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華大基因與英偉達達成合作 使用CUDA進行全基因組測序

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2019年12月18日,英偉達GTC China大會(hui)在蘇州(zhou)舉行,maigoo小編了解到,英偉達為(wei)CUDA增加了兩(liang)個新的主流應用(yong)——5G vRAN和基(ji)(ji)因(yin)組處理,基(ji)(ji)因(yin)組行業的華大基(ji)(ji)因(yin)對應用(yong)實(shi)現(xian)了支持。華大基(ji)(ji)因(yin)的生命科(ke)學超(chao)級(ji)計算機以每天60個基(ji)(ji)因(yin)組的吞吐量,改變了全基(ji)(ji)因(yin)組測序,并同時降低了成本。

  • 全基(ji)(ji)因組測(ce)序(xu)會分析整個(ge)基(ji)(ji)因序(xu)列(lie),可以(yi)檢(jian)測(ce)由遺傳性疾病引(yin)起的DNA突(tu)變(bian),突(tu)變(bian)導致的癌癥擴散,或(huo)是追蹤基(ji)(ji)因突(tu)變(bian)引(yin)發疾病的機制。

    同時這(zhe)項(xiang)技術(shu)也用(yong)于(yu)研究畜牧(mu)業、農特和導(dao)致疾(ji)病的微生(sheng)物。

    但是(shi),如何解決大數據(ju)存取能力以及計(ji)算(suan)能力不足等(deng)瓶頸問題,是(shi)基因(yin)組學研究和應用面(mian)臨的一大難題。基因(yin)組處理流程在(zai)行業標準中被稱(cheng)為GATK,這一過程可根據(ju)參考繪制DNA短鏈,以重建基因(yin)組并(bing)找出變異,屬于計(ji)算(suan)密(mi)集型任務。

    大會(hui)現場,黃仁勛發布NVIDIA Parabricks基(ji)因(yin)組(zu)分析工具包,Parabricks是一個基(ji)于(yu)CUDA加速(su)的基(ji)因(yin)組(zu)處理工具包,可以(yi)用于(yu)發現變異,并能(neng)產生與GATK最佳(jia)實(shi)踐流程一致(zhi)的結果,實(shi)現30-50倍的加速(su)。

    Parabricks提供了(le)DeepVariant工具(ju),利用(yong)深度學(xue)習技術進(jin)行基(ji)因(yin)變異檢測。現在(zai),華大基(ji)因(yin)就采用(yong)了(le)Parabricks。借(jie)助(zhu)若(ruo)干(gan)GPU服務器(qi),華大基(ji)因(yin)可以按照測序儀(yi)生成數據的速率來處理基(ji)因(yin)組。

  • 華大基因品牌介紹
行業推薦品(pin)牌

華大基因主營(ying)業(ye)務(wu)為通過基因檢測、質譜檢測、生物信息(xi)分析(xi)等多組(zu)學大數據技(ji)術手段,為科(ke)研(yan)機構、企(qi)事業(ye)單位、醫療機構、社會衛(wei)生組(zu)織等提供研(yan)究服務(wu)和精準醫學檢測綜(zong)合解決方(fang)案。

華大(da)基因(yin)(yin)秉承“基因(yin)(yin)科技(ji)造福人類”的愿景,以推動生命科學(xue)研(yan)究進(jin)展(zhan)、生命大(da)數據應(ying)用和提高(gao)全(quan)球醫療健康水(shui)平(ping)為(wei)出發點,基于(yu)基因(yin)(yin)領(ling)域研(yan)究成(cheng)果及精準(zhun)檢測技(ji)術在民生健康方面的應(ying)用,致力于(yu)加(jia)速科技(ji)創新,減少出生缺陷,加(jia)強腫瘤防控,抑制(zhi)重大(da)疾(ji)病(bing)對人類的危害,實(shi)現精準(zhun)治(zhi)愈(yu)感(gan)染,全(quan)面助力精準(zhun)醫學(xue)。

公司依托(tuo)領(ling)先的(de)生物信息研發、轉化和應用平臺(tai),數百(bai)臺(tai)高通量測序儀、質譜儀和高性能計算機(ji),為數據的(de)產出、存儲(chu)、分析(xi)提供有力保障(zhang)。

