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華大基因與英偉達達成合作 使用CUDA進行全基因組測序

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2019年12月18日,英(ying)偉達GTC China大(da)(da)會在蘇(su)州舉行,maigoo小編了(le)(le)解到,英(ying)偉達為CUDA增加(jia)了(le)(le)兩個新的主(zhu)流應用(yong)——5G vRAN和基(ji)(ji)(ji)因組(zu)(zu)處理,基(ji)(ji)(ji)因組(zu)(zu)行業的華大(da)(da)基(ji)(ji)(ji)因對應用(yong)實現了(le)(le)支持。華大(da)(da)基(ji)(ji)(ji)因的生命科學超級(ji)計算機以每天60個基(ji)(ji)(ji)因組(zu)(zu)的吞吐量,改變了(le)(le)全基(ji)(ji)(ji)因組(zu)(zu)測序,并同時降低了(le)(le)成本。

  • 全基(ji)因(yin)組測序會分析整個基(ji)因(yin)序列,可以檢測由(you)遺傳性疾(ji)(ji)病(bing)引起的(de)DNA突變(bian),突變(bian)導致(zhi)的(de)癌癥擴(kuo)散(san),或是(shi)追蹤基(ji)因(yin)突變(bian)引發疾(ji)(ji)病(bing)的(de)機制。

    同(tong)時(shi)這項技術也(ye)用于研究(jiu)畜牧業、農特和導致疾(ji)病的微生物(wu)。

    但是,如(ru)何解決大數據存取(qu)能力以及計(ji)算能力不足等(deng)瓶頸問題,是基(ji)因組學研究和(he)應用面(mian)臨的一大難題。基(ji)因組處理流程在行(xing)業(ye)標(biao)準中被(bei)稱(cheng)為GATK,這一過程可(ke)根據參考(kao)繪制DNA短鏈,以重(zhong)建(jian)基(ji)因組并(bing)找(zhao)出(chu)變異,屬(shu)于計(ji)算密(mi)集型任務。

    大會現場,黃(huang)仁勛發(fa)布(bu)NVIDIA Parabricks基(ji)因組分析工具包(bao)(bao),Parabricks是一(yi)個基(ji)于CUDA加速(su)的(de)基(ji)因組處理(li)工具包(bao)(bao),可以用于發(fa)現變(bian)異,并能(neng)產生(sheng)與GATK最佳實踐流(liu)程一(yi)致的(de)結果,實現30-50倍的(de)加速(su)。

    Parabricks提(ti)供(gong)了(le)DeepVariant工具,利用(yong)深度學習(xi)技術(shu)進行基(ji)因(yin)變(bian)異(yi)檢(jian)測(ce)。現(xian)在(zai),華大(da)基(ji)因(yin)就采用(yong)了(le)Parabricks。借(jie)助若干GPU服(fu)務器,華大(da)基(ji)因(yin)可以按(an)照(zhao)測(ce)序儀生成數(shu)據的速率來(lai)處理基(ji)因(yin)組。

  • 華大基因品牌介紹
行業推薦品牌

華大(da)基(ji)因(yin)主營業務(wu)為通過基因(yin)檢測(ce)、質譜檢測(ce)、生物信(xin)息分(fen)析等(deng)(deng)多組(zu)學(xue)大數據技術手段,為科研機(ji)構、企事業單(dan)位(wei)、醫療(liao)機(ji)構、社會衛生組(zu)織等(deng)(deng)提供研究(jiu)服務(wu)和精準醫學(xue)檢測(ce)綜合解(jie)決方案。

華大(da)(da)基(ji)(ji)因秉承“基(ji)(ji)因科(ke)技(ji)造福人(ren)類”的愿景,以推動生(sheng)命科(ke)學研(yan)究進展、生(sheng)命大(da)(da)數(shu)據應(ying)用和提高全球醫療健康(kang)水平為(wei)出發(fa)點(dian),基(ji)(ji)于(yu)基(ji)(ji)因領域研(yan)究成果及精準檢測技(ji)術在(zai)民生(sheng)健康(kang)方面(mian)的應(ying)用,致力(li)于(yu)加速(su)科(ke)技(ji)創新,減(jian)少出生(sheng)缺陷,加強腫瘤防控(kong),抑制重大(da)(da)疾(ji)病(bing)對人(ren)類的危害,實現精準治愈感(gan)染,全面(mian)助力(li)精準醫學。

