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華大基因與英偉達達成合作 使用CUDA進行全基因組測序

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2019年12月18日,英偉(wei)達(da)GTC China大(da)會在蘇州舉行,maigoo小編了解到,英偉(wei)達(da)為CUDA增(zeng)加了兩個新的主(zhu)流應用——5G vRAN和(he)基(ji)(ji)(ji)因(yin)組(zu)處理,基(ji)(ji)(ji)因(yin)組(zu)行業的華(hua)大(da)基(ji)(ji)(ji)因(yin)對應用實現了支持(chi)。華(hua)大(da)基(ji)(ji)(ji)因(yin)的生命科學超級計算機以每天(tian)60個基(ji)(ji)(ji)因(yin)組(zu)的吞吐(tu)量(liang),改變了全基(ji)(ji)(ji)因(yin)組(zu)測(ce)序,并同(tong)時降(jiang)低(di)了成(cheng)本(ben)。

  • 全基因(yin)組測序會分(fen)析整個基因(yin)序列(lie),可以檢測由遺傳性疾(ji)病引起的(de)(de)DNA突變,突變導致的(de)(de)癌癥(zheng)擴散(san),或是(shi)追蹤(zong)基因(yin)突變引發(fa)疾(ji)病的(de)(de)機制。

    同時這項技術(shu)也用于研究畜牧業、農特和導致疾(ji)病(bing)的微生物。

    但是,如(ru)何(he)解決大(da)數據(ju)存取能力(li)(li)以及(ji)計(ji)算(suan)能力(li)(li)不足等瓶頸問題(ti),是基因組(zu)學研究和應用面臨的一大(da)難題(ti)。基因組(zu)處理流程在行業標(biao)準中被稱為GATK,這一過程可根據(ju)參考繪制DNA短(duan)鏈,以重建基因組(zu)并(bing)找出變異,屬于計(ji)算(suan)密(mi)集型任(ren)務(wu)。

    大會現(xian)場(chang),黃(huang)仁(ren)勛(xun)發布(bu)NVIDIA Parabricks基因組分析工具包(bao),Parabricks是一個基于CUDA加速的(de)基因組處(chu)理工具包(bao),可(ke)以用于發現(xian)變異,并能產生與GATK最佳實(shi)踐流程一致的(de)結果,實(shi)現(xian)30-50倍的(de)加速。

    Parabricks提供了DeepVariant工具(ju),利(li)用(yong)深度學(xue)習(xi)技術進行基因(yin)(yin)變(bian)異(yi)檢(jian)測(ce)。現在,華大基因(yin)(yin)就采(cai)用(yong)了Parabricks。借助若干GPU服務(wu)器,華大基因(yin)(yin)可(ke)以按照測(ce)序(xu)儀生成數據的速率來處(chu)理基因(yin)(yin)組。

  • 華大基因品牌介紹
行業推薦品牌

華(hua)大基因主營業務為通過基(ji)因檢(jian)測、質譜檢(jian)測、生物信息分(fen)析等多組學(xue)大數據(ju)技術手段,為科研機構、企事(shi)業單位、醫(yi)療機構、社會衛生組織等提供研究服務和精(jing)準醫(yi)學(xue)檢(jian)測綜合解決(jue)方案。

華(hua)大(da)(da)基因秉承“基因科技(ji)造(zao)福人類(lei)”的愿景(jing),以推動生(sheng)(sheng)命科學(xue)研究(jiu)進展(zhan)、生(sheng)(sheng)命大(da)(da)數據(ju)應(ying)(ying)用(yong)和(he)提高全球醫(yi)療健康水平為出發點(dian),基于基因領域研究(jiu)成果及精準(zhun)(zhun)(zhun)檢測技(ji)術在民生(sheng)(sheng)健康方面(mian)的應(ying)(ying)用(yong),致力(li)于加速科技(ji)創(chuang)新,減(jian)少出生(sheng)(sheng)缺陷,加強腫(zhong)瘤防控,抑制重大(da)(da)疾病對人類(lei)的危害,實現精準(zhun)(zhun)(zhun)治愈感(gan)染(ran),全面(mian)助力(li)精準(zhun)(zhun)(zhun)醫(yi)學(xue)。

公司依托領先的生物信息研(yan)發、轉化和(he)應用平臺,數(shu)百臺高(gao)通量測序儀、質(zhi)譜儀和(he)高(gao)性(xing)能計(ji)算機,為數(shu)據(ju)的產出、存儲(chu)、分(fen)析提(ti)供有力保(bao)障。

