凈因寺，《嘉(jia)定(ding)鎮(zhen)江(jiang)志(zhi)》《至(zhi)順鎮(zhen)江(jiang)志(zhi)》《丹徒(tu)縣志(zhi)摭余》等史志(zhi)都有(you)記載。《至(zhi)順鎮(zhen)江(jiang)志(zhi)》：因勝寺，在府治之(zhi)南三(san)里。唐(tang)大中六年(nian)建，曰“妙喜”；南唐(tang)曰“慈云”。宋元祐中，尚書(shu)左丞蘇(su)頌請為(wei)(wei)功(gong)德院，遂名因勝報(bao)親禪院。蘇(su)頌拜尚書(shu)左丞相，請為(wei)(wei)功(gong)德院，乞以因勝報(bao)親禪院為(wei)(wei)額，壁間有(you)集賢學士(shi)黃庭堅(jian)《開(kai)堂疏》石刻(ke)。咸淳間重(zhong)修。通判陳(chen)應新為(wei)(wei)之(zhi)記，石刻(ke)在佛殿側(ce)。寺門外有(you)石羊，今不(bu)知所在。
凈因寺(si)宋熙寧年間重(zhong)修時(shi)，更名顯慈寺(si)，明萬歷年間整建(jian)時(shi)，復舊名。唐宋時(shi)凈因寺(si)香(xiang)火很興(xing)旺(wang)，有房屋建(jian)筑(zhu)99間半，后(hou)屢(lv)經(jing)興(xing)廢，最后(hou)焚于太(tai)平天國及(ji)抗日戰(zhan)爭期間的戰(zhan)火，惟刻(ke)有“凈因寺(si)”及(ji)“翠崖(ya)禪室”碑石舊物留存至(zhi)今(jin)。
《潤(run)州區(qu)志》記(ji)載：凈因寺(si)原名(ming)因勝寺(si)，清初又稱翠崖(ya)禪室，直至(zhi)乾(qian)隆(long)十六年(nian)才改為現名(ming)。據(ju)史料記(ji)載，凈因寺(si)建(jian)于西(xi)晉(jin)永熙元年(nian)，其規模龐大，除大殿(dian)外，尚有天衣堂、偃月(yue)廬、彌勒(le)閣、翠崖(ya)室、涌泉庵、普同塔院(yuan)和觀(guan)日(ri)亭、臥云亭、卓錫(xi)泉、鹿跑泉、夕聽泉、千尺井、紫竹林等。公元520年(nian)左右，南朝梁武帝(di)曾游(you)幸山寺(si)。1700年(nian)清康(kang)熙皇帝(di)賜(si)“五(wu)州山因勝寺(si)”碑。
1751年(nian)乾隆皇帝賜凈因(yin)寺(si)(si)匾額。歷史上許(xu)多達(da)官顯貴、文人墨客與(yu)凈因(yin)寺(si)(si)也都(dou)有著不解之緣(yuan)。宋(song)代大(da)文豪蘇東坡就(jiu)曾(ceng)游覽過(guo)五(wu)州山(shan)，于臥(wo)云亭題下(xia)“臥(wo)看滄(cang)江”四個(ge)大(da)字(zi)，還題了“夕聽泉”泉名。黃庭(ting)堅和米芾為(wei)五(wu)州山(shan)書寫過(guo)因(yin)勝寺(si)(si)開堂(tang)疏。清初進士(shi)笪重光(guang)辭官后因(yin)愛(ai)五(wu)州山(shan)風(feng)水，曾(ceng)隱居翠(cui)崖禪室(shi)讀書，并題寫了“翠(cui)崖室(shi)”石(shi)匾額。
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