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1978年，巧(qiao)家縣政府在藥山籌建“蕎山森(sen)林管理站”。
1980年(nian)，設立“藥山森林公安派出(chu)所”。
1984年4月5日，云南省政府批準建立(li)藥(yao)山省級自(zi)然保(bao)護區(qu)，劃定面積10215公頃，并在藥(yao)山鎮設立(li)了藥(yao)山自(zi)然保(bao)護區(qu)管理所。
1990年后，由(you)于在巧縣內(nei)的楊家灣發現(xian)(xian)了(le)巧家五(wu)針(zhen)松群(qun)(qun)落(luo)（1999年被國(guo)家認定為Ⅰ級(ji)重(zhong)點保(bao)護野生植物(wu)），以及(ji)在金沙(sha)江邊發現(xian)(xian)國(guo)家Ⅱ級(ji)重(zhong)點野生植物(wu)——攀枝花(hua)蘇鐵(tie)群(qun)(qun)落(luo)，保(bao)護區(qu)范圍(wei)擴大。
2003年，進行自然保(bao)護(hu)區(qu)科學考(kao)察，正式(shi)確定了保(bao)護(hu)區(qu)邊界，面積擴(kuo)大到20141公(gong)頃。
2005年，經國(guo)(guo)務院批準正(zheng)式列(lie)藥(yao)山(shan)為(wei)國(guo)(guo)家級自(zi)然保(bao)護(hu)區(qu)（國(guo)(guo)辦發[2005]40號文(wen)），面積(ji)20141公頃，藥(yao)山(shan)自(zi)然保(bao)護(hu)區(qu)管理所也升格為(wei)管理局(ju)。
2005年11月，巧縣林(lin)業(ye)(ye)局和保(bao)護(hu)區管理局委(wei)托云南省林(lin)業(ye)(ye)調查(cha)規劃(hua)設計(ji)院制定“云南藥山國(guo)家(jia)級自(zi)然保(bao)護(hu)區總(zong)體規劃(hua)”，通過專家(jia)評審(shen)并上報(bao)。
2006年2月(yue)，巧(qiao)縣林業(ye)局(ju)(ju)和保護(hu)管理局(ju)(ju)委托(tuo)省(sheng)林業(ye)調查規劃設計院開展(zhan)“保護(hu)區(qu)建(jian)設工程可(ke)行性(xing)研(yan)究(jiu)”，《可(ke)研(yan)報告》經過專家評審，并(bing)隨(sui)云林計財[2006]33號(hao)文件上報國(guo)家林業(ye)局(ju)(ju)。
2006年6月(yue)，國(guo)家林業(ye)(ye)局(ju)以林計批(pi)字[2006]159號文《國(guo)家林業(ye)(ye)局(ju)關于保護區基礎建(jian)設項目可行性(xing)研究報(bao)告的批(pi)復(fu)》，對該項目主要建(jian)設內(nei)容及投資作了批(pi)復(fu)。
2007年3月市、巧縣(xian)編委(wei)批準成立(li)云南(nan)藥山(shan)國家(jia)級自然保護區(qu)管(guan)理(li)局，為巧家(jia)縣(xian)人民政府管(guan)理(li)的副處級參公管(guan)理(li)事(shi)業單位，業務上(shang)受林業部門(men)指導。
云南(nan)藥山國家級自然(ran)保護(hu)區(qu)位于云南(nan)省(sheng)昭通市巧(qiao)家縣(xian)境內(nei)，由(you)南(nan)北(bei)互不相(xiang)連(lian)的兩片組成(cheng)。
北邊(bian)的(de)藥山片為保護(hu)區主體部分，地(di)處(chu)金沙(sha)江與其主要支流牛欄江的(de)匯合處(chu)，地(di)理(li)(li)坐標，東(dong)經102°57′47″～103°10′13″，北緯27°08′54″～27°25′31″；南邊(bian)的(de)楊家灣片位于(yu)巧家縣(xian)城中南部，地(di)理(li)(li)坐標：東(dong)經102°59′59″～103°01′33″，北緯26°50′38″～26°53′47″。
保(bao)護(hu)區所在(zai)(zai)(zai)地域(yu)屬我國西部(bu)型的(de)(de)(de)低緯高(gao)原季(ji)風氣(qi)候(hou)，有著日溫(wen)(wen)(wen)差(cha)(cha)大，年(nian)(nian)溫(wen)(wen)(wen)差(cha)(cha)小，干濕季(ji)分明(ming)等特點，雨熱同期，干暖季(ji)立體氣(qi)候(hou)明(ming)顯(xian)。氣(qi)溫(wen)(wen)(wen)隨海(hai)(hai)(hai)拔(ba)(ba)高(gao)度的(de)(de)(de)增(zeng)加而呈明(ming)顯(xian)的(de)(de)(de)降(jiang)(jiang)低之勢。