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大報恩寺位于南京中華門外雨花路東側(ce)秦淮河畔長(chang)干里，范圍(wei)東起今晨光機器廠，西至雨花路，南達(da)雨花臺，北抵秦淮河邊，周圍(wei)9里13步(bu)。
大報恩寺(si)(si)坐東向(xiang)西、規模宏(hong)大，全寺(si)(si)整(zheng)體(ti)建筑分(fen)為南北(bei)兩大部(bu)(bu)(bu)(bu)分(fen)，寺(si)(si)廟主體(ti)部(bu)(bu)(bu)(bu)分(fen)（山門，佛(fo)殿、琉璃塔等(deng)）居北(bei)半部(bu)(bu)(bu)(bu)，附屬(shu)部(bu)(bu)(bu)(bu)分(fen)（僧房(fang)、禪堂、藏經殿等(deng)）居南半部(bu)(bu)(bu)(bu)，南北(bei)兩部(bu)(bu)(bu)(bu)分(fen)之間(jian)由圍墻(qiang)隔開。
大報(bao)恩(en)寺(si)北半部主體建筑(zhu)中(zhong)軸(zhou)線布局排列有(you)(you)序：山門（金(jin)剛殿）—香水河橋(qiao)—天(tian)王(wang)殿—大雄寶殿—琉璃塔一(yi)觀(guan)音殿一(yi)法堂(tang)。香水河橋(qiao)的南(nan)北兩側(ce)各(ge)置御碑(bei)亭一(yi)座，分別護于“御制大報(bao)恩(en)寺(si)左碑(bei)”和“御制大報(bao)恩(en)寺(si)右碑(bei)”。觀(guan)音殿的兩側(ce)有(you)(you)祖師殿和伽(jia)藍(lan)殿，觀(guan)音殿后南(nan)北有(you)(you)畫(hua)廓118間(jian)。在祖師殿前有(you)(you)鐘樓一(yi)座，而與(yu)之(zhi)對稱的伽(jia)藍(lan)殿前卻無鼓樓，按(an)中(zhong)國(guo)寺(si)廟(miao)傳(chuan)統的“晨(chen)鐘暮鼓”及建筑(zhu)式(shi)樣，大報(bao)恩(en)寺(si)內設鐘樓而不(bu)設鼓樓現(xian)象(xiang)輕(qing)為(wei)少見。結合大報(bao)恩(en)寺(si)塔“九級內外，篝燈一(yi)百四(si)十有(you)(you)六”，“—日夜(ye)費油(you)六十四(si)斤四(si)兩零”，使之(zhi)“晝(zhou)夜(ye)長明”來看(kan)，大報(bao)恩(en)寺(si)設鐘不(bu)設鼓當(dang)有(you)(you)一(yi)定寓(yu)意(yi)。各(ge)殿的尺寸，《金(jin)陵梵剎志(zhi)》收錄詳備(bei)。
大報(bao)恩寺(si)山(shan)(shan)門(men)朝西，建筑(zhu)(zhu)(zhu)布局總體(ti)上可分為南、北兩(liang)(liang)大部分。寺(si)廟(miao)中(zhong)重要(yao)的宗教性建筑(zhu)(zhu)(zhu)皆(jie)分布于北區(qu)(qu)；而為寺(si)院(yuan)配(pei)套的附屬建筑(zhu)(zhu)(zhu)皆(jie)位于南區(qu)(qu)，兩(liang)(liang)者之間以院(yuan)墻相隔(ge)。大報(bao)恩寺(si)北區(qu)(qu)的建筑(zhu)(zhu)(zhu)排列極為有序。沿著中(zhong)軸線依次設(she)置山(shan)(shan)門(men)（金剛殿(dian)(dian)(dian)(dian)）—香水(shui)河橋(qiao)—天王殿(dian)(dian)(dian)(dian)—大殿(dian)(dian)(dian)(dian)—琉璃塔—觀音殿(dian)(dian)(dian)(dian)—法堂(tang)等核心(xin)建筑(zhu)(zhu)(zhu)；在中(zhong)軸線兩(liang)(liang)側還根據需要(yao)設(she)置了御碑亭、鐘樓、祖師殿(dian)(dian)(dian)(dian)、伽藍殿(dian)(dian)(dian)(dian)等建筑(zhu)(zhu)(zhu)。
大(da)報恩(en)寺以佛(fo)殿(dian)(dian)（即大(da)雄(xiong)寶(bao)殿(dian)(dian)，又稱碽妃殿(dian)(dian)）、天王(wang)(wang)殿(dian)(dian)、寶(bao)塔(ta)為主體，包括金剛殿(dian)(dian)、左(zuo)右碑(bei)亭、天王(wang)(wang)殿(dian)(dian)、大(da)殿(dian)(dian)、佛(fo)殿(dian)(dian)、大(da)禪(chan)殿(dian)(dian)、后禪(chan)殿(dian)(dian)、左(zuo)右觀(guan)音殿(dian)(dian)、法堂、祖師堂、無梁(liang)殿(dian)(dian)、伽藍(lan)殿(dian)(dian)、藏經(jing)前(qian)殿(dian)(dian)、藏經(jing)殿(dian)(dian)、左(zuo)右貯經(jing)廊(lang)、輪藏殿(dian)(dian)、禪(chan)堂、韋(wei)馱殿(dian)(dian)、經(jing)房(fang)(fang)、東西方丈、三藏殿(dian)(dian)、鐘樓等，僧(seng)院一百(bai)(bai)四十(shi)八(ba)房(fang)(fang)，東西畫廊(lang)廊(lang)房(fang)(fang)一百(bai)(bai)一十(shi)八(ba)間，經(jing)房(fang)(fang)三十(shi)八(ba)間，規模(mo)極(ji)其宏大(da)。