公司總(zong)部位于中(zhong)國(guo)深圳,在北京、天津、武漢、上海、廣州、香港(gang)等國(guo)內主要城(cheng)市設(she)有分支機構和醫學檢(jian)驗所,并在歐洲、美洲、亞(ya)太(tai)等地區設(she)有海外中(zhong)心和核心實(shi)驗室(shi),已形成(cheng)“覆(fu)蓋全(quan)國(guo)、輻射全(quan)球”的網絡布(bu)局。

公(gong)(gong)司(si)(si)主要服務于國(guo)(guo)內(nei)外(wai)的(de)科(ke)研院(yuan)校(xiao)、研究(jiu)所、獨立(li)醫(yi)(yi)(yi)學檢驗(yan)實驗(yan)室(shi)、制藥公(gong)(gong)司(si)(si)等(deng)(deng)機(ji)構,以及國(guo)(guo)內(nei)外(wai)的(de)各級(ji)醫(yi)(yi)(yi)院(yuan)、體檢機(ji)構等(deng)(deng)醫(yi)(yi)(yi)療衛生機(ji)構、公(gong)(gong)司(si)(si)客戶和大眾(zhong)客戶。目前,公(gong)(gong)司(si)(si)業務已經(jing)覆蓋(gai)了(le)全球(qiu)100多(duo)個國(guo)(guo)家和地(di)(di)區,包(bao)括中(zhong)國(guo)(guo)境內(nei)2,000多(duo)家科(ke)研機(ji)構和2,300多(duo)家醫(yi)(yi)(yi)療機(ji)構,其中(zhong)三甲醫(yi)(yi)(yi)院(yuan)300多(duo)家;歐洲、美(mei)洲、亞(ya)太等(deng)(deng)地(di)(di)區合作的(de)海外(wai)醫(yi)(yi)(yi)療和科(ke)研機(ji)構超(chao)過3,000家。

  • 英偉達品牌介紹
行業推薦品牌

1999年,NVIDIA®(英偉達(da))公司發明了GPU(圖形處理器),讓全世界重新認(ren)識了計算機(ji)圖形的威力。

自(zi)那時(shi)起,NVIDIA®(英偉達?)不斷為視覺(jue)計算樹立新標(biao)準(zhun),其(qi)令人嘆(tan)為觀止的(de)交互(hu)式圖形產品可(ke)廣泛(fan)用于從(cong)平板電腦和(he)便攜(xie)式媒體播放器(qi)到筆記本與工(gong)作站等(deng)各種設(she)備之上。NVIDIA®(英偉達)在可(ke)編(bian)程GPU(圖形處(chu)理器(qi))方面擁有專(zhuan)業的(de)專(zhuan)業技術,在并(bing)行處(chu)理方面實現了諸多突破,從(cong)而普及(ji)了低價超(chao)級(ji)計算機的(de)使(shi)用。公司(si)持有1,100多項美(mei)國專(zhuan)利,其(qi)中涵(han)蓋(gai)了關乎現代計算之根本的(de)諸多設(she)計與深(shen)刻(ke)見(jian)解。

隨著對GPU的需求不斷迅猛增長,NVIDIA®(英偉達)已經開發出五大產品品牌,以滿足特定細分市場的需求:Tegra?(圖睿(rui)?)掀(xian)起了移(yi)動(dong)計算的革命。它是一(yi)款擁有八個(ge)專用處(chu)理器(qi)的復雜(za)片(pian)上系統(tong)(System-on-a-Chip),其功耗比普通筆記本PC芯片(pian)低50倍。Tegra?(圖睿(rui)?)能夠為新一(yi)代平板(ban)電(dian)腦、智能電(dian)話、便攜式媒(mei)體播放器(qi)以及車(che)載駕(jia)駛員安(an)全/輔助(zhu)/信息系統(tong)提供計算動(dong)力。ION?(翼揚?)能夠提升上網本的(de)性能。它可以在(zai)游戲、電影以及基于Web的(de)視頻當中呈(cheng)現豐(feng)富(fu)的(de)高(gao)(gao)清(qing)媒體,同時(shi)還提供(gong)了對Windows 家庭高(gao)(gao)級版的(de)支持。憑(ping)借下述(shu)NVIDIA®(英(ying)偉(wei)達)Optimus的(de)技術的(de)有力補(bu)充,ION?(圖(tu)睿?)可謂無瑕。GeForce®(精視?)能夠為消費級臺式(shi)PC與筆記本(ben)加速