公(gong)司總部位于中(zhong)國深圳,在北京、天津、武漢(han)、上(shang)海、廣(guang)州、香港等國內主要(yao)城市設(she)(she)有分支機構和醫學檢驗(yan)所,并在歐洲、美洲、亞太(tai)等地區設(she)(she)有海外(wai)中(zhong)心和核心實(shi)驗(yan)室,已(yi)形成“覆蓋全國、輻射全球”的網絡布局。

公(gong)(gong)司主要服務(wu)于國(guo)內外(wai)(wai)的(de)科(ke)(ke)研(yan)院(yuan)校、研(yan)究所、獨(du)立醫(yi)(yi)(yi)(yi)學(xue)檢驗實驗室、制(zhi)藥公(gong)(gong)司等機(ji)(ji)構,以及國(guo)內外(wai)(wai)的(de)各級醫(yi)(yi)(yi)(yi)院(yuan)、體檢機(ji)(ji)構等醫(yi)(yi)(yi)(yi)療衛生機(ji)(ji)構、公(gong)(gong)司客(ke)(ke)戶和(he)大眾客(ke)(ke)戶。目前,公(gong)(gong)司業務(wu)已經覆蓋了全球(qiu)100多(duo)個國(guo)家(jia)和(he)地(di)區(qu),包括(kuo)中國(guo)境內2,000多(duo)家(jia)科(ke)(ke)研(yan)機(ji)(ji)構和(he)2,300多(duo)家(jia)醫(yi)(yi)(yi)(yi)療機(ji)(ji)構,其中三甲(jia)醫(yi)(yi)(yi)(yi)院(yuan)300多(duo)家(jia);歐(ou)洲(zhou)、美洲(zhou)、亞太等地(di)區(qu)合作的(de)海外(wai)(wai)醫(yi)(yi)(yi)(yi)療和(he)科(ke)(ke)研(yan)機(ji)(ji)構超過(guo)3,000家(jia)。

  • 英偉達品牌介紹
行業推(tui)薦品牌(pai)

1999年,NVIDIA®(英(ying)偉達)公司發明了GPU(圖(tu)形(xing)處(chu)理器(qi)),讓全世界重新(xin)認識了計算機圖(tu)形(xing)的威力。

自那時起(qi),NVIDIA®(英偉達(da)?)不斷為視覺計(ji)算(suan)(suan)樹立新標(biao)準,其(qi)(qi)令人嘆為觀止的(de)交(jiao)互式(shi)圖(tu)形產品可廣泛(fan)用于從(cong)平板電腦和便(bian)攜式(shi)媒體(ti)播(bo)放器到(dao)筆記本與工作站等各種設備之(zhi)上(shang)。NVIDIA®(英偉達(da))在可編(bian)程GPU(圖(tu)形處(chu)理器)方面擁有(you)專(zhuan)(zhuan)業的(de)專(zhuan)(zhuan)業技術,在并行處(chu)理方面實現(xian)了諸(zhu)多突破,從(cong)而普及了低價超(chao)級計(ji)算(suan)(suan)機的(de)使用。公司持有(you)1,100多項美國專(zhuan)(zhuan)利,其(qi)(qi)中涵蓋了關乎現(xian)代計(ji)算(suan)(suan)之(zhi)根本的(de)諸(zhu)多設計(ji)與深(shen)刻(ke)見解。

隨著對GPU的需求不斷迅猛增長,NVIDIA®(英偉達)已經開發出五大產品品牌,以滿足特定細分市場的需求:Tegra?(圖睿(rui)?)掀(xian)起(qi)了移動(dong)(dong)計(ji)算(suan)的革命。它是一(yi)款擁(yong)有八個專用(yong)處理(li)器的復雜片(pian)上系統(tong)(System-on-a-Chip),其功耗比普通筆記本PC芯(xin)片(pian)低50倍。Tegra?(圖睿(rui)?)能夠(gou)為新(xin)一(yi)代平(ping)板電(dian)腦、智能電(dian)話(hua)、便攜式(shi)媒體播(bo)放器以及車(che)載駕駛員安全/輔助/信息(xi)系統(tong)提(ti)供計(ji)算(suan)動(dong)(dong)力。ION?(翼揚?)能夠提(ti)升上網(wang)本的(de)(de)性能。它可以在(zai)游戲、電影以及基于Web的(de)(de)視(shi)頻當中呈現(xian)豐富的(de)(de)高清媒體,同(tong)時還提(ti)供了對Windows 家庭(ting)高級版(ban)的(de)(de)支持。憑(ping)借(jie)下(xia)述(shu)NVIDIA®(英(ying)偉達)Optimus的(de)(de)技術的(de)(de)有力補充,ION?(圖睿?)可謂無瑕。GeForce®(精視?)能夠為消費(fei)級(ji)臺式PC與筆記(ji)本加速

