據《巴縣(xian)志》記(ji)載：“清康熙四十(shi)(shi)六年（1707）改八坊為(wei)二十(shi)(shi)九坊，三(san)(san)教堂屬楊(yang)柳坊管轄”。現該寺大三(san)(san)門橫(heng)額上落款有(you)“嘉(jia)慶已(yi)二十(shi)(shi)四年仲夏(xia)慧齡立”字樣(yang)。
能仁(ren)寺有(you)四重殿寧，依次是書馱殿、觀音殿、祖堂、禪堂。1926年(nian)，能亮住持(chi)時改子孫廟為十方叢林。解放前，該寺常住尼眾10余人，信(xin)教徒(tu)眾多，常年(nian)香(xiang)火(huo)不斷(duan)。
20世紀六十年代初至70年代，文革十年浩劫，宗教活動停止，殿堂被占用，尼眾去做工，寺廟毀于一旦。文革浩劫后，由政府出面歸還寺廟，并撥款9萬元，該寺自酬資金18萬元，將幾大殿堂修葺一新，1983年恢復開放。1985年該地居士達450人，平時有100—400信教群眾參加活動。文革幸存下來的一尊“玉佛”現存觀音殿內，此殿香火旺盛，常年不斷。另有三個青磁香爐，是民國二十年（1931）三教堂專門制作的，香爐上燒有“三教堂”及制作年代，文革期間被“吳抄手”餐館買去裝飯菜，后落實政策，幾經周折才物歸原主。據說這香爐盛(sheng)飯菜，十天(tian)半月也不餿(sou)，引起了很多(duo)人的興趣。
中(zhong)國佛教(jiao)協會主席趙(zhao)樸初為該寺(si)題寫有“大(da)雄寶殿”額，不少知名(ming)人士(shi)也題寫對聯，為能(neng)仁寺(si)增光(guang)添彩。
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