大(da)(da)報恩(en)寺(si)及其琉(liu)(liu)璃寶(bao)塔(ta)的(de)(de)建筑極其精美，集明(ming)代以前中(zhong)國(guo)建筑藝術精華于(yu)一(yi)身，下墻、石壇(tan)及欄桿，都用漢白玉(yu)石砌成(cheng)，雕鏤(lou)得非常(chang)別(bie)致。大(da)(da)殿非禮部祠祭，終年封閉。明(ming)初詔刻大(da)(da)藏(zang)，別(bie)置藏(zang)經殿，貯南藏(zang)經板全部。門框飾有獅子(zi)、白象、飛羊等佛教題材(cai)的(de)(de)五(wu)色琉(liu)(liu)璃磚。剎頂鑲嵌金銀珠寶(bao)。角梁(liang)下懸掛(gua)風鈴(ling)152個(ge)，日夜(ye)作(zuo)響，聲(sheng)聞數里。自建成(cheng)之(zhi)(zhi)日起(qi)就點燃(ran)長明(ming)塔(ta)燈(deng)140盞，每天耗油(you)64斤，金碧(bi)輝煌，晝夜(ye)通(tong)明(ming)。塔(ta)內壁布滿佛龕(kan)。該塔(ta)是金陵四十八景之(zhi)(zhi)一(yi)，明(ming)清時(shi)(shi)代，一(yi)些歐洲商(shang)人、游客和傳教士來到南京，稱之(zhi)(zhi)為(wei)“南京瓷塔(ta)”，將它(ta)與(yu)羅馬斗獸場、亞歷山(shan)大(da)(da)地(di)下陵墓、比薩斜(xie)塔(ta)相媲美，稱之(zhi)(zhi)為(wei)中(zhong)古(gu)世界七大(da)(da)奇觀之(zhi)(zhi)一(yi)，是當時(shi)(shi)中(zhong)國(guo)的(de)(de)象征(zheng)。
香水河橋為石拱橋，橋面總(zong)寬(kuan)745厘米，通(tong)厚65厘米，七(qi)層，砌筑(zhu)于石板橋底上。
在香水(shui)河橋和天王殿之(zhi)間，沿著(zhu)中軸線，發現了(le)以長方形(xing)青石板(ban)鋪砌的(de)主干道。路面寬255厘米，殘(can)長23.75米，厚16－20厘米。
天王殿為(wei)帶有前廊與月臺(tai)的(de)五開間、三進(jin)深的(de)大型建筑，整(zheng)體呈(cheng)“雙凸字形(xing)”。它座落于(yu)夯土臺(tai)基之上。
大(da)報恩寺大(da)殿俗稱碩(shuo)妃殿，其中供奉有(you)碩(shuo)妃的碑位(wei)，每年(nian)由禮部按時祭祀(si)，除(chu)此(ci)之外終(zhong)年(nian)封閉，不許人進入(ru)。
大(da)殿位(wei)于北區正(zheng)中(zhong)心的(de)位(wei)置。底(di)部設置大(da)型夯土臺基，殘存(cun)的(de)高(gao)度約為(wei)5.2米(mi)。外(wai)圍(wei)圍(wei)繞(rao)一周寬度約為(wei)1.2米(mi)的(de)基槽(cao)。殿內共(gong)發(fa)現兩排6個大(da)型石柱礎。據(ju)文獻(xian)記載，該殿“高(gao)七(qi)丈一尺五寸(cun)、深十一丈四尺三寸(cun)、長十六丈七(qi)尺五寸(cun)”，按照現代尺寸(cun)換算就是高(gao)22.67米(mi)、深36.23米(mi)、長53.1米(mi)，其長寬數據(ju)與我們此次(ci)發(fa)掘的(de)實際狀況基本吻合。
塔(ta)基(ji)位于大(da)(da)殿(dian)之后，與大(da)(da)殿(dian)皆位于大(da)(da)報恩寺遺址(zhi)北區的中(zhong)軸(zhou)線上(shang)，距離大(da)(da)殿(dian)東側基(ji)槽12米。平面呈正八邊形，最大(da)(da)對徑約為(wei)25米。從外至內分為(wei)五層結構，中(zhong)心(xin)部為(wei)地(di)(di)宮，圓形地(di)(di)宮直徑2.2米。地(di)(di)宮未遭盜掘，保(bao)存較(jiao)好。
觀音殿位于塔基(ji)(ji)東側(ce)，為(wei)(wei)夯土臺基(ji)(ji)式建筑。為(wei)(wei)三(san)(san)開間三(san)(san)進(jin)深(shen)的高臺式建筑。
法堂位于北區中軸線最(zui)東端，為夯土臺(tai)基式建筑。為一(yi)三進深的建筑。
