桑耶寺的全名是“貝扎瑪桑耶敏久倫吉白祖拉康”,藏文含義為“吉祥紅巖思量無際不變頓成神殿”。公元7世紀時,吐蕃贊普松贊干布分別與尼泊爾、唐王朝聯姻,迎娶了赤尊公主和文成公主,同時也將佛教引入了西藏。赤松德贊親政后,決定利用佛教來鞏固政權從印度迎請著名高僧寂護和蓮花生來藏傳播佛法,興建三藏(經律論)所依之桑耶寺,為此桑耶寺遂成為西藏第一座具備佛、法、僧三寶的正規寺院,在藏傳佛教界擁有崇高的地位。9世紀中葉,吐蕃禁止佛教傳播,桑耶寺也遭到封禁。10世紀后期重新開放后,這里遂成為寧瑪派(紅教)的代表性寺院。薩迦派統治時期,對該寺進行過修葺,并派遣僧人住寺,此后就形成了寧瑪、薩迦兩派共處一寺的局面。目前寺內的建筑大都是在七世達賴時重建的,占地面積約11萬平方米。寺院的平面為橢圓形,按佛經中的世界構造進行了布局,整體磅礴大氣,宏偉壯觀。