據《巴縣志》記載:“清康熙四十六年(nian)(1707)改八坊(fang)為二(er)十九坊(fang),三(san)教堂屬(shu)楊柳坊(fang)管轄”。現該(gai)寺大三(san)門(men)橫額上落款有“嘉慶已二(er)十四年(nian)仲夏慧齡立”字樣。
能仁(ren)寺有四重殿(dian)寧,依(yi)次是書馱殿(dian)、觀音(yin)殿(dian)、祖堂、禪堂。1926年,能亮住(zhu)持(chi)時(shi)改子(zi)孫(sun)廟為十方叢林。解放前,該寺常住(zhu)尼眾10余人,信教(jiao)徒眾多,常年香(xiang)火不斷(duan)。
20世紀六十年代初至70年代,文革十年浩劫,宗教活動停止,殿堂被占用,尼眾去做工,寺廟毀于一旦。文革浩劫后,由政府出面歸還寺廟,并撥款9萬元,該寺自酬資金18萬元,將幾大殿堂修葺一新,1983年恢復開放。1985年該地居士達450人,平時有100—400信教群眾參加活動。文革幸存下來的一尊“玉佛”現存觀音殿內,此殿香火旺盛,常年不斷。另有三個青磁香爐,是民國二十年(1931)三教堂專門制作的,香爐上燒有“三教堂”及制作年代,文革期間被“吳抄手”餐館買去裝飯菜,后落實政策,幾經周折才物(wu)歸(gui)原(yuan)主。據說這香爐(lu)盛飯菜(cai),十(shi)天半月(yue)也不餿,引起了(le)很多人的(de)興趣。
中國佛教協會主席趙(zhao)樸初為該寺(si)題(ti)寫有“大雄寶殿”額,不少知名人士(shi)也題(ti)寫對聯,為能仁寺(si)增光添彩。