御(yu)(yu)碑亭基址共兩座(zuo)，分處中軸線南(nan)北兩側，南(nan)部為(wei)永樂(le)所立御(yu)(yu)碑。北部為(wei)宣德年(nian)間(jian)所立御(yu)(yu)碑。
位于(yu)大殿后的(de)大報恩寺琉(liu)璃塔(ta)建(jian)造于(yu)永樂十年(nian)（1412年(nian)），宣(xuan)德三年(nian)（1428年(nian)）竣工，九層八面(mian)，高達78.2米，甚至數十里外長江上也可望見(jian)。塔(ta)身白(bai)瓷貼面(mian)，拱(gong)門琉(liu)璃門券。底層建(jian)有回廊（即(ji)宋代(dai)的(de)“副(fu)階周匝”）。塔(ta)室為(wei)方形，塔(ta)檐、斗拱(gong)、平(ping)坐、欄桿飾有獅子、白(bai)象(xiang)、飛(fei)羊等佛教(jiao)題材的(de)五色(se)琉(liu)璃磚。由于(yu)各層傳遞，所以使用的(de)磚瓦尺寸(cun)不一(yi)。
建造大報恩寺(si)花了17年(nian)時(shi)間(jian)，而(er)同時(shi)期(qi)(qi)工程量數倍于(yu)它的北京紫禁(jin)城，用(yong)時(shi)不(bu)過3年(nian)半。大報恩寺(si)工程如此費時(shi)，主要因(yin)為琉璃塔的建設(she)難度極大，不(bu)得(de)不(bu)屢屢延期(qi)(qi)。據后人估(gu)算，僅(jin)修建琉璃塔一項所耗(hao)用(yong)的錢糧，折(zhe)合(he)白銀就高達248萬余兩。
明成祖(zu)朱(zhu)棣(di)給琉璃塔御賜了“第一塔”的(de)塔名(ming)，其(qi)特(te)點(dian)可以(yi)歸(gui)納為(wei)“三絕”：
第一絕：巨構殊形，高(gao)(gao)聳云日。琉璃塔為八邊形，共9層(ceng)，通(tong)高(gao)(gao)78.02米(mi)，相當于26層(ceng)樓房的高(gao)(gao)度(du)。
琉(liu)璃塔(ta)頂部是用純金(jin)制(zhi)成的(de)寶珠，直徑約為4米，據說重(zhong)達(da)2000余兩，每(mei)層(ceng)的(de)檐角下都懸掛(gua)銅制(zhi)的(de)風鈴(ling)，從上至(zhi)下共152只，即(ji)使在輕(qing)(qing)輕(qing)(qing)的(de)微風之(zhi)中，清(qing)脆的(de)鈴(ling)聲也可聲聞數(shu)里。9層(ceng)內(nei)外共設篝燈146盞(zhan)(zhan)，每(mei)盞(zhan)(zhan)芯(xin)粗1寸左右。
第二絕：通體(ti)琉璃(li)，獨步(bu)古今。琉璃(li)塔(ta)(ta)(ta)的(de)(de)主體(ti)為(wei)磚砌，除了塔(ta)(ta)(ta)頂有一根(gen)“管心木”之(zhi)(zhi)外，整(zheng)個建筑當中(zhong)“不施(shi)寸木”。其內、外表層(ceng)全部用各種造型、各種顏色的(de)(de)琉璃(li)構件榫合而成。這種獨特(te)的(de)(de)裝飾藝術讓(rang)琉璃(li)塔(ta)(ta)(ta)贏得了“中(zhong)國之(zhi)(zhi)大(da)古董，永樂之(zhi)(zhi)大(da)窯器”的(de)(de)美(mei)譽(yu)。
琉(liu)璃(li)(li)(li)塔(ta)所用的(de)(de)(de)各種(zhong)琉(liu)璃(li)(li)(li)構(gou)(gou)件幾乎每件的(de)(de)(de)形狀(zhuang)、尺寸、顏色和(he)(he)紋飾都有(you)(you)差異，因(yin)而制(zhi)作(zuo)和(he)(he)燒制(zhi)極為(wei)不易。這是琉(liu)璃(li)(li)(li)塔(ta)建(jian)設(she)時間長(chang)達(da)17年(nian)的(de)(de)(de)重要原(yuan)因(yin)。據史書記載，建(jian)造(zao)此塔(ta)燒制(zhi)的(de)(de)(de)琉(liu)璃(li)(li)(li)瓦、琉(liu)璃(li)(li)(li)構(gou)(gou)件和(he)(he)白(bai)瓷磚，都是一(yi)式三份(fen)，建(jian)塔(ta)用去一(yi)份(fen)，其余(yu)兩份(fen)編號(hao)埋入地(di)下，以備有(you)(you)缺損時，上報工(gong)部，照號(hao)配(pei)件修補。建(jian)國(guo)以后，南京(jing)的(de)(de)(de)窯(yao)崗(gang)村、眼香廟一(yi)帶，先后出土過(guo)大量(liang)的(de)(de)(de)與琉(liu)璃(li)(li)(li)塔(ta)有(you)(you)關的(de)(de)(de)琉(liu)璃(li)(li)(li)構(gou)(gou)件，背后大都有(you)(you)墨書的(de)(de)(de)編號(hao)和(he)(he)標記，證(zheng)明了歷史記載的(de)(de)(de)可靠。