GeForce®(精視?)是(shi)我(wo)們出色的產品線,它能夠為暢(chang)玩(wan)游戲、欣(xin)賞電影或者使(shi)用(yong)PC來體驗其它形式數字娛樂的用(yong)戶實現充沛的性能。Quadro 是強大工(gong)作(zuo)站(zhan)的(de)動(dong)力源泉。動(dong)畫公(gong)司、廣(guang)播(bo)公(gong)司、視覺特效藝術家以(yi)及工(gong)業(ye)設(she)計師均采用Quadro來幫(bang)助其(qi)打造較復(fu)雜的(de)項(xiang)目并實(shi)現這些項(xiang)目的(de)可視化。世(shi)界上大多數汽車、飛機以(yi)及各(ge)(ge)種各(ge)(ge)樣的(de)消費級產品都是利用Quadro專業(ye)圖形解決方(fang)案(an)設(she)計出來的(de)。Tesla 正在(zai)徹(che)底改變超級計算領域的(de)面(mian)貌。通過利用GPU的(de)并行處理能(neng)力(li),Tesla能(neng)夠(gou)為需要超級計算機處理能(neng)力(li)的(de)科(ke)學(xue)家以及研究人員提供超強性能(neng),然而其成本和功耗卻比常規解決(jue)方案低得多。

NVIDIA®(英偉達)還推出了大量重要技術:3D立體幻鏡? 集專門(men)的快門(men)式眼(yan)鏡與軟件于一(yi)身(shen),能(neng)夠為(wei)游戲(xi)、視(shi)頻、照片以及藍(lan)光3D實現令人身(shen)臨其境的3D可視(shi)化(hua)效果。SLI®(速力?)能(neng)夠利用(yong)同一塊(kuai)主板上多顆GPU的處理能(neng)力來打造高分辨率游戲體驗。Optimus 能(neng)夠利(li)用同(tong)一(yi)塊主板上多(duo)顆GPU的處(chu)理能(neng)力(li)來打(da)造高(gao)分辨(bian)率游戲體驗。PhysX 是(shi)一種圖形引擎,該(gai)引擎能(neng)夠實時(shi)重(zhong)現(xian)例如重(zhong)力和運(yun)動等自然(ran)力施加在物體上(shang)的動態效(xiao)果。PhysX可運(yun)用于所有游戲平臺之上(shang),其中包括PC、游戲機(ji)以(yi)及iPhone。尤其是 CUDA 令我們引以為傲。CUDA是我們的并行計算架(jia)構(gou),該架(jia)構(gou)讓GPU能夠(gou)處理不計其數的數據以及(ji)圖(tu)(tu)像的幾(ji)何圖(tu)(tu)形(xing)與像素。

從生命科學與(yu)醫學到能(neng)源勘探和量子化學,CUDA現已(yi)(yi)越來越多地(di)應用到各種非視(shi)覺領域當中。世界上現在已(yi)(yi)有超過60,000名活躍的(de)CUDA開(kai)發人員。40個國家和地(di)區的(de)300多所大學院校均開(kai)設了CUDA課程。

NVIDIA®(英偉達)公司(si)于(yu)1993年由黃仁勛(Jen-Hsun Huang)、Chris Malachowsky以及Curtis Priem聯合創(chuang)辦(ban),總部(bu)位(wei)于(yu)美國加利福尼亞州圣克(ke)拉拉市(shi)。黃仁勛此前曾供職于(yu)LSI Logic以及AMD公司(si),而(er)Chris Malachowsky與Curtis Priem則來(lai)自(zi)Sun Microsystems公司(si)

NVIDIA®(英(ying)偉達)公(gong)司(si)于(yu)1999年在納斯(si)達克(ke)公(gong)開掛牌上市,股票(piao)交易(yi)代(dai)碼為(wei)NVDA。公(gong)司(si)在20多(duo)個(ge)國家(jia)和地(di)區(qu)擁有約5,700名員工。

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