GeForce®(精視?)是我們出色(se)的(de)產品線,它(ta)能夠為暢玩(wan)游戲、欣賞電影或(huo)者使用(yong)PC來體(ti)驗其它(ta)形式數字娛(yu)樂的(de)用(yong)戶實現(xian)充沛的(de)性能。Quadro 是強大工(gong)作站的(de)動(dong)(dong)力源泉。動(dong)(dong)畫公司、廣播公司、視(shi)覺特效藝術(shu)家以(yi)及工(gong)業設計師均采用(yong)Quadro來(lai)幫助其打造較(jiao)復雜的(de)項(xiang)目并(bing)實現這些項(xiang)目的(de)可視(shi)化(hua)。世界上大多數汽車、飛機(ji)以(yi)及各(ge)種(zhong)各(ge)樣(yang)的(de)消費級產品都是利(li)用(yong)Quadro專業圖形解決方(fang)案設計出來(lai)的(de)。Tesla 正在徹底改變超級計算領域的面(mian)貌。通過利用GPU的并行處理能(neng)(neng)力,Tesla能(neng)(neng)夠(gou)為需要超級計算機處理能(neng)(neng)力的科學家(jia)以及研究人員提供超強性能(neng)(neng),然而其成本(ben)和功耗卻(que)比常規解決方案低得(de)多。

NVIDIA®(英偉達)還推出了大量重要技術:3D立體幻鏡? 集專(zhuan)門的快門式眼鏡與軟件于一身(shen),能夠為游戲、視頻(pin)、照片以及藍光3D實現令人身(shen)臨其境的3D可視化效果。SLI®(速力(li)?)能(neng)夠(gou)利用同一塊主板上多顆GPU的處(chu)理能(neng)力(li)來打(da)造(zao)高分(fen)辨率游(you)戲體(ti)驗。Optimus 能夠利用同(tong)一(yi)塊主板上多顆GPU的處理能力(li)來打(da)造高分辨率游戲體驗。PhysX 是一種圖形引擎(qing),該引擎(qing)能夠實時重(zhong)現例如(ru)重(zhong)力(li)和(he)運動等自然力(li)施加在物(wu)體(ti)上(shang)的(de)動態效(xiao)果。PhysX可運用于所有游戲(xi)平臺之上(shang),其(qi)中(zhong)包括PC、游戲(xi)機以及iPhone。尤其(qi)是(shi) CUDA 令我們引(yin)以為傲。CUDA是(shi)我們的(de)并行計算架構,該架構讓GPU能夠處理不計其(qi)數的(de)數據以及(ji)圖(tu)像(xiang)的(de)幾何圖(tu)形(xing)與像(xiang)素。

從生(sheng)命科學(xue)(xue)與醫學(xue)(xue)到(dao)能源(yuan)勘探和(he)量子化(hua)學(xue)(xue),CUDA現(xian)(xian)已越來越多地(di)應用到(dao)各種非視覺(jue)領域當中。世(shi)界上(shang)現(xian)(xian)在(zai)已有(you)超過60,000名活躍的CUDA開發人(ren)員。40個國家和(he)地(di)區(qu)的300多所大學(xue)(xue)院校均開設了CUDA課程。

NVIDIA®(英偉達)公司(si)(si)于(yu)1993年由黃仁勛(xun)(Jen-Hsun Huang)、Chris Malachowsky以及(ji)(ji)Curtis Priem聯(lian)合創辦(ban),總部位于(yu)美國加利福尼(ni)亞(ya)州圣克拉拉市。黃仁勛(xun)此前曾供職于(yu)LSI Logic以及(ji)(ji)AMD公司(si)(si),而Chris Malachowsky與Curtis Priem則來自(zi)Sun Microsystems公司(si)(si)

NVIDIA®(英偉達)公司于1999年在(zai)納斯達克公開掛(gua)牌上市,股票交易代碼為NVDA。公司在(zai)20多個國家和地區擁(yong)有(you)約5,700名(ming)員工。

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