元世祖至元年間(1282-1294年),天妃廟始建。
泰定三(san)年(nian)(1326年(nian)),重建天妃(fei)廟(miao),時稱東廟(miao)。
明(ming)萬歷六年(1578年),天(tian)妃靈(ling)慈(ci)宮重修。
清代,天(tian)妃(fei)靈慈宮數次(ci)修葺。
清(qing)光緒二十(shi)六(liu)年(1900年),天妃靈慈(ci)宮(gong)毀于庚子戰爭。
光緒(xu)三(san)十一年(nian)(1905年(nian)),復建天(tian)妃宮大殿3間。
1950年以后(hou),天妃宮逐漸成為遺址。
1987年,天(tian)津市(shi)文(wen)物(wu)(wu)普(pu)查,對(dui)天(tian)妃宮遺址登記造冊并(bing)存(cun)于(yu)天(tian)津市(shi)文(wen)化局文(wen)物(wu)(wu)處和河(he)東區文(wen)化局。
1998年12月-1999年1月,天津市非物(wu)質文化遺(yi)產(chan)保(bao)護中心對天妃宮遺(yi)址進行考古發掘(jue)。
2000年9月,中華(hua)人民共(gong)和國(guo)國(guo)家(jia)文物局專(zhuan)家(jia)組對天妃(fei)宮(gong)遺址(zhi)進行鑒定,確認大直沽(gu)是天津歷史文化(hua)的(de)原生點,天妃(fei)宮(gong)是該(gai)原生點的(de)重要標志之(zhi)一。
2001年,天(tian)(tian)津市人民政府做(zuo)出了(le)在(zai)天(tian)(tian)妃宮原址(zhi)(zhi)上建立元明清(qing)天(tian)(tian)妃宮遺址(zhi)(zhi)博(bo)物館(guan)(guan)的(de)決定;同年8月(yue)10 日(ri),元明清(qing)天(tian)(tian)妃宮遺址(zhi)(zhi)博(bo)物館(guan)(guan)正式開(kai)工修建。
2002年,在天妃宮原址(zhi)上興(xing)建的元明清天妃宮遺址(zhi)博物館(guan)正式開館(guan)。
天(tian)妃宮(gong)遺址位于(yu)天(tian)津(jin)市河(he)東(dong)區大直沽中(zhong)路,坐(zuo)落在古文化街中(zhong)心處(chu)三岔(cha)口(kou)西(xi)岸,坐(zuo)西(xi)朝(chao)東(dong),面向海(hai)河(he),與天(tian)津(jin)衛城東(dong)門外(wai)三岔(cha)口(kou)海(hai)河(he)西(xi)岸的天(tian)后(hou)(hou)宮(gong),東(dong)西(xi)相望,成為海(hai)運(yun)(yun)和(he)內(nei)河(he)漕運(yun)(yun)的交匯點,占地面積5800平(ping)方(fang)米(mi),建(jian)(jian)筑面積3000平(ping)方(fang)米(mi),有大殿、后(hou)(hou)殿、東(dong)西(xi)配殿、二門、山門、戲樓等建(jian)(jian)筑。
1997年9月(yue)至10月(yue),在(zai)天妃宮(gong)遺址范圍內相(xiang)繼發(fa)現(xian)了明(ming)代(dai)重修敕(chi)(chi)建靈慈宮(gong)天妃碑(bei)(bei)記殘(can)石質(zhi)碑(bei)(bei)首,碑(bei)(bei)高(gao)2.6米,寬0.9米,13行(xing),行(xing)40字(zi),正書,上有重修敕(chi)(chi)建4個殘(can)字(zi)和龍紋,并發(fa)現(xian)了石質(zhi)龜形碑(bei)(bei)座。1998年12月(yue)-1999年1月(yue),天妃宮(gong)遺址出土了元代(dai)藍(lan)色(se)琉(liu)璃筒(tong)瓦(wa)(wa)、明(ming)代(dai)綠色(se)琉(liu)璃筒(tong)瓦(wa)(wa)和清(qing)(qing)代(dai)脊飾筒(tong)瓦(wa)(wa)等元、明(ming)、清(qing)(qing)建筑構件和生活用(yong)品。
2002年,在天(tian)妃(fei)宮(gong)原址(zhi)上興建的(de)元(yuan)明清天(tian)妃(fei)宮(gong)遺(yi)址(zhi)博物館正式開(kai)館,陳列由4個部(bu)(bu)分(fen)(fen)組成(cheng):第一部(bu)(bu)分(fen)(fen)“浩瀚(han)的(de)海洋(yang)”,講(jiang)述了(le)中國(guo)古(gu)代先民對于海洋(yang)的(de)認識和利用(yong);第二部(bu)(bu)分(fen)(fen)“神氣的(de)媽祖(zu)”,講(jiang)述了(le)媽祖(zu)崇拜的(de)產生、演變和流傳(chuan);第三部(bu)(bu)分(fen)(fen)“海與(yu)河的(de)城市”,講(jiang)述了(le)天(tian)津古(gu)代城市的(de)形成(cheng)、發展和海洋(yang)的(de)關系;第四部(bu)(bu)分(fen)(fen)“永恒(heng)的(de)遺(yi)址(zhi)”,講(jiang)述了(le)天(tian)妃(fei)宮(gong)遺(yi)址(zhi)的(de)考(kao)古(gu)發掘(jue)。
2006年5月25日,天妃宮(gong)遺址(zhi)被中華人(ren)民共和國國務(wu)院公布為第六批(pi)全國重點文(wen)物保護單位。
2017年,元明清天(tian)妃(fei)宮(gong)(gong)遺址(zhi)博物(wu)館(guan)聯合天(tian)津地(di)區(qu)其(qi)他博物(wu)館(guan)在征詢專家(jia)意見后,從天(tian)妃(fei)宮(gong)(gong)遺址(zhi)出土文(wen)物(wu)中篩選出189件(套)西周至清代時(shi)期的(de)金屬文(wen)物(wu)器進行保護(hu)修復。
天妃宮遺(yi)址是(shi)中國(guo)海上(shang)漕(cao)運發達的重要遺(yi)存,是(shi)天津城市原生(sheng)點(dian)的標志,對研(yan)究中國(guo)海上(shang)漕(cao)運、天津港口文化和天津城市胚胎的早期聚落具有重要價值。
元(yuan)(yuan)定都(dou)(dou)大(da)(da)都(dou)(dou)(北(bei)京)后,為(wei)解決(jue)大(da)(da)都(dou)(dou)的(de)糧食(shi)供應問題,開辟(pi)了東(dong)南沿海(hai)(hai)到直(zhi)沽的(de)漕運,東(dong)南沿海(hai)(hai)的(de)糧食(shi)等(deng)物資源源不斷地運往大(da)(da)都(dou)(dou);為(wei)了保證海(hai)(hai)上航行的(de)安全,元(yuan)(yuan)政(zheng)府(fu)于(yu)元(yuan)(yuan)世(shi)祖(zu)(zu)至元(yuan)(yuan)年(nian)間(1282-1294年(nian))在大(da)(da)直(zhi)沽修(xiu)建了天妃靈慈宮(gong),這是中國(guo)北(bei)方地區年(nian)代較早的(de)媽祖(zu)(zu)廟,與福(fu)建湄州媽祖(zu)(zu)廟、臺(tai)灣北(bei)港朝天宮(gong)并(bing)稱為(wei)中國(guo)三大(da)(da)媽祖(zu)(zu)廟。