據《巴(ba)縣志》記(ji)載：“清康熙(xi)四十六(liu)年(nian)（1707）改八坊(fang)為(wei)二(er)十九(jiu)坊(fang)，三(san)(san)教堂屬楊(yang)柳坊(fang)管轄(xia)”。現(xian)該寺大三(san)(san)門橫額上落款(kuan)有“嘉慶已二(er)十四年(nian)仲夏(xia)慧齡(ling)立”字樣。
能仁寺有四重殿(dian)(dian)寧，依次是書馱殿(dian)(dian)、觀音殿(dian)(dian)、祖堂(tang)、禪堂(tang)。1926年(nian)，能亮住(zhu)持(chi)時改子孫廟為十方叢林。解(jie)放前，該(gai)寺常住(zhu)尼眾(zhong)10余人，信教徒眾(zhong)多，常年(nian)香火不斷。
20世紀六十年代初至70年代，文革十年浩劫，宗教活動停止，殿堂被占用，尼眾去做工，寺廟毀于一旦。文革浩劫后，由政府出面歸還寺廟，并撥款9萬元，該寺自酬資金18萬元，將幾大殿堂修葺一新，1983年恢復開放。1985年該地居士達450人，平時有100—400信教群眾參加活動。文革幸存下來的一尊“玉佛”現存觀音殿內，此殿香火旺盛，常年不斷。另有三個青磁香爐，是民國二十年（1931）三教堂專門制作的，香爐上燒有“三教堂”及制作年代，文革期間被“吳抄手”餐館買去裝飯菜，后落實政策，幾經周折才物歸原主(zhu)。據(ju)說這香爐盛飯菜，十天半(ban)月也不餿，引起了(le)很多人的興(xing)趣。
中國佛教協會主席趙樸初為(wei)該(gai)寺(si)題寫有“大雄寶殿(dian)”額，不少知(zhi)名(ming)人士也題寫對聯，為(wei)能(neng)仁寺(si)增(zeng)光添彩(cai)。
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