熱月(yue)(yue)（7月(yue)(yue)）平(ping)(ping)(ping)均氣(qi)溫(wen)(wen)(wen)從27.3℃下降(jiang)(jiang)到(dao)(dao)13.5℃；冷月(yue)(yue)（1月(yue)(yue)）平(ping)(ping)(ping)均氣(qi)溫(wen)(wen)(wen)從12.2℃下降(jiang)(jiang)到(dao)(dao)-0.1℃，降(jiang)(jiang)水量(liang)(liang)也隨海(hai)(hai)(hai)拔(ba)(ba)高(gao)度的(de)(de)(de)不同而差(cha)(cha)異明(ming)顯(xian)。海(hai)(hai)(hai)拔(ba)(ba)1200米以(yi)下左右(you)，年(nian)(nian)降(jiang)(jiang)水量(liang)(liang)不足1000毫米；海(hai)(hai)(hai)拔(ba)(ba)2000米左右(you)，年(nian)(nian)降(jiang)(jiang)水量(liang)(liang)在(zai)(zai)(zai)1100毫米；海(hai)(hai)(hai)拔(ba)(ba)2500-3000米，降(jiang)(jiang)水量(liang)(liang)多；可達1500毫米。6-9月(yue)(yue)為(wei)雨季(ji)，占全年(nian)(nian)降(jiang)(jiang)水量(liang)(liang)的(de)(de)(de)70%，在(zai)(zai)(zai)光能資(zi)源上，年(nian)(nian)日照平(ping)(ping)(ping)均時數(shu)為(wei)1889.5小時；海(hai)(hai)(hai)拔(ba)(ba)840米，在(zai)(zai)(zai)全省(sheng)處于中低值區。
藥山國(guo)家級(ji)自(zi)(zi)然保(bao)護(hu)區河流(liu)(liu)(liu)屬金(jin)沙(sha)江水(shui)(shui)(shui)系(xi)，各大小河流(liu)(liu)(liu)呈放(fang)射(she)狀自(zi)(zi)轎(jiao)頂山流(liu)(liu)(liu)出，進(jin)入金(jin)沙(sha)江與牛(niu)欄(lan)江。長度大于10千米的(de)河流(liu)(liu)(liu)約11條，河床坡(po)降(jiang)比大，水(shui)(shui)(shui)流(liu)(liu)(liu)湍急，河水(shui)(shui)(shui)經(jing)流(liu)(liu)(liu)量的(de)季(ji)節性很強，雨季(ji)（5-10月）汛期經(jing)流(liu)(liu)(liu)量占全年的(de)75%，旱季(ji)因降(jiang)雨少，河水(shui)(shui)(shui)經(jing)流(liu)(liu)(liu)由地(di)下水(shui)(shui)(shui)補給。地(di)下水(shui)(shui)(shui)的(de)主要(yao)形式有孔隙(xi)水(shui)(shui)(shui)，裂隙(xi)水(shui)(shui)(shui)和巖溶水(shui)(shui)(shui)三種，其中風化玄(xuan)武(wu)巖裂隙(xi)水(shui)(shui)(shui)是保(bao)護(hu)區主要(yao)的(de)地(di)下水(shui)(shui)(shui)類型。
藥(yao)山(shan)(shan)是烏蒙山(shan)(shan)脈(mo)的(de)(de)(de)(de)西(xi)支(zhi)，為(wei)金沙(sha)江(jiang)與其支(zhi)流(liu)牛欄江(jiang)的(de)(de)(de)(de)分(fen)(fen)水嶺。呈北南走(zou)向。主峰(feng)轎頂山(shan)(shan)海拔4041.5米，為(wei)滇(dian)東北高(gao)峰(feng)，山(shan)(shan)頂與河谷間的(de)(de)(de)(de)相對高(gao)差達3500米，在(zai)大地(di)(di)(di)構造上地(di)(di)(di)處古楊子板塊(kuai)的(de)(de)(de)(de)西(xi)部(bu)，為(wei)滇(dian)東臺褶帶(dai)組成(cheng)部(bu)分(fen)(fen)，其西(xi)部(bu)邊緣是中國的(de)(de)(de)(de)小江(jiang)斷(duan)裂帶(dai)。保護(hu)區(qu)(qu)的(de)(de)(de)(de)地(di)(di)(di)層(ceng)(ceng)層(ceng)(ceng)序清楚，構造形態和構造運動(dong)遺(yi)跡(ji)完(wan)好(hao)，既(ji)有古陸(lu)板塊(kuai)內的(de)(de)(de)(de)古裂谷活(huo)(huo)動(dong)遺(yi)跡(ji)，又有新(xin)構造成(cheng)運動(dong)痕(hen)跡(ji)。