元(yuan)世祖至元(yuan)年間(1282-1294年),天妃廟始建。
泰定三年(1326年),重建天妃廟,時稱東廟。
明萬(wan)歷六(liu)年(nian)(1578年(nian)),天(tian)妃(fei)靈慈宮(gong)重(zhong)修。
清代,天妃靈(ling)慈宮(gong)數次修葺。
清(qing)光緒二十六年(nian)(1900年(nian)),天妃(fei)靈慈宮毀于庚子戰爭。
光緒三十一年(nian)(1905年(nian)),復建天妃宮(gong)大殿3間。
1950年以后(hou),天妃宮逐漸成為(wei)遺址。
1987年,天津市(shi)文(wen)物普(pu)查,對天妃宮遺址登記造(zao)冊并(bing)存于天津市(shi)文(wen)化局文(wen)物處(chu)和河東(dong)區(qu)文(wen)化局。
1998年(nian)12月-1999年(nian)1月,天(tian)津市非物質文(wen)化遺產保護(hu)中心(xin)對天(tian)妃宮(gong)遺址進(jin)行考古發掘。
2000年9月(yue),中(zhong)華人民(min)共(gong)和國國家(jia)文(wen)物局專家(jia)組對天妃宮遺(yi)址進行鑒定,確認(ren)大(da)直沽是天津歷史文(wen)化(hua)的(de)(de)原(yuan)生點,天妃宮是該原(yuan)生點的(de)(de)重要標志(zhi)之一。
2001年,天(tian)(tian)津市(shi)人民政府做出了在天(tian)(tian)妃(fei)宮原址(zhi)上建(jian)立元明清(qing)天(tian)(tian)妃(fei)宮遺址(zhi)博(bo)(bo)物(wu)館的決(jue)定;同年8月10 日,元明清(qing)天(tian)(tian)妃(fei)宮遺址(zhi)博(bo)(bo)物(wu)館正式開工修(xiu)建(jian)。
2002年(nian),在天妃宮(gong)原址(zhi)上興建的元明清天妃宮(gong)遺址(zhi)博物館正式開館。
天(tian)(tian)妃(fei)宮(gong)遺址位(wei)于(yu)天(tian)(tian)津市河(he)東(dong)(dong)(dong)區大(da)直沽中(zhong)路(lu),坐(zuo)落(luo)在古(gu)文化(hua)街中(zhong)心(xin)處三岔口(kou)西(xi)岸,坐(zuo)西(xi)朝(chao)東(dong)(dong)(dong),面(mian)(mian)向海(hai)河(he),與天(tian)(tian)津衛城(cheng)東(dong)(dong)(dong)門(men)外(wai)三岔口(kou)海(hai)河(he)西(xi)岸的(de)天(tian)(tian)后宮(gong),東(dong)(dong)(dong)西(xi)相(xiang)望,成為海(hai)運和內河(he)漕(cao)運的(de)交匯點,占地面(mian)(mian)積5800平方米,建筑(zhu)面(mian)(mian)積3000平方米,有大(da)殿(dian)(dian)、后殿(dian)(dian)、東(dong)(dong)(dong)西(xi)配殿(dian)(dian)、二門(men)、山門(men)、戲樓等(deng)建筑(zhu)。
1997年9月至(zhi)10月,在天(tian)妃宮(gong)遺(yi)址(zhi)范(fan)圍內(nei)相(xiang)繼發現(xian)了(le)明(ming)代(dai)(dai)重修敕建靈慈宮(gong)天(tian)妃碑(bei)記殘(can)石質(zhi)碑(bei)首,碑(bei)高2.6米,寬0.9米,13行(xing),行(xing)40字,正書,上(shang)有(you)重修敕建4個殘(can)字和龍(long)紋,并發現(xian)了(le)石質(zhi)龜形碑(bei)座。1998年12月-1999年1月,天(tian)妃宮(gong)遺(yi)址(zhi)出土(tu)了(le)元代(dai)(dai)藍(lan)色琉璃(li)筒瓦(wa)、明(ming)代(dai)(dai)綠色琉璃(li)筒瓦(wa)和清代(dai)(dai)脊飾筒瓦(wa)等(deng)元、明(ming)、清建筑構件和生活(huo)用品。
2002年,在天妃(fei)(fei)宮(gong)(gong)原址上興建的(de)元明清天妃(fei)(fei)宮(gong)(gong)遺址博(bo)物館(guan)正式開館(guan),陳列由4個部(bu)分(fen)組成:第(di)一部(bu)分(fen)“浩瀚的(de)海(hai)洋”,講述(shu)(shu)了(le)中國(guo)古(gu)代(dai)先民對(dui)于海(hai)洋的(de)認識和(he)利(li)用(yong);第(di)二(er)部(bu)分(fen)“神氣的(de)媽祖”,講述(shu)(shu)了(le)媽祖崇拜的(de)產生、演變和(he)流傳;第(di)三部(bu)分(fen)“海(hai)與河的(de)城(cheng)市(shi)(shi)”,講述(shu)(shu)了(le)天津古(gu)代(dai)城(cheng)市(shi)(shi)的(de)形成、發展和(he)海(hai)洋的(de)關系;第(di)四部(bu)分(fen)“永恒(heng)的(de)遺址”,講述(shu)(shu)了(le)天妃(fei)(fei)宮(gong)(gong)遺址的(de)考(kao)古(gu)發掘。
2006年5月25日,天(tian)妃宮(gong)遺址(zhi)被中(zhong)華人民共和國國務院公布為第六批全國重點文物保(bao)護單位(wei)。
2017年(nian),元(yuan)明清(qing)天(tian)妃宮遺(yi)址博物(wu)館聯合(he)天(tian)津(jin)地區(qu)其他博物(wu)館在征詢專家意見后,從天(tian)妃宮遺(yi)址出(chu)土(tu)文物(wu)中篩(shai)選出(chu)189件(套(tao))西(xi)周至清(qing)代(dai)時期的金(jin)屬文物(wu)器進行保護修復(fu)。
天妃宮遺址是中國(guo)海上(shang)漕運發達的重要遺存,是天津(jin)(jin)城市(shi)原生點的標志,對研究中國(guo)海上(shang)漕運、天津(jin)(jin)港口文化和天津(jin)(jin)城市(shi)胚胎(tai)的早期聚落具有重要價值(zhi)。
元(yuan)定都(dou)大(da)都(dou)(北(bei)(bei)京)后,為(wei)解決大(da)都(dou)的(de)(de)糧食供(gong)應問(wen)題,開辟了(le)東南沿(yan)海到直沽的(de)(de)漕運,東南沿(yan)海的(de)(de)糧食等物資(zi)源(yuan)源(yuan)不斷地運往大(da)都(dou);為(wei)了(le)保證(zheng)海上航(hang)行的(de)(de)安全,元(yuan)政府于(yu)元(yuan)世祖至(zhi)元(yuan)年(nian)間(1282-1294年(nian))在大(da)直沽修建(jian)(jian)了(le)天妃靈(ling)慈宮(gong),這是中國北(bei)(bei)方地區年(nian)代較早的(de)(de)媽(ma)祖廟,與福建(jian)(jian)湄州(zhou)媽(ma)祖廟、臺灣北(bei)(bei)港(gang)朝天宮(gong)并稱(cheng)為(wei)中國三(san)大(da)媽(ma)祖廟。