據《巴縣志》記載：“清康熙四十六(liu)年（1707）改八坊(fang)為二(er)十九坊(fang)，三(san)教堂屬(shu)楊柳坊(fang)管轄(xia)”。現該(gai)寺大三(san)門橫額上落款有“嘉慶已二(er)十四年仲夏慧齡(ling)立”字樣。
能仁寺(si)有(you)四重殿寧，依次是書馱殿、觀音殿、祖堂、禪堂。1926年(nian)，能亮(liang)住持時(shi)改子孫廟為(wei)十方叢林。解放前，該寺(si)常住尼眾(zhong)10余人，信教(jiao)徒眾(zhong)多，常年(nian)香火(huo)不斷。
20世紀六十年代初至70年代，文革十年浩劫，宗教活動停止，殿堂被占用，尼眾去做工，寺廟毀于一旦。文革浩劫后，由政府出面歸還寺廟，并撥款9萬元，該寺自酬資金18萬元，將幾大殿堂修葺一新，1983年恢復開放。1985年該地居士達450人，平時有100—400信教群眾參加活動。文革幸存下來的一尊“玉佛”現存觀音殿內，此殿香火旺盛，常年不斷。另有三個青磁香爐，是民國二十年（1931）三教堂專門制作的，香爐上燒有“三教堂”及制作年代，文革期間被“吳抄手”餐館買去裝飯菜，后落實政策，幾經周折才物歸(gui)原主。據(ju)說這(zhe)香爐(lu)盛飯菜，十天半(ban)月也不餿，引起了很多人的興趣。
中國(guo)佛教協會(hui)主席(xi)趙樸(pu)初為(wei)該寺(si)題寫(xie)有“大雄寶殿”額，不少知名人士也題寫(xie)對聯，為(wei)能(neng)仁寺(si)增光(guang)添彩。
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