第三絕：長夜(ye)深沉，佛燈(deng)永明。每當暮色來臨之(zhi)時，琉璃塔(ta)上就會點燃144盞如火炬般明亮的(de)(de)油燈(deng)，徹夜(ye)不熄。無(wu)論是(shi)(shi)月(yue)落星稀的(de)(de)傍晚，還是(shi)(shi)風雨如注的(de)(de)黑夜(ye)，無(wu)論是(shi)(shi)在鐘山腳(jiao)下的(de)(de)叢林之(zhi)中，還是(shi)(shi)大(da)江之(zhi)上的(de)(de)漁舟之(zhi)內，人們(men)都能夠看(kan)見這座高塔(ta)上永不熄滅的(de)(de)燈(deng)光。
九(jiu)層琉(liu)璃(li)(li)塔的(de)每(mei)一(yi)面墻壁之上，都(dou)有(you)2扇(shan)窗(chuang)戶(hu)(hu)(hu)，共計144扇(shan)。這些(xie)窗(chuang)戶(hu)(hu)(hu)全部用磨制得(de)極薄的(de)蚌(bang)殼進(jin)行封閉，144盞(zhan)油燈(deng)(deng)就(jiu)分別安置在窗(chuang)戶(hu)(hu)(hu)之內。這些(xie)蚌(bang)殼制成(cheng)的(de)窗(chuang)罩(zhao)名叫“明瓦”，是平板玻璃(li)(li)引(yin)進(jin)之前中國較好的(de)建筑采(cai)光材料。自宣德(de)三年琉(liu)璃(li)(li)塔建成(cheng)之日(ri)起，大報(bao)恩寺就(jiu)安排(pai)了100名僧(seng)人輪流值班，負責給(gei)油燈(deng)(deng)添油、剪芯，擦拭明瓦，確保夜夜塔燈(deng)(deng)通明。在琉(liu)璃(li)(li)塔旁邊，建造了一(yi)座油庫(ku)，用于(yu)儲存燃燈(deng)(deng)所需的(de)燈(deng)(deng)油。根(gen)據一(yi)份明代官員向皇帝提(ti)交的(de)賬單記(ji)載，琉(liu)璃(li)(li)塔上每(mei)盞(zhan)油燈(deng)(deng)每(mei)夜所需的(de)燈(deng)(deng)油為六兩(liang)四錢，整個琉(liu)璃(li)(li)塔每(mei)月所耗用的(de)燈(deng)(deng)油總(zong)量為1530斤。
地(di)(di)宮為圓(yuan)形豎井(jing)式，從原(yuan)始山體中(zhong)垂直下挖(wa)而成(cheng)。地(di)(di)宮之(zhi)內(nei)，從上至下以一(yi)層(ceng)石(shi)(shi)塊，一(yi)層(ceng)夯(hang)土的(de)(de)方(fang)式有(you)(you)(you)規律(lv)的(de)(de)填充、夯(hang)筑，共(gong)39層(ceng)。在距(ju)離地(di)(di)表(biao)4.2米(mi)處，發現(xian)一(yi)塊邊長(chang)(chang)約0.9米(mi)、厚約0.25米(mi)的(de)(de)方(fang)形覆石(shi)(shi)，位于(yu)地(di)(di)宮中(zhong)心。覆石(shi)(shi)提取后，其下露出了方(fang)柱狀(zhuang)的(de)(de)石(shi)(shi)函(han)(han)。石(shi)(shi)函(han)(han)高度達(da)1.5米(mi)，邊長(chang)(chang)0.72米(mi)，由(you)上部(bu)(bu)蓋板、底部(bu)(bu)墊板和四周四塊壁板拼(pin)合(he)而成(cheng)。其中(zhong)北(bei)壁石(shi)(shi)板鐫刻長(chang)(chang)篇銘文，題為“金(jin)陵(ling)長(chang)(chang)干(gan)寺(si)真(zhen)身塔藏舍利石(shi)(shi)函(han)(han)記”，介(jie)紹了大中(zhong)祥符四年，金(jin)陵(ling)長(chang)(chang)干(gan)寺(si)住持演化大師可(ke)政和守(shou)滑(hua)州助(zhu)教(jiao)王(wang)文等(deng)人，得到(dao)宋真(zhen)宗的(de)(de)允許，修(xiu)建(jian)九層(ceng)寶塔之(zhi)事，塔高“二百尺”，而塔內(nei)地(di)(di)宮中(zhong)藏有(you)(you)(you)“感應(ying)舍利十顆(ke)，并佛頂真(zhen)骨，洎(ji)諸圣舍利，內(nei)用金(jin)棺(guan)，周以銀槨，并七寶造成(cheng)阿育王(wang)塔，以鐵函(han)(han)安置(zhi)”。考(kao)古所見與(yu)碑文的(de)(de)記載(zai)完全一(yi)致。在石(shi)(shi)函(han)(han)內(nei)發現(xian)有(you)(you)(you)一(yi)座鐵函(han)(han)，高1.3米(mi)、寬(kuan)0.5米(mi)。鐵函(han)(han)頂部(bu)(bu)放置(zhi)大量的(de)(de)銅錢，以及水晶球、瑪瑙珠、串珠、鎏金(jin)銀鳳等(deng)供養器物。在石(shi)(shi)函(han)(han)下，還有(you)(you)(you)一(yi)個(ge)小(xiao)型埋(mai)藏坑(keng)(keng)，其內(nei)出土白(bai)瓷、青瓷碗各1件，青瓷壺1件。地(di)(di)宮從現(xian)存(cun)地(di)(di)表(biao)開口(kou)至埋(mai)藏坑(keng)(keng)底部(bu)(bu)共(gong)深達(da)6.74米(mi)。
