哈爾濱港是我國東北內河最大的水陸換裝樞紐港和國際口岸港，港口位于松花江中游右岸、市區東北部，經水路上通嫩江沿岸市縣，下達佳木斯、同江等口岸，沿黑龍江與俄哈巴、布市、共青城等遠東重地相通；擔負著黑龍江、松花江、烏蘇里江三條大江沿江市縣所需物資運輸和對俄進出口貿易的中轉換裝任務。1989年7月被國務院批準為一類開放口岸。哈爾濱港原為交通部直屬企業，2000年下放黑龍江省，現隸屬于企業工業委員會領導下的黑龍江航運集團有限公司。

佳木斯港黑龍江水系較大的水陸換裝樞紐港口，是東北內河第二大港口。佳木斯港位于黑龍江省佳木斯市東北部，松花江下游南岸，是國家一類對外開放口岸。地理坐標東經130°22′，北緯46°49′。佳木斯港是黑龍江、烏蘇里江和松花江三江水系的重要樞紐港，也是黑龍江省和佳木斯市的主要進出口口岸。港口幅射全省沿江各地，水運航線四通八達，沿松花江上行可達省會哈爾濱市，沿松花江下行至同江，便進入中俄接壤的界江黑龍江和烏蘇里江。

黑河港黑龍江上的第一大港。位于黑龍江省北部，黑龍江中游右岸，黑河市區內，與俄羅斯布拉戈維申斯克（海蘭泡）隔江相望。清代，隨著黑龍江上、中游沿岸的黃金開采和農業墾殖，黑河碼頭隨之發展起來，并在碼頭附近興建許多糧倉、旅店、飯館等，形成了既是碼頭又是物資集散的集鎮。在沙俄壟斷航權時期，黑河碼頭幾經興衰，直到中國收回航權后，由松花江直達黑河瑪頭的船隊才逐漸增多。30年代初，黑河碼頭年出口木材6000余噸，進口貨物2000噸左右。

撫遠港位于黑龍江省撫遠縣政府所在地撫遠鎮，距俄羅斯哈巴羅夫斯克市（伯力）65km，1992年5月國務院批準為一類對外開放客貨運輸口岸。有千噸級泊位2個。辦公樓及候船廳一棟1070 m2。水運沿黑龍江可上溯到黑河、漠河，并經松花江到佳木斯、哈爾濱等地；沿黑龍江向上直達俄羅斯的沿江城市，并可出海，抵日本、南韓等國及國內東南沿海各港口。沿烏蘇里江可達饒河、虎林等縣，水運條件非常優越，撫遠鎮距國內鐵路最近的前進鎮站160km。

同江港位于黑龍江省東北部松花江與黑龍江匯流處，同江市境內。港口水域寬闊，碼頭水位較深，是中俄水上貿易的中型港口和江海聯運進出口貨物的換裝港。因其地扼控松花江與黑龍江，清末，1906年（清光緒三十二年）吉林將軍奏準，于拉哈蘇蘇（今同江鎮）設置臨江州。1910年（清宣統二年），辟為對俄邊境貿易口岸，并建拉哈蘇蘇海關。江港口進行改造擴建，將原來的自然岸壁碼頭分別建成客運、雜貨、糧食墩柱式碼頭，達435米延長線，配備了皮帶輸送機械17臺（組），港口吞吐能力有了很大提高。