公司(si)依托領先的生(sheng)物信息(xi)研(yan)發、轉化和應用平臺,數百臺高(gao)通量測序儀、質譜儀和高(gao)性能計算機,為數據的產出、存儲、分(fen)析提供(gong)有力保障。

公司總部位于(yu)中(zhong)國(guo)深圳,在北京、天津、武漢、上海、廣(guang)州(zhou)、香港等(deng)國(guo)內主要城(cheng)市設有分支(zhi)機構和醫學檢驗(yan)所,并在歐洲(zhou)(zhou)、美洲(zhou)(zhou)、亞太等(deng)地(di)區設有海外中(zhong)心和核心實驗(yan)室(shi),已形成“覆蓋全(quan)國(guo)、輻射全(quan)球”的(de)網絡布局(ju)。

公司主要服務于國(guo)(guo)(guo)內外(wai)的(de)科(ke)研(yan)院校、研(yan)究所、獨立醫學檢驗實驗室、制(zhi)藥公司等機(ji)(ji)構(gou)(gou)(gou),以(yi)及(ji)國(guo)(guo)(guo)內外(wai)的(de)各級醫院、體檢機(ji)(ji)構(gou)(gou)(gou)等醫療衛生(sheng)機(ji)(ji)構(gou)(gou)(gou)、公司客(ke)(ke)戶(hu)和(he)大眾客(ke)(ke)戶(hu)。目前,公司業務已經覆蓋了(le)全球100多個國(guo)(guo)(guo)家(jia)(jia)和(he)地區(qu),包括中國(guo)(guo)(guo)境內2,000多家(jia)(jia)科(ke)研(yan)機(ji)(ji)構(gou)(gou)(gou)和(he)2,300多家(jia)(jia)醫療機(ji)(ji)構(gou)(gou)(gou),其(qi)中三甲醫院300多家(jia)(jia);歐洲、美洲、亞太等地區(qu)合作的(de)海外(wai)醫療和(he)科(ke)研(yan)機(ji)(ji)構(gou)(gou)(gou)超(chao)過3,000家(jia)(jia)。

  • 英偉達品牌介紹
行業推(tui)薦(jian)品(pin)牌

1999年,NVIDIA®(英(ying)偉(wei)達)公(gong)司發明了GPU(圖形處(chu)理器),讓全世(shi)界重(zhong)新認識了計算機圖形的威力(li)。

自那時起,NVIDIA®(英偉達(da)(da)?)不(bu)斷為視覺(jue)計(ji)算樹立新標準(zhun),其(qi)令人嘆為觀止的(de)(de)(de)交互式(shi)圖形產品可(ke)廣泛(fan)用于從平板電腦和便攜式(shi)媒體播放器到筆記本(ben)與工作站等各種設備(bei)之上(shang)。NVIDIA®(英偉達(da)(da))在可(ke)編程(cheng)GPU(圖形處理器)方(fang)面(mian)擁有(you)(you)專(zhuan)業的(de)(de)(de)專(zhuan)業技術(shu),在并行處理方(fang)面(mian)實現(xian)了諸(zhu)多突破,從而普及了低價超級計(ji)算機的(de)(de)(de)使用。公(gong)司持(chi)有(you)(you)1,100多項美國專(zhuan)利,其(qi)中(zhong)涵蓋了關(guan)乎現(xian)代計(ji)算之根本(ben)的(de)(de)(de)諸(zhu)多設計(ji)與深刻見解。

隨著對GPU的需求不斷迅猛增長,NVIDIA®(英偉達)已經開發出五大產品品牌,以滿足特定細分市場的需求:Tegra?(圖(tu)睿(rui)?)掀(xian)起(qi)了移動計(ji)算(suan)的革命(ming)。它是一款(kuan)擁(yong)有八個(ge)專用處(chu)理器(qi)的復雜片上系統(tong)(System-on-a-Chip),其功耗比普(pu)通筆(bi)記本PC芯(xin)片低50倍。Tegra?(圖(tu)睿(rui)?)能夠為(wei)新(xin)一代平(ping)板(ban)電腦、智能電話、便攜式媒體播放器(qi)以及車載(zai)駕駛員安全/輔(fu)助/信息系統(tong)提供計(ji)算(suan)動力。ION?(翼揚?)能夠提升上網本的(de)性能。它可以在(zai)游(you)戲(xi)、電影以及(ji)基于Web的(de)視頻當中呈(cheng)現豐富(fu)的(de)高(gao)清媒體,同(tong)時還提供了對Windows 家庭高(gao)級版(ban)的(de)支持。憑借下述NVIDIA®(英(ying)偉達)Optimus的(de)技(ji)術的(de)有力補(bu)充,ION?(圖睿?)可謂無瑕。GeForce®(精視?)能夠為消費級臺式PC與筆記(ji)本加速(su)