第四紀冰川活(huo)(huo)動(dong)遺(yi)跡(ji)完(wan)整而典(dian)型，古生代以來(lai)的(de)(de)(de)(de)地(di)(di)(di)質(zhi)地(di)(di)(di)貌(mao)(mao)演(yan)化，深刻地(di)(di)(di)影響了這一地(di)(di)(di)區(qu)(qu)的(de)(de)(de)(de)地(di)(di)(di)理特征在(zai)地(di)(di)(di)貌(mao)(mao)區(qu)(qu)劃類型上。屬滇(dian)東岔地(di)(di)(di)山(shan)(shan)原區(qu)(qu)的(de)(de)(de)(de)滇(dian)東北中山(shan)(shan)山(shan)(shan)原亞(ya)區(qu)(qu)的(de)(de)(de)(de)構造溶蝕侵蝕地(di)(di)(di)貌(mao)(mao)。保護(hu)區(qu)(qu)既(ji)有高(gao)山(shan)(shan)峽谷，也有斷(duan)崖巖坎，山(shan)(shan)勢險峻(jun)，山(shan)(shan)頂面為(wei)受古冰蝕作用改造的(de)(de)(de)(de)夷平(ping)面，地(di)(di)(di)形平(ping)緩延綿、角峰(feng)、刃背、溧礫、槽、洼地(di)(di)(di)常見，且分(fen)(fen)布有數十處大小不等的(de)(de)(de)(de)冰蝕湖。
藥(yao)山(shan)(shan)(shan)(shan)特(te)定的(de)(de)地理位置和(he)(he)(he)山(shan)(shan)(shan)(shan)體(ti)高度(du)(du)(du)、水熱條(tiao)件(jian)和(he)(he)(he)植被(bei)隨(sui)高度(du)(du)(du)的(de)(de)變(bian)化，致使不(bu)同海拔高度(du)(du)(du)的(de)(de)土(tu)(tu)(tu)壤(rang)，其形成(cheng)(cheng)過程、強(qiang)度(du)(du)(du)和(he)(he)(he)發育方向不(bu)同，形成(cheng)(cheng)了(le)性狀特(te)征截然不(bu)同的(de)(de)土(tu)(tu)(tu)壤(rang)類型(xing)，表(biao)(biao)現出(chu)非常明顯的(de)(de)垂(chui)直(zhi)分布(bu)規律。從金(jin)沙江(jiang)、牛(niu)欄江(jiang)河(he)谷到藥(yao)山(shan)(shan)(shan)(shan)山(shan)(shan)(shan)(shan)頂，隨(sui)著(zhu)海拔的(de)(de)升高，依(yi)次分布(bu)有(you)以下土(tu)(tu)(tu)壤(rang)帶：燥紅(hong)土(tu)(tu)(tu)、紅(hong)壤(rang)、西(xi)坡、黃(huang)棕(zong)壤(rang)、棕(zong)壤(rang)、暗棕(zong)壤(rang)、亞高山(shan)(shan)(shan)(shan)草甸土(tu)(tu)(tu)、高山(shan)(shan)(shan)(shan)寒漠土(tu)(tu)(tu)。土(tu)(tu)(tu)壤(rang)垂(chui)直(zhi)帶譜屬于季風性帶譜系統，據基(ji)帶土(tu)(tu)(tu)壤(rang)紅(hong)壤(rang)與優勢土(tu)(tu)(tu)壤(rang)垂(chui)直(zhi)帶所屬土(tu)(tu)(tu)綱(gang)（鐵(tie)鋁土(tu)(tu)(tu)、淋溶(rong)土(tu)(tu)(tu)）來看，帶譜類型(xing)系亞熱帶濕潤(run)型(xing)，是滇東北、川西(xi)南、黔西(xi)地區具代表(biao)(biao)性的(de)(de)、也是典型(xing)完整的(de)(de)土(tu)(tu)(tu)壤(rang)垂(chui)直(zhi)帶譜。
云南藥山國家級(ji)自然(ran)保護(hu)區管(guan)理局(ju)內設(she)辦公(gong)室、宣傳教(jiao)育科(ke)(ke)(ke)、保護(hu)管(guan)理科(ke)(ke)(ke)、科(ke)(ke)(ke)研(yan)所(suo)(suo)四(si)個副科(ke)(ke)(ke)級(ji)科(ke)(ke)(ke)室，下設(she)東坪管(guan)理所(suo)(suo)、藥山管(guan)理所(suo)(suo)、楊(yang)家灣(wan)管(guan)理站(zhan)(zhan)、大村管(guan)理站(zhan)(zhan)、紅山管(guan)理站(zhan)(zhan)、大寨(zhai)管(guan)理站(zhan)(zhan)2所(suo)(suo)4站(zhan)(zhan)。