票(piao)價(jia)：80元(yuan)/人(ren)
按照國家相(xiang)關規定享受(shou)免票的(de)游(you)(you)客(ke)，可(ke)免費入園參(can)觀(guan)；按照國家相(xiang)關規定享受(shou)半價的(de)游(you)(you)客(ke)，在此(ci)期(qi)間可(ke)享受(shou)折上(shang)折的(de)優惠。景區同時向(xiang)所有游(you)(you)客(ke)推出120元(yuan)購(gou)買全年(nian)年(nian)卡(ka)的(de)活動。
地鐵：可(ke)乘坐南京地鐵1號線至(zhi)中(zhong)華門站，沿(yan)應天大街向東(dong)步行約400米(mi)至(zhi)雨花路可(ke)到(dao)；或乘坐南京地鐵3號線至(zhi)武定門站，沿(yan)養虎巷、掃(sao)帚巷到(dao)達(da)。
公交：乘坐(zuo)公(gong)交(jiao)(jiao)2路(lu)(lu)、16路(lu)(lu)、49路(lu)(lu)、63路(lu)(lu)、202路(lu)(lu)、701路(lu)(lu)、706路(lu)(lu)、Y2路(lu)(lu)、Y14路(lu)(lu)、Y20路(lu)(lu)等10條公(gong)交(jiao)(jiao)線(xian)路(lu)(lu)至“大報恩寺遺址公(gong)園（建初寺）”站(zhan)（即原“雨花路(lu)(lu)”站(zhan)）可至。
自駕：自(zi)駕游客請(qing)將車輛(liang)停(ting)在雨花路西(xi)側指定停(ting)車場。
大報恩(en)(en)寺(si)是南京歷史(shi)悠(you)久的佛教寺(si)廟，千(qian)余年(nian)間，屢廢屢建(jian)，寺(si)名亦屢屢更易，大報恩(en)(en)寺(si)塔立于(yu)南朝寺(si)廟發祥地和江南佛教中心(xin)。
南朝四百(bai)八十(shi)寺(si)(si)(si)，多少(shao)樓(lou)臺煙雨中”，杜牧這兩(liang)句詩中“四百(bai)八十(shi)寺(si)(si)(si)”的起源就是大報恩寺(si)(si)(si)，大報恩寺(si)(si)(si)的歷(li)史(shi)從孫吳開始，歷(li)經(jing)各朝，有(you)過長干(gan)寺(si)(si)(si)、天禧寺(si)(si)(si)等名字，大報恩寺(si)(si)(si)塔的前身則(ze)是阿(a)育王塔。
東吳赤烏年間(jian)（238─250年），孫權建(jian)建(jian)初(chu)寺(si)(si)(si)(si)及阿育王(wang)塔(ta)(ta)(ta)(ta)，為江南(nan)塔(ta)(ta)(ta)(ta)寺(si)(si)(si)(si)之(zhi)(zhi)(zhi)始(shi)，有“江南(nan)第一寺(si)(si)(si)(si)”之(zhi)(zhi)(zhi)稱，是(shi)繼洛陽白馬寺(si)(si)(si)(si)之(zhi)(zhi)(zhi)后(hou)的(de)中國第二(er)座寺(si)(si)(si)(si)廟，也是(shi)中國南(nan)方(fang)地(di)區的(de)首座寺(si)(si)(si)(si)廟。經過考證，阿育王(wang)塔(ta)(ta)(ta)(ta)約建(jian)于東漢獻帝的(de)興平年間(jian)（194─195年），是(shi)南(nan)京古老的(de)佛塔(ta)(ta)(ta)(ta)，也是(shi)中國較(jiao)早(zao)的(de)佛塔(ta)(ta)(ta)(ta)之(zhi)(zhi)(zhi)一。建(jian)塔(ta)(ta)(ta)(ta)者極有可(ke)能是(shi)秣(mo)陵(ling)人符融，他(ta)曾任徐(xu)州刺史陶謙麾下(xia)之(zhi)(zhi)(zhi)廣陵(ling)、下(xia)邳(pi)、彭(peng)城三郡的(de)運漕(cao)官，并以漕(cao)運所得(de)經費建(jian)廟蓋塔(ta)(ta)(ta)(ta)。符融早(zao)見于正史的(de)中國閣樓(lou)式佛塔(ta)(ta)(ta)(ta)的(de)創始(shi)者，后(hou)退守故里秣(mo)陵(ling)，為孫策(ce)攻滅。
東吳赤烏十年（247年）東吳大帝孫權為康居國(guo)僧(seng)人(ren)會在長干里修建(jian)建(jian)初寺(si)和阿育王(wang)塔，成為江南(nan)塔寺(si)之(zhi)始。