GeForce®(精視(shi)?)是我們出色(se)的產品(pin)線,它能(neng)夠為暢玩游戲、欣賞(shang)電影(ying)或者使(shi)用PC來體驗其它形式數字(zi)娛樂的用戶實(shi)現充沛的性能(neng)。Quadro 是強大工(gong)作站(zhan)的(de)(de)動力源(yuan)泉。動畫公司、廣播公司、視覺特效藝(yi)術家(jia)以及(ji)工(gong)業設計師均采用Quadro來(lai)幫(bang)助(zhu)其打造較(jiao)復(fu)雜(za)的(de)(de)項(xiang)目并實現(xian)這(zhe)些(xie)項(xiang)目的(de)(de)可視化。世界上大多(duo)數汽車、飛(fei)機(ji)以及(ji)各(ge)(ge)種各(ge)(ge)樣的(de)(de)消(xiao)費(fei)級產品都是利用Quadro專業圖形解決方案(an)設計出來(lai)的(de)(de)。Tesla 正在徹底改(gai)變超(chao)級計(ji)算(suan)(suan)領(ling)域的面貌。通過(guo)利用GPU的并行處(chu)理能力,Tesla能夠為(wei)需要超(chao)級計(ji)算(suan)(suan)機處(chu)理能力的科學(xue)家以及研究人(ren)員提供超(chao)強性能,然而其成本和(he)功耗(hao)卻比常規解決方案低得多。

NVIDIA®(英偉達)還推出了大量重要技術:3D立體(ti)幻鏡(jing)? 集專門(men)的(de)快門(men)式眼鏡(jing)與軟件于一身,能夠為游(you)戲、視頻(pin)、照片以及(ji)藍(lan)光3D實現令人身臨其境(jing)的(de)3D可視化(hua)效果。SLI®(速力?)能夠利用(yong)同一塊(kuai)主板(ban)上多顆GPU的處理能力來打造高(gao)分辨率游戲體(ti)驗。Optimus 能夠利用同一塊主板(ban)上(shang)多(duo)顆GPU的處理能力來(lai)打(da)造(zao)高分辨率(lv)游戲體驗(yan)。PhysX 是一種圖形引(yin)擎(qing)(qing),該引(yin)擎(qing)(qing)能夠實時重(zhong)現例如重(zhong)力和運動等自然力施加在物(wu)體(ti)上(shang)的動態效果。PhysX可運用于(yu)所(suo)有(you)游戲(xi)平臺之上(shang),其中包括PC、游戲(xi)機(ji)以及iPhone。尤其是(shi) CUDA 令我(wo)(wo)們(men)引以(yi)為(wei)傲。CUDA是(shi)我(wo)(wo)們(men)的(de)(de)并行計算架(jia)構,該(gai)架(jia)構讓GPU能夠處(chu)理不計其數的(de)(de)數據(ju)以(yi)及圖像(xiang)的(de)(de)幾何圖形與像(xiang)素。

從生命科學(xue)與醫學(xue)到能源勘探和量(liang)子化學(xue),CUDA現(xian)已(yi)越(yue)來越(yue)多地應(ying)用到各(ge)種非視覺(jue)領域當中。世界上(shang)現(xian)在(zai)已(yi)有(you)超(chao)過60,000名活躍的CUDA開(kai)發(fa)人員。40個(ge)國家(jia)和地區(qu)的300多所大學(xue)院校(xiao)均開(kai)設了CUDA課(ke)程。

NVIDIA®(英偉達)公(gong)司于1993年由黃(huang)仁(ren)勛(xun)(Jen-Hsun Huang)、Chris Malachowsky以及Curtis Priem聯合創辦,總部位于美國加利福尼(ni)亞州圣(sheng)克拉拉市。黃(huang)仁(ren)勛(xun)此前曾供職于LSI Logic以及AMD公(gong)司,而Chris Malachowsky與Curtis Priem則來自Sun Microsystems公(gong)司

NVIDIA®(英偉(wei)達)公司(si)于1999年在納斯達克公開(kai)掛牌上市,股票交易(yi)代(dai)碼(ma)為(wei)NVDA。公司(si)在20多個國家和地區擁有(you)約5,700名(ming)員(yuan)工。

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