據(ju)《巴縣志(zhi)》記載：“清(qing)康熙四十(shi)六年(nian)（1707）改(gai)八坊(fang)為二十(shi)九坊(fang)，三教堂(tang)屬楊(yang)柳坊(fang)管轄(xia)”。現該(gai)寺大三門橫額上落款有“嘉慶已二十(shi)四年(nian)仲夏慧(hui)齡(ling)立”字樣。
能(neng)仁寺有四重殿(dian)(dian)寧，依次是書馱殿(dian)(dian)、觀音殿(dian)(dian)、祖堂、禪堂。1926年，能(neng)亮住(zhu)持時改子孫廟為(wei)十(shi)方(fang)叢(cong)林(lin)。解(jie)放前(qian)，該(gai)寺常住(zhu)尼眾10余人，信教徒眾多，常年香火不斷。
20世紀六十年代初至70年代，文革十年浩劫，宗教活動停止，殿堂被占用，尼眾去做工，寺廟毀于一旦。文革浩劫后，由政府出面歸還寺廟，并撥款9萬元，該寺自酬資金18萬元，將幾大殿堂修葺一新，1983年恢復開放。1985年該地居士達450人，平時有100—400信教群眾參加活動。文革幸存下來的一尊“玉佛”現存觀音殿內，此殿香火旺盛，常年不斷。另有三個青磁香爐，是民國二十年（1931）三教堂專門制作的，香爐上燒有“三教堂”及制作年代，文革期間被“吳抄手”餐館買去裝飯菜，后落實政策，幾經周折才物(wu)歸(gui)原(yuan)主。據(ju)說這香爐盛飯(fan)菜，十天(tian)半月也(ye)不(bu)餿(sou)，引起了很(hen)多人(ren)的(de)興趣。
中國佛教協會(hui)主席趙樸初為該寺題寫有“大雄寶殿”額，不少(shao)知名人士(shi)也題寫對(dui)聯，為能仁(ren)寺增光添彩(cai)。
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