晉太康年(nian)間（280─289年(nian)）復(fu)建(jian)，名長干寺(si)(si)；南朝(chao)陳為(wei)報恩(en)寺(si)(si)，宋改天禧寺(si)(si)，建(jian)圣感塔；元改慈恩(en)旌(jing)忠教寺(si)(si)。
建德六年（578年），齊(qi)地佛門遭(zao)劫。聞率僧眾四十余循海路奔建康。輒遇大風波，楫折船沉。忽現巨龜(gui)，負眾僧出水，須臾抵(di)建康。聞口稱南無阿彌陀佛。龜(gui)對曰：師父曾記否(fou)，吾(wu)乃海曲放生池(chi)之(zhi)老龜(gui)也。聞恍然大悟。奏聞宣帝，帝大悅，敕建報(bao)恩(en)寺(si)，香火祀(si)之(zhi)。
唐(tang)朝年間，“慧聞(wen)者(zhe)，齊渤海(hai)人也。幼年向佛，十(shi)二入寺，十(shi)六(liu)受戒。苦修《大(da)智度論(lun)》、《中論(lun)》，樹“一心三觀”，啟天臺之源。所(suo)入法門(men)，非(fei)世可知。學者(zhe)仰之，以為(wei)(wei)履(lv)地戴天，莫(mo)知高厚。又以憫寺所(suo)得櫬施，買海(hai)曲(qu)溪石(shi)梁為(wei)(wei)放生池，佛法廣播于江北。”
北宋端拱元年（988年），僧可政得(de)唐三藏玄奘大師頂骨舍利，于長干寺(si)(si)(si)建塔(ta)瘞藏；宋天(tian)禧(xi)元年（1017年），重(zhong)修后的長干寺(si)(si)(si)改稱(cheng)天(tian)禧(xi)寺(si)(si)(si)，寺(si)(si)(si)塔(ta)易名“圣感(gan)”；元至元二十五年（1288年），詔改天(tian)禧(xi)寺(si)(si)(si)為(wei)“元興(xing)慈恩旌忠教寺(si)(si)(si)”，改塔(ta)名為(wei)“慈恩塔(ta)”。
明(ming)(ming)永樂六(liu)年(nian)（1408年(nian)）毀于(yu)火，永樂十(shi)(shi)(shi)年(nian)（1412年(nian)）明(ming)(ming)成(cheng)祖(zu)朱棣敕工部于(yu)原址重建(jian)，明(ming)(ming)成(cheng)祖(zu)以紀(ji)念(nian)明(ming)(ming)太(tai)祖(zu)和(he)馬皇后(hou)為名，命工部于(yu)此(ci)重建(jian)大報恩(en)寺(si)及(ji)九層琉璃寶塔，按(an)照宮闕規制，征集天(tian)下夫役工匠十(shi)(shi)(shi)萬(wan)余人，費用(yong)計錢糧銀二百五(wu)十(shi)(shi)(shi)萬(wan)兩、金錢百萬(wan)，歷時(shi)十(shi)(shi)(shi)九年(nian)始完工。“依大內(nei)圖武，造九級五(wu)色琉璃塔，曰(yue)第一(yi)塔，寺(si)曰(yue)大報恩(en)寺(si)”。
大報恩寺的修造，由鄭(zheng)和等人擔任監工官。大報恩寺在永樂、宣德年(nian)間建造，正值鄭(zheng)和率領下(xia)西(xi)洋(yang)(yang)船隊(dui)多次遠(yuan)洋(yang)(yang)海外之時，因而，鄭(zheng)和對(dui)這(zhe)項工程(cheng)難以全力照顧，工程(cheng)進展緩慢(man)，弊端(duan)展現(xian)。為此(ci)，1428年(nian)（宣德三年(nian)），明宣宗朱瞻(zhan)基(ji)特(te)(te)下(xia)御敕，要此(ci)時已出洋(yang)(yang)回國任南京守備的鄭(zheng)和“即將未完處，用心提督”，限期完工。竣工以后(hou)，鄭(zheng)和還特(te)(te)其從(cong)海外帶回的“五谷樹(shu)”、“婆羅樹(shu)”等奇花異木種植在寺內。
明(ming)代初年至清代前期，大報(bao)恩寺琉璃寶塔作為中國具特色的(de)(de)標志性建筑物，被稱為“天下第一塔”，更有(you)“中國之(zhi)大古董，永樂(le)之(zhi)大窯器(qi)”之(zhi)譽(yu)，是當時中外(wai)人士(shi)游歷金陵的(de)(de)必到(dao)之(zhi)處。
嘉靖四(si)十五年（1566年）遭雷火襲擊，天王殿(dian)，大殿(dian)、觀音殿(dian)、畫廓一百四(si)十余間焚(fen)為灰燼；萬歷二十八年（1600年）塔(ta)心木腐朽，塔(ta)頂傾斜(xie)，僧人(ren)洪恩募(mu)捐(juan)銀數千兩使之(zhi)得(de)以(yi)重修。
清(qing)順(shun)治十八(ba)年(nian)以后，內府及(ji)地方均有撥款修(xiu)繕記(ji)載。最后一次(ci)是1802年(nian)（清(qing)嘉慶七年(nian)）修(xiu)復竣工后，繪塔圖并附志。
