在(zai)(zai)西(xi)方(fang),摩(mo)(mo)尼(ni)(ni)(ni)在(zai)(zai)世時,摩(mo)(mo)尼(ni)(ni)(ni)教(jiao)(jiao)(jiao)已經(jing)(jing)傳(chuan)播到(dao)敘利亞(ya)(ya)、巴勒(le)斯(si)坦和埃及。公(gong)元300年(nian)(nian)左右(you),摩(mo)(mo)尼(ni)(ni)(ni)教(jiao)(jiao)(jiao)徒在(zai)(zai)埃及已經(jing)(jing)頗有(you)聲勢,以致于哲(zhe)學家里(li)(li)科普里(li)(li)斯(si)的(de)(de)亞(ya)(ya)歷山大覺得(de)有(you)必要撰文與(yu)(yu)其論戰(zhan)。摩(mo)(mo)尼(ni)(ni)(ni)教(jiao)(jiao)(jiao)又(you)從(cong)(cong)埃及傳(chuan)播到(dao)北(bei)非和西(xi)班牙(ya),從(cong)(cong)敘利亞(ya)(ya)傳(chuan)播到(dao)小亞(ya)(ya)細亞(ya)(ya),再(zai)從(cong)(cong)那里(li)(li)傳(chuan)播到(dao)希臘、亞(ya)(ya)德里(li)(li)亞(ya)(ya)海東岸、意大利和高盧。這些地方(fang)當時均(jun)在(zai)(zai)羅馬(ma)帝國統治之(zhi)下,摩(mo)(mo)尼(ni)(ni)(ni)教(jiao)(jiao)(jiao)遭到(dao)政府的(de)(de)粗暴迫害。皇帝戴(dai)克(ke)(ke)里(li)(li)先於297年(nian)(nian)發布著(zhu)名(ming)的(de)(de)詔(zhao)書,命令(ling)非洲(zhou)總督鎮壓摩(mo)(mo)尼(ni)(ni)(ni)教(jiao)(jiao)(jiao)。基督教(jiao)(jiao)(jiao)當時也遭到(dao)戴(dai)克(ke)(ke)里(li)(li)先的(de)(de)迫害,但(dan)是不(bu)(bu)久(jiu)即取得(de)國教(jiao)(jiao)(jiao)地位,將摩(mo)(mo)尼(ni)(ni)(ni)教(jiao)(jiao)(jiao)視為最危(wei)險的(de)(de)對手,不(bu)(bu)遺余力地從(cong)(cong)教(jiao)(jiao)(jiao)俗(su)兩方(fang)面進行斗(dou)爭。執事(shi)馬(ma)克(ke)(ke)(Mark the Deacon)寫的(de)(de)加沙(sha)主教(jiao)(jiao)(jiao)波菲里(li)(li)(Porphyry, the Bishop of Gaza)傳(chuan)中,記(ji)載(zai)了375年(nian)(nian)波菲里(li)(li)與(yu)(yu)摩(mo)(mo)尼(ni)(ni)(ni)教(jiao)(jiao)(jiao)女信(xin)徒、來自(zi)安條克(ke)(ke)的(de)(de)朱莉婭(Julia)的(de)(de)一場辯(bian)論。圣(sheng)奧古斯(si)丁(354-430)則記(ji)載(zai)了他(ta)與(yu)(yu)摩(mo)(mo)尼(ni)(ni)(ni)教(jiao)(jiao)(jiao)徒福圖(tu)那圖(tu)斯(si)、費(fei)利克(ke)(ke)斯(si)的(de)(de)辯(bian)論。這些辯(bian)論正是基督教(jiao)(jiao)(jiao)與(yu)(yu)摩(mo)(mo)尼(ni)(ni)(ni)教(jiao)(jiao)(jiao)斗(dou)爭的(de)(de)典型例子。著(zhu)名(ming)的(de)(de)希臘文教(jiao)(jiao)(jiao)義之(zhi)正式聲明(ming)說(shuo)明(ming)遲至(zhi)九(jiu)世紀,摩(mo)(mo)尼(ni)(ni)(ni)教(jiao)(jiao)(jiao)仍然在(zai)(zai)西(xi)方(fang)活動。不(bu)(bu)過1000年(nian)(nian)以后(hou),在(zai)(zai)西(xi)方(fang)就不(bu)(bu)再(zai)看到(dao)關于他(ta)們的(de)(de)記(ji)載(zai)了。
歐(ou)洲中世(shi)紀(ji)(ji)出現過所謂新摩尼教(jiao),比如,7世(shi)紀(ji)(ji)亞(ya)美尼亞(ya)的(de)(de)保(bao)羅派(Paulicians)、10世(shi)紀(ji)(ji)保(bao)加利亞(ya)的(de)(de)鮑(bao)格(ge)米勒派(Bogomilists)、和12世(shi)紀(ji)(ji)法國(guo)南部的(de)(de)阿爾比派(Albigensians),都有類(lei)似摩尼教(jiao)之(zhi)處,可能曾受其影響。但是很(hen)難確定(ding)它們與摩尼教(jiao)之(zhi)間(jian)的(de)(de)直接歷史(shi)聯(lian)系(xi)。
