元世(shi)祖至元年間(1282-1294年),天妃廟始(shi)建。
泰(tai)定(ding)三年(1326年),重建天妃廟(miao),時(shi)稱(cheng)東廟(miao)。
明萬歷六(liu)年(nian)(nian)(1578年(nian)(nian)),天妃靈慈(ci)宮重修。
清代,天妃靈慈宮(gong)數次(ci)修葺。
清光緒二十六年(1900年),天妃(fei)靈慈宮(gong)毀于庚子戰爭。
光緒三十一(yi)年(nian)(1905年(nian)),復(fu)建天妃宮大殿3間。
1950年以后,天妃宮逐漸(jian)成為(wei)遺(yi)址。
1987年,天(tian)津(jin)(jin)市文(wen)物普查,對天(tian)妃宮遺址登記造冊并存于(yu)天(tian)津(jin)(jin)市文(wen)化局(ju)文(wen)物處和河東區文(wen)化局(ju)。
1998年(nian)12月-1999年(nian)1月,天(tian)津市非物(wu)質(zhi)文化遺(yi)產(chan)保(bao)護中心對(dui)天(tian)妃宮遺(yi)址(zhi)進行考古發掘。
2000年9月(yue),中華(hua)人民(min)共和國國家文物局專家組對天(tian)(tian)妃宮(gong)遺址(zhi)進行鑒定(ding),確(que)認大直沽是天(tian)(tian)津歷史文化的(de)原生點,天(tian)(tian)妃宮(gong)是該原生點的(de)重要標志之(zhi)一。
2001年,天(tian)津市人民政府做(zuo)出了在天(tian)妃(fei)宮(gong)原址(zhi)上建立元明清天(tian)妃(fei)宮(gong)遺(yi)址(zhi)博物館(guan)的決定;同年8月10 日(ri),元明清天(tian)妃(fei)宮(gong)遺(yi)址(zhi)博物館(guan)正式開工(gong)修建。
2002年,在天(tian)妃宮(gong)原址上興建的元(yuan)明清天(tian)妃宮(gong)遺址博物館正式開館。
天(tian)妃宮(gong)遺址位于天(tian)津市河東(dong)區(qu)大(da)直(zhi)沽中(zhong)路,坐落在(zai)古文化(hua)街中(zhong)心處三岔(cha)口(kou)西岸(an),坐西朝(chao)東(dong),面(mian)(mian)向海(hai)(hai)河,與天(tian)津衛城東(dong)門(men)外(wai)三岔(cha)口(kou)海(hai)(hai)河西岸(an)的天(tian)后宮(gong),東(dong)西相(xiang)望,成為海(hai)(hai)運(yun)和(he)內(nei)河漕運(yun)的交(jiao)匯點,占(zhan)地面(mian)(mian)積5800平方米,建(jian)筑面(mian)(mian)積3000平方米,有大(da)殿、后殿、東(dong)西配(pei)殿、二門(men)、山門(men)、戲樓等建(jian)筑。
1997年9月至10月,在天妃(fei)宮(gong)(gong)遺址范圍內相繼發(fa)現(xian)了(le)明代重(zhong)修(xiu)敕建(jian)靈慈宮(gong)(gong)天妃(fei)碑(bei)記殘石質(zhi)碑(bei)首,碑(bei)高(gao)2.6米,寬0.9米,13行,行40字,正書,上(shang)有(you)重(zhong)修(xiu)敕建(jian)4個殘字和龍(long)紋,并(bing)發(fa)現(xian)了(le)石質(zhi)龜形碑(bei)座。1998年12月-1999年1月,天妃(fei)宮(gong)(gong)遺址出土了(le)元代藍色(se)琉璃筒(tong)瓦(wa)(wa)、明代綠色(se)琉璃筒(tong)瓦(wa)(wa)和清(qing)代脊飾筒(tong)瓦(wa)(wa)等元、明、清(qing)建(jian)筑構件和生活用品。
2002年,在天(tian)妃宮原址上興建的(de)(de)元明清天(tian)妃宮遺址博物館(guan)正(zheng)式開館(guan),陳(chen)列(lie)由(you)4個部(bu)分(fen)組成:第一部(bu)分(fen)“浩瀚的(de)(de)海(hai)洋”,講述(shu)了中國古(gu)代先民對于(yu)海(hai)洋的(de)(de)認(ren)識(shi)和(he)利用;第二部(bu)分(fen)“神氣的(de)(de)媽祖(zu)”,講述(shu)了媽祖(zu)崇拜的(de)(de)產(chan)生(sheng)、演變和(he)流傳(chuan);第三部(bu)分(fen)“海(hai)與(yu)河的(de)(de)城市(shi)”,講述(shu)了天(tian)津(jin)古(gu)代城市(shi)的(de)(de)形成、發(fa)展和(he)海(hai)洋的(de)(de)關(guan)系(xi);第四部(bu)分(fen)“永恒的(de)(de)遺址”,講述(shu)了天(tian)妃宮遺址的(de)(de)考(kao)古(gu)發(fa)掘。
2006年(nian)5月25日,天妃宮遺(yi)址被中華人民共(gong)和(he)國國務(wu)院公布為第六(liu)批全國重點文物保(bao)護(hu)單位(wei)。
2017年,元明(ming)清(qing)天妃宮(gong)遺址博(bo)(bo)物(wu)館(guan)聯合(he)天津(jin)地區其他博(bo)(bo)物(wu)館(guan)在(zai)征(zheng)詢專家意(yi)見后,從(cong)天妃宮(gong)遺址出土文(wen)物(wu)中篩(shai)選(xuan)出189件(套)西周(zhou)至清(qing)代時期(qi)的金屬文(wen)物(wu)器進行保護(hu)修復。
天(tian)(tian)妃宮遺址是中國海上漕(cao)運(yun)發達的重要遺存(cun),是天(tian)(tian)津(jin)城市原生點的標志(zhi),對研究中國海上漕(cao)運(yun)、天(tian)(tian)津(jin)港(gang)口文(wen)化和天(tian)(tian)津(jin)城市胚胎的早期聚落具(ju)有(you)重要價值。
元定都(dou)(dou)大都(dou)(dou)(北(bei)京(jing))后,為(wei)解決(jue)大都(dou)(dou)的(de)(de)糧食(shi)供應問題,開辟了(le)東(dong)南沿(yan)(yan)海(hai)(hai)到直沽(gu)的(de)(de)漕運(yun)(yun),東(dong)南沿(yan)(yan)海(hai)(hai)的(de)(de)糧食(shi)等物資(zi)源源不斷地運(yun)(yun)往(wang)大都(dou)(dou);為(wei)了(le)保證海(hai)(hai)上航行的(de)(de)安全,元政府(fu)于元世(shi)祖(zu)至元年(nian)間(1282-1294年(nian))在大直沽(gu)修(xiu)建了(le)天妃靈慈(ci)宮(gong),這(zhe)是中國(guo)北(bei)方地區年(nian)代較早的(de)(de)媽祖(zu)廟,與福(fu)建湄州媽祖(zu)廟、臺灣北(bei)港朝天宮(gong)并稱為(wei)中國(guo)三大媽祖(zu)廟。