咸豐四年（1854年），大(da)報(bao)恩寺(si)塔被毀，關于被毀的(de)原因有(you)兩種說(shuo)法。一說(shuo)，清軍攻克雨花臺后，太(tai)平軍為(wei)(wei)防清軍占據大(da)報(bao)恩寺(si)對城(cheng)內造(zao)成威(wei)脅，太(tai)平軍先(xian)下手為(wei)(wei)強，遂“用(yong)(yong)火藥轟(hong)之，復挖(wa)空塔座下基地，數日塔倒，寺(si)遭焚毀”。另一說(shuo)則(ze)是1856年，正(zheng)逢天(tian)京之變，北(bei)王韋昌輝因為(wei)(wei)擔(dan)心翼(yi)王石達開占領(ling)城(cheng)外的(de)琉(liu)璃(li)塔，架炮攻擊城(cheng)內，派兵一面在塔下挖(wa)地道引爆炸藥，一面用(yong)(yong)火炮直接轟(hong)擊塔身，最終(zhong)使琉(liu)璃(li)塔化作一堆瓦礫(li)，而(er)大(da)報(bao)恩寺(si)的(de)其(qi)他建筑(zhu)也(ye)被由(you)此引發的(de)大(da)火全(quan)部(bu)燒毀。也(ye)有(you)人認為(wei)(wei)是曾國藩下令炸毀的(de)。
清同治(zhi)四年（1865年），江寧機器制(zhi)造(zao)(zao)局就大報恩寺(si)(si)遺址坡下菜地造(zao)(zao)住房(fang)十二(er)間，工作間八十余間，廊五十余間，寺(si)(si)院遺址漸被蠶食瓜(gua)分(fen)。
1958年，在眼香(xiang)廟(miao)、芙蓉山(shan)、窯崗村一(yi)帶出土的大批琉璃(li)構件(jian)上多帶有(you)墨書的字(zi)號標記。構件(jian)現(xian)分(fen)藏于中(zhong)國國家博(bo)物館(guan)、南京(jing)博(bo)物院和南京(jing)市博(bo)物館(guan)。
2004年(nian)后，南京(jing)市開始(shi)籌劃復建事宜，2007年(nian)，大報恩寺遺(yi)址公園正式啟(qi)動(dong)建設(she)。
2008年8月7日，在(zai)南京大報恩寺遺(yi)址出土(tu)的鐵函中發(fa)現了(le)七(qi)寶阿育(yu)王(wang)塔等一系列(lie)世(shi)界級文物(wu)與圣(sheng)物(wu)，內藏“佛頂真骨(gu)”。
2010年，大報恩(en)寺重(zhong)建工程被(bei)列為(wei)南京市2010年城市建設“十(shi)六個重(zhong)大項目”之一，同年大連萬(wan)達集團董事長王健林向該工程捐贈10億(yi)元人民(min)幣(bi)。
2010年(nian)6月12日(ri)，南京大報恩寺(si)佛頂骨舍(she)利(li)盛世重光系(xi)列活動在(zai)棲霞寺(si)隆(long)重舉行，佛頂骨舍(she)利(li)在(zai)棲霞寺(si)法堂供奉的一個月里，有近(jin)20萬人前往瞻禮。
2011年6月，被(bei)評為“2010年度全國十大考古新發現(xian)”。
2012年4月25日，第三屆世界佛教(jiao)論壇在(zai)香(xiang)港開(kai)幕，大報恩(en)寺出土的佛頂(ding)骨舍利從(cong)發現地南京迎(ying)請(qing)來到了(le)香(xiang)港。
2012年11月，大報恩寺作為中(zhong)國(guo)海上絲綢之(zhi)(zhi)路項目遺產(chan)點之(zhi)(zhi)一，列入(ru)中(zhong)國(guo)世界(jie)文化遺產(chan)預備名單。
2013年5月，大報恩寺(si)遺址被國務院核定公布為全國重點文物(wu)保(bao)護(hu)單位。
2014年3月(yue)，大報恩(en)寺(si)輕質(zhi)保護(hu)塔主體(ti)完工(gong)，該塔共有9層，由(you)輕鋼結構和(he)玻(bo)(bo)璃筑成，外立面由(you)玻(bo)(bo)璃幕墻組成。
2015年12月16日上(shang)午10點18分，大(da)報恩寺遺址公園舉行開(kai)園儀式。12月17日，大(da)報恩寺遺址公園正式開(kai)放(fang)。
南(nan)京(jing)佛(fo)教文化之昌盛，在(zai)中(zhong)(zhong)國各大古都(dou)中(zhong)(zhong)罕有可比。南(nan)京(jing)有著二千年的(de)佛(fo)教文化積淀，自古有“南(nan)朝(chao)四(si)百八十(shi)寺”之說，在(zai)中(zhong)(zhong)國佛(fo)教發(fa)展史上具有重要的(de)不(bu)可替(ti)代的(de)地位(wei)。當時佛(fo)教的(de)十(shi)大宗派在(zai)寺內(nei)都(dou)設有講座，供(gong)僧徒任(ren)意選修(xiu)；并(bing)雕版印(yin)刷(shua)了號稱“南(nan)藏”的(de)大部頭佛(fo)經六百三十(shi)七函五(wu)千余(yu)卷收藏于寺內(nei)。
