現代計算之根本的諸(zhu)多設(she)計與深刻見解。

隨著對GPU的需求不斷迅猛增長,NVIDIA®(英偉達)已經開發出五大產品品牌,以滿足特定細分市場的需求:Tegra?(圖睿?)掀起(qi)了移(yi)動(dong)計算(suan)的革命。它是一款擁(yong)有八個專用處(chu)理器的復雜片上系(xi)統(System-on-a-Chip),其功耗(hao)比普通筆記本PC芯片低50倍。Tegra?(圖睿?)能夠為新一代(dai)平板電腦、智能電話、便攜(xie)式媒體播放器以及車載駕駛員安(an)全/輔(fu)助(zhu)/信(xin)息系(xi)統提供計算(suan)動(dong)力。ION?(翼揚?)能夠提升上(shang)網(wang)本的(de)(de)性能。它可(ke)以在游(you)戲、電影(ying)以及基于Web的(de)(de)視頻當(dang)中呈現豐富的(de)(de)高清媒體(ti),同時(shi)還提供了對Windows 家庭高級版的(de)(de)支持。憑(ping)借下述NVIDIA®(英偉達(da))Optimus的(de)(de)技(ji)術(shu)的(de)(de)有力補(bu)充,ION?(圖(tu)睿?)可(ke)謂無(wu)瑕(xia)。GeForce®(精視?)能夠(gou)為消費級臺式PC與筆記本加速

GeForce®(精(jing)視?)是我們出色的(de)產(chan)品(pin)線,它能夠為(wei)暢玩(wan)游戲、欣賞電影(ying)或者使用(yong)PC來體驗(yan)其它形式(shi)數字娛樂的(de)用(yong)戶實現(xian)充沛的(de)性(xing)能。Quadro 是強大工(gong)作站的(de)動力源泉。動畫公(gong)(gong)司、廣播公(gong)(gong)司、視覺特效藝術家以(yi)(yi)及(ji)工(gong)業(ye)設(she)計(ji)師均(jun)采(cai)用Quadro來(lai)幫助其打造較復雜的(de)項(xiang)目并實現這些項(xiang)目的(de)可視化。世界上大多(duo)數汽車、飛機(ji)以(yi)(yi)及(ji)各(ge)種各(ge)樣的(de)消費(fei)級(ji)產品都是利用Quadro專業(ye)圖形解決方案設(she)計(ji)出(chu)來(lai)的(de)。Tesla 正在徹底改變超(chao)級(ji)計(ji)算領域的面貌。通過利(li)用(yong)GPU的并(bing)行處理能(neng)力,Tesla能(neng)夠(gou)為需(xu)要超(chao)級(ji)計(ji)算機處理能(neng)力的科學家以及研究人員提供(gong)超(chao)強性(xing)能(neng),然而其成本和(he)功耗卻比常規解決方案低得(de)多。

NVIDIA®(英偉達)還推出了大量重要技術:3D立體幻鏡? 集專門的(de)快門式眼鏡與軟件于(yu)一身,能(neng)夠為游戲、視(shi)頻、照(zhao)片以及(ji)藍光3D實現令人身臨其境的(de)3D可視(shi)化(hua)效果。SLI®(速(su)力(li)(li)?)能(neng)夠利用同一(yi)塊主板上多顆GPU的處理能(neng)力(li)(li)來(lai)打造高分辨率游戲(xi)體驗。Optimus 能(neng)(neng)夠利用同一(yi)塊主板上多顆GPU的(de)處理(li)能(neng)(neng)力(li)來打造高分辨(bian)率游(you)戲體驗。PhysX 是一(yi)種圖形(xing)引擎,該(gai)引擎能夠實時重現例如(ru)重力和運動等自然力施加在物體上(shang)的(de)動態(tai)效果。PhysX可運用(yong)于所有游戲(xi)平臺(tai)之上(shang),其中(zhong)包括PC、游戲(xi)機以(yi)及iPhone。尤其是(shi) CUDA 令我(wo)們引以(yi)為傲。CUDA是(shi)我(wo)們的并行計算(suan)架構,該架構讓(rang)GPU能(neng)夠處理不計其數的數據以(yi)及圖像的幾何圖形(xing)與像素。

從生命科學與醫學到能源勘探和量子化學,CUDA現已(yi)越來(lai)越多(duo)地應用到各種非視覺領域當(dang)中。世界上現在已(yi)有(you)超(chao)過60,000名活(huo)躍的CUDA開發人員。40個(ge)國家和地區的300多(duo)所大(da)學院校均開設了CUDA課(ke)程。

NVIDIA®(英(ying)偉達)公(gong)司(si)(si)于1993年(nian)由黃仁(ren)勛(Jen-Hsun Huang)、Chris Malachowsky以(yi)及(ji)Curtis Priem聯合創辦,總部位(wei)于美國加(jia)利福尼亞州圣克拉拉市。黃仁(ren)勛此前(qian)曾供職于LSI Logic以(yi)及(ji)AMD公(gong)司(si)(si),而Chris Malachowsky與(yu)Curtis Priem則來自Sun Microsystems公(gong)司(si)(si)

NVIDIA®(英偉(wei)達(da))公(gong)司(si)于1999年在納斯達(da)克(ke)公(gong)開(kai)掛(gua)牌上市,股票交易代(dai)碼為(wei)NVDA。公(gong)司(si)在20多個(ge)國家(jia)和地區擁有約(yue)5,700名員工。

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