在(zai)東方,薩珊王(wang)朝(chao)時(shi)期(qi)(224-651)摩(mo)(mo)(mo)尼(ni)(ni)(ni)教(jiao)(jiao)(jiao)在(zai)波斯(si)(si)本(ben)土(tu)不斷遭到血(xue)腥迫害,它(ta)的(de)(de)主要力量逐漸匯聚到中亞(ya)烏滸(hu)水(Oxus,今阿(a)姆(mu)河(he))流域。粟特城市薩秣建(撒馬爾干(gan)(gan))和赭時(shi)(塔什干(gan)(gan))成(cheng)為摩(mo)(mo)(mo)尼(ni)(ni)(ni)教(jiao)(jiao)(jiao)傳(chuan)播(bo)的(de)(de)重要基地。六(liu)世(shi)紀(ji)末,中亞(ya)摩(mo)(mo)(mo)尼(ni)(ni)(ni)教(jiao)(jiao)(jiao)團在(zai)撒特-奧爾米(mi)茲(Sad-Ohrmizd)領(ling)(ling)導下,與巴比(bi)倫的(de)(de)領(ling)(ling)袖(xiu)分(fen)裂(lie),以電那勿(Denawars)派的(de)(de)名稱獨立(li)。這種分(fen)裂(lie)狀(zhuang)態到八世(shi)紀(ji)初才結(jie)束(shu),中亞(ya)重新接受巴比(bi)倫法(fa)(fa)王(wang)米(mi)爾(Mihr,約710-740)的(de)(de)領(ling)(ling)導。七世(shi)紀(ji)中葉(xie),穆(mu)斯(si)(si)林征服波斯(si)(si)以后(hou),摩(mo)(mo)(mo)尼(ni)(ni)(ni)教(jiao)(jiao)(jiao)徒(tu)的(de)(de)處(chu)境(jing)有所改善,伍麥(mai)葉(xie)王(wang)朝(chao)(661-750)讓他(ta)們(men)和平地活動,可(ke)(ke)能根本(ben)沒有怎(zen)么注(zhu)意(yi)他(ta)們(men)。阿(a)拔斯(si)(si)王(wang)朝(chao)時(shi)期(qi)(750-1258),許多(duo)摩(mo)(mo)(mo)尼(ni)(ni)(ni)教(jiao)(jiao)(jiao)文獻被翻(fan)(fan)譯(yi)成(cheng)阿(a)拉(la)伯文,比(bi)如,伊(yi)本(ben)-穆(mu)蓋法(fa)(fa)耳(757年(nian)卒(zu))曾把摩(mo)(mo)(mo)尼(ni)(ni)(ni)的(de)(de)幾本(ben)著作翻(fan)(fan)譯(yi)成(cheng)阿(a)拉(la)伯文,比(bi)魯尼(ni)(ni)(ni)和奈丁(ding)就是(shi)(shi)在(zai)一些摩(mo)(mo)(mo)尼(ni)(ni)(ni)教(jiao)(jiao)(jiao)著作阿(a)拉(la)伯文譯(yi)本(ben)的(de)(de)基礎上,撰寫摩(mo)(mo)(mo)尼(ni)(ni)(ni)教(jiao)(jiao)(jiao)歷史的(de)(de)。同時(shi),阿(a)拔斯(si)(si)王(wang)朝(chao)恢復了(le)薩珊王(wang)朝(chao)反摩(mo)(mo)(mo)尼(ni)(ni)(ni)教(jiao)(jiao)(jiao)的(de)(de)做(zuo)法(fa)(fa),譴責(ze)許多(duo)波斯(si)(si)血(xue)統(tong)的(de)(de)翻(fan)(fan)譯(yi)者是(shi)(shi)摩(mo)(mo)(mo)尼(ni)(ni)(ni)教(jiao)(jiao)(jiao)的(de)(de)同情者。在(zai)麥(mai)海(hai)迪(775-785)和穆(mu)格臺迪爾(908-932)統(tong)治時(shi)期(qi),設立(li)了(le)專門處(chu)置異教(jiao)(jiao)(jiao)徒(tu)(主要是(shi)(shi)摩(mo)(mo)(mo)尼(ni)(ni)(ni)教(jiao)(jiao)(jiao)徒(tu))的(de)(de)機構,無(wu)情地對摩(mo)(mo)(mo)尼(ni)(ni)(ni)教(jiao)(jiao)(jiao)徒(tu)進行迫害。967年(nian)前奈丁(ding)在(zai)首都(dou)巴格達親身(shen)認(ren)識三百(bai)個摩(mo)(mo)(mo)尼(ni)(ni)(ni)教(jiao)(jiao)(jiao)徒(tu),但是(shi)(shi),當他(ta)寫作《群書類述》時(shi),只有五(wu)個還留在(zai)首都(dou),可(ke)(ke)見迫害之激烈。可(ke)(ke)能公元1000年(nian)左右,摩(mo)(mo)(mo)尼(ni)(ni)(ni)教(jiao)(jiao)(jiao)徒(tu)在(zai)伊(yi)拉(la)克就滅絕了(le)。