長干寺地(di)宮(gong)(gong)是中(zhong)國發(fa)現較(jiao)深的(de)地(di)宮(gong)(gong)，出土(tu)的(de)鐵函是中(zhong)國發(fa)現的(de)較(jiao)大瘞藏(zang)舍利(li)鐵函，鐵函中(zhong)七寶阿育(yu)王(wang)塔是中(zhong)國發(fa)現的(de)較(jiao)大的(de)實(shi)物塔。當年陜西法門寺出土(tu)了4枚舍利(li)，一下就成了佛(fo)(fo)教(jiao)(jiao)圣地(di)，如今(jin)南京(jing)(jing)出土(tu)了佛(fo)(fo)頂真骨，其(qi)影響可(ke)想而(er)知。原中(zhong)國佛(fo)(fo)教(jiao)(jiao)協會會長趙樸初先生曾稱南京(jing)(jing)是“佛(fo)(fo)教(jiao)(jiao)學術(shu)的(de)中(zhong)心(xin)(xin)”，如今(jin)南京(jing)(jing)成為南方(fang)佛(fo)(fo)教(jiao)(jiao)中(zhong)心(xin)(xin)的(de)地(di)位無可(ke)非(fei)議。
經版雕(diao)刻于(yu)大報恩寺并在該寺長(chang)期保(bao)存、印(yin)刷流傳的(de)(de)《永樂(le)南藏(zang)》，影(ying)響較大。自永樂(le)十八年（1420）《永樂(le)南藏(zang)》雕(diao)成以后，一(yi)直到(dao)清(qing)康熙(xi)年間，大報恩寺一(yi)直承擔著中(zhong)國絕(jue)大部分寺廟的(de)(de)印(yin)經任務，是中(zhong)國佛經流通的(de)(de)絕(jue)對中(zhong)心。《永樂(le)南藏(zang)》到(dao)底印(yin)了多少部，已難以統計，不過，僅鄭和(he)就曾先后印(yin)造過10部《大藏(zang)經》，遍舍天下名剎(cha)。
大(da)(da)報(bao)恩寺(si)(si)是(shi)明清(qing)(qing)中(zhong)(zhong)國佛(fo)(fo)經流(liu)通的(de)中(zhong)(zhong)心，漢文佛(fo)(fo)教大(da)(da)藏(zang)(zang)經，是(shi)漢文佛(fo)(fo)典的(de)總(zong)集(ji)。大(da)(da)藏(zang)(zang)經的(de)編撰、雕刻(ke)(ke)、印刷，一直被視作是(shi)至(zhi)高無(wu)上、功德無(wu)量的(de)盛事。在明清(qing)(qing)出現的(de)5部(bu)(bu)大(da)(da)藏(zang)(zang)經（其(qi)中(zhong)(zhong)官(guan)刻(ke)(ke)4部(bu)(bu)、民刻(ke)(ke)1部(bu)(bu)）中(zhong)(zhong)，有3部(bu)(bu)官(guan)刻(ke)(ke)與大(da)(da)報(bao)恩寺(si)(si)及其(qi)前(qian)身天禧寺(si)(si)有關。其(qi)中(zhong)(zhong)直接相關的(de)為《初刻(ke)(ke)南藏(zang)(zang)》（以前(qian)稱《洪武(wu)南藏(zang)(zang)》）、《永(yong)樂南藏(zang)(zang)》。而在北京雕刻(ke)(ke)的(de)《永(yong)樂北藏(zang)(zang)》，不僅以《永(yong)樂南藏(zang)(zang)》為范本，而且其(qi)主持者有不少(shao)是(shi)來自大(da)(da)報(bao)恩寺(si)(si)。
南(nan)京大(da)報恩寺(si)作為(wei)中(zhong)國古典建筑文(wen)化的(de)典范，是中(zhong)國經過考古發掘揭露(lu)面積較大(da)的(de)寺(si)院遺(yi)址，為(wei)研究(jiu)明代皇(huang)家寺(si)院的(de)規(gui)制、布局提供了極(ji)為(wei)重要的(de)實(shi)物資(zi)料。在塔基中(zhong)發現了始建于北(bei)宋大(da)中(zhong)祥符年間的(de)長干寺(si)地宮，出土了以佛頂真骨為(wei)核心（碑文(wen)記(ji)載(zai)由印(yin)度高僧(seng)施護攜帶來華）、以七寶(bao)阿育(yu)王塔為(wei)代表的(de)一大(da)批佛教珍(zhen)貴文(wen)物，引起了海(hai)內外的(de)極(ji)大(da)轟動。
這些重(zhong)大發現(xian)對于研究宋代佛塔(ta)地官的(de)(de)(de)建(jian)造(zao)、舍利(li)瘞藏制度(du)，中西佛教(jiao)的(de)(de)(de)傳播與交流等方面均(jun)具有重(zhong)要意義(yi)。此次發掘還在塔(ta)基(ji)周圍發現(xian)搭建(jian)“鷹架”的(de)(de)(de)線索，揭示了明(ming)代寶塔(ta)的(de)(de)(de)建(jian)筑方法，對于中國古代建(jian)筑技術史的(de)(de)(de)研究具有重(zhong)要價值。
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